SKRIPSI
Proposal Skripsi
Analis Kesehatan
Diajukan Oleh :
Erla Farikatun Nisa
G1C012017
http://lib.unimus.ac.id
i
GAMBARAN SENSITIVITAS BERBAGAI ANTIBIOTIK DAN PROFIL
PLASMID Escherichia coli ISOLAT AIR SUMUR GALI
DESA NGEMPLAK KABUPATEN PATI
1.
Program Studi D IV Analis Kesehatan Fakultas Ilmu Keperawatan dan Kesehatan
Universitas Muhammadiyah Semarang.
2.
Laboratorium Biologi Molekuler Fakultas Ilmu Keperawatan dan Kesehatan Universitas
Muhammadiyah Semarang.
3.
Laboratorium Bakteriologi Fakultas Ilmu Keperawatan dan Kesehatan Universitas
Muhammadiyah Semarang.
ABSTRAK
http://lib.unimus.ac.id
iv
describe the sensitivity of Escherichia coli to various antibiotics and plasmid
profiles of E. coli isolates from the village water wells Ngemplak Pati regency
Erla Farikatun Nisa1, Sri Darmawati2, Muhammad Evy Prastiyanto3
1.
Program Studi D IV Analis Kesehatan Fakultas Ilmu Keperawatan dan Kesehatan
Universitas Muhammadiyah Semarang.
2.
Laboratorium Biologi Molekuler Fakultas Ilmu Keperawatan dan Kesehatan Universitas
Muhammadiyah Semarang.
3.
Laboratorium Bakteriologi Fakultas Ilmu Keperawatan dan Kesehatan Universitas
Muhammadiyah Semarang.
ABSTRACT
http://lib.unimus.ac.id
iv
Kata Pengantar
Segala puji syukur atas kehadirat Allah SWT yang telah melimpahkan
junjungan kita Baginda Rasulullah SAW beserta keluarga dan para Sahabat-
dari bimbingan, dukungan dan bantuan dari berbagai pihak. Oleh karena itu
kepada:
1. Ibu Dr. Sri Darmawati, M.Si selaku dosen pembimbing I beserta Bapak M.
2. Ibu Dra. Sri Sinto Dewi, M.Si, Med selaku Ketua Program Studi D IV
Muhammadiyah Semarang.
http://lib.unimus.ac.id
iv
3. Bapak Suhari, Ibu Sumiyati dan keluarga tercinta yang telah memberikan
dalam penulisan tugas akhir ini. Penulis mengharapkan kritik dan saran yang
pembaca. Amin
G1C012017
http://lib.unimus.ac.id
iv
DAFTAR ISI
Halaman
HALAMAN JUDUL ...........................................................................................i
HALAMAN PERSETUJUAN ...........................................................................ii
HALAMAN PENGESAHAN ............................................................................iii
ABSTRAK ...........................................................................................................iv
SURAT PERNYATAAN ORIGINALITAS .....................................................vi
KATA PENGANTAR.........................................................................................vii
DAFTAR ISI........................................................................................................ix
DAFTAR TABEL ...............................................................................................xi
DAFTAR GAMBAR...........................................................................................xii
DAFTAR LAMPIRAN .......................................................................................xii
BAB I. PENDAHULUAN................................................................................... 1
1.1 Latar Belakang ......................................................................................... 1
1.2 Rumusan Masalah .................................................................................... 3
1.3 Tujuan Penelitian ..................................................................................... 4
1.4 Manfaat Penelitian ................................................................................... 4
1.5 Orisinalitas Penelitian .............................................................................. 5
BAB II. TINJAUAN PUSTAKA........................................................................ 6
2.1 Sumur Gali disekitar Limbah Tepung Tapioka Kabupaten Pati .............. 6
2.2 Escherichia coli ....................................................................................... 7
2.2.1 Morfologi Escherichia coli ................................................................... 8
2.2.2 Patogenitas Escherichia coli ................................................................. 9
2.3 Uji Sensitivitas Bakteri ............................................................................10
2.4 Resistensi Escherichia coli Terhadap Antibiotik.....................................11
2.5 DNA Plasmid ...........................................................................................12
2.6 Elektroforesis Gel Agarosa ......................................................................13
2.7 Kerangka Teori ........................................................................................15
BAB III. METODE PENELITIAN ...................................................................16
3.1 Desain Penelitian .....................................................................................16
3.2 Variabel Penelitian...................................................................................16
3.3 Definisi Operasional ................................................................................16
3.4 Populasi dan Sampel Penelitian ...............................................................16
3.5 Alat dan Bahan.........................................................................................17
3.5.1. Alat ......................................................................................................17
3.5.2. Bahan ..................................................................................................17
3.6 Cara Kerja ................................................................................................17
3.6.1 Uji Sensitivitas Bakteri .........................................................................17
3.6.2 Isolasi DNA Plasmid Escherichia coli..................................................18
3.6.3 Separasi Profil Plasmid Escherichia coli .............................................19
3.7 Alur Penelitian .........................................................................................20
3.8 Teknik Pengumpulan Data.......................................................................20
3.9 Pengolahan Data dan Analisis Data .........................................................20
3.10 Waktu dan Tempat Penelitian ................................................................21
3.10.1 Tempat Penelitian ...............................................................................21
http://lib.unimus.ac.id
iv
3.10.2 Waktu Penelitian .................................................................................21
3.11 Skema Uji Sensitivitas ..........................................................................22
3.12 Skema Isolasi DNA Plasmid..................................................................23
3.13 Skema Separasi DNA Plasmid...............................................................25
BAB IV. PEMBAHASAN...................................................................................26
4.1 Hasil Penelitian ........................................................................................26
4.1.1 Hasil Uji Sensitivitas.............................................................................26
4.1.2 Hasil Elektroforesis Profil Plasmid E. coli ...........................................27
4.2 Pembahasan..............................................................................................28
BAB V. KESIMPULAN DAN SARAN .............................................................33
5.1 Kesimpulan ..............................................................................................33
5.2 Saran ........................................................................................................33
DAFTAR PUSTAKA
LAMPIRAN
http://lib.unimus.ac.id
iv
DAFTAR TABEL
Halaman
Tabel 1. Orisinalitas Penelitian .............................................................................5
Tabel 2. Standart Hasil Uji Sensitivitas ................................................................10
Tabel 3. Definisi Operasional ...............................................................................26
Tabel 4. Hasil Uji Sensitivitas E. coli terhadap Antibiotik ..................................28
http://lib.unimus.ac.id
iv
DAFTAR GAMBAR
Nomor Halaman
Gambar 1. Gambar Plasmid Pada Sel Bakteri ............................................ 12
Gambar 2. Skema Kerangka Teori ............................................................. 15
Gambar 3. Alur Penelitian .......................................................................... 20
Gambar 4. Skema Uji Sensitivitas .............................................................. 22
Gambar 5. Skema Isolasi DNA Plasmid..................................................... 23
Gambar 6. Skema Separasi DNA Plasmid ................................................. 25
Gambar 7. Hasil Elektroforesis Agarosa DNA Plasmid............................. 27
http://lib.unimus.ac.id
iv
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran Halaman
Lampiran 1. Pembuatan Media ..................................................................... 38
Lampiran 2. Gambar Penelitian..................................................................... 41
http://lib.unimus.ac.id
iv
BAB I
PENDAHULUAN
satunya kebutuhan rumah tangga dan industri. Penyediaan air bersih sekarang ini
air pun semakin meningkat sehingga dituntut tersedianya air yang sehat yang
meliputi pengawasan dan penetapan kualitas air untuk berbagai kebutuhan dan
maupun air bersih yang memenuhi syarat kesehatan bagi masyarakat (Alwi &
Maulina, 2012). Masih banyak masyarakat yang memanfaatkan air sumur gali
yang terkandung dalam jumlah banyak pada kotoran manusia dan hewan (Fadilah
kualitas air bersih yang dapat digunakan sehari-hari memiliki standar maksimum
total bakteri Coliform yaitu 0 AMP/100 mL air, sehingga adanya Coliform dalam
http://lib.unimus.ac.id
iv
air menunjukkan bahwa air tersebut sudah tercemar. Bakteri Coliform tidak dapat
kontaminasi bakteri ini, maka resiko adanya bakteri lain yang dapat menimbulkan
tepung tapioka yang banyak menghasilkan limbah, salah satunya limbah cair yang
dialirkan ke sungai dan pemukiman penduduk. Kandungan dari limbah cair yang
merupakan proses dari produksi pembuatan tepung tapioka tersebut adalah bahan
organik yang meliputi karbohidrat, lemak, serat dan protein (Robby et al. 2013).
Kandungan limbah cair tersebut merupakan nutrient bagi bakteri yang dapat
adanya Coliform dalam air dapat ditemukan di sumber air yang dipakai untuk
keperluan rumah tangga seperti sumur gali atau sungai yang ada disekitar limbah
Salah satu bakteri dari kelompok Coliform adalah Escherichia coli (E.
batang, bersifat gram negatif dan dalam keadaan normal berada di usus manusia,
(Winarno, 2008). Manusia dapat terinfeksi E. coli karena makan dan minum yang
terkontaminasi bakteri tersebut sehingga dapat menyebabkan diare dan kram pada
http://lib.unimus.ac.id
iv
Menurut penelitian (Martha & Tejasari, 2014) saat ini diketahui banyak
Selain itu, bakteri gram negatif seperti E. coli menghasilkan plasmid yang dapat
memindahkan gen resistensi dan menghasilkan enzim beta laktamase yang dapat
berubah, sehingga peneliti ingin mengetahui pola resistensi E. coli isolat air sumur
Escherichia coli isolat air sumur gali Desa Ngemplak Kabupaten Pati ?
antibiotik dan profil plasmid Escherichia coli isolat air sumur gali Desa
http://lib.unimus.ac.id
iv
1.4 Manfaat Penelitian
biologi molekuler.
http://lib.unimus.ac.id
iv
1.5 Orisinilitas
sensitivitas bakteri dan profil plasmid pada bakteri Escherichia coli, dapat dilihat
pada tabel 1:
sensitivitas bakteri terhadap antibiotik yang diberikan dan Profil plasmid pada
bakteri Escherichia coli dari isolat air sumur gali disekitar limbah tepung tapioka.
http://lib.unimus.ac.id
iv
BAB II
KAJIAN PUSTAKA
hidup di bumi. Fungsi air bagi kehidupan tidak dapat digantikan oleh senyawa
lain. jadi air memegang peranan penting dalam setiap aktivitas manusia terutama
kebutuhan air bersih (Rahayu & Dwi, 2010). Kebutuhan air bersih di indonesia
pada umumnya dapat dipenuhi dari air hujan, air permukaan dan air tanah
(Chandra, 2006). Air tanah yang masih banyak digunakan oleh masyarakat
khususnya di Desa Ngemplak Kabupaten Pati adalah air sumur gali. Sumur gali
menurut Departemen Kesehatan Tahun 1997 adalah salah satu sarana penyediaan
air bersih dengan cara menggali tanah sampai mendapatkan lapisan air dengan
kedalaman tertentu.
penghasil tepung tapioka, untuk produksi tepung tapioka sampai saat ini Desa
Ngemplak masih memanfaatkan air sumur gali untuk kegiatan industri. Hasil dari
kegiatan industri tepung tapioka salah satunya adalah limbah cair. Limbah cair
yang dihasilkan dari pabrik tepung tapioka tersebut dibuang langsung ke aliran
terhadap terjadinya pencemaran sumber air tanah dan sumur gali yang berada
http://lib.unimus.ac.id
iv
Pencemaran air yang terjadi akan meresap ke dalam air tanah dan
menyerap ke sumber air masyarakat yang ada disekitar sungai (Widiyanto et al.
2015). Sehingga kebutuhan air bersih yang digunakan masyarakat dari sumur gali
harus memenuhi syarat kesehatan air bersih dan air minum berdasarkan kualitas
air untuk mengetahui adanya bakteri Coliform dan bahan kimia berbahaya bagi
bersih berdasarkan parameter fisik meliputi (bau, suhu, warna, rasa dan
kekeruhan), parameter kimia meliputi (pH, klorida, nitrit, nitrat dan magnesium),
pencemaran dalam air karena banyak ditemukan hidup di dalam air yang
terkontaminasi oleh kotoran manusia atau hewan. Salah satu bakteri yang
termasuk kedalam kelompok Coliform adalah E.coli (Tururaja & Mogea, 2010).
hampir pada semua media yang bisa dipakai di laboratorium yang digunakan
untuk isolasi bakteri enterik, pertumbuhan yang baik pada suhu optimal 370C pada
media yang mengandung pepton (Jawetz, 2007). Pada media Mac Conkey (MC)
laktosa dan pada media Eosin Methylen Blue Agar (EMBA) koloni menghasilkan
warna hijau metalik (Iswara, 2015). Karakteristik taksonomi E. coli dalam buku
http://lib.unimus.ac.id
iv
Bergeys Manual of Systematic Bacteriology sebagai berikut : (Brinner et al.
1932).
Domain : Bacteria
Kingdom : Bacteria
Phylum : Proteobacteria
Class : Gamma proteobacteria
Order : Enterobacteriales
Family : Enterobacteriaceae
Genus : Escherichia
Species : Escherichia coli
Escherichia coli merupakan bakteri batang gram negatif, motil atau non
motil, tidak berspora dengan ukuran 0,4 - 1,0 m x 1,3 m, koloni berbentuk
bulat, cembung, halus dan beberapa strain mempunyai kapsul (Ikmalia, 2008).
Bakteri E. coli merupakan flora normal usus pada manusia dan hewan yang dapat
ditemukan diusus besar (Jawetz, 2007). Bakteri E. coli disebut sebagai bakteri
oportunis karena dapat bersifat patogen jika dapat memasuki jaringan tubuh lain
antigen K tertentu atau terdapat pada asam polisakarida yang dibentuk oleh
http://lib.unimus.ac.id
iv
Bakteri E. coli memproduksi macam-macam fimbria atau pili yang
berbeda, banyak macamnya pada struktur dan speksitifitas antigen, antara lain
panas atau organ spesifik yang bersifat adhesi. Hal itu merupakan faktor virulensi
menjadi patogen bila bakteri dapat memasuki bagian tubuh lainnya, sehingga
menimbulkan infeksi pada jaringan tubuh lain di luar usus normal. seperti saluran
air kemih, saluran empedu dan selaput otak yang menyebabkan peradangan pada
Infeksi paling umum yang disebabkan E coli adalah infeksi saluran kemih
pada sel epitel, hal tersebut dapat dimungkinkan terjadinya invasi ke dalam
saluran kemih (ISK). Adanya infeksi saluran kemih dapat menyebabkan penyakit
http://lib.unimus.ac.id
iv
2.3 Uji sensitivitas bakteri
kerentanan bakteri terhadap zat antibakteri atau antibiotik dan untuk mengetahui
daya kerja dari suatu antibiotik dalam membunuh bakteri (Waluyo, 2009).
organisme lain yang kontak dengan bakteri tersebut (Nur et al. 2013).
yang digolongkan ke dalam tiga kriteria yang dapat dilihat pada tabel 2.
Kloramfenikol ( C30 ) 12 13 17 18
Gentamisin (CN 10 ) 12 13 14 15
Ampisilin ( Amp 10 ) 13 14 16 17
Siprofloksasin ( CIP 5 ) 15 16 20 21
Hasil dari uji sensitivitas, bakteri yang memiliki plasmid dapat menunjukkan
http://lib.unimus.ac.id
iv
2.4 Resistensi Escherichia coli terhadap antibiotik
generasi pertama, karena memiliki R-plasmid yang membawa satu atau lebih gen
yang mengkode enzim yang dapat merusak antibiotik. Bakteri yang resisten.
terhadap dua atau lebih antibiotik disebut MDR (Multiple drug resistance)
yang lebih kuat dari generasi sebelumnya terhadap bakteri gram negatif
namun mulai berkembang pesat dengan tambahan integron pada plasmid atau
Herwana, 2007).
gen yang berada pada kromososm mengkode enzim DNA gyrase. Jadi resistensi
http://lib.unimus.ac.id
iv
gentamisin sebagai generasi pertama disebabkan adanya faktor R plasmid
dikode oleh gen yang ada pada kromosom (Darmawati et al. 2015).
berupa Molekul DNA kromosom berbentuk supercoil yang berukuran besar yang
Plasmid dianggap baik berukuran kecil, sebagai bahan genetik tambahan, dapat
kromosom bakteri dan dapat berpindah atau dipindahkan dari satu spesies ke
Sifat resistensi bakteri tehadap antibiotik dapat terjadi karena dipengaruhi oleh
unsur yang bersifat genetik seperti plasmid. Gen pada plasmid untuk resistensi
http://lib.unimus.ac.id
iv
antibiotik berfungsi mengontrol pembentukan enzim yang mampu merusak
memberikan sifat-sifat baru pada inang. Pada umumnya plasmid tersebut dinamai
sesuai dengan sifat plasmid seperti plasmid resistensi, plasmid virulensi, plasmid
degradatif, seks plasmid dan kol- plasmid (Michael, 2011). Sel bakteri dapat
mempunyai satu jenis atau lebih DNA ekstrakromosom atau plasmid. Plasmid
mempunyai ukuran dan berat sekitar 1 300 kb, untuk mengetahui ukuran dari
plasmid dapat dilakukan dengan cara elekroforesis gel agarosa (Snustad dan
Simmons, 2003).
suatu medan listrik. Kecepatan molekul yang bergerak pada medan listrik
2011).
dan RNA menurut muatan, ukuran dan bentuk. Metode ini merupakan suatu
potongan DNA sesuai dengan ukurannya. Saat arus listrik diaplikasikan pada gel,
molekul bermuatan negatif akan bermigrasi melalui matriks gel menuju kutub
positif (anoda). Migrasi struktur molekul yang besar akan lebih lambat
http://lib.unimus.ac.id
iv
dibandingkan struktur molekul yang kecil dalam proses melewati pori-pori gel
(Fatchiyah, 2011).
ukuran dan bentuk molekul DNA, konsentrasi agarosa, arus listrik dan suhu.
fragmen DNA yang terpisah dalam gel (Fatchiyah, 2011). Etidhium bromid akan
memendarkan sinar ultraviolet, jika gel di sinari dengan ultraviolet dari bawah
akan terlihat pita-pita pada gel yang merupakan molekul-molekul DNA yang
suatu fragmen DNA dapat dilihat dengan membandingan laju migrasi fragmen
http://lib.unimus.ac.id
iv
2.7 Kerangka Teori
Patogenitas
Antibiotik
Escherichia coli DNA plasmid
Sensitivitas
Resistensi
Gambar 2. Kerangka teori Gambaran sensitivitas berbagai antibiotik dan profil plasmid E.
coli isolat air sumur gali Desa Ngemplak Kabupaten Pati.
http://lib.unimus.ac.id
iv
BAB III
METODE PENELITIAN
Kabupaten Pati yang letaknya dekat dengan limbah tepung tapioka. Sampel yang
diambil dari 12 air sumur gali di Desa Ngemplak. Spesimen dari penelitian ini
adalah 10 strain E. coli isolat air sumur gali Desa Ngemplak Kabupaten Pati.
http://lib.unimus.ac.id
iv
3.5 Alat dan Bahan
3.5.1 Alat
3.5.2 Bahan
Bahan yang digunakan dalam penelitian ini yaitu bakteri E. coli, media
Lysing solution II (NaOH, SDS), Lysing solution III (Kalium asetat, Asam
asetat), TAE (Tris, Acetid Acid, EDTA), Ethanol 70%, Ethanol absolute, RNAse,
Sebanyak 10 strain E. coli isolat air sumur gali di Desa Ngemplak kabupaten
Pati diuji resistensinya terhadap antibiotik dengan metode disk diffusion (Kirby
Bauer) pada media Muller Hinton Agar (MHA). Dibuat suspensi dengan cara satu
koloni bakteri diinokulasi kedalam 5 ml media BHI cair, diinkubasi dengan suhu
supaya bakteri bakteri meresap ke dalam agar, lalu letakkan disk antibiotik pada
permukaan media dengan sedikit ditekan supaya disk antibiotik tidak terlepas.
http://lib.unimus.ac.id
iv
Setelah itu diinkubasi pada suhu 37oC selama 18 24 jam. Diamati penghambatan
tabung yang berisi 5 ml media LB. Inkubasi pada suhu 370C dalam waterbath
selama semalam, setelah itu bakteri dipanen dengan cara disentrifuge 12000 rpm
pada suhu 40C selama 10 menit. Supernatan dibuang, setelah itu dalam tabung
homogenkan dengan cara membolak balik tabung lalu simpan ke dalam es selama
cara membolak balik tabung lalu simpan ke dalam es selama 5 menit, kemudian di
sentrifuge 12.000 rpm pada suhu 40C selama 10 menit. Supernatan diambil lalu di
pindahkan ke dalam tube yang baru dan ditambahkan kloroform 1:1 lalu gojok
dengan shaker selama 15 menit, kemudian di sentrifuge 12.000 rpm pada suhu
40C selama 10 menit, setelah itu pindahkan lapisan atas kedalam tube baru dan
(-200C) selama 1 jam. Selanjutnya sentrifuge 12.000 rpm pada suhu 40C selama
10 menit, pellet dicuci dengan ethanol 70% kemudian di sentrifuge 12.000 rpm
pada suhu 40C selama 10 menit, setelah itu pellet di keringkan anginkan selama
http://lib.unimus.ac.id
iv
RNAse dan inkubasi dalam waterbath selama 1 jam. Kemudian cek DNA plasmid
menyiapkan sisir dan pencetak gel yang sudah dibersihkan dengan alkohol 70%.
Setelah alat pencetak gel disiapkan, gel agarose dibuat dengan ditimbang 1,5 gram
di tuang ke dalam cetakan gel agarose, dan pasang sisir diatas larutan agarose.
Larutan di diamkan sampai berubah menjadi gel yang padat kemudian sisir
dalam sumuran gel. Setelah semua sumuran terisi kemudian alat dihubungkan
dengan power supplay dan dielektroforesis pada tegangan 100 volt selama 60
menit. Setelah elektroforesis selesai gel hasil elektroforesis diambil dari cetakan
dan band DNA plasmid dapat diamati dibawah sinar ultraviolet (UV).
http://lib.unimus.ac.id
iv
3.7 Alur Penelitian
Data yang digunakan dalam penelitian ini merupakan data primer dan hasil
http://lib.unimus.ac.id
iv
3.10 Tempat dan Waktu Penelitian
coli isolat air sumur gali di Desa Ngemplak Kabupaten Pati dilakukan di
Mada Yogyakarta
http://lib.unimus.ac.id
iv
3.11 Skema Uji Sensitivitas
Resisten Sensitif
http://lib.unimus.ac.id
iv
3.12 Skema Isolasi DNA plasmid
Buang supernatan, Pellet di tambah 100 l lysing solution I ink. dalam es 5 menit
Ambil supernatan, pindahkan dalam tube baru dan ditambah kloroform 1:1
homogenkan
Pindahkan lapisan atas kedalam tube baru, dan ditambahkan ethanol absolut dingin 1:1
http://lib.unimus.ac.id
iv
Sentrifuge 12.000 rpm pada suhu 40C selama 10 menit
http://lib.unimus.ac.id
iv
3.13 Skema separasi DNA plasmid metode Elektroforesis Agarose
Siapkan sisir dan baki gel yang telah disterilkan dengan alkohol
Masukkan larutan agarose ke dalam baki gel agarose dan sisir diatasnya tunggu sampai polimerasi
Angkat sisir secara perlahan, lalu baki yang berisi gel dimasukkan ke dalam tangki elektroforesis
Masukkan 18 l sampel yang sudah ditambah loading buffer ke dalam masing-masing sumuran
Hubungkan alat dengan aliran listrik 100 volt tunggu selama 45 60 menit
Aliran listrik dimatikan lalu keluarkan gel dari baki gel agarose
http://lib.unimus.ac.id
iv
BAB IV
Gambaran hasil uji sensitivitas 10 strain E. coli dari isolat air sumur gali asal
diisolasi dari air sumur gali Desa Ngemplak Kabupaten Pati terhadap keempat
http://lib.unimus.ac.id
iv
antibiotik kloramfenikol dan siprofloksasin. Empat strain resisten terhadap
menunjukkan hasil :
mempunyai satu jenis plasmid dan menunjukkan profil plasmid dengan ukuran
pada nomer 1,3,8 dan 10, sedangkan 6 lainnya memiliki plasmid dengan ukuran
4.2 Pembahasan
Hasil uji sensitivitas 10 strain E. Coli isolat air sumur gali Desa Ngemplak
http://lib.unimus.ac.id
iv
ampisilin diketahui pada antibiotik kloramfenikol dan siprofloksasin 10 strain E.
intermediet serta 4 strain lainnya resisten dan pada 10 strain E. coli semua
sensitivitas tersebut, hal ini sesuai dengan penelitian (Krisnaningsih et al. 2005)
yang menunjukkan adanya variasi sensitivitas dalam satu spesies bakteri E. coli
dengan subunit 50S dari ribosom dan akan mempengaruhi pengikatan asam amino
yang baru pada rantai peptida sehingga kloramfenikol menghambat enzim peptidil
pertama. Hasil sensitif pada 7 strain E. coli secara umum terjadi pada saat
bakteri menjadi 2 utas DNA. Hambatan ini dapat diatasi bakteri dengan bantuan
kerja enzim DNA girase pada bakteri dan bersifat bakterisidal, sehingga bakteri
http://lib.unimus.ac.id
iv
Gentamisin merupakan antibiotik golongan aminoglikosida. dua strain
reseptor protein spesifik yaitu subunit 30S pada ribosom bakteri yang akan
mengakibatkan kode genetik pada mRNA tidak terbaca dengan baik sehingga
2016).
penetrasi kedalam sel bakteri, rendahnya afinitas obat pada ribosom atau
inaktivasi obat oleh enzim bakteri. Enzim inaktivator aminoglikosida yang dikenal
yaitu enzim adenilat, fosforilat dan asetilat. Informasi genetik untuk sintesis
enzim terutama didapat melalui konjugasi, transfer DNA sebagai plasmid dan
transfer faktor resisten. Plasmid pembawa faktor resistensi yang tersebar luas
mempunyai sifat spektrum luas dengan toksisitas rendah (Nur et al. 2013).
bakteri menghasilkan enzim beta-laktamase yang disandi oleh gen dalam plasmid.
sehingga dapat merusak aktivitas antimikroba. Hal ini dapat juga disebabkan
http://lib.unimus.ac.id
iv
pelayanan kesehatan untuk pengobatan terhadap berbagai penyakit infeksi ringan
(Tenover, 2006). Selain itu antibiotik ampisilin digunakan juga untuk makanan
hewan ternak yang hanya dilakukan oleh petani dan kurang diawasi oleh tenaga
ahli hal ini merupakan salah satu bentuk penyalah gunaan antibiotik yang dapat
berdasarkan sifat yang disandi oleh gen yang dikandungnya antara lain plasmid R
yang membawa gen resistensi terhadap antibiotik yang dapat menularkan pada
bakteri lain dari satu sel ke sel lain. Transfer plasmid R terjadi tidak hanya dalam
satu spesies tetapi dapat terjadi dalam satu genus dengan cara konjugasi sehingga
coliplasmid yang teramati akan terlihat sebagai pita DNA yang berpendar
berwarna orange fluoresence oleh sinar ultra violet yang dapat dilihat pada
mempunyai satu jenis plasmid. Hal tersebut sama dengan penelitian yang
mempunyai R-plasmid dan mempunyai berat molekul yang bervariasi pula dan
menurut data penelitian tersebut bakteri resisten terhadap satu jenis antibiotik
http://lib.unimus.ac.id
iv
mempunyai satu plasmid namun demikian tidak digunakan sebagai acuan karena
yang sudah diketahui nilainya dan hasilnya menunjukkan satu plasmid berukuran
8.000 bp dan plasmid lain berukuran 5.000 bp. Plasmid pada kode sampel SG.02,
SG.04, SG.10 dan SG.12 terletak pada posisi 8.000 bp sedangkan plasmid pada
kode sampel SG.03, SG.05, SG.07, SG.08, SG.09, SG.11 terletak pada posisi
5.000 bp.
plasmid dengan ukuran yang besar, 3 sisanya memiliki ukuran yang kecil, namun
Jadi data yang diperoleh dari uji kepekaan dan elektroforesis DNA
gentamisin dan ampisilin yang diisolasi dari air sumur gali Desa Ngemplak di
Kabupaten Pati dan menunjukkan profil plasmid E. coli yang diamati dibawah
sinar ultra violet plasmid yang terisolasi mempunyai ukuran 8000 bp dan 5000 bp.
http://lib.unimus.ac.id
iv
genetik pada plasmid sehingga penelitian tersebut menunjukan ukuran DNA
http://lib.unimus.ac.id
iv
BAB V
5.1 Kesimpulan
berbagai antibiotic dan Profil plasmid Escherichia coli isolat air sumur gali Desa
dengan ukuran 8000 bp yakni (SG.02, SG.04, SG.10 dan SG.12), sedangkan 6
strain lainnya memiliki plasmid dengan ukuran 5000 bp yakni (SG.03, SG.05,
5.2 Saran
Gambaran profil DNA plasmid E. coli dari beberapa tempat yang lain dari
http://lib.unimus.ac.id
iv
DAFTAR PUSTAKA
Agustiningsih, D., Sasongko, B.S & Sudarno. 2012. Analisis Kualitas Air dan
Strategi Pengendalian Pencemaran Air Sungai Blukar Kabupaten Kendal.
Jurnal Presipitasi. Vol 9(2). Pp. 64-71
Al-Bahry, S.N., Al-Mashany, B.M., Elshafie, A.E., Pathare, N., AL-Harthy, A.H.
2006. Plasmid Profile of Antibiotic Resistant Escherichia coli Isolated from
Chicken Intestine. J. of Ala. Acad. Of Sci. 77(3-4): 152-159.
Alwi, M & Maulina, S., 2012. Pengujian Bakteri Coliform dan Escherichia coli
Pada Beberapa Depot Air Minum Isi Ulang di Kecamatan Palu Timur Kota
Palu. Jurnal Biocelebes, Vol 6(1), pp. 40-47
Annisa, A. N., Ria, S.P & Aminin, L.N., 2011. Pemurnian DNA Plasmid Puc19
Menggunakan Kolom Silika dengan Denaturan Urea. Jurnal Sains dan
Matematika. Vol 19(2). pp. 47-53
Brooks GF. 2007. Mikrobiologi Kedokteran jawetz, Melnick & Adelberg. EGC,
Jakarta
Brinner, D.J., Krieg, N.R. & Staley, J.T., 1932. Bergeys Manual of Systematic
Bacteriology. USA
Darmawati, S., Sembiring, L., Asmara, W., Artama, W.T., 2015. Identifikasi
bakteri batang gram negatif pada darah widal positif berdasarkan karakter
fenotipik. pp.8996.
Endriani, R., Andrini, F. & Alfina, D., 2010. Pola Resistensi Bakteri Penyebab
Infeksi Saluran Kemih ( ISK ) Terhadap Antibakteri di Pekanbaru. Jurnal
Natur Indonesia. Vol 12(2). pp.130135.
Fadilah, R. et al., 2014. Studi Kualitas Bakteriologis Air Sumur Gali pada
Kawasan Permukiman Menggunakan Biosensor TECTA TM B16 ( Studi
Kasus: Dusun Blimbingsari dan Dusun Wonorejo , Kabupaten Sleman
Yogyakarta ). Jurnal Sains dan Teknologi Lingkungan. Vol 6(1). pp.3847.
http://lib.unimus.ac.id
iv
Fatchiyah. Arumingtyas, E L. Widyarti, S. rahayu, S. 2011. Biologi molekular;
Prinsip dasar analisis. Penerbit Erlangga. Jakarta.
Fery, I.A., 2006. Deteksi DNA Plasmid Pada Lactobacillus sp. Dengan Metode
Elektroforesis Gel Agarosa. WARTA-WIPTEK. Vol 14(2). p.02.
Ikmalia. 2008.Analisa profil protein isolat escherichia coli S1 hasil iradiasi sinar
gamma. Fakultas sains teknologi universitas islam negeri syarif hidayatullah.
Jakarta
Islam, M.J., Sultana, S., Das, K.K., Sharmin, N., Hasan, M.N. 2008. Isolation of
plasmid mediated Multidrug Resistant Escherichia coli from Poultry. Int. J.
Sustain. Crop. Prod. 3 (5): 46-50.
Iswara, A.I., 2015. Pola Sensitivitas Eschericia coli Terhadap Antibiotik pp.273
277.
Juliantina, F., D.A. Citra, B. Nirwani. 2008. Manfaat Sirih Merah (Piper
crocatum) sebagai Agen Anti Bakterial Terhadap Bakteri Gram Positif dan
Gram Negatif. UII Press. Yogyakarta
Kelanit, S.R., Runtuboi, Y.P. Dirky., Gunaedi T., 2016. Uji Resistensi dan
Deteksi Gen Plasmid IncHI1 Salmonella typhi Isolat Jayapura. Jurnal Biologi
Papua, Vol 8(1), pp. 48-56.
Michael, H.W., Nugroho, S.W & Asmara, W., 2011. Profil Plasmid Escherichia
coli Resisten Terhadap Beberapa Antibiotika yang Diisolasi Dari Peternakan
Ayam Komersial. Jurnal Sain Veteriner, Vol 29(1), pp. 43-50.
http://lib.unimus.ac.id
iv
Munfiah, S., Nurjazuli & Setiani, O., 2013. Kualitas Fisik dan Kimia Air Sumur
Gali dan Sumur Bor di Wilayah Kerja Puskesmas Guntur II Kabupaten
Demak Physical and Chemical Water Quality of Dug and Bore Well in the
Working Area of Public Health Center II Guntur Demak Regency. Jurnal
Kesehatan Lingkungan Indonesia, Vol 12(2), pp.154159.
Noviana, H., 2004. Pola kepekaan antibiotika Escherichia coli yang diisolasi dari
berbagai spesimen klinis. Jurnal Kedokteran Trisakti, Vol 23(4), pp.122
126.
Nur, I., Musjaya, M.G. & Muhammad, A., 2013. Uji Resistensi dan Sensitivitas
Bakteri Salmonella thypi Pada Orang Yang Sudah Pernah Menderita Demam
Tifoid Terhadap Antibiotik. Jurnal Biocelebes.Vol 7(1), pp.2734.
Rahayu, S.P. & Dwi, O.P., 2010. Pengaruh jarak sumur gali dengan septic tank
terhadap kandungan bakteri coliform pada air sumur gali. Jurnal IKESMA.
Vol6(1), pp.2533.
Robby, R.H. et al., 2013. Produksi Biogas dari Limbah Cair Industri Tepung
Tapioka dengan Reaktor Anaerobik 3.000 Liter Berdistributor. Jurnal Teknik
Pomits. Vol 2(1), pp.15.
Tururaja, T. & Mogea, R., 2010. Bakteri Coliform di Perairan Teluk Doreri,
Manokwari Aspek Pencemaran Laut dan Identifikasi Species. Ilmu kelautan,
Vol 15(1), pp.47-52.
Warganegara, E. & Apriliana, E., 2014. AD. The Determining type of Extended-
Spectrum -Lactamase Enzyme ( ESBL ) from Escherichia coli resistance
Cephalosporine of third Generation in RSUD Abdoel Moeloek Bandar
Lampung. JUKE. Vol 4(7), pp.8796.
Widiyanto, A.F., Yuniarno, S & Kuswanto, 2015. Polusi Air Tanah Akibat
Limbah Industri Dan Limbah Rumah Tangga. Jurnal Kesehatan Masyarakat.
Vol 10(2). pp.246254.
http://lib.unimus.ac.id
iv
Widyarti, S. 2011. Prinsip dasar analisis-biologi molekuler. penerbit erlangga.
Jakarta
Winarno FG. 2008. Kimia Pangan dan Gizi. MBrio Press. Bogor
Yenny & Herwana, E., 2007. Resistensi dari bakteri enterik : aspek global
terhadap antimikroba. UNIVERSA MEDICINA. Vol 26(1). Pp. 46-56.
http://lib.unimus.ac.id
iv
LAMPIRAN 1 : Pembuatan Media
Peralatan dan bahan yang digunakan penelitian seperti cawan petri, tabung
dimasukkkan ke dalam oven pada suhu 100oC selama 1 jam agar kering sebelum
digunakan.
2. Pembuatan Media :
itu dipindah pada erlenmeyer dan disumbat dengan kapas dan dibungkus
dengan kertas, diautoclave suhu 121 C selama 15 menit pada tekanan 1-2
atm kemudian angkat media dan dibagi pada cawan petri kira-kira 32 ml
Komposisi: pepton 8,5 gram, laktosa 5 gram, NaCl 1,5 gram, netral red
0,015 gram, agar 6,75 gram, aquadest 500 ml, PH 7,2 0,2.
http://lib.unimus.ac.id
iv
diautoclave suhu 121 C selama 15 menit pada tekanan 1-2 atm kemudian
angkat media dan dibagi pada cawan petri kira-kira 8-10ml dinginkan, di
Bahan : 0,25 gram ekstrak yeast, 1 gram tryptone, 1 gram Nacl dan 50 ml
dH2O.
5 ml.
perbandingan 1:1
Cara Membuat : 5 M Kalium Asetat (pH 4,8) 60 ml, Asam asetat 11,5 ml
http://lib.unimus.ac.id
iv
Cara Membuat : diambil labu ukur 100 ml, kemudian dihomogenkan
semua bahan dan ditepatkan dengan aquadest hingga volume 100 ml.
Bahan : serbuk agarosa 1,5 gram, Ethidium Bromide 2 ul, TAE 1x 150 ml
10 ml, tabung ditutup lalu dihomogenkan. Suspensi BaSO4 yang terdapat dalam
BaCl2 1% 0,05 ml
Prosedur :
http://lib.unimus.ac.id
iv
LAMPIRAN 2 : Gambar Penelitian
http://lib.unimus.ac.id
iv
LAMPIRAN 3
http://lib.unimus.ac.id
iv
LAMPIRAN 4
http://lib.unimus.ac.id
iv
http://lib.unimus.ac.id
iv