• Pendahuluan
• molekul kimia penyusun makhluk hidup
• Organisme prokariot
• Organisme eukariot
• Struktur sel
• Struktur organel
• Perkembangan sel
• Siklus sel
• Transkripsi DNA
Pendahuluan
• Biologi sel (juga disebut sitologi, daribahasa
Yunani kytos, "wadah“ dan logos “ ilmu”) adalah
ilmu yang mempelajari tentang sel.
• Hal yang dipelajari dalam biologi sel mencakup
– sifat-sifat fisiologi sel,
– struktur sel, membrane sel dan organel yang terdapat
di dalam sel,
– lingkungan dan antaraksi sel,
– daur hidup sel, pembelahan sel dan fungsi sel ,
hingga kematian sel (apoptosis).
• Biologi sel dipelajari pada skala mikroskopik
maupun skala molekuler,
• Biologi sel meneliti organisme bersel tunggal
(uniseluler) seperti bakteri maupun sel-sel
terspesialisasi di dalam organisme multiseluler
seperti tumbuhan, hewan dan manusia.
• Pengetahuan akan komposisi dan cara kerja
sel merupakan hal mendasar bagi semua
bidang ilmu biologi biologi.
• Pengetahuan akan persamaan dan perbedaan di antara
berbagai jenis sel merupakan hal penting khususnya
bagi bidang biologi sel dan biologi molekular. Persamaan
dan perbedaan mendasar tersebut menimbulkan tema
pemersatu, yang memungkinkan prinsip-prinsip yang
dipelajari dari suatu sel diekstrapolasikan dan
digeneralisasikan pada jenis sel lain.
• Penelitian biologi sel berkaitan erat dengan genetika,
biokimia, biologi molekular, dan biologi perkembangan
Ciri utama makhluk hidup
• 1. Struktur nya rumit dan kompleks Struktur
ini dapat diperiksa pada berbagai tingkat yaitu :
• (organisme/makhluk hidup) organ jaringan
sel organel sub seluer makromolekul
molekul kecil-atom
Con’d ….. Ciri makhluk hidup
• 2.Bersifat dinamismelakukan pertukaran
molekul secara terus menerus diantara
bagian organisme, antara organisme
dengan alam sekitarnya melalui proses
metabolisme.
Macam reaksi metabolisme
• Anabolisme contoh reaksi fotosintesa:
• chy
• CO2 + H2O C6H12O6 + O2
• chl
• Katabolisme contoh reaksi Respirasi
• C6H12O6 +O2 CO2 + H2O +E (ATP)
Con’d …..Ciri makhluk hidup
• 3. Menduplikasikan strukturnya yang unik
(berkembang biak) mengarah kepada
pertumbuhan dan pembentukkan individu baru.
• 4. Tanggap terhadap macam perubahan tertentu
terhadap stimulus yang datang dari alam
sekitarnya. Tangapan tergentung pada
koordinasi aktivitas bagian organisme.
• 5. Mengalami evolusi yaitu perubahan yang
terjadi secara perlahan.
Atom Karbon (C)
Salah satu atom penyusun makhluk hidup
adalah atom karbon (C) yang membedakan
satu senyawa kimia dengan senyawa
lainnya pada sel.
Atom C mempunyai ciri khusus yaitu :
1. Dapat mengikat atom lain yang
mempunyai valensi 4, secara kovalen.
2. Dapat mengikat atom C lain secara
kovalen membentuk rantai yang panjang
Con’d…. Atom C
• Memungkinkan karbon sebagai tulang
punggung untuk kedudukannya yang tidak
terbatas terhadap berbagai molekul.
• Molekul-molekul yang mengandung
karbon merupakan dasar dari kehidupan
• Bahan kimia yang mengandung karbon
disebut dengan kimia organik.
Organisasi kehidupan
• Molekul kehidupan (senyawa kimia
penyusun sel hidup):
– Hidrokarbon
– Karbohidrat (gula, pati, selulosa)
– lipid
– Protein
– Asam nukleat
1.hidrokarbon
• Merupakan molekul organik yamg paling
sederhana yaitu zat yang hanya terdiri dari
karbon dan hidrogen,contoh : metana
(CH4).
• Karena atom C mempunyai kemampuan
utk saling mengikat dengan atom C
lainnya maka hidrokarbon dpt berupa
suatu rantai yang panjang, seperti oktana
• H HHHHHHH
• H-C-C-C-C-C-C-C-C-H
• HHHHHHH H
• Hidrokarbon dapat merupakan suatu
cincin ; benzen
2. karbohidrat
• Hanya tersusun dari 3 jenis unsur yaitu C,H dan O, dengan
rumus umum (CH2O)n.
• Merupakan sumber energi bagi sel hidup dan sebagai
monomer dari polimer seperti pati dan selulosa.
• Dikelompokan atas monosakarida, disakarida,
oligosakarida dan polisakarida. Contoh senyawa
karbohidrat adalah glukosa, maltose, pati dan selulosa,
• Glukosa merupakan salah satu monosakarida yang
memiliki 6 atom C, 12 H dan 6 O dengan rumus
(C6H12O6).
• Polisakarida merupakan suatu polimer yang terdiri unit
glukosa sebagai monomernya (contoh pati/amilum dan
selulosa).
Golongan KARBOHIDRAT
KARBOHIDRAT
Makromolekul
Penggolongan monosakarida
Jenis senyawa Jumlah Atom C Contoh
Triosa 3 gliseraldehid
tetrosa 4 eritrosa
pentosa 5 deoksiribosa
hexsosa 6 glukosa
heptosa 7 seduheptulosa
• Triosa, pentosa dan heksosa merupakan
senyawa bahan baku, senyawa antara
atau produk yang paling penting dalam
lintasan metabolik fotosintesa dan
respirasi.
• Tetrosa dan heptosa jarang ditemui dalam
rangkaian reaksi biokimia yang
berlangsung pada sel
Monosakarida
O HOCH2
C–H H O H / OH
H – C – OH H
HO – C – H OH H
H – C – OH HO OH / H
H – C – OH H OH
CH2OH
Struktur Glukosa
Disakarida
KH yg terdiri dari 2 monosakarida yang sama atau berbeda
contoh : maltosa, selobiosa, laktosa, sukrosa
HOCH2 HOCH2
H O H H O H
H H
OH H O OH H
HO OH HOCH2
H OH H OH H O H
H
HOCH2 OH H
H O O OH
H H OH
OH H
HO H
H OH
HOCH2 HOCH2
H O H H O H
H H
OH H O OH H
O
H OH H OH
CH2OH H
H O
H
OH H
O
H OH
HOCH2 CH2
H O H H O H
H H
OH H O OH H
O
H OH H OH
Oligosakarida
KH yg terdiri dari 3 – 6 unit monosakarida
contoh : maltotriosa
Polisakarida
Bentuk KH yg terdiri dari banyak (> 6 unit) molekul
monosakarida
contoh : pati, glikogen, inulin, kitin, selulosa dll.
O O O O O
C H C H C H C H C
N C N C N C N C N C
H H H H H H H H H H
27 ribbon 310 helix helix helix
ikatan
hiodrogen
Helix ganda tiga Rambut
– Konformasi
Ikatan hidrogen terjadi antara dua rantai polipeptida
konformasi β yg membtk lembaran yang berlipat (pleated
sheeds) Sutera (fibroin)
Ikatan hidrogen
Jenis Protein Dalam Sel
• PENGGOLONGAN LIPID
– Lipid Sederhana
– Lipid Majemuk
– Lipid Prekursor dan Derivat
LIPID SEDERHANA
Lemak/minyak
O
H2C – O – C – R1
O
HC – O – C – R2
O
H2C – O – C – R3
Asam lemak
Asam lemak jenuh
Asam lemak takjenuh
LIPID KOMPLEKS
• Fosfolipid
Komponen (unsur) utama lipid membran sel
Lipid yg mengandung gugus ester fosfat
• Fosfogliserida
Fosfolipid yg erat hub. dg minyak/lemak
Mengandung ester asam lemak pd sisi C1 & C2 gliserol
serta ester fosfat pada sisi C3 gliserol
Molekulnya berisi dua ggs hidrofobik (ester as. lemak)
ekor dan satu ggs hidrofilik (ester fosfat) kepala
Contoh : Fosfatidilgliserol, fosfatidilkolin (lesitin),fosfatidiletanolamin
(sefalin), fosfatidilinositol, fosfatidilserin, plasmolagen dan
sfingomielin
Struktur fosfolipid
O
R1 – C – O – CH2
O
R2 – C – O – CH S U S S
O
H2C – O – P – O – CH2CH2N+(CH3)3
O–
ekor kepala
Lesitin
Membran
Plasmolagen
Terdapat dlm otak dan otot (10 % dr fosfolipid yg ada
dlm otak dan otot)
Sfingomielin
Ditemukan dg jml yg besar di dlm jar. otak dan saraf
• Glikolipid (glikosfingolipid)
Tersebar luas dlm setiap jaringan tubuh jar. Saraf
spt otak
Senyawa ini terutama tdpt pd lipatan luar membran
plasma dan sbg bgn dr KH permukaan sel
Dua senyawa glikolipid sederhana galaktosilseramida
dan glukosilseramida
Galaktosilseramida
Glikosfingolipid utama pada jaringan otak dan saraf
ditemukan di tempat lain dg jml yg relatif rendah
Mengandung sejml asam lemak yang khas (C24)
OH H O OH
CH3(CH2)12CH=CHCHCH – N – C – CH(CH2)21CH3
CH2OH
HO O
H OCH2
OR H
H H
H OH
Glukosilseramida
Glikosfingolipid yg terutama terdapat dlm jaringan
ekstra neural ditemukan juga dg jml yg sedikit di dlm
otak
Lipids
Laurat 12
Mirisetat 14
Palmitat 16
Stearat 18
Oleat 18
Linoleat 18
linolenat 18
Lecture
Lecture5.5.Lipids
Lipids 45
45
Triglycerols (triglycerides)
• Triglycerols consist of a glycerol esterified with three fatty
acids
• If all fatty acid chains are the same, the molecule is called
triacylglycerol (e.g., tristearin)
O
H2C O
O
CH
O
O
H2C
O
O
H2C O
O
CH
O
O
H2C
O
fosfolipid
• Pada umumya lipid bersifat non polar
(hidrofobik), tetapi ada lipid yang memilki kepala
hidrofilik, ekor hidrofobik disebut ampifilik.
• Lipid ampifilik merupakan bagian terpenting dari
sel.
• Salah satu dari asam lemak, digantikan oleh ggs
polar yg mengandung fosfat sehingga disebut
fosfolipid.
• Yang banyak terdapat pada sel adalah fosfatidil
etanolamin (sefalin) yg penting dari membran
sel.
Steroid
• Hati mamalia mensintesis dan
mengeluarkan golongan lipid ampifilik lain
yaitu garam-garam empedu disebut
steroid.
• Steroid memiliki kerangka dengan 17 atom
C yg tersusun dalam 4 cincin.
• Struktur lipid ini berbeda dg fosfolipid,
tetapi memiliki gugus hidrofobik pada satu
ujung dan hidrofilik pada ujung yang lain,
sehingga dpt mengemulsi lemak yang
masuk kedalam tubuh, sehingga mudah
dicerna dan diserap oleh usus.
• Tiap steroid memiliki perbedaan dengan
steroid lainnya dalam lokasi, sifat gugus
samping dan ikatan ganda tertentu.
PROTEIN
• Proteios (Yunani)
• Protein merupakan komponen utama dalam sel
hidup
1. Protein sederhana
a. Protein serat (fibrous)
b. Protein globular
2. Protein terkonyugasi
● Chromoprotein
● Glikoprotein
● Nukleoprotein
● Fosfoprotein
● Protein-koenzim
● Lipoprotein
Klasifikasi Protein Berdasarkan Fungsi Biologi
• Protein enzim
• Protein struktural
• Protein kontraktil
• Protein pengangkut
• Protein hormon
• Protein pertahanan
• Protein cadangan
STRUKTUR PROTEIN
• Struktur Primer
R H O R H O R
H H
C N C C N C C
N C C N C C N C
H H H
H O R H O R H O
• Struktur Sekunder
– Struktur helix ikatan hidrogen terjadi dlm satu
rantai polipeptida
Struktur kimia asam amino (alanin)
Fungsi protein
• Kebanyakan protein merupakan enzim atau
subunit enzim.
• Jenis protein lain berperan dalam fungsi
struktural atau mekanis, misalnya protein
penyususn membran sel, protein pembentuk
batang dan sendi sitoskeleton.
• Protein terlibat dalam sistem kekebalan tubuh
(imun) sebagai antibodi dengan fungsi sangat
spesifik.
• Antibodi akan disintesis jika ada senyawa atau
benda asing seperti virus,sel bakteri atau sel
jasad hidup lainnya masuk ke dalam tubuh
lanjutan
• Berperan dalam sistem pergerakan yang
terkoordinasi, misal dlm kontraksi otot,
pergerakan kromosom
• sistem kendali dalam bentuk hormon,
• sebagai komponen penyimpanan (dalam biji)
dan juga dalam transportasi hara.
• Sebagai salah satu sumber gizi, protein
berperan sebagai sumber asam amino bagi
organisme yang tidak mampu membentuk asam
amino tersebut (heterotrof).
lanjutan
• Protein merupakan salah satu dari
biomolekul raksasa, selain polisakarida,
lipid, dan polinukleotida, yang merupakan
penyusun utama makhluk hidup.
• Protein merupakan salah satu molekul
yang paling banyak diteliti dalam biokimia.
• Protein ditemukan oleh
Jöns Jakob Berzelius pada tahun 1838.
Sintesa protein
• Biosintesis protein alami sama dengan
ekspresi genetik.
• Kode genetik yang dibawa DNA ditranskripsi
menjadi RNA, yang berperan sebagai cetakan
bagi translasi yang dilakukan ribosom.
• Sampai tahap ini, protein masih "mentah", hanya
tersusun dari asam amino proteinogenik.
• Melalui mekanisme pascatranslasi, terbentuklah
protein yang memiliki fungsi penuh secara
biologi.
Sintesa protein
• Saat menjelang proses transkripsi
berjalan, biasanya didahului signal dari
luar akan kebutuhan suatu protein yang
dibutuhkan untuk proses
pertumbuhan,perkembangan,metabolisme
dan fungsi lain di tingkat sel maupun
jaringan
• Sintesa protein adalah penyusunan asam
amino pada rantai polipeptida.
• Dalam proses tersebut melibatkan
• DNA, dengan basa (”T”,”A”,”C”,”G”)
• RNA, dengan basanya (”U”, ”A”,”C”,”G” )
• Promoter = tempat melekat polimerase
pertama kali dalam proses transkripsi DNA
RNA
• RNA merupakan rantai panjang lurus yang berfungsi dalam sintesis
protein.
• Terdapat 3 jenis RNA yaitu:
• 1. mRNA (messenger RNA atau RNA duta/RNAd), bertugas untuk
mengkodekan kode genetik dari DNA untuk sintesis protein.
Terdapat di inti sel. Triplet basa pada mRNA disebut kodon.
• 2. tRNA (transfer RNA ), bertugas untuk mencocokkan triplet basa
(kodon) yang ada pada mRNA dengan asam amino yang sesuai.
Terdapat di sitoplasma. Triplet kode genetik pada tRNA disebut
antikodon.
• 3. rRNA (ribosomal RNA atau RNAr), bertugas untuk memasangkan
kodon mRNA dengan antikodon tRNA dan menggeser rantai-rantai
supaya terbentuk polipeptida(protein). Terdapat di ribosom.
Contoh transkripsi
Sense/Template 5’-TACCGACCGGGAAAT-3’
• Antisense/Komplementer 3’-ATGGCTGGCCCTTTA-5’
• mRNA 3’-AUGGCUGGCCCUUUA-5’
Basa
N
Gula
ribosa
is
sis es
ito in
G2
M ytok
– S phase
C
MI
(M TOTIC
)P
– G2 phase HA
SE
– mitosis
– cytokinesis
Siklus sel
G1 - first gap
S - DNA
synthesis (replication)
G2 - second gap
• Profase : Nukleolus mulai menghilang,
kromosom mulai muncul/jelas. Membran
nukleus mulai menghilang. Untaian
kromososm yang semula meluas menjadi
pilinan lebih pendek dan lebih tebal, shg
nampak lebih nyata.
• Metafase (2 menit): Ditandai dengan
munculnya gelendong, yang berasal dari
mikrotubula yang meluas di ujung atau
kutub sel . Sentromer dari doublet
kromosom mulai terikat pada sekumpulan
mikrotubula dan berpindah ke suatu titik di
tengah antara kutub / bidang ekuator,
sedangkan ujung lepas kromosom
arahnya secara acak.
• Anafase ( beberapa menit) : dimulai ketika
kromosom yang berduplikasi saling
berpisah. Bergerak memisah menuju ke
kutub berlawanan. Bagian ujung
kromososm yang bebas kini membalik ke
arah akuator, seakan adanya geseran
dengn sitoplasma disekitarnya
menghalangi geraknya menuju kutub.
• Telofase: merupakan kebalikan dari
profase. Setelah kromosom sampai di
kutub, kromosom mulai membuka
gulungannya, nukleolus muncul kembali,
membran nukleus mulai terbentuk
disekitar kromosom. Akhirnya terbentuk
lempengan sel yang muncul di ekuator.
Dinding sel di setiap lempengan sel
disekresikan dengan demikian
selesailah proses pembelahan sel.
• Mitosis terdiri dari 5 phases
– Prophase
– Prometaphase
Metaphase
plate Cleavage Nucleolus
furrow forming
Nuclear
envelope
Spindle Centrosome at Daughter forming
Figure 12.6 one spindle pole chromosomes
mikrotubul mengontrol pergerakan kromosom
selama mitosis
2. Elongasi (pemanjangan)
Saat RNA bergerak di sepanjang DNA, RNA membuka
untaian heliks ganda DNA dengan bantuan enzim polimerase,
sehingga terbentuklah molekul RNA yang akan lepas dari
cetakan DNA-nya.
• Struktur kompleks DNA dan RNA
polimerase pd saat pemanjangan transkripsi
3. Terminasi (pengakhiran)