BIOKIMIA

Pendahuluan
Pertemuan 1

Tim Dosen : Fakultas Pertanian

1. Dr. Ir. Yanisworo WR, M. Si
2. Ir. Ami Suryawati, MP UPN “Veteran” Yogyakarta
3. Drs.Husain Kasim, MP 2021
4. Endah Budi Irawati, SP, MP.
Deskripsi Mata Kuliah
Mata kuliah ini membahas tentang macam-macam
senyawa organik yang terdapat di dalam tanaman yaitu
karbohidrat, lipid, protein, asam nukleat mengenai
klasifikasi, fungsinya bagi tanaman, sifatnya, struktur
kimia serta metabolismenya (katabolisme dan
anabolisme) di dalam sel tanaman, juga mempelajari
enzim dan hormon tanaman.
Penilaian :

Kegiatan Persentase
UTS 30%
UAS 30%
Tugas 20%
Kuis 20%
 BIOKIMIA
Definisi
• Biokimia, berasal dari dua kata, yaitu bio (artinya hidup)
dan kimia.

• Biokimia adalah ilmu yang membahas tentang dasar-dasar

kimia dari kehidupan.
• Biokimia juga dapat diartikan sebagai ilmu yang membahas
tentang zat-zat kimia penyusun tubuh makhluk hidup, serta
reaksi-reaksi dan proses kimia, yang berlangsung di dalam
tubuh makhluk hidup.
• Ilmu yang mempelajari tentang senyawa organik sebagai
molekul dasar penyusun kehidupan (jasad hidup/
biomolekul)
Karbohidrat, lemak, protein, asam nukleat, fitohormon dll

• kimia dari bahan-bahan dan proses-proses yang terjadi

dalam mahluk hidup (tanaman), sebagai upaya untuk
memahami proses kehidupan.

JASAD HIDUP ADALAH ?

Struktur terkecil penyusun jasad hidup adalah?
APA PERBEDAAN BIOKIMIA DG KIMIA?
Jasad hidup/organisme:
▫ organisme (bahasa Yunani: organon yang
berarti alat) adalah kumpulan molekul-
molekul yang saling mempengaruhi
sedemikian hingga berfungsi secara stabil dan
memiliki sifat hidup.
Biokimia/Biochemistry :
Biokimia mempelajari kimia kehidupan
▫ bagaimana kehidupan bekerja pada tingkat molekuler
▫ jenis reaksi kimia apa yang terjadi dalam sel, dan
bagaimana reaksi ini memberi suatu organisme
karakteristik yang diamati.
Bidang ini tumpang tindih di banyak bidang dengan
disiplin ilmu seperti biologi molekuler dan genetika.
Banyak pengetahuan kimia yang terlibat - terutama
pengetahuan kimia organik, karena sebagian besar reaksi
penting yang terjadi dalam organisme melibatkan
senyawa karbon.
Kimia anorganik juga terlibat, karena banyak enzim
memiliki kofaktor logam-ion.
Kimia/Chemistry
• Kimia terdiri dari beberapa subdisiplin yang berbeda, yaitu
kimia fisik, anorganik dan organik.
• Dalam hal yang lebih luas berkaitan dengan struktur, perilaku
materi dan jenis senyawa reaksi.
• Garis pemisah antara biokimia dan kimia sedikit kabur, tetapi
secara umum, ahli kimia tertarik dalam merancang
bahan baru yang berguna, menemukan cara yang lebih efisien
untuk mensintesis bahan yang ada, atau memahami mengapa
zat memiliki sifat yang mereka lakukan

• Sementara ahli biokimia menggunakan kimia untuk

memahami mengapa dan bagaimana proses tertentu terjadi
pada organisme hidup.
Dengan belajar materi biokimia ini kita akan
mengenal :
1. Istilah dan struktur kimia biomolekul
2. Reaksi-reaksi kimia
3. Jalur metabolisme dan keterkaitan
metabolisme satu dengan lainnya.
4. Perolehan dan pemanfaatan energi oleh sel
5. Penyimpanan, pemindahan dan ekspresi
informasi genetika
Sejarah Biokimia
Penerapan biokimia sekitar 5000 tahun yang lalu dalam pembuatan
roti menggunakan khamir (yeast/fungi) – bir, wine, veneger/cuka

Kebangkitan biokimia diawali dengan penemuan penemuan :

o 1833 – Anselma Payen menemukan molekul enzim diastase
o Pertengahan abad 18 – Karl Wilhelm Scheele meneliti susunan kimia serta
mengisolasi beberapa ester dan kasein dari bahan alami
o Abad 19 – Frederich Wohler meneliti Urea, senyawa dalam urin dapat dibuat
dengan memanaskan alkali sianat dengan garam amonium (1828)
o Abad 19 – Edward dan Hans Buchner meneliti ekstrak dari sel ragi yang
telah rusak atau mati, tetapi dapat menyebabkan terjadinya proses peragian,
yang merupakan pembuka kemungkinan dilakukannya analisis reaksi-reaksi
biokimia dan proses biokimia.
o 1903 – Karl Nueberg mengemukakan istilah biokimia
o 1926 – J.B. Summer membuktikan bahwa enzim mempunyai struktur
kompleks dan dapat dipelajari
Dari perjalanan sejarah panjang biokimia itu maka
dapat diketahui tentang :

1. Identifikasi unsur kimia penyusun mahluk

hidup.

2. Identifikasi tipe molekul yang ditemukan

dalam mahluk hidup

3. Pemahaman mekanisme penyusunan

molekul sehingga terbentuk jasad hidup
Perkembangan Biokimia
• Abad 17 – Robert Hook mengobservasi sel menggunakan mikroskop,
hal ini mengingatkan pemahaman atas struktur yang kompleks.
• Abad 18 – penemuan gen dalam kromosom, muncul gagasan tentang
gen dari Gregor Mendel. Asam nukleat diisolasi oleh Friedrich
Miescher.
• Abad 20 – DNA membawa informasi genetik, 1953 James Watson dan
Francis Crick menjelaskan struktur DNA Heliks Ganda, ditemukan
teknik-teknik baru seperti kromatografi, difraksi sinar X, elektroforesis,
RMI, pelabelan radioisotop, mikroskop elektron, dan simulasi dinamika
molekuler.
• Teknik-teknik diatas memungkinkan penemuan dan analisis lebih
mendalam berbagai molekul dan jalur metabolik sel, seperti glikolisis
dan siklus Krebs.
• Penemuan vitamin, enzim adalah suatu protein
• Biokimia digunakan juga mulai dari genetika hingga biologi molekuler
Manfaat Ilmu Biokimia
• Peningkatan kualitas dan kuantitas produk pertanian
• Pengetahuan tentang dampak limbah/pulutan
• Pengetahuan tentang bahaya senyawa kimia beracun
• Pelestarian alam dan lingkungan
• Pengetahuan dibidang kecantikan
• Menjelaskan hal-hal dalam bidang farmakologi
• Menjelaskan hal-hal dalam bidang toksikologi
• Memecahkan masalah gizi dan penyakit karena kurang
gizi
 UNSUR KIMIA PENYUSUN MAHLUK HIDUP

C, H, O, N, P, S : penyusun utama, terdapat dlm jmlh yg

banyak, terdapat dalam semua jasad

Na, Mg, K, Ca, Cl : penyusun utama berikutnya, terdapat

dalam semua jasad hidup

Mn, Fe, Co, Cu, Zn : Jumlah sangat sedikit, esensial bagi

semua jasad hidup

V, Cr, Mo, B, Al, Ga, Sn, Si, As, Se, I : Jumlah sangat sedikit,
esensial bagi jasad hidup
tertentu
 Tabel Periodik Unsur

Keterangan :
penyusun utama, terdapat dlm jmlh yg banyak, terdapat dalam semua jasad
Unsur kimia
penyusun utama berikutnya, terdapat dalam semua jasad hidup
penyusun mahkluk
Jumlah sangat sedikit, esensial bagi semua jasad hidup hidup
Jumlah sangat sedikit, esensial bagi jasad hidup tertentu
99% penyusun sel adalah C, H, O, dan N

 IKATAN ANTAR UNSUR DALAM BIOMOLEKUL KUAT,

KARENA BERUPA IKATAN KOVALEN (SHARING ELEKTRON)

 ATOM C MERUPAKAN RANGKA BAGI BIOMOLEKUL

 MOLEKUL BERUPA POLIMER

Jumlah elektron yang tidak berpasangan
jumlah elektron dalam kulit terluar yang lengkap
IKATAN KOVALEN KARBON (C)
IKATAN KOVALEN KARBON (C)
KEKUATAN IKATAN YANG UMUM DALAM BIOMOLEKUL
 C, H, O, dan N adalah unsur dengan berat atom
relatif paling kecil, masing-masing mampu
membentuk ikatan tunggal,
rangkap 2 dan rangkap 3.
 Semakin banyak ikatan rangkapnya semakin
susah direaksikan/dipisahkan
 Energi yang dibutuhkan untuk memisahkan N2
(ikatan rangkap tiga) adalah sebesar 930 kJ/mol
MOLEKUL DASAR YG DITEMUKAN DALAM MAHLUK HIDUP
• Asam Amino

O
CH2OH O

• Gula sederhana H
C
C
H
OH C O
H
C
C
H
OH
H C OH HO C H
H C OH
H C OH H C OH H C OH
H C OH
CH2OH H C OH
CH2OH
CH2OH

• Asam lemak

• Nukleotida

GUGUS FUNGSI YG DITEMUKAN PD MOLEKUL DSR DI ATAS:

KARBOKSIL, ALDEHID, KETON, HIDROKSI, DAN FOSFAT
 CH2OH
C O
HO C H
H C OH
CH2OH

O
C H
H C OH
H C OH
H C OH
H C OH
CH2OH
Gugus fungsi yg ditemukan pada biomolekul
ORGANISASI MOLEKULER SEL HIDUP
 UNSUR
 MONOMER
 POLIMER
 SUPRAMOLEKUL
 ORGANEL
 SEL
 ORGAN/JARINGAN
 JASAD HIDUP
• UNSUR MEMBENTUK MOLEKUL DASAR/MONOMER
• MONOMER MEMBENTUK POLIMER
• POLIMER BERGABUNG MEMBENTUK SUPRAMOLEKUL
• SUPRA MOLEKUL MENYUSUN ORGANEL DAN
SITOPLASMA SEL
 STRUKTUR BIOMOLEKUL

Anabolik

Senyawa dasar/
Penyusun/monomer : Polimer :
• Gula sederhana • Polisakarida
• Asam amino • Protein (peptida)
• Nukleotida • RNA or DNA
• Asam lemak • Lipida

Katabolik
 ORGANISASI MOLEKULER SEL HIDUP

lipids proteins carbo nucleic acids

monomer fatty acid amino acid glucose nucleotide

polymer phospholipid protein subunit cellulose DNA

supramolecular membrane protein complex cell wall chromosome

structure
 ORGANISASI MOLEKULER SEL HIDUP
monomer fattylemak
Asam acid aminoamino
Asam acid glucose nucleotide

polimer phos pholipid protein subunit cellulose DNA

lipida

supramolekul Lapisan
membrane protein complex
Enzim cell wall
lignoselulosa chromosome
Kromosom
phospholipid
Organel/
bagian sel Membran Sitoplasma Dinding sel Inti sel

SEL SEL

ORGAN ORGAN
JASAD HIDUP
JASAD HIDUP
 LIPIDA

monomer fatty acid

polymer phospholipid

supramolecular
membrane
structure
 Proteins

monomer amino acid

polymer protein subunit

supramolecular
structure Enzyme complex
 Carbohydrates

monomer glucose

polymer cellulose

supramolecular
structure cell wall
 Asam nukleat

monomer nucleotide

polymer DNA

supramolecular
chromatin
structure
 JASAD HIDUP ADALAH ?
Struktur terkecil penyusun jasad hidup adalah?

TIPE SEL: PROKARIOT DAN EUKARIOT

SEL PROKARIOT SEL EUKARIOT
SEL EUKARIOT
 VIRUS

Sifat-sifat virus
• Merupakan jasad hidup yang ukurannya sangat kecil,
hanya dapat dilihat dgn mikroskop elektron
• tersusun atas satu molekul DNA atau RNA dan protein
selubung/CAPSID.
• tidak dapat membelah secara mandiri
• tidak dapat menghasilkan energi sendiri.
• parasit obligat pada manusia, hewan, tumbuhan, bakteri,
aktinomycetes dll.
Anatomy of a Virus
UKURAN VIRUS
Anabolism and Catabolism