By

Dr. Hafifah, S.P, M.P

 Bidang yang erat terkait dan seringkali
dipersepsikan sama dengan mikrobiologi
lingkungan yaitu: EKOLOGI MIKROBA
 Ekologi mikroba yaitu Ilmu yang mempelajari
antara hubungan timbal balik (interaksi dan
interdependensi) antara mikrorganisme
dengan lingkungannya baik lingkungan biotik
maupun abiotik.
 Kebanyakan mikroorganisme bermanfaat atau
berbahaya
 Tanpa bakteri, kehidupan tidak akan pernah
ada !
- Fiksasi Nitrogen
- Siklus Karbon
- Siklus Sulfur & Fosfor
1. Lingkungan Terestrial/Daratan
 Termasuk “tanah” dan “tanaman”
 Pada habitat tanah, kebanyakan pertumbuhan
mikrobaterjadi di permukaan partikel tanah
(rhizosfer)
 Faktor utama yang mempengarunhi aktifitas
mikrobadi dalam tanah adalah ketersediaan air.
2. Lingkungan Air
 Contoh: danau, kolam, dan sungai
 Alga yang mengambang pada permukaan
air:phytoplankton
 Alga yang menempel pada dasar air: alga bentos
Siklus karbon adalah siklus/perputaran unsur kimia karbon (C)
yang terjadi di alam
1. Terjadi proses pembakaran yang didalamnya mengandung unsur
karbon ( bensin, solar, dll yang berasal dari minyak bumi).
Pembakaran juga bisa dari kayu, plastik dll, semua bahan yang
terbakar pasti mengandung unsur C.
2. Tumbuhan, hewan, dan manusia melakukan respirasi yaitu
mengambil O2 dan mengeluarkan CO2, CO2 yang dikeluarkan
oleh tumbuhan, manusia, dan hewan kemudian masuk ke
atmosfer bergabung dengan hasil pembakaran
3. Terjadi proses fotosintesis yang dilakukan oleh tumbuhan yaitu
dengan mengambil CO2 dan mengeluarkan O2, masuknya CO2
ke tumbuhan berarti di dalam tumbuhan juga akan terdapat
unsur C yang banyak digunakan untuk pembentukan makanan
oleh tumbuhan
4. Terjadi proses rantai makanan yaitu proses makan dan dimakan
dari produsen ke konsumen. proses ini melibatkan tumbuhan
yang dimakan oleh hewan herbivora sehingga terjadi
perpindahan unsur C dari tumbuhan ke hewan
Proses Siklus Nitrogen Pada Tanah
 Nitrogenatau N merupakan unsur yang
paling berlimpah di atmosfer yaitu sekitar
78% gas di atmosfer adalah nitrogen.

Proses Siklus Nitrogen

 Nitrogen tersebar dalam berbagai bentuk
dalam lingkungan, misalnya nitrogen
organik dan amonium, nitrogen oksida dan
nitrat, oksida nitrat dan nitrit atau pun gas
nitrogen anorganik.
Siklus nitrogen memiliki 5 langkah
1.Fiksasi nitrogen
2.Nitrifikasi
3.Asimilasi
4.Amonifikasi
5.Denitrifikasi

1. Fiksasi nitrogen
 Proses fiksasi N merupakan proses konversi N
atmosfer menjadi amonia.
 Proses ini dilakukan oleh bakteri yang ada
dalam akar tanaman polongan.
2. Nitrifikasi
 Nitrifikasi adalah oksidasi biologis amonia
dengan oksigen ke amonium lalu menjadi
nitrit yang diikuti oleh oksidasi nitrit menjadi
nitrat ini. Degradasi amonia yang kemudian
menjadi nitrit dikenal sebagai nitrifikasi.
 Proses ini dilakukan oleh spesies bakteri
autotrof dgn beberapa jenis bakteri amonia
pengoksidasi yaitu Betaproteobacteria (kelas
bakteri gram-) dan gammaproteobacteria dan
bakteri amonia oksidasi dari genera
nitrosomonas dan juga nitrosococcus.
3. Asimilasi

 Asimilasi N merupakan pembentukan

senyawa N organik, misalnya asam amino
dari senyawa N an–organik yg hadir di
lingkungan.

 Setelah proses nitrifikasi dilakukan oleh

bakteri, tanaman akan menyerap N dalam
bentuk nitrat.
4. Amonifikasi
 Amonifikasi merupakan tahap dalam siklus
nitrogen dimana sisa – sisa tanaman dan
produk-produk limbah akan terurai oleh
mikroorganisme untuk selanjutnya akan
menghasilkan amonia.
 Mikroorganisme dalam tanah akan memakan
bahan organik mati yg kemudian menjadi
energi dan nantinya akan menghasilkan
amonia serta senyawa dasar lainnya yg akan
menjadi produk sampingan dari metabolisme
yg terjadi. Amonia ini akan dipertahankan di
dalam tanah dalam bentuk ion amonium.
5. Denitrifikasi
 Denitrifikasi yaitu proses reduksi nitrat
menjadi gas nitrogen inert yang akan
melengkapi siklus nitrogen.
 Denitrifikasi biasanya dilakukan oleh spesies
bakteri seperti Pseudomonas dan juga
Clostridium dalam kondisi anaerobik.
 Selama proses respirasi terjadi, bakteri akan
menggunakan nitrat sebagai akseptor
elektronnya. Bakteri yang mampu bertahan
dalam kondisi aerobik ini adalah bakteri jenis
anaerob fakultatif.
 Sulfur terjadi akibat dari proses terjadinya pembakara
bahan bakar fosil batu bara atau terjadi akibat adanya
aktifitas gunung berapai, lalu asapnya itu akan naik
ke atmosfer, atau udara sulfur oksida itu akan berada
diawan yg menjadi hidrolidid air membentuk H₂SO,
awan akan mengalami kondensasi yang akhirnya
menurunkan hujan yg dikenal dengan hujan asam.
 Air hujan itu akan masuk kedalam tanah yg akan diu
bah menjadi Sulfat yg sangat peting untuktumbuhan.
Sulfat hanya terdapat dalam bentuk anorganik (SO₄),
sulfat ini yg mampu berpindah dari bumi atau alam
ketubuh tanaman tumbuhan melalui penyerapan
sulfat oleh akar.
 Sulfur akan direduksi oleh bakteri menjadi sulfida
dan berbentuk sulfur dioksida atau hidrogen sulfida
(H₂S).
 Membantu pembentukan butir hijau daun sehing
ga daun menjadi lebih hijau.
 Menambah kandungan protein dan vitamin hasil
panen.
 Meningakatkan jumlah anakn yang menghasilkan
(pada tanaman padi).
 Berperan penting pada proses pembulatan zat
gula.
 Memperbaiki warna, aroma, dan kelenturan daun
tembakau (khusus pada tembakau omprongan).
 Memperbaiki aroma, mengurangi penyusutan sel
ama penyimpangan, memperbesar umbi &
bawang merah
Interaksi yang terjadi pada mikroorganisme
berlangsung antara:
 Mikroorganisme dengan mikroorganisme
 Mikroorganisme dengan tumbuhan
 Mikroorganisme dengan hewan
 Mikroorganisme dengan manusia
 Inang menyediakan lingkungan yang stabil (T,
pH, tekanan osmosis, kelembaban dll) dan
nutrien yang cukup bagi kehidupan mikroba.
 Mikroba pada rumen sapi
 Mikroba dalam mulut manusia
Interaksi bersifat dinamis
 Kemampuan tumbuh mikroba sesuai dengan kondisi
lingkungan yang mendukung pertumbuhannya
 Beberapa mikroba dapat tumbuh pada inang juga
mampu hidup bebas di lingkungan.
 Dalam banyak kasus, kondisi fisiologis yang
dibutuhkan pada dua keadaan ini sangat berbeda.
 Mikroba harus mempunyai cara untuk mendeteksi
apakah bisa berinteraksi dengan inang
 Mikroba harus bereaksi terhadap keberadaan
/ketiadaan inang melalui perubahan dari ekspresi
gen tertentu
 Mikroba harus hati-hati dalam memilih inang
yang tepat
 Mikroba harus mampu melakukan kolonisasi
pada inang dan mikroba harus bisa
mendapatkan senyawa pertumbuhan yang
diperlukan selama interaksinya
 Mikroba harus mempunyai mekanisme untuk
mampu memenangkan upaya pertahanan diri
dari inang sehingga mikroba tetap bisa
mempertahankan kolonisasinya.
 Sebagian besar mikroorganisme ditemukan di alam tidak
dalam bentuk tunggal, tetapi dalam bentuk populasi di
dalam komunitas.
 Interaksi sangat berarti pada beberapa populasi yang ada
dalam komunitas.
 Interaksi yang terjadi bisa bersifat positif ataupun negatif
 Masing-masing mikroorganisme mempunyai pengaruh
terhadap lingkungannya
 Mikroba yang tumbuh pada air yang tercemar
 Mikroorganisme fotosintetik di perairan
 Mikroba pada tanaman tomat
 Mikroba tanahMikroba pada rumen sapi
 Mikroba pada rongga mulut manusia
 Mengendalikan penyakit secara biologis
 Interaksi mikroba dalam tanah memegang
peranan kunci dalam mengendalikan penyakit
secara biologis,pembusukan bahan-bahan
organik, dan daur bahan-bahan makanan
pokok untuk tanaman.
1. Simbiosis
2. Komensalisme
3. Amensalisme/Antibiosisme
/Antagonisme
4. Mutualisme
5. Parasitisme
6. Predasi
7. Kompetisi
8. Netralisme
Simbiosis
 Suatu interaksi yang stabil antara dua jenis
organisme dimana terjadi asosiasi ataukontak fisik
yang erat tanpa memperhatikan dampaknya pada
masingmasing pihak
Komensalisme
 Suatu interaksi yang stabil dimana satu pihak
mendapat keuntungan dari prosesinteraksi,
sementara pihak lain tidakmendapat keuntungan
namun juga tidakdirugikan
Contoh : anggrek dengan pohon yang ditumpanginya
Parasitisme
 Suatu interaksi yang menghasilkan asosiasi dimana
satu pihak diuntungkan, sementarapihak lain (inang)
dirugikan (dirusak) karenaparasit mengambil
makanan dari inang.
Contoh : benalu dengan pohon inangnya
Amensalisme / Antibiosisme /Antagonisme
 Suatu interaksi antagonis (penghambatanatau penghentian
pertumbuhan dari satu organisme terhadap yang lain
melaluisenyawa metabolit yang dihasilkan berupa antibiotik.
Predasi
 Suatu bentuk interaksi pemangsaan antara
pemangsa (predator) dengan mangsa
Kompetisi
 Suatu interaksi persaingan terhadap sumber daya (nutrien,
oksigen, cahaya,ruang) yang ketersediaannya terbatas
dibutuhkan secara bersamaan dalamsebuah 'niche„
Netralisme
 Hubungan tidak saling mengganggu antara organisme
dalam satu habitat yg sama.
 Masing-masing hidup dengan tidak mengganggu satu
dengan lainnya.
INTERAKSI MIKROBA DENGAN AKAR TANAMAN

 Akar tanaman secara langsung

berinteraksidengan mikroorganisme di dalam
tanah.
 Interaksi ini ada yang menguntungkan
danada yang merugikan.
 Interaksi yang menguntungkan
dapatbermanfaat sebagai biofertilizer
 Interaksi yang menguntungkan :
- Cendawan Mikoriza dengan akar tanaman
- Bakteri Rhizobium dengan akartanaman
leguminosae
Bakteri Rhizobium
 Merupakan kelompok bakteri yang
mempunyai kemampuan sebagai penyedia
hara bagi Tanaman
 Bakteri hanya bisa memfiksasi
nitrogenatmosfer bila berada di dalam bintil
akar mitralegumnya
 Bintil akar yang efektif : bagian
dalamberwarna merah (pigmen
leghemoglobin)
Bakteri Rhizobium
 Proses :
Infeksi  penetrasi pembentukan benang
infeksi pembentukan bakteroid
pembentukan bintil akar
Rhizobium-legume mutualism
(food for food)
 Tanaman memberikan gula
kepada Rhizobium
 Bakteri Rhizobium memfiksasi
nitrogen dan mengirimkannya
ke akar tanaman.
Cendawan Mikoriza
 Mikoriza adalah struktur sistem perakaran yang
terbentuk karena adanya cendawan yang
bersimbiosis (umumnya menguntungkan)
dengan sistem akar tanaman.

Tipe Mikoriza
 Ektomikorhiza : hidup antara jamur dengan
tanaman, apabila hifanya tidak menembus ke
dalam akar tetapi hanya pada sampai lapisan
epidermis.
 Endomikorhiza (CMA): hidup antara jamur dengan
tanaman, apabila hifanya dapat menembus sampai
ke dalam (korteks).
1. Membantu penyerapan air dan hara (fosfat)
2. Membantu transfer hara, asimilasi karbon,
dan fitohormon
3. Membantu pertumbuhan awal bibit
4. Meningkatkan daya hidup-transplanting-
dan kualitas bibit
5. Mengefisiensikan pemupukan
1. Membantu ketahanan atau toleransi bibit
terhadap logam berat, kekeringan, salinitas,
dan tanah miskin
2. Melindungi akar terhadap serangan patogen
tanah
3. Memperbaiki struktur tanah (aerasi dan
drainase)
4. Sebagai agens bio remediasi
5. Sebagai bio indikator kualitas lingkungan
Interaksi Mikroba Dengan Permukaan Tanaman
 Batang, daun dan buah tanaman merupakan
habitat yang sesuai bagi beberapa mikroba
seperti cendawan, yeast, alga, cyanobacteria,
heterotropik dan lumut kerak (lichens)
 Mikroba yang tumbuh pada permukaan tanaman
disebut epifit.
Lumut kerak (Lichen/Lichenes)
adalah suatu organisme majemuk yang
merupakan hasil simbiosis erat dari cendawan
dengan mitra fotosintetik, yang dapat berupa
alga hijau (biasanya Trebouxia) atau sianobakteri
(biasanya Nostoc).
 Kerja sama ini demikian eratnya sehingga
morfologinya pun berbeda dari komponen
simbiotiknya.
 Jamur pada lichen
memperoleh makanan
dari hasil fotosintesis
algae, dan memperoleh
air atau mineral dari
jamur.
 Inilah yang
menunjukan adanya
simbiosis antara jamur
dan algae.
Lumut kerak tumbuh
di ranting pohon
Bakteri dan Filosfer
 Filosfer merupakan salah satu habitat
mikroorganisme saprofit. Beberapa di
antaranya merupakan mikroorganisme
antagonis (Preece and Dickinson, 1971).
 Sedangkan populasi bakteri yang menghuni
permukaan daun disebut
dengan filoplen (phyllo = daun, plane =
permukaan). Pemakaian filosfer lebih disukai
karena cakupannya lebuh luas.
 Bakteri yang menghuni permukaan daun adalah
bakteri pembentuk inti kristal es yang meliputi
lima galur bakteri, yaitu ; Pseudomonas syringae,
Pseudomonas viridiflava, Pseudomonas
fluoresces, Erwinia herbicola, dan Xantomonas
campestris pv translucens.
 Kelima spesies ini mampu mengkatalisis C,
bahkan ada yang dapat membentuk
pembentukan es pada suhu di atas -10 0C.
Pembentukan inti es oleh bakteri ini pada
temperatur di atas suhu –5 0C di habitat alaminya
merupakan fenomena yang menarik (Gurian-
Sherman dan Lindow 1993).
 Bakteri filosfer pembentuk inti es diketahui
mempunyai potensi yang besar misalnya
untuk membuat hujan dan salju buatan,
industri pengawetan makanan dan minuman
dengan pembekuan, dan rekayasa gen
pelapor (reporter gene engineering).
 Dalam bidang pertanian, bakteri pembentuk
es juga diketahui penyebab luka beku (frost
injury) tanaman komoditi (Suwanto 1994;
Wahyudi AT 1995; Lindow 1989).
 Kebanyakan bakteri pembentuk kristal es adalah
bakteri filosfer. Total permukaan daun yang
dihuni oleh bakteri mencapai 0,1-1%, dan dari
total tersebut lebih dari 90% mati karena
desinfektan tropikal atau UV
 Bakteri filosfer secara langsung terekspos
dengan lingkungan, dimana angin, hujan,
perubahan suhu, dan pemangsa bisa setiap saat
membunuhnya.
 Bakteri filosfer juga harus berkompetisi dengan
bakteri lainnya untuk mendapatkan nutrien yang
serba terbatas pada permukaan daun.
 Khamir antagonis terhadap C. lagenarium diisolasi
dari filosfer semangka dengan medium YM Agar.
 Khamir mempunyai kemampuan antagonisme dalam
menghambat pertumbuhan dan
perkembanganColletotrichum lagenarium yg virulen
terhadap tanaman semangka.
 Jenis khamir (Cryptococus infirmo-miniatus, C.
laurentii, Rhodotorula glutinis) efektif untuk
mengendalikan penyakit pascapanen pada buah pear
(Benbow dan Sugar, 1999).
 Bakteri filosfer Pseudomonas kelompok fluorescens
dan Bacillus sp yang juga diisolasi dari daun dan
batang tanaman padi yang berpotensi sebagai agen
biokontrol penyakit hawar daun pada padi secara in
vitro (Machmud dan Farida, 1995)
 Spermosfer adalah daerah yang melingkupi
permukaan biji (benih) yang sedang
bergerminasi.
 Spermosfer dikolonisasi oleh mikroba,
biasanya di ujung embrio.
 Tergantung dari jenis tanaman, kolonisasi
mikroba oleh mikroorganisme udara (airborne
microorganism) dapat terjadi selama
pembentukan benih.
 Populasi bakteri dan jamur yang berasosiasi
dengan benih tanaman liar telah diteliti.
 Sejumlah tipe dan jenis mikroba juga berada
pada spermosfer tanaman budidaya.
 Pada benih serealia, Aspergillus
glaucus ditemukan di 80% sampel.
 Aspergillus flavus terdapat di benih jagung
tetapi tidak ditemukan di benih gandum.
 Jamur tidak akan tumbuh jika kelembaban
benih sereal di bawah 11-12%.
 Aspergillus flavus ,Aspergillus flavusAw 0,78.
Conidia dimensi: 3-6 mikron atau 3-5 mikron.
 Berjamur tumbuh pada jagung dan kacang.
 Dapat ditemukan di tanah yang hangat, makanan
dan produk susu.
 Beberapa strain yang mampu memproduksi
sekelompok mycotoxins-di grup aflatoxin
 Hewan dikenal Aflatoxins karsinogen.
 Toksin ini adalah karsinogen manusia.
 Racun adalah racun bagi manusia melalui
penelanan.
 Jamur ini kadang-kadang diidentifikasi sebagai
penyebab kornea, infeksi otomycotic dan nasoorbital.
 Aspergillus merupakan jamur yang umum yang
biasanya terkait dengan tanah dan vegetasi yang
membusuk.
 Namun, Jamur ini akan menginfeksi tanaman bila
kondisi untuk pertumbuhan yang menguntungkan,
terutama ketika tanaman terkena kelembaban yang
tinggi selama jangka waktu yang lama atau rusak
karena kekeringan atau stres lainnya.
 Aspergillus pada pertumbuhan tanaman dapat
mengarah pada penumpukan aflatoxins, senyawa
yang dikeluarkan oleh pertumbuhan jamur.
Aflatoxins bersifat racun dan karsinogenik pada
binatang.
 Jamur Aspergillus flavus menghasilkan
mycotoxin dikenal sebagai aflatoxin pada
sejumlah tanaman termasuk jagung, kacang
tanah, dan kapas
 Jamur memiliki penampilan hijau kuning
ketika tumbuh di biji jagung. Jamur ini
sangat umum di alam, tetapi penduduknya
meningkat selama cuaca panas kering.
 Kontaminasi aflatoxin dalam jagung lebih
besar yang telah dihasilkan di bawah kondisi
stres.
 Perusahaan benih dalam proses
pengembangan jagung hibrida dengan
tingkat perlawanan terhadap jamur atau yang
kurang kecenderungan untuk mengumpulkan
racun.
 Meskipun hibrida ini akan cenderung
memiliki tingkat yg lebih rendah aflatoxin
daripada yg lain tumbuh dalam kondisi yg
sama, lengkap resistensi tidak mungkin.
 Tingkat aflatoxin diatur oleh Food and Drug
Administration (FDA) pada 20 ppb (part per
billion) (bagian per milyar) dalam makanan
dan pakan.
 Aflatoksin dapat juga muncul dalam susu
binatang menyusui makan makanan yang
terkontaminasi aflatoxin. Batas yang diijinkan
dalam susu adalah 0,5 ppb.
 Aspergillus glaucus memiliki konidia
berukuran 5-6,5 mikron. Common outdoor
jamur di musim dingin.
 Hal ini dilaporkan menyebabkan alergi.
Spesies ini hanya kadang-kadang patogenik.
 Jamur ini dapat tumbuh pada tingkat
kelembaban yang rendah pada biji-bijian.
 Aspergillus flavus pd kacang

Aspergillus glaucus

Aspergillus flavus