MODUL BIOKIMIA

(KES 700)

MODUL SESI-2
AIR PELARUT PADA REAKSI BIOKIMIA

DISUSUN OLEH
Dr. apt. SRI TEGUH RAHAYU, M. FARM.

UNIVERSITAS ESA UNGGUL

2020

Universitas Esa Unggul

http://esaunggul.ac.id 0 / 29
 REAKSI DASAR PADA BIOKIMIA

A. Kemampuan Akhir yang Diharapkan

Setelah mempelajari modul ini, diharapkan mahasiswa mampu :
1. Memahami dan menjelaskan adanya elemen yang diperlukan oleh tubuh
2. Mampu menyebutkan dan menjelaskan gugus fungsi yang terlibat di dalam reaksi kimia
3. Mampu menjelaskan mengenai pembentukan ikatan hidrogen dan memberikan contoh
4. Mampu menjelaskan jenis isomer yang mempengaruhi aktivitas suatu senyawa

B. Uraian dan Contoh

1. Elemen yang penting bagi tubuh-Dasar Kimia pada Biokimia
Biokimia bertujuan untuk menjelaskan bentuk dan fungsi biologis dalam istilah kimia.
Salah satu pendekatan yang paling penting untuk memahami fenomena biologis adalah
memurnikan komponen kimia biomolekul menjadi bagian-bagian terkecilnya, seperti protein,
dari organisme hidup dan melakukan struktural kimianya. Menjelang akhir abad kedelapan
belas, para ahli kimia telah menyimpulkan bahwa komposisi materi hidup sangat berbeda dari
komposisi dunia mati. Antoine Lavoisier (1743-1794) mencatat kesederhanaan kimiawi relatif
dari "dunia mineral" dan membandingkannya dengan kompleksitas "dunia tumbuhan dan
hewan". Diketahui komponen materi hidup terdiri dari senyawa kaya unsur karbon, oksigen,
nitrogen, dan fosfor.
Hanya sekitar 30 dari lebih dari 90 elemen kimia alami yang penting bagi organisme.
Sebagian besar unsur dalam makhluk hidup memiliki jumlah atom yang relatif rendah; hanya
lima yang memiliki nomor atom di atas selenium, 34 (Gbr. 1). Ada empat unsur yang paling
melimpah dalam organisme hidup, dalam hal persentase jumlah total atom, yaitu hidrogen (H),
oksigen (O), nitrogen (N), dan karbon (C), yang bersama-sama membentuk lebih dari 99%
massa sebagian besar sel. Atom H, O, N dan C merupakan adalah elemen paling ringan yang
mampu membentuk satu, dua, tiga, dan empat ikatan, masing-masing; secara umum, unsur-
unsur paling ringan membentuk ikatan terkuat. Biomolekul merupakan senyawa karbon
dengan banyak gugus fungsi. Trace elements (Gambar 1) misalnya Fe, Cu, and Zn merupakan
elemen yang jumlahnya sangat kecil, tetapi semuanya penting untuk kehidupan, biasanya
karena mereka penting untuk fungsi protein tertentu, termasuk enzim. Sebagai contohnya,
kapasitas pengangkutan oksigen dari molekul hemoglobin, adalah mutlak tergantung pada
empat ion besi yang hanya membentuk 0,3% dari massa Hb.

Universitas Esa Unggul

http://esaunggul.ac.id 1 / 29
 Gambar 1. Elemen esensial bagi kehidupan hewan dan Kesehatan

Biomolekul merupakan senyawa karbon dengan berbagai gugus fungsi

Karbon dapat membentuk ikatan tunggal dengan atom hidrogen, dan ikatan tunggal dan
ganda dengan atom oksigen dan nitrogen. (Gb. 2). Paling penting dalam biologi adalah
kemampuan atom karbon terbentuk ikatan tunggal karbon-karbon yang sangat stabil. Setiap
atom karbon dapat membentuk ikatan tunggal dengan hingga empat atom karbon lainnya.
Dua atom karbon juga dapat berbagi dua (atau tiga) pasangan elektron, sehingga membentuk
ikatan rangkap (atau rangkap tiga). Keempat ikatan tunggal yang dapat dibentuk oleh atom
karbon disusun secara tetrahedral, dengan sudut sekitar 109,5 antara dua ikatan (Gbr. 3) dan
panjang rata-rata 0,154 nm. Ada rotasi bebas di sekitar setiap ikatan tunggal, kecuali jika
kelompok yang sangat besar atau sangat bermuatan melekat pada kedua atom karbon, di rotasi
kasing mana yang mungkin dibatasi. Ikatan rangkap lebih pendek (sekitar 0,134 nm) dan kaku
dan memungkinkan sedikit rotasi pada sumbunya.

Gambar 2. Fleksibilitas dari ikatan karbon. Karbon dapat membentuk ikatan kovalen tunggal, rangkap

dua, dan rangkap tiga (merah), terutama dengan yang lain atom karbon. Ikatan rangkap tiga jarang terjadi dalam
biomolekul

Universitas Esa Unggul

http://esaunggul.ac.id 2 / 29
Gambar 3. Geometri ikatan karbon. (a) Atom karbon memiliki susunan tetrahedral karakteristik dari empat
ikatan tunggal mereka. (B) Karbon-karbon ikatan tunggal memiliki kebebasan rotasi, seperti yang ditunjukkan
untuk senyawa etana (CH3OCH3). (c) Ikatan rangkap lebih pendek dan tidak memungkinkan rotasi gratis. Dua
karbon yang berikatan rangkap dan atom yang ditunjuk A, B, X, dan Y semuanya terletak di bidang yang sama
kaku.

Sel mengandung universal molekul kecil

Bagian sel yang merupakan fase air (sitosol) dari semua sel merupakan kumpulan 100-200
molekul organik kecil yang berbeda (dengan massa relative ~ 100 hingga ~ 500), Kumpulan
molekul ini mencakup asam amino umum, nukleotida, gula dan turunannya yang terfosforilasi,
dan sejumlah asam mono-, di-, dan trikarboksilat. Molekulnya polar atau bermuatan, larut
dalam air, dan terdapat dalam konsentrasi mikromolar hingga milimolar. Mereka
terperangkap di dalam sel karena membran plasma tidak dapat ditembus — meskipun
transporter membran tertentu bisa mengkatalisasi pergerakan beberapa molekul ke dalam dan
ke luar.
Ada biomolekul kecil lainnya, khusus untuk jenis sel atau organisme tertentu. Misalnya,
tumbuhan vaskular selain kumpulan universal, ditemukan molekul kecil yang disebut
metabolit sekunder, yang memainkan peran khusus untuk kehidupan tumbuhan. Metabolit ini
termasuk senyawa yang memberikan aroma khas pada tumbuhan, dan senyawa seperti morfin,
kina, nikotin, dan kafein yang dihargai karena efek fisiologisnya pada manusia tetapi
digunakan untuk tujuan lain oleh tumbuhan Jika kita mengetahui komposisi metabolisme sel,
kita dapat memprediksi enzim dan jalur metabolisme mana yang aktif dalam sel itu.

Makromolekul merupakan penyusun utama sel

Banyak molekul biologis adalah makromolekul, polimer dengan berat molekul tinggi yang
dibentuk dari prekursor yang relatif sederhana. Protein, asam nukleat, dan polisakarida
diproduksi oleh polimerisasi senyawa yang relatif kecil dengan berat molekul 500 atau kurang.
Jumlah unit terpolimerisasi dapat berkisar dari puluhan hingga jutaan. Sintesis makromolekul
adalah aktivitas sel yang memakan energi utama. Makromolekul sendiri selanjutnya dapat
dirakit menjadi kompleks supramolekul, membentuk unit fungsional seperti ribosom.

Universitas Esa Unggul

http://esaunggul.ac.id 3 / 29
Protein adalah polimer panjang asam amino, merupakan komposisi sel terbesar (selain air).
Beberapa protein memiliki aktivitas katalitik dan berfungsi sebagai enzim; yang lain
berfungsi sebagai elemen struktural, reseptor sinyal, atau transporter yang membawa zat
tertentu ke dalam atau keluar sel. Protein merupakan biomolekul yang paling serbaguna dari
semua biomolekul.
Asam nukleat, DNA dan RNA, adalah polimer nukleotida. Mereka menyimpan dan
menyebarkan informasi genetic dan beberapa molekul RNA memiliki peran struktural dan
katalitik dalam kompleks supramolekul.
Polisakarida adalah polimer dari gula sederhana seperti glukosa, memiliki dua fungsi utama:
sebagai penyimpanan bahan bakar penghasil energi dan sebagai elemen struktural
ekstraseluler dengan tempat pengikatan khusus untuk protein tertentu. Polimer gula yang
lebih pendek (oligosakarida) yang menempel pada protein atau lipid di permukaan sel
berfungsi sebagai sinyal seluler spesifik.
Lipid, turunan hidrokarbon berminyak atau berminyak, berfungsi sebagai komponen
struktural membran, penyimpanan bahan bakar yang kaya energi, pigmen, dan sinyal
intraseluler.
Molekul lipid individu jauh lebih kecil (Massa relative 750 sampai 1.500) dan tidak
diklasifikasikan sebagai makromolekul. Namun, sejumlah besar molekul lipid dapat
berasosiasi secara nonkovalen membentuk struktur yang sangat besar, contohnya membran
seluler dibangun dari kumpulan molekul lipid dan protein nonkovalen yang sangat besar.
Pada protein, nukleotida, polisakarida, dan lipid, jumlah subunit monomerik sangat besar:
berat molekul dalam kisaran 5.000 hingga lebih dari 1 juta untuk protein, hingga beberapa
miliar untuk asam nukleat, dan jutaan untuk polisakarida seperti pati.
Protein dan asam nukleat merupakan makromolekul informasional karena setiap protein dan
asam nukleat memiliki urutan subunit yang kaya informasi karakteristik. Beberapa
oligosakarida, dengan enam atau lebih gula berbeda yang terhubung dalam rantai bercabang,
juga membawa informasi. Letaknya di permukaan luar sel berfungsi sebagai titik-titik
pengenalan tertentu dalam banyak proses seluler.
Struktur 3 Dimensi- Melalui Konfigurasi dan Konformasi
Ikatan kovalen dan gugus fungsi dari suatu makromolekul merupakan hal penting pusat fungsi
dari senyawa tersebut, selain itu pengaturan posisi atom-atom yang penyusunnya disebut
stereoisomer juga mempengaruhi aktivitasnya. Senyawa yang mengandung karbon umumnya
ada sebagai stereoisomer, molekul dengan ikatan kimia yang sama tetapi stereokimia yang
berbeda — yaitu, konfigurasi yang berbeda, pengaturan spasial atom yang tetap.

Universitas Esa Unggul

http://esaunggul.ac.id 4 / 29
Interaksi antara biomolekul selalu bersifat stereospesifik, membutuhkan stereokimia spesifik
dalam molekul yang berinteraksi.

Gambar 1. Representasi molekul. Tiga cara untuk mewakili struktur asam amino alanin. (a) Rumus
struktur dalam bentuk perspektif: baji padat ( ) melambangkan ikatan di mana atom pada ujung lebar
memproyeksikan keluar dari bidang kertas, menuju pembaca; garis putus-putus ( ) melambangkan ikatan yang
membentang di belakang bidang kertas. (b) Model bola-dan-tongkat, yang menunjukkan panjang ikatan relatif
dan sudut ikatan. (c) Model pengisian ruang, di mana setiap atom ditunjukkan dengan jari-jari relatif van der
Waals yang benar. model pengisian, jari-jari setiap atom sebanding dengan jari-jari van der Waals nya, dan
kontur model menentukan ruang yang ditempati oleh molekul (volume ruang dari mana atom-atom molekul lain
dikeluarkan).

Konfigurasi senyawa dapat terjadi dengan adanya salah satu

(1) ikatan rangkap, yang menyebabkan terbatasnya rotasi atau
(2) pusat kiral, di sekitar gugus substituen yang disusun dalam urutan tertentu.
Karakteristik pengidentifikasi dari isomer konfigurasi adalah bahwa mereka tidak dapat
dipertukarkan tanpa memutus satu atau lebih ikatan kovalen untuk sementara waktu
2. Konfigurasi Elektron
Konfigurasi elektron: contoh Sifat kimia atom dan jenis ikatan yang terbentuk satu sama
lain ditentukan oleh kulit elektronnya. Konfigurasi elektron dari elemen-elemen tersebut juga
ditunjukkan pada Gambar. A. Gambar. B menjelaskan simbol dan singkatan yang digunakan.
Diskusi yang lebih mendetail tentang subjek ini tersedia dalam buku teks kimia.
Keadaan elektron yang mungkin disebut orbital. Ini ditunjukkan oleh apa yang dikenal
sebagai nomor kuantum utama dan dengan huruf — s, p, atau d. Orbital diisi satu per satu saat
jumlah elektron bertambah. Setiap orbital dapat menampung maksimum dua elektron, yang
harus diarahkan "berputar". Gambar. A menunjukkan distribusi elektron di antara orbital
untuk masing-masing elemen. Sebagai contoh, enam elektron karbon (B1) menempati orbital
1s, orbital 2s, dan dua orbital 2p. Orbital 1s yang diisi memiliki konfigurasi elektron yang

Universitas Esa Unggul

http://esaunggul.ac.id 5 / 29
sama dengan helium gas mulia (He). Wilayah cangkang elektron karbon ini disingkat "He"
pada Gambar. A. Di bawah ini, jumlah elektron di masing-masing orbital terisi lainnya (2s
dan 2p dalam kasus karbon) ditunjukkan pada margin kanan . Sebagai contoh, kulit elektron
klor (B2) terdiri dari neon (Ne) dan tujuh elektron tambahan dalam orbital 3s dan 3p. Dalam
besi (B3), logam transisi dari seri pertama, elektron menempati orbital 4s meskipun orbital 3d
sebagian masih kosong. Banyak reaksi dari logam transisi melibatkan orbital d kosong — e.
g., reaksi redoks atau pembentukan kompleks dengan basa. Susunan elektron yang sangat
stabil muncul ketika kulit terluar terisi penuh dengan delapan elektron ("aturan oktet"). Ini
berlaku, misalnya, untuk gas mulia, serta ion seperti Cl- (3s23p6) dan Na + (2s22p6). Hanya
dalam kasus hydrogen dan helium bahwa dua elektron sudah cukup untuk mengisi orbita 1s
yang paling luar.

Gambar 4. Contoh konfigurasi electron

Atom karbon yang terhubung secara kovalen dalam biomolekul dapat membentuk rantai linier,
rantai bercabang, dan struktur siklik. Kerangka karbon ditambahkan gugus fungsional, yang
memberikan sifat kimia tertentu pada molekul. Sebagian besar biomolekul dapat dianggap
sebagai turunan dari hidrokarbon, dengan atom hidrogen digantikan oleh berbagai gugus
fungsi untuk menghasilkan keluarga yang berbeda dari senyawa organic, contohnya adalah
alkohol, yang memiliki satu atau lebih gugus hidroksil; amina, dengan gugus amino; aldehida
dan keton, dengan gugus karbonil; dan asam karboksilat, dengan gugus karboksil (Gbr. 5).
Banyak biomolekul bersifat polifungsional, mengandung dua atau lebih jenis kelompok
fungsional yang berbeda (Gbr. 6), masing-masing dengan karakteristik dan reaksi kimianya
sendiri. "Sifat" kimiawi suatu senyawa ditentukan oleh sifat kimia dari gugus-gugus
fungsinya dan sifatnya dalam ruang tiga dimensi..

Universitas Esa Unggul

http://esaunggul.ac.id 6 / 29
Gambar 5. Beberapa gugus fungsional umum biomolekul. R adalah substituen (atom hidrogen, tetapi biasanya
itu adalah bagian yang mengandung karbon. jika dua atau lebih substituen ditampilkan dalam molekul,
dilambangkan dengan R1, R2, dan sebagainya).

Gambar 6. Beberapa gugus fungsi ada dalam senyawa biomolekul – Asetil-koA

3. Polaritas Ikatan
Bergantung pada posisi elemen dalam tabel periodik, sehingga setiap atom memiliki
keelektronegatifan yang berbeda, yaitu kecenderungan berbeda untuk mengambil electron
pada kulit terluar. Nilai yang diberikan dalam C2 berada pada skala antara 2 dan 4. Semakin
tinggi nilainya, semakin elektronegatif atom. Ketika dua atom dengan elektronegativitas yang
sangat berbeda terikat satu sama lain, elektron ikatan ditarik menuju atom yang lebih
elektronegatif, dan ikatan terpolarisasi. Atom-atom yang terlibat kemudian membawa muatan
parsial positif atau negatif. Dalam C1, permukaan van der Waals diwarnai sesuai dengan
kondisi muatan yang berbeda (merah = negatif, biru = positif). Oksigen adalah elektronegatif

Universitas Esa Unggul

http://esaunggul.ac.id 7 / 29
yang paling kuat dari unsur-unsur penting secara biokimia, dengan ikatan rangkap C = O
menjadi sangat polar.

Gambar 6. Tingkat kenaikan kelektronegatifan dari atom

Universitas Esa Unggul

http://esaunggul.ac.id 8 / 29
 Gambar 7 Berbagai reaksi-reaksi elemen utama pada senyawa biomolekul

Universitas Esa Unggul

http://esaunggul.ac.id 9 / 29
4. Ikatan hidrogen
Ikatan hidrogen, jenis khusus dari ikatan nonkovalen, sangat penting dalam biokimia. Dalam
jenis ikatan ini, atom hidrogen OH, NH, atau kelompok SH (dikenal sebagai donor ikatan
hidrogen) berinteraksi dengan elektron bebas dari atom akseptor (misalnya, O, N, atau S).
Gaya tarik antar-molekul yang terjadi antara atom hidrogen yang terikat dengan atom sangat
elektronegatif (N, O, atau F) dan pasangan elektron bebas dari atom sangat elektronegatif
lainnya. Energi ikatan ikatan hidrogen (10-40 kJ mol -1) jauh lebih rendah daripada ikatan
kovalen (sekitar 400 kJ mol -1). Namun, karena ikatan hidrogen dapat sangat banyak dalam
protein dan DNA, mereka memainkan peran kunci dalam stabilisasi molekul-molekul ini

Gambar 8. Pembentukan ikatan hidrogen

5. Isomerisme
Isomer adalah molekul dengan komposisi yang sama (mis. Rumus molekul yang sama), tetapi
dengan sifat kimia dan fisik yang berbeda. Jika isomer berbeda pada cara ikatan atom-
atomnya dalam molekul, mereka digambarkan sebagai isomer structural. Bentuk isomerisme
lain didasarkan pada pengaturan berbeda dari substituen ikatan (A, B) atau pada adanya pusat
kiral dalam molekul (C).
A. isomer cis-trans
Ikatan rangkap tidak dapat diputar secara bebas. Jika atom rangkap dua memiliki substituen
yang berbeda, ada dua rienotasi yang mungkin untuk kelompok ini. Dalam asam fumarat,
perantara dari siklus asam tricarboxylic, gugus karboksi terletak pada sisi yang berbeda dari
ikatan rangkap (posisi trans atau E).
Pada isomer asam maleat, yang tidak diproduksi dalam proses metabolisme, gugus karboksil
terletak pada sisi yang sama dari ikatan (cis atau posisi Z). Isomer Cis-trans (isomer
geometris) memiliki sifat kimia dan fisik yang berbeda, seperti titik lelehnya (Fp.) dan nilai
pKa. Isomer asam maleat hanya dapat dipertukarkan dengan reaksi kimia.

Universitas Esa Unggul

http://esaunggul.ac.id 10 /
29
Pada metabolisme lipid, isomerisme cis-trans sangat penting. Ikatan rangkap dalam asam
lemak alami iasanya memiliki konfigurasi cis. Sebaliknya, intermediet oksidasi β tidak jenuh
memiliki konfigurasi trans. Ini membuat pemecahan asam lemak tak jenuh lebih rumit.
Isomerisasi retina cis yang diinduksi cahaya sangat penting dalam siklus visual (lihat hal. 358)

Gambar 9. Beberapa asam lemak

Gambar 10. Struktur isomer cis-trans

B. Konformasi
Bentuk molekul yang muncul sebagai akibat dari rotasi di sekitar ikatan yang dapat diputar
secara bebas dikenal sebagai konformer. Bahkan molekul kecil dapat memiliki konformasi
yang berbeda dalam larutan. Dalam dua konformasi asam suksinat yang diilustrasikan
berlawanan, atom-atom disusun dengan cara yang mirip dengan asam fumarat dan asam
maleat. Kedua bentuk dimungkinkan, meskipun konformasi 1 lebih disukai karena jarak yang
lebih besar antara kelompok COOH dan karena itu terjadi lebih sering. Makromolekul yang
aktif secara biologis seperti protein atau asam nukleat biasanya memiliki konformasi yang
jelas ("asli"), yang distabilkan oleh interaksi dalam molekul.

Universitas Esa Unggul

http://esaunggul.ac.id 11 /
29
 Gambar 10. Perbedaan antara Isomer cis-trans dan konformasi

Gambar 11. Strukur molekul isomer cic-trans asam maleat dan asam fumarat
C. Isomer optik
Jenis isomerisme lain muncul ketika molekul mengandung pusat kiral atau kiral secara
keseluruhan. Chirality (dari bahasa Yunani cheir, tangan) mengarah pada penampilan struktur
yang berperilaku seperti gambar dan gambar cermin dan yang tidak dapat ditumpangkan
(isomer "cermin"). Penyebab perilaku kiral yang paling sering adalah adanya atom C
asimetris, yaitu, atom dengan empat substituen berbeda. Sebuah molekul dengan hanya satu
karbon kiral dapat memiliki dua stereoisomer; bila ada dua atau lebih (n) karbon kiral,
mungkin terdapat stereoisomer 2n.
Mengingat pentingnya stereokimia dalam reaksi antara biomolekul sehingga stereokimianya
tidak ambigu maka untuk senyawa dengan lebih dari satu pusat kiral, sistem nomenklatur
yang paling berguna adalah sistem RS. Dalam sistem ini, setiap kelompok yang terikat pada
karbon kiral diberi prioritas, yaitu :

Klasifikasi yang jelas dari konfigurasi dimungkinkan oleh sistem R / S.

Untuk penamaan dalam sistem RS, atom kiral dilihat berdasarkan kelompok prioritas terendah
mengarah menjauh dari pengamat. Jika prioritas tiga kelompok lainnya (1 ke 3) menurun
searah jarum jam, konfigurasinya adalah (R) (Latin rectus,

Universitas Esa Unggul

http://esaunggul.ac.id 12 /
29
"Baik"); jika dalam urutan berlawanan jarum jam, konfigurasinya adalah (S) (Latin sinister,
"left"). Dengan cara ini setiap karbon kiral diberi tanda (R) atau (S), dan inklusi dari sebutan
ini dalam nama senyawa memberikan deskripsi yang tidak ambigu tentang stereokimia di
setiap pusat kiral

Gambar 12. Konfigurasi R/S

Enantiomer memiliki sifat kimia yang sangat mirip, tetapi mereka memutar cahaya
terpolarisasi dalam arah yang berlawanan (aktivitas optic. Hal yang sama berlaku untuk
enansiomer asam laktat. Asam L-laktat dextrorotatory terjadi pada otot dan darah hewan,
sementara bentuk D yang dihasilkan oleh mikroorganisme ditemukan dalam produk susu.
Proyeksi Fischer sering digunakan untuk mewakili formula untuk pusat kiral .

Gambar13. molekul asimetri -kiral (a) dan non asimetri (b)

Universitas Esa Unggul

http://esaunggul.ac.id 13 /
29
 Gambar 14. Isomer optik asam laktat dengan atom C-asimetri

C. Latihan
1. Apa yang dimaksud dengan trace element ? berikan contohnya
2. Sebutkan dan gambarkan struktur gugus fungsi yang terlibat di dalam reaksi
biokimia tubuh ?
3. Apa yang dimaksudkan dengan ikatan hidrogen ? kapan ikatan tersebut dapat
terbentuk
4. Apakah yang maksud dengan senyawa asimetri dan isomer cis-trans ? berikan
contoh dan gambarkan strukturnya
D. Kunci Jawaban
1. Senyawa trace elemen adalah senyawa yang ada dalam jumlah sangat sedkit
dan diperlukan oleh tubuh untuk berlangsungnya reaksi biokimia, biasanya
sebagai kofaktor enzim contohnya Fe, Cu dan Zn

Universitas Esa Unggul

http://esaunggul.ac.id 14 /
29
 2. Dalam satu molekul maka hanya bagian gugus fungsi yang terlibat dalam
rekasi kimia. Ada berbagai gugus fungsi dari molekul terlibat di dalam reaksi
biokimia di dalam tubuh, yaitu :

3. Gaya tarik antar-molekul yang terjadi antara atom hidrogen yang terikat
dengan atom sangat elektronegatif (N, O, atau F) dan pasangan elektron bebas
dari atom sangat elektronegatif lainnya.
Contoh :

4. Senyawa carbon asimetri adalah senyawa karbon yang ke-empat tangan dari
karbon mengikat gugus fungsi/substituent/atom yang berbeda isomer adalah
senyawa yang memiliki rumus molekul sama tetapi memiliki konfigurasi ruang
yang berbeda, isomer cis-trans adalah isomer yang terbentuk karena senyawa
memilki ikatan rangkap 2.

Universitas Esa Unggul

http://esaunggul.ac.id 15 /
29
 Contohnya :

E. Daftar Pustaka

1. Nelson DL. and Cok MM. Lehninger. Priciples of Biochemistry. Seven edition. 2017.

2. Murray et al, Harper's Illustrated Biochemistry, 28 edition. 2009

Universitas Esa Unggul

http://esaunggul.ac.id 16 /
29
 AIR ADALAH PELARUT PADA REAKSI-REAKSI KIMIA
A. Kemampuan Akhir yang Diharapkan
Setelah mempelajari modul ini, diharapkan mahasiswa mampu :
1. Mampu mengambarkan struktur molekul air dan es
2. Mampu menjelaskan tentang ikatan hidrogen dan pembentukannya
3. Mampu menjelaskan bagaimana air menstabilkan biomolekul
B. Uraian dan contoh
1. Air adalah pelarut
Sifat khusus air (H2O) menjadi jelas ketika dibandingkan dengan metana (CH4). Kedua
molekul memiliki massa dan ukuran yang serupa. Namun demikian, titik didih air lebih dari
250 ° C di atas metana. Pada suhu di permukaan bumi, air adalah cairan, sedangkan metana
adalah gas. Titik didih air yang tinggi dihasilkan dari entalpi penguapannya yang tinggi, yang
pada gilirannya disebabkan oleh fakta bahwa kerapatan elektron dalam molekul tidak
terdistribusi secara merata. Dua sudut molekul air berbentuk tetrahedral ditempati oleh
elektron yang tidak terbagi (hijau), dan dua lainnya oleh atom hidrogen. Akibatnya, ikatan H
– O – H memiliki bentuk miring. Selain itu, ikatan O-H terpolarisasi karena elektronegativitas
oksigen yang tinggi (lihat gambar. 6). Satu sisi molekul membawa muatan parsial (δ) sekitar –
0,6 unit, sedangkan sisi lainnya bermuatan positif. Pemisahan spasial dari muatan positif dan
negatif memberikan molekul sifat dari dipol listrik. Molekul air merupakan hasil tarik
menarik satu sama lain seperti magnet kecil, dan juga terhubung oleh ikatan hydrogen. Ketika
air cair menguap, sejumlah besar energi harus dikeluarkan untuk mengganggu interaksi ini.
Sebaliknya, molekul metana bukan dipolar, dan karena itu berinteraksi satu sama lain dengan
lemah. Inilah sebabnya mengapa metana cair menguap pada suhu yang sangat rendah.

Gambar 14. Perbedaan air dan metana

Universitas Esa Unggul

http://esaunggul.ac.id 17 /
29
 Air adalah komponen kimia utama organisme hidup. Sifat fisiknya yang unik, yang
mencakup kemampuan untuk melarutkan berbagai molekul organik dan anorganik, berasal
dari struktur dipolar air dan kemampuan yang luar biasa untuk membentuk ikatan hidrogen.
Zat yang terdisosiasi dalam air menjadi kation (ion bermuatan positif) dan anion (ion
bermuatan negatif) diklasifikasikan sebagai elektrolit. Adanya ion bermuatan memfasilitasi
konduktansi arus listrik melalui larutan air. Gula atau alkohol, yang mudah larut dalam air
tetapi tidak mengandung muatan atau dipisahkan menjadi spesies bermuatan, diklasifikasikan
sebagai nonelektrolit.
Sifat polar dan kemampuan untuk membentuk ikatan hidrogen adalah dasar dari sifat
pelarut air yang unik. Molekul polar mudah tersebar di air. Garam yang mengikat kisi kristal
melalui tarikan gugus positif dan negatif larut dalam air karena gaya elektrostatis dalam
kristal dapat diatasi dengan daya tarik muatan ke dipol air. NaCl adalah contoh di mana
tarikan elektrostatis atom Na + dan Cl– diatasi dengan interaksi Na + dengan muatan negatif
pada atom oksigen, dan Cl– dengan muatan positif pada atom hidrogen. Interaksi muatan-
muatan antara air dan ion Na + dan Cl– cukup untuk memisahkan dua ion bermuatan.
Banyak molekul organik yang mengandung gugus nonionik tetapi bersifat polar lemah
yang larut dalam air karena daya tarik gugus ini ke molekul air. Gula dan alkohol mudah larut
dalam air karena kemampuan ini. Molekul amfipati, senyawa yang mengandung gugus polar
dan nonpolar, menyebar dalam air jika kekuatan tarikan gugus polar untuk air dapat
mengatasi interaksi hidrofobik dari bagian nonpolar dari molekul. Molekul yang sangat
hidrofobik, seperti senyawa yang mengandung rantai hidrokarbon panjang, tidak langsung
menyebar sebagai molekul tunggal dalam air tetapi berinteraksi satu sama lain untuk
mengeluarkan molekul air polar.
Cara dimana air berinteraksi dengan biomolekul terlarut mempengaruhi struktur
masing-masing. Nukleofil yang sangat baik, air adalah reaktan atau produk dalam banyak
reaksi metabolisme. Air memiliki kecenderungan kecil untuk berdisosiasi menjadi ion dan
proton hidroksida. Tingkat keasaman larutan berair umumnya ditetapkan menggunakan skala
pH logaritmik. Bikarbonat dan buffer lain biasanya mempertahankan pH cairan ekstraseluler
antara 7,35 dan 7,45. Gangguan keseimbangan asam-basa ditentukan dengan mengukur pH
darah arteri dan kandungan CO2 dari darah vena. Penyebab asidosis (pH darah <7,35)
termasuk ketosis diabetikum dan asidosis laktat. Alkalosis (pH> 7,45) dapat terjadi jika
sesorang mengeluarkan/memuntahkan isi lambung yang asam.
Sifat dipolar molekul air mendukung pembentukan ikatan hidrogen (Gamb.8). Setiap
molekul dapat bertindak sebagai donor atau akseptor ikatan H, dan karenanya banyak molekul

Universitas Esa Unggul

http://esaunggul.ac.id 18 /
29
dalam air cair dihubungkan oleh ikatan H (1). Ketika suhu menurun, proporsi kelompok air
meningkat sampai air mulai mengkristal. Di bawah tekanan atmosfer normal, ini terjadi pada
0 ° C. di dalam es, sebagian besar molekul air difiksasi dalam kisi heksagonal (3). Karena
jarak antara molekul individu dalam keadaan beku rata-rata lebih besar daripada dalam
keadaan cair, kerapatan es lebih rendah dari pada air cair. Fakta ini sangat penting secara
biologis — artinya, misalnya, bahwa dalam musim dingin, es terbentuk di permukaan terbuka
peregangan air pertama, dan air jarang membeku ke bawah.

Tabel 1. Titik lebur, titik didih dan kalor penguapan beberapa pelarut yang umum

2. Hidrasi
Berbeda dengan kebanyakan cairan lain, air adalah pelarut yang sangat baik untuk ion.
Di bidang listrik kation dan anion, air dipolar molekul mengatur diri secara teratur sesuai
dengan muatan ion. Mereka membentuk cangkang hidrasi dan melindungi ion pusat dari ion
yang bermuatan berlawanan. Karenanya, ion logam sering muncul sebagai heksahidrat ([Me
(H2O) 62+], di sebelah kanan). Di bola hidrasi dalam dari jenis ion ini, molekul air secara
praktis diimobilisasi dan mengikuti ion pusat. Air memiliki konstanta dielektrik tinggi 78
yaitu, gaya tarik elektrostatik antara ion dikurangi menjadi 1/78 oleh pelarut. Kelompok
bermuatan listrik dalam molekul organik (mis., Karboksilat, fosfat, dan gugus amonium) juga
terhidrasi dengan baik dan berkontribusi terhadap kelarutan dalam air. Molekul netral dengan
beberapa gugus hidroksi, seperti gliserol (di sebelah kiri) atau gula, juga mudah larut, karena
mereka dapat membentuk ikatan H dengan molekul air. Semakin tinggi proporsi gugus fungsi
polar dalam molekul, semakin larut dalam air (hidrofilik). Sebaliknya, molekul yang hanya
terdiri dari hidrokarbon secara eksklusif atau sebagian besar larut atau tidak larut dalam air.
Senyawa ini disebut hidrofobik (lihat hal. 28).
Regulasi keseimbangan air di dalam tubuh :
a. tergantung pada mekanisme hipotalamus yang mengendalikan rasa haus,

Universitas Esa Unggul

http://esaunggul.ac.id 19 /
29
 b. hormon antidiuretik (ADH),
c. retensi atau ekskresi air oleh ginjal,
d. kehilangan penguapan.

Diabetes insipidus nefrogenik, yang melibatkan ketidakmampuan untuk kerkonsentrasi

urin atau menyesuaikan diri dengan perubahan halus dalam osmolaritas cairan ekstraseluler,
hasil dari respon osmoreseptor tubular ginjal yang tidak responsif terhadap ADH
Gambar 13. Struktur molekul air dan es

3. Air membentuk ikatan hidrogen dengan Zat Terlarut

Ikatan hidrogen bukanlah hal unik untuk air. Ikatan hidrogen mudah terbentuk antara
atom elektronegatif (akseptor hidrogen, biasanya oksigen atau nitrogen dengan pasangan
elektron bebas) dan atom hidrogen yang terikat secara kovalen dengan atom elektronegatif
lain (donor hidrogen) dalam molekul yang sama atau yang lain (Gbr. 14).

Gambar 14. Pembentukan ikatan hidrogen di dalam sistem biologis akseptor hidrogen biasanya oksigen
atau nitrogen; donor hidrogen adalah atom elektronegatif lain.

Atom hidrogen yang berikatan kovalen dengan atom karbon tidak berpartisipasi dalam
ikatan hidrogen, karena karbon hanya sedikit lebih elektronegatif daripada hidrogen sehingga
ikatan COH hanya sangat lemah di kutub. Perbedaan tersebut menjelaskan mengapa butanol
(CH3 (CH2) 2CH2OH) memiliki titik didih yang relatif tinggi yaitu 117 C, sedangkan butana
(CH3 (CH2) 2CH3) memiliki titik didih hanya -0,5 °C. Butanol memiliki gugus hidroksil
Universitas Esa Unggul
http://esaunggul.ac.id 20 /
29
polar dan dengan demikian dapat membentuk ikatan hidrogen antar molekul. Biomolekul
yang tidak bermuatan tetapi seperti gula larut dengan mudah dalam air karena efek stabilisasi
ikatan hidrogen antara gugus hidroksil atau karbonil oksigen dari gula dan molekul air polar.
Alkohol, aldehida, keton, dan senyawa yang mengandung ikatan NOH semuanya membentuk
ikatan hidrogen dengan molekul air (Gbr. 15) dan cenderung larut dalam air.
Gambar 15. Pembentukan ikatan hidrogen beberapa gugus fungsi senyawa biologi

Ikatan hidrogen paling kuat ketika molekul berikatan berorientasi untuk memaksimalkan
interaksi elektrostatik, yang terjadi ketika atom hidrogen dan dua atom yang berbagi itu
berada dalam garis lurus - yaitu, ketika atom akseptor sejalan dengan ikatan kovalen antara
atom donor dan H (Gbr. 16).

Gambar 16. Daya tarik antara muatan listrik parsial (lihat Gambar. 2–1) paling besar ketika tiga
atom yang terlibat (dalam hal ini O, H, dan O) terletak pada garis lurus. Ketika gugus yang
terikat hidrogen dibatasi secara struktural (seperti ketika mereka adalah bagian dari molekul
protein tunggal), geometri ideal mungkin tidak memungkinkan dan ikatan hidrogen yang
dihasilkan lebih lemah.
Ikatan hidrogen dengan demikian sangat terarah dan mampu menahan dua molekul atau
kelompok yang terikat hidrogen dalam susunan geometris tertentu. Seperti yang akan kita
lihat nanti, sifat ikatan hidrogen ini memberikan struktur tiga dimensi yang sangat tepat pada
molekul protein dan asam nukleat, yang memiliki banyak ikatan hidrogen intramolekul.
4. Interaksi biomelekul dengan air akan mempengaruhi struktur biomelekul.

Universitas Esa Unggul

http://esaunggul.ac.id 21 /
29
 Ikatan kovalen dan non kovalen menstabilkan molekul biologis. Ikatan kovalen adalah
gaya terkuat yang menahan molekul bersama-sama. Gaya-gaya nonkovalen, meskipun tidak
besar (lebih kecil dari kovalen), memberikan kontribusi yang signifikan terhadap struktur,
stabilitas, dan kompetensi fungsional makromolekul dalam kehidupan sel. Kekuatan ini, yang
bisa menarik atau mendorong melibatkan interaksi baik di dalam biomolekul dan di antara
keduanya dan air yang membentuk komponen utama dari lingkungan sekitarnya.
Biomolekul melipat ke arah bagian yang bersifat polar dan gugus fungsi yang bermuatan
diatas permukaan. Sebagian besar biomolekul bersifat amphipathic; artinya, mereka memiliki

daerah kaya akan kelompok fungsional bermuatan atau kutub serta daerah dengan karakter
hidrofobik. Protein cenderung melipat dengan rantai samping-R dari asam amino dengan
rantai samping hidrofobik di bagian dalam. Amino asam dengan rantai samping asam amino
bermuatan atau polar (misalnya, arginin, glutamat, serin) umumnya ada di permukaan jika
kontak dengan air. Pola serupa terjadi pada lapisan ganda fosfolipid, di mana gugus kepala
fosfatidil serin atau fosfatidil etanolamina bersentuhan dengan air sementara rantai samping
asil lemak hidrofobiknya berkumpul bersama, tidak termasuk air. Ini pola memaksimalkan
peluang untuk pembentukan muatan-dipol yang menguntungkan secara energik, dipol-dipol,
dan hidrogen interaksi ikatan antara kelompok kutub pada biomolekul dan air. Ini juga
meminimalkan kontak yang tidak menguntungkan secara energik antara air dan kelompok
hidrofobik.

Interaksi Hidrofobik
Interaksi hidrofobik mengacu pada kecenderungan senyawa nonpolar untuk
mengasosiasikan diri dalam lingkungan berair. asosiasi diri ini tidak didorong oleh
Universitas Esa Unggul
http://esaunggul.ac.id 22 /
29
ketertarikan timbal balik atau oleh apa yang terkadang salah disebut sebagai “hidrofobik
obligasi. " Asosiasi diri meminimalkan tidak menguntungkan secara energik interaksi antara
kelompok nonpolar dan air.
Hidrogen dari golongan nonpolar seperti gugus metilen hidrokarbon tidak membentuk
ikatan hidrogen, hidrogen mempengaruhi struktur air yang mengelilinginya. Molekul air yang
berada berdekatan dengan kelompok hidrofobik dibatasi dalam jumlah orientasi (derajat
kebebasan) yang memungkinkan untuk berpartisipasi dalam jumlah maksimum ikatan
hidrogen yang secara energik menguntungkan. Formasi maksimal dari beberapa ikatan
hidrogen dapat dipertahankan hanya dengan meningkatkan urutan molekul air yang
berdekatan, dengan penurunan entropi yang menyertai.
energi bebas optimal dari campuran hidrokarbon-air adalah fungsi dari kedua entalpi
maksimal (dari ikatan hidrogen dan entropi minimum (derajat kebebasan maksimum). Jadi,
molekul nonpolar cenderung membentuk tetesan untuk meminimalkan luas permukaan yang
terbuka dan mengurangi jumlah air molekul terpengaruh. Demikian pula, di lingkungan berair
bagian hidrofobik dari biopolimer cenderung pada sel hidup untuk tertanam/berada di dalam
struktur molekul, atau dalam lipid bilayer, meminimalkan kontak dengan air.
Interaksi Elektrostatis
Interaksi antara gugus fungsi yang bermuatan membantu membentuk struktur
biomolekuler. Interaksi elektrostatis berlawanan antara gugus fungsi yang bermuatan di dalam
atau di antara biomolekul disebut jembatan garam. Jembatan garam memiliki kekuatan yang
sebanding dengan ikatan hidrogen tetapi bekerja pada jarak yang lebih jauh. Karena itu sering
memfasilitasi pengikatan molekul dan ion bermuatan ke protein dan asam nukleat.
Gaya van der Waals
Gaya van der Waals muncul dari gaya tarik antara transien dipol yang dihasilkan oleh
pergerakan elektron yang cepat atom netral. Secara signifikan lebih lemah dari ikatan
hidrogen tapi berpotensi sangat banyak, gaya van der Waals berkurang sebagai pangkat enam
dari jarak yang memisahkan atom. Jadi, mereka bertindak dalam jarak yang sangat pendek,
biasanya 2-4 Å.

Berbagai Gaya Menstabilkan Biomolekul

Heliks ganda DNA menggambarkan kontribusi dari banyak kekuatan ke struktur
biomolekul. Setiap untai DNA individu dihubungkan oleh ikatan kovalen, kedua untaian
heliks disatukan secara eksklusif oleh interaksi nonkovalen. Interaksi nonkovalen ini
termasuk ikatan hidrogen antara basa nukleotida (basa Watson-Crick berpasangan) dan

Universitas Esa Unggul

http://esaunggul.ac.id 23 /
29
interaksi van der Waals antara basa purin dan pirimidin. Heliks menunjukkan muatan polar
gugus fosfat dan gula ribosa dari tulang punggung ke air sambil mengubur nukleotida yang
relatif hidrofobik di dalam. Tulang punggung yang diperpanjang memaksimalkan jarak antara
fosfat bermuatan negatif, meminimalkan interaksi elektrostatis yang tidak menguntungkan.
Reaksi metabolik sering melibatkan serangan oleh pasangan mandiri. Elektron yang
berada pada molekul kaya elektron disebut nukleofil pada atom miskin elektron yang disebut
elektrofil. Nukleofil dan elektrofil tidak harus memiliki formal muatan negatif atau positif.
Air, yang dua pasang sp3 elektron mengandung muatan negatif parsial, merupakan nukleofil
yang sangat baik. Nukleofil lain yang penting secara biologis termasuk atom oksigen dari
fosfat, alkohol, dan asam karboksilat; belerang tiol; nitrogen amina; dan imidazol cincin
histidin. Elektrofil yang umum meliputi karbon karbonil dalam amida, ester, aldehida, dan
keton dan atom fosfor dari fosforester.
Serangan nukleofilik oleh air umumnya menghasilkan pemecahan ikatan amida, glikosida,
atau ester yang menahan biopolimer bersama. Proses ini disebut hidrolisis. Sebaliknya, kapan
unit monomer digabungkan untuk membentuk biopolimer seperti protein atau glikogen, air
adalah produk, misalnya, selama pembentukan ikatan peptida antara dua asam amino:

Hidrolisis adalah reaksi yang disukai secara termodinamika karena ikatan amida dan
fosforester dari polipeptida dan oligonukleotida stabil di lingkungan berair sel. Perilaku yang
tampaknya paradoks ini mencerminkan fakta bahwa termodinamika yang mengatur
kesetimbangan suatu reaksi tidak menentukan laju kelanjutannya. Di dalam sel, enzim yang
merupakan katalis protein yang diperlukan untuk mempercepat laju reaksi hidrolitik. Protease
mengkatalisis hidrolisis protein menjadi protein komponen asam amino, sedangkan nuklease
mengkatalisis hidrolisis dari ikatan fosforester dalam DNA dan RNA. Kontrol yang cermat
atas aktivitas enzim ini diperlukan untuk memastikan bahwa mereka bekerja hanya pada
molekul target yang tepat pada waktu yang tepat.
Universitas Esa Unggul
http://esaunggul.ac.id 24 /
29
Hidrolisis dan fosforolisis glikogen, misalnya, melibatkan transfer gugus glukosil ke air atau
ke ortofosfat. Konstanta kesetimbangan untuk hidrolisis ikatan kovalen sangat mendukung
pembentukan produk.
Sebaliknya, dalam banyak kasus, reaksi transfer gugus fungsi yang bertanggung jawab untuk
biosintesis makromolekul melibatkan pembentukan ikatan kovalen yang tidak disukai secara
termodinamika. Enzim mengatasi penghalang ini dengan menggabungkan transfer gugus
fungsi pada reaksi terhadap lainnya, reaksi yang disukai sehingga perubahan keseluruhan
dalam energi bebas mendukung sintesis biopolimer. Mengingat sifat nukleofilik air dan
konsentrasinya yang tinggi dalam sel, mengapa biopolimer seperti protein dan DNA relatif
stabil.

C. Latihan Soal
1. Bagaimanakah struktur 1 molekul air dan molekul es
2. Jelaskan pembentukan ikatan hidrogen !
3. bagaimanakah air menstabilkan biomolekul yang ada ?
D. Kunci Jawaban
1. Struktur air adalah sebagai berikut :

Universitas Esa Unggul

http://esaunggul.ac.id 25 /
29
 Air adalah komponen kimia utama organisme hidup. Sifat fisiknya yang unik, yang
mencakup kemampuan untuk melarutkan berbagai molekul organik dan anorganik,
berasal dari struktur dipolar air dan kemampuan yang luar biasa untuk membentuk
ikatan hidrogen.
Zat yang terdisosiasi dalam air menjadi kation (ion bermuatan positif) dan anion (ion
bermuatan negatif) diklasifikasikan sebagai elektrolit. Adanya ion bermuatan
memfasilitasi konduktansi arus listrik melalui larutan air. Gula atau alkohol, yang
mudah larut dalam air tetapi tidak mengandung muatan atau dipisahkan menjadi
spesies bermuatan, diklasifikasikan sebagai nonelektrolit.
Sifat polar dan kemampuan untuk membentuk ikatan hidrogen adalah dasar dari sifat
pelarut air yang unik

Universitas Esa Unggul

http://esaunggul.ac.id 26 /
29
 2. Ikatan hidrogen bukanlah hal unik untuk air. Ikatan hidrogen mudah terbentuk
antara atom elektronegatif (akseptor hidrogen, biasanya oksigen atau nitrogen
dengan pasangan elektron bebas) dan atom hidrogen yang terikat secara kovalen
dengan atom elektronegatif lain (donor hidrogen) dalam molekul yang sama atau
yang lain. Atom hidrogen yang berikatan kovalen dengan atom karbon tidak
berpartisipasi dalam ikatan hidrogen, karena karbon hanya sedikit lebih
elektronegatif daripada hidrogen sehingga ikatan COH hanya sangat lemah. Ikatan

hidrogen paling kuat ketika molekul berikatan berorientasi untuk memaksimalkan

interaksi elektrostatik, yang terjadi ketika atom hidrogen dan dua atom yang berbagi
itu berada dalam garis lurus - yaitu, ketika atom akseptor sejalan dengan ikatan
kovalen antara atom donor dan H.

Universitas Esa Unggul

http://esaunggul.ac.id 27 /
29
 DAFTAR ACUAN
Murray et al, Harper's Illustrated Biochemistry, 28 edition. 2009

Golakiya, Patel, Gajera. Fundamentals of Biochemistry. Textbook. International Book

Distributing Co. 2008

Nelson DL. and Cok MM. Lehninger. Priciples of Biochemistry. Seven edition. 2017

Richard A. Harvey, Denise R. Ferrier, 5th ed .2018 Lippincott Williams & Wilkins, a Wolters
Kluwer.

Universitas Esa Unggul

http://esaunggul.ac.id 28 /
29