Virologi Dasar

Pada akhir perkuliahan ini diharapkan, Anda diharapkan mampu:

1. Menjelaskan dasar Klasifikasi virus

2. Menjelaskan tentang Morfologi virus

3, Menjelaskan tentang Genetika dan Cara Replikasi virus

4. Menjelaskan tentang Sifat dan Fisiologi virus

5. Diagnosis dan Kontrol/Pengendalian virus

 . Sifat umum virus dibandingkan dengan mikroorganisme lain.

Jenis mikroorganisme dan karakteristiknya

Sifat yang diamati
Bakteri Mikoplasma Riketsia Klamidia Virus
Tumbuh pada media buatan + + - - -
Intraseluler obligat - - + + +
Belah pasang + + + + -
Genom t.d.a. DNA dan RNA + + + + -
Ribosom + + + + -
Sensitif thd. Antibiotik + + + + -
Sensitif thd. Interferon - - - - +
KLASIFIKASI VIRUS
Klasifikasi Virus Penting di Klinik
Klasifikasi Virus Penting di Klinik
Klasifikasi Virus Penting di Klinik
 MORFOLOGI/ STRUKTUR UMUM

Ukuran :

Batasan paling mudah dari virus adalah partikel infektif

yang dapat melewati saringan kuman.

Ukuran terkecil mempunyai volume 2 x 104 nm dan terbesar 6 x 105 nm,

dengan garis tengah 0,02 – 0,3 μm (200 - 300 nm).

Tidak terlihat dengan mikroskop biasa,

kecuali pox virus yang terlihat sebagai titik.-
 VIRION

•Virion merupakan partikel infektif lengkap virus,

yang dalam bentuk sederhana identik dengan nukleokapsid
(hanya asam nukleat yang dibungkus kapsid),
misalnya adenovirus, papovavirus, picorna virus.

• Fungsi utama virion adalah untuk membawa genomnya

(baik RNA atau DNA) ke dalam sel host,
sehingga genom dapat diekspresikan oleh sel host.
 GENOM

Genom virus terdiri hanya atas satu jenis asam nukleat,

DNA saja atau RNA saja.

Susunan asam nukleat tersebut dapat berupa untai tunggal

(single stranded=ss) atau untai ganda (double stranded=ds).

Untuk tipe ss, dapat berupa positif sense (+),

yang dapat bertindak langsung sebagai mRNA, atau sense negatif (-).
 KAPSID

•Kapsid merupakan kulit protein (polipeptida) yang simetris,

tersusun atas anyaman kapsomer-kapsomer.

• Protein struktural ini merupakan produk asli dari virus,

atau dikode oleh gen virus.

• Kapsid berguna untuk melekatkan diri

dan melindungi genom virus dari enzim nuclease.

•Asam nukleat yang dibungkus oleh kapsid disebut nukleokapsid.

•Nukleokapsid ini merupakan bentuk virion (bentuk utuh) dari virus telanjang.
 Kapsid dapat terdiri dari satu atau dua lapis,
dengan bahan penyusun protein tunggal
atau beberapa protein spesifik virus yang kemudian dibentuk multikopi
untuk menyusun bentuk 3 dimensi dari kapsomer.

Cara kapsomer merakit diri dalam membentuk kapsid

mengikuti simetri tertentu :

•Heliks

•Kuboid,
kebanyakan bentuk kuboid ini
membentuk 20 permukaan segitiga samakaki,
yang disebut ikosahedral.
Ini merupakan struktur yang terbanyak dari virus.

•Kompleks,
simetrinya tidak bisa ditentukan, misalnya Poxvirus.
Bentuk heliks . Bentuk ikosahedral
 SIFAT DAN FISIOLOGI VIRUS

REAKSI FISIKO-KIMIA :

•Panas dan Dingin.

Umumnya rusak pada pemanasan 50-60oC selama 30 menit.
Dapat diawetkan pada kondisi mendekati titik beku,
dan beberapa tahan terhadap liofilisasi
(pembekuan yang diikuti dengan pengeringan vakum).
Penambahan DMSO (dimetil sulfoxida)
meningkatkan kestabilan virus pada penyimpanan.

•Garam.
Stabilitas beberapa virus meningkat dengan adanya garam
dengan konsentrasi molar tertentu
(misalnya MgCl2 untuk picorna virus dan reo virus,
MgSO4 untuk orthomyxo dan paramyxo virus, Na2SO4 untuk herpes virus.)

• Eter.
Dapat membedakan virus yang memiliki selubung kaya lipid dan yang tidak
.
 SIFAT DAN FISIOLOGI VIRUS (lanj.)
REAKSI FISIKO-KIMIA

•Zat Warna.
Beberapa zat warna misalnya toluidin blue, netral red dan proflavin
dapat mengikatkan diri pada asam nukleat virus, sehingga menjadi tidak stabil.

•Penyinaran.
Virus cukup peka terhadap sinar-sinar berenergi tinggi, misalnya uv, sinar-x
.
•pH.
Umumnya virus stabil pada pH 5,0 - 9,0.
Hal ini penting dalam menciptakan kondisi pada reaksi-reaksi dengan virus.

Antibiotik.
Umumnya virus resisten terhadap antibiotik,
kecuali rifampisin yang dapat menghambat replikasi poxvirus.

Antiseptik.
Umumnya antiseptik dan alkohol tidak efektif melawan virus,
kecuali formalin untuk beberapa virus poliomielitis dan coxsacksie.
 REPLIKASI VIRUS

Dalam replikasi virus dibedakan terutama didasarkan atas

susunan asam nukeatnya.

RNA Virus
Merupakan 70% dari semua bentuk virus.
Karena rasio kesalahan enzm yang terlibat dalam repliksi RNA,
umumnya virus ini menunjukkan rasio mutasi yang lebih besar
dibandingkan virus DNA.
Rasio mutasi sekitar 10-4 menyebabkan banyaknya varian virus
yang sering kali mempunyai kemampuan yang lebih besar
untuk beradaptasi dengan host yang baru.

Virus RNA dapat berupa single-stranded (ss) atau double-stranded (ds),

dan genom dapat merupakan segmen tunggal RNA
atau sebagai segmen-segmen yang terpisah.
 DNA Virus

Umumnya virus DNA mengandung genome tunggal bentuk linier dsDNA.

Papovaviruses, termasuk polyoma- dan papillomaviruses,
mempunyai genom DNA sirkuler.

DNA untai ganda bertindak sebagai template,

baik untuk transkripsi mRNA maupun untuk self-transcription.

Single-stranded linier DNA didapatkan pada anggota famili Parvovirus,

termasuk parvo-, erythro- dan dependoviruses.

Adeno-associated virus (AAV, dependovirus) tidak mampu

menghasilkan progeny virions
kecuali adanya helper viruses (adenovirus atau herpesvirus)
sehingga disebut sebagai virus dengan defektif replikasi.
PROSES INFEKSI dan SIKLUS REPLIKASI VIRUS
 PATOGENESIS PENYAKIT VIRUS

Cara infeksi :

•Kontak langsung orang ke orang melalui luka halus kulit,

• Saluran pernafasan/udara (droplet),

• Hubungan sexual contoh : influenza, cacar, campak, AIDS.

•Saluran pencernaan (makanan, minuman),

contoh : enterovirus, hepatitis A.

•Tindakan medis/nonmedis, misalnya suntikan, transfusi,

contoh : hepatitis B, AIDS.

•Gigitan binatang, contoh : rabies.

•Vektor artropoda, contoh : demam berdarah oleh arbovirus.

 DIAGNOSIS

PENYIAPAN MATERIAL PEMERIKSAAN :

Virus paling mudah diisolasi pada hari-hari pertama sakit.

Jenis sampel yang dapat dipakai tergantung jenis virusnya,
tetapi secara umum dapat berupa cairan tubuh
(darah, LCS, cairan vesikel, urin, tinja dsb.)
maupun jaringan tubuh.

Bahan pemeriksaan harus dibekukan, sebaiknya dibawah -20oC,

bila tidak segera dikerjakan.
Sampel darah untuk pemeriksaan serologis,
sebelum dibekukan, serumnya harus dipisahkan dulu.
 Virus dapat diawetkan dengan :

•Pembekuan, yaitu dengan CO2 (dry ice),

atau freezer dengan kekuatan sekitar -76oC.

•Liofilisasi, yaitu proses pembekuan cepat pada suhu rendah

(dalam bejana yang mengandung alkohol dan dry ice)
yang dilanjutkan dengan dehidrasi pada kondisi kevakuman tinggi.
 METODE DIAGNOSIS

A. DETEKSI MIKROSKOPIS

1. Electrone Microscope
Dapat memperbesar obyek sampai jutaan kali,
tetapi jumlah virus pada material pemeriksaan minimal 1 juta/ml.
Jenis elektronmikroskop yang digunakan dapat
Scanning EM (untuk mengamati permukaan luar)
atau Transmitted EM (untuk mengamati struktur dalam).

2. Brigth Light Microscope/Mikroskop Medan Terang

Pengamatan yang dapat dilakukan dengan LM
adalah kumpulan materi virus (benda inklusi) atau efek sitopatik
(kerusakan sel) pada sel yang diinfeksi virus.
Preparat dapat dilihat dengan pengecatan sitologik,
misalnya HE, Wright’s, atau Giemsa
 B. KULTUR

Kultur merupakan metode paling sensitif,

dapat mendeteksi 1 – 10 virus pada sampel,
tetapi sulit, mahal, perlu pengamanan khusus, waktunya lama
dan tidak semua virus mudah dikultur.

Sebagai parasit intraseluler obligat,

virus hanya dapat dikultur pada media yang mengandung sel hidup.
Media tersebut dapat berupa: binatang, telur berembrio, atau biakan sel.
 C. DETEKSI IMUNOLOGIS

Dalam pemeriksaan imunologis, prinsipnya digunakan untuk mendeteksi:

Antigen virus yang ada pada material pemeriksaan

Respon imun penderita terhadap adaanya infeksi virus.

Metode imunologis merupakan cara yang praktis

(mudah dilakukan), relatif murah,
dan hasilnya cepat diketahui dalam menit atau jam.

Kekurangan dari metode imunologis adalah

karena respon imun baru muncul
setelah beberapa waktu infeksi terjadi,
sehingga diagnosa sering kali terlambat.
 Untuk pemeriksaan respon imun (antibodi) perlu diperhatikan :

Untuk deteksi antibodi pemeriksaan dapat

tunggal (sekali pemeriksaan) atau ganda.

Pemeriksaan tunggal bermakna pada infeksi kronis,

tetapi pada penyakit akut harus didapatkan konsentrasi tinggi.

Pada infeksi akut lebih bermakna bila ditemukan kenaikan titer 4 kali
pada pemeriksaan kedua yang dilakukan setelah 7 – 14 hari.
Jenis kelas antibodi pada infeksi akut terutama adalah IgM,
yang muncul lebih cepat, tetapi cepat menghilang juga.
IgG muncul llebih lambat,
tetapi hilangnya juga lama dan juga dapat muncul sebagai akibat imunisasi
 Metode yang digunakan antara lain

Tes Netralisasi, Tes Ikatan Komplemen (CFT),

Tes Aglutinasi, Tes Hemaglutinasi (HA)
dan Hambatan Aglutinasi (HAI), Fluorescence Antib ody Test (FAT),
RIA dan ELISA, Tes Presipitasi, dan Western blot atau imunobloting
 D. DETEKSI ASAM NUKLEAT

Deteksi genom mempunyai beberapa keuntungan,

terutama adalah karena stabilnya asam nukleat
baik oleh pengaruh fisik maupun kimia,
sehingga penanganan sampel sangat mudah,
tanpa takut terjadi kersakan sampel pemeriksaan.

1. PAGE (polyacrylamide Gel Electrophoresis).

2. Hibridisasi genom: probe(pelacak)

3. Amplifikasi genom: PCR, untuk memperbanyak DNA sample.

KONTROL VIRUS