Bagian ke-1: Aspek kimia dalam tubuh

ASPEK KIMIA DALAM TUBUH

Disajikan sebagai Bahan Kuliah Biokimia bagi Mahasiswa D III Kebidanan

Penyusun:
Heru Santoso Wahito Nugroho, S.Kep., Ns., M.M.Kes
Telefon:
0352-752747 (rumah), 081335251726 (mobile), 0351-895216 (kantor)
E-mail:
heruswn@yahoo.co.id atau heruswn@telkom.net
website:
www.heruswn.teach-nology.com

Referensi:
Murray RK, Granner DK, Mayes PA, Rodwell VW, 2003, Biokimia Harper, Edisi XXV,
Penerjemah Hartono Andry, Jakarta: EGC

Stryer L, 1996, Biokimia, Edisi IV, Penerjemah: Sadikin dkk (Tim Penerjemah Bagian
Biokimia FKUI), Jakarta: EGC

Senyawa kimia dalam jasad kehidupan

Biokimia adalah ilmu yang mempelajari mengenai berbagai molekul di dalam sel hidup dan
organisme hidup, termasuk juga reaksi kimia yang terjadi. Secara lebih formal, Murray dkk.
(2003) mendefinisikan biokimia sebagai “ilmu pengetahuan yang mempelajari dasar kimia
kehidupan”. Dalam hal ini bios berarti kehidupan menurut Bahasa Yunani.

Mengingat sel merupakan unit struktural kehidupan, maka biokimia memiliki definisi
fungsional yaitu ilmu pengetahuan yang mempelajari unsur-unsur kimia pembentuk sel
hidup dan dengan reaksi serta proses yang dijalaninya. Oleh karena itu cakupan biokimia
sangat luas meliputi biologi sel, biologi molekuler serta genetika molekuler.

Unsur-unsur penyusun tubuh

Unsur-unsur utama penyusun tubuh adalah karbon (C), hidrogen (H), oksigen (O) dan
nitrogen (N). Selain itu masih terdapat beberapa unsur lain yaitu: kalsium (Ca), fosfor (P),
kalium (K), sulfur (S), natrium (Na), klor (Cl), magnesium (Mg), besi (Fe), mangan (Mn) dan
iodium (I). Rincian dari unsur-unsur tersebut tercantum pada Tabel 1.1.

Tabel 1.1 Perkiraan Komposisi Dasar Tubuh Manusia (Berdasarkan Berat Kering)

No Unsur Persentase No Unsur Persentase

1 Karbon 50 8 Sulfur 0,8
2 Oksigen 20 9 Natrium 0,4
3 Hidrogen 10 10 Klor 0,4
4 Nitrogen 8,5 11 Magnesium 0,1
5 Kalsium 4 12 Besi 0,01
6 Fosfor 2,5 13 Mangan 0,001
7 Kalium 1 14 Iodium 0,00005

1 Biokimia-Program D3 Kebidanan
Bagian ke-1: Aspek kimia dalam tubuh

Biomolekul-biomolekul kompleks utama penyusun tubuh

Unsur-unsur penyusun tubuh sebagaimana disebutkan di atas banyak yang membentuk

molekul-molekul besar yang kompleks di dalam tubuh. Di antara biomolekul-biomolekul
kompleks tersebut yang merupakan biomolekul kompleks utama adalah DNA, RNA, protein,
polisakarida dan lipid. Biomolekul kompleks tersusun atas molekul-molekul sederhana,
seperti terinci pada Tabel 1.2.

Tabel 1.2 Biomolekul-Biomolekul Utama di dalam Tubuh Manusia

No Biomolekul Molekul Pembangun Fungsi Utama

1 DNA Deoksiribonukleotida Materi genetik
2 RNA Ribonukleotida Sintesis protein
3 Protein Asam amino Sangat banyak, umumnya menjadi bagian
dari sel yang melangsungkan kerja
(enzim, unsur kontraktilitas dll.)
4 Polisakarida Glukosa Simpanan energi jangka pendek
berupa glikogen Asam lemak Sangat banyak, misalnya simpanan energi
5 Lipid jangka panjang, komponen membran sel
dll.

Komponen utama penyusun tubuh

Anda telah memahami mengenai unsur-unsur serta molekul-molekul kompleks utama

penyusun tubuh. Selanjutnya komponen-komponen utama penyusun tubuh terdiri atas air,
protein, lemak, mineral serta karbohidrat. Rincian komponen tersebut tertera pada Tabel
1.3.

Tabel 1.3 Komposisi Kimiawi Normal (Pria dengan Berat Badan 65 kg)

No Komponen Berat (kg) Persentase

1 Air 40 61,6
2 Protein 11 17,0
3 Lemak 9 13,8
4 Mineral 4 6,1
5 Karbohidrat 1 1,5

Ikatan kimia

Molekul di dalam tubuh baik yang sederhana sampai dengan yang kompleks dapat
terbentuk karena adanya ikatan kimia. Ikatan kimia digolongkan menjadi 2 yaitu ikatan
kovalen dan ikatan non kovalen. Selanjutnya ikatan non kovalen terdiri atas ikatan ionik,
ikatan hidrogen dan ikatan Van Der Waals.

1. Ikatan kovalen
Ikatan kovalen adalah ikatan yang terbentuk oleh valensi dari masing-masing atom.
Anda dapat mempelajari lagi tentang valensi dengan membaca buku-buku kimia umum,
atau pelajaran kimia di SMA. Contoh dari ikatan kovalen adalah CO 2. Dalam hal ini
valensi C adalah 4 dan valensi O adalah 2.

2 Biokimia-Program D3 Kebidanan
Bagian ke-1: Aspek kimia dalam tubuh

Gambar 1.1
Ikatan kovalen antara sebuah atom C yang bervalensi 4 dan dua buah atom O yang
masing-masing bervalensi 2 membentuk karbondioksida (CO 2)

Tugas:
Carilah valensi dari masing-masing unsur yang terdapat pada Tabel 1.1. dilengkapi
dengan mencantum sumber kepustakaan yang digunakan. Kumpulkan kepada Dosen
secara langsung atau lebih baik melalui e-mail!

2. Ikatan ionik
Ikatan ionik adalah ikatan antara dua gugus dengan muatan berlawanan. Contohnya
adalah ikatan antara substrat dan enzim. Jarak optimal ikatan ini adalah 28 Angstrom.

Gugus bermuatan negatif pada substrat Gugus bermuatan positif pada enzim

Gambar 1.2
Ikatan ionik antara gugus karboksil bermuatan negatif pada substrat dan gugus amina
bermuatan positif pada enzim

3. Ikatan hidrogen
Ikatan hidrogen adalah pengikatan satu atom hidrogen oleh dua atom lain yang
berbeda. Ikatan ini dapat dibentuk di antara molekul-molekul tidak bermuatan maupun
molekul-molekul bermuatan. Atom yang mengikat hidrogen lebih kuat disebut donor
hidrogen sedang lainnya dinamakan akseptor hidrogen.

Gambar 1.3
Ikatan hidrogen antara gugus amida (-NH) dan karbonil (-CO) pada asam-asam amino
penyusun protein.

4. Ikatan Van Der Waals

Iakatan Van Der Waals adalah daya tarik non spesifik, yang berperan pada saat dua
atom berjarak 3-4 Angstrom.

3 Biokimia-Program D3 Kebidanan
Bagian ke-1: Aspek kimia dalam tubuh

Air

Air merupakan produk akhir utama dari metabolisme oksidatif makanan. Dalam reaksi-
reaksi metabolik, air berfungsi sebagai reaktan tetapi juga sebagai produk. Air juga menjadi
pelarut biologis yang ideal. Air sangat mempengaruhi semua interaksi molekuler dalam
sistem biologi. Air mempunyai 2 sifat penting secara biologis yaitu sifat polar dan sifat
kohesif.

1. Air merupakan molekul polar

Secara tiga dimensi, air merupakan molekul tetrahedron tak beraturan dengan oksigen
pada bagian pusatnya. Dua buah ikatan dengan hidrogen diarahkan ke dua sudut
tetrahedron, sementara elektron-elektron yang tidak dipakai bersama pada kedua
orbital terhibridasi sp3 menempati 2 sudut sisanya. Molekul air membentuk molekul
bipolar (dua kutub). Sisi oksigen yang berlawanan dengan dua atom hidrogen
cenderung bermuatan negatif karena mengandung lebih banyak elektron. Sedangkan
disisi hidrogen cenderung bermuatan negatif.

Gambar 1.1
Molekul air. Sisi oksigen adalah kutub negatif dan sisi hidrogen adalah kutub positif.

2. Air bersifat sangat kohesif

Molekul-molekul air yang berdekatan memiliki afinitas yang tinggi satu sama lainnya.
Daerah bermuatan positif dan satu molekul air cenderung akan mengarahkan diri
kepada daerah bermuatan negatif pada salah satu molekul didekatnya. Air beku
mempunyai struktur kristal yang sangat teratur di mana seluruh ikatan hidrogen
potensial memang terbentuk. Air cair mempunyai struktur yang setengah teratur
dengan kelompok-kelompok molekul berikatan hidrogen yang secara terus menerus
terbentuk dan terpecah.

4 Biokimia-Program D3 Kebidanan
Bagian ke-1: Aspek kimia dalam tubuh

Gambar 1.2
Afinitas yang tinggi antar molekul air.

Air merupakan pelarut yang sangat baik bagi molekul-molekul polar. Air sangat
memperlemah iakatan ionik dan ikatan hidrogen antara molekul-molekul polar dengan cara
bersaing daya tarik. Perhatikan contoh pada Gambar 1.3. Atom-atom hidrogen air
mengantikan atom hidrogen amida (-NH) sebagai donor ikatan hidrogen, dan atom oksigen
air menggantikan atom oksigen karbonil (-CO) sebagai akseptor. Maka ikatan hidrogen yang
kuat antara –NH dan –CO terjadi jika tidak ada air.

Gambar 1.3
Air bersaing dalam pembentukan hidrogen, sehingga menjadi pelarut yang baik

Sintesis dan degradasi

Di dalam kehidupan, selalu terjadi peristiwa sintesis dan degradasi komponen-komponen
yang menyusunnya.

Sintesis

Sintesis adalah proses pembentukan suatu molekul yang lebih besar, dari molekul-molekul
yang lebih kecil. Sebagai contoh, protein adalah molekul yang sangat besar. Protein ini
disintesis dari asam-asam amino dengan mekanisme yang sangat rumit.

Gambar 1.4

5 Biokimia-Program D3 Kebidanan
Bagian ke-1: Aspek kimia dalam tubuh

Sintesis protein di dalam ribosom sel.

Bulatan-bulatan yang berantai merupakan gambaran sederhana dari asam-amino yang
bersambungan dengan ikatan peptida membentuk protein.

Contoh lainnya adalah DNA suatu rantai deoksiribonukleotida yang sangat panjang. Setiap
mata rantai merupakan satu unit deoksiribonukleotida. Deoksiribonukleotida tersebut
terbentuk oleh deoksiribonukleosida dan fosfat, demikian seterusnya sampai dengan
komponen yang lebih kecil.

Gambar 1.5
DNA merupakan rantai ganda dari deoksiribonukleotida (rantai biru dan rantai merah).
Masing-masing rantai tersusun atas mata rantai berupa deoksiribonukleotida, yaitu unit
yang terdiri atas deoksiribosa, basa nitrogen (G, C, A auat T) dan fosfat.

Degradasi

Degradasi adalah pembongkaran molekul-molekul yang lebih besar menjadi molekul-

molekul yang lebih kecil. Contohnya adalah degradasi asam amino. Asam-asam amino yang
melebihi kebutuhan sintesis protein tidak dapat disimpan dan tidak dapat diekskresikan.
Kelebihan asam amino ini cenderung digunakan bahan bakar. Gugus amino dibebaskan
selanjutnya sebagian besar menjadi urea, sedangkan rangka karbon diubah menjadi zat
antara metabolisme misalnya asetil KoA, asetoasetil KoA, piruvat dll.

Gambar 1.6

6 Biokimia-Program D3 Kebidanan
Bagian ke-1: Aspek kimia dalam tubuh

Asam amino arginin mengalami degradasi menjadi urea dan ornitin. Selanjutnya urea
diekskresikan melalui ginjal.

7 Biokimia-Program D3 Kebidanan