BIOKIMIA

Tujuan Perkuliahan

• Mengenalkan dan memahamkan

bahasa biokimia : Kosakata (istilah dan
struktur kimia), tatabahasa (reaksi-
reaksi kimia), struktur kalimat (jalur
metabolisme) dan arti (keterkaitan
metabolik)
 Apa itu Biokimia?
• Definisi:
– Webster’s dictionary: Bios = Yunani,
artinya “hidup” “Kimia mahluk hidup; Kimia
yang terjadi dan menjadi ciri kehidupan.”
– WebNet dictionary: “Biokimia adalah
kimia dari bahan-bahan dan proses-
proses yang terjadi dalam tubuh mahluk
hidup; sebagai upaya untuk memahami
proses kehidupan dari sisi kimia.“
 Apa itu biokimia?

 Pemahaman bentuk dan fungsi

biologis dari sudut pandang kimia
 Bertujuan untuk memahami interaksi
molekul-molekul tak hidup yang
menghasilkan fenomena kompleks dan
efisien yang menjadi ciri-ciri
kehidupan serta menjelaskan
keseragaman kimia dari kehidupan
yang beragam.
 Hal -hal yang dipelajari

 Struktur kimia dan bentuk tiga dimensi molekul

biologi
 Interaksi antar biomolekul
 Sintesis dan degradasi biomolekul dalam sel
 Perolehan dan pemanfaatan energi oleh sel
 Mekanisme pengorganisasian biomolekul dan
pengkoordinasian aktifitasnya
 Penyimpanan, pemindahan dan ekspresi
informasi genetika
 Sejarah Biokimia
 Pertama, identifikasi unsur kimia penyusun mahluk hidup.
Unsur kimia utama
penyusun mahluk hidup
adalah bahan minor
penyusun kerak bumi
(kandungan utama 47% O,
28% Si, 7.9% Al, 4.5% Fe,
dan 3.5% Ca).
Enam unsur utama
penyusun sel hidup adalah:
C, H, N, O, P, dan S.

99% penyusun sel adalah H, O, N, dan C

Unsur Elektron bebas Jumlah Fraksi
H 1 2/3
O 2 1/4
N 3 1/70
C 4 1/10
Sebagian besar unsur penyusun bahan hidup memiliki berat atom yang
rendah; H, O, N dan C adalah unsur dengan berat atom relatif paling kecil
yang masing- masing mampu membentuk ikatan tunggal, rangkap, rangkap 3
dan rangkap 4.

Unsur dengan berat atom paling ringan

membentuk ikatan paling kuat
 Sejarah Biokimia
• Kemudian, identifikasi tipe molekul yang ditemukan dalam mahluk hidup

• Asam Amino

• Nukleotida

• Karbohidrat

• Lipida
 Sejarah Biokimia
 Selanjutnya memahami mekanisme biomolekul membuat mahluk hidup
menjadi hidup
 Hubungan antara
Biokimia dan ilmu lainnya

 Kimia Organik yang mempelajari sifat-sifat

biomolekul.
 Biofisika, yang memanfaatkan teknik-teknik fisika
untuk mempelajari struktur biomolekul.
 Nutrisi, yang memanfaatkan pengetahuan tentang
metabolisme untuk menjelaskan kebutuhan
makanan bagi mahluk hidup mempertahankan
kehidupan normalnya.
 Kesehatan, yang mencari pemahaman tentang
keadaan sakit dari sudut pandang molekular.
 Hubungan antara Biokimia
dan ilmu lainnya

• Mikrobiologi, yang menunjukkan bahwa

organisme sel tunggal dan virus cocok untuk
digunakan sebagai sarana mempelajari jalur-jalur
metabolisme dan mekanisme pengendaliannya.
• Fisiologi, yang mempelajari proses kehidupan
pada tingkat jaringan dan organisme.
• Biologi sel, yang mempelajari pembagian kerja
biokimia dalam sel.
• Genetika, yang mempelajari mekanisme
penyusunan identitas biokimia sel.
 Tiga hal yang dibutuhkan sel

(1) ENERGI ,
hal yang
perlu
dik et ahui
adalah c ara:

 Memperolehnya
 Mengubahnya
 Memanfaatkannya
 Tiga hal yang dibutuhkan sel

(2) ) MOLEKUL SEDERHANA

,
hal yang perlu dik et
ahui adalah c ara:
• Mengubahnya
• Mempolimerisasika
nnya
• Mendegradasinya
 (3 ) MEKANISME KIMIA , unt
• uk Memperoleh
: energi
• Menjalankan reaksi kimia secara berurutan
• Mensintesis & mendegradasi makromolekul
• Mempertahankan suatu keadaan steady
state yang dinamis
• Swarakit kembali struktur yang kompleks
• Menggandakan diri secara akurat dan efisien
• Mempertahankan keteraturan proses biokimia
St r a t e g i s e l # 1 : m a k h l u k
h i d u p m enggunak an sist em
reak si
k im ia berpasangan unt uk
m endorong reak si yang
s u l i t t erjadi
St r a t e g i sel #2 : m
ak hluk hidup m
enggunak an enzim unt
uk
m em perc epat
reak si
y a n g sem est inya
lam bat
B a g a i m a n a e n zi m
b i s a m em perc epat
reak si?
Penjelasan t erm
odinam i s
Bagaim ana enzim bisa
m em perc epat
reak si? Penjelasan
m ek anist i s
At om K arbon yang sangat lent
ur m erupak an t
ulangpunggung
k ehidupan
K onversi i som er k im ia
m em but uhk anpem ut
usan i k at an k ovalen
St ereoisom ers:
Sam a sec ara k im ia,
berbeda sec ara biologi
St ereoisom ers:
Sam a sec ara k im ia,
berbeda sec ara biologi
 Transformasi Biokimia
dapat dikelompokkan ke
dalam 5 kelompok besar

• Reaksi pemindahan Group

• Reaksi Oksidasi-reduksi
• Penyusunan kembali
Rearrangements (isomerizations)
• Reaksi pemotongan
• Reaksi kondensasi
 Biom olek ul – St rukt
ur
Anabolic
• Senyawa • Makromolekul
Pembangun • Polisakarida
• Gula • Protein (peptida)
sederhana • RNA or DNA
• Asam • Lipid
amino
• Nukleotida
• Asam
Biosint esis
Mem but uhk
an m olek ul
sederhana
unt uk dirangk ai
sec ara k
ovalen m elalui
berbagai
k om
binasi
 Kekuatan ikatan kimia
dipengaruhi oleh
1 . K eelek t ronegat ifan k edua at om

Keelectronegatifan tinggi =Kebutuhan akan elektron

• O 3.5 • P 2.1

• Cl 3.0 • H 2.1

• Na
• N 3.0
0.9

• C 2.5 • K 0.8
2 . J um lah elek t ron yang berik at
an
K ek uat an beberapa
ik at an k im ia:

Approx. Avg.

Triple: 820 kJ/mole

Double: 610 kJ/mole

Single: 350 kJ/mole

Gugus Fungsi yang
Um um
Nuk leofil
Biologi yang
Pent ing:

Gugus fungsi
yang k aya
elekt ron
BIOKIMIA
(MKS1002A)
drs. Winarto Hariadi, M.Si.
Dr. Sedyo Hartono
Dr. Irfan D. Prijambada
 J a d u a l & SA P
No. Topik Kuliah Tanggal Dosen
1. Pendahuluan : 27-08-2007 Dr. Irfan D. Prijambada
- Konsep dasar biokimia
- Reaksi-reaksi biokimia
2. Air dan Buffer 03-09-2007 Drs. Winarto Hariadi, M.Si.
3. Karbohidrat I 10-09-2007 Drs. Winarto Hariadi, M.Si.
- Tinjauan umum
- Monosakarida
- Disakarida
- Polisakarida
4. Karbohidrat II 17-09-2007 Drs. Winarto Hariadi, M.Si.
- Reaksi monosakarida
- Ikatan glikosida
- Fungsi karbohidrat
5. Asam Amino dan Protein I 24-09-2007 Drs. Winarto Hariadi, M.Si.
- Tinjauan umum
- Asam Amino
- Biosintesis asam amino
 J a d u a l & SA P
No. Topik Kuliah Tanggal Dosen
6. Asam Amino dan Protein II 01-10-2007 Dr. Irfan D. Prijambada
- Peptida
- Struktur protein
- Fungsi asam amino dan protein
- Biosintesis protein
7. Ujian tengah semester Jadual dari Topik Kuliah 1 s/d 6
Fakultas
8. Lipida I 05-11-2007 Dr. Irfan D. Prijambada
- Tinjauan umum
- Asam lemak jenuh & tak jenuh
- Reaksi asam lemak
9. Lipida II 12-11-2007 Dr. Irfan D. Prijambada
- Fungsi asam lemak dan lipid
- Biosintesis asam lemak
 J a d u a l & SA P
No. Topik Kuliah Tanggal Dosen
10. Asam nukleat I 19-11-2007 Dr. Sedyo Hartono
- Tinjauan umum
- Nukleosida dan nukleotida
11. Asam nukleat II 26-11-2007 Dr. Sedyo Hartono
- Struktur DNA dan RNA
- Informasi genetik
12. Enzim 03-12-2007 Dr. Sedyo Hartono
- Tinjauan umum
- Klassifikasi enzim
- Koenzim dan kofaktor
- Mekanisme dan kinetika kerja enzim
- Penghambatan
 J a d u a l & SA P
No. Topik Kuliah Tanggal Dosen
13. Metabolisme I 10-12-2007 Dr. Sedyo hartono
- Tinjauan umum
- Jalur metabolisme
14. Metabolisme II 17-12-2007 Dr. Sedyo Hartono
- Bioenergetika
- Kontrol metabolisme
15. Ujian Akhir Semester Jadual dari Topik Kuliah 8 s/d
Fakultas 14
 Buk u Ac uan
• Trudy McKee and James McKee. 2003.
Biochemistry: The Molecular Basis of Life.
Third edition. McGraw-Hill, Boston.
• Lehninger, Nelson, & Cox. 1997. Principles of
Biochemistry.2nd edition. Worth Publishers.
• Albert L. Lehninger. 1995. Dasar-dasar
Biokimia. (Alih bahasa: Maggy Thenawidjaja).
Penerbit Erlangga, Jakarta.
• David S. Page. 1995. Prinsip-prinsip Biokimia.
Penerbit Unair, Surabaya.
• Soeharsono. 1982. Biokimia I dan II. Gadjah
Mada University Press, Yogyakarta.
 Penilaian
 Total Nilai Ujian + Mid + Tugas dari 4 dosen dibagi 4
(Rata-rata dari Nilai Dosen I + II + III + IV)
 Pengharkatan
A : > rata-rata kelas + 1,5 x stdev
B : < rata-rata kelas + 1,5 x stdev &
>rata-rata kelas + 0,5 x stdev
C : < rata-rata kelas + 0,5 x stdev &
> rata-rata kelas – 0,5 x stdev
D: < rata-rata kelas – 0,5 x
stdev &
>rata-rata kelas – 1,5 x stdev
E: < rata-rata kelas – 1,5 x
stdev
 Tata Tertib Kuliah

 Tepat waktu, toleransi maks. 15 menit

 Tidak Berisik
 HP tidak diaktifkan
 Hadir minimal 70%
 Paham bahasa Indonesia & Inggris
 Baca salah satu / dua buku acuan
 Kerjakan Tugas, Mid, & Ujian
 Kesimpulan

• Karbon dengan struktur tetrahedral

memiliki sifat ikatan yang luwes
• Senyawa yang memiliki banyak atom
dapat memiliki bentuk isomerik
• Untuk konversi perlu terjadinya
pemecahan ikatan kimia
• Molekul berukuran besar dibentuk oleh
molekul berukuran kecil melalui
pembentukan ikatan baru