KAJIAN PENGADAAN LABORATORIUM PCR (Polymerase

chain reaction DI RSDC WISMA ATLET

KEMAYORAN

RUMAH SAKIT DARURAT COVID-19 WISMA ATLET

KEMAYORAN
2021
I. PENDAHULUAN

A. LATAR BELAKANG
Pandemi corona virus 2019 (Covid-19) merupakan masalah berkelanjutan
di lebih dari 200 negara di dunia. Virus SarsCoV-2 ini merupakan penyebab dari
penyakit Covid-19 yang telah di konfirmasi menjadi penyebab berjangkitnya
penyakit saluran pernapasan menular di Wuhan, China. Indonesia merupakan
salah satu negara yang terkena dampak dari pandemi Covid-19. Dengan
meningkatnya angka kesakitan dan kematian pemerintah menyiapkan Wisma
Atlet Kemayoran sebagai rumah sakit darurat penanganan virus corona (covid-19)
dan sebagai rumah isolasi, dilansir dari data terbaru tentang covid kemenkes
1.636. 792 juta kasus positif.
Kementrian kesehatan RI dalam pemerintah Indonesia yang membidangi
urusan kesehatan melakukan tindakan penanganan dan pencegahan penyebaran
covid-19. Tenaga kesehatan sebagai garda terdepan dalam upaya perlindungan
terhadap kesehatan dan keselamatan serta meminimalisir angka kematian
masyarakat didaerah Indonesia. Menstimulasi pemerintah untuk mendukung
sarana laboratorium PCR mandiri untuk optimalisasi Diagnostik maupun
Monitoriung Covid 19 di linkungan RSDC Wisma Atlet Kemayoran. untuk
menjalankan alat PCR di RSDC wisma atlet yang sudah memiliki SOP maka
dengan ini RSDC Sebagai rujukan utama dari Penanganan Covid 19 di Indonesia
dapat mendukung usaha Pemerintah dalam penanganan pandemi Covid 19 agar
segera dapat diselesaikan

B. PERMASALAHAN
Situasi COVID19 di dunia masih terus meningkat. Dalam penanggulangan
COVID19, peran laboratorium sangat penting dalam rangka melakukan
konfirmasi COVID19. Diagnosis pasti COVID-19 dikerjakan dengan
pemeriksaan Polymerase Chain Reaction (PCR), suatu tehnik pemeriksaan
laboratorium yang sudah lama dikenal untuk mendeteksi berbagai penyakit.
RSDC Wisma Atlet sebagai salah satu Rumah Sakit Rujukan COVID19 di
Indonesia memiliki sarana laboratorium untuk pemeriksan PCR COVID19.
II. TINJAUAN PUSTAKA
A. COVID 19
Covid-19 adalah singkatan dari Corona Virus Disease 2019, yaitu penyakit
yang disebabkan oleh virus corona baru yang awalnya terjadi pada tahun 2019.
Asal mula terjadinya penyakit ini yaitu terjadinya kasus pneumonia yang tidak
diketahui penyebabnya pada tanggal 12 Desember 2019 di Wuhan China yang
terjadi pada pedagang pasar ikan Huanan, yang juga menjual binatang ternak dan
hewan liar. Pneumonia atau dikenal juga dengan istilah paru-paru basah adalah
infeksi yang mengakibatkan peradangan pada kantong-kantong udara di salah satu
atau kedua paru-paru (Sahin et al., 2020). Menurut laporan World Health
Organization (2020), gejala utama peyakit Covid-19 pada pasien di China adalah
demam (87,9%), batuk kering (67,7%) dan rasa lelah (38,1%). Sedangkan gejala
sesak nafas (18,6%) dan radang tenggorokan (13,9%) bersifat minor. Menurut
beberapa penelitian, pasien Covid-19 banyak yang mempunyai penyakit bawaan,
yaitu penyakit jantung coroner, diabetes mellitus, hipertensi, dan penyakit
serebrovaskular atau pembuluh darah otak (Sahin et al., 2020).
Penyebab virus corona jenis baru yang berkerabat dengan virus SARS (Severe
Acute Respiratory Syndrome), sehingga dinamakan SARS new coronavirus 2,
disingkat SARS nCov-2. Genom SARS nCov-2 mempunyai kesamaan sebesar
70% dengan virus SARS (Sahin et al., 2020). Walaupun mempunyai kesamaan
urutan DNA yang tinggi dengan virus SARS, virus Covid-19 mempunyai
perbedaan yang tidak dimiliki oleh virus SARS, yaitu virus COVID-19 diaktifkan
oleh enzim furin dari sel manusia, dan virus COVID-19 10x lebih kuat dalam
mengikat reseptor ACE2. Ukuran virus corona antara 80-160 Nm (Sahin et al.,
2020). Struktur virus corona terdiri dari spike (S), membrane (M), nucleocapsid
(N), envelope (E), dan RNA (Sahin et al., 2020; Wrapp et el., 2020). Protein S
membentuk struktur piala yang disebut corona (Gambar 1) (Wrapp et el., 2020).
 Selain itu, protein S virus Covid-19 berperan dalam infeksi virus pada sel
inang, baik sel hewan maupun sel manusia yang mempunyai reseptor ACE2
(Towler et al., 2004). Protein S terdiri dari 2 subunit, yaitu Subunit 1 (S1) dan
Subunit 2 (S2). Subunit S1 berperan dalam mengikat reseptor ACE2 pada sel
inang, sedangkan Subunit S2 berperan dalam fusi virus ke dalam membran sel
inang (Gambar 2). Subunit S1 terdiri dari N-terminal domain (NTD), Receptor-
binding domain (RBD) dan Receptor-binding motif (RBM), sehingga fungsinya
mengikat reseptor ACE2 di sel manusia. Subunit S2 terdiri dari fusion peptide
(FP), Heptad Repeat 1 (HR1), Heptad repead 2 (HR2), transmembran domain
(TM) dan cytoplasma domain (CP), sehingga fungsinya dalam fusi virus ke dalam
sel manusia (Gambar 3) (Xia et al., 2020).
B. PEMBENTUKAN LABORATORIUM PCR
Berdasarkan Surat Edaran Menteri Kesehatan Republik Indonesia Nomor
HK.02.01/MENKES/234/2020, ada beberapa persyaratan laboratorium PCR
pemeriksa COVID19 (SARS CoV-2) yaitu:
1. Persyaratan gedung
 Gedung BSL-2 harus memiliki:
a. Ruangan penerimaan dan penyimpanan sampel
b. Ruangan pemeriksaan spesimen
c. Ruangan untuk penanganan limbah infeksius yang dilengkapi dengan
autoclave
d. Ruangan untuk loker, administrasi dan pantry
e. Ruangan penyimpanan reagen
f. Instalasi pengolah air limbah (IPAL)
g. Jalur akses ke dalam gedung terbatas dan ada kemera surveilans (CCTV)
 Ruang laboratorium BSL-2
a. Ruangan laboratorium yang cukup luas untuk bekerja dan terisah dengan
area publik dalam gedung
b. Pemisahan ruangan infeksius dan non infeksius dengan diberikan label
di setiap pintu ruangan
c. Memiliki pintu yang dapat di kunci/akses terbatas
 d. Memiliki jendela yang tertutup rapat
e. Aliran udara searah dengan filter udara pada exhaust /HVAC System
(disarankan)
f. Memiliki penerangan yang cukup dan lampu tidak menggantung
g. Memiliki lantai yang kuat, tahan air dan tidak ada celah/ nat disarankan
dilapis epoxy serta tidak ada sudut antara lantai dan dinding
h. Dinding tidak kasar, anti-air dan mudah dibersihkan
i. Memiliki wastafel cuci tangan di sekat pintu keluar ruangan
laboratorium
j. Memiliki wastafel dilengkapi dengan pencuci mata (disarankan)
k. Memiliki shower yang ditempatkan dilorong ruangan laboratorium
l. Pasokan listrik yang memadai, penerangan darurat, genset yang standby
m. Pengolahan air yang baik antara suplai dan pembuangan, sistem
pencegahan arus balik, keran otomatis, pengolahan air reverse osmosis
untuk laboratorium
n. Gedung memiliki hidran/ sistem pemadan kebakaran yang memenuhi
syarat (disarankan menggunakan bahan pemadam api khusus diruangan
dengan alat-alat laboratorium)
o. Memiliki sistem komunikasi/ sistem interkom
p. Memiliki sistem alarm untuk keamanan
q. Gedung memiliki jalur evakuasi yang memenuhi syarat keselamatan dan
kesehatan kerja (K3)
2. Persyaratan Bio Safety Cabinet (BSC)
a. BSC kelas II A2 dengan standar Internasional
b. BSC memiliki sash (penutup)
c. BSC dilengkapi dengan UV light (disarankan)
d. BSC dilengkapi dengan UPS
e. Kontak listrik mandiri (tidak bergabung dengan alat lain)
f. Penempatan BSC tidak didepan aliran udara Air Conditioner
g. Penempatan BSC tidak didepan akses pintu
h. Penempatan BSC tidak di daerah orang lalu lalang
 i. Memiliki SOP pengoperasian dan pemeliharaan BSC
j. Memiliki SOP pelaksanaan pekerjaan menggunakan BSC
3. Persyaratan peralatan
a. BSC kelas II A2
b. Laminar airflow atau PCR hood
c. RT PCR
d. Mikropipet
e. Autoclave
f. Refrigerator untuk reagen
g. Freezer -80°C untuk penyimpan spesimen (kalau tidak ada, sisa spesimen
langsung dimusnahkan)
h. Coolbox
i. Refrigerated centrifuge
j. Spindown
k. Vortex
4. Persyaratan SDM
a. Tenaga Dokter Ahli Patologi Klinik, atau Mikrobiologi Klinik, atau Dokter
Umum yang telah terlatih
b. Tenaga analis kesehatan/ahli teknologi laboratorium
medis/litkayasa/peneliti virology dengan latar belakang pendidikan
analis/biologi/kedokteran hewan/biomedis dan ilmu lain yang berkaitan
c. Tidak memiliki riwayat penyakit berat/catastropik
d. Tidak memiliki riwayat kejahatan
e. Memiliki kompetensi dalam pemeriksaan dengan Real Time PCR
f. Memiliki kompetensi dalam biosafety dan biosecurity
g. Memiliki kompetensi dalam penerimaan dan pengiriman sampel (optional)
5. Persyaratan Praktik Biosafety dan Biosecurity
 Biosafety
a. Laboratorium memiliki Biosafety Officer/ Safety Officer
b. Memiliki prosedur Risk Assessment terkait pekerjaan di laboratorium
 c. Menyediakan sarana, peralatan, dan alat pelindung diri (APD) yang
sesuai dengan hasil Risk Assesment
d. Tersedia peralatan keselamatan seperti Spill kit dan Alat Pemadam Api
Ringan (APAR)
e. Memiliki sarana pengelolaan limbah infeksius seperti autoclave yang
tervalidasi
f. Memiliki program vaksinasi dan emergency check-up untuk petugas
laboratorium
g. Memiliki program pelatihan biorisiko secara berkala.
 Biosecurity
a. Memiliki kemanan fisik: sistem surveilan lingkungan (CCTV), tempat
penyimpanan spesimen yang memiliki kunci (freezer/deep freezer),
sistem akses terbatas.
b. Memiliki kemanan informasi: sistem data yang aman
c. Memiliki prosedur keamanan dalam pengiriman spesimen
d. Memiliki kendali material dan akuntabilitas
e. Memiliki SDM satuan pengamanan yang terlatih
f. Memiliki manajemen program terkait biosecurity
6. Persyaratan Good Laboratory Practice
a. Memiliki personel dan manajemen laboratorium yang kompeten
b. Memiliki Standar Operasional Prosedur pemeriksaan yang terstandar
c. Melakukan pemnatapan mutu internal dan eksternal
d. Memiliki program pelaporan hasil yang sistematis dan tertulusur
e. Melakukan pemeliharann dan kalibrasi alat laboratorium yang
terdokumentasi dengan baik.
C. RSDC WISMA ATLET KEMAYORAN

Wisma Atlet Kemayoran adalah sebuah kompleks gedung bertingkat yang

terletak di Kemayoran, Jakarta Pusat, Jakarta, Indonesia.Tempat ini pernah
digunakan sebagai tempat menginap atlet yang mengikuti Pesta Olahraga Asia
2018 dan Pesta Olahraga Difabel Asia 2018 untuk perlombaan di wilayah Jakarta
dan sekitarnya. Kompleks ini dibangun di tanah seluas 10 hektare, yang terdiri
dari sepuluh bangunan menara dengan jumlah 7.424 kamar. Total kapasitas
akomodasi sebesar 22.272 atlet di perkampungan ini melebihi standar Komite
Olimpiade Internasional, yang mengharuskan tuan rumah Olimpiade untuk
menyediakan kamar bagi 14.000 atlet. Setelah Asian Games 2018 selesai,
bangunan ini sempat kosong tanpa penghuni. Kemudian dengan mewabahnya
pandemi Covid-19 di Indonesia, maka pemerintah menjadikan bangunan wisma
atlet kemayoran ini menjadi rumah sakit darurat Covid-19.

D. LABORATORIUM PCR RSDC WISMA ATLET KEMAYORAN

1. ALAT
a. Tes Cepat Molekuler (TCM)
  Model : GeneXpert (Chepeid)

 Produksi : USA

 Dimensi : 27,94 cm x 30,48 cm x 29,72

 Sampel : 4 sampel per running
 Running Time : 60 menit dengan reagen Catridge SARS CoV-2
(Chepeid)

b. RT-PCR

 Merk : Kogene Biotech : ::

 Model : PowerAmp96TMDx
 Produksi : Korea Selatan
 Dimensi : 670 x 58- x 580 mm
 Power : 100-240VAC, 50-60 Hz
 Sampel : 94 sampel per running
 Teknologi : Reat Time PCR Cycler
  Power supplay : 100⁓240V 50/60Hz
 Running Time : 1 jam 53 menit dengan reagen PowerChek
SARS- CoV-2 Real-time dan 58 menit menggunakan reagen
mBioCoV-19
Kogene Biotech berhasil mengomersialisasikan metode real-time
(RT) PCR yang hanya digunakan di laboratorium hingga saat ini. Cara
pendeteksiannya sangat sederhana, cepat, dan tepat, serta masalah
pencemaran dan risiko pelaku tes juga berhasil diminimalkan. Kogene
Biotech yang telah memiliki teknologi tersebut dapat mengonfirmasi dua
gen dari COVID-19.
Kogene Biotech melakukan produksi kit diagnostik tahap pertama
yang mampu menyediakan 30 ribu kali tes, dan jumlah itu mampu menguji
empat ribu orang. Berkat kinerja tersebut, Kogene Biotech menerima
banyak permintaan distribusi kit diagnostik COVID-19 dari luar negeri.
Kogene Biotech menerima permintaan dari Badan Pengawas Obat dan
Makanan AS (FDA) untuk meminta izin pengunaan darurat kit diagnostik
COVID-19 kepada pemerintah AS. Perusahaan yang memperkenalkan
keunggulan teknologi diagnostik Korea Selatan ke luar negeri ini menjadi
harapan bagi seluruh dunia

c. Alat Ekstraksi
1) NC-15 PLUS

 Produksi : HanwoolTPC (Korea

selatan)
 Merk : NC-15 PLUS
 Dimensi : (W x D x H) : 340 mm x
420 mm x345 mm 13.9 inch x
16.5inch x 13.6inch)
 Power : 50Hz⁓60Hz, 1.5A
 2) Macura Auto-Pure32A

 Produksi : Allsheng (Zhejiang,

China)
 Merk : Macura Auto-Pure32A
 Dimensi : 400 × 470 × 450 mm
 Power : 450W

3) iferiver EX3600

 Produksi :Shanghai Zhijiang

Biotechnologi Co., Ldt (ZJ Bio-
Tech) (ZhejiangChina)
 Merk : Liferiver EX3600
 Dimensi : 53 x 50 x 45 cm
 Power : 450W

2. REAGEN
Reagen PCR untuk COVID-19 memiliki primer yang berfungsi untuk
memperbanyak sekuen nukleotida pada gen-gen virus SARS-CoV-2. SARS-
CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2) adalah patogen
COVID-19 tergolong kedalam ordo Nidovirales, famili Coronaviridae dan
genus β-Coronavirus yang menginfeksi organisme Mamalia. Genom pada
SARS-CoV-2 memiliki 82% sequence identity pada sekuen enzim dan >90%
sequence identity untuk sekuen protein struktural jika dibandingkan dengan
virus SARS-CoV dan MERS-CoV. Genom virus SARS-CoV-2 terdiri dari
single strand RNA yang berukuran sekitar 30.000 pasang basa. Dimana dua
pertiga dari sekuen genome virus tersebut merupakan pengkode protein non-
struktural (ORF1ab) dan sepertiga sekuen genome merupakan gen pengkode
protein struktural (Naqvi et al., 2020).
Rumah Sakit Darurat Penanganan Covid 19 Wisma Atlet
Kemayoran memiliki 2 reagen yaitu powerChekTM SARS-CoV-2 Real-time
PCR kit dari KogenBiotech dan mBioCoV-19 RT-PCR kit dari Bio Farma
mBioCoV.
a. Powerchektm SARS-Cov-2 Real-Time

PowerChek SARS-CoV-2 Real-time merupakan reagen yang

dimiliki oleh RSDC Wisma Atlet Kemayoran, Reagen ini sendiri di
prooduksi di Korea Selatan bekerja sama dengan oraganisasi terkait di
korea. Memberikan solusi pengujian yang cepat dan akurat untuk
COVID-19, menargetkan gen E untuk Sarbecovirus dan ORF1ab untuk
covid-19 secara khusus. memiliki fitur penyaringan throughput tinggi,
sensitivitas & spesifitas tinggi dan sangat mudah digunakan. Running
time pada reagen PowerCheck 1 jam 56 menit menggunakan alat
Kogenbiotech, dengan volume sampel sebanyak 5µL dengan total
volume sebesar 20 µL. Interpretasi hasil positif untuk reagen ini yaitu Ct
˂38 dan satu paket reagen PowerChek dapat digunakan untuk 94 tes
pengujian.
 b. mBioCoV-19 RT-PCR kit

mBioCoV-19 RT-PCR kit merupakan Reagen yang di miliki oleh

RSDC Wisma Atlet, reagen PCR ini di produksi oleh Biofarma Bandung-
Indonesia. Kit diagnosis mBioCoV-19 menargetkan gen RdRP dan
Helicase (ORF1b) dari virus SARS-CoV-2 dan menggunakan gen RPP30
sebagai kontrol internal dan kontrol ekstraksi. Komplikasi akan di deteksi
pada channel FAM (Helicase),HEX (RdRP), dan Cy5 (RPP30) dimana
menggunakan volume sampel sebanyak 5µL dengan total volume reaksi
sebesar 20 µL. Interprestasi hasil positif untuk reagen ini yaitu Ct<38 dan
satu paket reagen dapat digunakan untuk 94 tes pengujian.

3. RUANG LABORATORIUM PCR RSDC WISMA ATLET

Dimensi ruangan Laboratorium PCR RSDC Wisma Atlet Kemayoran
dengan Panjang 17 m, Lebar 11 m Tinggi 3 m yang terbagi menjadi beberapa
sekat:
1. Ruang Dekon
2. Ruang Tamu
3. Ruang Loker
4. Ruang Ganti
5. Ruang RT
6. Ruang Extrak
7. Ruang Transit RNA
8. Kamar Mandi
9. Ruang Mixing
10. Ruang Admin
Gambar 1 : Ruang Dekon
Ukuran (3 m x 4 m)

Gambar 2 : Ruang Tamu

Ukuran (13 m x 4 m)
Gambar 3 : Ruang Loker
Ukuran (1,5 m x 3 m)

Gambar 4 : Ruang Ganti

Ukuran (3 m x 2 m)
Gambar 5 : Ruang RT PCR
Ukuran (4 m x 3 m)

Gambar 6 : Ruang Mixing

Ukuran (4 m x 4 m)
Gambar 7 : Ruang Transit RNA
Ukuran 3 m x 2 m

Gambar 8 : Toilet
Ukuran 2 m x 1,5 m
Gambar 9 : Ruang Ekstrak
Ukuran (6,5 m x 6,5 m)

Gambar 10 : Ruang Ekstrak

Ukuran (6,5 m x 6,5)
 Gambar 11 : Ruang Ekstrak
Ukuran (6,5 m x 6,5 m)

Gambar 12 : Ruang Ekstrak Autoclav

Ukuran (6,5 m x 6,5 m)
Gambar 13 : Ruang Ekstrak. Tempat
Penerimanaan Sampel Ukuran
(6,5 m x 6,5 m)

Gambar 14 : Ruang Admin

Ukuran (7,5 m x 4 m)
Laboratorium PCR terletak di tower 4 lantai 1, berikut merupakan denah
labaroratorium PCR RSDC Wisma Atlet
Kesimpulan
1. Alat yang di gunakan Lab PCR di RSDC Wisma Atlet Kogenebiotech-
Power amp96 dan GeneXpert (Chepeid).
2. Reagen yang di gunakan di RSDC Wisma Atlet kogene-Power Check, dan
mBioCoV-19. Reagen hanya berpengaruh dalam pembacaan gen yang
diperiksa dan lamanya waktu pemeriksaan.
3. Ruangan laboratorium PCR RSDC Wisma Atlet tidak memiliki pintu
masuk dan pintu keluar searah seperti ketentuan yang ada.