Bioorganologam

M Alvien Ghifari, S.Si., M.Sc

Outline
• Pendahuluan
• Koenzim B12
• Fiksasi Nitrogen
• Nikel Enzim
Pendahuluan
• Apa itu protein?

• Bagaimana struktur protein?

• Apa itu ezim?

Kofaktor? Apoenzim?

• Bagian enzim?
β-sheet
Pendahuluan
Metaloenzim
• Metaloenzim → memiliki ion logam di strukturnya
→ fungsi enzim → sisi aktif
• Beberapa unsur esensial yang ditemukan dalam
hewan dan tumbuhan:
• Mg, V, Cr, Mn, Fe, Co, Ni, Cu, Zn, Mo, Se, B, Si, F,
Br, dan I → trace
• Na, K, Ca, fosfat, sulfat, dan klorida → bulk
Pendahuluan
• Fe → Sitokrom, protein besi belerang
• Cu → protein tembaga biru
• Fe → ferfirin, transferin
• Zn → metalotionin
• Fe → hemoglobin, mioglobin
• Cu → hemosianin
• Zn → karboksilpeptidase
• Mg → aminopeptidase
• Fe → oksigenase, hidrogenase
• Fe,Mo → hidrogenase
• Fe → Akotinase
• Co → Koenzim vitamin B12
Koenzim B12
Awal abad 20 → penyakit anemia pernisiosa

Dapat diobati dengan makan hati sapi mentah

1948 → memisahkan dan mengkristalkan ekstrak hati

1965 → struktur ditentukan secara kristallografi oleh Dorothy Hodgkin

Koenzim B12
• Kompeleks octahedral
• Pusat: Co(III)
• Ligan: corrin (mirip profirin),
R = CN, H2O, Me, adenosil
• Sianokobalamin (CN)
• Metilkobalamin (Me)
Cincin mengikat
secara ekuatorial • Akuakobalamin (OH)
• Adenosilkobalamin

• Benzimidazole terdisosiasi →
Terminal corrin - imidazole berikatan dengan enzim
Mengikat secara aksial
→kofaktor koenzim B12
Koenzim B12
Koenzim B12
• Isomerase

Menukar posisi –X dan -H

https://www.youtube.com/watch?v=56vQ0S2eAjw
Koenzim B12
• Mekanisme isomerase
• Co(III)-C mengalami homolisis → Co(II) 17e (B12r) dan radikal adenosil
(Ad), AdCH2
• Radikal menarik hidrogen dari substrat, QH → AdCH3 dan radikal substral
→ mengalami pergeseran 1,2 gugus X
Koenzim B12
• Reaksi Konversi homosistein menjadi metionin

• Reaksi Konversi Ribosa

Koenzim B12
• Koenzim dibutuhkan dalam tubuh → 2-5 mg
• Contoh penyakit jika kekurangan koenzim B12 → Tubuh tidak dapat
memproduksi sel darah merah → Anemia Pernisiosa
https://www.youtube.com/watch?v=KeXOv8m2HF8

• Koenzim B12a (hidroksokobalamin) dapat direduksi

• B12r → Co(II)
• B12s → Co(I)
• B12s nukleofil paling kuat yang pernah diketahui
• Bereaksi cepat dengan metil iodida atau Me+, N5-methyl tetrahydrofolate
• Dapat membentuk metilkobalamin → transfer Me
Fiksasi Nitrogen
• Nitrogen merupakan komponen yang penting bagi tumbuhan
• Nitrogen di atmosfer dalam bentuk N2 → ikatan kuat
• Pemanfaatan nitrogen dibatasi oleh pemecahan ikatan N2 (Haber-Bosch)

• Beberapa tanaman mampu memecah N2 menjadi NH3

• Pemecahan ikatan dilakukan oleh bakteri tanah yang menginfeksi akar
tanaman → nitrogenase (metaloenzim) https://www.youtube.com/wat
ch?v=pbgWSbbgCxY&t=609s
Fiksasi Nitrogen
• Hasil katalisis pemecahan kompleks organologam pada enzim terhadap N2 →
NH3
• Sensitif terhadap udara
• CO dan NO → inhibitor
• Proses
• Protein Fe menangkap elektron dari agen pereduksi → diteruskan ke
MoFe melalui klaster [Fe4S4]
• Pengikatan N2 dengan M

• N2 isoelektronik dengan CO
Fiksasi Nitrogen
• Orbital molekul N2 dan CO

• Kontribusi kedua N sama besar → dapat membentuk jembatan dengan

pusat-pusat logam
• Adanya donasi balik mereduksi NN + H+ → NH2
Fiksasi Nitrogen
Enzim Nikel
• Enzim pertama yang dimurnikan dan dikristalisasi → Urease
• Oleh James B. Sunmer pada 1926 → substansi tunggal yang tidak
membutuhkan kofaktor (ion logam)
• Urease membutuhkan kofaktor
• 1975 → terdapat dua ion Ni dalam setiap mol urease
• 1980 → Ni dikenal sebagai unsur yang memiliki sifat katalitik di
metalloenzim

• Enzim dengan nikel

• Hidrogenase
• CO dehydrogenase
• Metanogenesis
Enzim Nikel
CO dehydrogenase
• Reaksi yang dikatalisis:
• Reduksi CO2 di udara menjadi CO

• Sintesis asetil koenzim A (ACS) dari CO, CH3-CoFeSP, dan koenzim A

 Enzim Nikel
Metanogenesis
• Pembentukan metana → pada pencernaan hewan ternak
• Metana → salah satu gas rumah kaca
• Metanogenesis merubah CO2 menjadi CH4 → energi (Wolfe cycle)

Metil coenzim M Tiol kofaktor

Ter-hidrogenolisis Enzim Ni
Metil CoM reductase (MCR)
Enzim Nikel
• Koenzim yang terikat pada MCR

Ni(I) mengikat CoM

 Enzim Nikel
Ikatan CoM dengan Ni(I) → metil terlepas (radikal)

Radikal metil menarik H → radikal tiol

Radikal tiol menarik tiolat Radikal tiol menarik tiolat Co-M → Ni(I)

• Ni dapat berubah koordinasi/fleksibel → penting bagi F430

Enzim Nikel
Hidrogenase
• Memungkinkan bakteri tertentu memanfaatkan H2 sebagai sumber energi
atau memanfaatkan proton H2O menjadi H2

• Sisi aktif hydrogenase

• Klaster [NiFe]
• Klaster [FeFe]
• [Fe]