BIOKIMIA

Dr. Hj. Siti Suryaningsih, M.Si

 MATERI
1. Pengantar biokimia, sel, fungsi organik, &
biomolekul,
2. karbohidrat,
3. lipid,
4. Asam amino dan peptida
5. Protein struktur dan fungsi
6. Enzim dan koenzim
7. Asam nukleat
8. Glikolisis dan Glikogenesis
9. Glukoneogenesis, Glikogenolisis
10. Oksidasi dan biosintesis lipid
11. Biokimia dan Kesehatan
 Buku Acuan
 Trudy McKee and James McKee. 2003.
Biochemistry: The Molecular Basis of Life. Third
edition. McGraw-Hill, Boston.
 Lehninger, Nelson, & Cox. 1997. Principles of
Biochemistry.2nd edition. Worth Publishers.
 Albert L. Lehninger. 1995. Dasar-dasar Biokimia.
(Alih bahasa: Maggy Thenawidjaja). Penerbit
Erlangga, Jakarta.
 David S. Page. 1995. Prinsip-prinsip Biokimia.
Penerbit Unair, Surabaya.
 Soeharsono. 1982. Biokimia I dan II. Gadjah
Mada University Press, Yogyakarta.
• Chaplin, M.F. & Kennedy, J.F. (eds)., 1994. Carbohydrate Analysis: A Practical
Approach, 2nd edn, IRL Press, Oxford.Very useful manual for analysis of all types of
sugar-containing molecules—monosaccharides, polysaccharides and
glycosaminoglycans, glycoproteins, proteoglycans, and glycolipids.
• Lehninger AL, Nelso DL, Cox MM., 2005. E-learning Principles of Biochemistry.
Worth Publisher, New York.
• Muchtadi, D., 2008. Pengantar pada Fisiologi Gizi. Departemen Ilmu & Teknologi
Pangan. Fakultas Teknologi Pertanian, Institut Pertanian Bogor.
• Murray, R.K., Granner, D.K., Mayes, P.A., and Rodwell, V.W., 1997. Biokimia
Harper. Penerbit Buku Kedokteran EGC. Edisi. 24.
• Poedjiadi, A., 1994. Dasar-dasar Biokimia. Penerbit Universitas Indonesia. Jakarta
• Stryer, L., 1995. Biochemistry. 4th ed., W.H.Freeman and Company, New York.
• Thomson, 2002. Biochemistry. Thomson Learning, Inc.
• Voet, D and Voet J.G. 1990.Biochemistry. John Wiley & Sons, New York
•
PENGANTAR
BIOKIMIA

Dr. Hj. Siti Suryaningsih, M.Si

DR. Hj. Siti Suryaningsih, MSi
Biokimia, September 2016 6
• Definisi:
– Webster’s dictionary:
Bios = Yunani, artinya “hidup”
“Kimia mahluk hidup; Kimia yang terjadi
dan menjadi ciri kehidupan.”
– WebNet dictionary: “Biokimia adalah
kimia dari bahan-bahan dan proses-proses
yang terjadi dalam tubuh mahluk hidup;
sebagai upaya untuk memahami proses
kehidupan dari sisi kimia.“
Ilmu Biokimia :
• Suatu disiplin ilmu yang mempelajari reaksi-reaksi
kimia atau interaksi molekul dalam sel hidup
• Pemahaman bentuk dan fungsi biologis dari sudut
pandang kimia

Tujuan dasar ilmu biokimia :

• Untuk menentukan bagaimana sekumpulan benda-
benda mati yang menyusun organisme
hidup berinteraksi satu dengan yang lain untuk
mempertahankan dan melangsungkan keadaan
hidup
• Memecahkan masalah gizi dan peny. krn
kekurangan gizi
• Menjelaskan hal-hal dlm bidang toksikologi
• Menjelaskan hal-hal dlm bidang farmakologi
• Pengetahuan di bidang kecantikan
• Peningkatan kualitas dan kuantitas produk
pertanian
• Pengetahuan tentang dampak limbah/polutan
• Pengetahuan tentang bahaya senyawa kimia
beracun
• Pelestarian alam dan lingkungan
 Struktur kimia dan bentuk tiga dimensi
molekul biologi
 Interaksi antar biomolekul
 Sintesis dan degradasi biomolekul dalam sel
 Perolehan dan pemanfaatan energi oleh sel
 Mekanisme pengorganisasian biomolekul
dan pengkoordinasian aktifitasnya
 Penyimpanan, pemindahan dan ekspresi
informasi genetika
 Kimia Organik, yang mempelajari sifat-sifat
biomolekul.
 Biofisika, yang memanfaatkan teknik-teknik
fisika untuk mempelajari struktur
biomolekul.
 Nutrisi, yang memanfaatkan pengetahuan
tentang metabolisme untuk menjelaskan
kebutuhan makanan bagi mahluk hidup
mempertahankan kehidupan normalnya.
 Kesehatan, yang mencari pemahaman
tentang keadaan sakit dari sudut pandang
molekular.
• Mikrobiologi, yang menunjukkan bahwa
organisme sel tunggal dan virus cocok untuk
digunakan sebagai sarana mempelajari
jalur-jalur metabolisme dan mekanisme
pengendaliannya.
• Fisiologi, yang mempelajari proses
kehidupan pada tingkat jaringan dan
organisme.
• Biologi sel, yang mempelajari pembagian
kerja biokimia dalam sel.
• Genetika, yang mempelajari mekanisme
penyusunan identitas biokimia sel.
Dr. Hj. Siti Suryaningsih, M.Si
• Atom-atom berikatan
membentuk molekul
• Struktur dan fungsi molekul
menyusun komponen-
komponen pembentuk sel.

Contoh:
• Molekul-molekul protein,
fosfolipid, kolesterol,
karbohidrat, air dan ion-ion
lain merupakan komponen
penyusun membran sel.

14
• Setiap MH tersusun atas sel
(komponen penyusun tubuh
MH)
• MH yang tersusun atas satu sel
(MH uniseluler), MH yang
tersusun atas banyak sel (MH
multiseluler)
• Setiap sel mempunyai organel-
organel yang mampu
menjalankan fungsinya untuk
hidup.

• Jadi:
• Sel merupakan unit struktural
dan fungsional terkecil dari MH
• Kumpulan dari beberapa sel
yang mempunyai bentuk,
susunan dan fungsi yang sama
disebut Jaringan
• Kumpulan sel ini bekerja sama
menjalankan tugasnya sesuai
dengan fungsinya

Contoh:
• Jaringan saraf yang berfungsi
menyampaikan dan menanggapi
rangsang dari reseptor ke
effektor.

16
• Organ adalah kumpulan dari
beberapa jaringan yang berbeda
dan menjalankan fungsi yang
sama.

• Contoh:
• organ kulit terbentuk oleh
beberapa jaringan yang berbeda
• seperti jar. Epitel, jar. Otot, jar.
Darah dan jar. Saraf.
• Keseluruhan jaringan tersebut
bekerja sama menjalankan
fungsinya seperti melindungi
tubuh.

17
Sel Hidup :
• Kumpulan zat tak hidup
(inanimate matter) yang
bercampur,bereaksi,dan
berinteraksi satu dengan
yang lainnya membentuk suatu
susunan yang rumit tetapi
terorganisasi dengan rapi
SEJARAH
BIOKIMIA

Dr. Hj. Siti Suryaningsih, M.Si

 Sejarah Biokimia
 Pertama, identifikasi unsur kimia penyusun mahluk hidup.
Unsur kimia utama penyusun
mahluk hidup adalah bahan
minor penyusun kerak bumi
(kandungan utama 47% O, 28%
Si, 7.9% Al, 4.5% Fe, dan 3.5%
Ca).

Enam unsur utama penyusun

sel hidup adalah: C, H, N, O, P,
dan S.

99% penyusun sel adalah H, O, N, dan C

Unsur Elektron bebas Jumlah Fraksi
H 1 2/3
O 2 1/4
N 3 1/70
C 4 1/10
Sebagian besar unsur penyusun bahan hidup memiliki berat atom yang
rendah; H, O, N dan C adalah unsur dengan berat atom relatif paling
kecil yang masing-masing mampu membentuk ikatan tunggal, rangkap 2,
rangkap 3

Unsur dengan berat atom paling ringan

membentuk ikatan paling kuat
 Sejarah Biokimia
• Kemudian, identifikasi tipe molekul yang ditemukan dalam
mahluk hidup
• Asam Amino

• Nukleotida

• Karbohidrat

• Lipida
 Sejarah Biokimia
 Selanjutnya memahami mekanisme biomolekul membuat
mahluk hidup menjadi hidup
 Tiga hal yang dibutuhkan sel

(1) ENERGI,
hal yang perlu
diketahui adalah
cara:

 Memperolehnya
 Mengubahnya
 Memanfaatkanya
Tiga hal yang dibutuhkan sel

(2) MOLEKUL SEDERHANA ,

hal yang perlu diketahui adalah
cara:
• Mengubahnya
• Mempolimerisasikannya
• Mendegradasinya
 Tiga hal yang dibutuhkan sel

(3) MEKANISME KIMIA, untuk:

 Memperoleh energi
 Menjalankan reaksi kimia secara berurutan
 Mensintesis & mendegradasi makromolekul
 Mempertahankan suatu keadaan steady
state yang dinamis
 Merakit kembali struktur yang kompleks
 Mempertahankan keteraturan proses
biokimia
 Strategi sel #1: mahluk hidup
menggunakan sistem reaksi kimia
berpasangan untuk mendorong reaksi
yang sulit terjadi
 Strategi sel #2: mahluk hidup
menggunakan enzim untuk mempercepat
reaksi yang semestinya lambat
Bagaimana enzim bisa mempercepat
reaksi? Penjelasan termodinamis
Bagaimana enzim bisa mempercepat
reaksi? Penjelasan mekanistis
Atom Karbon yang sangat lentur merupakan
tulangpunggung kehidupan
Konversi isomer kimia membutuhkan
pemutusan ikatan kovalen
 Stereoisomers:
Sama secara kimia, berbeda
secara biologi
 Stereoisomers:
Sama secara kimia, berbeda
secara biologi
 Transformasi Biokimia dapat
dikelompokkan ke dalam 5 kelompok
besar
Reaksi pemindahan Group
Reaksi Oksidasi-reduksi
Penyusunan kembali
Rearrangements (isomerizations)
Reaksi pemotongan
Reaksi kondensasi
 Biomolekul – Struktur

• Senyawa • Makromolekul
Pembangun
• Polisakarida
• Gula • Protein (peptida)
sederhana • RNA or DNA
• Asam amino • Lipid
• Nukleotida
• Asam lemak
Biosintesis
Membutuhkan
molekul
sederhana
untuk
dirangkai
secara kovalen
melalui
berbagai
kombinasi
 Kekuatan ikatan kimia
dipengaruhi oleh
1. Keelektronegatifan kedua atom

Keelectronegatifan tinggi =Kebutuhan akan elektron

• O 3.5 • P 2.1

• Cl 3.0 • H 2.1

• N 3.0 • Na 0.9

• K 0.8
• C 2.5
Kekuatan ikatan kimia
dipengaruhi oleh
2. Jumlah elektron yang berikatan
Kekuatan beberapa ikatan kimia:

Approx. Avg.

Triple: 820 kJ/mole

Double: 610 kJ/mole

Single: 350 kJ/mole

Gugus Fungsi yang
Umum
Nukleofil
Biologi
yang
Penting:

Gugus
fungsi
yang kaya
elektron
 Kesimpulan
Karbon dengan struktur tetrahedral
memiliki sifat ikatan yang luwes
Senyawa yang memiliki banyak atom
dapat memiliki bentuk isomerik
Untuk konversi perlu terjadinya
pemecahan ikatan kimia
Molekul berukuran besar dibentuk
oleh molekul berukuran kecil melalui
pembentukan ikatan baru