TUGAS AKHIR
Disusun Oleh:
Wiwit Setyowati
G1C017037
Wiwit Setyowati
G1C17037
Pembimbing I Pembimbing II
Mengetahui,
Ketua Program Studi D IV Analis Kesehatan
Fakultas Ilmu Keperawatan dan Kesehatan
ii
HALAMAN PENGESAHAN
Tugas Akhir ini telah diujikan pada sidang ujian jenjang Pendidikan Tinggi
Diploma IV Kesehatan Bidang Analis Kesehatan Fakultas Ilmu Keperawatan dan
Kesehatan Universitas Muhammadiyah Semarang.
iii
SURAT PERNYATAAN
Jika dikemudian hari ternyata saya melakukan tindakan plagiarism, saya akan
bertanggungjawab sepenuhnya dan menerima sanksi yang dijatuhkan
Universitas Muhammadiyah Semarang kepada saya.
(Wiwit Setyowati)
iv
Identifikasi Bakteri Prbg4 Simbion Porites Sp dan Uji Aktivitas
Antibakteri Terhadap Carbapenem Resistant Pseudomonas
Aeruginosa Berbasis 16S rRNA
ABSTRAK
v
Identification of Prbg4 Simbion Porites Sp Bacteria and
Antibacterial Activity Test Against Carbapenem Resistant
Pseudomonas aeruginosa Based 16S rRNA
ABSTRACT
vi
KATA PENGANTAR
Assalamualaikum warahmatullahi wabarakatuh
Segala puji syukur kehadirat Allah SWT, yang telah melimpahkan rahmat,
nikmat dan hidayah-Nya, sehingga penulis dapat menyelesaikan Tugas Akhir
yang berjudul “Identifikasi Bakteri PRbg4 Simbion Porites sp dan Uji Aktivitas
Antibakteri Terhadap Carbapenem Resistant Pseudomonas aeruginosa Berbasis
16S r RNA”
vii
7. Rekan – rekan Diploma IV Analis Kesehatan Universitas Muhammadiyah
Semarang angkatan 2017
Penulis menyadari masih banyak ketidak sempurnaan dan kekurangan
dalam penulisan Proposal Tugas Akhir ini. Kritik dan saran yang membangun
diharapkan dari para pembaca. Semoga Tugas Akhir ini dapat bermanfaat bagi
para pembaca.
Wiwit Setyowati
NIM. G1C017037
DAFTAR ISI
viii
HALAMAN PERSETUJUAN...........................................................................................ii
HALAMAN PENGESAHAN...........................................................................................iii
SURAT PERNYATAAN..................................................................................................iv
ABSTRAK.........................................................................................................................v
ABSTRACT.....................................................................................................................vi
KATA PENGANTAR.....................................................................................................vii
DAFTAR ISI.....................................................................................................................ix
DAFTAR TABEL............................................................................................................xii
DAFTAR GAMBAR......................................................................................................xiii
BAB I.................................................................................................................................1
PENDAHULUAN.............................................................................................................1
1.1 Latar Belakang...................................................................................................1
1.2 Rumusan Masalah..............................................................................................4
1.3 Tujuan Penlitian.................................................................................................4
1.4 Manfaat Penelitian..............................................................................................5
1.4.1 Bagi Ilmu Pengetahuan...............................................................................5
1.4.2 Bagi Peneliti...............................................................................................5
1.4.3 Bagi Institusi..............................................................................................5
1.4.4 Bagi Masyarakat.........................................................................................5
1.5 Originalitas Penelitian........................................................................................6
BAB II...............................................................................................................................8
TINJAUAN PUSTAKA.....................................................................................................8
2.1 Pseudomonas aeruginosa...................................................................................8
2.2 Carbapenem Resistant Pseudomonas aeruginosa (CRPA)................................9
2.3 Karang Porites sp...............................................................................................9
2.4 Isolasi Bakteri dari Karang Porites sp.............................................................10
2.5 Uji Aktivitas Antibakteri..................................................................................10
2.6 Polymerase Chain Reaction(PCR)...................................................................11
2.7 Tahapan Proses PCR........................................................................................12
2.8 Sekuensing Gen 16S rRNA..............................................................................12
2.9 Kerangka Teori.................................................................................................15
2.10 Kerangka Konsep.............................................................................................16
BAB III............................................................................................................................17
ix
METODE PENELITIAN.................................................................................................17
3.1 Jenis Penelitian.................................................................................................17
3.2 Tempat dan Waktu Penelitian...........................................................................17
3.2.1 Tempat......................................................................................................17
3.2.2 Waktu.......................................................................................................17
3.3 Variabel Penelitian...........................................................................................17
3.3.1 Variabel Bebas.........................................................................................17
3.3.2 Variabel Terikat........................................................................................17
3.4 Definisi operasional..........................................................................................18
3.5 Obyek Penelitian/ Populasi dan Sampel...........................................................18
3.6 Alat dan Bahan.......................................................................................................19
3.6.1 Alat.................................................................................................................19
3.6.2 Bahan..............................................................................................................19
3.7 Prosedur Penelitian................................................................................................20
3.7.1 Sterilisasi Alat................................................................................................20
3.7.2 Koleksi karang Porites sp................................................................................20
3.7.3 Isolasi bakteri Karang Porites sp..............................................................20
3.8 Uji Aktivitas Antibakteri........................................................................................21
3.8.1 Persiapan Bakteri Uji CRPA...........................................................................21
3.8.2 Uji Daya Hambat.............................................................................................21
3.9 Analisis Molekuler 16S rRNA..........................................................................22
3.9.1 Isolasi DNA Genom Bakteri.....................................................................22
3.9.1.1 Preparasi Sampel Bakteri Gram Positif....................................................22
3.9.1.2 Pelisisan Sel..............................................................................................22
3.9.1.3 Pengikatan DNA.......................................................................................23
3.9.1.4 Pencucian DNA........................................................................................23
3.9.1.5 Elusi.........................................................................................................23
3.9.2 Kuantitas Ekstrak DNA............................................................................23
3.9.3 Amplifikasi DNA dengan Primer Gen 16S rRNA....................................24
3.9.4 Analisis Sekuensing..................................................................................25
3.10 Alur Penelitian.....................................................................................................26
3.11 Teknik Pengumpulan Data...............................................................................27
BAB IV............................................................................................................................28
x
HASIL DAN PEMBAHASAN........................................................................................28
4.1 Hasil Penelitian......................................................................................................28
4.1.1 Gambaran Sampel...........................................................................................28
4.1.2 Isolasi dan Identifikasi Koloni Bakteri............................................................28
4.1.3 Identifikasi Isolat Bakteri dengan Pewarnaan Gram........................................30
4.1.4 Uji Daya Hambat.............................................................................................32
4.1.5 Isolasi DNA Bakteri Penghambat CRPA........................................................34
4.1.6 Hasil Kemurian Ekstrak DNA Bakteri............................................................34
4.1.7 Amplifikasi PCR Gen 16S rRNA....................................................................35
4.1.8 Gel Elektroforesis 2%......................................................................................35
4.1.9 Sekuensing Gen 16S rRNA.............................................................................35
4.2 Pembahasan............................................................................................................36
BAB V.............................................................................................................................41
PENUTUP.......................................................................................................................41
5.1 Kesimpulan............................................................................................................41
5.2 Saran......................................................................................................................41
DAFTAR PUSTAKA......................................................................................................42
LAMPIRAN.....................................................................................................................46
LAMPIRAN 1 PEMBUATAN MEDIA......................................................................46
LAMPIRAN 2 KEGIATAN PENELITIAN.................................................................50
LAMPIRAN 3 HASIL SEKUENSING........................................................................52
DAFTAR TABEL
1.Originalitas Penelitian................................................................................6
2.Definisi Operasional...................................................................................18
3. Morfologi Koloni Bakteri..........................................................................30
xi
4. Pengecatan Gram Koloni Bakteri..............................................................30
5. Uji aktivitas antibakteri isolat Porites sp terhadap CRPA........................33
6. Standar Pengujian Antibiotik Terhadap CRPA (CLSI, 2011)...................34
7. Hasil Kemurnian DNA Bakteri..................................................................34
DAFTAR GAMBAR
1.Kerangka Teori...................................................................................................15
2.Kerangka Konsep...............................................................................................16
3. Lokasi Pengambilan Sampel Karang Porites sp di Pantai Gosong...................20
4.Alur Penelitian....................................................................................................26
xii
5. Karang Porites sp..............................................................................................28
6. Hasil isolatkKarang Porites sp..........................................................................29
7. Hasil pewarnaan Gram......................................................................................31
8. Hasil Zona hambat isolat Karang Porites sp terhadap CRPA dan kontrol......33
9. Hasil Amplifikasi gen 16S rRNA terhadap PRbg4...........................................35
10. Similritas isolat PRbg4....................................................................................36
xiii
BAB I
PENDAHULUAN
sebagai penyebab utama morbiditas dan mortalitas pada pasien Cystic Fibrosis
(CF) dan sebagai salah satu penyebab utama infeksi nosokomial(Moradali et al.,
fibrosis kistik dan penyakit paru obstruktif kronik, serta infeksi saluran kemih
kronis pada pasien dengan kateter kandung kemih permanen, dan pneumonia
terkait ventilator pada pasien yang diintubasi, dan juga merupakan patogen
utama dalam luka kronis. Pseudomonas aeruginosa adalah salah satu dari enam
penyebab utama komplikasi dalam terapi penyakit menular (El mekes et al.,
2020).
1
2
aeruginosa (10%) dan strain bakteri lainnya (5%) (El mekes et al., 2020).
terhadap amikasin dan atau tobramycin) (Kresken et al., 2020). Pasien dengan
infeksi yang disebabkan oleh bakteri MDR memiliki resiko yang lebih buruk
karena sifatnya yang sulit pengobatan dan kemungkinan kematian yang tinggi.
3
Infeksi yang diisebabkan oleh bakteri MDR juga menghabiskan lebih banyak
Diperlukan adanya solusi antibitotik yang bersumber dari alam dengan daya
kerja optimal dan realtif lebih aman. Memanfaatkan organisme laut yang
et al., 2018). Jenis orgaisme laut yang banyak dijumpai di Laut Indonesia adalah
terumbu karang. Salah satu jenisnya adalah Karang Porites sp yang dapat
yang dapat digunakan sebagai antimikroba sama seperti di inangnya. Hal ini
dengan proses Polymerase Chain Reaction (PCR). PCR 16S rRNA digunakan
(Madilana et al., 2018) Analisi gen penyandi 16S rRNA digunakan sebagai
dalam kondisi apapun) dengan fungsi identik pada semua bakteri. Gen 16S
rRNA memiliki daerah urutan basa yang konservatif dan juga ada yang variatif.
lebih besar bahkan dapat menyebabkan tingkat kematian yang tinggi. Sehingga
berasosiasi dengan karang laut untuk daya hambat terhadap bakteri CRPA
bioaktif yang berasal dari bahan alami dari sumber laut untuk
CRPA.
aureus dan Escherichia coli dan pada penelitian Meezan Ardhanu isolasi
Bakteri ini merupakan bakteri gram negatif, mempunyai flagel tunggal yang
bersifat polar atau terkadang terdiri atas 2-3 flagel, berbentuk batang dan
klinik sering kali mempunyai pili yang berperan penting dalam pelekatan pada
2013)
tetapi jarang terdapat pada flora orang yang sehat. Jumlah pembawa meningkat
tempat hidup P. aureginosa, seperti bak cuci, keran air dan disinfektan yang
Kingdom : Prokariota
Divisi : Protophyta
Kelas : Schizomycetes
Bangsa : Pseudomonadales
Suku : Pseudomonadaceae
Marga : Pseudomonas
Jenis : Pseudomonas aeruginosa
8
9
yang mampu menginfeksi manusia dengan pertahanan alami yang terganggu dan
menyebabkan penyakit paru yang parah. Ini adalah salah satu yang terdepan
yang tidak teratur. Karbapenem anti pseudomonal adalah salah satu agen
Struktur terumbu karang didominasi endapan batu kapur yang bersifat masif
satu karang yang keras (hard coral) yaitu Porites sp dengan bentuk yang hampir
Kingdom :Animalia
Phylum :Cnidaria
Kelas :Anthozoa
Sub Kelas :Hexacorallia
Family :Poritidae
Genus :Porites
2.4 Isolasi Bakteri dari Karang Porites sp
2216E( media agar laut) dengan pengambilan secara steril menggunakan zipplock
disterilkan menggunakan air laut steril dan dihaluskan menggunakan mortar steril.
Kemudian dihomogenisasi secara serial dan diencerkan 10-1 sampai 10-4 dan
disebar pada media Zobell 2216E, diinkubasi pada suhu ruang selama 48 jam.
Setiap satu cawan petri yang berisikan media Zobell 2216E ditanam 4 jenis isolat
selama 48jam. Bakteri patogen CRPA ditanam pada media MC dan diinkubasi
selama 24 jam, seteah proses inkubasi bakteri CRPA dibuat suspensi sesuai
dengan standar MCFarland(0,5 x 10⁸ cfu/ml) diambil sebanyak 1mL(1% dari total
volume soft agar) lalu dimasukkan kedalam 9mL soft agar media MHB(Muller
Hinton Broth) kemudian tuang kedalam media yang berisi isolat bakteri simbion
11
karang laut, inkubasi selama 24 jam dan amati aktivitas bakteri yang dapat
menghambat bakteri patogen CRPA akan terbentuk zona bening disekitar koloni.
sintesis dan amplifikasi DNA secara in vitro.Teknik PCR pertama kali ditemukan
oleh Mullis pada tahun 1985. PCR dapat digunakan untuk mengamplifikasi
segmen DNA dengan jumlah hingga jutaan dalam waktu beberapa jam (Handoyo
adanya enzim yaitu enzim polimerase. Enzim polimerase adalah enzim yang
DNA yang panjang. Enzim polymerase membutuhkan primer atau cetakan DNA
seperti nukleotida yang terdiri atas: Adenin (A), Tymine (T), Guanin (G) dan
Cytosine(C).
(dNTP) mengikat ion Mg2+ sehingga dapat mengubah konsentrasi efektif ion yang
mengandung 10-50mM Tris-HCl pH 8,8 suhu 20 oC, 50mM KCl 0,1% gelati atau
Bouvine Saline Albumin (BSA) dan tween 20 sebanyak 0,01% (Budiarto, 2015).
12
Tahapan yang penting pada PCR yang berlangsung cepat dan selalu berulang 30-
a. Denaturasi
proses pembukaan untai ganda DNAmenjadi untai tunggal yang terjadi sebelum
cetakan pada daerah sekuen yang komplementer dengan sekuen primer. Proses
ini berlangsung selama 30-45 detik dengan suhu 50-68oC. Jika primer semakin
DNA dengan enzim polimerase dan primer dengan suhu 70-78oC dan meghasilkan
copy an DNA yang berfungsi sebagai DNA cetakan pada siklus selanjutnya
dengan analisis gen 16S rRNA ( 16S Ribosomal Ribonucleic Acid/ Ribonukleat
(Inayatul et al., 2018). Urutan Ribosomal RNA (rRNA), baik 16S rRNA untuk
Archaea, bakteri dan kloroplas atau 18S rRNA untuk eukariota, adalah standar
komunitas mikroba dengan sangat rinci (Thompson et al., 2017). Sekuen gen
penyandi 16S rRNA merupakan molekul yang sempurna karena memiliki daerah
conserved (dipertahankan) dan fungsi yang konstan pada tiap organisme, tersebar
secara universal, dan mempunyai urutan sekuen yang terkonservasi dengan baik
Urutan gen 16S rRNA akan memberikan hasil terbaik untuk karakterisasi
taksonomi, namun keterbatasan teknologi pada panjang urutan pembacaan saat ini
membatasi pendekatan ini pada bagian gen (Cruaud et al., 2014). Pemilihan
wilayah variabel dan primer diperlukan untuk memperkuat hasil, sehingga bias
yang mengakibatkan representasi kurang atau berlebihan dari berbagai taksa dan
dari keragaman dan kekayaan komunitas dapat di minimalisir (Yu and Morrison,
fitoplankton dari SSU kloroplas rRNA(Choi et al., 2017) , sedangkan V3-V4 dan
et al., 2017). Survei mikrobioma laut global yang dilakukan dalam ekspedisi Tara
( Sunagawa et al., 2015). desain primer universal untuk amplifikasi wilayah V4-
14
Primer yang digunakan yaitu primer universal 27F (Forward) dan primer
1492R (Reverse) dengan hasil produk PCR 1500bp. Urutan nukleotida primer 27F
Meropenem,Ampicilin, Methicilin
bakteri CRPA. Uraian tersebut dapat dilihat pada skema dibawah ini.
METODE PENELITIAN
studi pustaka.
3.2.1 Tempat
3.2.2 Waktu
Variabel bebas dari penelitian ini adalah isolat bakteri yang berasosiasi
Variabel terikat dari penelitian ini adalah hasil zona hambat isolasi bakteri
Karang Porites sp terhadap CRPA dan identifikasi molekuler isolat bakteri Karang
17
18
lalu dilakukan pengenceran serial dan disebar pada media Zobell 2216E lalu di
19
inkubasi 48 jam, didapat isolat bakteri uji. Kemudian, diujikan dengan bakeri
Semarang.
reaksi, cork borer (10 mm), ose, neraca analitik, rak tabung, beaker glass, mortar,
3.6.2 Bahan
Bahan yang digunakan dalam penelitian ini adalah Karang Porites sp,
subjek uji dalam penelitian ini adalah bakteri P.aerugionosa. Bahan yang
digunakan untuk kultur bakteri adalah media ZoBell 2216E, media uji aktivitas
antibakteri dan MHB (Mueller Hinton Broth), media penyubur BHI (Brain Heart
Meropenem dan Amikasin sebagai control. Bahan yang digunakan untuk isolasi
DNA isolat PRbg4 adalah ddH2O, Kit Presto TM Mini gDNA Bacteria. Bahan
yang dibutuhkan saat proses PCR adalah Master Mix (dNTPs, Taq Polymerase,
MgCl2, buffer PCR), Forward 27F, primer Reverse 1492R. Bahan yang digunakan
saat elektroforesis gel adalah agarose 2%, marker 1500bp, Phospate Buffer Saline
20
(PBS), biology molecular agarose marker, loading dye, fluorescence, buffer Tris-
alat-alat gelas ditutup mulutnya dengan kapas dan dibungkus dengan kertas,
untuk cawan petri dibungkus kertas, kemudian semua alat tersebut dimasukkan ke
dalam autoclave pada suhu 121oC dengan tekanan 2 atm selama 75menit.
Gambar 3. Gambar
Lokasi Pengambilan Sampel
3. Karang Porites sp Karang Porites
yang berada disp di Pantai
Pantai Gosong,
Gosong,
Rembang,
Rembang, Jawa Tengah. Jawa Tengah
Indonesia. A-D (sumber:
merupakan dokumentasi pribadi) sampel,
lokasi pengambilan
dan E merupakan sampel Karang Porites sp yang diambil dari titik lokasi
( Sumber dokumentasi pribasi: Google Maps)
21
dalam coolbag. Sampel yang akan digunakan dibersihkan menggunakan air laut
dalam cawan petri yang berisi media ZoBell 2216E dan diinkubasi pada suhu 35
±2°C selama 48 jam untuk mendapatkan biakan bakteri yang berasosiasi dengan
Karang Porites sp. Berdasarkan isolat bakteri simbion yang berasosiasi dengan
suhu 35±2ºC selama 24 jam. Pada media BAP dipilih koloni dan diuji
(Radjasa dan Sabdono, 2006). Setiap satu ose bakteri simbion laut ditanam pada
cawan petri (berisi media zobell 2216E) dalam setiap cawan petri dibentuk 2-5
bakteri uji CRPA dilakukan satu hari sebelum overlay, bakteri uji CRPA
setelah bakteri uji tumbuh dalam waktu 24 jam dibuat suspensi standar McFarland
(0,5 x 10⁸ cfu/ml) diambil 1 mL (1% dari total volume soft agar) dan dimasukkan
ke dalam 9 mL soft agar media MHB (Muller Hinton Broth) kemudian di tuang
pada cawan petri yang berisi biakan isolat bakteri simbion laut, kemudian
ditambahkan ddH2O, lalu di vortex. Di inukbasi pada suhu 60oC selama 10 menit.
menit untuk memastikan sampel lisat bersih. Selama inkubasi, setiap 3 menit
23
sekali tabung dibolak- balikkan. Panaskan Elution Buffer pada suhu 70oC untuk
3.9.1.5 Elusi
matriks kolom. Diamkan selama 3 menit agar Elution Buffer terserap seluruhnya.
volume sampel yang dihasilkan yang diperlukan sebagai sampel dalam proses
Bahan- bahan reaksi PCR terdiri atas Go Taq Green Master Mix (12,5ul),
primer 27F sebanyak (2ul) dan primer 1492R sebanyak (2ul), template DNA
(1ul), dan ddH2O (7,5ul). Primer yang digunakan yaitu primer universal 27F
(Forward) dan primer 1492R (Reverse) dengan hasil produk PCR 1500bp. Urutan
3’. Tahapan awal pada proses PCR dengan alat thermal cycler adalah tahap
denaturasi memerlukan suhu yang tinggi yaitu 94oC selama 30 detik, annealing
dengan suhu 55oC selama 30 detik, ekstensi awal memerlukan waktu 1 menit
dengan suhu 72oC, ekstensi akhir dengan waktu 5 menit pada suhu 72 oC, pada
tahap cooling down memerlukan suhu 4oC. Siklus amplifikasi terjadi sebanyak 35
menggunakan gel agarose 2%. Tangki elektroforesis yang sudah diisi dengan
loading dye sebanyak 1ul dan tambahkan 4ul sampel kemudian resuspensi. Pipet
masukkan kedalam well pada gel agarose 2%. Pipet marker 5ul lalu masukkan
pada well agarose 2%. Hubungkan tangki elektroforesis dengan power supply,
lakukan running dengan tegangan 100 volt. Tunggu selama ± 1 jam kemudian
Produk hasil gen 16S rRNA dilanjutkan proses skeunsing. Hasil sekuensing
DNA bakteri dianalisis dan dicocokkan dengan data yang tersedia pada Gen Bank
Uji Aktivitas
Antibakteri
Pengumpulan data
27
yang terdiri dari data uji aktivitas antibakteri isolat Karang Porites sp terhadap
CRPA yang dihitung zona hambat yang terbentuk dengan satuan (mm), isolat
jenisnya berbasis Gen16S rRNA dan data yang diperoleh disusun kemudian
yang diperoleh dari Pulau Gosong, Rembang, Jawa Tengah dan biakan murni
metode berlapis dengan menggunakan dua media berbeda yaitu media Zobell
-10-4 dari sampel Karang Porites sp yang ditanam pada media Zobell 2216E.
Koloni yang ditemukan adalah sebayak delapan morforlogi koloni berbeda yang
diberi kode PRbg1, PRbg2, PRbg3, PRbg4, PRbg5, PRbg6, PRbg7, PRbg8.
29
30
A B C
D E F
G H
Gambar 6. Hasil isolatkKarang Porites sp, (A) isolat PRbg1, (B) isolat PRbg 2,
(C) isolat PRbg 3, (D) isolat PRbg 4, (E) isolat PRbg 5,
(F) isolat PRbg 6, (G) isolat PRbg 7, (H) isolat PRbg 8,
Sifat koloni
No Kode
Bentuk Warna Ukuran Tepi Elevasi Konsistensi
1. PRbg 1 Punctiform Putih 0,5mm Entire Convex Smooth
2. PRbg 2 Filamentous Kuning 1-2mm Erose Umbonate Kasar
koloninya, akan dilanjutkan ke tahap pewarnaan Gram untuk melihat jenis dan
A B C
31
32
D E F
G H
H
G
Gambar 7. Hasil pewarnaan Gram (A) isolat PRbg1, (B) isolat PRbg 2,
(C) isolat PRbg 3, (D) isolat PRbg 4, (E) isolat PRbg 5,
(F) isolat PRbg 6, (G) isolat PRbg 7, (H) isolat PRbg 8,
Berdasarkan pewaran gram yang telah dilakukan, terdapat bakteri
Berbentuk coccus Gram- positif pada kode isolat PRbg1, PRbg4 dan
PRbg 5, coccus Gram- negatif pada kode isolat PRbg8, basil Gram positif pada
33
kode isolat PRbg6, basil Gram negatif pada kode isolat PRbg2, PRbg3 dan
sehingga tetap bewarna ungu yang disebabkan oleh Gentian Violet yang mengikat
bakteri, sedangkan Gram- negatif bewarna merah karena terdapat sisa Safranin
adanya zona hambat yang berbentuk zona bening disekitaran koloni. Hasil
B
PRbg4
A
C
Gambar 8: Hasil Zona hambat isolat Karang Porites sp terhadap CRPA dan
kontrol:
ditandai dengan adanya zona bening disekitar koloni. Uji sensitivitas bakteri
disekitar koloni dilakukan proses isolasi DNA. Proses ini bertujuan untuk
(Thermo Scientific).
sedangkan 280nm adalah nilai maksimal residu protein atau fenol. DNA dapat
dikatakan murni jika memiliki rasio OD260/280 antara 1,8-2,0 (Fatchiyah et al.,
2011). Konsentrasi DNA template yang baik untuk dilakukan PCR adalah
hasil uji pada gelombang 260/280nm pada kode sampel PRbg4 sebesar 1.86 dan
amplifikasi PCR gen 16S rRNA sebagai DNA template. Primer yang digunakan
adalah primer universal gen 16S rRNA primer Forward 27F dan primer Reverse
PRbg4
1500bp
Hasil kemiripan terdekat dengan isolat PRbg4 dapat dilihat pada Gambar
10 sebagai berikut:
104-2 dengan tingkat kemiripan sebesar 91,82% dan query cover sebesar 58%.
Sehingga isolat PRbg4 belum dapat dikatakan sebagai bakteri Staphylococcus sp,
namun jika dibandingkan dengan data pada NCBI isolat PRbg4 memiliki tingkat
JQ071517.1).
4.2 Pembahasan
Penelitian diawal dengan isolasi bakteri simbion Karang Porites sp
bakteri murni dengan kode PRbg1, PRbg2, PRbg3, PRbg4, PRbg5, PRbg6,
38
dengan melihat bentuk, ukuran, warna, tepian, elevasi, dan konsistensi pada
overlay. Isolat bakteri ditumbuhkan pada media Zobell Marine Agar 2216E
sebanyak 4 isolat pada satu cawan petri, kemudian di inkubasi selama 48 jam
dengan suhu ±35oC. Komposisi utama Zobell Marine Agar 2216E adalah 0,5%
pepton, 0,1% ekstrak ragi, 0,01% besi fosfat dan 3% NaCl, dalam 1L media
Marine Agar 2216E digunakan pada penelitian ini karena adanya kandungan
mineral dan garam yang meniru komposisi air laut (Guria et al., 2020). Media soft
agar yaitu pencampuran MHB dan agar-agar digunakan untuk uji aktivitas
antibakteri. Peremajaan bakteri progen pada media MC, kemudian dibuat suspensi
bervolume 9mL, kemudian dituang pada media Zobell Marine Agar 2216E yang
berisi isolat murni. Inkubasi selama 24 jam pada suhu ±35oC. Terdapat 4 kriteria
daya hambat antibakteri yaitu: menghambat lemah (<5 mm), sedang (5-10 mm),
kuat (10-20 mm) dan sangat kuat (>20 mm) (Nugraheni et al., 2021). Terbentuk
zona bening di sekitar koloni pada isolat bakteri PRbg4 sebesar 15,25mm
dengan daya hambat kuat. Isolat bakteri PRbg4 dilakukan tahap selanjutnya yaitu
Mini GDNA Bacteria sehingga diperoleh DNA bakteri yang kemudian diukur
2,0 menunjukkan bahwa sampel DNA tidak murni yang disebabkan oleh adanya
sisa ethanol atau sisa kandungan metabolit sekunder bakteri (Fatchiyah et al.,
2011). Hasil ini menujukkan bahwa tidak terdapat kontaminasi protein atau fenol
isolat DNA PRbg4 yang diperoleh adalah 461.173ng/ul, maka perlu dilakukan
PCR. setelah dilakukan proses PCR untuk mengetahui besaran produk yang
2%. Hasil amplifikasi isolat DNA genom bakteri meunjukkan pita DNA sejajar
dengan marker pada nilai ±1500bp. Hasil amplifikasi yang diperoleh kemudian
dilakukan tahap sekuensing, dan dianalisis secara bioinformatika pada situs NCBI
menggunakan BLAST.
kecocokannya dengan gen 16S rRNA yang dimiliki oleh bakteri lain pada Gen
40
Bank Basic Local Alignment Search Tools (BLAST). Hasil program BLAST
berikut:
bentuk sel bulat dan motil. Hasil uji katalase positif dan oksidase negatif, mampu
memfermentasi laktosa dan sukrosa, dan tumbuh optimum pada temperatur 37ºC.
jaringan. Bakteri patogen pada dasarnya tidak bersifat toksik, akan tetapi dapat
menghasilkan berbagai enzim yang bersifat toksik dan berperan dalam proses
infeksi (Sandycho, 2020). Staphylococcus sp yang ditemukan pada sampel air laut
tanaman/ hewan laut pada bawah kapal) dengan kandungan metabolit sekunder
juga pada sedimen laut dalam yang berasal dari Teluk Benggala, India dan
Berat molekul PPDHMP ditentukan sebagai 211(MH) dengan rumus empiris pada
acid. Terdapat juga metabolit sekunder Karang Porites sp yaitu metilasi turunan -
metionin pada karbon yang berasal dari karbonil dari asetat. Senyawa metil pada
antibateri dapat dikembangkan lebih baik di masa yang akan datang dan
5.1 Kesimpulan
Berdasarkan penelitian yang dilakukan pada Karang Porites sp dapat
104-2 dengan tingkat kemiripan sebesar 91,82% dan Query Cover sebesar 58%.
5.2 Saran
menyarankan:
media cair.
3. Penelitian ini belum dapat dibilang sebagai sumber referensi baru sumber
42
DAFTAR PUSTAKA
Al Dawodeyah, H.Y., Obeidat, N., Abu-Qatouseh, L.F., Shehabi, A.A., 2018.
Antimicrobial resistance and putative virulence genes of Pseudomonas
aeruginosa isolates from patients with respiratory tract infection. Germs 8,
31–40. https://doi.org/10.18683/germs.2018.1130
Alhazmi, A., 2015. Pseudomonas aeruginosa – Pathogenesis and Pathogenic
Mechanisms. Int. J. Biol. 7, 44–67. https://doi.org/10.5539/ijb.v7n2p44
Asagabaldan, M.A., Bedoux, G., Bourgougnon, N., 2019. Bacterial isolates from
bryozoan Pleurocodonellina sp .: Diversity and antimicrobial potential
against pathogenic bacteria 20, 2528–2535.
https://doi.org/10.13057/biodiv/d200914
BABCHINSKII, F. V., 1963. Osobennosti Narusheni I Rechi Pri Dykhanii Pod
Izbytochnym Davleniem. Vestn. Otorinolaringol. 25, 10–14.
Budiarto, B.R., 2015. Polymerase Chain Reaction (Pcr) : Perkembangan Dan
Perannya Dalam Diagnostik Kesehatan. Polym. Chain React. Perkemb. Dan
Perannya Dalam Diagnostik Kesehat. 6, 29–38.
Choi, C.J., Bachy, C., Jaeger, G.S., Poirier, C., Sudek, L., Sarma, V.V.S.S.,
Mahadevan, A., Giovannoni, S.J., Worden, A.Z., 2017. Newly discovered
deep-branching marine plastid lineages are numerically rare but globally
distributed. Curr. Biol. 27, R15–R16.
https://doi.org/10.1016/j.cub.2016.11.032
Ciofu, O., Tolker-Nielsen, T., 2019. Tolerance and resistance of pseudomonas
aeruginosabiofilms to antimicrobial agents-how P. aeruginosaCan escape
antibiotics. Front. Microbiol. 10. https://doi.org/10.3389/fmicb.2019.00913
Comeau, A.M., Douglas, G.M., Langille, M.G.I., 2017. Microbiome Helper: a
Custom and Streamlined Workflow for Microbiome Research. mSystems 2,
1–11. https://doi.org/10.1128/msystems.00127-16
Cruaud, P., Vigneron, A., Lucchetti-Miganeh, C., Ciron, P.E., Godfroy, A.,
Cambon-Bonavita, M.A., 2014. Influence of DNA extraction method, 16S
rRNA targeted hypervariable regions, and sample origin on microbial
diversity detected by 454 pyrosequencing in marine chemosynthetic
ecosystems. Appl. Environ. Microbiol. 80, 4626–4639.
https://doi.org/10.1128/AEM.00592-14
Dr Maksum Radji, 2013. Buku Ajar Mikrobiologi Panduan Mahasiswa Farmasi
dan Kedokteran.
El mekes, A., Zahlane, K., Ait said, L., Tadlaoui Ouafi, A., Barakate, M., 2020.
The clinical and epidemiological risk factors of infections due to multi-drug
resistant bacteria in an adult intensive care unit of University Hospital Center
in Marrakesh-Morocco. J. Infect. Public Health 13, 637–643.
https://doi.org/10.1016/j.jiph.2019.08.012
Ethica, S.N., Saptaningtyas, R., Muchlissin, S.I., Sabdono, A., 2018. The
development method of bioremediation of hospital biomedical waste using
hydrolytic bacteria. Health Technol. (Berl). 8, 239–254.
https://doi.org/10.1007/s12553-018-0232-8
43
44
Nugraheni, I.A., Setianah, H., Wibowo, D.S., Bioteknologi, P.S., Sains, F.,
Yogyakarta, U.A., Ika, K., Nugraheni, A., 2021. AKTIVITAS
ANTIBAKTERI DARI BAKTERI ENDOFIT ASAL AKAR CIPLUKAN
( Physalis angulata L .) TERHADAP Staphylococcus aureus DAN
Escherichia coli ( Physalis angulata L .) FOR Staphylococcus aureus AND
Escherichia coli 13, 48–55. https://doi.org/10.23917/biomedika.v13i1.11009
Prastiyanto, M.E., Wardoyo, F.A., Wilson, W., Darmawati, S., 2020. Antibacterial
Activity of Various Extracts of Averrhoa bilimbi against Multidrug Resistant
Bacteria. Biosaintifika J. Biol. Biol. Educ. 12, 163–168.
https://doi.org/10.15294/biosaintifika.v12i2.23600
Radjasa, O.K., S.I.O. Salasia, A. Sabdono, J. Weise, J.F. Imhoff, C.L. and M.J.R.,
2007. 170-174.Pdf. Int. J. Pharmacol.
Rahayu, M.A., Sulistyaningtyas, A.R., Darmawati, S., 2019. Isolasi Bakteri
Hidrolitik Penghasil Enzim Amilase dari Limbah Industri Tapioka. Pros.
Semin. Nas.
Sandycho, N., 2020. isolasi dan identifikasi molekuler bakteri penghasil enzim
protease pada wadi ikan belanak (moolgarda seheli) sekeuns gen 16S rRNA.
skripsi 38–39.
Sharma, A.R., Harunari, E., Zhou, T., Trianto, A., Igarashi, Y., 2019. Isolation
and biosynthesis of an unsaturated fatty acid with unusual methylation
pattern from a coral-associated bacterium Microbulbifer sp. Beilstein J. Org.
Chem. 15, 2327–2332. https://doi.org/10.3762/bjoc.15.225
Thompson, L.R., Sanders, J.G., McDonald, D., Amir, A., Ladau, J., Locey, K.J.,
Prill, R.J., Tripathi, A., Gibbons, S.M., Ackermann, G., Navas-Molina, J.A.,
Janssen, S., Kopylova, E., Vázquez-Baeza, Y., González, A., Morton, J.T.,
Mirarab, S., Xu, Z.Z., Jiang, L., Haroon, M.F., Kanbar, J., Zhu, Q., Song,
S.J., Kosciolek, T., Bokulich, N.A., Lefler, J., Brislawn, C.J., Humphrey, G.,
Owens, S.M., Hampton-Marcell, J., Berg-Lyons, D., McKenzie, V., Fierer,
N., Fuhrman, J.A., Clauset, A., Stevens, R.L., Shade, A., Pollard, K.S.,
Goodwin, K.D., Jansson, J.K., Gilbert, J.A., Knight, R., Agosto Rivera, J.L.,
Al-Moosawi, L., Alverdy, J., Amato, K.R., Andras, J., Angenent, L.T.,
Antonopoulos, D.A., Apprill, A., Armitage, D., Ballantine, K., Bárta, J.,
Baum, J.K., Berry, A., Bhatnagar, A., Bhatnagar, M., Biddle, J.F., Bittner,
L., Boldgiv, B., Bottos, E., Boyer, D.M., Braun, J., Brazelton, W., Brearley,
F.Q., Campbell, A.H., Caporaso, J.G., Cardona, C., Carroll, J.L., Cary, S.C.,
Casper, B.B., Charles, T.C., Chu, H., Claar, D.C., Clark, R.G., Clayton, J.B.,
Clemente, J.C., Cochran, A., Coleman, M.L., Collins, G., Colwell, R.R.,
Contreras, M., Crary, B.B., Creer, S., Cristol, D.A., Crump, B.C., Cui, D.,
Daly, S.E., Davalos, L., Dawson, R.D., Defazio, J., Delsuc, F., Dionisi,
H.M., Dominguez-Bello, M.G., Dowell, R., Dubinsky, E.A., Dunn, P.O.,
Ercolini, D., Espinoza, R.E., Ezenwa, V., Fenner, N., Findlay, H.S., Fleming,
I.D., Fogliano, V., Forsman, A., Freeman, C., Friedman, E.S., Galindo, G.,
Garcia, L., Garcia-Amado, M.A., Garshelis, D., Gasser, R.B., Gerdts, G.,
Gibson, M.K., Gifford, I., Gill, R.T., Giray, T., Gittel, A., Golyshin, P.,
Gong, D., Grossart, H.P., Guyton, K., Haig, S.J., Hale, V., Hall, R.S.,
Hallam, S.J., Handley, K.M., Hasan, N.A., Haydon, S.R., Hickman, J.E.,
46
Hidalgo, G., Hofmockel, K.S., Hooker, J., Hulth, S., Hultman, J., Hyde, E.,
Ibáñez-Álamo, J.D., Jastrow, J.D., Jex, A.R., Johnson, L.S., Johnston, E.R.,
Joseph, S., Jurburg, S.D., Jurelevicius, D., Karlsson, A., Karlsson, R.,
Kauppinen, S., Kellogg, C.T.E., Kennedy, S.J., Kerkhof, L.J., King, G.M.,
Kling, G.W., Koehler, A. V., Krezalek, M., Kueneman, J., Lamendella, R.,
Landon, E.M., Lanede Graaf, K., LaRoche, J., Larsen, P., Laverock, B., Lax,
S., Lentino, M., Levin, I.I., Liancourt, P., Liang, W., Linz, A.M., Lipson,
D.A., Liu, Y., Lladser, M.E., Lozada, M., Spirito, C.M., MacCormack, W.P.,
MacRae-Crerar, A., Magris, M., Martín-Platero, A.M., Martín-Vivaldi, M.,
Martínez, L.M., Martínez-Bueno, M., Marzinelli, E.M., Mason, O.U., Mayer,
G.D., McDevitt-Irwin, J.M., McDonald, J.E., McGuire, K.L., McMahon,
K.D., McMinds, R., Medina, M., Mendelson, J.R., Metcalf, J.L., Meyer, F.,
Michelangeli, F., Miller, K., Mills, D.A., Minich, J., Mocali, S., Moitinho-
Silva, L., Moore, A., Morgan-Kiss, R.M., Munroe, P., Myrold, D., Neufeld,
J.D., Ni, Y., Nicol, G.W., Nielsen, S., Nissimov, J.I., Niu, K., Nolan, M.J.,
Noyce, K., O’Brien, S.L., Okamoto, N., Orlando, L., Castellano, Y.O.,
Osuolale, O., Oswald, W., Parnell, J., Peralta-Sánchez, J.M., Petraitis, P.,
Pfister, C., Pilon-Smits, E., Piombino, P., Pointing, S.B., Pollock, F.J., Potter,
C., Prithiviraj, B., Quince, C., Rani, A., Ranjan, R., Rao, S., Rees, A.P.,
Richardson, M., Riebesell, U., Robinson, C., Rockne, K.J., Rodriguezl, S.M.,
Rohwer, F., Roundstone, W., Safran, R.J., Sangwan, N., Sanz, V., Schrenk,
M., Schrenzel, M.D., Scott, N.M., Seger, R.L., Seguinorlando, A., Seldin, L.,
Seyler, L.M., Shakhsheer, B., Sheets, G.M., Shen, C., Shi, Y., Shin, H.,
Shogan, B.D., Shutler, D., Siegel, J., Simmons, S., Sjöling, S., Smith, D.P.,
Soler, J.J., Sperling, M., Steinberg, P.D., Stephens, B., Stevens, M.A.,
Taghavi, S., Tai, V., Tait, K., Tan, C.L., Taş, N., Taylor, D.L., Thomas, T.,
Timling, I., Turner, B.L., Urich, T., Ursell, L.K., Van Der Lelie, D., Van
Treuren, W., Van Zwieten, L., Vargas-Robles, D., Thurber, R.V., Vitaglione,
P., Walker, D.A., Walters, W.A., Wang, S., Wang, T., Weaver, T., Webster,
N.S., Wehrle, B., Weisenhorn, P., Weiss, S., Werner, J.J., West, K.,
Whitehead, A., Whitehead, S.R., Whittingham, L.A., Willerslev, E.,
Williams, A.E., Wood, S.A., Woodhams, D.C., Yang, Y., Zaneveld, J.,
Zarraonaindia, I., Zhang, Q., Zhao, H., 2017. A communal catalogue reveals
Earth’s multiscale microbial diversity. Nature 551, 457–463.
https://doi.org/10.1038/nature24621
Willis, C., Desai, D., Laroche, J., 2019. Influence of 16S rRNA variable region on
perceived diversity of marine microbial communities of the Northern North
Atlantic. FEMS Microbiol. Lett. 366, 1–9.
https://doi.org/10.1093/femsle/fnz152
Yu, Z., Morrison, M., 2004. Comparisons of different hypervariable regions of rrs
genes for use in fingerprinting of microbial communities by PCR-denaturing
gradient gel electrophoresis. Appl. Environ. Microbiol. 70, 4800–4806.
https://doi.org/10.1128/AEM.70.8.4800-4806.2004
Yulvizar, C., 2013. Isolasi dan Identifikasi Bakteri Probiotik pada Rastrelliger sp.
Isolation and Identification of Probiotic Bacteria in Rastrelliger sp.
Biospecies 6, 1–7.
LAMPIRAN
A. Perhitungan:
1L/1000mL→55,25 gram
C. Prosedur:
1. Ditimbang sampel sebanyak 55,25 gram.
2. Dilarutkan dengan aquadest 1000mL
3. Dipanaskan media diatas kompor
4. Dipindahkan kedalam erlenmeyer
5. Ditutup dengan menggunakan kapas dan dibungkus dengan kertas
6. Diautoclaf selama 75 menit
7. Dituangkan pada cawan petri sebanyak 25mL
8. Ditunggu hingga mengeras
9. Media dapat digunakan
A. Perhitungan:
1000mL→ 52 gram
125mL → x
X = 52
125 1000
X= 6,5 gram
B. Alat dan Bahan:
1. Erlenmeyer 5. Beaker Glass
2. Timbangan Neraca 6. Media MC
3. Kompor 7. Aquadest
47
48
4. Sendok Pengaduk
C. Prosedur Kerja:
1. Ditimbang Media MC Sebanyak 6,5 gram dengan Neraca Analitik
2. Dilarutkan dengan Aquadest Sebanyak 125mL
3. Dipanaskan dengan Menggunakan Kompor
4. Dipindahkan Kedalam Erlenmeyer
5. Ditutup dengan Menggunakan Kapas dan Dibungkus dengan Kertas
6. Diautoclaf selama 75 Menit
7. Dituang Pada Cawan Petri
8. Ditunggu Hingga Mengeras
9. Media Siap Digunakan
A. Perhitungan:
Agar : 500mL→ 2 gram
MHB: 1000mL→ 21 gram
45mL → x
45mL → x
500 = 45
1000 = 45
2 x
21 x
X= 0,95 gram X= 0,2 gram
C. Prosedur Kerja:
1. Ditimbang media MHB sebanyak 0,95 gram dengan neraca analitik
2. Ditimbang media agar sebanyak 0,2 gram dengan neraca analitik
3. Dipanaskan aquadest dengan menggunakan panci sebanyak 45mL diatas
kompor
4. Dimasukkan media MHB dan agar yang sudah ditimbang
5. Dihomogenkan sampai larut sempurna
6. Dituang kedalam tabung reaksi sebanyak 9mL tiap tabung
7. Diautoclaf selama 75menit
8. Ditunggu Hingga Mengeras
9. Media Siap Digunakan
49
B. Prosedur Kerja:
1. Diambil H2SO4 sebanyak 9,950uL menggunakan mikropipet, dimasukkan
kedalam tabung reaksi
2. Diambil BaCl2 sebanyak 50uL menggunakan mikropipet, dimasukkan
kedalam tabung reaksi
3. Dihomogenkan
C. Prosedur Kerja:
1. Ditimbang media MHA sebanyak 1,9 gram dengan neraca analitik
2. Dilarutkan dengan Aquadest Sebanyak 50mL
3. Dipanaskan dengan Menggunakan Kompor
4. Dipindahkan Kedalam Erlenmeyer
5. Ditutup dengan Menggunakan Kapas dan Dibungkus dengan Kertas
6. Diautoclaf selama 75 Menit
50
C. Prosedur Kerja:
1. Ditimbang media BHI sebanyak 1,11gram
2. Dilarutkan dengan Aquadest Sebanyak 50mL
3. Dipanaskan dengan Menggunakan Kompor
4. Dipindahkan kedalam tabung reaksi dengan volume 6mL
5. Ditutup dengan Menggunakan Kapas dan Dibungkus dengan Kertas
6. Diautoclaf selama 75 Menit
7. Media siap digunakan
51
Pengenceran bertingkat
Meghaluskan Karang Porites
Karang Porites sp
sp
GGGGGGCGGGTTGCTATAATGCAGTCGAGCGAACAGATGAGAAGCTTGCTTCTCT
GATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTACCTATAAGACTGGG
ATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCAGGGTTCA
ATAGTGAAAGACGGTTTCGGCTGTCACTTATAGATGGACCCGCGCCGTATTAGCT
AGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCGACGATACGTACCCGACCTGAGAGGGT
GATCGGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTA
GGGAATCTTCCGCAATGGGCGAAAGCCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGA
AGGTCTTCGGATCGTAAAACTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAATTTGTTAGTAACT
GAACAAGTCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAG
CCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCG
CGTAGGCGGTTTCTTAATTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTC
ATTGGAAACTGGGAAACTTGAGTGCAGAAGAGGAAGTGGAATTCCATGTGTAGCG
GTGAAATGCGCAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTCTCTGGTCT
GTAACTGACGCTGATGTGCGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCTGG
TAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGT
GCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAA
CTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGA
AGCAACGCGACAGAACCTTACCAAATCTTGACATCCTTTGACCGCTCTAGAGATA
54
GAGTCTTCCCCTTCGGGGGACAAAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTC
GTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTAAGCTTAGTT
GCCATCATTAAGTTGGGCACTCTAGGTTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGG
TGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGTGCTAC
AATGGATAATACAAAGGGCAGCGAATCCGCGAGGCCAAGCAAATCCCATAAAATT
ATTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAG
TAATCGTAGATCAGCATGGTACGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGC
CCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGAAGCCGGTGGAGTAACCTTTAGGAG
CTAGCT