KES 700

BIOKIMIA
Presented By :
apt. Nurul Fatmawati Pua Upa, M.Farm.

Sesi Ke II
Air Sebagai Pelarut Reaksi Kimia

Adopt by : Dr. Sri Teguh Rahayu, M. Farm., Apt

 Capaian Pembelajaran
1. Mahasiswa mampu memahami dan menjelaskan mengenai air sebagai pelarut pada
reaksi-reaksi kimia dalam tubuh
2. Memahami dan menjelaskan adanya elemen yang diperlukan oleh tubuh
3. Mampu menyebutkan dan menjelaskan gugus fungsi yang terlibat di dalam reaksi kimia
4. Mempu menjelaskan mengenai pembentukan ikatan hydrogen dan memberikan contoh
5. Mampu menjelaskan jenis isomer yang mempengaruhi aktivitas suatu senyawa
OUTLINE
1. Element Penting dalam tubuh pada system periodik
2. Ikatan-ikatan kimia pada reaksi kimia
3. Pembentukan ikatan hydrogen air-pelarut
Element Penting
dalam tubuh pada
system periodik
 Pendahuluan
• fenomena biologis : memurnikan komponen kimia biomolekul menjadi bagian-
bagian terkecilnya, seperti protein, dari organisme hidup dan melakukan
struktural kimianya

• Antoine Lavoisier (1743-1794) mencatat kesederhanaan kimiawi relatif dari

"dunia mineral" dan membandingkannya dengan kompleksitas "dunia
tumbuhan dan hewan". Diketahui komponen materi hidup terdiri dari senyawa
kaya unsur karbon, oksigen, nitrogen, dan fosfor.
Ø Empat unsur yang paling melimpah dalam organisme hidup, dalam hal
persentase jumlah total atom, yang Bersama-sama membentuk lebih dari 99%
massa sebagian besar sel, yaitu :
§ hidrogen (H)
§ oksigen (O)
§ nitrogen (N)
§ karbon (C)
Ø Atom-atom tersebut adalah elemen paling ringan yang mampu membentuk satu,
dua, tiga, dan empat ikatan, masing-masing
Ø secara umum, unsur-unsur paling ringan membentuk ikatan terkuat
 Biomolekul merupakan senyawa karbon dengan banyak gugus fungsi.

Trace elements misalnya Fe, Cu, and Zn merupakan elemen yang jumlahnya sangat
kecil, tetapi semuanya penting untuk kehidupan, biasanya karena mereka penting
untuk fungsi protein tertentu, termasuk enzim.
Karbon dapat membentuk ikatan tunggal dengan atom hidrogen, dan
ikatan tunggal dan ganda dengan atom oksigen dan nitrogen. Dua
atom karbon juga dapat berbagi dua (atau tiga) pasangan elektron,
sehingga membentuk ikatan rangkap (atau rangkap tiga).
 Sel Mengandung Universal Molekul Kecil
• Bagian sel yang merupakan fase air (sitosol) dari semua sel merupakan
kumpulan 100-200 molekul organik kecil yang berbeda (dengan massa
relative ~ 100 hingga ~ 500), Kumpulan molekul ini mencakup asam
amino umum, nukleotida, gula dan turunannya yang terfosforilasi, dan
sejumlah asam mono-, di-, dan trikarboksilat.
• Molekulnya polar atau bermuatan, larut dalam air, dan terdapat dalam
konsentrasi mikromolar hingga milimolar. Mereka terperangkap di
dalam sel karena membran plasma tidak dapat ditembus — meskipun
transporter membran tertentu bisa mengkatalisasi pergerakan
beberapa molekul ke dalam dan ke luar.
 Makromolekul Merupakan Penyusun Utama Sel
• Sintesis makromolekul adalah aktivitas sel yang memakan energi utama.
Makromolekul sendiri selanjutnya dapat dirakit menjadi kompleks supramolekul,
membentuk unit fungsional seperti ribosom
• Ikatan kovalen dan gugus fungsi dari suatu makromolekul merupakan hal penting
pusat fungsi dari senyawa tersebut, selain itu pengaturan posisi atom-atom yang
penyusunnya disebut stereoisomer juga mempengaruhi aktivitasnya. Senyawa
yang mengandung karbon umumnya ada sebagai stereoisomer, molekul dengan
ikatan kimia yang sama tetapi stereokimia yang berbeda — yaitu, konfigurasi
yang berbeda, pengaturan spasial atom yang tetap.
Konfigurasi Elektron
1. Konfigurasi elektron: contoh Sifat kimia atom dan jenis ikatan yang
terbentuk satu sama lain ditentukan oleh kulit elektronnya
2. Keadaan elektron yang mungkin disebut orbital. Ini ditunjukkan oleh
apa yang dikenal sebagai nomor kuantum utama dan dengan huruf —
s, p, atau d. Orbital diisi satu per satu saat jumlah elektron bertambah.
Setiap orbital dapat menampung maksimum dua elektron, yang harus
diarahkan "berputar".
Polaritas Ikatan
Bergantung pada posisi elemen dalam tabel periodik, sehingga setiap atom memiliki keelektronegatifan
yang berbeda, yaitu kecenderungan berbeda untuk mengambil electron pada kulit terluar. Nilai yang
diberikan dalam C2 berada pada skala antara 2 dan 4. Semakin tinggi nilainya, semakin elektronegatif
atom. Ketika dua atom dengan elektronegativitas yang sangat berbeda terikat satu sama lain, elektron
ikatan ditarik menuju atom yang lebih elektronegatif, dan ikatan terpolarisasi.
 Ikatan Hidrogen

Ikatan hidrogen, jenis khusus dari ikatan nonkovalen, sangat penting dalam
biokimia. Dalam jenis ikatan ini, atom hidrogen OH, NH, atau kelompok SH
(dikenal sebagai donor ikatan hidrogen) berinteraksi dengan elektron
bebas dari atom akseptor (misalnya, O, N, atau S). Gaya tarik antar-
molekul yang terjadi antara atom hidrogen yang terikat dengan atom
sangat elektronegatif (N, O, atau F) dan pasangan elektron bebas dari
atom sangat elektronegatif lainnya. Energi ikatan ikatan hidrogen (10-40
kJ mol -1) jauh lebih rendah daripada ikatan kovalen (sekitar 400 kJ mol -
1). Namun, karena ikatan hidrogen dapat sangat banyak dalam protein
dan DNA, mereka memainkan peran kunci dalam stabilisasi molekul-molekul
ini
Isomer Optik
1. Jenis isomerisme lain muncul ketika molekul mengandung pusat kiral atau kiral secara
keseluruhan. Chirality (dari bahasa Yunani cheir, tangan) mengarah pada penampilan
struktur yang berperilaku seperti gambar dan gambar cermin dan yang tidak dapat
ditumpangkan (isomer "cermin").
2. Mengingat pentingnya stereokimia dalam reaksi antara biomolekul sehingga
stereokimianya tidak ambigu maka untuk senyawa dengan lebih dari satu pusat kiral, sistem
nomenklatur yang paling berguna adalah sistem RS. Dalam sistem ini, setiap kelompok yang
terikat pada karbon kiral diberi prioritas,
3. Untuk penamaan dalam sistem RS, atom kiral dilihat berdasarkan kelompok prioritas
terendah mengarah menjauh dari pengamat.
AIR BAGIAN DARI KOMPONEN UTAMA TUBUH
1. Beberapa komponen utama tubuh
manusia, yaitu ;
1. Protein
2. Karbohidrat
3. Lemak
4. Air
5. Mineral
žKomponen paling utama adalah air dengan jumlah bervariasi
didalam berbagai jaringan tubuh.
žPolaritas air dan kemampuannya membentuk ikatan hidrogen
menyebabkan air amat cocok dan ideal sebagai pelarut di
dalam tubuh.
Komposisi kimia normal pada laki-laki dengan bb 65 kg.
kg persen (%)

Protein 11 17,0

Lemak 9 13,8

Karbohidrat 1 1,5

Air 40 61,6

mineral 4 6,1
 Air dan tingkat keasamaan (PH)
1. produk-akhir utama dari metabolisme oksidatif makanan adalah air.
2. air merupakan nukleofil yang berfungsi sebagi reaktan dan juga
produk dalam banyak reaksi metabolik.
3. Tempat aktif enzim telah dirancang sedemikian rupa sehingga akan
menyingkirkan air atau mengikut sertakan air tergantung fungsi air
sebagai reaktan atau bukan.
 Air bagian dari sistem Homeostasis tubuh
1. Homeostatis, merupakan sistem pemeliharaan komposisi lingkungan
internal esensial bagi kesehatan, mencakup masalah mengenai distribusi
air dalam tubuh dan pemeliharaan nilai pH serta konsentrasi elektrolit
yang tepat
2. 2/3 dari total air tubuh adalah cairan intrasel, sisanya cairan ektrasel.
Dari cairan ekstrasel 25% adalah plasma.
• Pengaturan keseimbangan air bergantung pada:
1. mekanisme hipotalamus dalam mengendalikan rasa haus
2. hormon ADH (antidiuretic hormone)
3. retensi atau ekskresi air oleh ginjal dan kehilangan
evaporatif karena respirasi atau perspirasi.
• Mekanisme osmotik dan nonosmotik akan menjaga air serta
homeostasis osmotik cairan ekstrasel.
• Dua respon berbeda, yaitu respon menyimpan air lewat
antidiuresis dan respon mencari air lewat rasa haus
berfungsi untuk mempertahankan homeostatis.
• Peningkatan osmolaritas cairan ekstrasel 2% dapat
memicu rasa haus dan pelepasan hormon antidiuretik
hipofisis.
Kelainan genetik diabetes insipidus nefrogenik yang ditandai oleh
rasa haus ekstrem, asupan air yang tinggi dan ketidakmampuan
memekatkan urin serta ketidakmampuan bereaksi terhadap
perubahan kecil pada osmolaritas cairan ekstrasel terjadi akibat
ketidakmampuan osmoreseptor ADH didalam tubulus renal untuk
bereaksi terhadap hormon ADH.
1. pH cairan ekstrasel antara 7,35-7,45 dipelihara oleh sistem
pendapar bikarbonat yang penting bagi kesehatan.
2. Gangguan asam-basa didiagnosis dengn mengukur pH darah
arteri dan kandungan CO2 dalam darah vena.
1. Asidosis, pH darah < 7,35 : ketoasidosis diabetik dan asidosis
laktat.
2. Alkalosis, pH darah > 7,45 : pada hipokalemia, keadaan
muntah yang disertai dengan pengeluaran isi lambung,
hipoparatiroidisme, peningkatan suplai garam alkali dan pada
gagal hati.
1. Molekul air membentuk molekul bipolar.
2. Sisi oksigen yang berlawanan dengan dua atom
hidrogen relatif lebih banyak mengandung
elektron, sedangkan sisi lain inti hidrogen yang
tidak terlindung membentuk regio dengan muatan
lokal positif lokal.

2e
2e
O

105° H
1. Berbagai gaya menstabilkan molekul biologi.
2. Gaya terkuat adalah ikatan kovalen, dengan
energi ikatan 30 hingga lebih dari 150
kkal/mol.
3. Molekul biologi distabilkan lebih lanjut oleh
berbagai tipe ikatan intramolekul tambahan
(0,1-10 kkal/mol).
4. Molekul air membentuk ikatan hidrogen.
Interaksi elektrostatik antara atom hidrogen satu
molekul air dengan pasangan elektron yang
tidak terpakai membentuk ikatan hidrogen.
H H
Ikatan dua molekul air yang
O bipolar. Garis putus-putus
menunjukkan ikatan hidrogen.
Tampak bahwa molekul air
H dapat bertindak sebagai
donor hidrogen, akseptor
O hidrogen, atau keduanya saat
bersamaan.
H
1. Ikatan molekul air disentral dengan empat molekul air lain
melalui ikatan hidrogen.
2. Struktur ini merupakan struktur yang khas pada es atau yang
lebih sederhana pada es yang cair.
 Struktur molekul air dalam bentuk es

H H

H
H O

H
O

O H H

H
O
H
1. Sel merupakan unit dasar biologi, didalam sel
terdapat berbagai organel sel.
2. Untuk mempelajari fungsi setiap organel sel secara
mendalam pertama harus dilakukan isolasi organel
dlm btk yang relatif murni dan bebas dari kontaminasi
organel lainnya, pengisolasian organel disebut
fraksionasi subseluler, yang umumny mencakup 3
prosedur, yaitu ekstraksi, homogenasi dan sentrifugasi.
umumnya menggunakan hati tikus.
1. Sifat bipolar dan kemampuan air membentuk ikatan hidrogen
juga turut menentukan kemampuanny untuk melarutkan banyak
molekul organik.(-OH atau –SH, amina, ester, aldehid dan
keton).
2. Sifat bipolar air sangat mempengaruhi intreaksinya dengan
biomolekul. DNA akan berlipat sedemikian rupa sehingga gugus
polar gula dan fosfatnya terpajan molekul air.
3. Didalam protein, interaksi elektrostatik antara gugus-gugus yang
memiliki muatan berlawanan disebut jembatan garam atau
ikatan garam. Ikatan elektrostatik bersifat lebih efektif pada
jarak yang jauh dibandingkan dengan ikatan hidrogen.
Gaya tambahan yang menstabilkan biomolekul
1.Interaksi elektrostatik, dalam protein interaksi antar
gugus-gugus yang memiliki muatan berlawanan,
interaksi menarik atau menolak dapat
mempertahankan kestabilan makromolekul.
2.Interaksi Hidrofobik
Merupakan ikatan lemah, gaya yang mendorong
pengikatan-sendiri ini terjadi akibat kecenderungan
air untuk membtk ikatan hidrogen dengan dirinya
sendri dan akibat pemutusan ikatan hidrogen sebagai
konsekuensi keberadaan molekul nonpolar.
3.Gaya van der Waals
Gaya yang timbul dari tarik menarik antar-molekul
atau atom bipolar, yang bersifat sementara. Sifat
sementara ini karena perubahan cepat pada distribusi
muatan yang mencirikan semua atom netral.
4. Gaya multipel menstabilkan makromolekul. DNA
mengambarkan peran gaya multipel dalam menjaga
kestabilan. Ikatan hidrogen menstabilkan pasangan
basa DNA dan pengikatan tulang punggung fosfat
bermuatan ke molekul air.
1. Gugus nonpolar spt yang terdapat didalam
hidrokarbon kurang memiliki kemampuan untuk
membentuk ikatan hidrogen dan dengan demikian
tidak larut dalam air.
2. Banyak reaksi metabolik melibatkan serangan oleh
ion atau molekul kaya elektron (nukleofil) pada
pusat pusat bermuatan positif yang disebut
pemburu elektron (elektofil).
3. Reaksi yang menimbulkan biosintesis atau
penguraian protein, asam nukleat, dan lipid
melibatkan serangan oleh nukleofil.
 OrgAnel sel

1. Nukleus
2. Nukleolus
3. Ribosom
4. Vesikel
5. Rough RE
6. Aparatus golgi
7. sitoskleton
8. Smooth RE
9. Mitokondria
10. Vokuola
11. Sitosol
12. Lisosom
13. Sentriola
Central dogma

Transkripsi Translasi
DNA RNA PROTEIN
Terima
Kasih