Basic in Biochemistry

Tim Dosen Pengampu MK Biokimia Pertanian

 OUTLINE PERKULIAHAN

• Bioelemen
• Ikatan Kimia Penunjang Reaksi Biokimia dalam Sel
• Struktur sel (tanaman) dan Fungsi sebagai Tempat
Berlangsungnya Reaksi Biokimia
BIOELEMEN
 TUJUAN PEMBELAJARAN KHUSUS

• Setelah mempelajari materi bioelemen, mahasiswa

dapat memahami berbagai macam bioelemen dan
perannya bagi sel/makhluk hidup
 PENDAHULUAN

• Terdapat 81 elemen (unsur) stabil di alam

• Total 29 macam unsur sering ditemukan dalam
makhluk hidup
• 8-10 unsur hanya ditemukan pada organisme tertentu
• Dari 29 unsur yang sering ditemukan dalam makhluk
hidup, termasuk lima ion penting yang ditemukan
dalam semua spesies, termasuk tanaman: Kalsium
(Ca2+), Kalium (K+), Natrium (Na+), Magnesium (Mg2+), dan
Klorida (Cl-)
Biolemen dalam tanaman
• Apabila tanaman dibakar suhu tinggi, maka
molekul dalam bentuk gas akan menguap,
sementara mineral akan tersisa dalam bentuk
abu.
• Dalam abu tersebut terkandung unsur-unsur: C,
H, O, Ca, K, Mg, P, B, Cu, Fe, N, S, Cl, Mn, Mo,
Zn, Sc, Co, Se, Ni, Na, V, dll
• Unsur H dan O paling banyak terdapat dalam
tanaman. Keduanya merupakan penyusun
molekul air (H2O), penyusun utama tanaman
(80-90%).
• Unsur C merupakan penyusun utama bobot
kering sebagian besar tanaman.
 Pengelompokkan Bioelemen

• Unsur Makro : C, H, O, K, Ca, Mg, N, S, P

• Unsur Mikro : B, Cl, Cu, Fe, Mn, Mo, Zn,
Al, Co, Se, Si, Ni, Na

• Unsur Non Mineral: C, H, O, N, Cl

• Unsur Mineral : Ka, Ca, Mg, S, P, B,
Cu, Fe, Mn, Mo, Zn, Al, Co,
Se, Si, Ni, Na
 Fungsi Bioelemen

1. Sebagai Penyusun Biomolekul (Metabolit)

Contoh:a. C, H, O : Karbohidrat, Lignin, Kutin,
Suberin, Asam Lemak
b. C, H, O, N : Pirol, Porfirin
c. C, H, O, N, S : Asam Amino, Protein
d. C, H, O, N, P : Lipid, Asam Nukleat, ATP

2. Sebagai Kofaktor Suatu Enzim (Haloenzim). Tanpa

kofaktor, Haloenzim tidak aktif.
Contoh: a. Fe2+/Fe3+ : Enzim sitokrom oksidase
b. Mo2+ : Enzim katalase, enzim peroksidase
c. Ca2+ : Enzim amilase
d. Cu2+ : Enzim peroksidase
3. Sebagai aktivator reaksi metabolisme. Tanpa
aktivator, enzim tidak dapat melaksanakan
fungsi katalitiknya.
Contoh: Mn2+ aktivator enzim kinase, oksidase,
dehidrogenase, dll

4. Sebagai bagian esensial dari senyawa-senyawa

kompleks yang penting dalam proses fisiologi.
Contoh: a. Mg2+ dalam struktur klorofil
b. Co pada vitamin B
c. Fe pada Haemoglobin
 Bentuk Bioelemen Memasuki
Tanaman
• Tanaman mengambil bioelemen paling banyak dalam bentuk ion
melalui lubang-lubang pada permukaan akar, sebagian lagi dalam
bentuk molekul baik melalui akar maupun daun.
Macam unsur Bentuk yg diambil tanaman
Unsur Makro:
C CO2
H H2 O
O O2
N NO3-, NH4+, CO(NH2)2
P H2PO4-, HPO42-, PO43-
K K+
Mg Mg2+
Ca Ca2+
S HSO4-, SO42-
Macam unsur Bentuk yg diambil tanaman
Unsur Mikro:
Fe Fe3+
Mn Mn2+
B H2BO2-, HBO32-, BO33-
Mo MoO4-
Cu Cu2+
Zn Zn2+
Cl Cl-
Co Co2+
Macam unsur Bentuk yg diambil tanaman
Unsur Tambahan:
Na Na+
Si Si4+
Al Al3+
V V2+
 Ikatan Kimia Penunjang
Reaksi Biokimia dalam Sel
 TUJUAN PEMBELAJARAN KHUSUS

• Setelah mempelajari materi ikatan kimia, mahasiswa

mengetahui macam-macam ikatan kimia dan
fungsinya dalam menunjang berlangsungnya reaksi
biokimia di dalam sel/makhluk hidup
 PENDAHULUAN
• Ikatan kimia adalah gaya yang mengikat atom-atom
(unsur-unsur) dalam molekul atau gabungan ion
dalam setiap senyawa.
• Konsep ini pertama kali dikemukakan pada tahun
1916 oleh Gilbert Newton Lewis (1875-1946) dari
Amerika dan Albrecht Kossel (1853-1927) dari
Jerman.
• Fakta bahwa dalam sistem periodik unsur kimia terdapat unsur-unsur
yang bersifat stabil, yang sukar bereaksi atau membentuk senyawa
dengan yang lainnya. Unsur-unsur ini disebut gas mulia. Ini
disebabkan oleh susunan elektron dalam unsur gas mulia yang stabil.
• Setiap atom/unsur mempunyai kecenderungan untuk memiliki
susunan elektron yang stabil seperti gas mulia. Caranya dengan
melepaskan elektron atau menangkap elektron.
• Untuk memperoleh susunan elektron yang stabil hanya dapat dicapai
dengan cara berikatan dengan unsur lain, yaitu dengan cara
melepaskan elektron, menangkap elektron, maupun pemakaian
elektron secara bersama-sama.
Konfigurasi Elektron Gas Mulia

Chem-is-try.org
 MOLEKUL AIR
• Air merupakan molekul penting bagi kehidupan.
• Air merupakan molekul paling melimpah dalam kebanyakan sel,
bahkan 60-90% massa sel terdiri atas air.
• Bagi tanaman air berperan vital. Air berperan dalam penyusunan
glukosa (sumber makanan) melalui tahap fotosintesis.
• Air juga berperan dalam melarutkan dan membawa unsur-unsur
hara dari tanah ke bagian tanaman yang membutuhkan.
• Air juga berperan mengaktifkan kembali enzim dalam biji yang
dorman, sehingga dapat tumbuh menjadi kecambah atau bibit.
 IKATAN KIMIA DALAM AIR
IKATAN KOVALEN
•Air terdiri atas dua unsur hidrogen (H) dan satu unsur
oksigen (O). Dua unsur H diikatkan dalam unsur oksigen
melalui suatu ikatan kimia.
•Ikatan kimia ini disebut dengan Ikatan Kovalen
(dilambangkan dengan garis tebal)
• Ikatan Kovalen adalah pembentukan ikatan kimia
terjadi karena pemakaian bersama pasangan
elektron kulit terluar (elektron valensi) di antara
atom-atom.
• Pemakaian bersama elektron valensi berlangsung
sehingga terbentuk konfigurasi elektron yang mantap
seperti pada unsur-unsur gas mulia  8 elektron
pada kulit terluar (Oktet).
• Ikatan kovalen dalam 1 (satu) molekul air.
 Atom H memiliki nomor atom 1. Ini berarti unsur H
memiliki elektron valensi 1 buah.
 Atom O memiliki nomor atom 8. Ini berarti unsur O
memiliki elektron valensi 6 buah. Konfigurasi elektron
keduanya:

Atom Hidrogen Atom Oksigen

Bulatan merah = elektron pada kulit terluar
(elektron valensi)
• Elektron valensi atom H dan elektron valensi atom O
bergabung membentuk ikatan kovalen.

• Antara atom H dan O terdapat pemakaian bersama

elektron valensi keduanya membentuk konfigurasi oktet
(8 elektron) seperti gas mulia.
• Ikatan kovalen dalam air ini menyebabkan molekul
air bersifat polar karena atom O yang cenderung
elektronegatif dan atom H yang cenderung
elektropositif menghasilkan polaritas molekul air.
• Ini berdampak mudahnya molekul air melarutkan
molekul-molekul polar atau bermuatan (ion-ion)
seperti unsur-unsur hara yang dibutuhkan tanaman.
 IKATAN KIMIA DALAM AIR
IKATAN HIDROGEN
•Satu molekul air saja tidak cukup untuk membawa
unsur-unsur hara dari tanah menuju tanaman. Hal ini
dapat dilakukan karena kerja bersama ratusan molekul
air.
•Antarmolekul air yang jumlahnya ratusan ini saling
berinteraksi membentuk ikatan semu (dilambangkan
dengan garis tipis-tipis). Ikatan ini dikenal dengan
Ikatan Hidrogen.
• Ikatan Hidrogen adalah gaya tarik antar-molekul yang
terjadi antara atom hidrogen (H) yang terikat pada
suatu molekul dan atom lain yang sangat
elektronegatif (N, O, atau F) yang juga terikat pada
suatu molekul.
• Contoh ikatan hidrogen terjadi antara molekul air
dan molekul air lainnya.
• Contoh lain terbentuknya
ikatan hidrogen dan
ikatan kovalen, yaitu
pada biomolekul asam
nukleat (DNA) – gambar
di samping.
 IKATAN KIMIA LAINNYA
• Pembentukan ikatan kimia dapat terjadi karena adanya
perpindahan satu atau lebih elektron valensi dari satu atom ke
atom yang lain (bukan karena pemakaian bersama)  IKATAN ION
• Atom yang melepaskan (donor) elektron valensi akan bermuatan
positif, sedangkan atom yang menerima elektron valensi akan
bermuatan negatif.
• Atom donor elektron = atom logam (Na, K, Mg, Li, dll)
• Atom penerima elektron = atom non logam (Br, Cl, O, F, dll)
• Adanya perbedaan muatan menyebabkan atom-atom tersebut
membentuk ikatan ion dan dapat terlarut dalam air.
Contoh ikatan ion terjadi pada
molekul NaCl (garam)
Terima kasih