Pengantar Biokimia

dr. Rano Irmawan

Stikes Madani 2011
Yogyakarta
Selamat Datang di Dunia
Biokimia..
 Apa itu Biokimia?
• Definisi:
– Webster’s dictionary: Bios = Yunani,
artinya “hidup” “Kimia mahluk hidup; Kimia
yang terjadi dan menjadi ciri kehidupan.”
– WebNet dictionary: “Biokimia adalah
kimia dari bahan-bahan dan proses-proses
yang terjadi dalam tubuh mahluk hidup;
sebagai upaya untuk memahami proses
kehidupan dari sisi kimia.“
 Apa itu biokimia?
• Biokimia adalah ilmu yang mempelajari
reaksi kimia yang terjadi dalam sel atau
organisme yang hidup
• Kehidupan tergantung pada reaksi
biokimianya
• Reaksi biokimia yang harmonis dalam tubuh
menyebabkan kondisi tubuh sehat,
sebaliknya penyakit mencerminkan
abnormalitas biomolekul, reaksi biokimia
atau proses biokimia
Perbedaan proses fisika dan kimia
• Reaksi Fisika: adalah perubahan bentuk
suatu zat dan tidak menghasilkan zat baru
• Hasilnya masih zat yang sama, hanya
bentuknya atau wujudnya yang berubah,
misal dari besar menjadi kecil (lembut)
atau dari padat jadi cair
• Misal: perubahan beras → tepung, atau es
→ air
 APA ITU REAKSI KIMIA
• Reaksi Kimia : adalah reaksi dua zat atau lebih
yang menghasilkan zat baru, zat baru tsb
berbeda dengan zat asalnya
• Misal:
– Perubahan beras → nasi
– Amilum → glukose
– Protein → asam amino
– Lemak → asam lemak
• Reaksi kimia dalam tubuh (reaksi biokimia)
selalu menggunakan enzim
 TUJUAN BIOKIMIA
• Menguraikan dan menjelaskan semua
proses kimiawi pada sel hidup dalam
pengertian molekuler
• Upaya untuk memahami bagaimana
kehidupan bermula
 HUBUNGAN BIOKIMIA DENGAN
ILMU LAIN
• Biokimia asam nukleat (DNA dan RNA) → inti ilmu
genetika
• Fisiologi: ilmu tentang faal tubuh, pengkajianya overlaping
dengan biokimia
• Imunologi: penjelasan proses reaksi antigen antibodi
(imunoglobulin), reaksi alergi perlu ilmu biokimia
• Farmakologi: metabolisme obat perlu ilmu biokimia dan
fisiologi
• Toksikologi: ilmu yang mempelajari racun tubuh, perlu
biokimia
• Patologi: ilmu tentang penyakit (inflamasi, cedera sel,
kanker), perlu biokimia
• Mikrobiologi: ilmu tentang bakteri, perlu biokimia
• Zoologi dan botani: juga perlu biokimia
 BEDA UNSUR, SENYAWA DAN
MOLEKUL
• Unsur: zat terkecil, yang tidak dapat dibagi lagi
– Contoh unsur kimia: Na, K, Ca, Fe, O, C
• Gabungan dua atau lebih unsur yang sama
disebut: molekul
– Contoh: O + O → O2
– Cl + Cl → Cl2
• Gabungan dua atau lebih unsur yang tidak sama
disebut: senyawa
– Contoh: H + O → H2O
– Na + Cl → NaCl
 UNSUR DAN BIOMOLEKUL
TUBUH MANUSIA
• Karbon, oksigen, hidrogen dan nitrogen
merupakan unsur utama tubuh manusia
• Kalsium, fosfor, kalium, natrium, klor,
magnesium, besi, mangan, yodiun dan
unsur lainya memiliki makna biologis dan
medis yang sangat penting
• Air, DNA, RNA, protein, polisakarida dan
lipid merupakan biomolekul utama tubuh
 UNSUR TUBUH MANUSIA
• C = 50%
• O = 20%
• H = 10%
• N = 8,5%
• Ca = 2,5%
• K = 1%
• S = 0,8%
• Na = 0,4%
• Cl = 0,4%
• Mg = 0,1%
• Fe = 0,01%
• Mn = 0,001%
• I = 0,00005%
 BIOMOLEKUL PERSENTASE
• AIR 61,6 %
• PROTEIN 17,0 %
• LEMAK 13,8 %
• MINERAL 6,1 %
• KARBOHIDRAT 1,5 %
 BIOMOLEKUL DAN FUNGSI
• DNA → bahan genetik (gen)
• RNA → template (cetakan) → sintesa
protein (membawa pesan genetik)
• Protein → bahan enzim, hormon, antibodi
• Karbohidrat → sumber energi utama
• Lipid → membran sel, pelarut vitamin
ADEK, simpanan energi
 APA ITU SEL
• Sel merupakan unit fundamental biologi
• Sel merupakan unit terkecil organisme
yang mampu mempertahankan kehidupan
sendiri
• Sel mempunyai organel dengan fungsi
khusus
• Tiap organel menjalankan fungsi dengan
reaksi kimia masing-masing
 MANFAAT BIOKIMIA
• Hasil penelitian biokimia turut menentukan
diagnosis, prognosis dan pengobatan penyakit
• Pendekatan biokimia sering menjadi unsur
fundamental untuk menjelaskan sebab penyakit
dan merancang terapi yang tepat
• Penggunaan berbagai pemeriksaan biokimia
laboratorium secara bijaksana merupakan
komponen integral dalam penegakan diagnosis
dan pemantauan hasil terapi
 PENYEBAB PENYAKIT
(BIOKIMIA)
• Penyebab fisik: trauma mekanis, suhu tinggi/rendah,
perubahan mendadak tekanan atmosfer, radiasi, syok
listrik
• Penyebab kimia dan obat2an: toksin, obat
• Penyebab biologi: virus, riketsia, bakteri, fungus, parasit
• Kekurangan O2: penurunan sirkulasi darah, kekurangan
Hb, peracunan enzim oksidatif
• Genetik: kongenital, molekuler
• Reaksi imunologis: anafilaksis, hipersensitivitas,
autoimune
• Gangguan keseimbangan gizi: defisiensi gizi, kelebihan
gizi
• Gangguan keseimbangan hormon: defisiensi atau
kelebihan hormon
 Sejarah Biokimia
 Pertama, identifikasi unsur kimia penyusun mahluk hidup.

Unsur kimia utama

penyusun mahluk hidup
adalah bahan minor
penyusun kerak bumi
(kandungan utama 47% O,
28% Si, 7.9% Al, 4.5% Fe,
dan 3.5% Ca).
Enam unsur utama
penyusun sel hidup adalah:
C, H, N, O, P, dan S.

99% penyusun sel adalah H, O, N, dan C

Unsur Elektron bebas Jumlah Fraksi
H 1 2/3
O 2 1/4
N 3 1/70
C 4 1/10
Sebagian besar unsur penyusun bahan hidup memiliki berat atom yang rendah; H,
O, N dan C adalah unsur dengan berat atom relatif paling kecil yang masing-
masing mampu membentuk ikatan tunggal, rangkap, rangkap 3 dan rangkap 4.

Unsur dengan berat atom paling ringan

membentuk ikatan paling kuat
 Sejarah Biokimia
• Kemudian, identifikasi tipe molekul yang ditemukan dalam mahluk hidup

• Asam Amino

• Nukleotida

• Karbohidrat

• Lipida
 Sejarah Biokimia
 Selanjutnya memahami mekanisme biomolekul membuat mahluk hidup menjadi hidup
Tiga hal yang dibutuhkan sel

(1)ENERGI,
hal yang perlu
diketahui adalah
cara:
 Memperolehnya
 Mengubahnya
 Memanfaatkannya
 Tiga hal yang dibutuhkan sel

(2) MOLEKUL SEDERHANA ,

hal yang perlu diketahui
adalah cara:
• Mengubahnya
• Mempolimerisasikannya
• Mendegradasinya
 (3) MEKANISME KIMIA,
untuk:
• Memperoleh energi
• Menjalankan reaksi kimia secara berurutan
• Mensintesis & mendegradasi makromolekul
• Mempertahankan suatu keadaan steady
state yang dinamis
• Menggandakan diri secara akurat dan efisien
• Mempertahankan keteraturan proses
biokimia
 Atom Karbon yang sangat
lentur merupakan
tulangpunggung kehidupan
Konversi isomer kimia membutuhkan
pemutusan ikatan kovalen
 Stereoisomers:
Sama secara kimia,
berbeda secara biologi
 Stereoisomers:
Sama secara kimia,
berbeda secara biologi
 Transformasi Biokimia
dapat dikelompokkan ke
dalam 5 kelompok besar

• Reaksi pemindahan Gugus

• Reaksi Oksidasi-reduksi
• Penyusunan kembali
Rearrangements (isomerizations)
• Reaksi pemotongan
• Reaksi kondensasi
 Reaksi pemindahan gugus
• Salah satu jenis reaksi pemindahan gugus
adalah fosforilasi, yaitu, gugus fosfat
dipindahkan dari satu senyawa ke
senyawa lain. Umumnya sumber fosfat
adalah ATP.

2010/dr.rano/stikesmadani
2010/dr.rano/stikesmadani
 Reaksi pemecahan
• Ikatan dalam senyawa sering dipecahkan
dengan penambahan air. Sebagaimana
dalam gambar berikut.
• Komponen molekul air ditambahkan
kepada 2 atom yang terlibat dalam ikatan,
yang demikian menjadi terpisah. Reaksi ini
adalah kebalikan dari reaksi sebelumnya,
namun fosfat dibebaskan dalam bentuk
HPO3 bukan dalam bentuk ATP.
2010/dr.rano/stikesmadani
2010/dr.rano/stikesmadani
 Reaksi kondensasi
• Senyawa biasanya berkondensasi dengan
mengeliminasi air. Misalnya dalam gambar
berikut ini dimana 2 asam amino
berkondensasi membentuk ikatan peptida

2010/dr.rano/stikesmadani
2010/dr.rano/stikesmadani
 Reaksi penyusunan ulang
• Struktur ikatan dalam suatu senyawa
dapat disusun ulang untuk menghasilkan
senyawa yang berbeda. Misalnya aldehida
dapat disusun ulang untuk menjadi keton

2010/dr.rano/stikesmadani
2010/dr.rano/stikesmadani
 Reaksi oksidasi dan reduksi
• senyawa yang kehilangan elektron disebut
mengalami oksidasi, dan senyawa yang
menerima elektron disebut mengalami
reduksi. Sebagaimana dalam gambar
berikut:

2010/dr.rano/stikesmadani
2010/dr.rano/stikesmadani
 Biomolekul – Struktur
Anabolic
• Senyawa • Makromolekul
Pembangun • Polisakarida
• Gula sederhana • Protein (peptida)
• Asam amino • RNA or DNA
• Nukleotida • Lipid
• Asam lemak
Catabolic
 Biosintesis
Membutuhkan
molekul
sederhana
untuk dirangkai
secara kovalen
melalui
berbagai
kombinasi
 Kekuatan ikatan kimia
dipengaruhi oleh
1. Keelektronegatifan kedua atom
Keelectronegatifan tinggi =Kebutuhan akan elektron

• O 3.5 • P 2.1

• Cl 3.0 • H 2.1

• N 3.0 • Na 0.9

• K 0.8
• C 2.5
2. Jumlah elektron yang berikatan
Kekuatan beberapa ikatan
kimia:
Approx. Avg.

Triple: 820 kJ/mole

Double: 610 kJ/mole

Single: 350 kJ/mole

Gugus Fungsi yang
Umum
 Nukleofil
Biologi yang
Penting:

Gugus fungsi
yang kaya
elektron
BIOKIMIA di STIKES MADANI

2010/dr.rano/stikesmadani
 Yang dipelajari
• Aspek kimia dalam tubuh
• Enzim
• Oksidasi biologi
• Respirasi seluler dan siklus Krebs
• Metabolisme karbohidrat, protein, dan lipid
• Metabolisme heme
• Biokimia darah dan cairan elektrolit tubuh
• Imunokimia
• Keseimbangan asam basa
• Mineral
• Konsep laboratorium klinik
• Pemeriksaan darah
• Pemeriksaan urin
• Pemeriksaan sekret vagina
• Pemeriksaan cairan serebrospinal
• Pemeriksaan cairan limfe

2010/dr.rano/stikesmadani
 DAFTAR KEPUSTAKAAN
• Buku Utama
– Murray, R.K. 1996. Biokimia Harper. EGC,
Jakarta
– Davis, S.P. 1985. Prinsip-prinsip Biokimia.
Edisi 2. Jakarta
• Buku Penunjang
– Lekninger. 1993. Dasar-dasar Biokimia.
Jakarta
– Gernida. 1996. Biokimia I. Gramedia. Jakarta
2010/dr.rano/stikesmadani
 Alhamdulillah
semoga bermanfaat