1.

PENDAHULUAN BIOKIMIA,
AIR DAN
MAKROMOLEKUL
MATA KULIAH BIOKIMIA
FAKULTAS FARMASI SEMESTER 3

Rabu, 18 Agustus 2021

YOSUA ADI KRISTARIYANTO, PhD

UNIVERSITAS KRISTEN IMMANUEL (UKRIM) YOGYAKARTA,
FAKULTAS FARMASI
OUTLINE
1. MODUL MATA KULIAH BIOKIMIA

a. MATERI MATA KULIAH

b. KRITERIA PENILAIAN

2. PENDAHULUAN: PERAN PENTING BIOKIMIA DALAM KEHIDUPAN

3. PERAN AIR DALAM KEHIDUPAN

4. MAKROMOLEKUL

5. TANYA JAWAB
BIOKIMI
A
Ilmu yang mempelajari proses kimia dalam sistem kehidupan suatu organisme.

Dua jenis molekul yang dipelajari dalam proses biokimia:

1. Molekul besar: makromolekul (protein, DNA, lemak, karbohidrat)
2. Molekul kecil: metabolit (glukosa dan gliserol)

Kedua jenis molekul tersebut didapati dalam semua makhluk hidup dengan variasi yang kecil.
Tujuan Biokimia adalah
menjelaskan dan
menerangkan semua
proses kimiawi sel hidup
dalam istilah molekuler.
PENGETAHUAN TENTANG BIOKIMIA PENTING BAGI
SEMUA ILMU PENGETAHUAN TENTANG KEHIDUPAN
● Biokimia asam nukleat merupakan jantung genetika & pendekatan genetika sangat penting dalam
pemahaman berbagai aspek dalam biokimia.
● Ilmu fisiologi hampir seluruhnya merupakan reaksi biokimia.
● Pemahaman dalam bidang imunologi kerap menggunakan berbagai teknik biokimia &
pendekatan imunologik secara luas digunakan oleh para ahli biokimia.
● Farmakologi dan Farmasi bergantung pada pengetahuan yang kokoh tentang biokimia dan
fisiologi.
● Toksikologi mempelajari proses biokimia pada bagaimana racun bekerja.
● Bidang ilmu pengetahuan patologi, mikrobiologi, zoologi dan botani secara luas
menggunakan pendekatan biokimiawi.
PERAN PENTING BIOKIMIA DALAM KEHIDUPAN
● Mempelajari beberapa pola dan prinsip umum yang menggarisbawahi kehidupan.
● Meningkatkan pemahaman mengenai pengobatan.
○ Perubahan aktivitas metabolisme yang terlihat pada perubahan profil metabolit dapat
digunakan sebagai diagnosa klinis pada suatu penyakit
○ Pengetahuan akan enzim kunci dalam suatu proses biosintesis dapat dijadikan sebagai
target obat.
● Mempelajari dasar dari proses utama kehidupan sel.
● Mampu memecahkan masalah biologi dan pengobatan.
Hubungan timbal balik antara Biokimia dan Ilmu Kedokteran telah
merangsang kemajuan yang saling menguntungkan.
AI
R
DAN PERANNYA DALAM
KEHIDUPAN
PERAN AIR DALAM KEHIDUPAN

● Air merupakan komponen kimia utama dalam organisme hidup.

● Berperan sebagai pelarut universal: molekul organik maupun anorganik.
● Memiliki sifat dipolar.
● Memiliki sifat kohesif: membentuk ikatan hidrogen antar molekul.
● Berperan sebagai reaktan atau produk dalam banyak reaksi metabolik.
● Memiliki kecenderungan kecil untuk teroksidasi (terurai) menjadi ion hidroksida (OH-) dan
proton (H+).
AIR MERUPAKAN MOLEKUL POLAR

● Air merupakan molekul tetrahedron tak

beraturan dengan oksigen pada bagian
pusatnya.

● Dua buah ikatan dengan hidrogen

diarahkan ke dua sudut tetrahedron.

● Elektron-elektron yang tidak dipakai

bersama pada kedua orbital hibridasi sp3
menempati 2 sudut sisanya.
AIR MERUPAKAN MOLEKUL POLAR

● Atom oksigen:
○ bersifat sangat elektronegatif
○ menarik elektron menjauhi nukleus
dari hidrogen.

● Nukleus hidrogen bermuatan positif parsial.

● Dua pasangan elektron bebas pada oksigen

membentuk suatu regio dengan muatan
negatif lokal.
IKATAN HIDROGEN

Nukleus (inti) hidrogen yang tidak berpelindung dan secara kovalen berikatan dengan atom

Nitrogen atau Oksigen penarik elektron dapat berinteraksi dengan pasangan elektron bebas

di atom Nitrogen atau Oksigen lain untuk membentuk ikatan hidrogen.

AIR BERSIFAT KOHESIF

● Ikatan hidrogen menyebabkan

molekul-molekul air saling berikatan
membentuk susunan yang teratur.

● Dalam bentuk cair: struktur yang setengah

teratur dengan ikatan hidrogen antar molekul
terus menerus terbentuk dan terpecah. Satu
molekul air berikatan dengan rata-rata 3,4
molekul air lainnya
AIR BERSIFAT KOHESIF

● Air beku mempunyai struktur kristal yang

sangat teratur di mana seluruh ikatan
hidrogen potensial terbentuk.

● Pada es, molekul air terikat secara ikatan

hidrogen berjumlah 4 molekul air yang lain
dalam suatu deretan tiga dimensi yang
teratur sehingga es kurang padat dan
memiliki massa lebih kecil dari pada air.

Ikatan hidrogen pada es

PERAN AIR DALAM KEHIDUPAN

1. Air merupakan pelarut universal.

2. Air merupakan media berbagai proses reaksi-reaksi kimia yang berlangsung di dalam sel.

3. Air berperan sebagai komponen pelindung sel.

4. Air merupakan komponen penting yang mengatur struktur dalam sel.

1. AIR SEBAGAI PELARUT UNIVERSAL

● Air merupakan pelarut yang sangat baik bagi molekul-molekul polar.

● Air sangat memperlemah ikatan ionik dan ikatan hidrogen antara molekul-molekul polar
dengan cara bersaing daya tarik.
● Di dalam sel, air terdapat dalam dua bentuk, yaitu bentuk bebas (95%) dan bentuk terikat (5%)
● Pelarut berbagai zat organik dan anorganik, misalnya berbagai jenis ion-ion, glukosa,
sukrosa, asam amino, serta berbagai jenis vitamin.
● Bahan pensuspensi zat-zat organik dengan molekul besar seperti protein, lemak, dan pati.
● Air merupakan media transpor berbagai zat yang terlarut atau yang tersuspensi untuk
berdifusi atau bergerak dari suatu bagian sel ke bagian sel yang lain.
2. AIR BERPERAN DALAM REAKSI KIMIA DALAM
SEL
● Kebanyakan senyawa biokimia dan sebagian besar dari reaksi-reaksinya berlangsung dalam
lingkungan cair.
● Aktivitas katalitik enzim sangat tergantung pada konsentrasi ion H+ dan OH-.
● Air juga merupakan reaktan dalam proses Katabolisme yang berfungsi memecah molekul untuk
mendapatkan energi (Hydrolysis).
● Air merupakan bahan dan juga produk dari proses sintesis senyawa (Anabolisme) yang
dibutuhkan oleh sel. Bahan dalam photosyntesis; produk dalam proses anabolisme
3. PERAN AIR SEBAGAI KOMPONEN PELINDUNG SEL

● Air digunakan untuk mengabsorbsi panas dan mencegah perubahan temperatur

yang drastis atau mendadak di dalam sel.

● Selain itu, air melindungi sel dari efek berbahaya asam dan basa.
Asam dan basa melepaskan hidrogen berlebih atau mengambil hidrogen berlebih dari bahan di
sekitarnya yang dapat merusak integritas dari biomolekul dalam sel. Air melindungi dengan
melepaskan hidrogen dan menjadi OH–, sehingga bertindak sebagai basa, atau menerima
hidrogen lain dan menjadi H3O+, sehingga bertindak sebagai asam.
4. PERAN AIR DALAM INTEGRITAS STRUKTUR SEL

1. Air mengisi sel untuk membantu

mempertahankan bentuk dan
struktur.

Sitolisis: pecahnya sel karena

ketidakseimbangan osmotik yang
menyebabkan kelebihan air berdifusi ke
dalam sel.

Plasmolisis: pecahnya sel karena tekanan

dari luar saat sel kehilangan air dalam
situasi hipertonik.
4. PERAN AIR DALAM INTEGRITAS STRUKTUR SEL

2. Air juga berkontribusi pada

pembentukan membran di sekitar sel.

● Fosfolipid: hidrofobik & hidrofilik

● Membentuk lapisan ganda
● Mengelilingi sel dan secara selektif
memungkinkan zat seperti garam dan
nutrisi masuk dan keluar sel.
4. PERAN AIR DALAM INTEGRITAS STRUKTUR SEL

3. Air berperan penting dalam

pembentukkan struktur fungsional dari
makromolekul → protein dan DNA.
RANGKUMA
N
● Molekul air bersifat polar dan bersifat kohesif
● Air berperan penting dalam segala aspek kehidupan
○ Pelarut universal.
○ Berperan menjadi reaktan, bahan dan produk dalam berbagai proses kimia yang
berlangsung di dalam sel.
○ Berperan sebagai komponen pelindung sel.
○ Merupakan komponen penting yang mengatur struktur dalam sel.
MAKROMOLEKU
L
PROTEIN, ASAM NUKLEAT, KARBOHIDRAT, LIPID
CIRI-CIRI MAKHLUK
HIDUP
1. Sangat terorganisasi dan sangat kompleks

(tiap komponen mempunyai fungsi yang sangat spesifik),

2. Mempunyai kemampuan untuk mengekstrak energi dari sekelilingnya,

3. Dapat menurunkan sifat atau dapat mereplikasi dirinya sendiri dengan tepat dan

terencana.
BIOMOLEKUL DALAM PEMBENTUK KEHIDUPAN
Elemen non-metal penyusun kehidupan (C, H, P, S, O, N)

Molekul sederhana (CO2, NH3, H2O, molekul organik sederhana lainnya)

Asam amino Mononukleotida Gula sederhana Asam lemak

Protein DNA & RNA Polisakarida Lipida

Protein Kompleks Chromosome Dinding Sel Membran Sel

Sel
IKATAN KIMIA: IKATAN
KOVALEN
Ikatan Kovalen
● Terbentuk oleh valensi dari masing-masing atom. Contoh dari
ikatan kovalen adalah CO2.
● Dalam hal ini valensi C adalah 4 dan valensi O adalah 2.
● Ikatan kovalen terjadi ketika masing-masing atom dalam
ikatan tidak mampu memenuhi aturan oktet, dengan
pemakaian elektron bersama dalam ikatan kovalen,
masing-masing atom memenuhi jumlah oktetnya.
IKATAN KIMIA: IKATAN NON-
KOVALEN
Ikatan ionik
● Ikatan ionik adalah ikatan antara gugus metal dan
gugus non-metal dengan muatan ion berlawanan.
● Pembentukan ikatan ionik dilakukan dengan cara
transfer elektron.
○ Na → kelebihan satu elektron
○ Cl → kekurangan satu elektron
● Proses transfer elektron ini akan menghasilkan suatu ikatan
ionik yang mempersatukan ion anion dan kation.
IKATAN KIMIA: IKATAN NON-
KOVALEN
Ikatan hidrogen
Ikatan hidrogen adalah interaksi dipol-dipol antar molekul,
bukan ikatan kovalen dengan atom hidrogen.

Ini hasil dari gaya tarik antara:

1. Donor: Atom hidrogen yang terikat secara kovalen ke atom
yang sangat elektronegatif seperti atom N, O, atau F
2. Acceptor: Atom lain yang sangat elektronegatif (contoh: N, O,
atau F).
IKATAN KIMIA: IKATAN NON-
KOVALEN

Ikatan Van Der Waals

● Ikatan Van Der Waals adalah daya tarik
non spesifik.
● Berperan pada saat dua atom berjarak 3-4
Angstrom.
● Terjadi penolakan dan penarikan bersifat
dipolar atau elektrostatis dan jauh lebih
lemah daripada ikatan hidrogen.
IKATAN ANTAR MOLEKUL MEMPUNYAI ENERGI
YANG BERBEDA
MAKROMOLEKUL PEMBENTUK KEHIDUPAN

1. Protein

2. Asam Nukleat

3. Karbohidrat

4. Lipida
PROTEIN

● Makromolekul yang sangat penting karena berperan dalam hampir semua fungsi
dalam sel. Semua proses kimia yang terjadi dalam sel adalah katabolisme dan anabolisme
yang sama-sama berjalan dan dikendalikan oleh enzim, yang merupakan protein.

● Dalam tubuh manusia terdapat kira-kira 10.000 sampai 1.000.000.000 lebih jenis protein
dengan struktur 3D dan fungsi yang spesifik. Salah satu cabang ilmu pengetahuan yang
khusus mempelajari protein dan fungsinya disebut proteomics.

● Senyawa pembentuk dari protein adalah asam amino (amino acids).

ASAM
AMINO
● Senyawa organik yang terdiri dari tiga kelompok
gugus:
○ Gugus amine
○ Gugus karboksil
○ Gugus variabel
(membedakan jenis asam amino)

● Terdapat 20 jenis asam amino dengan properti

variable group yang berbeda-beda.

Amino Acid Backbone

IKATAN PEPTIDA
Ikatan peptida
Gugus karboksil dari satu molekul
bereaksi dengan gugus amino dari
molekul lain, melepaskan molekul air
(H2O).

Dua asam amino monomer disatukan

oleh peptide bond (ikatan
peptida) untuk membentuk polimer
polypeptide atau polipeptida.
EMPAT STRUKTUR DARI PROTEIN
Struktur Protein diklasifikasi menjadi empat tingkatan:

1. Primary Structure
Susunan asam amino dalam rantai polipeptida

2. Secondary Structure
Lipatan rantai polipeptida membentuk struktur alpha-heliks dan beta-
sheet

3. Tertiary Structure
Lipatan lanjutan struktur sekunder membentuk struktur 3D dari
protein

4. Quaternary structure
Gabungan beberapa struktur tersier dari protein membentuk
multi-subunit yang membentuk satu unit yang fungsional
(multimer).
ASAM NUKLEAT

Asam nukleat merupakan polimer pembawa

informasi genetik sehingga makhluk hidup dapat
menurunkan sifat atau dapat mereplikasi dirinya
sendiri dengan tepat dan terencana.

Senyawa penyusun asam nukleat adalah nucleotide.

Struktur dari nucleotide:

● Ribosa: grup phosphate
● Basa: nitrogenous base
● Fosfat: phosphate group
PHOSPHODIESTER BOND DALAM DNA/RNA

Ikatan fosfodiester terbentuk antara:

● Gugus 3 '-OH dari satu molekul
gula, dan
● Gugus fosfat 5' pada molekul gula
yang berdekatan.
Pyrimidine: cincin aromatik heterosiklik,
mirip dengan gugus benzene

Purine: cincin pyrimidine yang

digabungkan dengan gugus cincin
imidazole

Gugus fungsional dalam Pyrimidines &

Purines:
● Gugus cincin nitrogen,
● Gugus karbonil,
● Gugus aminogen eksosiklik.
Nitrogenous Base Coupling in Nucleic Acid
Ikatan dalam DNA
● Ikatan Kovalen
Phosphodiester Bond
Arah sintesis 5’ → 3’

● Ikatan Hidrogen
Ikatan antar pasangan
basa nitrogen asam
nukleat
Purine & Pyrimidine

Pasangan Basa Nitrogen

A ::: T/U
G ::: C
KARBOHIDRAT

● Senyawa penyusun dari

karbohidrat adalah gula ringkas
monomer.
Bentuk linear & cincin dari glucose

● Monosakarida (senyawa penyusun) karbohidrat

● Disakarida tersusun dari dua monosakarida
○ Sukrosa: glukosa + fruktosa
○ Laktosa: D-galaktosa + D-glukosa
○ Maltosa: glukosa + glukosa
● Polisakarida tersusun dari lebih dari dua monomer.
IKATAN PEMBENTUK KARBOHIDRAT POLIMER

Ikatan glikosidik terbentuk antara:

● kelompok hemiasetal atau
hemiketal dari sakarida dan
● kelompok hidroksil dari beberapa
senyawa seperti alkohol.
POLISAKARIDA
SUSUNAN DARI
SELULOSA
DALAM
DINDING SEL
TUMBUHAN
LIPI
D
● Lipid adalah kelompok biomolekul yang heterogen yang diklasifikasikan lebih berdasarkan
properti fisik dibandingkan properti kimia:
○ Tidak larut dalam air → mengandung hidrokarbon.
○ Larut dalam pelarut non-polar seperti eter dan kloroform.

● Fungsi dari lipid:

○ Penyimpan energi: fats (lemak) di dalam jaringan adiposa
○ Insulator termal: lemak
○ Insulator listrik: lipid non-polar
○ Media transportasi: lipid dan lipoprotein

● Pemahaman mengenai mekanisme biokimia dari lipid penting dalam bidang biomedis, misalnya
dalam obesitas, diabetes melitus, aterosklerosis, dan peran berbagai asam lemak tak jenuh ganda
dalam nutrisi dan kesehatan.
JENIS LIPID DALAM TUBUH KITA
● Trigliserida juga dikenal sebagai
triasilgliserol dan terdiri dari 95% lemak
dalam makanan yang kita makan.

● Fosfolipid bersifat amfifilik. Fosfolipid

menyusun membran sel dan molekul
pembawa lipid.

● Sterol ditemukan di jaringan sel hewan dan

tumbuhan. Sterol yang paling terkenal dalam
tubuh kita adalah kolesterol. Kolesterol
membentuk empedu, hormon dan vitamin D.
FATS (TRIGLISERIDA)

Fatty Acid atau Asam Lemak

● Monomer penyusun makromolekul trigliserida
● Terdiri dari gugus kepala karbonil dan gugus
ekor hidrokarbon → 4-24 atom karbon.

● Dibagi menjadi dua kelompok berdasarkan ada

tidaknya ikatan rangkap pada rantai atom karbon
○ Saturated fatty acid (asam lemak jenuh)
○ Unsaturated fatty acid (asam lemak tidak
jenuh)

Ekor hidrokarbon: 4-24 atom karbon

IKATAN ESTER DALAM TRIGLISERIDA

Ikatan Ester terbentuk antara

alkohol dengan asam.

Dalam Trigliserida ikatan ester

terbentuk antara:
● Gliserol (alkohol)
● Asam lemak (asam)

Gliserol Asam Lemak Ikatan Ester

 ASAM LEMAK JENUH VS ASAM LEMAK TIDAK
JENUH
Saturated fatty acid (asam lemak jenuh)
● Tidak memiliki ikatan rangkap
● Padat pada suhu ruangan
● Terdapat pada lemak hewani
● Apabila dikonsumsi secara berlebihan,
dapat menyebabkan cardiovascular
disease dengan adanya penyumbatan pada
pembuluh darah.

Unsaturated fatty acid (asam lemak tidak

jenuh)
● memiliki satu atau lebih ikatan rangkap
● Cair pada suhu ruangan
● Terdapat pada lemak nabati dan lemak
ikan
PHOSPHOLIPIDS
● Komponen utama membran sel
● Senyawa penyusun phospholipids:
○ Dua asam lemak (hidrofobik)
○ Gugus fosfat (hidrofilik)
○ Satu molekul gliserol
● Bersifat amfifilik
STEROID
● Semua steroid memiliki struktur inti (core) berupa siklik yang
menyerupai:
○ Fenantrena (Phenanthrene): cincin A, B, C
○ Cincin siklopentana: cincin D

Struktur inti dari steroid

● Kolesterol juga merupakan steroid:
○ Rantai samping (side chain) pada posisi 17
○ Gugus hidroksil pada posisi 3
○ Ikatan ganda karbon pada posisi 5 & 6

● Steroid berperan penting dalam:

○ Jaringan sel: membran sel, lipoprotein
○ Bahan pembentuk vitamin D
○ Berperan sebagai hormon:
Kortikosteroid & seks steroid Cholesterol, 3-hydroxy-5,6-cholestene
MAKROMOLEKUL DALAM MEMBRAN
SEL
RANGKUMA
N
● Makromolekul penyusun kehidupan adalah: protein, asam nukleat, karbohidrat dan lipid.
● Makromolekul dibentuk dari senyawa penyusun monomer yang digabungkan oleh ikatan covalen
menjadi rantai polimer.
● Air adalah komponen penting dalam penyusunan rantai polimer makromolekul:
○ Reaksi pembentukan polimer: kondensasi
○ Reaksi pemecahan polimer: hidrolisis
● Tiap makromolekul memiliki physical and chemical properties yang unik yang saling
penting untuk kelangsungan kehidupan.
● Mempelajari biokimia dan makromolekul secara cermat dapat membantu kita
mempelajari kehidupan secara mendasar.
Bagaimana suatu obat bekerja? Bagaimana ikatan obat dengan reseptor?
1. Bagaimana peran ilmu biokimia dalam bidang pengobatan?
2. Sebutkan peran air bagi kehidupan!
3. Sebutkan makromolekul pembentuk kehidupan!
4 sebutkan senyawa-senyawa penyusun asam nukleat!
5. Sebutkan jenis lipid yang terdapat di tubuh!
○ Perubahan aktivitas metabolisme yang terlihat pada perubahan profil metabolit dapat digunakan
sebagai diagnosa klinis pada suatu penyakit
○ Pengetahuan akan enzim kunci dalam suatu proses biosintesis dapat dijadikan sebagai target
obat.
 No.2

1. Air merupakan pelarut universal.

2. Air merupakan media berbagai proses reaksi-reaksi kimia yang berlangsung di dalam

sel.

3. Air berperan sebagai komponen pelindung sel.

4. Air merupakan komponen penting yang mengatur struktur dalam sel.

 No 3

1. Protein

2. Asam Nukleat

3. Karbohidrat

4. Lipida
 No 4

Senyawa penyusun asam nukleat adalah nucleotide.

Struktur dari nucleotide:

● Ribosa: grup phosphate
● Basa: nitrogenous base
● Fosfat: phosphate group
No 5

● Trigliserida juga dikenal sebagai

triasilgliserol dan terdiri dari 95% lemak
dalam makanan yang kita makan.

● Fosfolipid bersifat amfifilik. Fosfolipid

menyusun membran sel dan molekul
pembawa lipid.

● Sterol ditemukan di jaringan sel hewan dan

tumbuhan. Sterol yang paling terkenal dalam
tubuh kita adalah kolesterol. Kolesterol
membentuk empedu, hormon dan vitamin D.