Diagnosis Laboratorium COVID-19: Masalah Saat Ini dan Tantangan

ABSTRAK

Wabah COVID-19 berdampak besar pada laboratorium mikrobiologi klinis dalam beberapa bulan terakhir. Komentar ini
mencakup masalah terkini dan tantangan untuk diagnosis laboratorium untuk infeksi yang disebabkan oleh sindrom
pernafasan akut parah coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Pada tahap preanalytical, mengumpulkan spesimen saluran
pernapasan yang tepat pada waktu yang tepat dari situs anatomi kanan sangat penting untuk diagnosis molekuler
COVID-19 yang cepat dan akurat. Sesuai langkah-langkah diperlukan untuk menjaga keamanan staf laboratorium sambil
menghasilkan hasil tes yang andal. Dalam tahap analitik, pengujian reverse transcription-PCR (RT-PCR) real-time tetap
ada tes molekuler pilihan untuk diagnosis etiologi infeksi SARS-CoV-2 sementara teknik berbasis antibodi diperkenalkan
sebagai alat tambahan. Dalam tahap postanalytical, hasil pengujian harus diinterpretasikan dengan hati-hati
menggunakan temuan molekuler dan serologis. Akhirnya, akses acak, perangkat terintegrasi tersedia pada titik
perawatan dengan kapasitas yang dapat diskalakan akan memfasilitasi diagnosis dan pemantauan yang cepat dan akurat
dari infeksi SARS-CoV-2 dan sangat membantu dalam pengendalian infeksi wabah ini

KATA KUNCI COVID-19, SARS-CoV-2, jenis spesimen, pengujian molekuler, serologi,

interpretasi hasil

Identifikasi oleh pejabat kesehatan masyarakat AS tentang dugaan kasus COVID-19 diyakini karena komunitas
penularan infeksi ini membawa ke tajam memfokuskan pentingnya diagnosis laboratorium dari infeksi yang disebabkan
oleh akut yang parah sindrom pernapasan coronavirus 2 (SARS-CoV-2) (1-5). Rekomendasi saat ini untuk diagnosis
laboratorium COVID-19 dari CDC, dokter akan mengoordinasikannya pengujian dengan otoritas kesehatan masyarakat
setempat dan / atau CDC. Pengujian yang disukai Metode ini adalah tes real-time reverse transcription-PCR (RT-PCR) (6-
8) yang mirip dengan itu dikembangkan untuk diagnosis SARS-CoV (9, 10). Kultur virus tidak dianjurkan. Komentar ini
membahas masalah terkini untuk diagnosis laboratorium COVID-19 itu harus dipahami oleh dokter, laboratorium
mikrobiologi klinis, dan kesehatan masyarakat pihak berwajib

Masalah preanalitis. (i) Pengumpulan spesimen saluran pernapasan awal untuk diagnosis dan skrining pasien
dengan pneumonia COVID-19. Dalam 5 sampai 6 hari sejak Pada permulaan gejala, pasien dengan COVID-19 telah
menunjukkan viral load yang tinggi saluran pernapasan atas dan bawah (11-14). Usap nasofaring (NP) dan / atau usap
oropharyngeal (OP) sering direkomendasikan untuk skrining atau diagnosis dini infeksi (9, 12, 15). Satu kapas NP telah
menjadi kapas pilihan karena dapat ditoleransi lebih baik oleh pasien dan lebih aman bagi operator. Penyeka NP
memiliki kualitas yang melekat kontrol di mana mereka biasanya mencapai area yang benar untuk diuji di rongga hidung.
Wang dkk. baru saja melaporkan bahwa usap OP (n 398) digunakan lebih sering daripada usap hidung (n 8) di Cina
selama wabah COVID-19; Namun, SARS-CoV-2 RNA terdeteksi hanya pada 32% dari usap OP, yang secara signifikan lebih
rendah dari levelnya pada usap hidung (63%) (16). Saat pengumpulan / pengujian usap hidung dan OP, baik sebagai
spesimen independen atau bersama-sama dalam satu alikuot tunggal media transportasi virus, mungkin menjadi pilihan
yang menarik dalam keadaan normal, institusi juga harus pertimbangkan potensi stres yang ditimbulkan pandemi ini
pada pasokan nasional / internasional rantai. Dalam hal ini, alasan bagus lainnya untuk membatasi pengujian dengan
penyeka NP adalah untuk memperpanjang persediaan penyeka yang berkelompok dan / atau media transportasi.
Namun, seperti yang kita pahami lebih lanjut tentang rute penularan melalui kontak pernapasan dan mulut, kita dapat
mempelajarinya pasien dengan faringitis sebagai gejala awal yang dominan dapat adekuat disampel melalui rute OP.

Untuk mendapatkan spesimen swab NP dengan benar, swab harus dimasukkan dalam-dalam ke dalam rongga
hidung. Pasien kemungkinan akan tersentak, tetapi itu berarti usapan telah mengenai target. Penyeka harus disimpan di
tempatnya selama 10 detik sambil diputar tiga kali. Penyeka seharusnya berbondong-bondong serat sintetis tidak
beracun, seperti poliester, maupun sintetis pegangan nilon (17). Mengumpulkan spesimen usap NP / OP dapat
membawa risiko teoritis mentransmisikan SARS-CoV-2, terutama jika penularan melalui udara ditunjukkan sebagai
Investigasi wabah COVID-19 terus berlanjut (18). Jika Alat Pelindung Diri (APD) tidak dapat digunakan karena kelangkaan
APD tersebut, sarana pengumpulan lainnya spesimen saluran pernapasan bagian atas akan dibutuhkan (18). Salah satu
opsi alternatif untuk mengumpulkan spesimen saluran pernapasan bagian atas untuk mengevaluasi pasien yang dicurigai
Pneumonia COVID-19 adalah spesimen air liur yang dikumpulkan sendiri (19-22). Haruskah pasokan alat penyeka
menjadi langka, alat penyeka yang tidak berbondong-bondong dan media transportasi telah dibersihkan setara dengan
Food and Drug Administration (FDA) di bawah penggunaan darurat otorisasi (EUA), tetapi perbandingan head-to-head
kurang saat ini.

Setelah pengumpulan, penyeka harus ditempatkan dalam media transportasi virus (universal) transportasi cepat
ke laboratorium mikrobiologi klinis, idealnya di bawah lemari es kondisi (17). Perlu dicatat, bagaimanapun, bahwa dalam
beberapa kasus, saliva / NPs / OPs mungkin melewatkan infeksi awal dan pada infeksi selanjutnya, situs utama replikasi
mungkin ada bergeser ke saluran pernapasan bawah. Pengujian berulang atau mendapatkan saluran pernapasan bagian
bawah spesimen mungkin diperlukan. Apalagi virus patogen pernafasan lainnya seperti virus influenza dan pernapasan
syncytial harus disingkirkan. Dalam banyak hal, COVID-19 menyoroti perbedaan utama antara kepekaan analitik dan
klinis, yaitu, kemampuan uji untuk mendeteksi patogen ketika ada dalam spesimen klinis versus kemampuan tes untuk
mengidentifikasi status terinfeksi pasien secara keseluruhan. Yang terakhir, tentu saja, mencerminkan berbagai faktor
lain yang mencakup lokasi spesimen dan metode pengumpulan, dalam hubungannya dengan beban organisme sebagai
fungsi lokasi anatomi, penyakit keparahan, dan waktu gejala (dan variabilitas faktor-faktor ini dari individu ke individu).
Tes berulang mungkin sangat penting jika pasien memiliki klinis gambar pneumonia virus, riwayat pajanan potensial, dan
/ atau temuan radiografi (CT scan dada atau magnetic resonance imaging [MRI] scan) sesuai dengan pneumonia COVID-
19. Yang tak kalah menantang adalah bagaimana hasil menjadi single Hasil yang tidak terdeteksi akan memengaruhi
keputusan terkait karantina pasien dan social menjaga jarak, khususnya jika pasien itu sendiri adalah penyedia layanan
kesehatan (termasuk staf laboratorium klinis). Serologi, seperti yang dibahas di bagian postanalytical, dapat membantu
dalam situasi seperti itu.

(ii) Deteksi dan pemantauan terlambat pasien dengan pneumonia COVID-19 parah. Idealnya, pengambilan
sampel dahak atau lavage bronchoalveolar harus digunakan untuk pengumpulan spesimen saluran pernapasan bagian
bawah karena mereka menghasilkan viral load tertinggi untuk diagnosis COVID-19 (18, 23). Sebuah penelitian terbaru
mengungkapkan bahwa sampel bronchoalveolar Cairan lavage (BAL) menghasilkan tingkat SARS-CoV-2 RNA tertinggi
meskipun penelitian ini tidak bandingkan / evaluasi hasil dari penyeka NP (16). Pasien yang datang dengan pneumonia
berat dan sindrom gangguan pernapasan akut mungkin memerlukan intubasi darurat serta isolasi pernapasan di
ruangan bertekanan negatif. Jika memungkinkan, lakukan pernapasan bagian bawah spesimen sputum saluran harus
dikumpulkan selama prosedur intubasi. Sebagai alternatif, spesimen cairan lavage sputum dan / atau bronchoalveolar
dapat diambil setelahnya intubasi (9, 11).

Namun, beberapa pasien pneumonia COVID-19 sudah menunjukkan viralnya tinggi Beban RNA SARS-CoV-2
dalam feses (24, 25) serta pelepasan yang tertunda dari saluran pernapasan (4, 18) di akhir perjalanan klinis mereka.
Keterlibatan enterik sebelumnya telah terlihat pada pasien dengan infeksi virus corona baru yang parah (9, 26-32).
Dalam empat seperti itu studi, virus corona SARS diisolasi dari kultur tinja (26, 28, 31). Dalam studi lain, Coronavirus
SARS didemonstrasikan di dalam enterosit dengan mikroskop elektron (30). Jadi, selain pengambilan sampel pernapasan
langsung, metode yang disukai untuk mendeteksi SARS-CoV-2 pada kasus COVID-19 tingkat lanjut dapat berupa usap
rektal dan RT-PCR waktu nyata (9, 26–28, 30–32).

(iii) Langkah-langkah keamanan untuk pemrosesan spesimen untuk pemrosesan dan pengujian PCR. Pemrosesan
spesimen pernapasan harus dilakukan dalam keamanan biologis kelas II kabinet (6, 9, 10), meskipun beberapa
laboratorium berpendapat bahwa biosafety level tiga (BSL-3) prosedur kerja harus digunakan dan lemari pengaman
harus ada di a ruangan bertekanan negatif di dalam laboratorium seperti yang digunakan untuk mikobakteri budaya.
Untuk ekstraksi asam nukleat sebelum real-time RT-PCR dilakukan, specimen harus dipindahkan ke buffer lisis di bawah
kabinet BSL-2 ini. Buffer lisis seharusnya mengandung bahan inaktivasi berbahan dasar guanidinium serta deterjen yang
tidak bersifat mendenaturasi. Memang, buffer termasuk dalam platform ekstraksi komersial umum, seperti bioMérieux
easyMAG atau Qiagen EZ1, memang mengandung guanidium / deterjen dan mampu menonaktifkan virus korona yang
dapat hidup (33-35). Begitu pula dengan sarana transportasi universal itu termasuk garam guanidinium tersedia dari
Merlin Biomedical (Xiamen, Cina) (http: // www.chinamerlin.com/en/index.php?pproducts_show&id166&s_id&c_id68&
lanmu2). Karena tes ini adalah metode transkripsi terbalik, maka air liur / penyeka digunakan untuk itu mengumpulkan
spesimen klinis harus segera ditambahkan ke buffer lisis untuk mendisinfeksi spesimen serta untuk menghentikan
degradasi RNA virus corona (6, 9, 10). Secara klinis spesimen / penyeka tidak boleh dipanaskan sampai 56 ° C selama 30
menit karena bukti menunjukkan itu proses ini juga dapat menurunkan RNA virus korona meskipun ia tidak aktif
coronavirus (9, 36).

Selain itu, sistem tertutup sendiri yang mengintegrasikan ekstraksi asam nukleat, amplifikasi, dan deteksi seperti
ID NOW (Abbott, San Diego, CA) (37, 38), cobas Liat (Roche Sistem Molekuler, Pleasanton, CA), dan GeneXpert (Cepheid,
Sunnyvale, CA) (39), jika tersedia dan memenuhi persyaratan peraturan lokal untuk pengujian SARS-CoV-2, akan menjadi
sangat berguna. Setelah spesimen klinis dalam media transpor virus dipindahkan ke kartrid dalam lemari keamanan
hayati kelas II, kartrid disegel. Banyak dari ini perangkat bersegel akses acak cocok untuk pengujian tempat perawatan
untuk rumah sakit setempat dan klinik tanpa lemari biosafety. Dalam situasi ini, pengumpul spesimen masuk alat
pelindung yang sesuai (pelindung percikan / kacamata, masker, sarung tangan, dan jas laboratorium sekali pakai) dapat
langsung memindahkan spesimen ke dalam kartrid deteksi di samping tempat tidur atau di lokasi tanpa kabinet
keamanan hayati kelas II, dan kemungkinan kartrid tertutup ditempatkan dengan aman pada instrumen untuk
pengujian. Namun, tumpahan solusi transportasi selama pemindahan ke tes berbasis kartrid ini harus dihindari, dan jika
terjadi, dekontaminasi harus dilakukan sebagaimana mestinya.

Masalah analitis. (i) Pemilihan pengujian. Immunoassay telah dikembangkan untuk deteksi cepat antigen atau
antibodi SARS-CoV-2. Immunoassay perawatan di tempat yang cepat ini umumnya merupakan alat tes aliran lateral,
tetapi immunoanalyzer throughput tinggi versi juga dalam pengembangan untuk penyaringan tingkat populasi. Aliran
lateral seperti itu tes telah dikembangkan untuk mendeteksi antigen seperti virus SARS-CoV-2 atau untuk mendeteksi
antibodi (IgM dan IgG) melawan COVID-19.

Tes aliran antigen lateral yang cepat secara teoritis akan memberikan keuntungan dari yang cepat waktu untuk
menghasilkan dan deteksi SARS-CoV-2 yang berbiaya rendah tetapi kemungkinan besar akan berdampak buruk
kepekaan awal infeksi, berdasarkan pengalaman dengan metode ini untuk influenza (Flu) virus (40-44). Antibodi
monoklonal khusus untuk melawan SARS-CoV-2 telah ditemukan dalam pengembangan, dan beberapa tes antigen cepat
sedang dikembangkan (45). Sana Kekhawatiran itu, mengingat variabilitas viral load pada pasien COVID-19, antigen
Deteksi mungkin melewatkan kasus karena beban infeksi yang rendah atau variabilitas pengambilan sampel.

Serologi mengukur respons host terhadap infeksi dan merupakan ukuran tidak langsung infeksi yang paling baik
digunakan secara retrospektif. Metode serologis sedang berkembang pesat dikembangkan dan telah terbukti berguna
dalam mengonfirmasi COVID-19 di masa lalu (25). Serologi sebelumnya pernah berperan penting dalam epidemiologi
SARS (46) dan lainnya wabah virus Corona (47). Tes aliran lateral yang cepat untuk antibodi IgM dan IgG tidak diragukan
lagi akan memainkan peran penting dalam wabah COVID-19 dan harus memungkinkan beban infeksi, peran infeksi
asimtomatik, reproduksi dasar jumlah, dan kematian keseluruhan yang akan ditentukan. Bagaimanapun, respon IgM
adalah terkenal tidak spesifik, dan mengingat minggu-minggu yang diperlukan untuk mengembangkan respons IgG
spesifik, deteksi serologi tampaknya tidak berperan dalam manajemen kasus aktif. kecuali untuk mendiagnosis /
mengkonfirmasi kasus COVID-19 terlambat atau untuk menentukan kekebalan petugas kesehatan saat wabah
berlangsung. Kultur sel tidak disarankan untuk tujuan diagnostik.
 (ii) Pemilihan uji untuk deteksi molekuler SARS-CoV-2. Amplifikasi acak metode pengurutan dalam memainkan
peran utama dalam identifikasi awal SARSCoV-2 (48-52). Metode molekuler pengurutan yang dalam seperti pengurutan
generasi berikutnya dan pengurutan metagenomik generasi berikutnya akan terus diperlukan untuk menentukan mutasi
SARS-CoV-2 di masa depan tetapi saat ini tidak praktis untuk mendiagnosis COVID-19. Sebagian besar diagnostik
molekuler sedang dikembangkan untuk diagnosis COVID-19 melibatkan tes RT-PCR waktu nyata, termasuk yang dari
Pusat AS untuk Pengendalian dan Pencegahan Penyakit (53), Charité Institute of Virology di Berlin, Jerman (7, 54), dan
Universitas Hong Kong (21, 55). Metode molekuler lainnya sedang dikembangkan dan dievaluasi di seluruh dunia dan
mencakup amplifikasi isotermal bermediasi loop, amplifikasi isotermal multipleks diikuti dengan deteksi microarray, dan
CRISPR (clustered pengulangan palindromik pendek berselang-seling secara teratur) -dasarkan assay (56) tes berbasis
palindromik pendek interspaced interspaced) (56).

(iii) Pemilihan target untuk pengujian RT-PCR waktu nyata. Metode RT-PCR waktu nyata adalah
direkomendasikan untuk pengujian molekuler (6, 8-10). Keuntungan utama dari RT-PCR real-time pengujian adalah
bahwa amplifikasi dan analisis dilakukan secara bersamaan dalam sistem tertutup meminimalkan hasil positif palsu yang
terkait dengan kontaminasi produk amplifikasi. Ada sejumlah virus corona yang menyebabkan infeksi saluran
pernapasan dan usus di manusia (8, 57). Di antara virus korona ini adalah sekelompok virus korona kelelawar mirip SARS,
termasuk SARS-CoV dan SARS-CoV-2, yang terdiri dari klade unik di bawah subgenus Sarbecovirus (57, 58). Coronavirus
memiliki sejumlah target molekuler dalam genom RNA untai tunggal sense positif mereka yang dapat digunakan untuk
PCR tes (6, 7, 57, 58). Ini termasuk gen yang mengkode protein struktural, termasuk amplop glikoprotein lonjakan (S),
amplop (E), transmembran (M), helikase (Hel), dan nukleokapsid (N) (57-59). Selain gen yang menyandikan protein
struktural, ada adalah gen aksesori khusus spesies yang diperlukan untuk replikasi virus. Ini termasuk RNA-dependent
RNA polymerase (RdRp), hemagglutinin-esterase (HE), dan open reading frame 1a (ORF1a) dan ORF1b (7, 53-55, 57, 58).
Di Amerika Serikat, CDC merekomendasikan dua target protein nukleokapsid (N1 dan N2) (53) sementara WHO
merekomendasikan skrining lini pertama dengan uji gen E diikuti dengan uji konfirmasi menggunakan uji gen RdRp (7).
Chan dkk. baru saja mengembangkan dan membandingkan kinerja tiga tes RT-PCR real-time baru yang menargetkan gen
RdRp / Hel, S, dan N dari SARSCoV-2. Di antara mereka, uji COVID-19-RdRp / Hel memiliki batas deteksi terendah di vitro
dan sensitivitas dan spesifisitas yang lebih tinggi (59). Namun, kemungkinannya dioptimalkan dengan baik target akan
muncul dari sejumlah lokasi genom virus sejak kinerja pengujian biasanya ditentukan oleh desain reagen, bukan target
itu sendiri, karena gen virus yang menentukan hadir dalam jumlah salinan yang sama.

Untuk menghindari potensi reaksi silang dengan virus korona endemik lainnya juga potensi pergeseran genetik
SARS-CoV-2, setidaknya dua target molekuler harus dimasukkan dalam pengujian. Berbagai penyelidik di berbagai
negara telah menggunakan sejumlah ini target molekuler untuk pengujian RT-PCR waktu nyata. Di Amerika Serikat, CDC
telah memilih dua lokus dalam gen nukleokapsid sebagai uji dua-target tampaknya bekerja baik (53). Satu studi
menggunakan dua wilayah sekuens (kerangka baca terbuka 1b dan a protein nukleokapsid) yang sangat terkonservasi di
antara sarbecoviruses nyata awal waktu pengujian RT-PCR (6). Studi lain di Hong Kong, Cina, menggunakan dua target
untuk itu Uji RT-PCR; yang pertama menggunakan nukleokapsid untuk skrining diikuti dengan konfirmasi oleh bingkai
bacaan terbuka 1b (55). Di Jerman, dua target molekuler (amplop dan RNA polimerase yang bergantung pada RNA) telah
dipilih (7). Di Cina, pada saat persiapan naskah, beberapa perangkat molekuler telah menerima persetujuan segera (8).
Sampai saat ini, belum ada indikasi bahwa salah satu wilayah sekuens digunakan menawarkan keuntungan unik untuk
pengujian diagnostik klinis. Namun, desainnya ideal akan mencakup setidaknya satu wilayah yang dilestarikan dan satu
wilayah tertentu untuk dimitigasi terhadap efek penyimpangan genetik, terutama saat virus berevolusi dalam lingkungan
baru populasi.

Di Amerika Serikat, masalah regulasi telah mempersulit perkembangan dan implementasi tes molekuler yang
dikembangkan laboratorium untuk diagnosis COVID-19. Pada 29 Februari 2020, FDA mengeluarkan pedoman baru bagi
laboratorium untuk dapat melakukannya mengembangkan dan menerapkan uji diagnostik molekuler COVID-19 sebelum
mendapatkan EUA. Laboratorium diharuskan menyerahkan EAU ke FDA dalam waktu 15 hari kerja setelahnyavalidasi.
Selain itu, validasi harus mencakup jenis spesimen (mis., Nasofaring, orofaring, atau air liur) yang akan digunakan secara
klinis. Meski ini baru beban regulasi tidak melarang pengembangan pengujian laboratorium molekuler untuk
mendiagnosis COVID-19, mereka memang menciptakan banyak pekerjaan ekstra. Pada saat penulisan, file FDA AS telah
memberikan cukup banyak EUA (https://www.fda.gov/medical-devices/emergency -situasi-perangkat-medis / otorisasi-
penggunaan darurat # coronavirus2019; diakses 28 Maret 2020).

Masalah postanalytical. (i) Interpretasi hasil molekuler. Di Amerika Serikat, awalnya jika kedua dari dua target
dalam tes CDC (protein nukleokapsid N1 dan N2) positif, kasus dianggap dikonfirmasi laboratorium (53). Ambang siklus
(CT) nilai kurang dari 40 didefinisikan sebagai tes positif, sedangkan nilai CT 40 atau lebih adalah didefinisikan sebagai tes
negatif. Nilai CT 40 hanya untuk satu dari dua nukleokapsid protein (N1 dan N2) didefinisikan sebagai tak tentu dan
membutuhkan konfirmasi dengan pengujian ulang (53). Saat ini, di China untuk pengujian dengan tiga target, positif
untuk dua atau lebih target dianggap positif (60). Meskipun beberapa korelasi telah terungkap, viral load ditentukan
oleh uji RT-PCR waktu nyata tidak boleh digunakan untuk menunjukkan COVID-19 keparahan atau untuk memantau
respons terapeutik (11-13, 61, 62). Namun nilai CT rendah menunjukkan viral load yang tinggi dapat digunakan sebagai
indikasi penularan (18, 63).

(ii) Uji kesembuhan dan uji infektivitas. Memantau pasien dengan resolusi Pneumonia COVID-19 mungkin juga
penting dalam hal kapan harus dilepaskan dari isolasi dan dibuang. Jika pasien yang dipulangkan masih menularkan virus
korona yang layak, mereka cenderung menginfeksi orang lain (27). Oleh karena itu, karantina sendiri hingga 1 bulan
telah telah direkomendasikan dalam beberapa kasus. Penyeka NP dan OP mungkin tidak cukup untuk kedua tes
menyembuhkan atau menguji infektivitas (64), tetapi ini membutuhkan penyelidikan lebih lanjut. Satu pendekatan
untuk menguji penyembuhannya adalah dengan menunjukkan dua tes RT-PCR real-time negatif berturut-turut dari usap
rektal; Saran ini didasarkan pada fakta bahwa SARS-CoV-1 dibudidayakan dari tinja selama wabah SARS 2002-2003 (26,
28, 31), dan SARS-CoV-2 dibudidayakan dari tinja selama wabah COVID-19 (16). Jadi, usap rektal yang positif dengan
pengujian PCR waktu-nyata menunjukkan bahwa pasien ini mungkin mengalami pelepasan SARS-CoV-2 yang layak dalam
tinja mereka, sehingga tetap menular (16, 24-28, 30-32). Namun, penelitian terbaru pada 20 pasien COVID-19 serial
menunjukkan bahwa virus menular tidak diisolasi dari sampel tinja meskipun konsentrasi RNA virus tinggi (14). Korelasi
positif RT-PCR dalam tinja dengan pemulihan virus hidup dari sampel yang sama masih harus diselidiki sepenuhnya.

(iii) Serologi COVID-19. Anggota keluarga virus corona memiliki empat struktur protein: protein paku (S),
membran (M]), amplop (E), dan nukleokapsid (N). Dua protein ini tampaknya menjadi situs antigenik penting untuk
perkembangan tes serologis untuk mendeteksi COVID-19. Metode serologis berfokus pada pendeteksian antibodi serum
melawan protein S dari lonjakan virus corona (47). virus corona envelope spike bertanggung jawab untuk pengikatan
dan fusi reseptor dan menentukan inang tropisme dan kemampuan transmisi (57, 58). Protein S ditentukan oleh gen S.
dan secara fungsional dibagi menjadi dua subunit (S1 dan S2). Domain S1 bertanggung jawab untuk pengikatan reseptor
sedangkan domain S2 bertanggung jawab untuk fusi. SARS-CoV dan SARS-CoV-2 berikatan dengan enzim 2 pengubah
angiotensin manusia, yang ditemukan di sel pernapasan manusia, sel ginjal, dan sel gastrointestinal (57, 65, 66). Yang
lain protein yang tampaknya menjadi situs antigenik penting untuk pengembangan uji serologis untuk mendeteksi
COVID-19 adalah protein N, yang merupakan komponen struktural dari nukleokapsid heliks. Protein N berperan penting
dalam patogenesis virus, replikasi, dan pengemasan RNA. Antibodi terhadap protein N sering terdeteksi di Pasien COVID-
19 (67, 68), menunjukkan bahwa protein N mungkin menjadi salah satu antigen imunodominan dalam diagnosis awal
COVID-19 (69).

Seperti disebutkan di atas, tes aliran lateral cepat untuk antibodi (IgM dan IgG) diproduksi selama COVID-19
telah berkembang (70). Serokonversi terjadi setelah 7 hari Infeksi simptomatik pada 50% pasien (14 hari seluruhnya)
tetapi tidak diikuti oleh a penurunan viral load yang cepat (14). Metode serologis, jika tersedia, akan memainkan sebuah
peran penting dalam epidemiologi COVID-19 dan dalam menentukan status kekebalan pasien asimtomatik tetapi tidak
mungkin memainkan peran apa pun dalam skrining atau untuk diagnosis infeksi dini (14, 67, 68). Namun, serologi
mungkin berguna untuk memastikan diagnosis COVID-19 (25).

Kata penutup. Wabah COVID-19 yang sedang berlangsung dan belum pernah terjadi sebelumnya secara global
telah menekankan pentingnya diagnosis laboratorium virus corona pada manusia infeksi untuk membatasi penyebaran
serta untuk merawat pasien dengan tepat yang mengalami infeksi serius. Komentar ini telah membahas masalah terkini
tentang pengujian semacam itu untuk SARS-CoV-2. Misalnya, NP daripada usap OP direkomendasikan untuk diagnosis
dini atau skrining karena memberikan hasil diagnostik yang lebih tinggi, lebih baik ditoleransi oleh pasien, dan lebih
aman bagi operator. Sebuah swab NP dapat digabungkan dengan usap OP untuk meningkatkan sensitivitas tetapi
membutuhkan dua kali jumlah penyeka. Sebaiknya usap NP menjadi langka, air liur yang dikumpulkan sendiri atau cairan
hidung dapat digunakan sebagai obat jenis spesimen alternatif untuk skrining epidemiologi dan untuk "sangat khawatir",
yang merupakan orang asimtomatik tanpa riwayat pajanan yang ingin diuji hanya untuk pastikan mereka tidak terinfeksi.
Usap NP kemudian akan disimpan untuk dirawat di rumah sakit pasien; mereka yang hasil tesnya negatif mungkin
memerlukan sampel sputum dalam atau cairan BAL dikumpulkan. Pentingnya pengujian berulang atau penggunaan
bronkoskopi pada pasien dengan penyakit parah jika tes skrining pertama negatif harus dipahami. Itu peran usap rektal
dalam menguji pasien dengan infeksi lanjut atau sebagai uji infektivitas / penyembuhan saat ini tidak dipelajari dengan
baik tetapi membutuhkan perhatian segera. Sama tidak dihargai adalah kebutuhan untuk penyaringan / pengujian yang
luas dengan pengujian molekuler dan / atau pengujian serologis di untuk menentukan angka kematian yang sebenarnya
serta penanda epidemiologi lainnya. Akhirnya, pentingnya pengembangan yang cepat dari perangkat molekuler yang
terintegrasi, akses acak, titik perawatan untuk diagnosis yang akurat dari infeksi SARS-CoV-2 tidak dapat dipercaya.
terlalu ditekankan. Tes waktu penyelesaian singkat (STAT) ini akan sangat penting untuk manajemen pasien secara real-
time dan keputusan pengendalian infeksi, terutama bila lainnya bentuk pneumonia yang kurang menular dan sumber
daya isolasi pernapasan juga tersedia langka. Tes ini aman, sederhana, dan cepat serta dapat digunakan di klinik lokal
dan rumah sakit yang telah memiliki peralatan yang dibutuhkan dan yang bertanggung jawab mengidentifikasi dan
merawat pasien tersebut.

PENGAKUAN

Y.-W.T. dan D.H.P. adalah karyawan Cepheid, produsen komersial Tes Xpert Xpress SARS-CoV-2