Gereja Santa Anna mempunyai sejarah panjang, dimulai dengan proyek Wisma Santa Maria Dipamarga
(Samadi), Klender pada tahun 1960. Pertambahan jumlah umat terlihat cukup signifikan, mulai dari 40-
60 umat (tahun 1970) menjadi 2.425 umat (tahun 1977). Hal ini seiring dengan pesatnya pertumbuhan
Kawasan Industri Pulogadung dan perumahan di sekitar Duren Sawit. Pada periode tersebut,
pelaksanaan Misa dilakukan di Kapel Samadi.
Pada tahun 1980, Pastor Van den Braak, SJ berinisiatif membentuk Panitia Pembangunan Gereja Santa
Anna dipimpin Bapak FX. Priyadi Nusantoro. Di tengah kegiatan pembangunan ini, Ketua Panitia
Pembangunan pindah ke Jakarta Selatan, maka pada tahun 1983 Bapak Robertus Kustoyo dipilih
menjadi Ketua Panitia Pembangunan. Pada tanggal 2 September 1984 Gereja Santa Anna diresmikan
oleh Uskup Agung Jakarta Mgr. Leo Soekoto, SJ.
Gereja Santa Anna berlokasi di Jl. Laut Arafuru Blok A7 No 7 RT 008/RW 10, Pondok Bambu, Duren
Sawit, Jakarta Timur, dengan area paroki mulai dari perbatasan rel kereta api Cipinang sampai ke
Bintara, Pondok Kopi, Pondok Kelapa, dan Billy Moon. Lokasi gereja berada di area perumahan Kavling
Angkatan Laut, bersebelahan dengan sekolah TK-SD-SMP Strada Van Lith II. Di area Paroki Duren Sawit
terdapat Pusat Pastoral KAJ Samadi Klender dan beberapa komunitas biara, yaitu MC, ADM, CB, CICM,
OSF, OCD.
1960 Kapel Santa Maria Dipamarga (Samadi) yang dibangun di kompleks rumah retret Samadi
merupakan cikal-bakal Gereja Santa Anna.
1967 Semula Kapel Samadi hanya diperuntukkan bagi penghuni kompleks Samadi Klender, tetapi pada
malam Natal tahun ini, umat di sekitar dapat mengikuti Perayaan Ekaristi.
1973 Keuskupan Agung Jakarta (KAJ) membeli lahan seluas 19.564 m2 di kawasan Bulak Jintung yang
berjarak sekitar 3 km dari Samadi Klender.
1975 Umat di wilayah Klender sudah mencapai 1.261 orang, sementara Kapel Samadi hanya dapat
menampung 500 umat.
1980 Pater Antonius Maria van den Braak, SJ, yang menjadi Pastor Paroki Samadi Klender sejak awal
1978 membentuk kepanitiaan untuk membangun Gereja baru di Bulak Jintung.
1984 Tanggal 2 September Gereja Santa Anna diresmikan oleh Uskup Agung Jakarta Mgr. Leo Soekoto,
SJ dalam Misa Meriah.
1986 Tanggal 15 Agustus Gua Maria diresmikan oleh Romo Everardus Wiegers, SJ, Pastor Rekan di
Paroki Duren Sawit.
1994 Tanggal 7 Agustus Gedung Yos Sudarso diresmikan oleh Mgr. Leo Soekoto, SJ. Gedung serbaguna
berlantai dua ini memakai nama pahlawan nasional Komodor Yosafat Sudarso yang gugur dalam
pertempuran di Laut Aru.
2001 Tanggal 22 Juli pukul 07.05 WIB bom meledak di Gereja Santa Anna, 72 umat menjadi korban.
2003 Tanggal 13 Juli pemberkatan menara lonceng dan penandatanganan prasasti keprihatinan atas
ledakan bom di Gereja Santa Anna oleh Uskup Agung Jakarta Mgr. Julius Kardinal Darmaatmadja.
2004 Tanggal 18 Oktober Patung Kristus Raja berdiri di halaman Gereja Santa Anna, berhadapan
dengan Gua Maria.
2008 Gereja Santa Anna selesai direnovasi dengan penambahan balkon dan teras samping, sehingga
dapat menampung sekitar 1.500 umat.