I.

PENGANTAR DAN FALSAFAH BIOKIMIA

 What is Biochemistry

• Biokimia adalah ilmu yang mempelajari struktur,

organisasi, dan fungsi materi hidup pada tingkat
molekul.
• Biokimiawan mempertanyakan:
– Bagaimana struktur kimia dari materi hidup?
– Bagaimana interaksi dari materi hidup sehingga dapat
membentuk supramolekul, sel, jaringan multisel dan
organisma?
– Bagaimana materi hidup dapat mengambil energi dari
lingkungan?
– Bagaimana organisma dapat menyimpan dan meneruskan
informasi yang diperlukan untuk pertumbuhan dan
reproduksi?
– Perubahan kimia apa yang menyertai reproduksi, penuaan,
kematian sel atau organisma?
– Bagaimana reaksi kimia dikendalikan di dalam sel?
 Apa itu biokimia?

Pemahaman bentuk dan fungsi

biologis dari sudut pandang kimia
Bertujuan untuk memahami interaksi
molekul-molekul tak hidup yang
menghasilkan fenomena kompleks dan
efisien yang menjadi ciri-ciri kehidupan
serta menjelaskan keseragaman kimia
dari kehidupan yang beragam.
Pembagian kajian
biokimia

Struktur &
Fungsi Biomolekul

Informasi
Metabolisme Genetika
 Biokimia sebagai
interdisiplin ilmu

Kedokteran
Nutrisi
Kimia organik

Genetik Biokimia Mikrobiologi

Biofisik Fisiologi
Biologi sel
 Sejarah
biokimia

Percobaan Wohler (1828)

O
+NH -
4NCO H2N C NH2

Amonium Urea
sianat
 Sejarah Biokimia
 Pertama, identifikasi unsur kimia penyusun mahluk hidup.
Unsur kimia utama
penyusun mahluk hidup
adalah bahan minor
penyusun kerak bumi
(kandungan utama 47% O,
28% Si, 7.9% Al, 4.5% Fe,
dan 3.5% Ca).
Enam unsur utama
penyusun sel hidup adalah:
C, H, N, O, P, dan S.

99% penyusun sel adalah H, O, N, dan C

Unsur Elektron bebas Jumlah Fraksi
H 1 2/3
O 2 1/4
N 3 1/70
C 4 1/10
Sebagian besar unsur penyusun bahan hidup memiliki berat atom yang
rendah; H, O, N dan C adalah unsur dengan berat atom relatif paling
kecil yang masing-masing mampu membentuk ikatan tunggal, rangkap,
rangkap 3 dan rangkap 4.

Unsur dengan berat atom paling ringan

membentuk ikatan paling kuat
 Sejarah Biokimia
• Kemudian, identifikasi tipe molekul yang ditemukan dalam mahluk hidup

• Asam Amino

• Nukleotida

• Karbohidrat

• Lipida
Keunikan atom karbon
Keunikan atom karbon
Gugus Fungsi yang
Umum
 Transformasi Biokimia
dapat dikelompokkan ke
dalam 5 kelompok besar

• Reaksi pemindahan Group

• Reaksi Oksidasi-reduksi
• Penyusunan kembali
Rearrangements (isomerizations)
• Reaksi pemotongan
• Reaksi kondensasi
 memahami mekanisme biomolekul membuat mahluk hidup menjadi hidup
Sel mengandung kumpulan
molekul kecil
 Ciri pembeda mahluk hidup

• Derajat kekompleksan kimia dan organisasi

mikroskopi tinggi
• Sistem mengesktrak, mengubah, dan menggunakan
energi dari lingkungan
• Fungsi terdefinisi dari tiap komponen organisme dan
interaksi-interaksi teratur diantara mereka
• Mekanisme mengindera dan menanggapi perubahan
lingkungannya
• Kemampuan replikasi sendiri dan pemasangan
sendiri
• Kemampuan berubah dalam waktu lama panjang
melalui evolusi bertahap
Hierarki struktur pada
organisasi sel
 Tiga hal yang dibutuhkan sel

(1)ENERGI,
hal yang perlu
diketahui adalah
cara:

 Memperolehnya
 Mengubahnya
 Memanfaatkannya
 Tiga hal yang dibutuhkan sel

(2) MOLEKUL SEDERHANA ,

hal yang perlu diketahui
adalah cara:
• Mengubahnya
• Mempolimerisasikannya
• Mendegradasinya
 (3) MEKANISME KIMIA, untuk:
• Memperoleh energi
• Menjalankan reaksi kimia secara berurutan
• Mensintesis & mendegradasi makromolekul
• Mempertahankan suatu keadaan steady state
yang dinamis
• Swarakit kembali struktur yang kompleks
• Menggandakan diri secara akurat dan efisien
• Mempertahankan keteraturan proses biokimia
Strategi sel #1: mahluk hidup
menggunakan sistem reaksi
kimia berpasangan untuk
mendorong reaksi yang sulit
terjadi
Strategi sel #2: mahluk hidup
menggunakan enzim untuk
mempercepat reaksi yang
semestinya lambat
Bagaimana enzim bisa
mempercepat reaksi?
Penjelasan termodinamis
 Biomolekul – Struktur

Anabolic
• Senyawa • Makromolekul
Pembangun • Polisakarida
• Gula sederhana • Protein (peptida)
• Asam amino • RNA or DNA
• Nukleotida • Lipid
• Asam lemak
Catabolic
Biosintesis
Membutuhkan
molekul
sederhana
untuk dirangkai
secara kovalen
melalui
berbagai
kombinasi
Nukleofil
Biologi yang
Penting:

Gugus fungsi
yang kaya
elektron
 Dasar fisika

• Sel hidup dan organisme harus melakukan kerja agar

tetap hidup dan bereproduksi
• Dalam evolusi, sel telah berkembang ke arah
mekanisme efisien tinggi untuk memperoleh dan
menggunakan energi
• Organisme hidup berada dalam keadaan “steady”
(stabil) dinamik, tidak pernah mencapai
kesetimbangan dengan lingkungan
• Organisme mengubah materi dan energi dari
lingkungannya
• Aliran elektron menyediakan energi untuk
organisme
• Metabolisme diatur agar mencapai keseimbangan
 Dasar genetika

• Keberlanjutan genetik ditentukan dalam

molekul DNA tunggal
• Struktur DNA memungkin untuk replikasi
dan perbaikan
• Urutan linier DNA menyandi struktur 3D
protein
Replikasi DNA Ekspresi gen
 Kesimpulan

• Karbon dengan struktur tetrahedral

memiliki sifat ikatan yang luwes
• Senyawa yang memiliki banyak atom
dapat memiliki bentuk isomerik
• Untuk konversi perlu terjadinya
pemecahan ikatan kimia
• Molekul berukuran besar dibentuk oleh
molekul berukuran kecil melalui
pembentukan ikatan baru