Diterjemahkan dari bahasa Inggris ke bahasa Indonesia - www.onlinedoctranslator.

com

ILMU KELAUTAN: Jurnal Ilmu Kelautan IndonesiaDesember 2022 Jilid 27(4):307-314 e-ISSN 2406-7598

Identifikasi Molekuler Ikan Kakap (Perciformes: Lutjanidae) yang Mendarat di

Pelabuhan Perikanan Pondokdadap Sendang Biru, Malang, Indonesia

Sapto Andriyono1*, Novian Aji Pradana2, Laksmi Sulmartiwi1, Andi Aliah Hidayani3,
Md.Jobaidul Alam4, Adrian Damora5, Ahasan Habib6

1Departemen Kelautan, Perikanan dan Fakultas Kelautan Universitas Airlangga

2 Program Studi Budidaya Perairan Fakultas Perikanan dan Kelautan Universitas Airlangga
Jl. Wijaya Kusuma No.13 Banyuwangi, Jawa Timur 68411 Indonesia
3Jurusan Perikanan Fakultas Ilmu Kelautan dan Perikanan Universitas Hasanuddin
Jl. Perintis Kemerdekaan No.Km. 10 Makassar, Sulawesi Selatan 90245 Indonesia
4Departemen Perikanan, Kementerian Perikanan dan Peternakan, Dhaka, Bangladesh
Dhaka 1205, Bangladesh
5Jurusan Budidaya Perairan Fakultas Kelautan dan Perikanan Universitas Syiah Kuala
Jl. Teuku Nyak Arief No.441, Kopelma Darussalam, Syiah Kuala, Kota Banda Aceh, Aceh 23111 Indonesia
6Fakultas Perikanan dan Ilmu Pangan, Universiti Malaysia Terengganu
21030 Kuala Nerus, Terengganu, Malaysia
Email: sapto.andriyono@fpk.unair.ac.id

Abstrak

Kakap merupakan salah satu jenis ikan laut demersal dari keluarga Lutjanidae. Famili Lutjanidae tersebar di seluruh dunia dan saat ini mempunyai 123 spesies dalam 21 genera, salah satunya adalah genus Lutjanus (Miller dan Thomas, 2007). Sampai saat

ini, pencatatan data produksi perikanan tangkap ikan kakap di Malang masih sangat terbatas pada jenis tertentu saja. Identifikasi morfologi yang dilakukan selama ini masih sulit memperoleh hasil yang akurat karena banyaknya kemiripan antar spesies

yang diamati atau hilangnya ciri-ciri. Oleh karena itu, identifikasi molekuler diperlukan untuk mengetahui jenis kakap di kawasan tersebut dan status konservasinya. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui jenis-jenis ikan kakap menggunakan pendekatan

molekuler dengan penanda gen Cytochrome Oxidase subunit I (COI). Rekonstruksi pohon filogenetik dan perhitungan jarak genetik dilakukan dengan menggunakan perangkat lunak Mega X melalui algoritma neighbour-joining (NJ). Hasil identifikasi ikan

kakap berdasarkan pendekatan molekuler dengan barcoding DNA diketahui bahwa keempat sampel ikan kakap tersebut adalah L. gibbus, L. rufolineatus, L. bengalensis, dan L. erythropterus. Berdasarkan hasil penyusunan pohon filogenetik terlihat bahwa

sampel L. bengalensis berkerabat dekat dengan L. rufolineatus sedangkan L. gibbus, dan L. erythropterus masing-masing membentuk clade tersendiri dari kedua spesies Lutjanus sebelumnya. Berdasarkan status konservasinya di IUCN, keempat spesies

kakap yang ditemukan masuk dalam kategori Least Concern. Hasil identifikasi ikan kakap berdasarkan pendekatan molekuler dengan barcoding DNA diketahui bahwa keempat sampel ikan kakap tersebut adalah L. gibbus, L. rufolineatus, L. bengalensis, dan

L. erythropterus. Berdasarkan hasil penyusunan pohon filogenetik terlihat bahwa sampel L. bengalensis berkerabat dekat dengan L. rufolineatus sedangkan L. gibbus, dan L. erythropterus masing-masing membentuk clade tersendiri dari kedua spesies

Lutjanus sebelumnya. Berdasarkan status konservasinya di IUCN, keempat spesies kakap yang ditemukan masuk dalam kategori Least Concern. Hasil identifikasi ikan kakap berdasarkan pendekatan molekuler dengan barcoding DNA diketahui bahwa

keempat sampel ikan kakap tersebut adalah L. gibbus, L. rufolineatus, L. bengalensis, dan L. erythropterus. Berdasarkan hasil penyusunan pohon filogenetik terlihat bahwa sampel L. bengalensis berkerabat dekat dengan L. rufolineatus sedangkan L. gibbus,

dan L. erythropterus masing-masing membentuk clade tersendiri dari kedua spesies Lutjanus sebelumnya. Berdasarkan status konservasinya di IUCN, keempat spesies kakap yang ditemukan masuk dalam kategori Least Concern. sampel bengalensis

berkerabat dekat dengan L. rufolineatus sedangkan L. gibbus, dan L. erythropterus masing-masing membentuk clade terpisah dari dua spesies Lutjanus sebelumnya. Berdasarkan status konservasinya di IUCN, keempat spesies kakap yang ditemukan masuk

dalam kategori Least Concern. sampel bengalensis berkerabat dekat dengan L. rufolineatus sedangkan L. gibbus, dan L. erythropterus masing-masing membentuk clade terpisah dari dua spesies Lutjanus sebelumnya. Berdasarkan status konservasinya di

IUCN, keempat spesies kakap yang ditemukan masuk dalam kategori Least Concern.

Kata kunci:keanekaragaman, gen, identifikasi, filogenetik, kakap

Perkenalan Kakap di alam berperan sebagai salah satu ikan

predator puncak berukuran besar yang menghuni
Sendang Biru merupakan salah satu kawasan ekosistem pesisir tropis di seluruh dunia. Secara ekologis,
pesisir yang mengutamakan pengelolaan sumber daya keberadaan ikan ini penting karena berperan sebagai
perikanan laut di Kabupaten Malang, Jawa Timur predator puncak dengan kebiasaan makan yang luas. Ikan
(Andriyonodkk.,2019). Perkembangan tersebut menjadikan ini bisa memakan ikan kecil lainnya,cephalopoda, kepiting,
Sendang Biru sebagai pusat industri penangkapan udang, dan krustasea bentik lainnya untuk mengontrol
(Aliviyantidkk.,2021). Kakap merupakan salah satu ikan hasil kestabilan ekosistem perairan tempat hidupnya (Simonsen
tangkapan yang diperoleh di wilayah ini (Luthfidkk.,2016). dkk.,2015). Kakap juga merupakan salah satu komoditas
Kakap merupakan salah satu jenis ikan demersal dari perikanan tangkap yang biasa dijadikan sebagai ikan
keluarga Lutjanidae. Famili Lutjanidae yang tersebar di konsumsi yang dijual dalam bentuk ikan segar, fillet, dan
seluruh dunia saat ini mempunyai 123 spesies dalam 21 produk olahannya (Oktaviyani, 2018). Produksi ikan ini
marga, salah satunya adalah genus Lutjanus(Miller dan mengalami peningkatan setiap tahunnya. Hal ini menyusul
Cribb, 2007). Berdasarkan karakteristik morfologi dan data Badan Pusat Statistik (BPS) Kabupaten Malang (2020),
habitatnya, 30 spesies kakap dari genus Lutjanus total produksi ikan ini mencapai 57,05 ton pada tahun 2018
ditemukan di perairan Indonesia (Allendkk., 2013, Halimdkk dan 2019 menjadi 108,24 ton.Berdasarkan data BPS
., 2020).

* ) Penulis koresponden https://ejournal.undip.ac.id/index.php/ijms Diterima : 02-09-2022

© Ilmu Kelautan, UNDIP DOI: 10.14710/ik.ijms.27.4.307-314 Diterima : 19-11-2022
ILMU KELAUTAN: Jurnal Ilmu Kelautan IndonesiaDesember 2022 Jilid 27(4):307-314
Kabupaten Malang (2020), pencatatan data produksi
perikanan tangkap ikan kakap di Malang masih
sangat terbatas pada jenis tertentu. Hal ini
disebabkan sulitnya identifikasi jenis ikan di
lapangan dan pada saat pendaratan bersamaan
dengan jenis ikan lain di tempat pelelangan ikan.
Identifikasi suatu spesies dapat dilakukan secara
morfologis maupun molekuler. Identifikasi morfologi
yang dilakukan selama ini masih sulit memperoleh
hasil yang akurat karena banyaknya kesamaan
spesifikasi yang diamati. Selain itu, hilangnya ciri
khas pada spesies yang diamati akibat adaptasi
terhadap lingkungan juga menjadi kendala dalam
mengidentifikasi suatu spesies secara morfologi
(Prehadidkk., 2015).
Salah satu alternatif identifikasi yang dapat
dilakukan selain secara morfologi adalah identifikasi
molekuler dengan barcode DNA. DNAkode batangadalah
metode yang disepakati secara global untuk
mengidentifikasi spesies tumbuhan dan hewan
berdasarkan variasi urutan DNA (Coissacdkk., 2016) dari
daerah pasangan basa nitrogen di Sitokrom Oksidasegen
subunit I (COI) (Powersdkk., 2018). Sejak diperkenalkan
pada tahun 2003, teknik barcode DNA telah menjadi gold
standard atau standar utama taksonomi molekuler (Fadli
dkk.,2020). Barcode identifikasi berbasis DNA telah diterima
dengan baik secara global karena berbagai kelebihannya,
seperti sangat sederhana dan menggunakan alat universal
yang dapat diterapkan pada semua organisme, baik dalam
sampel segar maupun produk olahan (Kressdkk.,2015).
Beberapa contoh penelitian yang memanfaatkan teknik
DNA barcoding antara lain penggunaan barcoding DNA
untuk mengidentifikasi larva ikan pada berbagai tahap
perkembangan (Wibowo et al., 2018), identifikasi
penemuan spesies ikan baru dan samar (Farhanadkk.,
2018), identifikasi jenis ikan yang mempunyai kesamaan
karakter morfologi (Bingpengdkk.,2018).
Barcoding DNA efektif untuk mengidentifikasi
suatu spesies dengan hasil yang cepat dan akurat
berdasarkan Sitokrom Oksidasesubunit I (COI), meskipun
spesimennya adalah larva (Lidkk., 2016). Gen COI
merupakan salah satu gen penyandi protein yang terdapat
pada mitokondria yang mempunyai karakter khas pada
setiap spesies sehingga menjadi gen standar sebagai gen
penanda ketika mengidentifikasi suatu spesies hewan
(Pentinsaaridkk., 2016). Oleh karena itu, gen COI pada
barcode DNA memiliki dua keunggulan, tidak hanya untuk
identifikasi spesies dan untuk metabarcoding (Andújardkk.,
2018), (Tandkk., 2019) juga. Oleh karena itu, penelitian
tentang identifikasi ikan kakap berdasarkan penandaan
DNA gen COI perlu dilakukan untuk memberikan informasi
genetik. Diharapkan dapat menjadi pendukung data dalam
pengelolaan kawasan konservasi dan zona penangkapan
ikan di perairan Malang Selatan khususnya dari Sendang
Biru.
308
Bahan dan metode
Pengambilan sampel ikan
Sebanyak 4 sampel dikumpulkan dari pasar
ikan tradisional pelabuhan perikanan Pondokdadap
di Sendang Biru, Malang pada pertengahan Maret
2020. Semua sampel yang dikumpulkan dari nelayan
tradisional setempat sudah mati saat dibeli. Kamera
digital digunakan untuk mengambil foto individu
sebelum perawatan lebih lanjut. Secara morfologi,
identifikasi dan konfirmasi spesies dilakukan dengan
identifikasi molekuler pada penelitian ini. Tidak
diperlukan izin khusus untuk penelitian ini,
Ekstraksi DNA dan amplifikasi PCR
Setiap spesimen telah dikumpulkan berdasarkan
karakter morfologi dan langsung diawetkan dalam
etanol 90% untuk keperluan percobaan lebih lanjut.
DNA genom diekstraksi menggunakan Accuprep®
Genomic DNA Extraction Kit (Bioneer) sesuai dengan
pedoman produk. Sirip pereiopod, sekitar 1 cm
jaringan, dibedah dan dicampur dengan buffer lisis 6X,
yang selanjutnya dihomogenisasi dengan TissueLyser II
(Qiagen). Kuantifikasi DNA genom yang dimurnikan
dilakukan oleh nanoDrop (Thermofisher Scientific
D1000), dialokasi dan disimpan pada suhu -70HaiC untuk
analisis lebih lanjut.
Satu set primer ikan universal yang menargetkan
wilayah sitokrom c oksidase I (COI), BCL-BCH digunakan
untuk mendapatkan urutan parsial setiap gen (Madduppa
dkk.,2016). Campuran PCR (20µL) termasuk 11,2 µL air
ultra-murni, 1 µL primer maju dan mundur (0,5 µM), 0,2 µL
Ex Taq DNA polimerase (TaKaRa, Jepang), 2 µL 10X ExTag
Buffer, 2 µL dNTPs (1 µM, TaKaRa, Jepang), dan 2 µL DNA
genom sebagai cetakan. Kondisi PCR dilakukan dengan
setting sebagai berikut: 95HaiC selama 5 menit pada
denaturasi awal, dilanjutkan denaturasi pada suhu 95HaiC
selama 30 detik dalam 40 siklus, 50HaiC selama 30 detik
dalam anil, dan 72HaiC selama 45 detik pada langkah
ekstensi, dan ekstensi akhir pada 72 detikHaiC selama 5
menit. Produk PCR dimurnikan dengan kit pemurnian
AccuPrep®Gel (Bioneer, Korea).
Analisis data
Urutan maju dan mundur diedit dan
disejajarkan menggunakan MEGAX (Kumardkk.,
2018). Semua urutan kemudian diselaraskan dengan
referensi pada database GenBank oleh BLASTN (//
blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi). Jarak evolusi
berpasangan antar keluarga ditentukan dengan
metode Kimura 2-Parameter. Pohon Neighbor-
joining (NJ) dibangun, dan analisis 1000 bootstrap
dilakukan oleh Mega X dan jarak genetik
menggunakan model substitusi nukleotida dengan
membandingkan urutan DNA satu nukleotida
dengan nukleotida lainnya (Kumardkk.,2018).
Identifikasi Molekuler Ikan Kakap (S. Andriyono dkk.)
ILMU KELAUTAN: Jurnal Ilmu Kelautan IndonesiaDesember 2022 Jilid 27(4):307-314

Hasil dan Diskusi

Identifikasi morfologi
Sampel yang diperoleh dari pasar ikan
tradisional Sendang Biru adalah 4 ekor ikan kakap
dengan spesies yang berbeda-bedaLutjanus
bengalengsis,L.rufolinatus,L. omong kosong, Dan
L.eriopterus. Perbedaan yang paling mencolok
antara masing-masing spesies adalah warna dan
pola tubuh setiap sampel kakap (Gambar 1.). Selain
warna dan corak tubuh, identifikasi morfologi juga
mengamati karakter morfometrik dan meristik pada
sampel ikan kakap (Tabel 1.).
Identifikasi molekuler
Identifikasi molekuler sampel ikan kakap
dilakukan dengan metode barcoding DNA. Data
sekuens yang diperoleh kemudian dianalisis dan
dicocokkan dengan sekuens yang terdapat pada
GenBank di NCBI (Pusat Informasi Bioteknologi
Nasional) menggunakan BLASTN (Basic Local
Alignment Search Tool Nucleotide) berdasarkan
derajat kemiripannya (Tabel 2). Berdasarkan hasil
analisis BLASTN, sampel MLKK1 teridentifikasi
memiliki kemiripan 96,72% dengan spesies.L. omong
kosong(Kakap merah bungkuk) nomor akses
MF409615, sampel MLKK2 teridentifikasi memiliki
kemiripan 99,19% dengan spesiesL.rufolinatus(
Kakap garis kuning) nomor akses MN870411, sampel
MLKK3 teridentifikasi memiliki kemiripan 99,54%
denganL. bengalensis(Kakap Bengal) nomor akses
EU600137, sedangkan sampel MLKK4 teridentifikasi
memiliki kemiripan 100% denganL.eriopterus(Kakap
merah) nomor akses spesies GU673841.
Rekonstruksi pohon filogentik
Berdasarkan hasil rekonstruksi pohon filogenetik (Gambar
2.), sampel ikan kakap yang didaratkan di Pelabuhan
Perikanan Sendang Biru Pondokdadap, diperoleh 4 clades
yang terbentuk dalam famili Lutjanidae dengan genus
Lutjanus. kladeL. bengalensissecara filogenetik dekat
dengan cladeL.rufolinatus, sedangkan cladeL. omong
kosongberkerabat dekat dengan clade
L.eriopterus. KeduanyaL. bengalensis(MLKK3) danL.rufolinatus(
MLKK2) memiliki jarak genetik yang rendah dengan spesies
yang dekat dari wilayah lain (Tabel 3.), namunL eriopterusasal
Malang mempunyai jarak genetik yang cukup jauh dengan
spesies sam asal Australia (0,18) dan Malaysia (0,19). Sebagai
ikan yang berasosiasi dengan ekosistem terumbu karang,
Lutjanusspesies ikan menjadikan terumbu karang sebagai
habitat tempat berkembang biak dan mencari makan (Halim
dkk., 2020, Tonydkk., 2020). Habitat terumbu karang akan
mengalami spesiasi yang berbeda-beda di setiap wilayah.
Kawasan Samudera Hindia mempunyai karakteristik yang
berbeda dengan perairan Malaysia (Laut Cina Selatan) dan
kawasan Australia yang dipengaruhi oleh Samudera Pasifik
yang menjadi penghalang utama persebaran jenis ikan laut
dangkal. Pola ini dikenal sebagai spesiasi alopatrik (Rocha dan
Bowen, 2008).
Keanekaragaman potensi ikan laut di Indonesia perlu
mendapat perhatian serius (Sumandkk., 2017). Tidak hanya
dalam pengelolaan berkelanjutan (Atmaja dan Nugroho, 2017),
penentuan spesies yang akurat juga merupakan suatu
keharusan dalam menyediakan database yang valid pada
tingkat spesies. Banyak identifikasi morfologi telah dilakukan.
Namun pada jenis ikan laut terdapat kesamaan morfologi baik
bentuk maupun warna sehingga menyebabkan kebingungan
dan ketidakkonsistenan dalam penamaan jenis ikan. Dalam
penelitian ini,

Tabel 1. Pengukuran Morfometri dan Meristik Sampel Ikan Kakap

Contoh ID
Parameter MLKK1 MLKK2 MLKK3 MLKK4
Panjang total 26,3 cm 26,8 cm 27,5cm 26,4 cm
Panjang standar 21,5cm 21,5cm 22,5 cm 20,5 cm
Panjang kepala 8 cm 8,3 cm 8,6 cm 8,2 cm
Tinggi 8,5 cm 8,6 cm 10,8 cm 11,2cm
Tinggi kepala 6,5 cm 6,8 cm 9,2 cm 8,6 cm
Tinggi pangkal ekor 2,5 cm 2,8cm 3,0 cm 2,8cm
Sirip punggung DX, 14 DX, 14 D.XI, 14 D.XI, 14
Sirip dada Hal.17 Hal.16 Hal.16 Hal.17

sirip perut VI,6 VI,6 VI,6 VI,5

sirip dubur A.III.8 A.III, 8 A.III, 8 A.III, 9
sirip ekor C.18 C.18 C.20 C.18

Identifikasi Molekuler Ikan Kakap (S. Andriyono dkk.) 309

ILMU KELAUTAN: Jurnal Ilmu Kelautan IndonesiaDesember 2022 Jilid 27(4):307-314
Gambar 1.Empat spesies Kakap Mendarat di Pelabuhan Perikanan Pondokdadap di pasar ikan tradisional Sendang Biru, Malang Selatan.
Meja 2.Hasil BLASTN Sampel Kakap dengan Database NCBI GenBank
TIDAK. Kode sampel Nama Spesies/Nama Umum
1. MLKK1 Lutjanus gibbus /Kakap merah bungkuk
2. MLKK2 Lutjanus rufolinatus /Kakap bergaris kuning
3. MLKK3 Lutjanus bengalensis /kakap bengal
4. MLKK4 Lutjanus eriopterus /Kakap merah
Selain pengamatan spesimen berdasarkan ciri
morfologi, pendekatan molekuler juga digunakan untuk
meningkatkan akurasi data dalam identifikasi pada
tingkat spesies. Dari 4 spesimen yang dikumpulkan, ciri
morfologinya menunjukkan bahwa spesimen tersebut
mampu diidentifikasi berdasarkan ciri morfometrinya,
sehingga seluruh sampel teridentifikasi sebagaiL.
bengalensis, L. rufolineatus, L. gibbus,DanL.eriopterus.
Untuk meningkatkan akurasi identifikasi, kami juga
melakukan identifikasi molekuler pada bagian gen COI
(Andriyono dan Suciyono, 2020) yang telah disepakati
sebagai area universal untuk identifikasi pada tingkat
spesies.
Pengamatan morfologi pada keempat sampel
menunjukkan bahwa sampel MLKK1 mempunyai
kemiripan denganLutjanus siamang/ kakap merah
bungkuk, dikenal juga dengan nama kakap jinaha. Ciri
khas atau kunci identifikasi morfologi ikan ini adalah
mempunyai bentuk tubuh padat dengan warna tubuh
merah keabu-abuan, sirip ekor bercabang jelas dengan
lobus membulat berwarna merah tua, dan pada sirip
punggung terdapat 10 duri keras dan 13-14 duri lunak.
duri (Thidkk.,2015). Sampel MLKK2 mempunyai
kemiripan denganLutjanus rufolinatus/ kakap garis
kuning disebut juga kakap badur. Kunci identifikasi
morfologiL.rufolinatusspesiesnya terdapat 6 garis
kuning pada setiap sisi tubuhnya, bentuk tubuh padat
berwarna merah pucat, ekor berwarna kuning
kecoklatan, dan pada bagian
310
Tidak. Akses GenBank Identitas (%)
MF409615 96,72%
MN870411 99,19%
EU600137 99,54%
GU673841 100%
sirip punggung terdapat 10 duri keras dan 12-13 duri
lunak (Allendkk.,2013).
Sampel MLKK3 mirip dengan spesies Lutjanus
bengalensis/kakap bengal atau dikenal juga dengan
nama kakap kuning dengan identifikasi kunci. Badan
ikan ini pipih, warna badan kuning cerah dengan 4 garis
putih keabu-abuan pada tiap sisi badan, terdapat
lekukan dalam pada operkulum depan, sirip ekor lebar
ujung lurus, mempunyai 11 duri dan 12- 14 sinar lembut
pada sirip punggung (Iwatsukidkk., 2016). Sampel
MLKK4 memiliki kemiripan denganL.eriopterus/kakap
merah atau sering juga disebut dengan ikan kakap
merah. Kesamaan kunci identifikasinya berupa memiliki
bentuk tubuh terkompresi berwarna merah jambu
hingga merah tua mulai dari ujung kepala hingga ekor.
Ciri lainnya adalah ujung moncongnya agak runcing dan
relatif kecil. Selain itu, lekukan preoperculumnya tidak
terlalu menonjol dan pada sirip punggung terdapat 11
duri keras dan 16-17 duri lunak (Sarkardkk.,2021).
Rekonstruksi pohon filogenetik sampel ikan kakap
yang didaratkan di Pelabuhan Perikanan Pondokdadap
Sendang Biru diperoleh 4 clades yang terbentuk dalam
famili Lutjanidae dengan genus Lutjanus. klade
L. bengalensissecara filogenetik dekat dengan clade
L.rufolinatus, sedangkan cladeL. omong kosong
berkerabat dekat dengan cladeL.eriopterus. Dalam
rekonstruksi pohon filogenetik juga terdapat clade
Identifikasi Molekuler Ikan Kakap (S. Andriyono dkk.)
ILMU KELAUTAN: Jurnal Ilmu Kelautan IndonesiaDesember 2022 Jilid 27(4):307-314

dariNemipterus virgatusspesies sebagai Berdasarkan status konservasi yang mengacu

pembanding atau outgroup. Rekonstruksi pohon
filogenetik didukung oleh hasil analisis jarak genetik
suatu spesies (Akbar dan Labenua 2018). Hasil
analisis jarak genetik menunjukkan bahwa sampel
MLKK3 mendekatiL. bengalensis Sampel EU600137
(China) dan LC075762 (Samudra Hindia), dengan
jarak genetik 0,00 (nol). Spesimen MLKK2 berkerabat
dekat denganL.rufolinatusspesimen MN870411
(Indonesia) dan memiliki jarak genetik 0,01.
Spesimen MLKK1 berkerabat dekat denganL. omong
kosongMN870581 (Ambon, Indonesia), MK566973
(Prancis) dan MF409615 (Reunion) dengan jarak
genetik masing-masing 0,01. Spesimen MLKK4
berkerabat dekat denganL. eriopterusspesimen
GU673841 (Indonesia) dan GU673202 (Australia)
dengan jarak genetik masing-masing 0,00 dan 0,01.
Penelitian terhadap spesies Lutjanidae di
semenanjung Malaysia (Selat Malaka dan Laut Cina
Selatan) juga menunjukkan adanya variasi jarak
genetik (Halimdkk.,2022).
pada IUCN (International Union for Conservation of
Nature and Natural Resources),L. omong kosong,
L.rufolinatus,L. bengalensis, DanL.eriopterus spesies
termasuk dalam kategori Least Concern atau risiko
rendah (IUCN Red List, 2021). Least Concern
merupakan spesies yang telah dievaluasi namun
statusnya masih dalam status hampir terancam
punah atau dapat dikatakan tidak masuk dalam
kategori apapun. Kategori status konservasi IUCN
meliputi kategori kepunahan (EX), kategori
kepunahan di alam liar (EW), kategori kritis (CR),
kategori terancam atau kritis (EN), kategori rentan
(VU), kategori hampir punah. terancam (NT), kategori
risiko rendah (LC) dan kategori kurangnya informasi
(DD) (https://www.iucnredlist.org/). Kemudian
berdasarkan status perdagangannya menurut CITES,
keempat jenis ikan kakap ini masuk dalam kategori
Not Evaluated, sehingga masih tergolong aman
untuk diperdagangkan secara internasional.

Tabel 3.Jarak Genetik Urutan Gen COI Kakap dari Sendang Biru dengan Urutan Gen COI Kakap di NCBI GenBank

TIDAK. Nama Spesies 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13

1.MLKK1Lutjanus
omong kosong

2.MN870581L. omong kosong 0,01

(Ambon)
3.MK566973L. omong kosong 0,01 0,00
(Perancis)

4.MF409615L. omong 0,01 0,00 0,00

kosong (Reuni)
5.MLKK2Lutjanus 0,17 0,16 0,16 0,16
rufoliatus
6.MN870411 0,16 0,15 0,15 0,15 0,01
L.rufolinatus(Ambon)
7.MLKK3Lutjanus 0,17 0,16 0,16 0,16 0,07 0,06
bengalensis
8. EU600137 0,17 0,16 0,16 0,16 0,06 0,05 0,00
L.bengalensis(Cina)
9.LC075762L. 0,17 0,16 0,16 0,16 0,07 0,06 0,00 0,00
bengalensis(Indian
Laut)
10.MLKK4Lutjanus 0,18 0,17 0,17 0,17 0,17 0,16 0,18 0,17 0,18
eriopterus
11.GU673841L. 0,18 0,17 0,17 0,17 0,17 0,16 0,18 0,17 0,18 0,18 0,00
eriopterus
(Australia)

12.GU67202L. 0,19 0,18 0,18 0,18 0,18 0,17 0,19 0,18 0,19 0,19 0,01 0,01
eriopterus
(Malaysia)

13.KP112336.Nemipterus 0,24 0,23 0,23 0,23 0,21 0,20 0,21 0,21 0,21 0,21 0,21 0,21 0,20
virgatus(Cina)

Identifikasi Molekuler Ikan Kakap (S. Andriyono dkk.) 311

ILMU KELAUTAN: Jurnal Ilmu Kelautan IndonesiaDesember 2022 Jilid 27(4):307-314
Kesimpulan
Berdasarkan morfologi dan molekuler
identifikasi, jenis-jenis kakap yang mendarat di perairan
Sendang Biru, Malang SelatanLutjanus bengalensis,
L.rufolinatus,L. omong kosong, DanL.eriopterus.
Berdasarkan hasil penyusunan pohon filogenetik dapat
diketahui bahwaL. bengalensissampel berkaitan erat
denganL.rufolinatusketikaL. omong kosong, Dan
L.eriopterus masing-masing membentuk clade terpisah
dari dua spesies Lutjanus sebelumnya. Berdasarkan
status konservasinya di IUCN, keempat spesies kakap
yang ditemukan masuk dalam kategori Least Concern,
sedangkan berdasarkan status perdagangannya di
CITES, keempat spesies tersebut masuk dalam kategori
Not Evaluated.
Pengakuan
Kami mengucapkan terima kasih kepada program
penelitian dana internal PUF Research Grant 2020 dari
Fakultas Perikanan dan Kelautan Universitas Airlangga
yang telah memberikan dukungan dalam penelitian ini.
Kami juga mengucapkan terima kasih kepada rekan-rekan
tim peneliti yang telah membantu pengambilan sampel di
Malang Selatan, Jawa Timur
Referensi
Akbar, NN & Labenua, R. 2018. Keragaman genetik
ikan cakalang (Katsuwonus pelamis) di
perairan laut Maluku Utara.Depik7: 164-176.
https://doi.org/10.13170/depik.7.2.11156
Aliviyanti, D., Semedi, B., Yona, D., Asadi, MA,
Kasitowati, RD, Dewi, CSU, Lutfi, OM &
Isdianto, A., 2021. Upaya Penguatan
Manajemen Pemasaran Hasil Perikanan
Berbasis Media Online di TPI Sendangbiru,
Kabupaten Malang, Indonesia.Abdi
ahli geomedis,1(2): 59-67. https://doi.org/10.
23917/abdigeomedisains.v1i2.199
Allen, GR, Erdmann, MV, Randall, JE, Ching, P.,
Rauzon, MJ, Hayashi, LA, Thomas, MD,
Robertson, DR, Taylor, L. & Coste, M., 2013.
Ikan karang di Hindia Timur.Filsafat Timur
dan Barat,63(2): hal. 1292
Andriyono, S. & Suciyono, S. 2020. Molekuler
Identifikasi dan Rekonstruksi Pohon
Filogenetik Ikan Laut dari Kawasan Lahan
Basah Esensial Banyuwangi, Indonesia.Mesir.
J.Aquat. biologi. Ikan,24: 427-439. https://
doi.org/10.21608/ejabf.2020.87032
Andriyono, S., Alam, MJ & Kim, HW 2019.
Metabarcoding DNA Lingkungan (eDNA):
312
Studi keanekaragaman di sekitar tempat pendaratan ikan
Pondok Dadap, Malang, Indonesia.Keanekaragaman
hayati. J. 20(12): 3772-3781. https://doi.org/10.13057/
biodiv/d201241
Andújar, C., Arribas, P., Yu, DW, Vogler, AP &
Emerson, BC 2018. Mengapa barcode COI
harus menjadi metabarcode DNA komunitas
untuk metazoa.mol. Ekol.,27: 3968–3975
https://doi.org/10.1111/mec.14844
Atmaja, SB & Nugroho, D. 2017. Upaya-upaya
pengelolaan sumber daya ikan yang
berkelanjutan di Indonesia.J. Kebijakan
Perikanan Indonesia, 3:101-113. https://
doi.org/ 10.15578/jkpi.3.2.2011.101-113
Bingpeng, X., Heshan, L., Zhilan, Z., Chunguang, W.,
Yanguo, W. & Jianjun, W. 2018. Barcoding
DNA untuk identifikasi spesies ikan di Selat
Taiwan.PloS Satu,13: e0198109. https://
doi.org/ 10.1371/journal.pone.0198109
Coissac, E., Hollingsworth, PM, Lavergne, S. &
Taberlet, P. 2016. Dari barcode ke genom:
memperluas konsep barcode DNA.mol. Ekol.,
25: 1423–1428 https://doi.org/10.11 11/
mec.13549
Fadli, N., Nor, SAM, Othman, AS, Sofyan, H. &
Muchlisin, 2020. Barcoding DNA ikan karang
yang penting secara komersial di Pulau Weh,
Aceh, Indonesia.Rekan J.8: e9641. https://
doi.org/10.7717/peerj.9641
Farhana, NS, Muchlisin, ZA, Duong, TY, Tanyaros,
S., Page, LM, Zhao, Y., Adamson, EA,
Khaironizam, M., de Bruyn, M. & Siti AMN,
2018. Mengeksplorasi keanekaragaman
tersembunyi di Dermogenys spp.
(Beloniformes: Zenarchopteridae) melalui
barcode DNA.Sains. Reputasi., 8:1-11. https://
doi.org/10.1038/s415 9 8-018-29049-7
Halim, LJ, Rahim, I., Mahboob, S., Al-Ghanim, KA,
Asmiaty, AMAT & Naim, DM 2022. Hubungan
filogenetik ikan kakap merah komersial (
Lutjanidaesp.) dari tiga wilayah laut.J.Raja
Saud. Universitas. Sains.,34: hal.101756.
https://doi.org/10.1016/j.jksus.2021.101756
Halim, A., Loneragan, NR, Wiryawan, B., Hordyk,
AR, Sondita, MFA & Yulianto, I., 2020. Evaluasi
perikanan kerapu (Serranidae) dan kakap
(Lutjanidae) dengan data terbatas di Segitiga
Terumbu Karang, Indonesia bagian timur.Reg.
Pejantan. Mar.Ilmu.,38: hal.101388. https://doi.org/
10.10 16/j.rsma.2020.101388
Identifikasi Molekuler Ikan Kakap (S. Andriyono dkk.)
ILMU KELAUTAN: Jurnal Ilmu Kelautan IndonesiaDesember 2022 Jilid 27(4):307-314
Iwatsuki, YUKIO, Al-Mamry, JM & Heemstra, PC
2016. Keabsahan ikan kakap garis biru,
Lutjanus oktolineatus(Cuvier 1828) dan
spesies terkait,L. bengalensis(Bloch 1790)
dengan spesies baru (Pisces; Lutjanidae) dari
Laut Arab.Zootaksa, 4098: 511-528. https://
doi.org/10.11646/zootaxa.4098.3.5
Kress, WJ, García-Robledo, C., Uriarte, M. &
Erickson, DL, 2015. Barcode DNA untuk ekologi,
evolusi, dan konservasi.Tren Ekol. berevolusi.,
30:25-35. https://doi.org/10.1016/j.tree.2014.
10.008
Kumar, S., Stecher, G., Li, M., Knyaz, C. & Tamura, K..
2018. MEGA X: analisis genetika evolusi molekuler
di seluruh platform komputasi.mol. biologi.
berevolusi.,35(6): hal.1547. https://doi.org/10.1093/
molbev/msy096
Li, Q., Li, M., Li, D., Shi, W., Li, J., Ning, T. & Duan, Y.
2016. Identifikasi Larva Helicoverpa assulta
dan H. Armigera (Lepidoptera: Noctuidae)
Melalui Perbedaan Morfologi dan Barcoding
DNA.ke-3 Int. Konf. Mat Cerdas.
Nanoteknologi. bahasa Inggrishal.306-309.
Luthfi, OM, Pujarahayu, P., Wahyudiarto, A., Fakri,
SR, Sofyan, M., Ramadhan, F., Murian, S.,
Tovani, I., Mahmud, M., Adi, D. & Abdi, F.
2016. Biodiversitas dan populasi ikan karang
di perairan selat sempu sendang biru
kabupaten malang jawa timur.J. Kelautan: J.
Mar. Sci. Teknologi.9:43-49. https://doi.org/10.
21107/jk.v9i1.1019
Madduppa, H., Ayuningtyas, RU, Subhan, B. &
Arafat, D. 2016. Dieksploitasi tetapi tidak
dievaluasi: Barcode DNA mengungkap spesies
skate dan ikan pari (Chordata, Chondrichthyes)
yang mendarat di pasar ikan Indonesia.Ilmu
Kelautan : Jurnal Ilmu Kelautan Indonesia,21: 77-
84. https://doi.org/10.14710/ik.ijms.21.2.77- 84
Miller, TL & Cribb, TH 2007. Filogenetik
hubungan beberapa kakap Indo-Pasifik
(Perciformes: Lutjanidae) berdasarkan urutan
DNA mitokondria, dengan komentar
mengenai posisi taksonomi Caesioninae. mol.
Filogenet. berevolusi.,44: 450-460.
https://doi.org/10.1016/j.ympev.2006.10.029
Oktaviyani, S. 2018. Mengenal marga Lutjanus, salah
satu komoditas unggulan dalam
penangkapan ikan.Oseana43: 29-39. https://
doi.org/10. 14203/oseana.2018.Vol.43No.3.61
Identifikasi Molekuler Ikan Kakap (S. Andriyono dkk.)
Pentinsaari, M., Salmela, H., Mutanen, M. & Roslin, T.
2016. Evolusi molekuler dari penanda taksonomi (COI)
yang diadopsi secara luas di seluruh pohon kehidupan
hewan.Sains. Reputasi.6: 1-12. https://doi.org/10.1038/
srep35275
Powers, T., Harris, T., Higgins, R., Mullin, P. & Powers,
K. 2018. Penemuan dan Identifikasi Spesies
Menggunakan Barcoding DNA COI.J.Nematol.50:
399- 412.https://doi.org/10.21307/jofnem-2018-029
Prehadi, P., Sembiring, A., Kurniasih, EM, Rahmad,
R., Arafat, D., Subhan, B. & Madduppa, HH 2015.
Barcoding DNA dan rekonstruksi filogenetik spesies
hiu yang didaratkan di lokasi pendaratan perikanan
Muncar dibandingkan dengan pelabuhan perikanan di
Jawa bagian Selatan.Keanekaragaman hayati. J.,16(1):
55-61. https://doi.org/10.13057/biodiv/d160107
Rocha, L. & Bowen, B. 2008. Spesiasi pada terumbu karang
ikan.J. Biol Ikan.72: 1101-1121. https://doi.org/
10.1111/j.1095-8649.2007.01770.x
Sarkar, P., Islam, MJ, Habib, AHM, Neogi, AK &
Habib, KA 2021. Dua Rekor Baru Ikan Kakap
(Perciformes, Lutjanidae) dari Pulau Saint
Martin, Bangladesh.J.Univ Kelautan. Cina,20:
439-444. https://doi.org/ 10.1007/s11802-02
1-4566-x
Simonsen, KA, Cowan, JH & Boswell, KM 2015.
Perbedaan habitat ekologi makan ikan kakap
merah (Lutjanus campechanus, Poey 1860):
perbandingan antara terumbu buatan dan alami
di bagian utara Teluk Meksiko.Mengepung.
10.1007/
biologi. Ikan,98: 811-824. https://doi.org/
s10641-014-0317-9
Suman, A., Irianto, HE, Satria, F. & Amri, K. 2017.
Potensi dan tingkat pemanfaatan sumber daya
ikan di wilayah pengelolaan perikanan Negara
Republik Indonesia (WPP NRI) Tahun 2015 serta
Opsi Pengelolaannya.J. Kebijakan Perikanan
Indonesia, 8:97-100. https://doi.org/10.155 78/
jkpi.8.2.2016.97-100
Thi, OT, Ha, QVD & Thuy, BD 2015. Filogenetik
hubungan kaisar (Lethrinidae) dan Snappers
(Lutjanidae) di Vietnam berdasarkan urutan DNA
mitokondria. Halaman 15-16.Int. Konf. biologi.
Mengepung. Bahasa Inggris Makanan. Singapura
Mei. 15-16 halaman.
Tony, F., Soemarno, S., Wiadnya, DGR & Hakim, L.
2020. Keanekaragaman ikan karang di Pulau
Halang Melingkau, Kalimantan Selatan, Indonesia.
Biodiv. J. 21 (10): 4804-4812. https://doi.org/
10.13057 /biodiv/d211046.
313
ILMU KELAUTAN: Jurnal Ilmu Kelautan IndonesiaDesember 2022 Jilid 27(4):307-314

Wibowo, A., Panggabean, AS, Zamroni, A., Priatna, A. studi kasus perairan pesisir dekat Jakarta dan Laut
& Yusuf, HN 2018. Penggunaan barcode DNA Banda, Indonesia.Indonesia. Ikan. Res. J.,24:23-30.
untuk meningkatkan identifikasi larva ikan laut, https://doi.org/10.15578/ifrj.24.1.2018.37-44

314 Identifikasi Molekuler Ikan Kakap (S. Andriyono dkk.)