ISOLASI DAN KARAKTERISASI BAKTERI PEMBINTIL AKAR LEGUM DARI

RHIZOSFER TANAMAN BUNGA KUPU-KUPU (Bauhinia purpurea) DENGAN

MENGGUNAKAN TIGA MACAM TANAMAN PERANGKAP

Penulis

Rizvy Maryam Arianti1) ; Rahmi Amini Mahardikawati2)  ; Sri Wedhastri3); Erni Martani4) ;
Donny Widianto5)

Abstrak

Rhizobia dapat membentuk bintil pada sistem perakaran dari hasil simbiosisnya
dengan tanaman legum. Rhizobia dapat dikarakterisasi berdasarkan sifat fenotipik dan
kemampuannya dalam membentuk bintil pada tanaman legum yang berbeda. Penelitian
ini bertujuan untuk mendapatkan isolat bakteri pembintil akar dari rhizosfer tanaman
Bauhinia purpurea dan mengetahui karakter serta keragaman isolat bakteri tersebut.
Isolat bakteri pembintil akar didapatkan dari bintil akar tanaman perangkap siratro
(Macroptilium atropurpureum), kembang telang (Clitoria ternatea), dan kacang tunggak
(Vigna ungucuilata) yang ditanam pada plastic pouch menggunakan sampel rhizosfer
tanaman Bauhinia purpurea yang diperoleh dari area Fakultas Pertanian, Universitas
Gadjah Mada, Yogyakarta. Selanjutnya seluruh isolat diuji konfirmasi pembentukan bintil
akar dan dilanjutkan dengan pengujian karakter fenotipik yang dilakukan berdasarkan
pengujian sifat morfologi koloni dan sel, serta sifat biokimia.
Didapatkan 10 isolat yang berasal dari bintil akar tanaman siratro dan 13 isolat dari
bintil akar tanaman kacang tunggak, sedangkan pada tanaman kembang telang tidak
ditemukan bintil akar. Hasil konfirmasi menunjukkan bahwa isolat yang diperoleh mampu
berasosiasi membentuk bintil akar pada tanaman siratro dan kacang tunggak. Dari hasil
pengujian karakter fenotipik isolat, didapat tujuh isolat yang diduga termasuk ke dalam
kelompok Agrobacterium sp. dan sembilan isolat yang diduga termasuk ke dalam
kelompok Rhizobium.

Kata kunci : rhizosfer Bauhinia purpurea, legum, rhizobia

PENDAHULUAN :
Rhizobia adalah bakteri pemfiksasi nitrogen yang dapat melakukan simbiosis
dengan legum dengan membentuk bintil akar dan sering disebut sebagai bakteri pembintil
akar legum (legume nodulating bacteria) (Cauwenberghe et al., 2015). Rhizosfer
merupakan bagian tanah yang berada di sekitar perakaran tanaman. Beberapa
mikroorganisme rhizosfer berperan penting dalam siklus hara dan proses pembentukan
tanah (Hornbyn, 1990). Salah satu mikroorganisme yang berperan penting dalam siklus
hara adalah rhizobia. Rhizobia harus memenuhi syarat agar mampu membentuk bintil
akar, yaitu populasi dan aktivitas bakteri sebesar 10 8-109 sel/gram tanah (Rao, 1994).
Tanaman bunga kupu-kupu (Bauhinia purpurea) mempunyai kemampuan untuk
memfiksasi nitrogen dari atmosfer melalui bintil akar (Lewis et al., 2005). Karena
kemampuannya dalam memfiksasi nitrogen melalui bintil akar, dimungkinkan pada
rhizosfer tanaman bunga kupu-kupu terdapat bakteri pembintil akar.
 Rhizobia akan membentuk asosiasi dengan tanaman legum yang spesifik, karena
setiap rhizobia memiliki tingkat kesesuaian yang berbeda-beda terhadap tanaman legum
yang menjadi inangnya. Tingkat kesesuaian ini akan berpengaruh terhadap peningkatkan
efektivitas proses penambatan nitrogen secara biologis dan akan berpengaruh terhadap
peningkatan produktivitas tanaman (Mahdhi et al., 2012). Beberapa tanaman legum yang
banyak digunakan sebagai tanaman perangkap bakteri pembintil akar diantaranya adalah
tanaman siratro (Macroptilium atropurpureum), kembang telang (Clitoria ternatea), dan
kacang tunggak (Vigna ungucuilata). Tujuan penelitian ini adalah mendapatkan isolat
bakteri pembintil akar dari rhizosfer tanaman bunga kupu-kupu dengan metode trapping
menggunakan tiga tanaman perangkap serta mengetahui karakteristik isolat bakteri
pembintil akar berdasarkan sifat fenotipik, sifat biokimia, dan kemampuannya dalam
pembentukan bintil akar.

METODOLOGI PENELITIAN:

Tempat Penelitian
Kegiatan penelitian ini dilakukan di Laboratorium Mikrobiologi, dan rumah kaca
Jurusan Mikrobiologi Pertanian, Fakultas Mikrobiologi, Universitas Gadjah Mada,
Yogyakarta.
Bahan dan Alat
Bahan utama yang digunakan adalah adalah rhizosfer dari tanaman bunga kupu-
kupu (Bauhinia purpurea) yang diambil di wilayah taman di lingkungan Fakultas
Pertanian, Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta. Alat yang digunakan adalah tabung
reaksi, petridish, gelas objek, mikroskop, pipet ukur, deck glass, stirrer, mikropipet, plastic
pouch, disposable petridish, eppendorf tube 1,5ml, Petroff Hauser Bacteria Counter .
Pengambilan Sampel
Rhizosfer dari tanaman bunga kupu-kupu diambil secara random. Pengambilan
tanah dilakukan dengan berjalan sambil mengambil sampel tanah dengan mengiris tipis
sedalam ±25 cm. Sampel diambil dari setiap rhizosfer sebanyak ± 200 gram kemudian
dikompositkan.
Trapping Bakteri Pembintil Akar pada Tanaman perangkap dan Perhitungan Jumlah
Bakteri Pembintil akar dengan Metode Most Probable Number (MPN)
Tanaman perangkap diinokulasikan dengan tanah sampel dari rhizosfer tanaman
bunga kupu-kupu hingga terbentuk bintil akar. Hal- hal yang harus dilakukan adalah :
persiapan bahan tanaman perangkap, persiapan media tanam, penanaman tanaman
perangkap dan inokulasi sampel rhizosfer tanaman bunga kupu- kupu, perhitungan
jumlah bakteri pembintil akar dengan menggunakan Most Probable Number (MPN)
Isolasi Bakteri Pembintil Akar dari Bintil Akar yang Terbentuk
Bintil akar yang terbentuk pada masing-masing tanaman perangkap diisolasi hingga
didapatkan kultur murni. Bintil akar yang diambil dari akar tanaman perangkap disterilisasi
dan dihancurkan kemudian digoreskan pada permukaan medium Congo Red Yeast
Mannitol Agar pada petridish. Setelah didapatkan koloni tunggal rhizobium digores ke
permukaan media Yeast Mannitol Agar miring hingga kembali didapatkan isolat murni
yang selanjutnya akan diuji (Rao, 1982).
Karakterisasi Isolat Bakteri Berdasarkan Sifat Fenotipik
Karakterisasi isolat bakteri berdasarkan sifat fenotipik dilakukan untuk mengetahui
kenampakan morfologi koloni dan sel isolat suatu kelompok bakteri. Adapun pengujian
yang dilakukan adalah pengujian morfologi sel bakteri (pengujian sifat gram, pengujian
ukuran sel bakteri dan pengujian motilitas sel bakteri) dan pengujian morfologi koloni
bakteri.
Karakterisasi Isolat Bakteri Berdasarkan Sifat Biokimia
Pengujian berdasarkan sifat biokimia dapat dilakukan untuk mengetahui
metabolisme isolat bakteri. Pengujian sifat biokimia yang dilakukan pada penelitian kali ini
mencakup pengujian katalase, senyawa indol, 3-ketolaktosa, pengujian kebutuhan
berbagai sumber karbon dan pengujian pertumbuhan di berbagai macam medium.

HASIL DAN PEMBAHASAN :

Bakteri pembintil akar atau rhizobia diketahui banyak terdapat di dalam rhizosfer
terutama di dalam rhizosfer tanaman legum. Bakteri ini bersimbiosis dengan tanaman
legum yang spesifik. Spesifitas simbiosis dari tanaman legum dan rhizobia dikenal juga
dengan nama cross inoculation group.
Trapping Bakteri Pembintil Akar dari Rhizosfer Tanaman Bunga kupu-kupu
menggunakan Tiga Tanaman Perangkap
Dari hasil jumlah tanaman berbintil pada tanaman perangkap dan jumlah bakteri
tiap satu gram sampel rhizosfer berdasarkan perhitungan MPN didapatkan jumlah bakteri
per gram tanah pada rhizosfer tanaman bunga kupu-kupu hanya sekitar 102. Menurut
Weaver (1970), jumlah rhizobia dalam tanah dengan vegetasi legum di atasnya
4 7
mencapai 10 -10 per gram tanah. Hal ini berarti bahwa jumlah bakteri di dalam rhizosfer
tanaman bunga kupu-kupu dapat dikatakan rendah.
Isolasi Bakteri Pembintil Akar dan Uji Kemampuan Pembentukan Bintil Akar pada
Tanaman Siratro dan Kacang Tunggak
Setelah dilakukan trapping, dilakukan uji konfirmasi dengan metode cross inoculation
menggunakan 2 tanaman uji yang sebelumnya telah berhasil membentuk bintil akar.
Tabel 1. Jumlah tanaman berbintil dan jumlah bintil pada tanaman uji yang diinokulasi
dengan isolat yang berasal dari bintil akar kacang tunggak

No. Isolat Tanaman Siratro Tanaman Vigna sp.

Jumlah Jumlah Warna Bintil Jumlah Jumlah Warna Bintil
Tanaman bintil Tanaman bintil
Berbintil Berbintil
1 V-100A 4 18 Cokelat 4 71 Cokelat
2 V-100B 4 29 Merah 4 93 Merah
3 V-100C 4 45 Cokelat 4 61 Cokelat
4 V-103C 4 38 Merah 4 70 Merah
5 V-107B 4 63 Cokelat 4 68 Cokelat
6 VII-100A 4 36 Cokelat 4 60 Merah
7 VII-100B 4 48 Merah 4 113 Merah
8 VII-100C 4 46 Cokelat 4 61 Cokelat
9 VII-100D 4 40 Merah 4 105 Merah
10 VII-102A 4 35 Cokelat 4 40 Cokelat
11 VII-102B 4 34 Cokelat 4 62 Cokelat
12 VII-102C 4 14 Cokelat 4 75 Merah
13 VII-102D 4 53 Cokelat 4 37 Cokelat
Tabel 2. Jumlah tanaman berbintil dan jumlah bintil pada tanaman uji yang diinokulasi
dengan isolat yang berasal dari bintil akar siratro

Tanaman Siratro Tanaman Vigna sp.

Jumlah Jumlah
No. Isolat Jumlah Jumlah Warna
Tanaman Warna Bintil Tanaman
bintil bintil Bintil
Berbintil Berbintil
1 S-100B 4 49 Cokelat 4 20 Cokelat
2 S-100D 4 54 Merah 4 54 Merah
3 S-101B 4 38 Cokelat 4 112 Cokelat
4 S-101D 4 30 Cokelat 4 53 Cokelat
5 S-102A 4 35 Cokelat muda 4 49 Cokelat
6 S-102D 4 34 Cokelat kemerahan 4 89 Merah
7 SII-100B 4 50 Merah 4 22 Merah
8 SII-100C 4 30 Coklat kemerahan 4 57 Merah
9 SII-101D 4 44 Merah 4 48 Coklat
10 SII-102A 4 29 Coklat 4 9 Coklat
Pada tabel 1 dan 2 terlihat bahwa bintil yang didapat memiliki kenampakan warna
yang bermacam dari warna cokelat hingga merah. Bintil akar mengandung leghemoglobin
yang akan menyebabkan warna merah pada bintil akar. Warna merah menunjukkan
bahwa bintil akar tersebut merupakan bintil akar yang efektif dalam penambatan nitrogen.
Semakin tidak efektif warna bintil akar akan semakin pudar.
Karakterisasi Bakteri Pembintil akar Berdasarkan Sifat Fenotipik
Sifat fenotipik dari suatu bakteri dapat digunakan sebagai salah satu komponen
dalam identifikasi. Hal ini dikarenakan sifat fenotipik suatu kelompok bakteri dengan suatu
kelompok bakteri lain akan berbeda (De Bruijn, 1992; Bochner, 2009).
Pengujian Morfologi dan Motilitas Koloni dan Morfologi Sel Bakteri
Berdasarkan hasil morfologi dan warna koloni bakteri pembintil akar yang
diperoleh dari rhizosfer tanaman bunga kupu-kupu yang diisolasi dari tanaman perangkap
kacang tunggak dan siratro, diperoleh seluruh isolat bakteri pembintil akar sebagian besar
memiliki elevasi low convex hingga convex, bentuk koloni sebagian besar circulair,
kenampakan berlendir, dan tidak menyerap warna merah congo red pada medium
CRYMA. Morfologi sel dan motilitas bakteri pembintil akar yang diperoleh, seluruh isolat
bakteri memiliki sifat Gram negatif dengan bentuk batang dan bersifat motil. Hasil ukuran
sel, didapatkan hasil yang beragam keseluruhan isolat yang ada. Dari hasil pengamatan
morfologi koloni dan sel yang telah dilakukan, didapatkan hasil pada seluruh isolat
memiliki kesamaan dengan isolat kontrol Bradyrhizobium japonicum TAL 379.
Pengujian Sifat Biokimia
Pengujian biokimia dilakukan untuk mengetahui kemampuan metabolisme bakteri
tertentu. Pada pengujian indol didapatkan hasil positif pada isolat manapun sehingga
semua isolat mampu membentuk zat pemacu tumbuh. Pada pengujian aktivitas katalase
hasil positif didapatkan pada semua isolat, yang berarti semua isolat memiliki enzim
katalase. Namun, kuantitas gelembung yang dihasilkan berbeda antar isolat. Kuantitas ini
diduga diakibatkan adanya perbedaan ketebalan pada selaput isolat di tiap isolat. Karena,
tebal tipis dari selaput lendir akan mempengaruhi penetrasi H2O2 ke dalam sel (Wedhastri,
2002).
Pada pengujian menggunakan medium 3-ketolaktosa hasil positif didapat pada
tiga isolat dari tanaman siratro dan empat isolat dari tanaman kacang tunggak. Hal ini
dapat disebabkan karena isolat tersebut diduga termasuk dalam kelompok Agrobacterium
sp. yang memiliki enzim ketolaktosa, yang berarti hanya 16 isolat yang diduga termasuk
ke dalam kelompok Rhizobium. Pada pengujian sumber karbon didapat kebutuhan
sumber karbon yang berbeda-beda untuk isolat bakteri baik yang berasal dari tanaman
siratro maupun kacang tunggak. Sebagian besar isolat dapat menggunakan sumber
karbon yang berupa monosakarida maupun disakarida
Pengujian Pertumbuhan Bakteri pada Beberapa Medium
Pengujian pertumbuhan bakteri pada beberapa medium juga dilakukan untuk
menguji sifat biokimia isolat. Medium yang digunakan untuk pengujian adalah medium
BTBYMA (Bromothymol Blue Yeast Manitol Agar) dan Medium GPA (Glucose Peptone
Agar). Berdasarkan hasil pengujian pada medium BTBYMA didapatkan sebagian besar
isolat termasuk ke dalam kelompok fast grower karena pertumbuhannya pada medium
BTBYMA menghasilkan reaksi asam yang menyebabkan adanya perubahan warna
BTBYMA dari biru menjadi kuning. Pada medium GPA didapatkan hasil sebagian besar
isolat tidak dapat tumbuh pada medium GPA. Menurut Somasegaran dan Hoben (1985),
kelompok rhizobia tidak dapat tumbuh atau tumbuh lemah pada medium GPA
dikarenakan medium GPA mengandung nitrogen. Bakteri pembintil akar tidak dapat
tumbuh dalam medium yang mengandung nitrogen.
Kesimpulan:
Berdasarkan hasil penelitian yang telah dilakukan maka dapat disimpulkan bahwa
Didapatkan 10 isolat bakteri pembintil akar dari tanaman perangkap siratro dan 13 isolat
dari tanaman perangkap kacang tunggak serta tidak ditemukan isolat pada tanaman
kembang telang. Hal ini menunjukkan bahwa tanaman kembang telang tidak kompatibel
dengan rhizobia yang terdapat di dalam rhizosfer tanaman bunga kupu-kupu. Hasil
pengujian karakteristik berdasarkan sifat biokimia terutama pengujian 3-ketolaktosa
didapatkan 7 isolat yang diduga termasuk ke dalam kelompok Agrobacterium sp. dan 16
isolat yang diduga termasuk ke dalam kelompok Rhizobium sp.

Daftar Pustaka

Cauwenberghe, J.V., J. Michies, and O. Honnay. 2015. Effects of local environtmental

variables and geographical location on the genetic diversity and composition on
Rhizobium leguminosarum nodulating Vicca cracca population. Soil Biology and
Biochemistry 90 : 71-79.
De Bruijn. 1992. Use of repetitive (repetitive rxtragenic palindromic and enterobacterial
repetitive intergeneric consensus) sequences and the polymerase chain reaction to
fingerprint the genomes of Rhizobium meliloti isolates and other soil bacteria.
Applied and Environmental Microbiology 58 : 2180-2187.

Hornbyn, F. 1990. Root Disease – The Rhizosphere. John Wiley & Sons. New York.
Lewis, E.G., B. Schrire, and B. Mackinder. 2005. Legume Of The World. Kew
Publishing,London.
Mahdhi, A. Fterich, R. Mokhtar, I. David, dan M. Mars. 2012. Legume nodulating bacteria
(bakteri pembintil akar) from threepasturelegumes (Vicia sativa, Trigonella
maritime, and Hedysarum spinosissimum) in Tunisia. Annals of Microbiology
62:61-68.
Rao, N. S. S. 1982. Biofertilizers inAgriculture. Oxford& IBH Publishing Company. New
Delhi, Bombay, Calcutta
Rao, N. S. 1994. Mikrobiologi Tanah dan Pertumbuhan Tanaman Edisi Kedua. UI Press,
Jakarta.
Somasegaran, P. and H.J. Hoben. 1985. Methods in Legume : Rhizobium Technology.
Department of Agronomy and Soil Science, University of Hawaii.
Weaver, R.W. 1970. Population of Rhizobium japonicum in Iowa soils and inoculum level
needed for nodulation of Glycine max (L.) Merril. Iowa State University.
Retrospective Theses and Disertations.
Wedhastri, S. 2002. Isolasi dan seleksi Azotobacter spp. penghasil faktor tumbuh dan
penambat nitrogen dari tanah masam. Jurnal Ilmu Tanah Lingkungan3 (1):45-51.