PROPOSAL BAHAN AJAR

MATA KULIAH MIKROBIOLOGI LINGKUNGAN

Nama : Dr. Stella D. Umboh, S.P., M.Si

Institusi : Universitas Sam Ratulangi Manado
Fakultas : MIPA
Program Studi : Biologi

2018
 BAB I

SEJARAH PERKEMBANGAN MIKROBIOLOGI LINGKUNGAN

DAN RUANG LINGKUPNYA, KONSEP DAN PERANAN MIKROBA
SEBAGAI KOMPONEN LINGKUNGAN

A. Sejarah Perkembangan Mikrobiologi Lingkungan

1. Pengertian mikrobiologi lingkungan
Mikrobiologi lingkungan atau enviromental microbiology adalah cabang dari ilmu
mikrobiologi yang mempelajari interaksi, perilaku, aktivitas serta peranan mikroorganisme
pada berbagai ekosistem seperti perairan, terestrial dan udara. Pengertian ini memang sama
dengan Ekologi Mikroba. Ekologi mikroba yaitu ilmu yang mempelajari interrelasi atau
interaksi antara mikroba dengan lingkungannya baik lingkungan biotik maupun abiotik.
Namun, Mikrobiologi lingkungan lebih fokus pada memanfaatkan potensi mikroba serta
meminimalisir dampak negatif yang dimilikinya untuk kesejahteraan umat manusia.
Mikrobiologi Lingkungan merupakan salah satu cabang ilmu mikrobiologi yang memberikan
dasar-dasar pemahaman akan konsep-konsep peranan mikroba di lingkungan terkait dengan
dinamika yang terjadi di biosfer dan pengaruhnya pada kehidupan manusia. Mikrobiologi
Lingkungan merupakan salah satu matakuliah pilihan dalam lingkup Mikrobiologi yang
memberi dasar-dasar pemahaman akan konsep-konsep peran mikroba di lingkungan terkait
dengan dinamika yang terjadi di biosfer dan pengaruhnya pada kehidupan manusia.

2. Sejarah mikrobiologi lingkungan

Pada periode 1960, para ilmuwan mulai menyadari bahwa penyebab penyakit yang
mampu ditransmisikan oleh air bukan hanya bakteri saja, ada beberapa agen patogen seperti
virus Norwalk dan protozoa parasit Giardia yang mampu bertahan dari proses desinfeksi.
Belum lagi 10% hingga 50% mikroorganisme penyebab penyakit lain yang belum dapat
diidentifikasi. Tahun 1970-an, dikenalkan mikrobiologi lingkungan dengan pokok tinjauan
pada kesehatan masyarakat dan lingkungan dan terus berkembang hingga mencakup bidang
yang luas dan berkait dengan bidang ilmu lainnya. Hurst et al. (1997) mendefinisikan bahwa
mikrobiologi lingkungan merupakan studi tentang keberadaan mikroba pada lingkungan alami
maupun buatan. Maier et al. (1999) mikrobiologi lingkungan didefinisikan sebagai ilmu yang
mempelajari pengaruh penerapan mikroba pada lingkungan, aktivitas, kesehatan dan
kesejahteraan manusia.
Faktor sejarah lain yang menjadi pokok kajian dari Mikrobiologi lingkungan adalah
penyebaran penyakit melalui bahan makanan (food-borne). Salah satu kasus yang terkenal
adalah serangan protozoa Cyclospora yang ditularkan oleh buah Raspberry yang di-import
oleh warga USA dari Guatemala. Raspberry yang terserang Cyclospora membuat Warga
Amerika terserang penyakit pada tahun 1996, menentukan keberadaan dan peranan dari
mikroorganisme patogen pada lingkungan perairan, tanah, dan udara adalah penggerak utama
dari mikrobiologi lingkungan hingga beberapa dekade kedepan.

3. Klasifikasi organisme
Tahun 1759, Carl Linnaeus: Animalia dan Plantae. Tahun 1866, Ernst Heinrich
Haeckel mengusulkan 3 domain yaitu hewan, tumbuhan dan protista. Tahun 1969 Robert
Whittaker mengusulkan 5 kingdom, Monera (Prokaryote), Protista, Fungi, Plantae, dan
Animalia. Pada tahun 1978 Carl Woese menyampaikan 3 Kingdom yaitu: Eucarya,
Eubacteria, dan Archaea (Gambar 1.1), dasar filogeni yaitu: 1). Komposisi dinding sel; 2).
Lipid membrane; 3). Sequens RNA; 4). Sintesa protein, dan 5). Sensitivitas terhadap
antibiotik.

Gambar 1.1. Tiga Kingdom Eucarya, Eubacteria, dan Archaea

4. Prinsip-prinsip mikrobiologi lingkungan
Untuk mengetahui pengaruh mikroorganisme di dalam lingkungan kita perlu belajar
mikrobiologi lingkungan. Mikrobiologi didasari oleh mikrobiologi dan ekologi. Istilah
mikrobiologi berasal dari kata Yunani “Mikro” berarti renik, “Bio” yang berarti hidup, dan
“Logos” berarti ilmu, sehingga mikrobiologi berarti ilmu yang mempelajari makhluk renik.
Kata ekologi berasal dari kata “Oikos” yang berarti rumah tangga dan kata “Logos”, dengan
demikian ekologi berarti mempelajari lingkungan dan kehidupan, atau hubungan timbal balik
antarbiotik dan abiotik. Di dalam mikrobiologi lingkungan, kita akan mempelajari tentang
mikroorganisme tingkat rendah dan tingkat tinggi, serta peran mikroorganisme dalam
lingkungan air, tanah, dan udara.
Pemahaman akan prinsip ekologi sangat penting untuk memahami hubungan antara
mikroorganisme dan lingkungannya. Mikroorganisme berperan sebagai katalis biologi antara
komponen abiotik dengan organisme hidup lain. Saat ini mikroba banyak dimanfaatkan di
bidang lingkungan, yang berperan membantu memperbaiki kualitas lingkungan. Terutama
untuk mengatasi masalah pencemaran lingkungan, baik di lingkungan tanah maupun perairan.
Mikroorganisme bekerja dalam proses penguraian bahan organik. Tanpa kerjasama
mikroorganisme, hewan dan tanaman yang mati akan tertimbun dan memenuhi permukaan
bumi, demikian juga bahan anorganik esensial seperti nitrogen dan fosfor yang dibutuhkan
untuk kehidupan biologi akan cepat menghilang. Bahan yang tidak terurai dalam lingkungan
dapat menyebabkan perubahan pada tanah, air, dan udara.
Perubahan dalam lingkungan dapat terjadi karena rangsangan atau hambatan oleh
proses mikroorganisme. Contohnya antara lain adanya pencemaran oleh pupuk ammonia pada
aliran air ke tempat penampungan air minum. Ammonia tersebut dapat diubah dengan proses
oksidasi oleh bakteri menjadi senyawa nitrat.
a. Ekosistem
Ekosistem adalah suatu sistem ekologi yang terbentuk oleh adanya hubungan timbal
balik antara makhluk hidup dengan lingkungannya. Ekosistem bisa dikatakan juga suatu
tatanan kesatuan secara utuh dan menyeluruh antara segenap unsur lingkungan hidup yang
saling mempengaruhi. Ekosistem terdiri dari ekosistem alami dan ekosistem buatan.
Susunan ekosistem antara lain:
- Komponen autotrof, organisme yang mampu menyediakan/mensintesis makanan sendiri
yang berupa bahan organik dari bahan anorganik dengan bantuan energi seperti matahari
dan kimia. Komponen autotrof berfungsi sebagai produsen, contohnya tumbuh-tumbuhan
hijau.
- Komponen heterotrof, organisme yang memanfaatkan bahan-bahan organik sebagai
makanannya dan bahan tersebut disediakan oleh organisme lain. Yang tergolong
heterotrof adalah manusia, hewan, jamur, dan mikroba
- Komponen tak hidup (abiotik). Bahan tak hidup yaitu komponen fisik dan kimia.
b. Aliran energi dalam ekosistem
Aliran energi merupakan proses mengalirnya energi dimulai dari cahaya matahari ke
produser (diubah dalam bentuk energi kimia), konsumen, kemudian tersebar ke lingkungan
dalam bentuk panas. Pengertian Aliran Energi dalam Ekosistem adalah proses berpindahnya
energi dari suatu tingkat trofik ke tingkat trofik berikutnya yang dapat digambarkan dengan
rantai makanan atau dengan piramida biomasa. Ekosistem mempertahankan diri dengan siklus
energi dan nutrisi yang diperoleh dari sumber eksternal. Energi beredar dalam ekosistem
dalam bentuk rantai makanan dan jaring-jaring makanan dari suatu tingkat trofik ke tingkat
trofik berikutnya. Sifat energi dapat berubah dari satu bentuk ke bentuk lain (transformasi
energi). Aliran energi yang terjadi pada sebuah ekosistem adanya sebuah proses berpindahnya
energi yang ada pada tingkat trofik tertentu menuju trofik lainnya. Aliran ini juga bisa
digambarkan dalam sebuah rantai makanan dan juga piramida biomasa.
Disebut aliran energi karena energi yang mengalir dari sumber energi ke komponen
biotis tidak kembali lagi ke sumbernya (matahari). Energi cahaya matahari dikonversi
tumbuhan menjadi energi kimia melalui proses fotosintesis. Energi kimia yang disimpan
dalam makanan oleh tumbuhan kemudian didistribusikan ke konsumen I (herbivora) melalui
proses rantai makanan. Karnivora mendapatkan energi dengan memangsa herbivora.
Detritivor dan pengurai mendapatkan energi dari proses penguraian jasad mati makhluk hidup
(Gambar 1.2).
Matahari adalah penyedia energi paling besar bagi kehidupan bumi. Walaupun
demikian tidak semua energi cahaya mampu diserap klorofil untuk menyusun bahan organik.
Tumbuhan hanya mampu menyerap 0,01% energi cahaya mathari. Energi cahaya yang
ditangkap tumbuhan diubah menjadi energi kimia dan disimpan sebagai bahan makanan.
Sekitar10% energi produsen berpindah ke konsumen I melalui proses rantai makanan.
Konsumen I menggunakan energi tersebut untuk respirasi, pertumbuhan, reproduksi, dan
aktivitas lainnya dalam hidupnya. 10% energi dari konsumen I berpindah ke konsumen II
menggunakan energi sebagaimana yang terjadi pada konsumen I. Begitu seterusnya hingga
energi tersebut sampai pada konsumen puncak. Energi yang terkandung dalam tubuh
produsen maupun konsumen akan dimanfaatkan oleh detritivor dan dekomposer jika produsen
dan konsumen mati. Detritivor dan dekomposer juga memperoleh sisa energi dari penguraian
zat buangan pencemaran organisme.

Gambar 1.2. Aliran Energi

Energi yang dialirkan dari satu tingkat trofik ke tingkat trofik berikutnya terus
mengalami penurunan. Ini berarti semakin panjang rantai makanan semakin sedikit energi
yang tersisa bagi konsumen puncak. Itulah mengapa jumlah konsumen puncak hanya
menikmat sepersekian persen dari energi yang dihasilkan produsen. Sebagian besar energi
terbuang ke alam dalam bentuk panas. Ada 3 faktor yang menyebabkan hilangnya energi
yaitu:
1. Populasi konsumen tidak dapat memanfaatkan seluruh sumber makanan yang ada
2. Ketidaksempurnaan dalam proses pencernaan makanan
3. Gerakan serta respirasi menyebabkan energi hilang dalam bentuk panas
Dalam sebuah rantai makanan akan selalu terjadi sebuah siklus yang akan selalu
berputar. Dari siklus inilah akan terjadi sebuah perpindahan energi satu sama lainnya. Dalam
hal ini energi yang didapat dari tingkat rantai makanan pertama akan perpindahan pada
tingkat berikutnya dan menjadi sebuah energi baru. Pada tingkat trofik pertama, produsen
primer (tumbuhan, alga, dan beberapa bakteri) menggunakan energi matahari untuk
menghasilkan bahan tanaman organik melalui fotosintesis. Hewan Herbivora yang makan
hanya pada tanaman membuat tingkat trofik kedua. Predator yang memakan herbivora terdiri
dari tingkat trofik ketiga, jika predator yang lebih besar hadir, mereka mewakili tingkat trofik
lebih tinggi lagi.
 Tingkatan trofik pada sebuah rantai makanan pada dasarnya terdiri atas tiga jenis.
Tingkatan trofik pertama adalah tingkatan terendah dimana yang duduk disini adalah makhluk
yang tidak bisa memangsa seperti tumbuhan. Dilanjutkan dengan tingkat trofik kedua yang
berupa hewan herbivora. Dan tingkat ketiga yang diduduki oleh hewan karnivora. Dalam
beberapa kasus, ada juga hewan yang bisa berposisi di tingkat kedua dan ketiga. Dimana
hewan ini bisa memangsa tumbuhan atau juga hewan. Selain itu, ada pula hewan yang lebih
besar yang bisa memangsa hewan yang ada di tingkat ketiga.
Penyimpanan energi dalam ekosistem dapat berupa materi-materi dalam tumbuhan
atau hewan. Jumlah nyata dari materi hidup yang terkandung dalam ekosistem dipahami
sebagai “standing crop”. Para ahli ekologi biasanya mengkaji standing crop ini untuk setiap
tingkat trofik yang nantinya akan memberikan gambaran pola aliran energi melalui sistem.
Hasil kajian dari standing crop untuk setiap tingkatan trofik ini bila diekspresikan dalam
bentuk histogram akan menggambarkan suatu piramida tingkat trofik atau lebih dikenal
dengan piramida ekologi.

c. Rantai makanan
Di dalam sebuah ekosistem, pasti terjadi hubungan antar organisme dan
lingkungannya. Hubungan yang terjadi tersebut, sangatlah kompleks sehingga saling
mempengaruhi satu dengan yang lainnya. Hubungan yang terjadi antara unsur hayati dan juga
unsur non hayati yang membentuk sebuah sistem ekologis yang sering kita sebut dengan
ekosistem melibatkan aliran energi dan juga rantai makanan.
Rantai makanan adalah serangkaian proses makan dan dimakan antara makhluk hidup
berdasarkan urutan urutan tertentu dengan ada yang berperan sebagai produsen, konsumen,
dan dekomposer untuk kelangsungan hidupnya (Gambar 1.3). Rantai makanan merupakan
perpindahan energi dari suatu organisme yang ada pada suatu tingkat tropik ke tingkat tropik
selanjutnya, dan masih dalam peristiwa atau proses memakan atau dimakan dengan urutan
tertentu.
 Gambar 1.3. Ranti Makanan

Rantai makanan ini terstruktur dalam suatu tingkatan tropik. Lalu dalam tingkatan
tropik tersebut meliputi seluruh organisme maupun spesies yang berada pada posisi yang
sama dalam sebuah rantai makanan. Yang menempati tingkatan tropik terendah adalah
produsen (produsen tidak memakan organisme lain). Produsen ini berperan sebagai makanan,
dalam hal ini seperti tanaman hijau. Selanjutnya beralih pada posisi konsumen. Konsumen ini
membutuhkan organisme lain yang bisa dimakan. Mayoritas konsumen merupakan herbivora.
Lalu yang menempati posisi tertinggi dalam tingkatan tropik adalah predator, dimana predator
ini tidak akan mungkin dimangsa oleh organisme lainnya. Konsumen menempati posisi
diantara predator dan herbivora. Dalam hal ini konsumen membutuhkan organisme lain untuk
dimakan, tapi konsumen juga harus siap dijadikan mangsa oleh predator yang berada di
atasnya. Panjang tidaknya sebuah tingkatan tropik ini tergantung pada kompleksitas suatu
ekosistem. Walaupun begitu, kalaupun ada perbedaan hanyalah sedikit saja. Akan tetapi,
konsumen pemakan herbivora lebih sering berubah karena menyesuaikan panjang tidaknya
rantai makanan. Seperti; burung elang memangsa burung kutilang, lalu kutilang ini memakan
biji-bijian (herbivora).
 B. Konsep dan Peranan Mikroba Sebagai Komponen Lingkungan

1. Mikroba sebagai dekomposer (pengurai)

Mikroorganisme bekerja dalam proses pengurian bahan organik. Tanpa kerja
mikroorganisme, hewan dan tanaman yang mati akan tertimbun dan memenuhi permukaan
bumi, demikian juga bahan anorganik esensial seperti nitrogen dan posfor yang dibutuhkan
untuk kehidupan biologi akan cepat menghilang. Bahan yang tidak terurai dalam lingkungan
dapat menyebabkan perubahan pada tanah, air, dan udara. Hilangnya materi esensial dan
adanya zat toksik dapat pula menyebabkan gangguan terhadap lingkungan.
Saat ini mikroba banyak dimanfaatkan di bidang lingkungan, yang berperan
membantu memperbaiki kualitas lingkungan. Terutama untuk mengatasi masalah pencemaran
lingkungan, baik di lingkungan tanah maupun perairan. Bahan pencemar dapat bermacam-
macam mulai dari bahan yang berasal dari sumber-sumber alami sampai bahan sintetik,
dengan sifat yang mudah dirombak (biodegradable) sampai sangat sulit bahkan tidak bisa
dirombak (rekalsitran/ nonbiodegradable) maupun bersifat meracun bagi jasad hidup dengan
bahan aktif tidak rusak dalam waktu lama (persisten).
Mikroba (fungi dan bakteri) secara tradisional berfungsi sebagai decomposer
(pengurai). Makhluk hidup yang telah mati akan diuraikan oleh mereka menjadi unsur-unsur
yang lebih mikro. Tanpa adanya mikroba decomposer, bumi kita ini akan dipenuhi oleh
bangkai dalam jumlah banyak. Mikroba decomposer inilah yang digunakan untuk pengolahan
sampah/limbah. Teknologi lingkungan yang terbaru telah memungkinkan pengolahan
sampah/limbah dengan perspektif lain. Sampah pada awalnya dipilah antara organik dan non
organik. Sampah non organik akan didaur ulang, sementara sampah organik akan mengalami
proses lanjutan pembuatan kompos. Proses tersebut adalah menciptakan kondisi yang
optimum supaya kompos dapat dibuat dengan baik. Optimasi kondisi tersebut, selain desain
alat yang baik dan ventilasi untuk proses aerasi, adalah juga menciptakan kondisi optimum
bagi mikroba composter untuk melaksanakan proses composting. Parameter optimasinya bisa
berupa keasaman, suhu, dan medium pertumbuhan. Jika parameter tersebut diperhatikan,
maka proses composting diharapkan bisa efektif dan efisien.
Bakteri saprofit menguraikan tumbuhan atau hewan yang telah mati dan sisa-sisa atau
kotoran organisme. Bakteri tersebut menguraikan protein, karbohidrat dan senyawa organik
lain menjadi CO2, gas amoniak, dan senyawa-senyawa lain yang lebih sederhana. Contoh
bakteri saprofit antara lain Proteus dan Clostridium. Tidak hanya berperan sebagai pengurai
senyawa organik, beberapa kelompok bakteri saprofit juga merupakan patogen oportunis.
Contoh jamur yang berperan sebagai decomposer adalah Higroporus dan Lycoperdon
perlatum.
2. Mikroba sebagai agen pembersih (biocliner)
Bukan hanya serangan mikroorganisme patogen yang mengancam kesehatan manusia.
Keberadaan limbah dengan pengelolaan buruk juga dapat mencemari air, terakumulasi dalam
jaring-jaring makanan dan mengganggu keseimbangan ekosistem. Total biaya yang
dikeluarkan untuk meremediasi polutan tersebut dapat mencapai $ 1 Triliun pertahun.
Ilmuwan Mikrobiologi Lingkungan kemudian menyadari bahwa ada mikroorganisme yang
mampu hidup pada lingkungan tercemar sekaligus memanen energi dari kontaminan yang
membahayakan lingkungan tersebut. Pemanenan energi tersebut juga diikuti oleh
tereliminasinya zat-zat berbahaya dari lingkungan. Pemanfaatan mikroorganisme yang
mampu hidup pada lingkungan tercemar sekaligus meremediasi polutan pada area tersebut
ternyata memiliki efisiensi yang tinggi secara ekonomis lebih murah dibandingkan remediasi
fisika dan kimiawi tradisional.
Dalam air baik yang kita anggap jernih sampai terhadap air yang keadaannya sudah
kotor atau tercemar, di dalamnya akan terkandung sejumlah kehidupan, yaitu misalnya yang
berasal dari sumur biasa, sumur pompa, sumber mata air dan sebagainya, di dalamnya terdiri
dari bakteri, yaitu :
– Kelompok bakteri besi (misalnya Crenothrix dan Sphaerotilus) yang mampu mengoksidasi
senyawa ferro menjadi ferri. Akibat kehadirannya, air sering berubah warna kalau disimpan
lama yaitu warna kehitam-hitaman, kecoklat-coklatan, dan sebagainya.
– Kelompok bakteri belerang (antara lain Chromatium dan Thiobacillus) yang mampu
mereduksi senyawa sulfat menjadi H2S. Akibatnya kalau air disimpan lama akan tercium bau
busuk seperti bau telur busuk.
– Kelompok mikroalge (misalnya yang termasuk mikroalga hijau, biru dan kersik), sehingga
kalau air disimpan lama di dalamnya akan nampak jasad-jasad yang berwarna hijau, biru atau
pun kekuning-kuningan, tergantung kepada dominasi jasad-jasad tersebut serta lingkungan
yang mempengaruhinya.
Kehadiran kelompok bakteri dan mikroalga tersebut di dalam air, dapat menyebabkan
terjadinya penurunan turbiditas dan hambatan aliran, karena kelompok bakteri besi dan
bele-rang dapat membentuk serat atau lendir. Akibat lainnya adalah terjadinya proses korosi
(pengkaratan) terhadap benda-benda logam yang berada di dalamnya, men-jadi bau, berubah
warna, dan sebagainya. Mikroba yang terdapat dalam air limbah kebanyakan berasal dari
tanah dan saluran pencernaan. Bakteri colon (coliforms) terutama Escherichia coli sering
digunakan sebagai indeks pencemaran air. Bakteri tersebut berasal dari saluran pencernaan
manusia dan hewan yang dapat hidup lama dalam air, sehingga air yang banyak mengandung
bakteri tersebut dianggap tercemar. Untuk mengurangi mikroba pencemar dapat digunakan
saringan pasir atau trickling filter yang segera membentuk lendir di permukaan bahan
penyaring, sehingga dapat menyaring bakteri maupun bahan lain untuk penguraian.
Penggunaan lumpur aktif juga dapat mempercepat perombakan bahan organik yang
tersuspensi dalam air.
Secara kimia digunakan indeks BOD (biological oxygen demand) dan COD (chemical
oxygen demand). Prinsip perombakan bahan dalam limbah adalah oksidasi, baik oksidasi
biologis maupun oksidasi kimia. Semakin tinggi bahan organik dalam air menyebabkan
kandungan oksigen terlarut semakin kecil, karena oksigen digunakan oleh mikroba untuk
mengoksidasi bahan organik. Adanya bahan organik tinggi dalam air menyebabkan kebutuhan
mikroba akan oksigen meningkat, yang diukur dari nilai BOD yang meningkat. Untuk
mempercepat perombakan umumnya diberi aerasi untuk meningkatkan oksigen terlarut,
misalnya dengan aerator yang disertai pengadukan. Setelah terjadi perombakan bahan organik
maka nilai BOD menurun sampai nilai tertentu yang menandakan bahwa air sudah bersih.
Dalam suasana aerob bahan-bahan dapat dirubah menjadi sulfat, fosfat, ammonium, nitrat,
dan gas CO2 yang menguap. Untuk menghilangkan sulfat, ammonium dan nitrat dari air
dapat menggunakan berbagai cara. Dengan diberikan suasana yang anaerob maka sulfat
direduksi menjadi gas H2S, ammonium dan nitrat dirubah menjadi gas N2O atau N2.
Miroorganisme dapat digunakan sebagai organisme pembersihan (biocliner) jenis-
jenis polutan (limbah) yang dapat menghasilkan bahan yang lebih bernilai ekonomis seperti:
a. Produksi biogas
Limbah-limbah dari rumah tangga, pertanian, dan industri yang diurai oleh bakteri
kelompok metanogen dapat menghasilkan biogas yang sebagian besar merupakan metana.
Biogas metana dapat terjadi dari penguraian limbah organik yang mengandung protein dan
karbohidrat. Secara lebih ringkas, dapat dinyatakan bahwa bakteri yang berperan dalam
perombakan bahan organik dalam produksi biogas ada dua macam yaitu: bakteri pembentuk
asam dan merombak bahan organik dan menghasilkan asam lemak. Proses ini dilakukan oleh
bakteri-bakteri Pseudomonas, Flavobacterium, Alkaligenes, Escherichia, Aerobacter.
Selanjutnya asam lemak ini akan dirombak oleh bakteri metan, dan menghasilkan gas bio
(sebagaian besar menghasilkan metan) bakteri-bakteri tersebut adalah Methanobacterium,
Methanosarcina, dan Methanococcus. Di samping itu juga ada kelompok bakteri lain yang
memanfaatkan unsur-unsur sulfur (S) dan membentuk H2S yaitu bakteri Desulvovibrio.
b. Untuk Mengatasi Limbah Minyak Bumi.
Minyak bumi tersusun dari berbagai macam molekul hidrokarbon alifatik, alisiklik,
dan aromatik. Mikroba berperanan penting dalam menguraikan minyak bumi ini. Ketahanan
minyak bumi terhadap peruraian oleh mikroba tergantung pada struktur dan berat molekulnya.
Fraksi alkana rantai C pendek, dengan atom C kurang dari 9 bersifat meracun terhadap
mikroba dan mudah menguap menjadi gas. Fraksi n-alkana rantai C sedang dengan atom C
10-24 paling cepat terurai. Semakin panjang rantaian karbon alkana menyebabkan makin sulit
terurai. Adanya rantaian C bercabang pada alkana akan mengurangi kecepatan peruraian,
karena atom C tersier atau kuarter mengganggu mekanisme biodegradasi.
Apabila dibandingkan maka senyawa aromatik akan lebih lambat terurai dari pada
alkana linier. Sedang senyawa alisiklik sering tidak dapat digunakan sebagai sumber C untuk
mikroba, kecuali mempunyai rantai samping alifatik yang cukup panjang. Senyawa ini dapat
terurai karena kometabolisme beberapa strain mikroba dengan metabolisme saling
melengkapi. Jadi walaupun senyawa hidrokarbon dapat diuraikan oleh mikroba, tetapi belum
ditemukan mikroba yang berkemampuan enzimatik lengkap untuk penguraian hidrokarbon
secara sempurna.
Bakteri telah dimanfaatkan untuk mengatasi limbah minyak bumi di daerah kilang
minyak (terutama kilang minyak lepas pantai) atau pada kecelakaan kapal pengangkut minyak
bumi. Golongan Pseudomonas, seperti Pseudomonas putida mampu mengkonsumsi
hidrokarbon yang merupakan bagian utama penguraian hidrokarbon terdapat pada plasmid.
Bakteri yang mengandung plasmid rekombinan kultur dalam jerami dan dikeringkan. Jerami
berrongga yang telah berisi kultur bakteri kering dapat disimpan dan dikeringkan dapat
disimpan dan digunakan jika diperlukan. Pada jerami akan menyerap minyak dan bakteri akan
menguraikan tumpahan minyak itu menjadi senyawa yang tidak berbahya dan tidak
menimbulkan polusi.
c. Untuk Mengatasi Limbah Logam Berat.
Limbah pabrik yang banyak mengandung logam berat dapat dibersihkan oleh
mikroorganisme yang dapat menggunakan logam berat sebagai nutrient atau hanya menyerap
(imobilisasi) logam berat. Mikroorganisme yang dapat digunakan diantaranya adalah
Thiobacilus ferrooxidas dan Bacilus subtilis. Thiobacilus ferrooxidas mendapatkan energi
dari senyawa organik seperti bahan yang berguna asam fumarat dan besi sulfat. Bacillus
subtilis memiliki kemampuan mengikat logam berat seperti Pb, Cd, Cu, Ni, Zn, Al, dan Fe
dalam bentuk nitrat. Limbah penambangan emas dan tembaga (tailing) yang banyak
mengandung logam berat terutama air raksa (Hg), industri logam dan penyamakan kulit
banyak menghasilkan limbah logam berat terutama cadmium (Cd), serta penggunaan pupuk
(misalnya pupuk fosfat) yang mengandung logam berat seperti Hg, Pb, dan Cd, sekarang
banyak menimbulkan masalah pencemaran logam berat. Logam berat dalam konsentrasi
rendah dapat membahayakan kehidupan karena afinitasnya yang tinggi dengan sistem enzim
dalam sel, sehingga menyebabkan inaktivasi enzim dan berbagai gangguan fisiologi sel.
Bakteria dapat menghasilkan senyawa pengkhelat logam yang berupa ligan berberat
molekul rendah yang disebut siderofor. Siderofor dapat membentuk kompleks dengan logam-
logam termasuk logam berat. Umumnya pengkhelatan logam berat oleh bakteri adalah
sebagai mekanisme bakteri untuk mempertahankan diri terhadap toksisitas logam. Bakteri
yang tahan terhadap toksisitas logam berat mengalami perubahan sistem transport di membran
selnya, sehingga terjadi penolakan atau pengurangan logam yang masuk ke dalam sitoplasma.
Dengan demikian logam yang tidak dapat melewati membran sel akan terakumulasi dan
diendapkan atau diserap di permukaan sel.
Untuk mengambil logam berat yang sudah terakumulasi oleh bakteri, dapat dilakukan
beberapa cara. Logam dari limbah cair dapat dipisahkan dengan memanen mikroba. Logam
yang berada dalam tanah lebih sulit untuk dipisahkan, tetapi ada cara pengambilan logam
menggunakan tanaman pengakumulasi logam berat. Tanaman yang termasuk sawi-sawian
(misal Brassica juncea) dapat digunakan bersama-sama dengan rhizobacteria pengakumulasi
logam (misalnya: Pseudomonas fluorescens) untuk mengambil logam berat yang mencemari
tanah. Selanjutnya logam yang telah terserap tanaman dapat dipanen dan dibakar untuk
memisahkan logam beratnya.
d. Untuk mengatasi sampah plastik
Plastik banyak kegunaannya tetapi polimer sintetik plastik sangat sulit dirombak
secara alamiah. Hal ini mengakibatkan limbah yang plastik semakin menumpuk dan dapat
mencemari lingkungan. Akhir-akhir ini sudah mulai diproduksi plastik yang mudah terurai.
Plastik terdiri atas berbagai senyawa yang terdiri polietilen, polistiren, dan polivinil klorida.
Bahan-bahan tersebut bersifat inert dan rekalsitran. Senyawa lain penyusun plastik yang
disebut plasticizers terdiri: (a) ester asam lemak (oleat, risinoleat, adipat, azelat, dan sebakat
serta turunan minyak tumbuhan, (b) ester asam phthalat, maleat, dan fosforat. Bahan
tambahan untuk pembuatan plastik seperti Phthalic Acid Esters (PAEs) dan Polychlorinated
Biphenyls (PCBs) sudah diketahui sebagai karsinogen yang berbahaya bagi lingkungan
walaupun dalam konsentrasi rendah.
Dari alam telah ditemukan mikroba yang dapat merombak plastik, yaitu terdiri bakteri,
aktinomycetes, jamur dan khamir yang umumnya dapat menggunakan plasticizers sebagai
sumber C, tetapi hanya sedikit mikroba yang telah ditemukan mampu merombak polimer
plastiknya yaitu jamur Aspergillus fischeri dan Paecilomyces sp. Sedangkan mikroba yang
mampu merombak dan menggunakan sumber C dari plsticizers yaitu jamur Aspergillus niger,
A. Versicolor, Cladosporium sp.,Fusarium sp., Penicillium sp.,Trichoderma sp., Verticillium
sp., dan khamir Zygosaccharomyces drosophilae, Saccharomyces cerevisiae, serta bakteri
Pseudomonas aeruginosa, Brevibacterium sp. dan Aktinomisetes Streptomyces rubrireticuli.
Untuk dapat merombak plastik, mikroba harus dapat mengkontaminasi lapisan plastik
melalui muatan elektrostatik dan mikroba harus mampu menggunakan komponen di dalam
atau pada lapisan plastik sebagai nutrien. Plasticizers yang membuat plastik bersifat fleksibel
seperti adipat, oleat, risinoleat, sebakat, dan turunan asam lemak lain cenderung mudah
digunakan, tetapi turunan asam phthalat dan fosforat sulit digunakan untuk nutrisi. Hilangnya
plasticizers menyebabkan lapisan plastik menjadi rapuh, daya rentang meningkat dan daya
ulur berkurang.
e. Mikroba perombak deterjen
Alkil Benzil Sulfonat (ABS) adalah komponen detergen, yang merupakan zat aktif
yang dapat menurunkan tegangan muka sehingga dapat digunakan sebagai pembersih. ABS
mempunyai Na-sulfonat polar dan ujung alkil non-polar. Pada proses pencucian, ujung polar
ini menghadap ke kotoran (lemak) dan ujung polarnya menghadap keluar (ke-air). Bagian
alkil dari ABS ada yang linier dan non-linier (bercabang). Bagian yang bercabang ABS-nya
lebih kuat dan berbusa, tetapi lebih sukar terurai sehingga menyebabkan badan air berbuih.
Sulitnya peruraian ini disebabkan karena atom C tersier memblokir beta-oksidasi pada alkil.
Hal ini dapat dihindari apabila ABS mempunyai alkil yang linier.
3. Mikroba sebagai agen biopestisida
Pestisida mikroba termasuk biopestisida yang telah banyak digunakan untuk
menggantikan pestisida kimia sintetik yang banyak mencemari lingkungan. Penggunaan
pestisida mikroba merupakan bagian dari pengendalian hama secara hayati menggunakan
parasit, hiperparasit, dan predator. Salah satu keuntungan pestisida yang dikembangkan dari
mikroba adalah (a) dapat berkembang biak secara cepat dalam jasad inangnya (hospes), (b)
dapat bertahan hidup di luar hospes, (c) sangat mudah tersebar di alam. Namun mempunyai
kelemahan tidak secara aktif mencari hospes atau hama sasarannya.
Mikroba yang telah dikembangkan untuk biopestisida adalah berbagai macam mikroba
sebagai berikut:
1. Virus pembasmi penyakit hama, seperti NPV (nuclear polyhidrosis virus), CPV
(Cytoplasmic polyhidrosis virus), dan GV (Granulosis virus) untuk mengendalikan
Lepidoptera. Baculovirus untuk mengendalikan Lepidoptera, Hymenoptera, dan diptera.
2. Bakteri yang dapat mengendalikan serangga hama, yang terkenal adalah Bacillus
thuringiensis (Bt). Bakteri ini dapat digunakan untuk mengendalikan Lepidoptera,
Hymenoptera, diptera, dan coleoptera. Bakteri ini dapat menghasilkan kristal protein toksin
yang dapat mematikan serangga hama. Selain itu ada bakteri lain seperti Pseudomonas
aeruginosa dan Proteus vulgaris untuk mengendalikan belalang, Pseudomonas septica dan
Bacillus larvae untuk hama kumbang, Bacillus sphaericus untuk mengendalikan nyamuk, dan
B. Moritai untuk mengendalikan lalat.
3. Jamur yang termasuk entomophagus dapat digunakan untuk mengendalikan hama. Sebagai
contoh: Metarhizium anisopliae dapat digunakan untuk mengendalikan kumbang Rhinoceros
dan belalang cokelat. Beauveria bassiana untuk mengendalikan kumbang kentang, Nomurea
rilevi untuk mengendalikan lepidoptera, Paecylomyces lilacinus dan Gliocladium roseum
dapat digunakan untuk mengendalikan nematoda.

Test Formatif
Bentuk: Essay
1. Jelaskan sejarah mikrobiologi lingkungan
2. Jelaskan mengapa pemahaman akan prinsip ekologi sangat penting dalam memahami
hubungan antara mikroorganisme dan lingkungannya.
3. Mengapa jumlah konsumen puncak hanya menikmat sepersekian persen dari energi yang
dihasilkan produsen
4. Jelaskan peran mikroba di dalam rantai makanan dalam satu ekosistem
5. Sebutkan dan jelaskan peranan mikroba dalam mengatasi masalah pencemaran
lingkungan, baik di lingkungan tanah maupun perairan.
Daftar Pustaka

Edmonds, P. 1978. Microbiology. An Environmental Perspective. Macmillan. New York.

Grant, W.D., P.E Long. 1981. Environmental Microbiology. Blackie. Glasgow and London.
Ian L. Pepper, Charles P. Gerba, Terry J. Gentry. 2014. Environmental Microbiology.
Penerbit Academic Press.

Mitchell, R. 1974. Intorduction to Enviromental Microbiology. Prentice-Hall International,

Inc. Englewood Cliffs, New Jersey.

Muslimin, Lucia. R. Winata. 2013. Mikrobiologi Lingkungan. Penerbit Universitas Indonesia

(UI-PRESS). Jakarta.

Soemarwoto, O. 1994. Ekologi, Lingkungan Hidup dan Pembangunan. Penerbit Djambatan.

Jakarta.

Sri Pujianto, 2011. Buku Biologi Menjelajah Dunia Biologi I. Tiga Serangkai Pustaka
Mandiri. Solo.