SEJARAH BIOKIMIA,

SEL, DAN
BIOMOLEKUL
 Tujuan Perkuliahan

• Mengenalkan dan memahamkan

bahasa biokimia : Kosakata (istilah dan
struktur kimia), tatabahasa (reaksi-
reaksi kimia), struktur kalimat (Jalur
metabolisme) dan arti (keterkaitan
metabolik)
 Apa itu Biokimia?
• Definisi:
– Webster’s dictionary: Bios = Yunani,
artinya “hidup” “Kimia mahluk hidup; Kimia
yang terjadi dan menjadi ciri kehidupan.”
– WebNet dictionary: “Biokimia adalah kimia
dari bahan-bahan dan proses-proses yang
terjadi dalam tubuh mahluk hidup; sebagai
upaya untuk memahami proses kehidupan
dari sisi kimia.“
 Apa itu biokimia?

 Pemahaman bentuk dan fungsi

biologis dari sudut pandang kimia
 Bertujuan untuk memahami interaksi
molekul-molekul tak hidup yang
menghasilkan fenomena kompleks dan
efisien yang menjadi ciri-ciri kehidupan
serta menjelaskan keseragaman kimia
dari kehidupan yang beragam.
 Hal-hal yang dipelajari

 Struktur kimia dan bentuk tiga dimensi molekul

biologi
 Interaksi antar biomolekul
 Sintesis dan degradasi biomolekul dalam sel
 Perolehan dan pemanfaatan energi oleh sel
 Mekanisme pengorganisasian biomolekul dan
pengkoordinasian aktifitasnya
 Penyimpanan, pemindahan dan ekspresi
informasi genetika
 Sejarah Biokimia
 Pertama, identifikasi unsur kimia penyusun mahluk hidup.
Unsur kimia utama
penyusun mahluk hidup
adalah bahan minor
penyusun kerak bumi
(kandungan utama 47% O,
28% Si, 7.9% Al, 4.5% Fe,
dan 3.5% Ca).
Enam unsur utama
penyusun sel hidup adalah:
C, H, N, O, P, dan S.

99% penyusun sel adalah H, O, N, dan C

Unsur Elektron bebas Jumlah Fraksi
H 1 2/3
O 2 1/4
N 3 1/70
C 4 1/10
Sebagian besar unsur penyusun bahan hidup memiliki berat atom yang rendah; H,
O, N dan C adalah unsur dengan berat atom relatif paling kecil yang masing-
masing mampu membentuk ikatan tunggal, rangkap, rangkap 3 dan rangkap 4.

Unsur dengan berat atom paling ringan

membentuk ikatan paling kuat
 Sejarah Biokimia
• Kemudian, identifikasi tipe molekul yang ditemukan dalam mahluk hidup

• Asam Amino

• Nukleotida

• Karbohidrat

• Lipida
 Sejarah Biokimia
 Selanjutnya memahami mekanisme biomolekul membuat mahluk hidup
menjadi hidup
 Hubungan antara
Biokimia dan ilmu lainnya

 Kimia Organik yang mempelajari sifat-sifat

biomolekul.
 Biofisika, yang memanfaatkan teknik-teknik fisika
untuk mempelajari struktur biomolekul.
 Nutrisi, yang memanfaatkan pengetahuan tentang
metabolisme untuk menjelaskan kebutuhan
makanan bagi mahluk hidup mempertahankan
kehidupan normalnya.
 Kesehatan, yang mencari pemahaman tentang
keadaan sakit dari sudut pandang molekular.
 Hubungan antara Biokimia
dan ilmu lainnya

• Mikrobiologi, yang menunjukkan bahwa

organisme sel tunggal dan virus cocok untuk
digunakan sebagai sarana mempelajari jalur-jalur
metabolisme dan mekanisme pengendaliannya.
• Fisiologi, yang mempelajari proses kehidupan
pada tingkat jaringan dan organisme.
• Biologi sel, yang mempelajari pembagian kerja
biokimia dalam sel.
• Genetika, yang mempelajari mekanisme
penyusunan identitas biokimia sel.
 SEL
• Satuan kehidupan terkecil yang
menyusun tubuh mahluk hidup
• Tempat terselenggaranya fungsi
kehidupan
 Bagian-Bagian Sel

• Membran Plasma
• Sitoplasma
• Nukleus
• Organel
 Susunan Sel

KAPALAN
• Karbohidrat
• Protein
• Air
• Lipid
• Asam Nukleat
Organel
 Persamaan Sel Tumbuhan
dengan Sel Hewan
1. Membran Plasma  mangkok bakso
2. Inti Sel  telur dalam bakso telur
3. Sitoplasma  kuah bakso
4. Sitoskeleton  mie
5. Ribosom  bawang goreng
6. Retikulum Endoplasma  baso kecil
7. Badan Golgi  siomay
8. Lisosom gajih kecil
9. Peroksisom  gajih kecil
10.Mitokondria  gorengan panjang
 1. Membran Plasma
• Pelindung bagi sel agar isi sel tidak keluar
• Pengatur pertukaran zat yang keluar
masuk ke dalam sel
• Melakukan seleksi terhadap zat yang
boleh keluar dan masuk dari dalam atau
luar sel (selektif permeable)
• Tersusun atas Karbohidrat, protein, dan
lemak
Gambar Membran
Plasma
Glikoprotein
(mengikat molekul sel tetangga)

Kepala (Fosfat)  Hidrofilik

Ekor (Lipid)  Hidrofobik

Protein integral
(protein yang terbenam)

Protein periferal
(protein menempel)
 2. Inti Sel
• Mengendalikan
metabolisme sel
• Menyimpan
informasi
genetika berupa
DNA
• Tempat
penggandaan
dan transkripsi
DNA
 3. Sitoplasma
• Merupakan cairan sel
dalam sel
• Disebut juga dengan
sitosol karena mirip
dengan jelly (koloid)
• Berfungsi sebagai
tempat berlangsungnya
metabolisme sel.
• Di dalamnya terdapat
berbagai organel sel
 4. Sitoskeleton
• Sebagai pemberi
bentuk sel
• Pengatur gerakan sel
• Berupa jaringan protein
filamen
 5. Ribosom
• Butiran kecil nukleoprotein yang tersebar
di sitoplasma
• Ada yang melekat di Retikulum
Endoplasma (sehingga menjadikan RE
tersebut dinamakan RE Kasar)
• Melakukan sintesis protein
 6. Retikulum
Endoplasma (RE)
• Terbagi menjadi 2:
– RE Kasar
• Ditempeli ribosom
• Untuk sintesis protein
– RE Halus
• tidak punya ribosom
• Untuk sintesis lemak
 7. Badan Golgi
• Berbentuk kantong pipih yang berkelok-kelok
• Memodifikasi protein dengan menambahkan
oligosakarida (Glikosilasi)
• Membentuk lisosom
 8. Lisosom
• Mencerna makromolekul secara intraseluler
• Menghidrolisis lemak, protein, asam nukleat,
polisakarida
 9. Peroksisom
• Menghasilkan enzim oksidatif untuk
membentuk H2O2 untuk merombak lemak
• Menghasilkan enzim katalase untuk mengubah
H2O2 menjadi H2O dan O2

10. Mitokondria
 Tempat terjadinya respirasi sel menghasilkan
energi
 Perbedaan Sel
Tumbuhan dan Hewan
No Nama Organel Hewan Tumbuha
n
1 Sentriol Ada Tiada

2 Dinding Sel Tiada Ada

3 Vakuola Kecil Besar

4 Plastida Tiada Ada

 Perbedaan Sel
Tumbuhan dan Hewan
 1. Sentriol
• Mengatur pembelahan sel dan pemisahan
kromosom selama pembelahan sel pada
hewan

2. Dinding sel
 Keras karena disusun oleh selulosa,
pektin, glikoprotein, dan hemiselulosa
 3. Vakuola (rongga sel)
• Kantong yang berisi cairan, pada tumbuhan berfungsi
sebagai pengatur tekanan turgor.

4. Plastida
 Terdiri dari:
 Kloroplas  mengandung klorofil
 Tilakoid  tempat terjadinya fotosintesis
 Stroma  menyimpan hasil fotosintesis
 Kromoplas  mengandung karoten
 Leukoplas  menyimpan cadangan makanan
 Tiga hal yang dibutuhkan sel

• ENERGI,
hal yang perlu
diketahui adalah
cara:

 Memperolehnya
 Mengubahnya
 Memanfaatkannya
 Tiga hal yang dibutuhkan sel

(2) MOLEKUL SEDERHANA ,

hal yang perlu diketahui
adalah cara:
• Mengubahnya
• Mempolimerisasikannya
• Mendegradasinya
 (3) MEKANISME KIMIA, untuk:
• Memperoleh energi
• Menjalankan reaksi kimia secara berurutan
• Mensintesis & mendegradasi makromolekul
• Mempertahankan suatu keadaan steady state
yang dinamis
• Swarakit kembali struktur yang kompleks
• Menggandakan diri secara akurat dan efisien
• Mempertahankan keteraturan proses biokimia
Strategi sel #1: mahluk hidup
menggunakan sistem reaksi
kimia berpasangan untuk
mendorong reaksi yang sulit
terjadi
Strategi sel #2: mahluk hidup
menggunakan enzim untuk
mempercepat reaksi yang
semestinya lambat
Bagaimana enzim bisa
mempercepat reaksi?
Penjelasan termodinamis
Bagaimana enzim bisa
mempercepat reaksi?
Penjelasan mekanistis
Atom Karbon yang sangat lentur
merupakan tulangpunggung
kehidupan
Konversi isomer kimia
membutuhkan pemutusan
ikatan kovalen
Stereoisomers:
Sama secara kimia,
berbeda secara biologi
Stereoisomers:
Sama secara kimia,
berbeda secara biologi
 Transformasi Biokimia
dapat dikelompokkan ke
dalam 5 kelompok besar

• Reaksi pemindahan Group

• Reaksi Oksidasi-reduksi
• Penyusunan kembali
Rearrangements (isomerizations)
• Reaksi pemotongan
• Reaksi kondensasi
 Biomolekul – Struktur

Anabolic
• Senyawa • Makromolekul
Pembangun • Polisakarida
• Gula sederhana • Protein (peptida)
• Asam amino • RNA or DNA
• Nukleotida • Lipid
• Asam lemak
Catabolic
Biosintesis
Membutuhkan
molekul
sederhana
untuk dirangkai
secara kovalen
melalui
berbagai
kombinasi
 Kekuatan ikatan kimia
dipengaruhi oleh
1. Keelektronegatifan kedua atom

Keelectronegatifan tinggi =Kebutuhan akan elektron

• O 3.5 • P 2.1

• Cl 3.0 • H 2.1

• N 3.0 • Na 0.9

• K 0.8
• C 2.5
2. Jumlah elektron yang berikatan
Kekuatan beberapa
ikatan kimia:

Approx. Avg.

Triple: 820 kJ/mole

Double: 610 kJ/mole

Single: 350 kJ/mole

Gugus Fungsi yang
Umum
Nukleofil
Biologi yang
Penting:

Gugus fungsi
yang kaya
elektron