SELAMAT DATANG DI

PERKULIAHAN
BIOKIMIA
Tujuan Perkuliahan
Mengenalkan dan memahamkan
bahasa biokimia : Kosakata (istilah dan
struktur kimia), tatabahasa (reaksi-
reaksi kimia), struktur kalimat (Jalur
metabolisme) dan arti (keterkaitan
metabolik)

Apa itu Biokimia?
Definisi:
Websters dictionary: Bios = Yunani,
artinya hidup Kimia mahluk hidup; Kimia
yang terjadi dan menjadi ciri kehidupan.
WebNet dictionary: Biokimia adalah kimia
dari bahan-bahan dan proses-proses yang
terjadi dalam tubuh mahluk hidup; sebagai
upaya untuk memahami proses kehidupan
dari sisi kimia.
Apa itu biokimia?
Pemahaman bentuk dan fungsi
biologis dari sudut pandang kimia
Bertujuan untuk memahami interaksi
molekul-molekul tak hidup yang
menghasilkan fenomena kompleks dan
efisien yang menjadi ciri-ciri kehidupan
serta menjelaskan keseragaman kimia
dari kehidupan yang beragam.
Hal-hal yang dipelajari
Struktur kimia dan bentuk tiga dimensi molekul
biologi
Interaksi antar biomolekul
Sintesis dan degradasi biomolekul dalam sel
Perolehan dan pemanfaatan energi oleh sel
Mekanisme pengorganisasian biomolekul dan
pengkoordinasian aktifitasnya
Penyimpanan, pemindahan dan ekspresi
informasi genetika
Sejarah Biokimia
Pertama, identifikasi unsur kimia penyusun mahluk hidup.
Enam unsur utama
penyusun sel hidup adalah:
C, H, N, O, P, dan S.
Unsur kimia utama
penyusun mahluk hidup
adalah bahan minor
penyusun kerak bumi
(kandungan utama 47% O,
28% Si, 7.9% Al, 4.5% Fe,
dan 3.5% Ca).
99% penyusun sel adalah H, O, N, dan C
Unsur Elektron bebas Jumlah Fraksi
H 1 2/3
O 2 1/4
N 3 1/70
C 4 1/10
Unsur dengan berat atom paling ringan
membentuk ikatan paling kuat
Sebagian besar unsur penyusun bahan hidup memiliki berat atom yang
rendah; H, O, N dan C adalah unsur dengan berat atom relatif paling
kecil yang masing-masing mampu membentuk ikatan tunggal, rangkap,
rangkap 3 dan rangkap 4.
Sejarah Biokimia
Kemudian, identifikasi tipe molekul yang ditemukan dalam mahluk hidup
Asam Amino



Nukleotida


Karbohidrat


Lipida

Sejarah Biokimia
Selanjutnya memahami mekanisme biomolekul membuat mahluk hidup
menjadi hidup
Hubungan antara
Biokimia dan ilmu lainnya
Kimia Organik yang mempelajari sifat-sifat
biomolekul.
Biofisika, yang memanfaatkan teknik-teknik fisika
untuk mempelajari struktur biomolekul.
Nutrisi, yang memanfaatkan pengetahuan tentang
metabolisme untuk menjelaskan kebutuhan
makanan bagi mahluk hidup mempertahankan
kehidupan normalnya.
Kesehatan, yang mencari pemahaman tentang
keadaan sakit dari sudut pandang molekular.
Mikrobiologi, yang menunjukkan bahwa
organisme sel tunggal dan virus cocok untuk
digunakan sebagai sarana mempelajari jalur-jalur
metabolisme dan mekanisme pengendaliannya.
Fisiologi, yang mempelajari proses kehidupan
pada tingkat jaringan dan organisme.
Biologi sel, yang mempelajari pembagian kerja
biokimia dalam sel.
Genetika, yang mempelajari mekanisme
penyusunan identitas biokimia sel.
Hubungan antara Biokimia
dan ilmu lainnya
(1)ENERGI,
hal yang perlu
diketahui adalah
cara:

Memperolehnya
Mengubahnya
Memanfaatkannya
Tiga hal yang dibutuhkan sel
(2) MOLEKUL SEDERHANA ,
hal yang perlu diketahui
adalah cara:
Mengubahnya
Mempolimerisasikannya
Mendegradasinya

Tiga hal yang dibutuhkan sel
(3) MEKANISME KIMIA, untuk:
Memperoleh energi
Menjalankan reaksi kimia secara berurutan
Mensintesis & mendegradasi makromolekul
Mempertahankan suatu keadaan steady state
yang dinamis
Swarakit kembali struktur yang kompleks
Menggandakan diri secara akurat dan efisien
Mempertahankan keteraturan proses biokimia
Strategi sel #1: mahluk hidup
menggunakan sistem reaksi
kimia berpasangan untuk
mendorong reaksi yang sulit
terjadi
Strategi sel #2: mahluk hidup
menggunakan enzim untuk
mempercepat reaksi yang
semestinya lambat
Bagaimana enzim bisa
mempercepat reaksi?
Penjelasan termodinamis
Bagaimana enzim bisa
mempercepat reaksi?
Penjelasan mekanistis
Atom Karbon yang sangat lentur
merupakan tulangpunggung
kehidupan
Konversi isomer kimia
membutuhkan pemutusan
ikatan kovalen
Stereoisomers:
Sama secara kimia,
berbeda secara biologi
Stereoisomers:
Sama secara kimia,
berbeda secara biologi
Transformasi Biokimia
dapat dikelompokkan ke
dalam 5 kelompok besar
Reaksi pemindahan Group
Reaksi Oksidasi-reduksi
Penyusunan kembali
Rearrangements (isomerizations)
Reaksi pemotongan
Reaksi kondensasi
Biomolekul Struktur
Senyawa
Pembangun
Gula sederhana
Asam amino
Nukleotida
Asam lemak
Makromolekul
Polisakarida
Protein (peptida)
RNA or DNA
Lipid
Anabolic
Catabolic
Biosintesis
Membutuhkan
molekul
sederhana
untuk dirangkai
secara kovalen
melalui
berbagai
kombinasi
1. Keelektronegatifan kedua atom
O 3.5

Cl 3.0

N 3.0

C 2.5
P 2.1
H 2.1
Na 0.9
K 0.8
Kekuatan ikatan kimia
dipengaruhi oleh
Keelectronegatifan tinggi =Kebutuhan akan elektron
2. Jumlah elektron yang berikatan
Kekuatan beberapa
ikatan kimia:
Approx. Avg.
Triple: 820 kJ/mole

Double: 610 kJ/mole

Single: 350 kJ/mole
Gugus Fungsi yang
Umum
Nukleofil
Biologi yang
Penting:

Gugus fungsi
yang kaya
elektron
BIOKIMIA
(MKS1002A)
drs. Winarto Hariadi, M.Si.
Dr. Sedyo Hartono
Dr. Irfan D. Prijambada
Jadual & SAP
No. Topik Kuliah Tanggal Dosen
1. Pendahuluan :
- Konsep dasar biokimia
- Reaksi-reaksi biokimia
27-08-2007 Dr. Irfan D. Prijambada
2. Air dan Buffer 03-09-2007 Drs. Winarto Hariadi, M.Si.
3. Karbohidrat I
- Tinjauan umum
- Monosakarida
- Disakarida
- Polisakarida
10-09-2007

Drs. Winarto Hariadi, M.Si.
4. Karbohidrat II
- Reaksi monosakarida
- Ikatan glikosida
- Fungsi karbohidrat
17-09-2007 Drs. Winarto Hariadi, M.Si.
5. Asam Amino dan Protein I
- Tinjauan umum
- Asam Amino
- Biosintesis asam amino
24-09-2007 Drs. Winarto Hariadi, M.Si.
Jadual & SAP
No. Topik Kuliah Tanggal Dosen
6. Asam Amino dan Protein II
- Peptida
- Struktur protein
- Fungsi asam amino dan protein
- Biosintesis protein
01-10-2007 Dr. Irfan D. Prijambada
7. Ujian tengah semester Jadual dari
Fakultas
Topik Kuliah 1 s/d 6
8. Lipida I
- Tinjauan umum
- Asam lemak jenuh & tak jenuh
- Reaksi asam lemak
05-11-2007 Dr. Irfan D. Prijambada
9. Lipida II
- Fungsi asam lemak dan lipid
- Biosintesis asam lemak
12-11-2007

Dr. Irfan D. Prijambada
Jadual & SAP
No. Topik Kuliah Tanggal Dosen
10. Asam nukleat I
- Tinjauan umum
- Nukleosida dan nukleotida
19-11-2007 Dr. Sedyo Hartono
11. Asam nukleat II
- Struktur DNA dan RNA
- Informasi genetik
26-11-2007 Dr. Sedyo Hartono
12. Enzim
- Tinjauan umum
- Klassifikasi enzim
- Koenzim dan kofaktor
- Mekanisme dan kinetika kerja enzim
- Penghambatan
03-12-2007 Dr. Sedyo Hartono
Jadual & SAP
No. Topik Kuliah Tanggal Dosen
13. Metabolisme I
- Tinjauan umum
- Jalur metabolisme
10-12-2007 Dr. Sedyo hartono
14. Metabolisme II
- Bioenergetika
- Kontrol metabolisme
17-12-2007 Dr. Sedyo Hartono
15. Ujian Akhir Semester Jadual dari
Fakultas
Topik Kuliah 8 s/d
14

Buku Acuan
Trudy McKee and James McKee. 2003.
Biochemistry: The Molecular Basis of Life.
Third edition. McGraw-Hill, Boston.
Lehninger, Nelson, & Cox. 1997. Principles of
Biochemistry.2
nd
edition. Worth Publishers.
Albert L. Lehninger. 1995. Dasar-dasar
Biokimia. (Alih bahasa: Maggy Thenawidjaja).
Penerbit Erlangga, Jakarta.
David S. Page. 1995. Prinsip-prinsip Biokimia.
Penerbit Unair, Surabaya.
Soeharsono. 1982. Biokimia I dan II. Gadjah
Mada University Press, Yogyakarta.
Penilaian
Total Nilai Ujian + Mid + Tugas dari 4 dosen dibagi 4
(Rata-rata dari Nilai Dosen I + II + III + IV)
Pengharkatan
A : > rata-rata kelas + 1,5 x stdev
B : < rata-rata kelas + 1,5 x stdev &
> rata-rata kelas + 0,5 x stdev
C : < rata-rata kelas + 0,5 x stdev &
> rata-rata kelas 0,5 x stdev
D : < rata-rata kelas 0,5 x stdev &
> rata-rata kelas 1,5 x stdev
E : < rata-rata kelas 1,5 x stdev
Tata Tertib Kuliah
Tepat waktu, toleransi maks. 15 menit
Tidak Berisik
HP tidak diaktifkan
Hadir minimal 70%
Paham bahasa Indonesia & Inggris
Baca salah satu / dua buku acuan
Kerjakan Tugas, Mid, & Ujian

Kesimpulan
Karbon dengan struktur tetrahedral
memiliki sifat ikatan yang luwes
Senyawa yang memiliki banyak atom
dapat memiliki bentuk isomerik
Untuk konversi perlu terjadinya
pemecahan ikatan kimia
Molekul berukuran besar dibentuk oleh
molekul berukuran kecil melalui
pembentukan ikatan baru