BAB IX

MIKROBIOLOGI TANAH

A. Pengantar
Suatu definisi singkat dari mikrobiologi tanah yakni suatu studi organisme yang hidup
dalam tanah, yang meliputi aktivitas metabolisme, aliran energi dan siklus materi. SSSA
(The Soil Science Society of America), 1998 dalam Cyone, 1999 mendefinisikan
mikrobiologi tanah adalah sebagai cabang ilmu tanah yang mengkhususkan mempelajari
mikroorganisme yang berada dalam tanah menyangkut peran dan aktivitasnya.
Ada dua pendekatan untuk mempelajari mikrobiologi tanah, yakni dengan
mempelajari:
 Fisiologi, bagaimana pertumbuhan dan metabolisme
 Taksonomi, bagaimana hubungan satu dengan lainnya.
 Patologi, bagaimana dapat menyebabkan penyakit tanaman, binatang dan manusia
 Simbiosis, bagaimana mempelajari interaksi yang komplek dengan organisme lain.
Pendekatan lain adalah terfokus pada bagaimana mikroorganisme dalam tanah, yang
meliputi proses:
 Biogeokimia, bagaimana pengaruh ke lingkungan secara kimia.
 Siklus materi, bagaimana perannya dalam siklus senyawa-senyawa dalam tanah.
 Perubahan global, bagaimana pengaruh global seperti temperatur dan tekanan
atmosfer
 Ekologi, bagaimana interaksi dengan lingkungannya dan dengan mikroorganisme
lainnya.
Tanah secara umum, tersusun oleh senyawa anorganik, senyawa organik, udara, dan
air serta mengandung bagian yang berbentuk jasad hidup yang secraa umum terdiri dari
mikroorganisme. Mikroba tanah sebagian besar terdiri dari bakteri, fungi, dan mikroalga.
Jumlah mikroba tanah sangat tinggi, yakni berkisar 320.000-200.000.000 setiap gram
tanah. Kehadirannya dalam tanah ada yang menguntungkan dan ada juga yang
merugikan.
Mikroba tanah dapat menguntungkan bila kehadirannya berperan dalam siklus
mineral, fiksasi nitrogen, perombakan residu pestisida, proses humifikasi, proses
menyuburkan tanah, perombakan limbah berbahaya, biodegradasi, bioremediasi,
mineralisasi, dekomposisi, dan lain-lain. Mikroba tanah dapat juga merugikan bila
kehadirannya berperan dalam proses denitrifikasi, sebagai jasad penyebab penyakit, dan
sebagai jasad pengurai pupuk yang tidak diharapkan.
Peranan mikroba, khususnya bakteri yang hidup bersimbiosis dan yang hidup non
simbiosis dalam tanah berperan dalam memfikasasi atau menambatkan nitrogen dari
udara. Hal ini memiliki nilai penting dalam pertanian. Bahkan beberapa jenis kacang-
kacangan, misalnya kacang tanah dan kedelai sengaja dilakukan penambahan secara
buatan bakteri Rhizobium dalam bentuk inokulum. Pemberian inokulum ini agar tanaman
membentuk nodula (bintil) yang efektif. Hal ini bukan saja berakibat pada tanaman
sebagai pupuk nitrogen, tetapi tanah bekas tanaman tersebut dapat digunakan oleh
 tanaman lain tanpa memerlukan tambahan pupuk nitrogen. Bahkan sekarang telah
diketahui bahwa bakteri Rhizoobium tersebut berperan juga sebagai bakteri pemecah atau
pengurai sisa pestisida di dalam tanah. Berarti bahwa bakteri Rhizobium berperan sebagai
jasad pengontrol pencemaran tanah akibat kelebihan pestisida.
Mikroba, khususnya bakteri dan fungi berperan pula dalam siklus mineral atau daur
mineral seperti S, C, dan P. Kehadiran mikroba tersebut di dalam tanah, khususnya tanah
pertanian dan pertambangan mempunyai nilai ekonomi baik dalam menyuburkan tanah,
penyediaan mineral yang dibutuhkan oleh tanaman maupun dalam pengelolaan endapan
mineral dan proses pencucian pemurnian mineral.
Sekelompok mikroba secara khsuus hidup pada permukaan akar tanaman. Jumlah,
jenis dan sifat mikroba ini berbeda dengan sekelompok mikroba lainnya. Kelompok
mikroba ini letaknya hanya beberapa centimeter saja dari permukaan akar, kelompok
mikroba tersebut dinamakan rizosfer (rizos = akar, fera = daerah). Mikroba ini berperan
aktif dalam siklus mineral, pemecah kelupasan akar, dan hasil eksudasi akar, serta juga
sebagai penambat nitrogen dari udara.
Proses deteriosasi (penguraian) dan korosi (pengakaratan) benda-benda logam,
ternyata juga aktvitas mikroba tanah. Berbagai jenis benda, mulai dari kertas, tekstil,
karet, plastik, aspal, logam serta bahan-bahan lainnya ternyata tidak dapat terbebas dari
mikroba untuk diuraikan atau dihancurkan. Misalnya pipa besi yang di tanam di dalam
tanah, atau di dalam air banyak mengalami kerugian akibat adanya proses deteriosasi dan
korosi secara mikrobiologis.

B. Kelompok Kehidupan dalam Tanah

Golongan-golongan utama yang menyusun populasi mikroba tanah terdiri atas
Prokariotik (bakteri dan Actinomycetes), Fungi, Algae, mikrofauna (protozoa, Archezoa),
mesofauna (Nematoda), Makrofauna (semut, cacing, tanah, dan lainnya), dan Mikrobiota
(Mycoplasma, Virus, Viroid dan Piron).
1. Bakteri
Bakteri yang hidup dalam tanah memegan peranan penting dalam meningkatkan
pertumbuhan dan produksi tanaman. Hal ini berkaitan dengan kemampuannya
mengikat nitrogen dari udara dan mengubah ammonium menjadi nitrat. Termasuk
dalam golongan ini bakteri yang berbentuk basil yang mampu membentuk spora.
Selain bakteri yang berbentuk batang, terdapat pula bakteri berbentuk kokus, dan
vibrio. Beberapa contoh bakteri tersebut adalah:
- Clostridium pasteurianum adalah bakteri yang memfiksasi mikroba dalam
keadaan anaerob.
- Azotobacter chroococcum, bakteri yang dapat mengikat nitrogen dalam keadaan
aerob
- Nitrobacter yaitu bakteri yang dapat mengubah ammonium menjadi nitrat
- Radicicolas, yakni bakteri yang hidup bersimbiosis dengan Leguminosae
- Bacillus, dapat mengikat nitrogen, membentuk spora, rentang pHnya 2-8 dengan
rentang temperatur -5ºC - 75ºC, meliputi 7-67%
- Pseudomonas, terdiri 3-15%, beberapa spesiesnya bersifat pathogen.
2. Actinomycetes
a. Karakteristik
Actinomycetes merupakan salah satu prokariota yang bentuk mirip dengan
fungi. Actinomycetes awalnya dinamakan “ray fungi”. Actinomycetes tumbuh
dalam bentuk filoamen miselium dan membentuk spora. Ada dua hal penting yang
membedakan antara fungi dan actinomycetes, yakni: 1) Actinomycetes tidak
mempunyai nucleus, sehingga dimasukkan prokariotik; 2) Bentuk hifa
Actinomycetes dengan diameter 0,5-1,0 mm, sehingga lebih kecil dari hifa jamur
(3-8 mm diameternya).
Actinomycetes tidak bersifat fotosintentik. Hampir semua Actinomycetes
adalah saprofit, tumbuh dengan mendekomposisi bahan-bahan organic. Beberapa
Actinomycetes pada manusia, binatang, dan tanaman bersifat pathogen. Beberapa
Actinomycetes bersifat menguntungkan, misalnya genus Frankia berasosiasi
dengan semak dan tumbuhan dan mengikat nitrogen.
b. Lingkungan dan Populasi
Actinomycetes terdiri dari 10-50% total populasi mikroba dalam tanah.
Organisme ini ditemukan dalam tanah (hamper semua), kompos, dan sendimen.
Kelimpahan populasi Actinomycetes di dalam tanah adalah terbesar kedua setelah
bakteri, yakni rentang dari 500.000-100.000.000 propagul per gram tanah.
Propagul adalah bagian dari suatu mikroorganisme yang dapat tumbuh dan
berkembangbiak.
Actinomycetes bersifat aerobic, karena itu membutuhkan oksigen untuk
pertumbuhan. Oleh karena itu, tidak dapat tumbuh dengan baik pada tanah yang
basah. Actinomycetes tidak toleran terhadap desikasi, tetapi sporanya tidak.
Actinomycetes tumbuh sangat lambat pada suhu 5°C, dan dapat diisolasi lebih
banyak dari tanah yang lebih panas daripada tanah yang dingin. Demikian pula
dengan sporanya yang dapat tumbuh pada semua keadaan, baik tanah yang lebih
panas maupun tanah yang lebih kering, tetapi tidak berarti organisme tersebut
menyukai panas. Pertumbuhan optimum pada suhu 28-37°C, tetapi beberapa
Actinomycetes tumbuh pada suhu 55-65°C, di dalam kompos.
Actinomycetes toleran terhadap keadaan basa. Dalam tanah yang bersifat
alkali, 95% dari isolate mikroba terdiri atas Actinomycetes, berarti juga organisme
tersebut tidak tahan terhadap asam. Pada pH lebih kecil dari populasi mikroba.
Actinomycetes yang mempunyai sifat intoleren terhadap aasm dapat digunakan
sebagai control beberapa tanaman karena Actinomycetes yang bersifat patogenik.
Penyakit kentang yang disebabkan Streptomyces scbies dapat dikontrol pada
kondisi tanah yang bersifat asam. Tanah yang bersifat asam dengan pH kurang
dari 5,8 lebih sedikit 50% terhindar dari serangan penyakit akibat Streptomyces
pathogen, hal ini karena Streptomyces scabies dipengaruhi pertumbuhannya pada
pH dibawah 6,3.
Actinomycetes bersifat saprofit, populasinya meningkat bila banyak bahan
organic. Actinomycetes merupakan kompetitor yang lemah dalam mendegradasi
substrat, tetapi dapat menggunakan selulosa dan khitin. Hamper semua
 Actinomycetes mendegradasi khitin, dan proses pendegradasian khitin ini dapat
dijadikan prosedur untuk mengisolasi Actinomycetes.
c. Klasifikasi Actinomycetes
Actinomycetes diklasifikasikan berdasarkan komposisi kimiawi dinding sel,
komposisi keseluruhan gula (untuk mendiagnostik kelompok Actinomycetes),
hibridisasi AND dan ARN (melihat kekerabatan diantara Actinomycetes yang
memiliki genotif serupa). Beberapa kelompok (genera) Actinomycetes adalah
Micromonospora, Nocardia, Steptomyces, Streptosporangium, dan
Thermoactinomycetes.
Streptomyces memiliki lebih banyak prevalensi dari pada Norcadia; tetapi
prevalensi Nocardia lebih besar daripada Micromonospora. Sembilan puluh (90%)
Actinomycetes yang diisolasi dari tanah adalah Streptomyces, dan genus ini
meliputi 5-20% dari total mikroba isolate dari pengenceran cawan total (dilution
plate counts).
d. Actinomycetes Penghasil Antibiotik
Pada 1940, sebelum antibiotika berkembang, hanya didapatkan dari 5 genera
Actinomycetes, tetapi sekarang sudah lebih dari 50. Peningkatan pengetahuan
tentang antibiotika ini karena Actinomycetes merupakan sumber terbesar
antibiotika alami yang diketahui. Antibiotika adalah molekul organic yang
mempunyai daya antimicrobial. Antibiotika biasanya diambil dari metabolit
intermediate yang pembentukkannya melalui biosintesis yang bertahap. Misalnya,
adalah lebih 30 tahap biosintesis streptomisin.
Sekarang lebih dari 5.000 antibiotika yang telah ditemukan dan
perkembangannya adalah mencapai 300 per tahun. Lebih kurang 75% antibiotika
diisolasi dari actinomycetes, antibiotika juga dihasilkan oleh fungi. Berikut ini
jumlah relative antibiotika yang diproduksi oleh berbagai kelompok mikroba.
Lebih kurang 75% antibiotika diisolasi dari actinomycetes, terutama berasal
dari genus Streptomyces, misalnya:
Streptomisin Streptomyces griseus
Chloramphenicol Streptomyces venezuela
Aureomycin, tetrasiklin Streptomyces aureofaciens
Tidak semua dapat digunakan untuk manusia, karena ada beberapa yang
sangat toksik. Antibiotic yang bersangkutan akan dapat mengobati penyakit, tetapi
dapat juga membunuh pasien. Antibiotika tidak dihasilkan secara konstan.
Antibiotika sintesis mulai diproduksi ketika antibiotika alami produksinya lambat
atau terhenti. Maka produksi antibiotika dengan membutuhkan sumber C, N yang
melimpah, atau P tingkat tinggi, semuanya berperan dalam pertumbuhan
antinomycetes. Produksi antibiotika diaktivasi oleh senyawa seperti hormone.
3. Fungi
Nama fungi berasal dari bahasa Latin dan Yunani, yakni mushroom. Mikologi
adalah ilmu yang mempelajari jamur (mykes: Yunani) dan fungus (Latin). Seorang
ahli mikrobiologi tanah yang mempelajari fungi disebut mikologist. Nama umum dari
bahasa Inggris untuk fungi adalah mold, mildew, rust, smut, yeast, mushroom, dan
puffball.
a. Karakteristik Fungi
Apa perbedaan antara bakteri dan fungi? Bakteri adalah kelompok prokariota,
artinya mereka tidak memiliki selubung inti. Sedangkan fungi adalah eukariota
yang biasanya berbentuk filament dan lebih besar daripada bakteri.

b. Tipe-tipe Fungi
 Myxomycetes (jamur lendir)
Jamur lendir adalah tipe fungi yang mirip dengan protozoa, karena
mempunyai tipe pertumbuhan amuboid. Jamur ini ditemukan di bawah bahan-
bahan organic yang telah membusuk. Jamur ini merupakan organisme berinti
banyak pada saat berbentuk seperti amoeboid, tetapi jamur ini dapat juga
membentuk “complex fruiting”.
 Oomycetes (jamur berflagella)
Oomycetes dalam klasifikasi baru dimasukkan dalam kingdom baru, yakni
Chomista. Ada dua karakteristik spesies, yakni: Phytium penyebab penyakit
“damping- off” dan Phytophthora, yang menyebabkan penyakit pada kentang.
 Zygomycetes (jamur gula)
Contoh paling terkenal jamur ini adalah kelompok Rhizopus nigricans, jamur
roti.
 Fungi Tingkat Tinggi
Fungi tingkat tinggi meliputi Ascomycetes dan lebih dari 30.000 spesies
telah diketahui. Fungi ini juga terdiri dari basidiomycetes, dengan lebih 25.000
spesies yang telah diketahui. Beberapa contoh, Agaricus, mikoriza, jamur akar
pohon.
 Fungi Imperfecti
Fungi Imperfecti terdiri dari kelompok Deuteromycetes, misalnya Penicillium.
 Miselium Steril
Miselium steril adalah jamur yang bereproduksi hanya dengan fragmentasi
hifa. Hal ini berarti jika hifa membelah menjadi fragmen, dengan setiap
fragmen dapat memulai bentukan baru miselium. Ketika spora ditemukan,
miselium steril biasanya diklasifikasikan kembali sebagai Ascomyctes.
 c. Peran Fungsional Fungi
Fungi merupakan agen utama (primer) dalam penguraian bahan-bahan
organic. Fungi mendegradasi molekul kompleks seperti selulosa, hemiselulosa,
pectin, pati, dan lignin. Jamur dapat mendekomposisi senyawa-senyawa yang
resisten. Misalnya untuk memecah lignin memerlukan fungi akar putih. Sebagai
contoh fungi akar putih adalah Phanaerochaete chysosporium.
Peran fungi yang lain adalah memulai sebagai reservoir nutrient ke bentuk
biomassa microbial. Mereka membantu mengikat agregat tanah. Jamur
mendokomposisi nutrien dalam bentuk senyawa organic. Jamur dapat juga
menyebabkan pathogen pada tanaman dan hewan. Misalnya, Histoplasma
capsulatum merupakan jamur endemic pathogen pada penduduk di Ohio River
valley. Trichophyton menyebabkan penyakit “kaki atletik”. Fungi uniseluler
bereproduksi dengan perkuncupan, yang secara umum dinamakan yeast. Candida
adalah jamur pathogen yang memfermentasi alcohol oleh genus Saccharomyces.
Tidak seperti Candida, Saccharomyces tidak bersifat pathogen tetapi
menguntungkan. Beberapa jamur yang dinamakan oleh manusia antara lain
Agaricus bisporus, Shitake, Portabella.
4. Chromista (Algae)
Kingdom Chromista dikemukakan pertama kali oleh Cavalier-Smith, tahun 1981.
Kingdom tersebut memiliki sifat eukariota, memiliki kloroplas yang berhubungan
dengan reticulum endoplasma, dan memiliki satu atau dua flagel. Contohnya
Oomycetes secara umum termasuk kategori fungi dan memiliki zoospore biflagel
(zoospore adalah sel reproduksi yang motil). Contoh dari Oomycetes adalah Phytium,
penyebab penyakit dumping-off pada tanaman, Phytophthora infestans, penyebab
penyakit pada kentang.
Alga merupakan organisme yang menggunakan oksigen untuk fotosintetik, seperti
halnya tumbuhan berklorofil. Bentuknya sangat beragam mulai dari rumput laut yang
mempunyai bentuk 40 meter panjang sampai organisme mikroskopik di dalam tanah.
Chlorella, misalnya memiliki diameter 2-3 mm. penyebaran sangat luas, mulai dari
lingkungan laut sampai ke lingkungan darat.
Peran alga dalam waktu geologis sangat penting karena merupakan penyebab
utama perubahan geokimia pada bumi. Oksigen yang dihasilkan pada proses
fotosintesis mengubah atmosfer bumi yang miskin oksigen menjadi kaya oksigen.
Alga berkontribusi mengubah karbon dioksida dari atmosfer melalui CaCO 2 dan
susunan bahan organic selama fotosintesis. Alga memiliki peran yang penting dalam
perubahan-perubahan ekologis sebagai pioner pada ekosistem gurun yang sangat
kering dan pada daerah dingin dimana tumbuhan tinggi bersaing untuk tetap dapat
hidup. Alga berperan sebagai produsen primer, perombak senyawa-senyawa karbon
organic, dan pembentuk struktur tanah. Chlamdomonas, suatu alga hijau yang
ditambahkan ke tanah berpasir sebagai alat pengontrol erosi dan tanah berlempung
disebabkan memiliki karbohidrat ekstraseluler yang mempunyai kemampuan agregasi
dan filtrasi.
Alga dan fungi berasosiasi membentuk organisme yang kompleks yang
dinamakan lichens. Lichens berperan menguraikan silikat karena mengeluarkan asam-
asam organic. Inilah tahap pertama dalam penguraian batu menjadi tanah. Alga yang
dekat dengan dasar berperan dalam rantai makanan. Alga dimakan oleh protozoa,
nematode, kutu, dan cacing tanah. Hal ini berakibat, pestisida dan herbisida dapat
menstimulasi “bunga air” oleh alga menggantikan insekta predator dan mikrofauna.
a. Peran Alga di dalam Tanah
 Alga Hijau (Chlorophyta)
Alga hijau mengandung klorofil a dan b, serta mempunyai sebuah dinding
sel yang terdiri dari selulosa yang juga mengandung polisakarida lain seperti
asam alginate. Organisme ini uniseluler, bentuk koloni banyak. Reproduksi
seksual dengan fusi dan reproduksi aseksual dengan pembelahan, membentuk
zoospore, atau fragmentasi. Alga hijau menyimpan hasil fotosintesis sebagai
pati seperti halnya tumbuhan tingkat tinggi. Hal ini ada sebagian ahli
menanamkan alga hijau sebagai tumbuhan, sedangkan diatom dan alga hijau
biru termasuk chromista. Organisme pada chromista tidak dapat menyimpan
pati, sebagai hasil fotosintesis.
 Diatom
Diatom mengandung pigmen fotosintetik seperti klorofil, karoten, dan
xantofil. Alga ini nampak warnanya coklat karena klorofil tertutup oleh
pigmen yang lain. Diatom dapat menyimpan hasil fotosintesis dalam bentuk
minyak. Diatom uniseluler dan bereproduksi seksual dengan fungi dan
reproduksi aseksual dengan cara pembelahan dan bentuk zoospore. Diatom
mempunyai bentuk yang unik, hal ini berpengaruh terhadap tanah. Organisme
ini mempunyai silica dan eksoskeleton pectin yang tahan terhadap degradasi.
Ketika diatom mati, sisa-sisa dinding sel akan mengumpul apa yang
dinamakan sebagai tanah diatom.
Tanah diatom mempunyai nilai ekonomis yang tinggi sebagai bahan
penyaring, bahan penyekat, dan bahan penggosok. Tanah diatom bahan utama
dari keramik China. Tanah diatom juga digunakan sebagai insektisida non
kimia. Dinding sel silica bersifat sangat keras, lebih keras daripada
eksoskleton dari insekta, dengan kata lain hama insekta akan mengalami
kematian akibat tertusuk oleh dinding sel diatom. Dinding sel diatom
dinamakan frustule. Di dinding sel terdiri dua katup, yang saling menutup;
bagian atas dan bagian bawah seperti cawan petri.

 Alga Kuning Kehijauan (Xanthophyta)

 Alga kuning kehijauan mengandung xantofil, karoten, dan klorofil.
Dinding sel terdiri pectin, walaupun juga mengandung silica. Alga ini
ditemukan dalm bentuk sel tunggal dan sel-selnya dapat membentuk filament.
Organisme ini bereproduksi dengan fusi sel dan dengan pembelahan sel atau
dnegan membentuk zoospore atau fragmetasi sederhana. Alga menyimpan
hasil fotosintesis dalam bentuk minyak.
b. Dimanakah Alga Dapat Ditemukan?
Secara umum, alga mempunyai jumlah yang lebih tinggi daripada protozoadan
mikrofauna, tetapi lebih kecil daripada prokariota. Alga colony-forming units per
gram bervariasi antara 109-1010 per meter persegi tanah atau antara 109-1010
colony-forming units (CFU) per gram tanah. Alga menyumbang biomassa per
hektar antara 3 sampai dengan 300 kg. bunga air (alga blooming) menyumbang
1.500 kg/hektar. Populasi alga bervariasi tergantung pada tipe tanah asam, dan
diatom tumbuh dengan baik pada tanah yang netral.
Alga ditemukan pada lapisan antara lapisan tanah di antara air dan cahaya.
Alga bersifat endolitik (dengan batu). Oleh karena itu, dapat ditemukan di bawah
permukaan sandstone dan limeston dimana air dan cahaya dapat masuk. Alga juga
dapat ditemukan di keladalam 100 cm dimana cahaya masih dapat masuk.
c. Pengaruh Lingkungan terhadap Alga
Temperature adalah factor utama, alga menjadi berkurang keaktifannya pada
musim dingin, walaupun ada beberapa alga menyukai suhu dapat tumbuh pada
temperature 2°C. Air adalah factor pengontrol, alga blooming terjadi setelah turun
hujan. Garam juga merupakan factor pengontrol, walaupun pada alga ada
mekanisme beradaptasi dengan lingkungan dengan kadar garam tinggi. Adaptasi
alga yang bersangkutan dengan cara menggunakan pompa ion natrium (Na⁺)
keluar dari sel dan memompa ion kalium (K⁺) masuk ke dalam sel. Ion kalium
yang terlalu sediki akan merusak alga; dengan mengatur keseimbangan osmotic,
membantu sel-sel alga kehilangan air pada lingkungan bergaram. Alga hijau
mampu mengubah pati menjadi gliserol (di atas 30% dari berat kering alga). Salah
satu contoh alga hijau yang dapat tumbuh pada kadar garam di atas 44% adalah
Dunaliella salina.
Kesuburan tanah berkaitan langsung dengan kelimpahan alga. Hal ini karena,
alga dapat memproduksi karbohidrat sendiri, sehingga nutrient tanah seperti N, P,
dan K membantgu mengontrol pertumbuhan alga. Herbisida dapat juga dikurangi
oleh populasi alga dalam lingkungan tanah. Respon alga pada permukaan air
terhadap nutrient pembatas, misalnya P, merupakan factor utama terjadinya
eutrofikasi lingkungan. Eutrofikasi adalah terlalu banyaknya nutrient dalam air.
Kata Eutrophic berasal dari bahasa Yunani eu artinya baik dan trophikos artinya
makanan atau nutrisi. Air eutrofik artinya adalah air yang kaya nutrient sehingga
tumbuhan dan alga tumbuh tidak terkontrol. Ketika tumbuhan mati dan
dekomposisi, air menjadi kekurangan oksigen. Hal ini dapat menyebabkan
kehidupan di dalam air, misalnya ikan menjadi mati.

5. Mikrofauna
 Protozoa adalah hewan satu sel dengan nucleus dan mitokondria, fagotrof artinya
mencerna makanan dengan melingkupan membrane selnya, sedangkan archezoa
adalah sama dengan protozoa tetapi tanpa memiliki mitokondria, sehingga organisme
ini lebih primitive. Protozoa dan archezoa berbeda dengan tumbuhan satu dalam hal
tidak berfotosintesis dan tidak memiliki organel penyimpan pati (misalnya pada
euglena). Perbedaanya denga fungi disebabkan mereka tidak memiliki dinding sel
yang tersusun khitin (khitin adalah polimerstruktural).
Protozoa dan archezoa merupakan hewan yang paling sederhana dan merupakan
invertebrate yang jumlanya melimpah. Ada ditemukan lebih 30.000 spesies mulai
ukuran 10-100 m. cryptosporidium) (protozoa) merupakan pathogen yang umum, dan
Giardia (archezoa), merupakan kontaminan penting dalam air minum.
a. Morfologi dan Klasifikasi
Secara garis besar, protozoa dan archezoa digolongkan menjadi 4 kelas
berdasarkan alat geraknya, yakni:
- Mastigophora
Mastighopora mendominasi ekosistem tanah. Hewan ini mempunyai panjang
lebih kurang 5-10µm dan memiliki satu atau lebih flagella. Mastighopora
mempunyai berat antara 0,2-28,0 nanogram. Flagella merupakan alat gerak
pada hewan tersebut. Reproduksi aseksual dengan pembelahan diri dan
reproduksi seksual dengan konjugasi (dua bergabung bersama dan kemudian
mempertukarkan informasi ghenetik). Contoh mastigophora adalah
trypanosome yang dapat menyebabkan penyakit tidur afrika. Contoh yang
lain adalah euglena yang merupakan mastigophora yang merupakan protozoa
berfotosintetik.
- Sarcodina
Sarcodina merupakan protozoa yang bergerak dengan kaki semu
(pseudopodia). Beberapa sarcodina mempunyai eksoskeleton dan yang
lainnya tidak. Sarcodina bereproduksi dengan pembelahan sel tunggal dan
dapat juga bereproduksi secara seksual dengan konjugasi. Umumnya
berkembang biak dengan pembelahan sel. Contoh hewan ini adalah amoeba
yang memiliki diameter di atas 600 mm tetapi di dalam tanah mempunyai
bentuk yang lebih kecil dengan ukuran hanya 10µ m, dengan massa seberat
0,8 sampe 6,0 nanogram.
- Ciliophora
Ciliophora merupakan protozoa yang bersilia. Silia yang dimiliki berjumlah
banyak, pendek, seperti rambut getar yang berfungsi untuk pergerakan atau
menyapu makanan agar masuk mulut sel atau sitosom. Contohnya adalah
Paramaecium. Reproduksi aseksual dengan pembelahan diri dan
perkuncupan. Reproduksi seksual dengan konjugasi.
- Soprozoa
Sporozoa merupakan protozoa yang bersifat parasite obligat, sehingga
kehidupannya di dalam tanah sangat terbatas. Sporozoa tidak memiliki
organelle dan alat gerak. Reproduksi aseksual dengan pembelahan ganda dan
reproduksi seksual dengan cara konjugasi. Sporozoa merupakan pathogen
 yang penting pada manusia yang dapat menyebabkan infeksi dengan
perantaraan gigitan nyamuk (malaria disebabkan oleh plasmodium yang
dibawah oleh nyamuk) atau masuk mengkontaminsai air yang tercemar oleh
tinja.
b. Populasi dan Pertumbuhan
Jumlah total protozoa antara 100.000 -300.000 per gram tanah pada lapisan di
atas 15 cm dari permukaan. Populasi ini dapat berubah setiap hari. Jumlah yang
paling sedikit adalah ciliate hanya di bawah 100 per gram tanah. Jumlah flagellate
merupakan protozoa yang dominan di dalam tanah, termasuk tanah asam.
Protozoa mempunyai dua siklus hidup, fase aktif dan fase tidak akti(bentuk
kista). Dengan membentuk kista menyebabkan terlindung dari kondisi lingkungan
yang tidak menguntungkan. Protozoa dapat tahan hidup selama satu tahun dalam
bentuk kista. Bila kondisi lingkungan normal maka dapat berubah lagi menjadi
bentuk yang aktif. Pergantian ini dapat terjadi kurang dari 24 jam.
c. Makanan
Protozoa merupakan organisme yang bersifat saprofitik, makan dengan
melarutkan bahan-bahan anorganik dan bahan-bahan organic, di samping itu juga
bersifat fagotrofik (memakan makanan secara langsung). Pencernaan makanan
dengan menggunakan vakuola makanan. Ciliate dan flagelata dapat mengonsumsi
babkter, yeast, protozoa lainnya dan rotifer.
d. Ekologi
Protozoa memiliki peran yang terbatas dalam mempengaruhi kondisi
lingkungan misalnya pH tanah dan struktur. Akan tetapi protozoa berpengaruh
terhadap struktur dan fungsi masyarakat microbial. Seperti halnya makrofauna,
protozoa juga membantu menstimulasi dekomposisi. Beberapa ahli mikrobiologi
tanah berpendapat bahwa protozoa dapat mengatur populasi mikroba dalam tanah
karena dia sebagai predator mikroorganisme (Alexander,1977 dalam Coyne,
1999). Dekomposisi dapat menjadi lebih cepat karena kehadiran protozoa
menyebabkan populasi mikroba berganti mikroba yang aktif dan masih muda.

6. Mesofauna
Mesofauna dalam tanah mempunyai ukuran antara besar sampe kecil. Mesofauna
lebih kecil dari makrofauna sampe yang dapat terlihat oleh mikroskop. Mesofauna
dalam tanah memiliki ukuran 200-1000 mm panjangnya. Sebagian besar tidak dapat
terlihat dengan mata telanjang contohnya nematode.
Nematode disebut juga cacing gilik atau cacing rambut memiliki ukuran berfariasi
mulai yang di dalam tanah bersifat mikroskopik lebih kecil dari 50 mm sampe
panjangnya 9 m (nematode laut). Bentukan nematode yang hidup bebas lebih banyak
ditemukan di atas 10 cm di atas permukaan tanah dan 90% nematode ditemukan pada
lapisan tanah atas sekitar 15 cm. populasi nematode yang tertinggi dalam lingkungan
organic denga pH netral dan lebih banyak terdapat di dalam akar tanaman dari pada di
dalam tanah. Beberapa spesies nematode hidup parasitic pada akar dengan memakan
populasi mikroba yang berada dekat akar (populasi rhizosfer) dibandingkan dengan
yang berada di dalam tanah. Populasi nematode yang tinggi menunjukan bahwa
 terdapat kandungan bahan organic yang tinggi di dekat akar. Nematoda mempunyai
laju perkembangbiakan yang tinggi, menghasilkan 5-6 generasi pertahun.
Nematode tidak berperan secara langsung dengan dekomposisi bahan organic
dalam tanah karena nematode berperan sebagai saprofit dan predator. Nematoda yang
hidup bebas memakan lebih dari 5.000 sel microbe per menit, dan hal ini berperan
sebagai pembantu mengatur populasi microbe yang ada dalam tanah. Nematode
sendiri diparasit oleh mikroorganisme tanah yang lain dan dimakan sebagai bagian
dari rantai makanan. Nematode umumnya dikategorikan menjadi 5 kategori
berdasarkan sumber makanan dan kebiasaan makanan yakni: patogenik, herbivorous,
mikrobivovorous, omnivorous, dan carnivorous. Nematode mikrobivorous adalah
nematode yang memakan organisme yang lebih besar seperti sporozoa, rotifer, dan
nematode lainnya. Nematode omnivorous adalah nematode yang memakan tumbuhan
yang telah mati dan jaringan hewan yang telah mati.
Genus Meloidogyine, salah satu nematode yang dapat bersifat parasite pada
tanaman sebagai penyebab penyakit busuk tanaman yang secara ekonomi
menurunkan populasi tomat dan tembakau. Ada juga nematode pemakan jamur,
misalnya Aphelechus avenae yang memakan jamur Rhizoctonia solani. Sedangkan
nematode predator contohnya Arthrobotrys oloigospora. Dari segi ekologis, nematode
berperan mengatur populasi mikroba dalam tanah dengan sifat predasinya. Populasi
nematode menunjukan kemampuan bahan-bahan organic untuk mendukung suatu
kehidupan dalam tanah.

7. Makrofauna
Makrofauna berpengaruh terhadap predasi mikroba, struktur tanah, dan pola
dekomposisi bahan organic. Misalnya cacing tanah berperan besar terhadap struktur
fisik tanah, mengawali akar tumbuh melalui celah-celah, meningkatkan aerasi tanah,
dan menggerakan bahan organic ke dalam tanah. Makrofauna (cacing tanah,
serangga, dan lain-lain) berbeda dengan mesofauna (nematode dan rotifer) dan
mikrofauna (protozoa) disebabkan ukuran dan kemampuan biokimiawi dalam tanah.
Table –tabel berikut menunjukan suatu piramida populasi organisme dalam tanah dan
distribusi biomassa organisme dalam tanah. Biomassa berarti bahan organic hidup.

a. Peran Makrofauna
 Makrofauna berperan dalam mempercepat dekomposisi bahan-bahan organik.
Makrofauna meningkatkan agregasi tanah yang merupakan campuran antara
bahan-bahan organik dengan tanah secara bersama-sama dan meningkatkan aerasi
tanah, sehingga mempermudah akar-akar tanaman untuk tumbuh lebih baik.
Makrofauna juga berfungsi sebagai predator dalam tanah.
Peran makrofauna dalam tanah adalah mempercepat dekomposisi bahan
organik. Beberapa tahap penguraian dalam tanah adalah:
- Makrofauna (springtails, kutu kayu, dan larva lalat) menyerang sampah dan
prosesnya dinamakan fenestrasi.
- Molluska, isopoda, millipoda, larva lalat, dan cacing tanah melanjutkan proses
ini
- Cacing tanah, insekta, dan yang lainnya mengantarkan sampah ke dalam
tanah.
- Cacing tanah dan potworm mencerna sampah dan mencampurnya di dalam
tanah.
- Peran mikroba untuk mencampurnya menjadi komponen-komponen dalam
tanah.
Makrofauna mencerna bahan-bahan organik, sehingga dapat meningkatkan
luas permukaan. Peningkatan luas permukaan ini akan meningkatkan laju
dekomposisi; luas permukaan yang lebih besar akan dapat meningkatkan
penguraian oleh mikroba. Makrofauna mencampur bahan-bahan organik dan
tanah secara bersama-sama. Di samping itu, makrofauna berperan sebagai
predator mikroba.
b. Klasifikasi dan Tipe-Tipe Makkrofauna
Makrofauna dapat diklasifikasikan berdasarkan ukuran mulai dari 10-100mm
atau lebih. Ada juga klasifikasi berdasarkan pada bagaimana makrofauna makan.
Makrofauna biofagus memakan makhluk-makhluk hidup. Berdasarkan hal ini
makrofauna dibedakan menjadi: 1) karnivora (pemakan hewan), 2) herbivora
(pemakan tumbuhan), 3) mikrobivora (pemakan mikroorganisme), 4) omnivore
(pemakan tumbuhan/hewan).
Makrofauna saprofagus adalah golongan makrofauna yang memakan bahan
yang telah mati atau sudah lapuk. Berdasarkan hal ini, makrofauna dibedakan
menjadi; 1) detritivora (pemakan detritus), 2) cadavericola (pemakan bangkai
binatang), 3) koprofagus (pemakan dung).
- Arthropoda
Insekta sebagai anggota arthropoda merupakan makrofauna yang dominan
dalam keragaman dan jumlah, tetapi tidak pada biomassa. Biomassanya dalam
tanah kurang dari 10%. Arthropoda yang umum adalah kutu kayu, centipoda,
millipoda, kutu, insekta, springtails (mikroarthropoda), rayap dan semut.
- Arachnida
Kutu adalah anggota yang sama dengan laba-laba. Kutu yang terkecil
dapat digolongkan menjadi mesofauna. Sebagai predator kutu memakan
nematode, potworms, insekta, dan kutu yang lain. Kutu juga bersifat saprofaga
(memakan bahan yang telah mati), mikrofaga (pemakan fungi) dan coprofaga
(pemakan sampah). Populasi kutu mikrofaga menurun ketika digunakan
fungisida, disamping itu karena sumber makanannya menurun. Kutu sangat
sensitive pada kekeringan. Tungau predator melimpah pada limbah pekuburan.
Tungau memecah sampah, tetapi hanya berperan kecil pada dekomposisi
tumbuhan. Tungau mentranspor spora-spora jamur dan menggerakkan bahan-
bahan organik melalui tanah. Feses yang dihasilkan oleh tungau merupakan
habitat dari mikroba.
- Myriapoda
Peran arthropoda penting sebagai predator dan karnivora. Populasi
myriapoda lebih tinggi di tanah hutan dari pada tanah berumput. Beberapa
myriapoda makan dari tumbuh-tumbuhan yang telah membusuk. Makrofauna
juga penting dalam memecah sampah.
- Collembola
Hewan ini ukurannya kecil, dan merupakan insekta primitive dengan
jumlah terbesar dan terdistribusi secara luas. Ada didapatkan lebih besar
10.000 individu per meter persegi tanah. Collembola memiliki panjang kurang
dari 1 mm dan berkontribusi kecil terhadap biomassa. Collembolan makan
bakteri, fungi dan spora, mendekomposisi bahan organik, feses, tumbuhan
hidup, dan hewan. Hewan ini juga makan detritus; walaupun tidak memiliki
peran secara langsung dalam nutrient tanah, tetapi mereka aktif dalam
pemecahan sampah.
- Isopteran
Insekta ini memiliki peran yang lebih penting secara biologi pada tanah di
daerah tropis dan daerah subtropics. Rayap makan kayu yang memiliki
komponen utama selulosa. Rayap tidak menghasilkan enzim selulase sendiri
yang dapat emmecah selulosa, tetapi dihasilkan oleh suatu spesies protozoa
yang berada di usus rayap. Rayap yang lain hidup dalam humus dan
menguraikan sampah. Di daerah tropis, rayap memainkan peran yang sama
dengan cacing tanah dalam hal memindahkan barang-barang organik ke dalam
tanah.
- Mollusca
Mollusca merupakan hewan omnivore, yang dapat makhluk hidup,
makhluk mati, atau bahan-bahan yang telah lapuk; fungi, alga, lichens, dan
cacing tanah. Mollusca sangat sensitive terhadap kelembaban dan temperatur.
 Oleh karena itu distribusinya sangat terbatas. Populasi Mollusca bervariasi
antara 10-25 meter persegi sampai kadang-kadang sampai 50 meter persegi.
Mollusca menghasilkan enzim selulase atau memiliki pengahasil selulase pada
ususnya. Beberapa Mollusca menghasilkan secret mukoprotein yang
membantu agregat tanah.
- Cacing tanah
Cacing tanah menhuni tanah-tanah pekarangan, sawah, tegalan, tanah-
tanah hutan dan lain-lain. Banyak spesiesnya yang bermanfaat dalam
penyuburan tanah, ada yang bersifat parasite, dan ada juga yang bersifat
parasite fakultatif. Cacing tanah dapat menyuburkan tanah dengan mekanisme:
 Mempercepat pelapukan sisa-sisa tanaman
 Kotoran cacing dapat meningkatkan kadar NPK pada tanah yang
dihuninya
 Lorong-lorong yang dibuatnya dalam tanah (terutama pada lapisan top
soil) memungkinkan masuknya udara ke dalam tanah dan mendesak
kelebihan karbon dioksida keluar dari tanah.
 Meningkatkan daya serap, daya lolos air permukaan ke dalam tanah bagian
bawah, yakni dengan terbentuknya rongga atau lorong-lorong dalam tanah
mulai dari top soil sampai sub soil yang berarti pula membantu mencegah
terjadinya erosi tanah.
 Membantu terbentuknya humus-humus dalam tanah, hal ini berakibat
meningkatnya daya serap tanah dan maningkatkan ketahanan tanah
terhadap gangguan erosi.
Jumlah spesies cacing tanah diperkirakan 8.000 dalam tanah. Family yang
penting adalah Lumbricidae, dengan genus-genus umumnya Allobophora,
Apporectodea, Dendrobaena, Diplocardia, Eisenia, dan Lumbricus. Cacing
tanah aktf bila ada air. Air membantu cacing tanah menselret mucus yang
membantu pergerakannya melalui tanah. Lumbricus rubellus dapat
membentuk kokon yang dapat tahan terhadap kekeringan dan suhu dingin.
Secara umum, bila senyawa karbon organik di dalam tanah meningkat,
maka populasi cacing tanah juga meningkat. Cacing tanah mendominasi
biomassa makrofauna. Ada dua kelompok umum cacing tanah, yang hidup
pada permukaan horizon tanah dengan mencerna sampah dan yang hidup pada
mineral tanah dan kadang-kadang datang ke permukaan tanah. Beberapa
cacing tanah dapat kedua-duanya.
Cacing tanah mempunyai peran langsung dalam dekomposisi sampah.
Cacing tersebut dapat memecah fragmen-fragmen sampah tumbuhan dan
mencampurnya dengan tanah. Mereka membawa sampah dari permukaan ke
dalam tanah, dan mengeluarkan secret mucus yang dapat memperbaiki
struktur tanah. Celah-celah yang dibuat oleh cacing dinamakan drilosfer, yang
kaya bahan organik dan nutrient anorganik. Kondisi lingkungan tanah yang
baik ini merupakan lingkungan yang baik untuk mikroorganisme. Cacing
 memiliki enzim selulase dan khitinase yang ada pada ususnya yang membantu
mendegradasi selulosa dan polimer khitin.

8. Microbiota (Mycoplasma, Virus, Viroid, dan Prion)

a. Mycoplasma
Mycoplasma seperti halnya bakteri memiliki dinding sel. Bentuknya
pleomorfik, artinya tidak mempunyai bentuk yang tetap. Mycoplasma adalah
prokariot yang terkecil, dengan diameter 0,1-0,3 µm. Dengan demikian,
mycoplasma cukup kecil untuk melewati saringan bakteri. Mycoplasma tidak
membentuk spora dan tidak mempunyai flagella.
Mycoplasma dapat dijumpai dalam tanah, limbah, insekta, manusia, dan
hewan. Belum diketahui peran mycoplasma dalam tanah. Mycoplasma tidak
memiliki dinding sel, sehingga sangat sensitive mengadakan proses osmosis. pH
optimum pada mycoplasma adalah 7,0, walaupun masih dalam rentang 5,0-10,0.
b. Virus
Virus merupakan organisme paling kecil, lebh kecil dari bakteri. Kebanyakan
virus hanya berukuran 20-30 nm atau lebih kecil lagi ukurannya. Oleh karena itu,
virus hanya dapat dilihat dengan mikroskop elektron. Virus hanya mengandung
10-200 gen yang disandikan menjadi informasi genetik. Beberapa ahli
mengatakan bahwa virus merupakan makhluk tak hidup, tetapi apabila ada di
dalam sel yang lain akan menunjukkan tanda-tanda hidup. Dengan kata lain, virus
merupakan parasite obligat intraseluler
Hanya diketahui sedikit pengaruh virus sebagai mikroorganisme secara
ekologis dalam tanah, kecuali sebagai partikel yang dorman yang tidak memiliki
kemampuan parasitik. Virus tanaman dapat bertahan hidup dalam tanah,
sementara itu virus insekta berkurang infektifnya selama setahun. Penyakit akibat
virus dapat ditularkan melalui fungi dan nematode.
c. Viroid
Viroid merupakan potorngan partikel kecil ARN yang dapat bereplikasi
sendiri dengan berat molekul yang rendah. Viroid merupakan bentuk kehidupan
yang tersederhana. Ada kurang dari 12 penyakit tanaman berkaitan dengan viroid.
Dikarenakan bentuknya yang amat kecil maka perannya dalam biologi tanah
belum banyak diketahui. Sedangkan prion adalah potongan kecil protein yang
dapat bereplikasi sendiri. Prion dapat menyebabkan penyakit ensefalopati
spongiform, yang menginfeksi otak seseorang, membuat celah dalam jaringan
seperti spon.

C. Perkembangan Beberapa Mikroba Spesifik dalam Tanah

1. Pembagian Mikroba Tanah Menurut Winogradsky
Serge Winogradsky (1856_1953) adalah seorang ahli mikrobiologi tanah dari
Rusia yang dikenal dengan nama “Bapak Mikrobilogi Tanah”. Hal ini karena
Winogradsky yang menemukan kolom Winogradsky, suatu alat yang dapat
mempelajari siklus sulfur. Dia yang menemukan pertumbuhan mikroba akibat CO 2
dan ion-ion anorganik yang dinamakan proses khemoototrof. Dia mempelajari
 nitrifikasi (proses pengubahan NH4+ menjadi nitrat atau NO3-). Nama Nitrobacter
Winogradsky salah satu bakteri nitrifikasi diambilkan dari nama Serge Winogradsky.
Di samping itu, Winogradsky menemukan mikroba pengoksidasi ion Fe2+,
mengisolasi secara anaerob, bentukan spora, penambatan nitrogen (pengubahan
nitrogen bebas (N2) menjadi ammonia (NH3)) oleh bakteri berbentuk basil.
Winogradsky talah membagi populasi mikroba tanah menjadi golongan besar
yakni:
 Mikroba Otokton
Mikroba ini merupakan mikroba-mikroba setempat atau mikroba pribumi pada
tanah tertentu. Mikroba ini selalu hidup dan berkembang di tanah dan atau selalu
diperkirakan ditemukan di dalam tanah. Golongan mikroba ini tidak tergantung
pada pengaruh lingkungan luar seperti iklim, temperatur dan kelembaban.
 Mikorba Zimogenik
Mikroba zimogenik berkembang karena pengaruh perlakuan-perlakuan khusus
pada tanah seperti penambahan bahan-bahan organik, pemupukan serta serasah.
 Mikroba Transien (Penetap sementara)
Mikrobe transien adalah mikroorganisme yang diintrodusir kedalam tanah
dengan sengaja. penambahan ini misalnya dengan inokulasi Leguminosae atau
Azotobacter dalam bentuk inokulum hidup (preparat hidup). penambahan mikrobe
ini juga karena kasus tidak sengaja, seperti kasus unsur-unsur penghasil penyakit
oleh mikroorganisme pada tumbuhan dah hewan, kemungkinan segera mati atau
bertahan sementara waktu setelah berada dalam tanah.
Dalam praktik, memang sulit menentukan mikrobe-mikrobe yang hidup di
dalam tanah atau masih dalam bentuk kompos, oleh karena itu untuk keperluan
identifikasi lebih baik mengisolir di dalam kultur dan lebih baik dalam keadaan
kultur murni. Untuk keperluan fisiologis, kultur murni sangat diperlukan. Fungi,
actinomycetes dan bakteri heterotrofik tertentu dengan muda dapat diisolasi dan
dipiara dalam kultur murni dengan memanfaatkan prosedur bakteriologis biasa
dan media yang sederhana. Walaupun ada beberapa mikrobe untuk
mengisolasikannya selain mengisolasi dengan kultur murni juga diperlukan
keterampilan yang baik, penguasaan teknik-teknik khusus dan waktu yang cukup
banyak. Demikian juga mengidentifikasi bakteri ototrof kebanyakan protozoa dan
cendawan tertentu. Oleh karena itu metode-metode untuk isolasi dan mempelajari
mikrobe-mikrobe yang beranekaragam harus disesuaikan dengan sifat-sifat
organisme dan nutrisi yang diperlukan.

2. Sistem Penggolongan menurut Sistem Bergey

Pengelolaan sistem Bergey merupakan sistem yang banyak digunkakan dan relatif
universal. Menurut klasifikasi Bergeu’s tahun 1994 edisi ke- 9, kelompok bakteri
secara garis besar dapat digolongkan kedalam 4 kategori yakni;
- Kategori Besar I : Eubacteria Gram negatif, dengan dinding sel yang terdiri
dari 16 GRUP
- Kategori Besar II : Eubacteria Gram positif, dengan dinding sel yang terdiri
 dari 6 GRUP
- Kategori Besar III : Eubacteri tanpa dinding sel, terdiri hanya 1 GRUP saja
yakni Mycoplasma atau Mollicula.
- Kategori Besar IV : Archeobacteria yang terdirir dari 5 GRUP.
Jadi dari empat kategori besar (Kategori I, Kategori II, Kategori III dan Kategori
IV) dibagi menjadi 35 GRUP. Masing-masing grup ialah:
- Kategori Besar I : Eubacteria Gram negatif, dari GRUP 1 sampai GRUP 16
- Kategori Besar II : Eubacteria Gram positif, dengan dinding sel dari GRUP 17
sampai 29
- Kategori Besar III : Eubacteri tanpa dinding sel, terdiri hanya 1 GRUP saja
yakni Mycoplasma (GRUP 30).
- Kategori Besar IV :
Archeobacteria yang terdirir dari GRUP 31 sampai GRUP
35.

3. Sistem Penggolongan Berdasarkan Kegiatan Fisiologis

Berdasarkan kegiatan fisiologis ada 2 golongan besar yakni;
a. Bakteri Ototrof
Bakteri ototrof adalah bakteri yang memperoleh karbon terutama karbon
dioksida dari atmosfer dan energinya dari oksidasi bahan-bahan anorganik atau
senyawa-senyawa karbon yang bersahaja. Bakteri ototrof meliputi:
 Bakteri yang mengunakan senyawa-senyawa Nitrogen yang bersahaja sebagai
sumber energinya seperi amonia dan nintrit
 Bakteri yang mengunakan sulfur senyawa-senyawa silfur organik sebagai
sumber energinya.
 bakteri yang menggunakan senyawa-senyawa besi dan mangan sebagai
sumber energinya
 Bakteri yang menggunakan senyawa hidrogen sebagai sumber energinya.
 Bakteriyang menggunakan senyawa-senyawa karbon yang bersahaja (CO2)
sebagai sumber energi
Bakteri ototrof memiliki sifat fisiologis tertentu yang berbeda dengan bakteri
lainya. Sifat-sifat khas dari organisme tersebut menurut Winogradsky adalah:
 Pertumbuhan dan perkembangan bakteri ototror dalam tanah menyukai sekali
media mineral.
 Eksistensi bakteri dihubungkan dengan tersedianya unsur-unsur organik atau
senyawa-senyawa sederhana.
 Perkembangan bakteri ototrof memerlukan bahan-bahan anorganik untuk
digunakan sebagai sumber energi
 Bakteri ototrof tidak berkemampuan membusukan bahan-bahan organi, dan
 Bakteri ototrof menggunakan karbon dioksida sebagai sumber karbon
kemudian diasimilasikan menjadi khemosintesis.
 Bakteri ototrof merupakan bakteri yang tidak berklorofil, membentuk
senyawa karbon, protein dan lemak tanpa bantuan sinar matahari. Dalam
pembentukan karbohidrat misalnya, bakteri ototrof mampu mengosidasi zat-zat
anorganik seperti Fe, H2, N2, CH4 dan CO tanpa memerlukan sinar matahari
sebagai sumber energinya.
Bakteri ototrof penting dalam hubungannya dengan proses nitrifikasi.
Nitrifikasi adalah proses pengubahan atau oksidasi amonia menjadi nitrit, dan
osidasi nitrit menjadi nitrat. Proses nitrifikasi penting dalam penguraian kompos
dalam sistem pengolahan kotoran dan air segar maupun air asin. Luis Pasteur
adalah seorang ahli yang pertama kali meneliti oksidasi amonia menjadi nitrat
dibantu oleh mikroorganisme dan inilah yang menyebabkan nitrat dapat dihisap
oleh tanaman. Selanjutnya Schloesing Muntz, lebih jauh menjelaskan proses
nitrifikasi akan terhalangi apabila diberi perlakuan panas sampai 100’C atau
diberi Kloroform pada tanah yang melakukan pengubahan amonia me jadi nitrat.
Bakteri yang berperan dalam nitrifikasi adalah bakteri Nitrosomonas.
nitrifikasi adalah proses amoia yang teroksidasi menjadi nitrit. Zat nitrit yang
terbentuk belum dapat dimanfaatkan oleh tanaman. Nitrit akan dimanfaatkan oleh
tanaman melalui peran Nitrobacter yang mengubahnya menjadi nitrat.
Keberadaan kedua bakteri berperan dalam budidaya tanaman.

b. Bakteri Heterotrof
Bakteri heterotrofik merupakan bakteri yang memperoleh sumber karbon dan
energi menggunakan senyawa-senyawa organik, bakteri heterotrofik meliputi
mayoritas organisme dalam tanah, dimana pertumbuhannya tergantung dari
bahan-bahan organik sebagai energi. Bakteri ini berperan dalam dekomposisi
selulosa, hemiselulosa, zat-zat tepung, protein lemak dan zat-zat lainnya.
Bakteri heterotrofik secara umum terdiri: 1) Bakteri pemfiksasi nitrogen, yakni
bakteri yang memperoleh nitrogen dari atmosfer. Contohnya adalah bakteri
pemfiksasi nitrogen nonsimbiotik terdiri dari organisme aerobik (penhgasil asam
butirat) dan organisme anaerobik (Radiobacter, aerobacter) dan bakteri pemfiksasi
nitrogen yang simbiotik yang hidup pada nodula akar kacang-kacangan; 2) Bakteri
yang memerlukan nitrogen gabungan. Contohnya adlah bakteri aerobik; bakteri
pembentuk spora bakteri bukan pembentuk spora (bakteri Gram positif dan Bakteri
Gram negatif) dan bakteri anaerobik yang memerlukan nitrogen gabungan.
- Bakteri Pembentuk Spora
Bakteri ini banyak terdapat dalam tanah. Ada 3 bentuk umumnya mudah
dapat dikenali dengan media lempeng agar Basillus mycoiedes menunjukan
koloni besar, berfilamen sampai rhizoid. Basillus cerreus memiliki membran
permukaan dan butiran-butiran tersusun konsentris. Basillus meghaterium
memiliki koloni dicirikan butiran putih buram yang dikelilingi zona cairan
gelatin yang bersih.
- Bakteri Bukan Pembentuk Spora
Bakteri ini bersifat aerob, koloninya berbentuk futciform pada agar dan
gelatin. Khoromogenik atau bukan khoromogenik, motil atau non motil. Conn
 membagi organisme ini berdasarkan pertumbuhannya pada media sintetik
menjadi 5 golongan:
 Organisme-organisme pembentuk tangkai-tangkai pendek kecil, non motil,
diamternya kurang dari 0,5 mm, berflagella 2 berlawanan. morfologinya
tidak cenderung berubah contohnya, bacterium parvulum.
 Organisme-organisme yang muncul sehari atau dua hari setelah inokulasi
pada medium baru, terlihat sebagai tangkai-tangkai kecil, dimeter kurang
dari 0,5 mm, kemudian memendek lagi sehingga nampak seperti
Micrococus. Secara lambat dapat mrncairkan gelatin. Berbentuk globiform,
merupakan golongan yang paling melimpah dalam tanah, dan kehadirannya
merupakan petunjuk baik adanya nitrogen tanah.
 Organisme-organisme yang bebentuk tangkai-tangkai pendek dengan
kecenderungan mengahsilkan filamen-filamne panjang yang biasanya tak
bercabang.
 Organisme-organisme yang kebanyakan teridiri dari bentuk-bentuk yang
bercabangan, terutama pada kultur muda menghasilkan arthrospora kecil
berbentuk bola, Tipe percabangan hilang dalam beberapa hari dan
digantikan bentuk kokoid.
 Organisme-organisme yang terjadi secara normal seperti kokus, tetapi
memiliki kecenderungan menghasilkan tangkai-tangkai atau cabang dan
filamen-filamen seteleah beberapa hari tumbuh dalam media biasa.
Golongan ini biasanya lebih melimpah dalam rabuk dari pada tanah.
Klasifikasi lainnya mengenai bakteri tanah selain bakteri pembentuk spora
dan bukan pembentuk spora, bentuk cabang yakni golongan-golongan:
 Gram positif, motil, berkemampuan membentuk varian-varian yang
bercabang,
 Gram positif, non motil; membentuk cabang;
 Gram positif, non motil, memebentuk Miselium
 Gram negatif, motil atau non motil.
Beberapa bentuk-bentuk yang tergolong non motil dan dpat membentuk
miselium adalah serpa dan Norcadia corallinus.
- Bakteri Thermofilik
Bakteri thermofilik (suka suhu) pertama kali diisolasi oleh Miquel, tahun
1879. Bkateri ini mampu bertahan pada suhu 72⁰C. Mikrobe ini ditemukan
didalam lumpur sungai, pembuangan kotoran, kotoran hewan, debu dan tanah.
Bakteri thermofilik mampu berkembang pada temperatur 50-72 ⁰C dilapang,
dalam rabuk kandang dan dapat berekembangbiak pada suhu 79,5⁰C.
Schloesing 1982 menunjukan terjadinya pemanasan dan kerusakan pada jerami,
kapas disebabkan oleh bakteri yang dikenal dengan bakteri thermogenik.
Penyebaran bakteri ini bergantung pada keadaan dan sifat tanah. Bakteri ini
banyak terdapat didaerah padang pasir, contoh: Thermomyces, Actinomyces
thermophillus.
- Myxobacteria
 Bakteri heterotrofik ini melimpah dalam pupuk dan tanah. Jumlah
keseluruan organisme ini tergantung pada keadaan dan sifat dari tanah.
Beberapa ditemukan pada tanah asam, tanah alkali atau tanah netral. Tanah
berlumpur dan tanah hutan mengandung myxobacteria yang spesifik. Beberapa
myxobacteria memainkan peran penting dalam dekomposisi sampah sayuran
dalam tanah, terutama mendekomposisis selulosa. Salah satu comtoh
Cytophage.
- Bakteri Denitrifikans
Bakteri ini merupakan bakteri yang dapat mereduksi nitrat ke nitrit atau
menjadi amonia. hanya bakteri-bakteri khusus yang mempunyai kemampuan
mereduksi nitrat ke nitrogen Elementer dan mengoksidasi nitrogen sehingga
tyerlepas keatmosfer. Pada kondisi anaerob bakteri-bakteri denitrifikan dapat
menggunakan nitrat sebagai sumber nitrogen dan senyawa karbon organik
sebagai sumber energi.
Berbagai bakteri denitrifikan telah diisolasi dari kotoran ternak dan tanah.
Contoh B. sttzeri, dan B. vulpinus. Beberapa mikrobe produksi nitrat memiliki
kemampuan memperoleh energi dari senyawa-senyawa anorganik Thiobacillus
dentrificans, suatu mikrobe yang memiliki penyebaran luas dalam tanah dan
dapat menoksidasi belerang serta mereduksi ke gas nitrogen. Thiosulfat dapt
direduksi pada keadaan hanya jika ada kehadiran nitrat sebagai sumber oksigen.
Energi yang diperoleh oksidasi gas hidrogen dimanfaatkan mereduksi nitrat oleh
bakteri Hydrogenomonas agilis.
Dekomposisi selulosa dalam tanah kemungkinan bersamaan dengan
simbiotik dari 2 bakteri. Bakteri yang satu mereduksi nitrat ke nitrogen
atmosferik dan bakteri yang lain melakukan dekomposisi selulosa yang hasilnya
digunakan oleh organisme lain sebagai sumber energi. Energi yang terbentuk
dapat digunkan untuk mereduksi nitrat, dan oksigen yang dibebaskan digunakan
mikrobe pendekomposisi selulosa dalam kondisi anaerob.
- Bakteri Pereduksi Sulfat
Bakteri pereduksi sulfat mempunyai kemampuan mereduksi sufat menjadi
hidrogen sulfida. contohnya adlah bakteri virgio desufuricans, bakteri tersebut
berbentuk vibro Gram negatif, anaerobik dapat diisolasi dari tanah. Mikrobe
tersebut dapat berkembang pada suhu 30 – 55⁰ C dan memiliki kemampuan
menggunakan garam-garam organik sebagai sumber energi. kultur pada
temperatur rendah misalnya 30⁰ C akan terlihat sebagai vibro-vibro atau spiral-
spiral kecil, motil dengan satu atau dua flagela polar, sedangkan pada suhu yang
lebih tinggi misalnya 55⁰ C terlihat vibro yang besar bergranula atau butiran.
organisme tersebut dapat membentuk spora, disebut Sporovibrio desulfurican
oleh Starkey.
- Bakteri Pelapuk Urea
Bakteri ini ditemukan pertama kali oleh Luis Pasteur tahun 1860. bakteri
tersebut ditemukan bermula dari hasil penelitiannya bahwa amonia dihasilkan
oleh urea pada suatu bentukan mikroorganisme yang pertama dinyatakan
sebagai Torula ammoniaacale tetapi kemudian banyak ditemukan dalam
 kelompok bakteri. Bakteri khas ini kemudian dinamakan “bakteri urea”. Bakteri
urea mempunyai batas pH bagi kehidupannya, Misalnya Urobacillus duclauxit
memiliki pH 6,6 Urobacillus pasteurit batas pH 8,1.
Bakteri urea dapat berbentuk kokus dan basil. Kokus biasanya dimusnahkan
pada suhu 60-70 ⁰ C sedangkan basil bertahan pada suhu 90 -95⁰ C karena
memiliki kemampuan membentuk endospora. Temperatur optimum 30⁰ C.
Biasanya mikrobe ini berkembang dengan pesat pada media yang mengandung
urea 2%. Akumulasi amonia dari urea yang terhidrolisis dalam kultir dalam
banyak hal dapat membunuh bakteri tersebut. Cepatnya pendekomposisi urea
tidak dengan segera disertai perkembangan yang cepat. Bakteri uera kebanyak
bersifat aerobik.
- Bakteri Pelapuk Selulosa
Pelapuk selulosa dalam tanah dilakukam oleh sejumlah mikroorganisme.
diantara golongan tersebut bakteri berperan cukup besar. Bakteri pelapuk
selulosa dapt bersifat aerobik dan anaerobik. contoh bakteri yang bersifat
anaerobik, yamg diisolasi dari perut manusia Bacillus cellulosae dissolven.
Bentuk sel vegetatif dan tidak berflagella. Mikrobe tersebut dapat dikultivasi
pada medium yang berisi bahan kotoran sebagai nitrogen. Spora dapat terbunuh
pada pedidihan selama 40 - 45 menit. Bakteri pelapuk lain yang bershasil
diisolasi adalah Bacillus celluosam fermentans yang diisolasi dari kotoran larva
Protozea cupera.
Winogradisky membedakan 3 golongan bakteri pelapuk selulosa aerobik
yakni;
 Cytophaga, Bakteri berbentuk ramping filamen fleksibel, panjangnya 5 -8
µm dan tidak berflagela, hanya menggunakan selulosa sebagai sumber
energi. Dapat mengubah selulosa sebagai sel koloid berwarna kuning,
merah, ros, dan orange. Terdiri dari 4 spesies, salah satunya Cytopagha
hutchinsoni.
 Cellvibrio, bentuknya ramping, bentuk batang dan membengkok pada
bagian akhir dan membulat, panjang 2 – 5 m, motil dengan satu flagela.
menyebar dengan cepat, sangat berlimpah jumlahnya dan hanya terdiri dari
2 spesies.
 Cellfacicula. Bentuk seperti kumpuran atau sabit, panjang tidak lebih dari 2
µ m. memiliki satu flagela dan ditemukan 3 spesies.

4. Cendawan Tanah
Jumlah genus dan spesies cendawan sangat banyak. Beberapa genus yang penting
dalam tanah antara lain Zhirgohincus, Mucor, Rhizopus, Penicillium, Aspergillus,
Trichoderma, Fusarium, dan Cladosporium. Populasi jamur akan terangsang jika kita
menambahkan sisa-sisa tanaman kedalam tanah. Beberapa bahan-bahan organik yang
diteliti, populasi cendawan dibedakan menjadi;
 Bentuk-bentuk humicolous, yang hidup dan berkembang pada humus atau
bentuk-brntuk bahan organik yang hampir menjadi humus.
  Bentuk-benruk terrestrial, (geofilik terricolous) yang tumbuh dan berkembang
dalam tanah yang memiliki kandungan bahan-bahan organik.
 Bemtuk-bentuk coprofilik, (fumicolous) yang hidup dan berekmang dalam
onggokan pupuk.
 Bentuk-bentuk hyphogeneus, yang hidyp dan berkembang dibwah permukaan
tanah.
 Bentuk-bentuk lignicolous, yang hidup dan berkembang pada bahan-bahan
tanaman baru.
 Bentuk-bentuk pseudoparacitic, yang merupakan parasit-parasit pada mycorrhiza
atau cendawan akar merupakan parasit yang menyerang organ-organ tanaman
terutama akar. Ada 2 golongan mycorrhiza yakni ectotropic mycorrhiza
(penetrasi tanpa sel-sel akar yang dalam) dan endotropic mycorrhiza (penetrasi
ke bagian dalam dari akar).
Pembagian golongan cendawan berdasarkan segi ekologi, berdasrakan pada
keaadaan dan sifat substat (keadaan bagian bawah tanah) atau nutrisinya didalam
substrat yang sesuai dengan perkembangannya dibedakan menjadi:
 Cendawan gula, sebagian besar terdiri dari phycomycetes.
 Cendawan pelapuk selulosa terdiri dari Ascomycetes dan fungi imperfecti.
Termasuk dalam golongan jamur ini antara lain; Penicillium, Aspergillus,
Trichoderma, Fusarium, dan Cladosporium.
 Cendawan pelaouk lignin, terdiri dari Basidiomycetes.
 Cendawan humus.
 Cendawan parasit penghuni tanah.
 Cendawan penghuni akar-akar tanaman.
 cendawan Coprophilous.
 cendawan Predaceous.

D. Peranan Mikroba Tanah dalam Siklus Mineral

1. Peranan Mikroba dalam Siklus Sulfur
Siklus sulfur pertama kali ditemukan oleh Martinus Beijerinck dan Serge
Wirnogradsky pada akhir tahun 1880-an. Secara mendasar, siklus S adalah reaksi
siklus oksidasi dan reduksi dengan bahan organik dan bahan anorganik. Belerang
tersedia di alam dalam jumlah yang banyak berbentuk sulfat (batu-batuan) atau gas
SO2 di udara. Tumbuh-tumbuhan dan mikroba dapat mengasimilasi senyawa sulfat
dan dapat mereduksinya menjadi senyawa sulfihidril. Senyawa organik sulfur dari
tumbuhan dikembalikan lagi ke tanah melalui senyawa protein dengan menghasilkan
H2S kembali. Hal ini terjadi dalam tanah atau kawasan yang tergenang air.
Reaksi-reaksi yang terjadi dalam siklus belerang adalah:
 Transformasi Sulfur terdiri dari:
- Transformasi inorganik
Lingkungan anaerobik, reduksi
2-
SO4 S2-
Lingkungan anaerobik, oksidasi
 - Transformasi Fotosintetik
Lingkungan anaerobik,
S sebagai elektron donor
H2S + CO2 S + (CH2O) n
- Transformasi Organik: (Imobilisasi/asimilasi)
Pada lingkungan anaerobik dan aerobik S diubah dari bentukan organik ke
bentuk organik oleh beberapa bakteri dan fungi
SO42- R-OS + R-SH
R: menyatakan besarnya senyawa karbon misalnya suatu gula
- Mineralisasi
R-SH  H2S + R
R-OS  SO42- + S
 Asimilasi
Bentuk senyawa organik S dalam tanah adalah sulfat (SO 42-), sulfit (SO32-),
thiosulfate (S2O32-), S (unsur sulfur), dan S2- (sulfide). Sulfat merupakan bentuk
anorganik S dalam lingkungan anaerobik. Unsur S tidak larut, tetapi dalam bentuk
anion sulfat dapat larut. Ini merupakan bentuk S anorganik yang dapat digunakan
oleh mikroorganisme dan tumbuhan. Mikroorganisme juga dapat mengasimilasi
H2S. Asimilasi sulfat merupakan proses reduksi.
 Mineralisasi
Mineralisasi merupakan proses pengubahan senyawa organik menjadi senyawa
anorganik. Pengubahan ini dengan menggunakan enzim sulfatase.
 Reduksi
Senyawa sulfat dapat digunakan sebagai terminal elektron aseptor oleh beberapa
mikroorganisme. Beberapa mikroorganisme menggunakan thiosulfate sebagai
elektron aseptor. Mikroorganisme dapat menggunakan sulfat sebagai elektron
aseptor dalam keadaan anaerobik adalah bakteri khemheterotrofik
(khemoorganotrofik). Salah satu contoh adalah Desulfovibrio desulfuricans.
Bakteri ini heterotroph, Gram negative, bentuk batang, dalam tanah dan sedimen.
Bakteri tersebut dapat juga menggunakan hydrogen sebagai sumber energi.
Bakteri-bakteri pereduksi sulfat yang lain meliputi (Amann, et al., 1992 dalam
Coyne, 1999):
Desulforomonas acetoxidans, Desulfobacter pstgatei, Desulfobacter curvatus,
Desulfobacterium thermoautotrophicum, Desulfobacterium vacuolatum,
Desulfococcus multivorans, Desulfosarcina variabilis, Desulfovibrio gigas,
Desulfovibrio vulgaris, Desulfomonas pigra.
 Oksidasi
Proses reduksi S terdapat dalam sedimen anaerobik dapat dioksidasi oleh
organisme menjadi energi sebelum mencapai zona aerobik. Bakteri sulfur hijau
dan ungu menggunakan hydrogen sulfida. Bakteri sulfur ungu terdiri dari
Rhodospirillaceae dan Chromatoaceae misalnya Rhodospirillum dan
Rhodopseudomonas. Sedangkan bakteri sulfur hijau terdiri dari Chlorobiaceae dan
 Chloroflexiaceae, misalnya Chlorobium. Warna hijau mengandung klorofil.
Bakteri ini menyimpan unsu S di luar sel. Kedua kelompok bakteri termasuk
anaerobik.

 Mikroroganisme Lain sebagai Pengoksidasi Sulfur

Bakteri mesofil, termofil moderat, dan termofil merupakan bakteri
pengoksidasi S di dalam tanah. Rentang temperaturnya 4-37 ºC. Bakteri mesofil
temperatur optimumnya sekitar 28-37 ºC. Bakteri mesofil (Thiobacillus
ferrooxidans, Leptospirillum ferrooxidans) dapat aktif pada temperatur di atas 40
ºC. Bakteri termofil moderat dapat tumbuh pada suhu 40-60 ºC, dan bakteri
termofil (Sulfolobus acidodurans) dapat tumbuh pada suhu di atas 80 ºC.
Reaksi umum:
1
1 O2 + H2O H2SO4 (menurunkan pH)
2
Bakteri pengoksidasi sulfur kebanyakan bersifat organotrofik. Bakteri
pengoksidasi S berbentuk filament, contohnya Beggiatoa, Leucothrix, dan
Thiothrix. Bakteri-bakteri ini menyimpan granula dalam selnya. Beggiatoa
tumbuh dalam rhizosfer padid an dapat melindungi padi dari gas H2S yang
dihasilkan dari sedimen dengan mengoksidasi H2S menjadi unsur S. Sulfolobus
acidodurans adalah bersifat khemolitotrof, yang mendapatkan elektron (energi)
dari oksidasi S dan pengubahan C dari CO2. Thermothrix dapat tumbuh pada
sumber air panas.

2. Peranan Mikroba dalam Siklus Fosfor

Fosfor merupakan unsur kedua yang dibutuhkan tanaman dan mikroba setelah
nitrogen. Unsur ini merupakan komponen penting dari ARN, ADN, ATP dan
fosfolipid. Fosfor tidak tersedia secara melimpah di alam. Oleh karena itu, pada
beberapa lingkungan, unsur P merupakan faktor pembatas nutrient penting bagi
tanaman dan pertumbuhan mikroba.
 Fosfat digunakan sebagai bahan detergen karen dapat mengikat Ca2+ dan Mg2+
yang dapat mengganggu kerja detergen. Akan tetapi fosfat juga digunakan untuk
berbagai keperluan. Ketika suatu limbah mengandung fosfat, maka dapat
menyebabkan kerusakan lingkungan karena fosfat berkontribusi terhadap eutrofikasi
(pertumbuhan yang melimpah).

Mikroba mengubah P anorganik yang tidak dapat larut menjadi bentuk P yang
organik yang dapat larut. Mikroorganisme berperan besar dalam proses solubilisasi,
imobilisasi, dan mineralisasi. Jumlah P terlarut dalam tanah bervariasi antara 0,1-1 kg
per hektar (Troeh dan Thomson, 1993 dalam Coyne, 1999). Bakteri yang berperan
dalam solubilisasi P lebih kurang 10% populasi mikroba tanah. Organisme rhizosfer
misalnya Bacillus, Micrococcus, Mycobacterium, Pseudomonas, dan beberapa fungi.
Ada 3 mekanisme dasar solubilisasimineral P, yakni: chelasi, reduksi besi, dan
pengasaman. Senyawa-senyawa organik yang dihasilkan oleh mikroorganisme,
misalnya asam oksalat, chelate (ikata) Ca2+, Mg2+, dan Fe3+. Ion ferro lebih larut dari
pada ion ferri, oleh karena itu mineral dengan ion ferro ditemukan lebih lambat
pelarutannya.

3. Peranan Mikroba dalam Siklus Besi dan Mangan

Siklus logam oleh mikroba salah satu indikasi paling jelas menunjukkan bahwa
tanah tidak bersifat inert. Tanpa adanya siklus logam, maka transformasi logam tidak
mungkin terjadi. Mikroba pentransformasi logam penting dalam pemebentukan tanah
dan produksi bijih logam. Mikroorganisme memiliki peran penting dalam
mengekstrak logam-logam menjadi bijih logam grade rendah, mengasamkan limbah,
dan mencemari penyediaan air.
Merkuri (Hg), arsenik (As), dan selenium (Se) termasuk logam yang tergolong
logam berat; merupakan kontaminan penting dalam pencemaran lingkungan. Pada
bahasan ini yang dibicarakan adalah siklus Fe dan Mn karena kedua logam tersebut
merupakan bagian dari logam dalam tanah. Transformasi Fe dan Mn adalah dengan
oksidasi untuk memperoleh sumber energi dan reduksi yang menggunakan logam
tersebut sebagai elektron aseptor. Besi dan mangan juga mengubah bahan-bahan
bentuk organik (asimilasi dan imobilisasi) dan bentuk organik kembali ke bentuk
anorganik (mineralisasi).
a. Oksidasi dan Reduksi Besi
Oksidasi besi
Dalam kondisi aerobik, bakteri dapat menggunakan energi dari mengoksidasi
2+
Fe . Contohnya adalah Thiobacillus ferrooxidans, Leptospirillum ferrooxidans,
dan Sulfolobus acidocaldarius. Proses yang terjadi adalah:
1
2 Fe2+ + O2 + H+ 2 Fe3+ + H2O
2
Thiobacillus ferrooxidans merupakan khemolitotrof, bentuk basil, motil.
Oksidasi pyrit (FeS2) menjadi SO42- dan Fe3+ karena bakteri tersebut yang terjadi
pada lingkungan dengan keasaman tinggi. Thiobacillus ferrooxidans
mengoksidasi besi dalam bentuk ferro sulfat untuk menghasilkan ferri sulfat.
4 FeSO4 + 2 H2SO4 + O2 2 Fe2(SO4)3 + 2 H2O
Ferri sulfat mempengaruhi keasaman setelah menghidrolisis ke bentuk ferri
hidroksida.
2 Fe2(SO4)3 + 12 H2O 4 Fe(OH)3 + 6 H2SO4
Thiobacillus ferrooxidans tumbuh pada pH antara 2 sampai dengan 4,5. Proses
oksidasi Fe2+ memberikan keuntungan bagi mikroba berupa tambahan energi. Ion
Fe3+ yang terbentuk secara fisik akan melindungi mikroba dan meningkatkan
stabilisasi mikrokoloni pada permukaan benda padat. Oksidasi besi tidak selalu
menghasilkan energi. Beberapa bakteri seperti Crenothrix, Gallionella,
Hyphomicrobium, Lepthothrix, Metallogenium, Pedomicrobium, Planctomyces,
Seliberia, dan Sphaerotilus mengoksidasi ion ferro tanpa penambahan energi yang
nampak. Dinding sel memiliki dapat bereaksi sebagai permukaan katalitik bagi
presipitasi logam dan oksidasi ion ferro. Lepthothrix, misalnya, adalah suatu
bakteri heteritrofik air tawar yang dapat mengoksidasi Fe dan Mn. Lepthothrix
discosphora dapat ditemukan dalam air sumur dan pipa-pipa besi.
Crenothrix dapat menghasilkan Fe(OH)3. Bakteri tersebut memerlukan
konsentrasi rendah ion Fe2+ dan sedikit oksigen. Ketika bahan organik di
dekomposisi, maka menimbulkan bau yang mengganggu. Gallionella merupakan
khemolitotrof neutrofilik, memiliki panjang 0,5 – 2 µm, bentuk seperti kacang,
tumbuh memanjang seperti pipa 200-300 m. Gallionella juga berakibat presipitasi
pipa-pipa. Metallogenium, Pedomicrobium, dan Seliberia dapat menyimpan
Fe(OH)2 pada permukaan filamennya. Bakteri-bakteri tersebut dapat
menyebabkan masalah pada saluran-saluran air. Sphaerotilus natans hanya
memiliki kemampuan mengoksidasi Fe.
 Reduksi Besi
Beberapa bakteri dan fungi mampu mereduksi Fe2+, diantaranya adalah
Altenaria, Bacillus, Clostridium, Fusarium, Klebsiella, Pseudomonas, dan
Serratia. Fe dan Mn merupakan akseptor elektron yang baik. Kita dapat
menambahkan larutan FeCl3 ke tanah maka akan kita dapatkan bentukan Fe3+
teroksidasi yang mereduksi C dalam tanah menjadi CO2. Indikasi reduksi Fe dan
Mn dapat dilihat pada organisme anaerobik misalnya Shewanella putreciens dan
Geobacter metallireducens.
Availilabilitas dan Asimilasi Besi
Besi dalam bentuk ferri umumnya tidak dapat larut oleh asam dan bahan
organik yang kompleks, hal ini adalah suatu contoh dalam tanah yang dinamakan
podzolisasi. Ion ferri bergabung dengan asam-asam organik di tanah hutan
menjadikannya lebih dapat larut, dan perkolasi melalui profil tanah. Ion ferri tidak
dapat dibandingkan dengan ion ferro disebabkan lebih sedikit larut. Kelarutan besi
sangat sedikit dalam tanah alkali. Salah satu akibatnya, kedelai yang ditanam pada
tanah alkali dengan konsentrasi CaCO3 tinggi kekurangan besi yang dinamakan
klorosis. Dalam sistem biologis Fe terdiri darisitokrom, enzim, ferridoksin, dan
protein FeS. Konsentrasi Fe dalam air 0,1 ppb sampai 0,7 ppm. Besi sering berada
dalam lingkungan dari senyawa-senyawa organik chelat. Fe chelator nonspesifik
meliputi asam sitrat, asam oksalat, asam dikarbosilat, asam humic, dan tannin. Fe
chelator spesifik terdiri heme, tranferin, ferritin (senyawa besi tersimpan), dan
siderofor. Salah satu contoh adalah pseudomonas fluorescens, siderofornya
didapatkan melalui reseptor protein dalam membrane sel. Chelation
bacterialmenyebabkan Fe dapat menghambat jamur pathogen akar. Tipe lain
chlator selain yang dihasilkan oleh bakteri adalah dihasilkan oleh Streptomyces
yakni asam hidokasmit.
b. Oksidasi dan Reduksi Mangan
Mangan adalah salah satu logam yang sangat melimpah di bumi. Selain itu,
adalah aluminium, besi, magnesium dan titanium yang jumlahnya melimpah di
 bumi. Mangan merupakan unsur “trace element” (unsur perunut) pada tanamam,
tetapi bersifat toksik pada konsentrasi tinggi. Logam tersebut juga didapatkan
pada enzim dismutase superoksida dan dalam Fotosistem II. Mangan penting
dalam bentuk Mn peroksidase yang berfungsi untuk mendegradasifungi. Bentuk-
bentuk Mn anorganik antara lain manganit (MnOOH), pirolusit (MnO 2), karbonat
(MnCO3), dan sulfida (MnS). Kandungan Mn pada air permukaan berkisar antara
100-1000 ppm, sementara itu pada sumber air berkisar antara 1-10ppm.biasanya
hanya Mn2+ (larut) dan Mn4+ (tidak larut) yang ditemukan.

- Oksidasi Mangan
Bakteri dan fungi mengoksidasi Mn pada berbagai tanah. Lebih kurang 5-
10 % populasi mikrobe pengoksidasi Mn. Misalnya Aarthrobacter dan
Leptothrix yang mengoksidasi Mn2+ menjadi Mn4+ (MnO2). Mikroorganisme
pengoksidasi mangan adalah Bacillus, Cladosporium, Corynebacterium,
Curvularia, Gallionella, Klebsiella, Metallogenium, Pedomicrobium,
Pseudomonas, dan Sphaerotilus.

4. Peranan Mikroba dalam Siklus Nitrogen

Udara yang kita hirup mengandung lebih dari 80% mengandung unsur nitrogen.
Walaupun kandungannya tinggi, tetapi hanya sepersekian persen yang secara
langsung dimanfaatkan oleh tanaman. Nitrogen masuk ke tanah dalam bentuk
ammonia dan nitrat bersama air hujan, dalam bentuk hasil penambatan nitrogen
bebas, atau dalam bentuk penambatan pupuk sintesis. Nitrogen organik yang
terbentuk kemudian diubah menjadi ammonia melalui deaminasi atau diubah dahulu
menjadi senyawa nitrat dengan nitrifikasi.
Siklus nitrogen dapat dibagi menjadi beberapa tahap, yakni:
- Mineralisasi nitrogen
- Nitrifikasi
- Imobilisasi
- Denitrifikasi dan pemecahan nitrat
- Fiksasi nitrogen.
a. Mineralisasi Nitrogen
 Mineralisasi adalah dekomposisi senyawa N organik menjadi senyawa N
anorganik. Amonifikasi merupakan istilah lain dari proses mineralisasi,
disebabkan produk sementaranya disebut ammonia. Nitrogen merupakan mineral
yang dibutukan tanaman. Jumlah N termineralisasi dalam tanah bergantung pada
isi kandungan bahan organik. Jumlah total N tergantung iklim, vegetasi, topografi,
umur dan manajemen tanah.
- Nitrogen organik dalam tanah
Bentuk predominan nitrogen organik dalam tanah adalah protein, asam
nukleat, khitin, peptodoglikan, dan gula-gula amino. Bakteri misalnya terdiri
dari 50% protein, 25% ARN, dan 3% ADN pada berat keringnya. Protein
tersusun atas rantai-rantai asam amino. Asam nukleat (ADN dan ARN) terdiri
dari purin: guanine dan adenine, dan pirimidin: sitosin dan timin. Setiap
nukleotida terdiri dari sebuah basa nitrogen yang bergandengan dengan ribose
(gula dengan 5 karbon). Khitin adalah polimer dari Nasetil glukosamin
(gulanya dengan 6 C). peptidoglikan merupakan dinding sel bakteri suatu
polimer yang terdiri dari N asetil glukosamin dan N asetil asam muramat.
Gula-gula amino adalah senyawa glukosamin dan galaktosamin.
- Mineralisasi N organik
Mineralisasi N organik merupakan proses dekomposisi senyawa-senyawa
dengan melepaskan NH4+. Mineralisasi dapat terjadi pada tanah yang subur,
diperkirakan 105-107 mikroorganisme pergram tanah. Laju pembentukan NH4+
berkisar antara 1-20 ppm nitrogen per hari atau miligran NH4+/kg tanah/hari.
Beberapa contoh mineralisasi misalnya pada khitin. Mineralisasi khitin
yang merupakan suatu polimer dipecah menjadi suatu sub unit yang lebih
kecil yakni N asetil glukosamin. Sub unit kecil ini dapat didekomposisi lebih
jau menggunakan glukosamin-G-P. Proses selanjutnya dalah dibentuk
senyawa glukosa 6-P dan NH4+. Secara skematis dapat dilihat pada gambar
berikut ini:
Khitinase
Khitin N asetil glukosamin glukosamin-G-P
deaminasi
glukosamin-G-P glukosa 6-P + NH4+
Hasil dekomposisi nukleotida adalah urea. Urea biasanya dihasilkan oleh
air seni binatang. Urea merupakan sumber pertumbuhan tercepat sebagai
pupuk N dalam pertanian. Urea dimineralisasi oleh enzim yang dinamakan
urease, yang umumnya ditemukan pada bakteri-bakteri tanah dan merupakan
enzim ekstraseluler dalam tanah. Bakteri pendegradasi urea lebih kurang 32-
69% dari populasi bakteri total dan fungi pendegradasi urea lebih kurang 58-
100% dari total populasi fungi. Setelah terbentuk urea, maka senyawa tersebut
dengan cepat terhidrolsis ke tanah. Secara rinci seperti pada gambar berikut
ini.
O
‖
NH2 - C- NH2 + H2O NH2COOH + H2O NH4+ + HCO 2+ NH4+
 Urea ammonium karbonat

Setelah terbentuk NH4+, maka senyawa ini akan memiliki kegunaan:

dibutuhkan tanaman, mengalami imobilisasi dalam tanah lempung, bergabung
dengan bahan-bahan-bahan humus, volatilisasi, dan pengoksidasian lebih
lanjut.
b. Nitrifikasi
Nitrifikasi adalah proses oksidasi mikrobial NH4+ dan N organik menjadi
NO2- dan NO3-. Proses ini pertama kali dikemukakan oleh Serge Winogradsky
pada tahun 1889-1890. Ada dua tipe nitirfikasi yang ditemukan yakni
nitrifikasi khemoototrofik dan nitrifikasi heterotrofik.; walaupun hasil
akhirnya sama, tetapi mengalami proses yang berbeda. Nitrfikasi
khemoototrofik dilakukan bakteri litotrofik. Prosesnya dapat terjadi pada tanah
netral sampai tanah alkali dan kemungkinan prosesnya lebih cepat 100-1000
kali nitrifikasi heterotrofik. Proses ini dapat dihambat oleh senyawa asetilen
(C2H2) dalam konsentrasi rendah. Sedangkan nitrifikasi heterotrofik dilakukan
oleh bakteri heterotrofik dan fungi. Prosesnya dominan pada tanah hutan
bersifat asam. Nitrifikasi heterotrofik tidak terhambat oleh senyawa asetilen.
- Mikroba penitrifikasi khemoototrofik
Bakteri nitrifier merupakan bakteri gram-negatif, khemoototrof, famili
Nitrobacteriaceae. Amonium diubah menjadi amonium hidroksida
kemudian diubah menjadi nitrit dan nitrat. Bakteri nitrifikasi sulit
diisolasi dalam biakan murni karena memiliki pertumbuhan yang sangat
lambat.
NH4+ NH2OH NO2- NO3-
Ada dua tipe mikroba nitrifer, yakni: 1) Pengkosidasi Ammonium (NH4+
menjadi NO2-): prefiks nitroso: Nitrosomonas, Nitrosolobus,
Nitrosospira, Nitrovibrio, Nitrococcus; 2) Pengoksidasi Nitrit (NO2-
NO3-): prefix nitro: Nitrobacter, Nitrococcus, Nitrospira.
Ada 3 genera, yakni Nitrosomonas, Nitrosolobus dan Nitrobacter
merupakan bakteri pengoksidasi nitrit yang penting dalam tanah.
Nitrosmonas europea merupakan bakteri pengoksidasi ammonium yang
termudah diisolasi tetapi bukan merupakan bakteri nitrifer yang penting
dalam tanah.
 - Nitrifikasi Heterotrofik
Nitrifikasi heterotrofik adalah pembentukan nitrit dan nitrat dari
ammonium, nitrit dan N organik oleh organisme heterotrofik. Proses ini
biasanya terjadi pada tanah yang asam dimana populasi mikroba ototrof
sedikit. Nitrifier heterotrofik terdiri dari bakteri dan jamur. Contoh
mikroba-mikroba ini Arthrobacter, Aerobacter, Mycobacterium,
Streptomyces dan Pseudomonas. Sedangkan dari golongan jamur
Aspergillus dan Penicillium. Nitrifikasi heterotrofik lebih sedikit dari
pada nitrifikasi ototrofik, tetapi populasi mikroba heterotrofik lebih tinggi
sehingga jumlah total proses nitrifikasi dari keduanya diperkirakan sama.
c. Imobilisasi Nitrogen
Imobilisasi N di dalam tanah meliputi fiksasi N anorganik menjadi bahan
mineral dan bahan organik seperti humus. Definisi imobilisasi dalam hal ini
adalah (imobilisasi sinonim dengan asimilasi) penggabungan N anorganik ke
dalam N organik oleh mikroorganisme tanah.
- Asimilasi NH4+
Ada dua jalur asimilasi ion NH4+ yang dilakukan oleh mikroorganisme.
Jalur pertama, jalur asimilasi NH4+ secara langsung menjadi glutamate oleh
enzim glutamate dehydrogenase (GDH). Jalur kedua, proses pembentukan
glutamate dari transaminase oleh a-ketoglutarat menjadi glutamin.
- Asmilasi NO3-
Beberapa bakteri dan fungi mengasimilasi N organik sebagai NO3-.
Pertama adalah reduksi nitrat menjadi nitrit oleh enzim nitrat reductase.
Kemudian reduksi dari nitrit menjadi ammonium oleh enzim nitrit
reductase. Ada beberapa tipe nitrat reductase pada mikroba dan tanaman,
tetapi secara umum olehsemua molybdo-protein. Senyawa ini mempunyai
logam molybdenum (Mo) sebagai kofaktor. Tungsen (W) dapat
 menggantikan Mo dalam molybdo-protein, tetapi enzim tersebut akan
kehilangan aktivitasnya. Maka, W merupakan suatu inhibitor umum
digunakan reaksi asimilasi nitrat. Klorat (ClO3) juga dapat menghambat
asimilasi reduksi nitrat dikarenakan analog dengan anion nitrat.
d. Denitrifikasi dan Reduksi Nitrat
Denitrifikasi adalah pengubahan nitrat kembali menjadi bentuk anorganik
oleh mikroorganisme. Denitrifikasi juga merupakan proses pengoksidasian
nitrogen oksida, misal nitrat dan nitrit digunakan sebagai terminal aseptor
elektron dan direduksi menjadi dintrogen selama respirasi.
- Organisme denitrifikans
Denitrifikans berkaitan dengan bakteri. Proses ini tidak berkaitan
dengan mikroba lainnya misalnya Actinomycetes dan fungi, walaupun
pernah dilaporkan ada fungi denitrifikans. Bakteri denitrifikasi merupakan
heterotroph. Beberapa heterotroph mereduksi nitrat menjadi nitrit
(respirasi nitrat), tetapi pada denitrifier sejati mengubah nitrat menjadi
nitrogen. Proses denitrifikasi terjadi tanpa kehadiran oksigen, maka proses
denitrifikasi berlangsung secara anaerob fakultatif, walaupun mereka
tumbuh lebih baik dalam konsdisi anaerob.
Ada beberapa genus yang memiliki kemampuan denitrifikasi dengan
berbagai macam tipe morfologi dan fisiologi. Denitrifier utama yang
diisolasi dari tanah adalah spesies Pseudomonas. Bakteri ini paling mudah
diisolasi karena dapat tumbuh pada berbagai macam substrat.
 Bakteri denitrifikans bersifat heterotrof primer, karena proses
denitrifikasi berlangsung tanpa kehadiran oksigen, dentrifier bekerja dalam
keadaan anaerob fakultatif. Denitrifikasi merupakan mekanisme respirasi
seperti halnya respirasi aerobik. Nitrogen oksida menempatkan oksigen
sebagai terminal akseptor elektron. Setiap tahap denitrifikasi dikatalisis
oleh enzim yang berbeda: nitrat (NO3-) menjadi  nitrit (NO2-) (enzim
dissimilatory reductase), nitrit (NO2-)  NO (nitrogen oksida) (enzim
nitrit dissimilatory reductase), NO  N2O (nitrit oksida reductase), dan
N2O  N2 (enzim nitrous oksida dissimilatory reductase). Denitrifikasi
tergantung pada temperatur tanah, oksigen, bahan organik dan ion nitrat.
e. Fiksasi Nitrogen
Nitrogen merupakan makronutrien yang hampir tidak terbatas pada
kehidupan terrestrial, walaupun dalam air tawar merupakan faktor pembatas
kehidupan. Tujuh puluh delapan persen dari atmosfer bumi terdiri dari N 2,
tetapi hanya 1,2% yang berada dalam bumi. Dalam mantel bumi dalam batu
dan mineral terdapat 98%dari jumlah total N.
Informasi tentang fiksasi nitrogen secara biologis pada saat sekarang telah
diketahui. Pengaruh kacang-kacangan pada proses fiksasi nitrogen telah lama
diketahui pada zaman Romawi, dan pengaruh menguntungkan Azolla dalam
bertanam padi telah dicatat di China pada lebih dari 2000 tahun yang lalu.
Akan tetapi baru akhir 1800-an, organisme yang memfiksasi nitrogen telah
dapat diisolasi dalam biakan murni. Pada tahun 1888, Martinus Beijerinck
telah berhasil mengisolasi Rhizzobium (bakteri aerob yang bersimbiosis
dengan kacang-kacangan). Dan dalam waktu yang hampir bersamaan Serge
Winogradsky juga berhasil mengisolasi bakteri Clostridium, suatu bakteri
anaerob yang bersimbiotik dengan akar kacang-kacangan.
Pada penemuan berikutnya mikroba dengan akrakteristik terbaik dalam
keadaan aerobik adalah Azotobacter, sedangkan organisme dalam kondisi
anaerobik terbaik adalah Clostridium. Beberapa mikroba lainnya yang
berasosiasi dengan rhizosfer rumput adalah Azospirillum. Azotobacter,
merupakan bakteri gram negative, dan merupakan organisme motil dalam
tanah. Bakteri tersebut dapat menggunakan mannitol dalam metode biakan
murni yang didapatkan dari tanah, sehingga dimasukkan kelompok
heterotrofik. Termasuk prokariot yang besar dengan diameter 4-7 mm dan
penampakannya seperti yeast. Dapat membentuk kista, tumbuh terbaik pada
keadaan netral sampai alkali, mesofilik. Tidak dapat tumbuh pada pH di
bawah 6 dan tidak didapatkan pada tanah yang bersifat asam. Bakteri
Beijerinckia dan Derxia menggantikan Azotobacter pada tanah yang bersifat
asam di daerah tropis. Dalam filosfer, ada salah satu mikroba mikroaerofilik
yang mampu mengikat N2 bebas, yakni Klebsiella dan Bacillusi.
Penambat nitrogen anaerobik meliputi Clostridium pasteurianum, suatu
bakteri heterotrof dengan pH intermediet antara Azotobacter dan Beijerinckia,
Desulfovibrio, dan Desulfomaculum, organisme pereduksi sulfat;
 Methanobacillus, suatu organisme penghasil CH4 (metanogen), serta dua
bakteri anaerobik dan fotosintetik, yakni Rhodospirillum dan Chlorobium.
Cyanobacteria merupakan bakteri diazotrof yang hidup bebas dapat juga
mengikat nitrogen. Cyanobacteria memiliki habitat akuatik dan lingkungan air
tawar. Secara umum ada 3 bentuk morfologinya: 1) uniseluler (Choococcus,
Gloecapsa, dan Microcystis);2) nonfilamen (Plectonema), dan 3) filament
(Anabaena, Nostoc). Cyanobacteria juga dapat ditemukan di tanah permukaan.

5. Peranan Mikroba dalam Siklus Karbon

Sisa-sisa tanaman banyak mengandung senyawa kimia baik yang larut dalam air
maupun yang tidak larut dalam air. Sisa tanaman tersebut buka media yang baik untuk
pertumbuhan mikriba tanah. Selama proses dekomposisi, ebberapa mikroba tanah
dapat tumbuh sehingga bentuk fisik tanah tersebut menjadi terbuka oleh mikroba
lainnya, sehingga lebih mudah dihancurkan. Proses selanjutnya adalah humifikasi,
yakni proses perombakan sisa-sisa tanaman sehingga sebagian bahan organik dalam
tanah berbentuk benda amorf, berwarna tua yang dinamakan humus.
a. Pemasukan Karbon Organik ke Tanah (siklus karbon)
- Prinsip-prinsip Siklus Karbon oleh Mikroba
Mikroba memainkan peran sentral dalam pengubahan senyawa C menjadi
bentuk-bentuk unsur-unsurnya. Mikroorganisme sebagai agen dekomposisi
sampah-sampah secara alamiah dan tanpa adanya mikroba maka dekomposisi
sampah berjalan amat lambat. Untuk mendapat sumber energi,
mikroorganisme makan dari hasil reduksi senyawa-senyawa organik.
Sintesis senyawa-senyawa organik secara biologis dapat dilakukan dengan
dekomposisi oleh mikroorganisme tanah. Jika segala sesuatu dibuat secara
alami, maka sesuatu itu dapat didekomposisi. Inilah Teori Infallibility
(Kesempurnaan) yang pertama kali dikemukakan oleh Martin Alexander,
seorang ahli mikrobiologi tanah dari Cornell University. Brikut ini gambar
tentang interaksi ototrof, heterotrof, herbivora, dan predator dalam siklus C.

- Karbon Organik
Siklus C mempunyai dua komponen yang mempengaruhi mikrobiologi
tanah: siklus lambat terjadi selama ratusan hingga ribuan tahun yang berasal
dari penguraian batu-batuan dan pelarutan karbonat pada tanah dan lautan.
Siklus cepat berlangsung dalam satuan tahun. Yang dibicarakan dalam hal ini
adalah siklus cepat C.
Kebanyakan C organik dalam tanah berasal dari tumbuh-tumbuhan.
Karbon merupakan residu tanaman pada permukaan tanah dan karbon berasal
dari dekomposisi akar dalam tanah. Karbon tanaman memiliki komponen
sebagai berikut:
1) Karbohidrat (30-75% berat kering): selulosa (15-60%), hemiselulosa (10-
30%), gula dan pati (1-5%)
2) Lignin (10-30% berat kering)
3) Senyawa mengandung N (1-15% berat kering) protein dan asam-asam
amino;
4) Lilin dan pigmen-pigmen (1%)
5) Pectin (1%), dan senyawa lainnya (5-20% berat kering); lemak, minyak,
asam-asam organik, hidrokarbon.
Komposisi diatas beragam tergantungdari umur tanaman, kadar selulosa,
hemiselulosa dan lignin meningkat, sementara itu gula-gula sederhana, asam-
 asam amino, protein, lemak dan minyak mengalami penurunan. Monosakarida
merupakan gula sederhana yang dapat bergabung membentuk polimer yang
dapat digunakan sebagai sumbr energi mikroorganisme dalam tanah. Ada
beberapa disakarida yakni: sukrosa, laktosa, trehalosa, maltose dan selubiosa.
Polimer C organik meliputi selulosa, hemiselulosa, khitin, amilosa, dan lignin.
Lignin adalah senyawa amorf, molekul cabang banyak, dan tiga dimensi.
Beberapa faktor lingkungan mempengaruhi aktivitas biota tanah dalam
mendekomposisi C organik.
b. Mineralisasi dan Dekomposisi Residu (Siklus Karbon)
Mineralisasi karbon dan dekomposisi residu merupakan hal penting dalam
siklus nutrient. Karbon organic dari residu tanaman merupakan sumber energy
penting bagi pertumbuhan dari metabolisme dalam tanah. Residu tumbuh-
tumbuhan pertama kali diproses oleh mikrofauna dan mesofauna dan kemudian
dilanjutakn oleh mikroorganisme dalam tanah.
 Mineralisasi Cdan Pertumbuhan
Senywa C organic mendukung pertumbuhan microbe sehingga populasi
microbe meningkat. Proses ini dapat digunakan untuk mengisolasi
mikroorganisme spesifik jika senyawa organic ditambahkan hanya yang jasad
renik gunakan saja. Proses ini dinamakan kultur pengayaan.
Mineralisasi merupakan metabolism yang mengkonversi senyawa C
anorganik menjadi senyawa organic misalnya CO2 DAN SO4. Sebagai contoh
tanda mineralisasi adalah replikasi tanah.

 Selulosa dan Dekomposisi Selulosa

Selulosa dapat ditemukan pada tumbuhan, pohon – pohon, dan dinding sel
beberapa fungi. Selulosa merupakan konstituen yang melimpah dari residu
tanaman. Selulosa merupakan senyawa karbon yang melimpah di bumi.
Dekomposisi selulosa reltif lambat bila dibandingkan dengan dekomposisi
senyawa karbon lainnya. Beberapa mikroorganisme mendekomposisi selulosa,
hanya sedikit lignin yang dapat didekomposisi bersamanya. Hal ini merupaka
salah satu alas an mengapa kayu tahan dialam dan baik dibuat peralatan
bangunan.
Dekomposisi selulosa terjadi karena enzim ekstraseluler yang dinamakan
selulase. Sel – sel microbial impermeable terhadap selulosa karena selulosa
memiliki molekul yang besar, sehingga penguraian harus dimuali ole enzim
ekstraseluler. Dekomposisi selulosa dapat dibedakan menjadi 2 tahap. Tahap
pertama pemecahan ikatan silangantara polimer selulosa, da tahap kedua
sepolimerisasi selulosa dihidrolisis oleh enzim seperti selulase bekerja dalam
depolimerisasi selulosa tahap kedua. Sebenarnya terdiri 3 enzim yakni:
1) 1,4-b endo glukonase, sebuah enzim endonuklease yang memecah polimer
selulosa dari rnatai samping.
 2) 1,4 ekso glukonase, sebuah enzi eksonuklease (selobiohidrolase), yang
memecah selulosa pada bagian akhir molekul dan melepas selobiosa dan
oligomer – oligomer lainnya.
3) 1,4 glukonase, juga dinamakan sellobiase, suatu enzim intraseluler yang
melepaskan glukosa dari molekul sellobiosa yang akhirnya cukup kecil
untuk dapat melewati membrane sel
 Hemiselulosa dan Pati
Hemiselulosa merupakan suatu produk besar tanman yang bergabung
dengan senyawa-senyawa lain, dimana senyawa tersebut bukan merupakan
bagian dari biosintesis selulosa. Hemiselulosa adalah hetroglikan, suatu
polimer dari heksosa, pentose, dan kadang-kadang asam-asam uronat, yang
terdiri dari 2-4 tipe sub unit yang berbeda.
Pati adalah suatau cadangan makanan pada tanaman. Pati tersusun dari
polimer glukosa yakni amilosa dan amilopektin. Polimer glukosa berikatan
1,4a dan 1,6a dimana memiliki konsekuensi penting dalmadegradasi enzimatik
oleh mikroorganisme yang menghidrolisis ikatan a dan ikatan –b dalam
selulosa. Dekomposisi pati lebih cepat daripada selulosa, hal ini karena pada
pati hanya dihidrolisis oleh enzim ekstraseluler misalnya amilase.
 Pektin dan Polimer Lainnya
Dekomposisi paktin (asam poligalakturonik) telah dipelajari karena
merupakan bagian penting dalam lamella tengah dinding sel tanaman. Enzim
pektinase digunakan oleh Mycorrhizae dan Rhizobium untuk memulai
simbiosisnya yang digunakan oleh pathogen-pathogen tanaman untuk
menginfesisi jaringan tanaman.
Khitin adalah unsure structural yang biasanya pada sel-sel jamur dan
eksoskleton dari insekta. Khitin adalah polimer subunit N-asetilglukosamin
yang berkaitan dengan susuanan linear oleh ikatan 1,4-b.
 Dekomposisi Lignin
Berbagai macam ikatan intermonomer dalam lignin menyebabkan
ketahanan terhadap pembelahan. Lignin seperti umunya selulosa dan
hemiselulosa memiliki trhadap dekomposisi. Dekomposisi lignin pertama kali
dilakukan oleh fungi. Fungi akar coklat dan putih sebagian besar terdiri
basidiomycetes. Fungi akar lukan biasanya Ascomycetes.
c. Bahan-bahan Organik Tanah dan Humus (Siklus Karbon)
Berdasakan kebutuhan tumbuhan dibagi menjadi beberapa fraksi, misalnya
selulosa, hemiselulosa, lignin, senyawa dengan fraksi kecil yang larut dalam air,
gula sederhana, asam amino, dan asam-asam alifatik (suksinat, dan asetat),
pemecahan protein dan alkhol, ester yang larut dalam lemak, minyak, lilin dan
resin.
 Bahan-bahan Organik Tanah
Bahan organic tanah tersusun residu dekomposisi yang dibentuk hasil
dekomposisi microorganism, mikroorganisme dan bahan humus tanah. Bahan
organic dalam tanah berperan dalam pertukaran kation dan anion tanah. Bahan
organic tanah mempengaruhi retensi, pelepasan, dan ketersediaan nutrient
 tanaman. Imobilitas N, P, dan S selama proses dekomposisi. Bahan organic
tanah berkaitan dengan bahan organic khemis dan pestisida yang akan
mempengaruhi aktivitas biologis dan toksisitas. Bahan organic tanah
memperbaiki perkolasi dan retensi air dalam tanah.
 Humus
Humus adalah pecahan-pecahan bahan organic tanah. Humus amorf,
kolodial, berisi microbial, dan merupakan bagian yang relati stabil dalam
tanah. Pemventukan humus berasal dari kondensasi senyawa fenolik dan asam
amino dari pemecahan bahan-bahan organic dan merupakan kondensasi dai
intermediate amino-kuino dalam teori polifenol misalnya catechol yang
kemudian dioksidasi menjadi kuinon (Clark, 1996 dalam Coyne 1999).
Kuinon kemudian bereaksi dengan senyawa dan asam amino menjadi bentuk
polimer nitrogen yang dinamakan kuinon amin.

E. Pengaruh Mikroba Tanah yang Asosiatif dan Antagonistik

1. Populasi Mikrobe dalam Tanah
Jasad renik dalam tanah mendiami partikel tanah, sekecil apapun partikel tanah
didiami oleh lebih dari satu tipe organisme. Kebanyakan organism tanah dalam
mencukupi kebutuhan hidupnya saling bergantung organism tanah dalam mencukupi
kebutuhan hidupnya saling bergantung organism satu dengan yang lain, baik secara
langsung maupun secara tidak langsung. Tidak jarang di antara organism dalam tanah
melakukan persaingan untuk mendapatkan sumber energy dan nutrisinya. Hal ini
mengakibatkan terjadinya asosiasi (persekutuan) diantara berbagai macam jasad renik
dalam tanah.
Komposisi kuantitatif dan kualitatif suatu kompleks populasi microbe tanah
ditentukan oleh sifat, keadaan, ketersediaan nutrient, keadaan habitat secara fisik,
kimiawi dan biologis. Serta kondisi lingkunagan terutama aerasi, temperature, dan
keadaan kelembaban. Kuantitas yang terbatas dalam tanah menjadi berbagai
organisme tanah berusaha mempertahankan kelangsungan hidupnya dengan cara
persaingan.
Diantara organisme tanah yang mengadakan persaingan, bakteri ototrof dianggap
merupakan organism yang paling menonjol. Bakteri fotosintetik memiliki
kemampuan menggunakan ammonia yang terbawa air hujan, hydrogen, dan metana
sebagai sumber energy. Semenjak sumber karbon diperlukan untuk sintesis sel,
karbon dioksida selalu melimpah. Bila jasad renik bersangkutan mati, makatubuhnya
menjadi bahannutrisi bagi organism tanah lainnya, maka persaingan mulai
berlangsung. Sejumlah simbiosis tertentu dimungkinkan bakteri pembentukan nitrat
menggunakan nitrit yang dihasilkan oleh microbe pengoksidasi ammonia.
2. Pengaruh Asosiatif dalam Tanah
Populasi jasad renik dalam tanah dapat kita pandang sebagai masyarakat berbagai
macam jasad renik dalam tanah. Dalam pergaulan masyarakat tersebut terbntuklah
hubungan-hubungan diantara jasad renik dalam tanah. Hubungan tersebut ada yang
saling menguntungkan dan ada yang merugikan pihak lain atau salah satu pihak.
Hubungan yang saling menguntungkansering disebut sebagai hubungan asosiatif.
 Pengaruh – pengaruh asosiatif diantara microbe dalam tanah diklasifikasikan menjadi:
 Pengaruh jasad renik aerobic terhadap pertumbuhan atau perkembangan jasad
renik anaerobic. Jasad renik aerobic mengkonsumsi oksigen bebas dalam tanah,
sehingga menciptakan kondisi yang baik bagi pertumbuhan atau perkembangan
organism anaerob (organisme yang tidak memerlukan oksigen).
 Persiapan suatu nutrisi yang esensial atau substrat oleh suatu jasad renik bagi
pertumbuhan atau perkembagan jasad renik lainnya. Bentuk dan corak kerjasama
ini dapat dikatakan begitu umum diantara jasad-jasad renik tertentu didalam tanah.
Bakteri pembentuk nuitrat karena bakteri nitrat tidak mampu menggunakan suatu
sumber energy bakteri proteolitik menghidrolisisi protein menjadi asam amino,
kemudian menghasilkan zat-zat yang esensial bagi kegiatan bakteri peptolit (tidak
mampu menguraikan protein setempat). Bakteri perombak selulosa dapat
menimbulkan asam-asam organic dan produk-produk intermediet lainnya yang
esensial bagi kegiatan berbagi macam organisme, karena orgaisme yang
bersangkutan tidak dapat menggunakan selulosa.
 Substansi (zat) khusus yang diproduksi organism tertentu merupaka zat esensial
bagi pertumbuhan atau perkembangan organism lainnya. Substansi tersebut adalah
zat- zat pengatur pertumbuhan atau vitamin.
 Pemanfaatan dan penghancuran produk-produk buangan metabolic dari organism
lain oleh jasad renik tertentu. Dalam prosesnya organisme yang terdahulu
menciptakan beberapa kondisi yang baik kelanjantuab pertumbuhan dan
perkembagan organism yang belakangan.
 Ketergantungan organism tertentu atas organism yang lainnya untuk
melaksanakan berbagai kegiatan asosiasi (simbiosis). Dalam hal nin terjadi
kebersamaan hidup ganggang dan asotobacter, alga mengsintesis senyawa-
senyawa karbon dan asotobacter mengikat atau mengfiksasi nitrogen.
3. Pengaruh Antagonistik Mikroba dalam Tanah
Hubungan timbale balik yang antagonistic (berlawanan) sering terjadi diantara
populasi mikroba tanah. Suatu organism secara langsung maupun tidak langsung
merugikan dan mempengaruhi dan merugikan kegiatan orgaisme lainnya. Hubungan
timbale balik demikian digambarkan secara ringkas sebagai berikut:
 Persaingan diantara semua jasad renik dalam mendapatkan nutrisi. Kejadian ini
dapat berlangsung di antara organism yang terbentuk dalam golongan yang sama,
misalnya 2 bentuk bakteri, atau diantara bakteri dan cendawan.
 Timbulnya kondisi yang tidak menyenangkan bagi pertumbuhan atau
perkembangan organism lainnya. Misalnya, perubahan medium menjadi suasana
asam, dengan diproduksi asam anorganik (nitrat, sulfurat), atau asam organic
(sitrat, oksalat, fumarat, butirat, laktat) dan lain-lain.
 Produksi substansi spesifik (zat khusus) oleh organism tertentu yang merugikan
atau menghambat pertumbuhan atau perkrmbangan oarganisme yang lain. Zat-zat
ini misalnya alcohol, kuinon, dan berbagai macam antibiotika.
 Pengaruh predatorisme (memangsa organism yang lainnya). Misalnya
pemangsaan bakteri oleh protozoa, pemaksaan cendawan oleh serangga,
pemangsaan nematoda oleh organism lainnya.
 Banyak organism tahan bersifat isionatagonistik (menghasilkan substansi yang
merugikan perkembangannya sendiri) atau bersifat heteroatagonistik (merugikan
pertumbuhan organism lainnya). Hal ini dapat sebagai salah satu penjelasan mengapa
cendawan dan bakteri tertentu tumbuh baik dalam biakan murni, sama dengan suatu
lingkungan yang tidak steril contohnya Aspergillus niger memproduksi asam sintrat
dan asal glukonat, Rhizopus nigricans menghasilkan asam fumarat dan asal laktak,
ragi menghasilkan alcohol, cendawan menghasilkan fenol dan kuinon. Zat-zat yang
demikoan dikenal dengan nama antibiotika yang dapat bersifat letal atau bersifat
menghambat pertumbuahan.

F. Deteorisasi dan Korosi Mikrobiologik oleh Mikrobe Tanah

Deteorisasi adalah proses penguraian suatau benda atau bahan yang dilakukan oleh
mikroorganisme yang dapat mendatangkan kerugian bagi manusia. Bahan atau benda
yang dapat diuraiadalah tekkstil, kertas, kayu, batu, cat, plastic, dan lain-lain.
1. Kerusakan Mikrobilogik pada Benda – benda Tekstil
Kapas dan serat- serat alami yang tersimpan dalam gudang banyak yang rusak bila
tanpa perlakuan terutama oleh jamur. Demikian pula dengan serat tekstil yang terbuat
secara sintetik.
2. Kerusakan Mikrobiologik pada Benda-benda Logam
Benda – benda logam, campuran besi, baja atau logam – logam lainnya dalam
keadaan terbuka atau yang disimpan secara alamai, cepat atau lambat akan terkena
korosi atau perkaratan. Hal ini terutama bila dismpan dalam tanah atau air. Proses
korosi ini dapat terjadi secara kimiawi, elektrokimia, dan secara mikrobilogis. Proses
korosi secara mikrobilogis tidak berarti logam tersebut dimakan oleh mikroorganisme,
tetapi akibat pertumbuhan mirobe tersebut yang menghasilkan enywa yang bersifat
korosif (misalnya asam). Bakteri-bakteri berperan menimbulkan korosi antara lain
bakteri produksi sulfat (mengubah SO42- Menjadi H2S), bakteri pengoksidai sulfur
(mengubah H2S menjadi H2SO4), dan bakteri pengoksidasi Fe dan Mn (mengubah
Mn2+ dan Fe3+ yang bersifat sebagai ion terlarut menjadi MnO 2 menjadi Fe(OH)3 yang
bersifat tidak larut).