MAKALAH KARAKTERISTIK MIKROBA DI

LINGKUNGAN TANAH

Disusun oleh:

Bulgam Akbar
Faiz Rivaldy
Gandhes Probo Sitoresmi
Muhammad Naufal Reihansyah
Risqi Sasqia Putri
Muhaimin Agsha

Dosen Pengampu : Anja Asmarany R S.Si., M.Si.

Jurusan Teknik Lingkungan

Fakultas Teknik Sipil dan Perencanaan

Universitas Islam Indonesia

2017
 Karakteristik Mikroba di Lingkungan Tanah

Mikrobiologi tanah yakni suatu studi organisme yang hidup dalam tanah, yang
meliputi aktivitas metabolisme, aliran energi, dan siklus materi (Atlas dan Bartha,1993
dalam Cyone, 1999). Disisi lain menurut SSA (The Soil Science Society of America),
1998 dalam Cyone, 1999 mendefinisikan mikrobiologi tanah adalah sebagai cabang ilmu
tanah yang mengkhususkan mempelajari mikroorganisme yang berada dalam tanah
menyangkut peran dan aktivitasnya.

Pada intinya ,mikrobiologi tanah adalah suatu keadaan dimana lingkungan

tanah/flora mikrobe tanah/ kegiatan biokimiawi mikroorganisme di dalam
tanah/penguraian mikrobiologis pestiside dan herbiside. Baik secara langsung maupun
tidak langsung, bahan buangan dari manusia dan hewan, jasad mereka, serta jaringan
tumbuh-tumbuhan, dibuang atau dikubur dalam tanah. Setelah beberap lama, bahan-
bahan tersebut berubah menjadi komponen organik dan beberapa komponen anorganik
tanah. Perubahan-perubahan ini dilakukan oleh mikroorganisme yaitu perubahan bahan
organik menjadi substansi yang menyediakan nutrien bagi dunia tumbuhan. Tanpa
aktivitas mikrobe maka segala kehidupan di bumi ini lambat laun akan terhambat.

Tanah dapat dipandang sebagai permukaan lahan di atas bumi yang menyediakan
substrat bagi kehidupan tumbuh-tumbuhan dan hewan. Ciri-ciri lingkungan tanah
bervariasi menurut letak dan iklimnya. Tanah juga memiliki kedalaman, sifat-sifat fisik,
komposisi kimiawi dan adal yang berbeda.

Namun, tanah secara umum tersusun oleh senyawa anorganik, senyawa organik,
udara, dan air serta mengandung bagian yang berbentuk jasad hidup yang secara umum
terdiri dari mikroorganisme. Mikrobe tanah sebagian besar terdiri dari bakteri, fungsi, dan
mikroalgae, tetapi ada juga protozoa dan virus didalamnya. Kehadirannya ada yang
menguntungkan dan merugikan.

Kelompok kehidupan dalam tanah dipecah menjadi golongan-golongan tertentu.

Golongan-golongan utama yang menyusun populasi mikrobe tanah terdiri atas
Prokariotik (Bakteri dan Actinomycetes), Fungi, Algae, Mikrofauna (Protozoa, Achezoa),
Mesofauna (Nematoda), Makrofauna (semut, cacing tanah, dan lainnya), dan Microbiota
(Mycoplasma, Virus, Viroid, dan Prion).
1. Bakteri
Bakteri yang hidup di dalam tanah memegang peranan penting dalam
meningkatkan pertumbuhan dan produksi tanaman. Hal ini berkaitan dengan
kemampuannya mengikat nitrogen di udara dan mengubah amonium menjadi nitrat.
Termasuk dalam golongan ini bakteri berbentuk basil yang mampu membentuk spora.
Selain bakteri yang berbentuk batang, terdapat pula bakteri berbentuk kokus dan vibrio.
Beberapa contoh bateri ; Clostridium pasteurianum, Aztobacter chroococum, Nitrobacter,
Radicicolas, Bacillus, dan Pseudomonas.
2. Actinomycetes
Actinomycetes merupakan salah satu prokariota yang bentuk mirip dengan fungi.
Actinomycetes tumbuh dalam bentuk filamen miselium dan membentuk spora. Ada dua
hal yang membedakan antara fungi dan Actinomycetes ini yaitu Actinomycetes tidak
mempunyai nukleus sehingga dimasukan prokariotik dan bentuk hifa Actinomycetes
dengan diameter 0.5-1.0 mm sehingga lebih kecil dari hifa jamur (3-8 mm).
Actinomycetes tidak bersifat fotosntetik, namun hampir semua Actinomycetes
adalah saprofit yakni tumbuh dengan mendekomposisi bahan-bahan organik. Beberapa
actinomycetes pada manusia, hewan dan tanaman bersifat patogen namun ada juga yang
bersifat menguntungkan sepeti, genus Frankia berasosiasi dengan semak dan tumbuhan
dan mengikat nitrogen.
Actinomycetes ini terdiri dari 10%-50% total populasi mikrobe dalam tanah.
Organisme ini ditemukan hampir semua dalam tnah, kompos dan sedimen serta
merupakan populasi terbesar dalam tanah setelah bakteri. Organisme ini bersifat aerobik ,
maka dari itu membutuhkan oksigen untuk pertumbuhan dan tidak dapat tumbuh dengan
baik pada tanah yang basah serta tidak toleran terhadap desikasi, tetapi sporanya tidak.
Actinomycetes ini sangat tumbuh lambat pada suhu 5 oC, dan dapat diisolasi lebih banyak
dari tanah yang lebih panas daripada tanah yang dingin. Sporanya ini dapat tumbuh pada
semua keadaan tetap tidak berarti organisme ini menyukai panas. Pertumbuhan optimum
suhu antara 28-37oC, tetapi ada juga beberapa yang tumbuh pada suhu 55-65oC.
Organisme ini toleran terhadap keadaan basa. Dalam tanah yang bersifat alkali,
95% dari isolat mikrobe terdiri dari Actinomycetes, berarti juga organisme tersebut tidak
tahan terhadap asam. Actinomycetes ini mempunyai sifat intoleran terhadap asam
digunakan untuk kontrol beberapa tanaman karena organisme ini bersifat patogenik.
Actinomycetes ini juga bersifat saprofit, populasinya meningkat bila banyak bahan
organik. Organisme ini merupakan kompetitor yang lemah dalam mendegradasi substrat,
tetapi dapat menggunakan selulosa dan khitin.
Beberapa Genera Actinomycetes yang Ditemukan dalam Tanah

Genus Lingkungan
Actonomadura Distribusi luas pada bagian tanah pertanian
 Amycoatopsis Tanah hutan dan rhizoplan
Catellatospora Tanah berkayu
Cellulomonas Hampir semua isolat tanah
Frankia Nodul akar pengikat N pada semak dan pohon
Mycobacterium Saprofit dalam tanah
Rhodococcus Tanah pertanian

3. Fungi
Fungi adalah kelompok eukariota yang berarti mempunyai selubung inti yang
biasanya berbentuk filamen dan lebih besar dari pada bakteri. Fungi hidup ditempat yang
basah, lembab, disampah, pada sisa-sisa organisme, atau di dalam tubuh organisme lain.
dan di lingkungan asam. Ada beberapa tipe tipe fungi.
a) Myxomycetes (jamur lendir)
Jamur lendir adalah tipe fungi yang mirip dengan protozoa, karena mempunyai tipe
pertumbuhan amuboid. Jamur ini ditemukan dbawah bahan-bahan organik yang telah
membusuk. Jamur ini merupakan organisme berinti banyak pada saat berbentuk seperti
amoeboid, tetapi jamur ini dapat juga membentuk “complex fruiting”.
b) Oomycetes (jamur berflagella)
Oomycetes dalam klasifikasi baru dimasukkan dalam kingdom baru yakni
Chromista. Ada dua karakteristik spesies
c) Zygomycetes (jamur gula)
Contoh dari zygomycetes adalah jamur roti ; Rhizopus nigricans.
d) Fungi tingkat tinggi
Fungi tingkat tinggi meliputi Ascomycetes, dan lebih dari 30.000 spesies telah
diketahui. Fungi ini juga terdiri dari Basidiomycetes, dengan lebihdari 25.000 spesies
yang telah diketahui. Beberapa contoh; Agaricus, mikoriza, jamur akar pohon.
e) Fungi imperfecti
Fungi imperfecti terdiri dari kelompok Deuteromycetes , misalnya Penicillium.
f) Miselium Steril
Miselium steril adalah jamur yang bereproduksi hanya dengan fragmentasi hifa.
Hal ini berarti jika hifa membelah menjadi fragmen denga setiap fragmen dapat memulai
ebntukan baru miselium. Ketika spora ditemukan, miselium steril biasanya
diklasifikasikan kembali sebagai Ascomycetes.
Kelompok Besar Fungi di Tanah

Kelompok Kenampakan Genera

Myxomycetes Plasmodium Physarium
Oomycetes Uniseluler Phytium
Hifa aseptat
Zygomycetes Hifa aseptat Mucor
Hifa berseptat Rhizopus
Ascomycetes Hifa berseptat Saccharomyces
Basidiomycetes Hifa berseptat Boletus
Deuteromycetes Hifa berseptat Aspergillus
Fusarim
Penicillium
Miselium steril Hifa berseptat Rhizoctonia
 .
4. Algae (Chromista)
Kingdom Chromista memiliki sifat eukariota, memiliki kloroplas yang
berhubungan dengan retikulum endoplasma, dan memiliki satu atau dua flagel.
Contohnya Oomycetes secara umum termasuk kategori fungi dan memiliki zoospora
biflagel. Contoh dari Oomycetes adalah Phytium menyebabkan penyakit dumping-off
pada tanaman.
Alga merupakan organisme yang menggunakan oksigen untuk fotosintesis, seperti
halnya tumbuhan berklorofil. Bentuknya sangat beragam mula dari rumput laut yang
mempunyai bentuk 40 meter panjang sampai organisme mikroskopik di dalam tanah.
Alga dan fungi berasosiasi membentuk organisme yang kompleks yang dinamakan
lichenes. Alga mempunyai jumlah yang lebih tinggi daripada protozoa dan makrofauna,
tetapi lebih kecil dari prokariota.Populasi alga sangat bervariasi tergantung pada tipe
tanah. Alga Hijau lebih dominan pada tanah asam, dan diatom tumbuh dengan baik pada
tanah netral.
Alga Hijau mempunyai sebuah dinding sel yang terdiri dari selulosa yang
mengandung polisakarida lain seperti asam alginat. Organisme uniseluler, bentuk koloni
banyak. Reproduksi seksual dengan fusi dan reproduksi aseksual dengan pembelahan,
membentuk zoospora atau fragmentasi.
Diatom mengandung pigmen fotosintetik seperti klorofil, karoten dan xantofil.
Alga ini nampak warna coklat karena klorofil tertutup oleh pigmen yang lain. Diatom
dapat menyimpan hasil fotosintesis dalam bentuk minyak. Diatom uniseluler dan
bereproduksi seksual dengan fusi dan reproduksi aseksual dengan pembelahan dan bentuk
zoospora. Diatom mempunyai bentuk yang unik dan mempunyai silika dan eksoskeleton
pektin yang tahan terhadap degradasi.
Alga Kuning kehijauan mengandung xantofil , karoten dan klorofil. Dinding sel
terdiri pektin, walaupun juga mengandung silika. Alga ini ditemukan dalam bentuk sel
tunggal dan sel-selnya dapat membentu filamen. Bereproduksi dengan fusi sel dan
dnegan pembelahan sel atau membentuk zoospora atau fragmentasi sederhana. Alga
menyimpan hasil fotosintesis dalam bentuk minyak.
Alga ditemukan pada lapisan tanah diantara air dan cahaya. Alga bersifat endolitik
(dengan batu). Oleh karena itu, dapat ditemukan di bawah permukaan sandstone dan
limestone dimana air dan cahaya dapat masuk.
Temperatur adalah faktor utama, alga menjadi berkurang keaktifannya pada
musim dingin, walaupun ada beberapa alga menyukai suhu dapat tumbuh pada
temperatur 2oC. Air adalah faktor pengontrol, alga blooming terjadi setelah turunhujan.
Garam juga merupakan faktor pengontrol, walaupun pada alga ada mekanisme
beradaptasi dengan lingkungan dengan kadar garam tinggi.
 Kesuburan tanah berkaitan langsung dengan kelimpahan alga. Hal ini karena, alga
dapat memproduksi karbohidrat sendiri, sehingga nutrien tanah seperti N, P, dan K
membantu mengontrol pertumbuhan alga.Respon alga pada permukaan air terhadap
nutrien pembatas, misalnya P merupakan faktor utama terjadinya eutrofikasii lingkungan
yakni terlalu banyak nutrien dalam air.

5. Mikrofauna
Protozoa adalah hewan satu sel dengan nukleus dan mitokondria, fagotrof artinya
mencerna maknan dengan melingkupkan membran selnya. Sedangkan Archezoa adalah
sama dengan protozoa tetapi tanpa memiliki mitokondria, sehingga organisme ini lebih
primitif.
Protozoa dan Archezoa tidak memiliki dinding sel yang tersusun dari khitin serta
merupakan binatang yang paling sederhana dan merupakan invertebrata yang jumlahnya
melimpah. Secara garis besar, organisme ini digolonkan menjadi 4 kelas berdasarkan alat
geraknya.
a) Mastigophora
Mastigophora mendominasi ekosistem tanah. Hewan ini mempunyai panjang
kurang lebih 5-10 mikrometer dan memilik datu atau lebih flagella. Hewan ini
mempunyai berat antara 0.2-28.0 nanogram. Flagella merupakan alat gerak pada hewan
ini. Reproduksi aseksual dengan pembelahan diri dan reproduksi seksual dengan
konjugasi (dua bergabung bersama dan kemudia mempertukarkan informasi genetik).
Contoh Trypanosoma yang dapat menyebabkan penyakit tidur Afrika, Euglena yang
merupakan protozoa berfotosintetik.
b) Sarcodina
Merupakan protozoa yang bergerak dengan kaki semu (psudopodia). Beberapa
sarcodina mempunyai eksoskeleton dan yang lain tidak. Sarcodina bereproduksi dengan
pembelahan sel tunggal dan dapat juga bereproduksi secara seksual dengan konjugasi.
Umumnya berkembangbiak dengan pembelahan sel. Contoh Amoeba.
Entamoeba histolytica merupakan contoh sarcodina patogen penyebab disentri
amoeba. Foraminifera yang merupakan Sarcodina yang memiliki eksoskeleton yang
terdiri dari silika, khitin, atau kalsium karbonat.
c) Ciliophora
Merupakan protozoa yang bersilia. Silia yang dimiliki berjumlah banyak, pendek,
seperti rambut getar yang berfungsi untuk pergerakan atau menyapu makanan agar masuk
mulut sel atau sitosom. Reproduksi aseksual dengan pembelahan diri dan perkuncupan,
reproduksi seksual dengan konjugasi. Contoh Paramecium.
d) Sporozoa
Merupakan protozoa bersifat parasit obligat, sehingga kehidupannya didalam tanah
hanya sangat terbatas. Sporozoa tidak memiliki organella dan alat gerak. reproduksi
aseksual dengan pembelahan ganda dan reproduksi seksual dengan cara konjugasi.
Sporozoa merupakan patogen yang penting pada manusia yang dapat menyebabkan
infeksi dengan perantara gigitan nyamuk atau masuk mengkontaminasi air yang tercemar
tinja. Contoh malaria disebabkan Plasmodium.
6. Mesofauna
Mesofauna dalam tanah mempunyai ukuran antara besar sampai kecil. Sebagian
besar tidak dapat dilihat oleh mata telanjang. Ukuran mesofauna dalam tanah 200-
1.000 mm.Contohnya nematoda.
7. Microbiota
a) Mycoplasma
Mycoplasma tidak memiliki dinding sel sehingga sangat sensitif mengadakan
proses osmosis. Bentuknya pleomorfik yaitu tidak mempunyai bentuk yang tetap.
Mycoplasma adalah prokariot terkecil , maka dari itu cukup kecil untuk melewati
saringan bakteri. Mycoplasma ini tidak membentuk spora dan tidak mempunyai flagela.
pH optimum pada organisme ini adalah 7.0 walaupun masih dalam rentang 5.0-10.0.
b) Virus
Virus merupakan organisme yang paling kecil, lebih ekcil dari bakteri. Oleh
karena itu, virus hanya dapat dilihat dengan mikroskop elektron. Virus hanya
mengandung 10-200 gen yang disandikan menjadi informasi genetik. Beberapa ahli
mengatakan bahwa virus merupakan makhluk tak hidup, tetapi apabila ada di dalam sel
yang lain akan menunjukkan tanda-tanda hidup. Dengan kata lain virus merupakan
parasit obligat intraseluler.
Virus tanaman dapat bertahan hidup dalam tanah, sementara virus insekta
berkurang infektifnya selama setahun.
c) Viroid
Merupakan potongan partikel kecil ARN yang dapat bereplikasi sendiri dengan
berat molekul yang rendah. Viroid merupakan bentuk kehidupan yang sederhana.
d) Prion
Adalah potongan kecil protein yang dapat bereplikasi sendiri.

MIKROBA DI TANAH PASIR, LEMPUNG, dan SUBUR

Bakteri sangat banyak di tanah karena kemampuannya beradaptasi dan

berkembangbiaknya dengan membelah diri. Ketahanan mikroba tanah terhadap logam
berat juga beragam,tergantung mekanisme yang dikandungnya untuk menyesuaikan diri
terhadap polusi dan tergantung pada kondisi lingkungan tempat tinggal organisme
tersebut tumbuh. Ketahanan mikroba terhadap logam berat bervariasi dalam kelompok
mikroorganisme, genus maupun spesies. Pengaruh logam terhadap mikroba tersebut
terlihat pada beberapa daur kehidupannya. Pada fungi pengaruh pengaruh tersebut terlihat
dalam pembentukan miselium, maupun perkecambahan spora. Pada khamir berupa
peningkatan kegiatan lipolitik, respirasi(penghambatan sistein). Pada bakteri terlihat pada
penurunan dan perpanjangan laju. Pertumbuhan, penundaan perkembangbiakan dan
sebagainya. Berikut kandungan bakteri pada tanah :

a) Tanah pasir

320 – 500 ribu sel bakteri/gr tanah

b) Tanah lempung

360 – 600 ribu sel bakteri/gr tanah

c) Tanah subur

2 – 200 juta sel bakteri/gr tanah

Dalam konteks kesuburan biologis, tanah dikatakan subur bila mempunyai

kandungan dan keragaman mikrobiologis atau mikroorganisme tinggi yang dibutuhkan
oleh tanaman dan bersifat simbiosis mutualisme terhadap akar tanaman juga berperan
dalam melindungi tanaman dari pengaruh mikroorganisme yang bersifat pathogen juga
kondisi kimia tanah yang berpotensi racun sekaligus membentuk karakteristik fisik tanah
menjadi lingkungan yang baik untuk pertumbuhan akar tanaman.

Tanah subur mengandung lebih dari 100 juta mikroba per gram tanah.
Produktivitas dan daya dukung tanah tergantung pada aktivitas mikroba tersebut.
Sebagian besar mikroba memiliki peranan yang menguntungkan bagi pertanian, yaitu
berperan dalam menghancurkan limbah organik, recycling hara tanaman, fiksasi biologis
nitrogen, pelarutan fosfat, meransang pertumbuhan, biokontrol pathogen dan membantu
penyerapan unsur hara.

Organisme (terutama mikroorganisme) tanah penting dalam kesuburan tanah

untuk tanaman pertanian karena berperan dalam siklus energi, siklus hara, pembentukan
agregat tanah, dan menentukan kesehatan tanah (suppressive/conduciveterhadap
munculnya penyakit terutama penyakit tular tanah-soil borne pathogen).

Setidaknya minimal ada 6 (enam) jenis mikroorganisme yang dapat

dikembangkan oleh petani secara baik di tanah pada lahan pertanian untuk
mengoptimalkan hasil pertanian (terutama padi) dan juga perkebunan secara maksimal,
yaitu:

1. Azotobacter sp

Azotobacter sp memiliki ciri-ciri selnya berbentuk oval dengan diameter 1,5-2,0 μm.
Azotobacter sp berperan sebagai penambatan nitrogen merupakan proses yang
menyebabkan nitrogen bebas digabungkan secara kimia dengan unsur lain.

2. Azospirillium sp
Azospirillium sp adalah bakteri gram negatif, termasuk dalam phylum
alphaproteobacteria. Azospirillium sp berperan sebagai produksi fitohormon (seperti
auksin, sitokinin, dan giberelin), peningkatan penyerapan hara, peningkatan ketahanan
cekaman, produksi vitamin, siderophore dan biokontrol, serta pelarutan P.
3. Streptomyces sp
Streptomyces sp adalah bakteri gram positif yang menghasilkan spora yang dapat
ditemukan di tanah, karakteristiknya adalah koloni mereka yang keras, berbulu dan
tidak/jarang berpigmen. Streptomyces sp berperan sebagai agen pengendali patogen
tanaman dengan menghasilkan antibiotik dan senyawa Hidrolitik seperti glukanase,
kitinase yang mampu mendegradasi dinding sel fungi.
4. Saccharomyces sp
Saccharomyces sp merupakan genus khamir/ragi/en:yeast yang memiliki
kemampuan mengubah glukosa menjadi alkohol dan CO2. Saccharomyces sp merupakan
mikroorganisme bersel satu tidak berklorofil, termasuk termasuk kelompok Eumycetes.
Saccharomyces sp memiliki kemampuan menguraikan ikatan sakarida pada karbohidrat
tingkat tinggi sehingga diharapakan berperan dalam melepaskan zat-zat nutrisi terikat
untuk dicerna enzim pencernaan.
5. Aspergillus sp
Aspergillus sp adalah suatu jamur yang termasuk dalam kelas Ascomycetes yang
dapat ditemukan dimana–mana di alam ini. Aspergillus sp merupakan fungi pelarut fosfat
yang melarutkan fosfat dari sumber-sumber yang sukar larut sehingga meningkatkan
pertumbuhan/produktivitas tanaman terutama di tanah-tanah marginal.
6. Trichoderma sp
Trichoderma sp merupakan sejenis cendawan / fungi yang termasuk
kelas ascomycetes. Trichoderma sp. memiliki aktivitas antifungal. Di
alam, Trichoderma banyak ditemukan di tanah hutan maupun tanah pertanian atau pada
substrat berkayu. Trichoderma sp menjadi agen biokontrol karena bersifat antagonis bagi
jamur lainnya, terutama yang bersifat patogen. Trichoderma sp juga dapat digunakan oleh
petani dalam proses percepatan pembuatan kompos.

DAFTAR PUSTAKA

Waluyo, Lud. 2005. Mikrobiologi Lingkungan. Malang: Univeristas Muhammadiyah

Malang

Dwidjoseputro.2005. Dasar-dasar Mikrobiologi. Jakarta: Djambatan

Pelczar, Michael J. 1988. Dasar-dasar Mikrobiologi. Jakarta: UI Press