Dengan berakhirnya kekuasaan Portugis, maka timbullah kekuasaan baru, yakni kekuasaan Belanda. Orang-orang Belanda yang mula-mula datang ke Indonesia adalah para pedagang yang tergabung dalam “Vereenigde Oest Indische Compagnie” atau disingkat VOC, yang beragama Kristen Protestan. Kebijakan pendidikan VOC adalah melanjutkan kebijakan yang telah dimulai oleh orang-orang Portugis, tetapi terutama berdasarkan agama Kristen Protestan. Untuk keperluan inilah didirikan sekolah-sekolah, terutama daerah-daerah yang telah di-Nasranikan oleh bangsa Portugis dan Spanyol, seperti di Ambon, Ternate, dan lain-lain. Dalam abad ke-17 dan 18 pendidikan kejuruan tidak diselenggarakan. Pendidikan kejuruan baru muncul dalam abad ke-19. Pendidikan bagi pribumi yang beragama Islam tidak terbengkalai, karena kelanjutannya sistem-sistem langgar, pesantren dan madrasah berjalan terus. Juga persekolahan/pendidikan bagi pegawai- pegawai VOC dan pribumi beragama/pemeluk agama Kristen telah diatur oleh pemerintahan VOC. Kemunduran perusahaan VOC pada akhir abad 18 menyebabkan VOC tidak sanggup dan tidak dapat berfungsi lagi sebagai pengatur pemerintahan dan masyarakat jajahannya sehingga pemerintahan diserahkan kepada pemerintahan Hindia-Belanda. Belanda datang ke Indonesia pada awal abad ke-17 M. dalam bentuk VOC. Pada pergantian abad 18 M. VOC dibubarkan oleh pemerintah Belanda karena mengalami kebangkrutan. Dengan berpindahnya dominasi politik dan ekonomi ke tangan penjajah yang diikuti kolaborasi kalangan istana dengan pihak penjajah, maka para ulama mengundurkan diri dan menyingkir dari kehidupan istana berpindah ke daerah pedalaman. Lembaga-lembaga pendidikan tumbuh dengan pesat di sana. Hal itu disebabkan tradisi mengembara yang dilakukan oleh santri. Dan setelah selesai studinya, mereka menyelenggarakan pendidikan agama di tempat asal mereka. Namun, ajaran agama masih sangat erat dengan ajaran sufisme yang sudah melembaga dalam bentuk tarekat. Pada abad ke-17 telah muncul suatu aliran dari Eropa yang kita kenal dengan nama “Aufklarung” dan pada abad ke-18 aliran ini mempengaruhi seluruh Eropa. Dengan adanya “Aufklarung” ini memberikan kecerahan kepada pendidikan Indonesia. “Aufklarung” yang berarti fajar atau terang menghendaki yang pertama adalah “Aufklarung” menghendaki agar manusia dibebaskan dari absolutisme Negara dan mengharapkan agar kebebasan, terutama kebebasan ekonomi, dapat menghasilkan kebahagiaan yang sebesar-besarnya bagi seluruh ummat manusia (Liberalisme). Yang kedua adalah Pendidikan hendaknya dapat membebaskan manusia, pengajaran harus lepas dari gereja. Hendaklah negaralah yang harus menyelenggarakannya. Yang ketiga adalah mengemukakan juga pentingnya penerangan (pengajaran) bagi rakyat umum. Dengan adanya “Aufklarung” tersebut, pendidikan di Indonesia semakin maju, terutama pada masa pemerintahan Deandels. Dalam hal ini pendidikan yang lebih berkembang adalah pendidikan umum khususnya bidang kesehatan, pendidikan Islam kurang berkembang meskipun tetap berjalan
B. Perkembangan Pendidikan Islam Pada Masa Belanda
Pada pertengahan abad 19 M. perkembangan lembaga pendidikan mencapai tingkat tinggi. Hal ini karena meningkatnya jumlah jama’ah haji ke Makkah yang mengakibatkan banyak orang yang ahli dalam bidang agama yang membuka lembaga pendidikan. Bahkan tahun 1882 M. menurut catatan terdapat 300 pesantren di Jawa dan Madura. Hal itu ditambah lagi banyaknya orang-orang Hadhramaut yang bermigrasi dan mencari penghidupan yang layak di Indonesia yang juga membuka wawasan baru. Wawasan baru tersebut mengakibatkan sistem madrasah yang berkembang di Timur Tengah berkembang pula di Indonesia, baik isi dan materinya sama. Pada akhir abad 19 M. Belanda mendirikan sekolah-sekolah untuk tenaga kerja untuk kepentingan perusahaan Belanda. Pada awal abad 20 M. Belanda mulai memberikan pendidikan kepada masyarakat yang menggunakan sistem pendidikan Liberal. Namun, hanya diperuntukkan bagi bangsawan dan pegawai pemerintah. Sehingga lembaga pendidikan agama tetap menjadi lembaga pendidikan yang bisa ditempati masyarakat pribumi.. C. Pendidikan Islam di Sumatera 1. Pendidikan Islam di Aceh Materi pendidikan Islam di Aceh pada masa penjajahan Belanda adalah sebagai berikut: a. Belajar huruf Hijaiyah (alfabeth Arab) b. Juz ‘Amma (disebut Al-Qur’an kecil). c. Mengaji Al-Qur’an (disebut Al-Qur’an besar). Setelah materi di atas dilanjutkan dengan kitab-kitab berbahasa Melayu, seperti: Bidayah, Masail Al Muhadi, Fur’ Masail, dan lain-lain. Setelah selesai masa pembacaan kitab-kitab Melayu dilanjutkan mempelajari kitab-kitab berbahasa Arab, seperti: Dammun, Al-‘Awamil, Al Jurumiyah, Tafsir Jalalain. Setelah perang Aceh melawan Belanda berakhir, pendidikan Islam di Aceh mulai berkembang, ditandai dengan berdirinya berbagai pondok pesantren. Di pondok pesantren banyak dipelajari kitab-kitab seperti: Fathul Qarib, Fathul Mu’in, dan lainnya. Berikutnya mulai lahir madrasah, salah satunya madrasah Sa’adah Abadiyah di Blang Paseh Sigli yang didirikan pada tahun 1930 oleh Tgk. Daud Berueh. Madrasah itu memiliki tujuh kelas dengan lama masa belajar empat tahun. Materi yang diajarkan: bahasa Arab dan ilmu-ilmu agama serta sedikit Ilmu Bumi Mesir dan Tarikh Islam. Lembaga-lembaga pendidikan seperti pesantren sebagai basis perlawanan penjajahan Belanda.
2. Pendidikan Islam di Minangkabau
Pendidikan Islam di Minangkabau mengalami perkembangan yang pesat karena banyaknya buku-buku pelajaran agama Islam yang masuk ke sana. Adapun susunan materi pendidikan Islam di Minangkabau antara lain: a. Belajar huruf Hijaiyah seperti halnya di Aceh. b. Pengajian kitab yang terbagi atas tiga tingkatan, Sistem pendidikan yang digunakan masih seperti masa-masa awal, yaitu halaqah dan sistem majelis taklim. Di Minangkabau yang menjadi pusat pendidikan awal permulaan Islam adalah Surau. Pada masa penjajahan Belanda mulai dibuat ruang-ruang berbentuk kelas, dinamakan madrasah. 3. Pendidikan Islam di Jambi Pesantren Nurul Iman didirikan pada tahun1914 oleh H. Abdul Samad seorang ulama besar di jambi. Pesantren ini juga berawal dari system halaqah kemudian menggunakan kelas-kelas seperti madrasah modern. Pelajarannya juga begitu, dari sekedar ilmu-ilmu agama kemudian memasukkan ilmu umum yang dibimbing dua guru khusus.
D. Pendidikan Islam di Pulau Jawa
1. Pendidikan Islam di Jawa Timur Pendidikan Islam yang cukup terkenal di Jawa Timur pada masa penjajahan Belanda adalah Tebuireng, yaitu pesantren yang didirikan oleh KH. Hasyim Asy’ari pada tahun 1904 M. Pada mulanya hanya diajarkan agama dan bahasa Arab, kemudian setelah berdiri madrasah salafiyah memasukkan ilmu-ilmu umum, seperti ilmu bintang, ilmu bumi dan lain-lain. Pondok Pesantren Tebuireng terdiri atas empat bagian, yaitu: Madrasah Ibtidaiyah (lamanya 6 tahun), Madrasah Tsanawiyah (3 tahun), Mualimin (5 tahun), Pesantren dengan sistem halaqah. Pendidikan Islam di Jawa Timur pada masa penjajahan Belanada tidak terlepas dari pengaruh organisasi Nahdhatul Ulama yang didirikan pada tanggal 16 Rajab 1344 H (3 Januari 1926) di Surabaya.
2. Pendidikan Islam di Jawa Tengah
Lembaga Pendidikan Islam di Jawa Tengah yang paling berpengaruh berpusat di sekitar Kudus. Ratusan pondok pesantren dan madrasah tersebar di seluruh pelosok Kudus, antara lain: Aliyatus-Saniyah Muawanatul Muslimin, Kudsiyah, Tsywiqut Tullab Balai Tengahan School, Mahidud Diniyah Al-Islamiyah Al- Jawiyah, dan lain-lain.
3. Pendidikan Islam di Yogyakarta
Pendidikan Islam di Yogyakarta pada masa penjajahan Belanda banyak didominasi oleh organisasi Muhammadiyah. Diantaranya yang terkenal adalah Kweekschool Muhammadiyah, Mualimat Muhammadiyah, Zuama, Tabligh School, dan H.I.K. Muhammadiyah. Model pendidikannya dengan menggabungkan antara pelajaran umum dengan agama. Selain Muhammadiyah juga ada pondok pesantren Krapyak.
4. Pendidikan Islam di Jawa Barat
Madrasah pertama adalah yang didirikan di Majalengka pada tahun 1917 oleh Perserikatan Umat Islam. Pondok Pesantren yang cukup berpengaruh adalah PP Gunung Puyuh di Sukabumi. Selain itu juga ada pondok pesantren Persatuan Islam (Persis), pondok ini terdiri dari dua bagian, yaitu Pesantren Besar (untuk para santri yang telah cukup umur untuk mendapatkan pendidikan agama) dan Pesantren Kecil (untuk anak-anak kecil yang pelaksanaannya di sore hari).
5. Pendidikan Islam di Batavia
Madrasah tertua di Batavia adalah Jamiat Kheir yang didirikan tahun 1905. Tingkatan sekolahnya antara lain: tingkat Tahdiriyah (1 tahun), tingkat Ibtidaiyah (6 tahun), tingkat Tsanawiyah (3 tahun), Bagi lulusan terbaik Tsanawiyah bisa melanjutkan ke Mesir atau Mekkah. Madrasah lain yang juga punya andil besar bagi pendidikan Islam adalah madrasah Al-Irsyad yang didirikan pada tahun 1913.
E. Pendidikan Islam di Sulawesi
Tidak banyak perbedaan tentang pendidikan Islam di Sulawesi dengan di Jawa dan Sumatera. Hal ini disebabkan karena sumber yang sama, yaitu Mekkah. Kebanyakan madrasah di Sulawesi pada mulanya dipimpin oleh guru-gur agama dari Minangkabau dan Yogyakarta. Madrasah yang cukup terkenal di Sulawesi Selatan adalah madrasah Amiriyah Islamiyah di Bone. Mata pelajaran yang diberikan di madrasah ini meliputi pelajaran agama dan pelajaran umum. Madrasah Amiriyah Islamiyah terdiri atas tiga bagian, yaitu: a. Ibtidaiyah, lama belajarnya tiga tahun, diajrakan ilmu agama 50%; b. Tsanawiyah, lama belajarnya tiga tahun, diajarkan ilmu agama 60%; c. Muallimin, lama belajarnya dua tahun, diajarkan ilmu agama 80%. Tokoh yang cukup berpengaruh dalam mengembangkan pendidikan Islam di Sulawesi, antara lainadalah Syekh H. M. As’ad bin H. A. Rasyad Bugis. Madrasah yang didirikannya bernama Wajo Tarbiyah Islamiyah yang dikemudian hari berubah menjadi Madrasah As’adiyah. F. Pendidikan Islam di Kalimantan Madrasah yang tertua yang memiliki andil besar dalam perjalanan sejarah pendidikan Islam di Kalimantan pada masa penjajahan Belanda adalah madrasah Najah Wal Falah di Sei Bakau Besar Mempawah. Didirikan pada tahun 1918 M., setelah itu berdiri madrasah Perguruan Islam Assulthaniyah di Sambas pada tahun 1922 M. Di Kalimantan pada masa penjajahan Belanda tidak banyak madrasah dan pesantren yang berdiri, namun andil dan maknanya cukup berarti dalam proses pertumbuhan dan perkembangan pendidikan Islam di tanah air Indonesia ini di bagian timur.