Abdurrahman Wahid terpilih menjadi presiden ke 4 pada tanggal 20 oktober 1999. Di dukung
oleh partai partai islam yang tergabung dalam poros tengah, mengalahkan Megwati yang ikut menjadi
wakil presiden.
MPR melakukan amandemen terhadap UUD 1945 pada tanggal 18 agustus 2000 yang berkaitan
dengan susunan pemerintah NKRI yang terdiri atas pemerintahan pusat, provinsi, kabupaten
dan kota, amandemen ini mengubah pelaksanaan proses pemilihan umum berikutnya yakni
pemilik suara dapat langsung memilih langsung wakil mereka di tiap tingkat dewan perwakilan
tersebut.
Pemisahan TNI dan POLRI agar TNI dapat fokus dalam menjaga kedaulatan NKRI dari anacaman
kedaulatan asing dan POLRI lebih berkonsentrasi menjaga keamana dan ketertiban
Menyelesaikan kasus KKN, kasus ini dibuka kembali pada tanggal 6 Desember 1999 dan terfokus
pada apa yang telah dilakuakn oleh mantan presiden Soeharto dan kelurganya. Kejaksaan Agung
menetapkan Soerhato menjadi tahanan kota dan dilarang berpergian ke luar negri. Pada tanggal
3 Agustus 2000 Soeharto ditetapkan sebagai terdakwa terkait beberapa yayasan yang
dipimpimnya
Pemulihan hak minoritas keturunan Tionghoa untuk menjalankan keyakinan mereka yang
beragama Konghucu memlui Keputusan Presiden No.6 Tahun 2000 mengenai pemulihan hak
hak sipil penganut agama Konghucu
Dalam kasus komonisme, Abdurrahman melontarkan gagasasan kontrovesial yaitu gagasan
untuk menyabut Tap. MPRS No. XXV Tahun 1996 tetntang larangan terhadap Partai Komunis
Indonesia dan penyebaran Marxisme dan Leninisme, tetapi karena banyak yang menentang
tidak jadi
Reformasi ekonomi
Reformasi sosial
Di Aceh dan Papua, pendekatan Gus Dur berhasil menahan gelombang separatisme tanpa
kekerasan militer.
Gus Dur juga sempat memperjuangkan nasib para tahanan politik dan mereka yang selama ini
didiskriminasikan akibat pelarangan PKI meskipun tak berhasil. Bagi para tenaga kerja Indonesia (TKI) di
luar negeri, Gus Dur adalah pahlawan. Ia menyelamatkan Siti Zaenab dan Adi Asnawi yang akan dihukum
gantung di Arab Saudi dan Malaysia. Bahkan setelah tak menjadi presiden, Gus Dur pernah menampung
81 TKI yang dideportasi dari Malaysia di rumahnya di Ciganjur pada 2005.
Akhir pemerintahan
Kejatuhan Abdurrahmantidak terlepas dari akumulasi berbagai gagasan dan keputusannya yang
kontroversial dan mendapatvtentangan keras dari berbagai organisasi masa dan partai politik islam
yang semula mendukungnya.
Pencabutan Tap MPRS mengenai pelanggaran komonisme dan gagasan pembukaan hubungan
dengan dagang dengan Israel, hubungan presiden dengan DPR dan beberapa mentri yang tidak
harmonis pemyebabnya adalah sering kali Presiden memberhentikan dan mengangkat mentri tanp
memberikan keterangan yang dapat diterima oleh DPR.
pada 23 Juli 2001. Puncak jatuhnya itu ketika MPR yang saat itu dipimpin oleh Amin Rais,
atas usulan DPR mempercepat sidang istimewa MPR. MPR menilai Presiden Gus Dur melanggar
Tap. No. VII/MPR/2000 dan atas kebijakan-kebijakannya yang kontroversial. Setelah Gus Dur
lengser, kemudian jabatan presiden digantikan oleh wakilnya, yaitu Megawati Soekarnoputri