Pada abad ke 16 Portugis masuk ke Indonesia, diikuti oleh bangsa Spanyol yang bertujuan
dagang rempah-rempah. Banyak dari para pedagang dan misionaris Portugis yang ingin
menyebarkan agama Katolik. Farnsiskus Xaverius, pendiri ordo yesuit mulai di Maluku pada
tahun 1534. Tak lama setelah itu Portugis dan Spanyol memperluas pengaruh agama Katolik
di Manado dan Minahasa. Tetapi ketika Portugis kalah dari Belanda tahun 1605. Belanda
mengusir para penyebar agam Katolik dan memperkenalkan agama Kristen Protestan.
Belanda membentuk perkumpulan Protestan di berbagai wilayah seperti di Tanah Toraja,
Sulawesi tengah dan Sulawesi Utara. Saat ini mayoritas penduduk asli Sulawesi Utara
menjalankan agama Kristen Protestan. Itulah mengapa di Indonesia agama Kristen
berkembang sangat pesat