Diterjemahkan dari bahasa Inggris ke bahasa Indonesia - www.onlinedoctranslator.

com

Tingkat Organisasi Tubuh

Manusia (Kimiawi, Sel, Jaringan,
Organ dan Sistem Organ}

Dr. Marhaen Hardjo, M.Biomed, PhD

Bagian Biokimia Fakultas Kedokteran Universitas
Hasanuddin Makassar
1
Biokimia

• Kimia organisme hidup.

• Studi biologi pada tingkat molekuler.
Apa itu Biokimia?
• Biokimia adalah penerapan kimia untuk mempelajari
proses biologis pada tingkat seluler dan molekuler.
• Itu muncul sebagai disiplin yang berbeda sekitar awal
abad ke-20 ketika para ilmuwan menggabungkan
kimia, fisiologi, dan biologi untuk menyelidiki kimia
sistem kehidupan dengan:
A. Mempelajari struktur dan perilaku molekul kompleks yang
ditemukan dalam bahan biologis dan

B. cara molekul-molekul ini berinteraksi untuk membentuk sel,

jaringan, dan seluruh organisme

3
Prinsip Biokimia
• Sel (unit struktural dasar organisme hidup) sangat terorganisir
dan sumber energi konstan diperlukan untuk mempertahankan
keadaan teratur.
• Proses hidup mengandung ribuan jalur kimia. Regulasi yang tepat
dan integrasi jalur ini diperlukan untuk mempertahankan
kehidupan
• Jalur penting tertentu misalnya Glikolisis ditemukan di hampir
semua organisme.
• Semua organisme menggunakan jenis molekul yang sama:
karbohidrat, protein, lipid & asam nukleat.
• Petunjuk untuk pertumbuhan, reproduksi, dan perkembangan
untuk setiap organisme dikodekan dalam DNA mereka

4
Organisme, Organ, Sel
Organisme

n
Orga

5
 Sel Nukleus hanya ada
pada sel eukariotik.
ER memodifikasi protein, membuat makromolekul, Berisi sebagian besar
dan mentransfer zat ke seluruh sel. materi genetik sel.

Ribosom menerjemahkan
mRNA menjadi rantai
polipeptida (misalnya
protein).

Mitokondria memproduksi
adenosin trifosfat (ATP),
yang digunakan sebagai
sumber energi. • sekitar 100 triliun (1014) sel dalam organisme manusia
• 200 bentuk sel yang berbeda
6
Sel
• Blok bangunan dasar kehidupan
• Unit hidup terkecil dari suatu organisme
• Tumbuh, bereproduksi, menggunakan energi, beradaptasi,
merespons lingkungan mereka
• Banyak yang tidak bisa dilihat dengan mata telanjang
• Sebuah sel mungkin seluruh organisme atau mungkin salah satu
dari miliaran sel yang membentuk organisme

• Jenis Dasar Sel

7
Wilayah nukleoid mengandung DNA
•Membran sel & dinding sel
• Mengandung ribosom (tanpa membran)
untuk membuat protein di
sitoplasma mereka
Mengandung 3 struktur sel dasar:
• Nukleus
• Membran sel
• Sitoplasma dengan organel

8
Dua Jenis Utama Sel Eukariotik

9
Karakteristik Bio-membran dan Organel

Membran plasma
Kompleks lipid/protein/karbohidrat, menyediakan penghalang
dan mengandung sistem transportasi dan pensinyalan.

Inti
Membran ganda yang mengelilingi kromosom dan nukleolus. Pori-
pori memungkinkan komunikasi khusus dengan sitoplasma. Nukleolus
adalah situs untuk sintesis RNA yang menyusun ribosom

Mitokondria
Dikelilingi membran ganda dengan rangkaian lipatan
disebut krista. Berfungsi dalam produksi energi melalui metabolisme.
Mengandung DNA-nya sendiri, dan diyakini berasal dari bakteri
yang tertangkap.

Kloroplas (plastida)
Dikelilingi oleh membran ganda, mengandung membran tilakoid
bertumpuk. Bertanggung jawab untuk fotosintesis, perangkap energi
cahaya untuk sintesis gula. Mengandung DNA, dan seperti
mitokondria diyakini berasal dari bakteri yang ditangkap.

10
.

Retikulum endoplasma kasar (RER)

Jaringan membran yang saling berhubungan membentuk saluran di
dalam sel. Ditutupi dengan ribosom (menyebabkan tampilan "kasar")
yang sedang dalam proses mensintesis protein untuk sekresi atau
lokalisasi pada membran.
Ribosom
Kompleks protein dan RNA bertanggung jawab untuk sintesis
protein
Retikulum endoplasma halus (SER)
Jaringan membran yang saling berhubungan membentuk saluran di
dalam sel. Situs untuk sintesis dan metabolisme lipid. Juga
mengandung enzim untuk bahan kimia detoksifikasi termasuk obat-
obatan dan pestisida.
Aparat Golgi
Serangkaian tumpukan membran. Vesikel (kantong kecil yang
dikelilingi membran) membawa bahan dari RER ke aparatus Golgi.
Vesikel bergerak di antara tumpukan sementara protein "diproses"
menjadi bentuk matang. Vesikel kemudian membawa membran yang
baru terbentuk dan protein yang disekresikan ke tujuan akhir
termasuk sekresi atau lokalisasi membran.
Lisosim
Organel terikat membran yang bertanggung jawab untuk
mendegradasi protein dan membran dalam sel, dan juga membantu
mendegradasi bahan yang dicerna oleh sel. 11
 Vakuola
Membran dikelilingi “kantong” yang berisi air dan bahan
penyimpan pada tumbuhan.

Peroksisom atau Mikrobodi

Menghasilkan dan mendegradasi hidrogen peroksida,
senyawa beracun yang dapat diproduksi selama
metabolisme.

Dinding sel
Tumbuhan memiliki dinding sel yang kaku selain membran selnya

Sitoplasma
tertutup oleh membran plasma, bagian cair yang disebut sitosol
dan itu rumah organel membran.

Sitoskeleton
Susunan filamen protein dalam sitosol. Memberikan bentuk
pada sel dan memberikan dasar untuk pergerakan.
Misalnya mikrotubulus dan mikrofilamen.

12 .
http://www.biology.arizona.eduhak cipta © 1997 - 2004.
13
 Biologi. Struktur nano

Biokimia 14
Bagaimana molekul kompleks organik berevolusi
dari molekul yang lebih sederhana?

CH4, H2O, NH3, HCN

Evolusi Biokimia

15
 Bagaimana molekul kompleks organik
berevolusi dari molekul yang lebih sederhana?

• Urea disintesis dengan memanaskan senyawa anorganik

amonium sianat (1828)
• Ini menunjukkan bahwa senyawa yang ditemukan secara
eksklusif dalam organisme hidup dapat disintesis dari
zat anorganik biasa

16
Eksperimen Urey-Miller (1950)

Beberapa asam amino dapat diproduksi:

17
Banyak Biomolekul Penting
adalah Polimer

• Biopolimer- makromolekul dibuat dengan menggabungkan

banyak molekul organik yang lebih kecil (monomer)

• Reaksi kondensasibergabung dengan monomer

(H2O dihapus dalam proses)

• Residu - setiap monomer dalam rantai

18
19
Organisasi Molekuler Sel

20
 Bio-molekul
• Sama seperti sel yang membangun blok jaringan, molekul juga
membangun blok sel.
• Sel hewan dan tumbuhan mengandung sekitar 10.000 jenis molekul
(bio-molekul)
• Air merupakan 50-95% dari isi sel menurut beratnya.

• Ion seperti Na+, K+ dan Ca+ dapat menyumbang 1% lainnya

• Hampir semua jenis bio-molekul lainnya adalah organik (C, H, N, O, P,
S)

• Berbagai molekul tak terbatas mengandung C.

• Paling bio-molekul dianggap berasal dari hidrokarbon.

• Sifat kimia bio-molekul organik ditentukan oleh gugus fungsinya.

Kebanyakan bio-molekul memiliki lebih dari satu.
21
Biomolekul
• Karbohidrat
• Lemak
• Protein
• Asam nukleat
 Biomolekul – Struktur
Anabolik

• Blok bangunan • Makromolekul

• Gula sederhana • Polisakarida
• Asam amino • Protein (peptida)
• Nukleotida • RNA atau DNA
• Asam lemak • Lipid

Katabolik

23
Menghubungkan Monomer
Sel menghubungkan monomer
dengan suatu proses disebut
sintesis dehidrasi (menghilangkan
molekul air)
Hapus H

H2O Bentuk

Hapus OH

Proses ini menggabungkan dua monomer

gula untuk membuat gula ganda
24
Menghancurkan Polimer
• Sel memecah
makromolekul
dengan proses
yang disebut
hidrolisis
(menambahkan
molekul air)

Air ditambahkan untuk membagi gula

ganda 25
Makromolekul

26
Makromolekul

27
Karbohidrat

• Terdiri dari karbon, hidrogen, dan oksigen.

• Gula
• Monosakarida
– Mantan. Glukosa
• Disakarida
– Mantan. Sukrosa
• Polisakarida
– Mantan. Glikogen, Peptidoglikan
Karbohidrat - Glukosa

www.palaeos.com
Karbohidrat - Sukrosa

www.chm.bris.ac.uk
Karbohidrat - Peptidoglikan

www.biologie.uni-hamburg.de
Karbohidrat - Glikogen

www.elmhurst.edu
 Lemak
• Asam lemak
– Blok
bangunan
lipid.

biologi.clc.uc.edu

course.cm.utexas.edu
 Lemak
• Contohnya adalah:
– Lilin
– Lemak dan minyak
– Fosfolipid
– Steroid

Membran Sel
Fosfolipid.www.williamsclass.com
 Protein

• Terdiri dari polimer

asam amino.
• "manik-manik pada
tali."
• Ada 20 asam
amino primer.
• Polimer dari 3 atau
lebih asam amino
membentuk
apolipeptida.
Protein

• Struktur Primer
– Urutan linier asam amino.
• Struktur Sekunder
– Bentuk heliks atau lembaran karena
strukturnya.
• Struktur Tersier
– Protein terlipat.
• Struktur Kuarter
– 2 atau lebih rantai polipeptida terikat
bersama.
Struktur Protein

www.denizyuret.com
 Enzim
• Apakah protein.
• Dianggapkatalis
biologis.
– Mempercepat reaksi
kimia tanpa diubah.
• Nama sering diakhiri
dengan "-ase."
– Mantan. Lipase,
karbohidrat.
• Bertindak asubstrat.
• Protein, termasuk
enzim,
bisaterdenaturasi.
Asam nukleat

• DNA dan RNA.

– (DNA - asam deoksiribonukleat, RNA - asam
ribonukleat).
• Apakah "molekul herediter".
• Berisi gen yang mengkode produk
tertentu.
• DNA diterjemahkan menjadi RNA yang
digunakan untuk menghasilkan protein
atau produk lainnya.
Struktur Asam Nukleat

• nukleotida DNA
– Blok bangunan DNA.
• nukleotida RNA
– Blok bangunan RNA.
Struktur Asam Nukleat
• DNA
– Basis nitrogen www.microbelibrary.org

– Deoksiribosa
– Gugus fosfat
• RNA
– Basis nitrogen
– Ribosa
– Gugus fosfat
Basa Nitrogen

• Adenin (A)
• Guanin (G)
• Sitosin (C) DNA dan RNA
• Timin (T) – hanya DNA
• Urasil (U) – hanya RNA
Basa Nitrogen

• A dan G
– Purin(struktur
cincin ganda)
• C, T, dan U
– pirimidin(strukt
ur cincin
tunggal)

hyperphysics.phy-astr.gsu.edu
 Struktur DNA
• Ikatan nukleotida antara
gula dan gugus fosfat
membentuk polimer
panjang.
• DNA beruntai ganda
• - Kedua polimer
nukleotida berikatan
pada basa nitrogen.
www.genome.gov
– Gaya ikatan
menyebabkan polimer
beruntai ganda
membentuk heliks
Struktur DNA
• James Watson (kiri) dan Francis Crick
(kanan) menemukan struktur heliks
ganda DNA dan proses replikasinya
pada tahun 1950-an.

www.achievement.org
 Konsep Kehidupan
Hidup ditandai dengan
• Keanekaragaman hayati: lumut, mikroba, ubur-
ubur, sequoia, burung kolibri, pari manta, monster
gila, & Anda

• kesatuan kimia: sistem kehidupan (di bumi)

mematuhi aturan fisika dan kimia organik – tidak
adabaruprinsip

46
Hidup butuh 3 hal:

(1)ENERGI, yang harus

diketahui cara:

• Ekstrak
• Mengubah
• Memanfaat
kan

47
 Energi Kehidupan

• Organisme fotosintesis
menangkap energi sinar
matahari dan
menggunakannya untuk
mensintesis senyawa
organik
• Senyawa organik
menyediakan energi
untuk semua organisme

48
Menggunakan racun O2untuk menghasilkan
energi
2 H2HAI O2+ 4e-+ 4H+(fotosintesis)

Glukosa + 6HAI26CHAI2+ 6H2O + Energi

49
Glikolisis: cara yang disukai untuk
pembentukan ATP

50
kebutuhan hidup (2)MOLEKUL
SEDERHANA, yang harus diketahui
cara:

• Mengubah
• Polimerisasi
• Menurunkan

51
 kebutuhan hidup (3)MEKANISME
KIMIA, ke:

• Manfaatkan energi
• Mendorong reaksi kimia berurutan
• Sintesis & degradasi makromolekul
• Pertahankan kondisi stabil yang dinamis
• Merakit sendiri struktur kompleks
• Replikasi secara akurat & efisien
• Pertahankan "tatanan" biokimia vs luar

52
Trik #1: Kehidupan menggunakan
penggandengan kimiawi untuk mendorong
reaksi yang sebaliknya tidak
menguntungkan

53
Trik #2: Kehidupan menggunakan enzim
untuk mempercepat reaksi yang lambat

54
Bagaimana enzim melakukannya, secara
termodinamika?

55
Bagaimana enzim melakukannya, secara
mekanis?

56
Jenis reaksi kimia yang ditemui dalam proses
biokimia
1.Substitusi Nukleofilik
• Satu atom dari kelompok diganti dengan yang lain

2. Reaksi Eliminasi
• Ikatan rangkap terbentuk ketika atom dalam molekul dihilangkan

3. Reaksi Penambahan:
• Dua molekul bergabung untuk membentuk satu produk.
• A. Reaksi Hidrasi
• Air ditambahkan ke alkena > alkohol (jalur adisi umum)

57
4. Reaksi Isomerisasi.
• Melibatkan pergeseran intramolekul atom atau
kelompok

5. Reaksi Oksidasi-Reduksi (redoks).

• Terjadi ketika ada transfer e- dari donor ke akseptor
elektron

6. Reaksi hidrolisis
• Pemutusan ikatan rangkap oleh air.

58
Ringkasan Konsep Kunci
Reaksi Biokimia
• Metabolisme: jumlah total reaksi kimia yang terjadi dalam
organisme hidup (aktivitas yang sangat terkoordinasi dan
terarah)
a. Anabolisme- energi yang membutuhkan jalur biosintetik
b. Katabolisme - degradasi molekul bahan bakar dan produksi energi
untuk fungsi seluler

• Semua reaksi dikatalisis oleh enzim

• Fungsi utama metabolisme adalah:

A. akuisisi & pemanfaatan energi
B. Sintesis molekul yang dibutuhkan untuk struktur sel dan
berfungsi (yaitu protein, asam nukleat, lipid, & CHO
C. Penghapusan produk limbah

60
Meskipun ribuan jalur terdengar sangat besar
dan rumit dalam sebuah sel kecil:

• Jenis jalurnya kecil

• Mekanisme jalur biokimia sederhana
• Reaksi yang sangat penting (untuk produksi & sintesis
energi dan degradasi komponen sel utama) jumlahnya
relatif sedikit

61
Energi untuk Sel

• Sel hidup pada dasarnya tidak stabil.

• Aliran energi yang konstan mencegah mereka menjadi
tidak teratur.
• Sel memperoleh energi terutama dengan oksidasi bio-
molekul (e-ditransfer dari 1 molekul ke molekul lain
dan dengan demikian mereka kehilangan energi)
• Energi ini ditangkap oleh sel & digunakan untuk
mempertahankan struktur dan fungsi seluler yang
sangat teratur

62
63