SEJARAH DAN RUANG LINGKUP

BIOKIMIA

Dr. warsinah
Dr. Amin Fatoni
Tujuan Perkuliahan
Mengenalkan dan memahamkan
bahasa biokimia : Kosakata (istilah
dan struktur kimia), tatabahasa
(reaksi-reaksi kimia), struktur
kalimat (Jalur metabolisme) dan arti
(keterkaitan metabolik)
Apa itu Biokimia?
Definisi:
Webster’s dictionary: Bios = Yunani,
artinya “hidup” “Kimia mahluk hidup;
Kimia yang terjadi dan menjadi ciri
kehidupan.”
WebNet dictionary: “Biokimia adalah
kimia dari bahan-bahan dan proses-proses
yang terjadi dalam tubuh mahluk hidup;
sebagai upaya untuk memahami proses
kehidupan dari sisi kimia.“
Ø Pemahaman bentuk dan fungsi
biologis dari sudut pandang kimia

Ø Bertujuan untuk memahami

interaksi molekul-molekul tak hidup
yang menghasilkan fenomena
kompleks dan efisien yang menjadi
ciri-ciri kehidupan serta
menjelaskan keseragaman kimia
dari kehidupan yang beragam.
Hal-hal yang dipelajari
Ø Struktur kimia dan bentuk tiga dimensi molekul
biologi
ØInteraksi antar biomolekul
ØSintesis dan degradasi biomolekul dalam sel
ØPerolehan dan pemanfaatan energi oleh sel
Ø Mekanisme pengorganisasian biomolekul dan
pengkoordinasian aktifitasnya
Ø Penyimpanan, pemindahan dan ekspresi
informasi genetika
Hubungan antara Biokimia dan
ilmu lainnya
ØKimia Organik yang mempelajari sifat-sifat
biomolekul.
ØBiofisika, yang memanfaatkan teknik-teknik
fisika untuk mempelajari struktur biomolekul.
ØNutrisi, yang memanfaatkan pengetahuan
tentang metabolisme untuk menjelaskan
kebutuhan makanan bagi mahluk hidup
mempertahankan kehidupan normalnya.
ØKesehatan, yang mencari pemahaman tentang
keadaan sakit dari sudut pandang molekular.
Mikrobiologi, yang menunjukkan bahwa
organisme sel tunggal dan virus cocok untuk
digunakan sebagai sarana mempelajari jalur-
jalur metabolisme dan mekanisme
pengendaliannya.

Fisiologi, yang mempelajari proses kehidupan

pada tingkat jaringan dan organisme.

Biologi sel, yang mempelajari pembagian kerja

biokimia dalam sel.

Genetika, yang mempelajari mekanisme

penyusunan identitas biokimia sel.
 Tiga hal yang dibutuhkan sel
(1)ENERGI,
hal yang perlu diketahui adalah cara:
ØMemperolehnya
Ø Mengubahnya
Ø Memanfaatkannya

(2) MOLEKUL SEDERHANA ,

hal yang perlu diketahui adalah cara:

Mengubahnya
Mempolimerisasikannya
Mendegradasinya
 (3) MEKANISME KIMIA, untuk:
• Memperoleh energi
• Menjalankan reaksi kimia secara berurutan
• Mensintesis & mendegradasi makromolekul
• Mempertahankan suatu keadaan steady
state yang dinamis
• Swarakit (self assemble ) kembali struktur
yang kompleks
• Menggandakan diri secara akurat dan
efisien
• Mempertahankan keteraturan proses
biokimia
 SEJARAH BIOKIMIA
Ø Pertama, identifikasi unsur kimia penyusun mahluk hidup.

Unsur kimia utama

penyusun mahluk hidup
adalah bahan minor
penyusun kerak bumi
(kandungan utama 47% O,
28% Si, 7.9% Al, 4.5% Fe,
dan 3.5% Ca).
Enam unsur utama
penyusun sel hidup
adalah: C, H, N, O, P, dan
S.

99% penyusun sel adalah H, O, N, dan C

Unsur Elektron bebas Jumlah Fraksi
H 1 2/3
O 2 1/4
N 3 1/70
C 4 1/10
Sebagian besar unsur penyusun bahan hidup memiliki berat atom yang
rendah; H, O, N dan C adalah unsur dengan berat atom relatif paling kecil
yang masing-masing mampu membentuk ikatan tunggal, rangkap, rangkap 3
dan rangkap 4.

Unsur dengan berat atom paling ringan

membentuk ikatan paling kuat
Strategi sel #1: mahluk hidup menggunakan
sistem reaksi kimia berpasangan untuk
mendorong reaksi yang sulit terjadi
Strategi sel #2: mahluk hidup menggunakan
enzim untuk mempercepat reaksi yang
semestinya lambat
Bagaimana enzim bisa mempercepat
reaksi? Penjelasan termodinamis
Bagaimana enzim bisa mempercepat reaksi?
Penjelasan mekanistis
Atom Karbon yang sangat lentur
merupakan tulangpunggung kehidupan
Isomer Kimia
Rumus kimia sama, bentuk berbeda
STEREOISOMERS:
SAMA SECARA KIMIA,
BERBEDA SECARA BIOLOGI
STEREOISOMERS:
SAMA SECARA KIMIA,
BERBEDA SECARA BIOLOGI
 Transformasi Biokimia dapat
dikelompokkan ke dalam 5 kelompok
besar

¢Reaksi pemindahan Group

¢Reaksi Oksidasi-reduksi
¢Penyusunan kembali
Rearrangements
(isomerizations)
¢Reaksi pemotongan
¢Reaksi kondensasi
 BIOMOLEKUL – STRUKTUR

Anabolic
¢Senyawa • Makromolekul
Pembangun • Polisakarida
¢Gula
• Protein
sederhana
(peptida)
¢Asam amino
¢Nukleotida
• RNA or DNA
¢Asam lemak • Lipid
Catabolic
BIOSINTESIS
MEMBUTUHKAN
MOLEKUL
SEDERHANA UNTUK
DIRANGKAI SECARA
KOVALEN MELALUI
BERBAGAI
KOMBINASI
 Kekuatan ikatan kimia
dipengaruhi oleh
1. KEELEKTRONEGATIFAN KEDUA ATOM

Keelektronegatifan tinggi =Kebutuhan akan elektron

¢ O 3.5 • P 2.1

¢ Cl 3.0 • H 2.1

• Na 0.9
¢ N 3.0
• K 0.8
¢ C 2.5
2. JUMLAH ELEKTRON YANG BERIKATAN
KEKUATAN BEBERAPA IKATAN KIMIA:

Approx. Avg.

Triple: 820 kJ/mole

Double: 610 kJ/mole

Single: 350 kJ/mole

GUGUS FUNGSI YANG UMUM
NUKLEOFIL BIOLOGI
YANG PENTING:

GUGUS FUNGSI YANG

KAYA ELEKTRON
terimakasih