SELAMAT DATANG DI

PERKULIAHAN
BIOKIMIA TANAMAN
 Tujuan Perkuliahan

• Mengenalkan dan memahamkan bahasa

biokimia : kosakata (istilah dan struktur
kimia), tatabahasa (reaksi-reaksi kimia),
struktur kalimat (Jalur metabolisme)
dan arti (keterkaitan metabolik).
 Apa itu Biokimia?
• Definisi:
– Webster’s dictionary: Bios = Yunani,
artinya “hidup” “Kimia mahluk hidup;
Kimia yang terjadi dan menjadi ciri
kehidupan.”

– WebNet dictionary: “Biokimia adalah

kimia dari bahan-bahan dan proses-
proses yang terjadi dalam tubuh mahluk
hidup; sebagai upaya untuk memahami
proses kehidupan dari sisi kimia.“
 Apa itu biokimia?

 Pemahaman bentuk dan fungsi

biologis dari sudut pandang kimia
 Bertujuan untuk memahami interaksi
molekul-molekul tak hidup yang
menghasilkan fenomena kompleks dan
efisien yang menjadi ciri-ciri kehidupan
serta menjelaskan keseragaman kimia
dari kehidupan yang beragam.
 Hal-hal yang dipelajari

 Struktur kimia dan bentuk tiga dimensi molekul

biologi
 Interaksi antar biomolekul
 Sintesis dan degradasi biomolekul dalam sel
 Perolehan dan pemanfaatan energi oleh sel
 Mekanisme pengorganisasian biomolekul dan
pengkoordinasian aktifitasnya
 Penyimpanan, pemindahan dan ekspresi
informasi genetika
 Sejarah Biokimia
 Pertama, identifikasi unsur kimia penyusun mahluk hidup.
Unsur kimia utama
penyusun mahluk hidup
adalah bahan minor
penyusun kerak bumi
(kandungan utama 47% O,
28% Si, 7.9% Al, 4.5% Fe,
dan 3.5% Ca).
Enam unsur utama
penyusun sel hidup adalah:
C, H, N, O, P, dan S.

99% penyusun sel adalah H, O, N, dan C

Unsur Elektron bebas Jumlah Fraksi
H 1 2/3
O 2 1/4
N 3 1/70
C 4 1/10
Sebagian besar unsur penyusun bahan hidup memiliki berat atom yang rendah; H,
O, N dan C adalah unsur dengan berat atom relatif paling kecil yang masing-
masing mampu membentuk ikatan tunggal, rangkap, rangkap 3 dan rangkap 4.

Unsur dengan berat atom paling ringan

membentuk ikatan paling kuat
 Sejarah Biokimia
• Kemudian, identifikasi tipe molekul yang ditemukan dalam mahluk hidup :

• Asam Amino

• Nukleotida

• Karbohidrat

• Lipida
 Sejarah Biokimia
 Selanjutnya memahami mekanisme biomolekul membuat mahluk hidup menjadi hidup
 Hubungan antara
Biokimia dan ilmu lainnya

 Kimia Organik yang mempelajari sifat-sifat

biomolekul.
 Biofisika, yang memanfaatkan teknik-teknik fisika
untuk mempelajari struktur biomolekul.
 Nutrisi, yang memanfaatkan pengetahuan tentang
metabolisme untuk menjelaskan kebutuhan
makanan bagi mahluk hidup mempertahankan
kehidupan normalnya.
 Kesehatan, yang mencari pemahaman tentang
keadaan sakit dari sudut pandang molekular.
 Hubungan antara Biokimia
dan ilmu lainnya

 Mikrobiologi, yang menunjukkan bahwa

organisme sel tunggal dan virus cocok untuk
digunakan sebagai sarana mempelajari jalur-jalur
metabolisme dan mekanisme pengendaliannya.
 Fisiologi, yang mempelajari proses kehidupan
pada tingkat jaringan dan organisme.
 Biologi sel, yang mempelajari pembagian kerja
biokimia dalam sel.
 Genetika, yang mempelajari mekanisme
penyusunan identitas biokimia sel.
 Tiga hal yang dibutuhkan sel

(1)ENERGI,
hal yang perlu
diketahui adalah
cara:

 Memperolehnya
 Mengubahnya
 Memanfaatkannya
 Tiga hal yang dibutuhkan sel

(2) MOLEKUL SEDERHANA ,

hal yang perlu diketahui
adalah cara:
• Mengubahnya
• Mempolimerisasikannya
• Mendegradasinya
(3) MEKANISME KIMIA, untuk:
• Memperoleh energi
• Menjalankan reaksi kimia secara berurutan
• Mensintesis & mendegradasi makromolekul
• Mempertahankan suatu keadaan steady state
yang dinamis
• Swarakit kembali struktur yang kompleks
• Menggandakan diri secara akurat dan efisien
• Mempertahankan keteraturan proses biokimia
Strategi sel (1) : mahluk hidup
menggunakan sistem reaksi
kimia berpasangan untuk
mendorong reaksi yang sulit
terjadi;
Strategi sel (2) : mahluk hidup
menggunakan enzim untuk
mempercepat reaksi yang
semestinya lambat;
Bagaimana enzim bisa
mempercepat reaksi?
Penjelasan termodinamis
Bagaimana enzim bisa
mempercepat reaksi?
Penjelasan mekanistis
Atom Karbon yang sangat lentur
merupakan tulangpunggung
kehidupan
Konversi isomer kimia
membutuhkan pemutusan
ikatan kovalen
Stereoisomers:
Sama secara kimia,
berbeda secara biologi
Stereoisomers:
Sama secara kimia,
berbeda secara biologi
 Transformasi Biokimia
dapat dikelompokkan ke
dalam 5 kelompok besar

1. Reaksi pemindahan Group

2. Reaksi Oksidasi-reduksi
3. Penyusunan kembali
Rearrangements (isomerizations)
4. Reaksi pemotongan
5. Reaksi kondensasi
 Biomolekul – Struktur
Anabolic

• Senyawa • Makromolekul
Pembangun • Polisakarida
• Gula sederhana • Protein (peptida)
• Asam amino • RNA or DNA
• Nukleotida • Lipid
• Asam lemak
Catabolic
Biosintesis
membutuhkan
molekul
sederhana untuk
dirangkai secara
kovalen melalui
berbagai
kombinasi
 Kekuatan ikatan kimia
dipengaruhi oleh
1. Keelektronegatifan kedua atom

Keelectronegatifan tinggi = Kebutuhan akan elektron

• O 3.5 • P 2.1

• Cl 3.0 • H 2.1

• N 3.0 • Na 0.9

• K 0.8
• C 2.5
2. Jumlah elektron yang berikatan
Kekuatan beberapa
ikatan kimia :

Approx. Avg.

Triple: 820 kJ/mole

Double: 610 kJ/mole

Single: 350 kJ/mole

Gugus Fungsi yang
Umum
Nukleofil
Biologi yang
Penting:

Gugus fungsi
yang kaya
elektron
 Simpulan

• Karbon dengan struktur tetrahedral

memiliki sifat ikatan yang luwes
• Senyawa yang memiliki banyak atom
dapat memiliki bentuk isomerik
• Untuk konversi perlu terjadinya
pemecahan ikatan kimia
• Molekul berukuran besar dibentuk oleh
molekul berukuran kecil melalui
pembentukan ikatan baru