DNA Kakap 4.en - Id

Diterjemahkan dari bahasa Inggris ke bahasa Indonesia - www.onlinedoctranslator.
com
Diterima: 26 Maret 2023 Diterima: 27 April 2023
DOI: 10.1002/aff2.113
ARTIKEL ASLI
Diet ikan kakap (Chrysophrys auratus) di peternakan kerang bibir hijau

dan habitat sedimen lunak yang berdekatan
Lucy H. Underwood1,2 Aimee van der Reis1 AndrewG. Jeff1,2
1Fakultas Ilmu Biologi, Universitas

Auckland, Auckland, Selandia Baru Abstrak
2Institut Ilmu Kelautan, Universitas Ikan liar memanfaatkan habitat akuakultur sebagai tempat berlindung dan/atau sumber
Auckland, Auckland, Selandia Baru
makanan. Seringkali diasumsikan bahwa ikan merespons masukan pakan, kelimpahan spesies
Korespondensi budidaya atau kumpulan biofouling terkait yang secara alami menempati habitat struktural.
Lucy H. Underwood, Sekolah Ilmu Biologi,
Namun, hanya sedikit penelitian yang menganalisis secara langsung komposisi makanan ikan
Universitas Auckland, Private Bag 92019,
Auckland 1142, Selandia Baru. di habitat akuakultur, dan sebagian besar penelitian berfokus pada budidaya ikan bersirip
Surel:lund481@aucklanduni.ac.nz
yang diberi makan. Kakap umumnya muncul saat dewasa di peternakan kerang pesisir dan
Informasi pendanaan
cenderung menjadi spesies penghuni peternakan tersebut. Oleh karena itu, mereka adalah
Konservasi Alam; Kementerian Perindustrian spesies studi kasus yang cocok untuk mengeksplorasi perbedaan pola makan antara habitat
Primer, Nomor Hibah/Penghargaan: #22074
alami dan habitat akuakultur. Studi ini menyelidiki isi usus ikan kakap di habitat sedimen lunak
di dalam dan di luar peternakan kerang bibir hijau di Selandia Baru. Analisis visual usus dan
metode metabarcoding DNA digunakan untuk memberikan analisis pelengkap mengenai
komposisi isi usus antara peternakan kerang dan lokasi alami (yaitu kontrol). Ikan kakap di
peternakan kerang secara konsisten ditemukan mengonsumsi kelompok mangsa yang
berbeda dibandingkan dengan ikan kakap kontrol. Kelompok mangsa yang teridentifikasi dari
isi usus ikan kakap di peternakan kerang dapat dikaitkan langsung dengan spesies yang
umum terdapat di peternakan tersebut, yaitu kerang bibir hijau, kerang biru, dan biofouling
teritip yang dibudidayakan. Ada keselarasan yang baik antara intuisi visual dan analisis genetik
untuk spesies kunci yang diidentifikasi. Secara keseluruhan, hasil penelitian menunjukkan
bahwa banyaknya kelompok mangsa yang dikonsumsi oleh ikan kakap di habitat budidaya
kerang kemungkinan besar akan bermanfaat bagi populasi ikan kakap, mengurangi upaya
mencari makan dan berpotensi menyediakan mangsa yang lebih bergizi.
KATA KUNCI
budidaya perikanan, nutrisi ikan, habitat
Ini adalah artikel akses terbuka berdasarkan ketentuanAtribusi Creative CommonsLisensi, yang mengizinkan penggunaan, distribusi, dan reproduksi dalam media apa pun,
asalkan karya asli dikutip dengan benar.
© 2023 Penulis.Budidaya Perairan, Perikanan dan Perikananditerbitkan oleh JohnWiley & Sons Ltd.
268 wileyonlinelibrary.com/journal/aff2 air. Ikan & Perikanan.2023;3:268–286.

26938847, 2023, 3, Diunduh dari https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/aff2.113 oleh Nat Prov Indonesia, Wiley Online Library pada [13/09/2023]. Lihat Syarat dan Ketentuan (https://onlinelibrary.wiley.com/terms-and-conditions) di Perpustakaan Online Wiley untuk aturan penggunaan; Artikel OA diatur oleh Lisensi Creative Commons yang berlaku
DIBAWAH KAYUDAN AL. 269
1 PERKENALAN & Sánchez-Hernández,2019; Braga dkk.,2012; kol,2010; Morton dkk.,2008).

Metode yang tidak mematikan lebih jarang dilakukan dan hanya diujicobakan
Struktur budidaya perairan pesisir beroperasi sebagai habitat buatan bagi ikan pada beberapa spesies ikan (Barnett dkk.,2010; Castro dkk.,2008; Kamler &
melalui penyediaan tempat berlindung dan sumber makanan (Alleway et al., Paus,2001; Rennó Braga dkk.,2017; Trkov & Lipej,2019). Metode tidak
2019; Callier dkk.,2018; Theuerkauf dkk.,2022). Habitat akuakultur diketahui mematikan bersifat spesifik pada spesies, bersifat invasif dan memerlukan
menarik dan mengumpulkan beberapa spesies ikan (misalnya spesies pengalaman teknis ekstraksi. Namun, hal ini masih dapat mengakibatkan
Siganidae di budidaya rumput laut [Hehre & Meeuwig,2016] dan spesies kematian dan umumnya tidak cocok untuk sebagian besar penelitian mengenai
Sparidae di peternakan kerang [Šegvić-Bubić et al.,2011]), memungkinkan pola makan ikan. Analisis isotop stabil dan asam lemak lebih cocok untuk
mereka mencapai kelimpahan yang lebih besar di dalam budidaya menyimpulkan hubungan trofik skala luas dan perubahan pola makan dari
dibandingkan dengan lokasi tanpa struktur budidaya perikanan (Barrett dkk., waktu ke waktu daripada mengidentifikasi komponen makanan tertentu
2022). Beberapa spesies ikan juga diketahui menetap dan merekrut secara (Boecklen et al.,2011; Budge dkk.,2006; Udy dkk.,2019). Metabarcoding DNA
langsung ke dalam bangunan budi daya yang tidak diberi makan, cocok untuk yang terakhir dan dapat mengidentifikasi item isi usus yang
memanfaatkan struktur tersebut sebagai habitat pembibitan (Underwood & dicerna yang sebelumnya 'tidak dapat diidentifikasi' karena kurangnya struktur
Jeffs,2023). Seringkali diasumsikan bahwa berkumpulnya ikan pada bangunan morfologi (Berry et al., 2015).
akuakultur merupakan respons terhadap masukan pakan, kelimpahan spesies Berbagai metode dapat digunakan untuk menyortir dan mengukur isi usus,
yang dibudidayakan, atau kumpulan hewan mangsa potensial yang terkait termasuk frekuensi numerik mangsa, metode gravimetri, dan komposisi
karena kolonisasi alami struktur akuakultur (misalnya biofouling) (Barrett dkk. volumetrik (Amundsen & Sánchez-Hernández,2019; Baker dkk.,2014; Mahesh
Al.,2022; Callier dkk.,2018; Sanchez-Jerez dkk.,2011; Theuerkauf dkk.,2022). dkk.,2018). Meskipun ada upaya untuk menstandarkan metrik kuantifikasi di
Penelitian di bidang ini sebagian besar berfokus pada perbedaan kelimpahan antara investigasi isi usus visual, metrik yang sesuai bervariasi berdasarkan
kelompok fungsional ikan yang hidup di dalam atau di sekitar habitat tujuan penelitian, dan setiap metrik kuantifikasi memiliki bias sehingga
akuakultur, untuk menyimpulkan respon terhadap sumber makanan yang membuat metrik tertentu lebih sesuai untuk spesies tertentu dibandingkan
mungkin tersedia (Clynicket al.,2008; Theuerkauf dkk.,2022). Namun, hanya yang lain. Misalnya, metode frekuensi numerik paling cocok untuk ikan yang
sedikit penelitian yang menganalisis secara langsung komposisi makanan ikan mengonsumsi mangsa berukuran serupa untuk mengurangi bias terhadap
di habitat akuakultur, dan sebagian besar penelitian berfokus pada budidaya spesies dominan secara numerik lebih kecil, yang mungkin memiliki
ikan bersirip yang diberi makan (Anyango dkk.,2017; Fernandez-Jover & kepentingan volumetrik terbatas (Amundsen & Sánchez-Hernández,2019).
Sanchez-Jerez,2015; Fernandez-Jover dkk.,2009; Hayden,1995; Hehre&Meeuwig, Metode kepenuhan usus relatif adalah metode volumetrik yang dimodifikasi
2016; Šegvić-Bubić dkk.,2011; Skog dkk.,2003). yang memungkinkan setiap kelompok mangsa dialokasikan secara
Dalam praktik budidaya perairan non-feda (misalnya kerang), penelitian proporsional, sekaligus menstandarisasi seluruh isi berdasarkan kepenuhan
berfokus pada tekanan predator yang dapat ditimbulkan oleh ikan liar selama usus. Oleh karena itu, ini merupakan pendekatan yang efektif jika sampel
tahap awal produksi, khususnya pemangsaan kerang (Peteiro dkk.,2010; Šegvić- memiliki isi usus yang bervariasi, dan untuk mengakomodasi berbagai jenis
Bubić dkk.,2011; Stenton-Dozey & Broekhuizen, 2019). Misalnya, anggota famili mangsa. Metode berbasis DNA (misalnya metabarcoding DNA) dapat
Sparidae (ikan laut dan kakap) umumnya terlihat di kawanan besar yang meningkatkan akurasi taksonomi dengan memungkinkan identifikasi
sedang mengupas galur kerang yang baru diunggulkan (Gerlotto dkk.,2001; keberadaan mangsa ketika sisa-sisa mangsanya tidak dapat diidentifikasi
Peteiro dkk.,2010; Stenton-Dozey & Broekhuizen,2019). Ikan ini merupakan secara visual di dalam isi usus (O'Rorke et al.,2012; van der Reis dkk.,2020).
predator umum dan cenderung mencari makan berdasarkan ketersediaan Namun, hasilnya bersifat semi-kuantitatif (Deagle et al.,2019), dan identifikasi
mangsa dibandingkan selektif (Šegvić-Bubićet al.,2011;Usmar,2012). Isi usus tingkat spesies bergantung pada ketersediaan perpustakaan referensi DNA
ikan air tawar yang diambil sampelnya dari kerang (Mytilus galloprovincialis) taksonomi yang memadai (Amundsen & Sánchez-Hernández,2019; van der Reis
peternakan mengidentifikasi kerang sebagai mangsa dominan (69,7% & Lavery,2020). Oleh karena itu, kombinasi analisis visual usus dan metode
biomassa), meskipun beragam jenis mangsa lainnya (misalnya gastropoda, berbasis DNA dianggap sebagai pendekatan yang efektif untuk menganalisis isi
ikan, dan makroalga) juga ditemukan (Šegvić-Bubić dkk.,2011). Hal ini usus.
memberikan bukti tentang apa yang mungkin dimakan oleh anggota keluarga Tujuan keseluruhan dari penelitian ini adalah untuk membandingkan pakan
Sparidae di peternakan kerang, dan menyoroti konsumsi epibiota secara ikan kakap (Chrysophrys auratus), spesies ikan demersal pesisir yang umum, di
bersamaan dan/atau selektif. dalam dan di luar peternakan rawai kerang bibir hijau (kanalikuli Perna) di
Metode untuk menganalisis pola makan ikan secara tradisional Pelabuhan Coromandel, Firth of Thames, Selandia Baru. Kakap umumnya
mengandalkan pembedahan usus dan morfologi sebagai metode yang tepat muncul saat dewasa dan cenderung menetap di lokasi budidaya kerang pesisir
untuk menentukan kemungkinan jenis makanan yang bersumber dari habitat di Selandia Baru (Gibbs, 2004; Stenton-Dozey & Broekhuizen,2019). Ikan-ikan ini
lokal, dan untuk membandingkan perbedaan antar habitat (Amundsen & merupakan predator generalis yang ditandai dengan perubahan ontogenetik
Sánchez-Hernández,2019; Baker dkk.,2014; Braga dkk.,2012). Namun, ada dalam pola makannya yang diatur oleh umur dan habitat tempat tinggalnya
beberapa metode lain termasuk observasi visual, analisis isotop stabil, analisis (Usmar, 2012). Oleh karena itu, pola makan mereka dapat diharapkan
asam lemak dan metabarcoding DNA (Braga et al.,2012; Castro dkk., 2008; Udy mencerminkan pemanfaatan habitat sekitarnya. Penelitian ini bertujuan untuk
dkk.,2019). Pengamatan visual terhadap perilaku makan ikan biasanya menguji apakah pola makan ikan kakap yang dikumpulkan dari peternakan
memberikan informasi tingkat tinggi mengenai pola makan, namun hanya kerang akan berbeda dengan yang dikumpulkan di wilayah sekitarnya, dan
sedikit detail mengenai komponen relatif makanannya (Amundsen kemungkinan besar perbedaannya akan berbeda.
270 DIBAWAH KAYUDAN AL.
GAMBAR 1 Lokasi pengambilan sampel di Pelabuhan Coromandel, Firth of Thames di mana kakap ditangkap menggunakan pancing dan pancing
metode dari dasar laut di dalam peternakan kerang dan dari lokasi pengendalian terdekat di Pulau Motukopake dan Pulau Tikus.
berkaitan dengan mangsa yang bersumber langsung atau tidak langsung dari digunakan, dengan umpan lunak dan umpan plastik digunakan semaksimal mungkin
infrastruktur budidaya kerang. untuk menghindari kemungkinan kontaminasi isi usus oleh umpan. Apabila umpan
alami digunakan, umpan yang digunakan hanya dalam jumlah minimal yang berasal
dari spesies yang mudah dikenali dan tidak umum ditemukan di wilayah tersebut
2 METODE (misalnya pilchard, cumi-cumi, atau belanak). Aktivitas makan ikan kakap pada periode
krepuskular terutama menjadi sasaran pengambilan sampel guna meningkatkan
2.1 Lokasi situs kemungkinan menangkap ikan kakap dengan isi ususnya. Enam belas ikan diperoleh
dari masing-masing tiga lokasi pengambilan sampel (peternakan kerang Pulau
Kakap diambil sampelnya dari empat lokasi di Firth of Thames. Dua di antaranya Motukopake, lokasi kontrol Pulau Motukopake, dan peternakan kerang Pulau Tikus),
merupakan peternakan kerang bibir hijau yang sudah lama berdiri dan dua lainnya sedangkan 13 ekor ikan kakap diambil sampelnya dari lokasi kontrol Pulau Tikus.
merupakan lokasi tanpa budidaya kerang (yaitu lokasi kontrol), semuanya terletak di Segera setelah ditangkap, semua ikan disuntik mati secara manusiawi sesuai dengan
habitat sedimen lunak tak terstruktur serupa dengan kedalaman serupa (8–13 m) persetujuan etika hewan (NZ Animal Welfare Act 1999, UoA-AEC Approval #21619),
(Gambar1). Lokasi pertaniannya adalah Pulau Motukopake (36◦45'2.87″S, 175◦25'22.8″ diberi label dan dimasukkan ke dalam bubur es asin. Setiap ikan kakap diukur
E), dan Pulau Tikus (36◦45'25.9194″S, 175◦26'59,99″ (panjang garpu) dan ditimbang kembali di darat (2–6 jam setelah penangkapan)
E). Lokasi pengendalian setidaknya berjarak 500 m dari peternakan dan merupakan sebelum dibekukan untuk analisis usus selanjutnya. Penelitian sebelumnya telah
lokasi pengendalian di Pulau Motukopake (36◦57'32.03″S, 175◦28'51.59″E) dan lokasi menunjukkan bahwa pembekuan isi usus ikan kakap adalah metode pengawetan
pengendalian Pulau Tikus (36◦45'23.03″S, 175◦27'39.6″E; 36◦45' yang tepat yang memfasilitasi analisis visual, genetik molekuler, dan biokimia isi usus
46.07″S, 175◦26'49.2″E). Dua lokasi dengan ciri habitat yang sama secara kolektif (Drummond,2020; Supono dkk., 2021; Ketiga,2022).
digunakan sebagai lokasi pengendalian Pulau Tikus karena rendahnya jumlah ikan
yang ditangkap di lokasi pengendalian pertama. Operasi budidaya kerang terdiri dari
serangkaian garis tulang punggung paralel berpasangan yang diikatkan di dekat
permukaan dengan pelampung plastik besar yang menopang simpul tali penetes 2.3 Diseksi usus ikan kakap
yang digantung dan ditutupi dengan kerang yang menempel. Tali penetes
memanjang 6–8 m di bawah permukaan terapung dan ditahan beberapa meter di Sampel ikan kakap beku dicairkan pada suhu kamar kemudian dibedah.
atas dasar laut sedimen lunak. Saluran pencernaan diangkat melalui sayatan di pembukaan esofagus
dan di anus. Usus depan dan usus belakang dipisahkan dan masing-
masing dibuka. Skor kepenuhan usus diperkirakan untuk usus depan dan
2.2 Pengumpulan dan pemrosesan sampel belakang, dengan 0 untuk benar-benar kosong dan 10 untuk sepenuhnya
penuh (Ketiga,2022). Selanjutnya skor kepenuhan usus dirata-ratakan
Ikan kakap dewasa berukuran panjang garpu 26–42 cm diambil sampelnya pada bulan Mei dan Juni antara usus belakang dan usus depan, sehingga hanya terdapat satu skor
2022. Metode penangkapan ikan dengan kail dan tali pancing dilakukan pada bulan Mei dan Juni 2022. untuk setiap usus ikan kakap. Demikian pula skor pencernaannya
dihitung untuk memberikan perkiraan sejauh mana pencernaan item mangsa DNA diekstraksi dari subsampel menggunakan kit ekstraksi DNA
untuk usus belakang dan usus depan secara individual, dengan skor Jaringan Nukleospin (Macherey-Nagel) mengikuti instruksi pabrik.
pencernaan 0 untuk tidak ada pencernaan dan 5 untuk dicerna sepenuhnya Kontrol disertakan dalam ekstraksi, yaitu blanko ekstraksi DNA yang
(Ketiga,2022). Selanjutnya skor kecernaan tersebut dirata-ratakan antara usus tidak menambahkan konten apa pun. Kualitas dan kuantitas DNA
belakang dan usus depan, sehingga hanya terdapat satu skor untuk setiap usus dilihat pada agarosa 0,8%, divisualisasikan dengan gel merah
ikan kakap. Setiap umpan yang diidentifikasi di usus depan telah dihilangkan, (Biotium) menggunakan Gel Doc XR+ (Bio-Rad).
dan tidak dipertimbangkan lebih lanjut dalam penelitian ini selain untuk
dikeluarkan dari sinyal DNA yang terdeteksi. Bahan sisa pada usus depan
ditimbang, dilanjutkan dengan lapisan usus depan setelah isi usus 2.5.2 amplifikasi DNA
dikosongkan. Proses ini diulangi untuk usus belakang.
Spesies yang diidentifikasi secara mikroskopis dari isi usus dibandingkan
dengan urutan yang tersedia di GenBank. Hasilnya menunjukkan bahwa
2.4 Analisis visual isi usus ikan kakap sitokrom oksidase satu (COI) akan memiliki cakupan terbaik, dan dengan
demikian COI ditargetkan untuk amplifikasi selama reaksi berantai polimerase
Isi usus untuk usus depan dan usus belakang digabungkan dan kemudian (PCR). Pasangan primer universal yang dipilih adalah M1COIintF (maju; Leray et
disebarkan ke dalam cawan kultur jaringan steril (2×grid 2 cm) dan diurutkan ke al.,2013) dan jgHCO2198 (terbalik; dimodifikasi menggantikan 'I' dengan 'N';
dalam kelompok mangsa serupa, untuk setiap sampel. Air suling digunakan Geller dkk.,2013). Adaptor Illumina Nextra ditambahkan ke urutan primer. PCR
untuk memisahkan dan membersihkan isinya. Setiap kelompok mangsa dilakukan rangkap tiga menggunakan 6.25μL Campuran Merah MyTaq (Bioline;
diklasifikasikan ke tingkat taksonomi praktis terendah. Versi adaptasi dari Meridian Bioscience), 0,25μL setiap primer (10μM), 1μL serum albumin sapi (1%)
metode kepenuhan relatif digunakan untuk mengukur proporsi setiap dan 4,75 air bebas DNase/RNase Ultra-Murni (Invitrogen; Thermo Fisher
pengelompokan mangsa di setiap usus ikan kakap (Amundsen & Sánchez- Scientific). Setiap siklus PCR menyertakan blanko DNA dan blanko PCR (tidak
Hernández,2019; Baker dkk.,2014; Binning & Chapman,2010). Metode ada tambahan DNA) untuk memeriksa kemungkinan kontaminasi. Protokol PCR
kepenuhan relatif kemudian menggunakan proporsi masing-masing kelompok adalah versi modifikasi dari Lobo et al. (2013): 94◦C selama 60 detik, 35× [94◦C
mangsa dan melakukan standarisasi berdasarkan kepenuhan usus untuk selama 30 detik; 54◦C selama 90 detik; 72◦C selama 60 detik] dan perpanjangan
menghitung 'poin' untuk setiap kelompok mangsa dalam isi usus ikan kakap. terakhir pada 72◦C selama 5 menit (van der Reis et al.,2023). Amplifikasi
Hal ini dilakukan dengan terlebih dahulu memperkirakan cakupan dua dimensi diperiksa dengan menjalankan produk PCR pada agarosa 1,6%, dan
(2D) dari masing-masing kelompok mangsa dalam cawan budidaya (misalnya divisualisasikan seperti diuraikan di atas.
Bivalvia yang mencakup dua kotak). Semua kelompok mangsa kemudian
dijumlahkan untuk memperkirakan total cakupan dalam setiap usus ikan kakap,
termasuk bahan pencernaan yang tidak dapat diidentifikasi dan memiliki 2.5.3 Sequencing dan bioinformatika
kategorinya sendiri. Perkiraan ini kemudian digunakan untuk menghitung
proporsi masing-masing kelompok mangsa dalam usus ikan kakap sampel. Rangkap tiga PCR dikumpulkan per sampel dan kemudian dibersihkan
Proporsi dikalikan dengan perkiraan kepenuhan rata-rata (usus depan dan menggunakan AMPure XP (Beckman Coulter), mengikuti protokol Illumina
belakang dihitung secara independen tetapi dirata-ratakan untuk menghasilkan 16S (Illumina,2013). Konsentrasi produk PCR yang dibersihkan ditentukan
satu skor kepenuhan) untuk menghitung proporsi relatif setiap kelompok menggunakan Qubit dsDNA HS Assay Kit (Invitrogen) mengikuti instruksi
mangsa dalam setiap individu ikan kakap, sehingga menstandarkan proporsi pabrik dan kemudian diencerkan hingga 2 ng/μL sebelum diurutkan.
relatif setiap kelompok mangsa untuk memfasilitasi perbandingan antar Pengurutan dilakukan oleh Auckland Genomics dan dilakukan pada
sampel. . Misalnya, jika proporsi isi usus ikan kakap adalah 0,8 (yaitu 80% Illumina MiSeq (2×250 nano run berpasangan; jalur tunggal yang
cakupan isi usus dalam cawan budidaya) untuk kerang bibir hijau (P.kanaliculus) digunakan).
dan perkiraan kepenuhan rata-rata adalah 3, ini akan dihitung sebagai 0,8×3 Cutadapt v3.5 (Martin,2011) digunakan untuk menghilangkan primer, hanya
yang sama dengan proporsi relatif 2,4 poin. mempertahankan sekuens-sekuens tersebut dengan kecocokan primer yang
sama persis yang ditambatkan pada awal sekuens. Qiime2 v2022.2 (Bolyen dkk.,
2019) digunakan untuk menilai kualitas urutan sebelum pemotongan di DADA2
2.5 Analisis genetik isi usus ikan kakap (Callahan et al.,2016; digunakan dalam Qiime2). Varian urutan amplikon
berkualitas tinggi (ASV; Callahan et al.,2017) diproduksi dengan memfilter
2.5.1 Penghapusan isi usus dan ekstraksi DNA kualitas urutan, hanya mempertahankan urutan yang digabungkan dan yang
diidentifikasi non-chimeric.
Setelah isi usus masing-masing ikan telah diekstraksi dan dianalisis untuk ASV dijalankan melalui database BLAST GenBank v2022-07
analisis usus visual, isi usus dicampur dan subsampel 2 mL diawetkan menggunakan fungsi MegaBLAST dalam suite BLASTn (Benson et al.,2013;
dalam etanol 90% (2 mL cryovial) dan disimpan pada suhu kamar. minimumE-nilai ambang batas 0,001 dan persentase identitas minimum≥
− 20◦C. Semua alat pembedahan disterilkan antara penanganan individu ikan 70%). Penugasan taksonomi yang dihasilkan kemudian dijalankan melalui
kakap. database World Register of Marine Species (WoRMS) (Horton
dkk.,2022) untuk memastikan taksonomi dan memfilter agar hanya spesies laut metode kepenuhan relatif) kelompok mangsa pada tingkat taksonomi luas yang
yang dipertahankan (yaitu menghilangkan urutan terestrial palsu). R v4.0.4 (Tim dikonsumsi oleh ikan kakap antar lokasi. Penyesuaian Bonferroni digunakan
Inti R,2021) digunakan untuk penyaringan urutan akhir dan jaminan kualitas untukP-nilai untuk memperhitungkan potensi kesalahan inflasi dari beberapa
tugas taksonomi. Potensi kontaminasi dicatat dengan pengurangan perbandingan.
proporsional dari kontrol (blank DNA dan PCR diurutkan). Urutan untuk kakap ( Untuk kelompok mangsa pada tingkat taksonomi terendah, hanya
C. auratus) (spesies inang) telah dihilangkan. Hanya barisan >280 pasangan data ada/tidaknya yang digunakan untuk setiap kelompok mangsa yang
basa yang memiliki ≥85% identitas yang cocok dengan urutan taksonomi diidentifikasi dalam setiap individu ikan kakap. NMDS dilakukan dengan
digunakan. Urutan juga difilter untuk hanya mempertahankan urutan yang jarak Bray – Curtis dan nilai permutasi 999, menggunakan data ada/
memiliki≥Cakupan kueri 90%. tidaknya kelompok mangsa berbeda pada tingkat taksonomi terendah.
Plot penahbisan dibuat untuk representasi pentahbisan 2D, dipisahkan
oleh Perlakuan. PERMANOVA dilakukan untuk kelompok mangsa pada
2.6 Analisis statistik tingkat taksonomi terendah dengan menggunakan data ada/tidaknya,
dengan jarak Bray–Curtis dan faktor utama Lokasi dan Perlakuan. Jika
Semua analisis statistik dan plot diproduksi menggunakan R (R Core hasil model keseluruhan signifikan, uji eksak Fisher digunakan untuk
Team, 2021). Semua analisis menggunakan signifikansiα= 0,05. Segala menentukan apakah frekuensi masing-masing kelompok mangsa pada
cara disajikan sebagai berarti±kesalahan standar. Plot disiapkan dengan tingkat taksonomi terendah yang ditemukan dalam isi usus ikan kakap
ggplot (paket versi 4.0.4, fungsi ggplot2). berbeda secara signifikan antara Perlakuan dan Lokasi.P-nilai untuk
memperhitungkan potensi kesalahan inflasi dari beberapa perbandingan.
2.6.1 Metrik kakap
Untuk membandingkan perbedaan panjang ikan kakap digunakan 2.6.3 Analisis metabarkode DNA
analisis varian dua arah (paket versi 4.0.4, fungsi aov) dengan faktor
utama Lokasi (Pulau Motukopake atau Pulau Tikus) dan Perlakuan Data ada/tidaknya kelompok mangsa yang diidentifikasi dari
(peternakan kerang atau kontrol). Data diplot dan dinilai secara visual metabarcoding DNA pada tingkat famili dan tingkat kelas untuk isi
untuk memastikan asumsi parametrik terpenuhi. Perbedaan signifikan usus seluruh individu ikan kakap dianalisis secara terpisah.
Tukey yang jujur (paket versi 4.0.4, fungsi TukeyHSD) uji post hoc PERMANOVA dilakukan pada data ada/tidaknya mangsa yang
dilakukan jika perbedaan signifikan secara keseluruhan teridentifikasi. terdeteksi secara terpisah untuk tingkat keluarga dan tingkat kelas
Pendekatan ini diulangi untuk membandingkan perbedaan berat basah dengan jarak Bray–Curtis dengan menggunakan faktor utama Lokasi
(g) untuk masing-masing isi usus depan dan usus belakang secara dan Perlakuan. Jika signifikansi terdeteksi, uji eksak Fisher dilakukan
terpisah. Hanya data berat basah foregut yang perlu ditransformasikan dengan menggunakan data ada/tidaknya kelompok mangsa.
sebelum dianalisis dengan menggunakan log(X+1) transformasi. Model Perbandingan tingkat keluarga di antara sampel isi usus
linier umum (paket versi 4.0.4, fungsi glm) digunakan untuk mengecualikan 13 sampel ikan kakap di mana tidak ada keluarga
membandingkan perbedaan skor pencernaan rata-rata gabungan untuk yang teridentifikasi (lokasi kontrol di Pulau Motukopake = 2,
usus belakang dan usus depan, dengan distribusi kuasi-Poisson dan peternakan kerang di Pulau Motukopake = 3, lokasi kontrol di Pulau
faktor utama Lokasi dan Perawatan. Jika perbedaan signifikan secara Tikus = 3 dan peternakan kerang di Pulau Tikus = 5).
keseluruhan teridentifikasi, analisis post hoc 'emmeans' (versi paket
1.5.5-1, fungsi emmeans) digunakan.
2.6.2 Analisis usus visual 3 HASIL
Untuk membandingkan jumlah kelompok mangsa pada tingkat 3.1 Metrik kakap
taksonomi yang luas dalam isi usus ikan kakap antar sampel, penskalaan
multidimensi non-metrik (NMDS) dilakukan dengan jarak Bray-Curtis dan Panjang ikan kakap berkisar antara 27,4 hingga 41,2 cm di peternakan kerang
nilai permutasi 999, menggunakan data poin yang berasal dari metode Pulau Tikus, 27,0 hingga 41,6 cm di peternakan kerang Pulau Motukopake, 25,8
relativefullness. . Plot penahbisan dibuat untuk representasi pentahbisan hingga 30,2 cm di lokasi kontrol Pulau Tikus, dan 26,8 hingga 37,4 cm di lokasi
2D, dipisahkan oleh Perlakuan. Analisis varians multivariat permutasi kontrol Pulau Motukopake (Gambar2). Terdapat perbedaan rata-rata panjang
(PERMANOVA) dilakukan dengan menggunakan data poin kelompok kakap pada sampel kakap untuk Perlakuan, yaitu peternakan kerang versus
mangsa pada tingkat taksonomi luas, dengan jarak Bray-Curtis dan faktor lokasi kontrol (F(1, 57)=5.41,P=0,024) dan interaksi Perlakuan×Lokasi (F(1, 57)=
utama Lokasi dan Perlakuan. Jika hasil model secara keseluruhan 9,51,P=0,0032), namun tidak untuk Lokasi yaitu Pulau Motukopake versus Pulau
signifikan, uji Wilcoxon digunakan untuk menentukan perbedaan jumlah Tikus (F(1, 57)= 1,04,P=0,31) (Gambar2). Analisis post hoc mengidentifikasi bahwa
(dikuantifikasi sebagai 'poin' dari sampel kakap berada di Pulau Motukopake
GAMBAR 2 Frekuensi ukuran ikan kakap (Chrysophrys auratus) panjang (sebagai panjang garpu [cm]) (lebar nampan = 2 cm) sampel di empat lokasi di Firth of
Thames (situs kendali Pulau Motukopake,N=16; Peternakan kerang Pulau Motukopake,N=16; Situs Pengendalian Pulau Tikus,N=13; peternakan kerang Pulau Tikus, N=16). Garis merah
menunjukkan rata-rata panjang ikan kakap untuk setiap lokasi.
lokasi kontrol lebih besar dibandingkan lokasi kontrol di Pulau Tikus (P=0,024; Lokasi (F(1, 57)= 0,75,P=0,39), atau untuk efek interaksi Pengobatan×
31.6±1.0 dan 27.8±masing-masing 0,3 cm), sedangkan kakap dari peternakan Lokasi (F(1, 57)= 2,56,P=0,12) (Gambar3). Demikian pula, tidak ada
kerang Pulau Tikus lebih besar dibandingkan dengan sampel dari lokasi kontrol perbedaan rata-rata berat basah isi usus belakang antar Perlakuan (F
Pulau Tikus (P=0,002; 32.8±1.0 dan 27.8±masing-masing 0,3 cm). (1, 57)=1,36,P=0,25), Lokasi (F(1, 57)=0,004, P=0,95), atau untuk efek
Isi usus ikan kakap yang diambil sampelnya di lokasi budidaya kerang interaksi Pengobatan×Lokasi (F(1, 57)= 0,89,P=0,35) (Gambar3).
memiliki skor pencernaan berkisar 1–5, dan lokasi kontrol memiliki skor
pencernaan berkisar 2–5 (Gambar3). Terdapat perbedaan yang signifikan
secara keseluruhan dalam skor rata-rata pencernaan antara kedua Lokasi dan
Perlakuan (F(57, 60)= 2,79,P=0,04). Pengaruh faktor utama Lokasi dan Lokasi× 3.2 Komposisi isi usus dalam analisis visual
Perawatannya signifikan (P=0,04 danP=0,01, masing-masing), tetapi bukan
faktor utama Perlakuan (P=0,42). Analisis post hoc mengidentifikasi bahwa Isi usus ikan kakap tercerna sedang hingga tinggi di keempat lokasi (Gambar 2).3),
lokasi kontrol di Pulau Tikus memiliki skor pencernaan yang jauh lebih tinggi yang membuat identifikasi kelompok mangsa menjadi sulit, dan memerlukan
dibandingkan dengan lokasi kontrol di Pulau Motukopake (P=0,04; 0,9±0,24 dan penyatuan bagian-bagian organisme untuk mengidentifikasi taksanya. Sebagian besar
3,3±0,16) dan peternakan kerang Pulau Tikus (P=0,005; 3.9±0,24 dan 2,9±0,29). bahan berasal dari usus belakang, dengan 25% ikan kakap berada di lokasi budidaya
kerang dan 17% ikan kakap di lokasi kontrol tidak memiliki bahan di usus depan.
Berat basah total isi usus ikan kakap berkisar antara 1,26 s/d Lokasi kontrol di Pulau Tikus juga memiliki skor total pencernaan yang lebih tinggi
30,08 g di peternakan kerang Pulau Tikus, 1,29 hingga 17,99 g di (rata-rata usus belakang dan depan) dan proporsi bahan yang dicerna lebih tinggi
peternakan kerang Pulau Motukopake, 3,26 hingga 15,33 g di lokasi dibandingkan dengan lokasi lain, hal ini kemungkinan disebabkan oleh waktu sejak
kontrol Pulau Tikus dan 2,17 hingga 4,50 g di lokasi kontrol Pulau mangsa dikonsumsi dibandingkan jenis mangsa yang dikonsumsi. Secara
Motukopake. Setiap ikan kakap memiliki isi usus; Namun, sebagian besar keseluruhan, pencernaan isi usus berarti bahwa tingkat taksonomi yang dapat
isi usus berada di usus belakang. Tidak terdapat perbedaan rata-rata digunakan untuk mengidentifikasi kelompok mangsa seringkali terbatas. Misalnya
berat basah isi usus depan antar Perlakuan (F(1, 57)= 0,16,P=0,69), saja sisa-sisa Decapoda yang ada di dalam isi usus
GAMBAR 3 Gambar teratas skor rata-rata pencernaan isi usus ikan kakap yang diambil sampelnya dari masing-masing empat lokasi (situs kontrol Pulau Motukopake,
Peternakan kerang Pulau Motukopake, lokasi pengendalian Pulau Tikus dan peternakan kerang Pulau Tikus). Skor pencernaan 0 mewakili bahan yang belum tercerna
sepenuhnya dan skor 5 mewakili bahan yang dicerna sepenuhnya (batang kesalahan mewakili kesalahan standar). Gambar di bawah berarti berat basah (g) isi usus depan dan
belakang ikan kakap untuk empat lokasi (situs kontrol Pulau Motukopake,N=16; Peternakan kerang Pulau Motukopake,N=16; Situs pengendalian tikus, N=13; peternakan
kerang Pulau Tikus,N=16).
sampel kakap di lokasi kontrol Pulau Tikus tidak dapat diidentifikasi pada lokasi kontrol di Pulau Tikus), dan Paguroidea lebih tinggi di lokasi kontrol (yaitu
tingkat taksonomi yang lebih rendah, misalnya Caridea, Brachyura dan 9,5% di lokasi kontrol Pulau Motukopake vs. 0% di peternakan kerang Pulau
Paguroidea. Motukopake) (Gambar4; Meja1).
Plot pentahbisan jumlah kelompok mangsa pada tingkat taksonomi luas
(berasal dari data proporsi relatif) dalam isi usus ikan kakap mengidentifikasi
3.2.1 Analisis isi usus untuk kelompok mangsa di pemisahan parsial antara lokasi budidaya kontrol dan kerang; namun, masih
tingkat taksonomi yang luas terdapat banyak tumpang tindih antar perlakuan (Gambar5). PERMANOVA
mengidentifikasi perbedaan yang signifikan dalam komposisi isi usus untuk
Bivalvia merupakan kelompok mangsa dominan pada isi usus ikan kakap, Pengobatan (pseudoF(1, 57)= 6,39, P=0,001) dan Pengobatan×Lokasi (semuF(1, 57)
khususnya pada kedua lokasi budidaya kerang (Gambar 2).4; Meja1). Hal ini = 3,12,P=0,01), tetapi tidak untuk Lokasi (pseudoF(1, 57)= 1,46,P=0,18). Analisis
disebabkan oleh tingginya proporsi kerang yang ada di isi usus (yaitu 29% di post hoc menunjukkan bahwa kelompok mangsa pada tingkat taksonomi luas
peternakan kerang Pulau Tikus dan 18% di peternakan kerang Pulau yang mendorong perbedaan tersebut adalah kategori Bivalvia, Crustacea
Motukopake vs. 0% di lokasi pengendalian Pulau Motukopake dan Pulau Tikus), lainnya, Decapoda dan Paguroidea (Tabel2). Secara khusus, sampel kakap di
yang termasuk dalam kategori Bivalvia. pada tingkat taksonomi yang luas lokasi kontrol di Pulau Tikus mengonsumsi lebih sedikit Bivalvia dibandingkan
(Gambar4). Sebaliknya, Decapoda merupakan komponen umum dari isi usus di dengan sampel kakap dari semua lokasi lain (Tabel2). Selain itu, ikan kakap dari
satu lokasi kontrol tetapi tidak di salah satu lokasi budidaya kerang (yaitu 22,5% peternakan kerang Pulau Motukopake mengonsumsi lebih banyak Crustacea
di lokasi kontrol Pulau Tikus vs. 0% di peternakan kerang Pulau Tikus) (Gambar4 lain dibandingkan kedua lokasi kontrol. Kakap di lokasi pengendalian Pulau
). Crustacea lainnya (tidak termasuk kelompok mangsa yang diklasifikasikan ke Tikus mengkonsumsi lebih banyak Decapoda dibandingkan dengan kedua
dalam taksa Crustacea yang berbeda seperti Caridea, Decapoda, Brachyura dan lokasi budidaya kerang. Kakap di Pulau Motukopake mengkonsumsi lebih
Paguroidea) lebih tinggi di lokasi peternakan kerang (yaitu 14,6% di peternakan banyak Paguroidea dibandingkan dengan budidaya kerang di Pulau
kerang Pulau Tikus vs. 1,4% di peternakan kerang Pulau Tikus. Motukopake (Tabel2).
GAMBAR 4 Rata-rata persentase kelompok mangsa pada tingkat taksonomi luas yang terdapat dalam isi usus ikan kakap (gabungan usus belakang dan usus depan), sebagai
proporsi relatif setiap kelompok mangsa berdasarkan total isi usus setiap individu ikan kakap. Proporsi relatif masing-masing kelompok taksonomi luas pada
individu kakap dirata-ratakan untuk masing-masing empat lokasi pengambilan sampel (lokasi kontrol Pulau Motukopake, peternakan kerang Pulau Motukopake,
lokasi kontrol Pulau Tikus, dan peternakan kerang Pulau Tikus). Kerang (berbibir hijau dan biru) diekstraksi dari Bivalvia lain hanya untuk tujuan visual dan bukan
sebagai bagian dari statistik pada tingkat taksonomi yang luas.
TABEL 1 Jumlah total kelompok mangsa pada tingkat taksonomi luas dalam isi usus ikan kakap yang diambil sampelnya dari empat lokasi (Motukopake
Situs kontrol pulau,N=16; Peternakan kerang Pulau Motukopake,N=16; Situs Pengendalian Pulau Tikus,N=13; peternakan kerang Pulau Tikus,N=16)
Kelompok mangsa pada taksonomi luas Pulau Motukopake Pulau Motukopake Pengendalian Pulau Tikus Kerang Pulau Tikus
kadar isi usus ikan kakap situs kontrol peternakan kerang lokasi peternakan
Bahan yang dicerna 18.94 15.34 14.48 13.25
Moluska Bivalvia 4.71 6.53 0,075 12.01
Gastropoda 0,52 0,00 0,00 0,00

Kitonida 0,11 0,00 0,00 0,20
Arthropoda Brachyura 3.83 4.16 0,38 1.15
Paguroidea 3.37 0,00 0,83 0,02
Dekapoda 0,53 0,94 5.99 0,00
Crustacea lainnya 0,35 3.33 0,42 6.07
Caridea 0,51 0,00 0,40 0,11
Annelida Polichaeta 0,04 0,88 0,00 0,52
Chordata Teleostei 0,00 0,00 2.42 0,00
Ascidiacea 0,00 0,32 0,00 0,00
Puing-puing cangkang 0,1 0,00 0,00 0,16
Catatan: Mangsa diklasifikasikan ke dalam tingkat taksonomi yang luas, dan ukuran proporsi relatif (poin) mengidentifikasi kontribusi masing-masing kelompok yang distandarisasi oleh skor
kepenuhan usus, yang dihitung dengan metode kepenuhan relatif yang dimodifikasi. Nilai yang dicetak tebal mewakili kelompok mangsa tertinggi (tidak termasuk bahan yang dicerna) per lokasi.
GAMBAR 5Plot penskalaan multidimensi non-metrik

(NMDS) dari proporsi relatif mengukur data masing-
masing dari 13 kelompok mangsa pada tingkat
taksonomi luas yang ditemukan dalam isi usus ikan
kakap di empat lokasi dan disajikan untuk dua lokasi
kontrol dan dua lokasi budidaya kerang (lihat Tabel1).
Interval kepercayaan (50%) elips ditampilkan di atas
Perawatan.
MEJA 2 Wilcoxon menguji perbedaan signifikan post hoc dalam jumlah kelompok mangsa pada tingkat taksonomi luas yang dikonsumsi oleh individu
kakap di antara lokasi budidaya kerang Pulau Motukopake, lokasi pengendalian Pulau Motukopake, budidaya kerang Pulau Tikus dan lokasi pengendalian Pulau Tikus
Kelompok mangsa di a
taksonomi yang luas Kesalahan rata-rata dan

tingkat Perbandingan standar (poin) DisesuaikanP-nilai
Bivalvia Situs Pengendalian Pulau Tikus <Situs Pengendalian Pulau Motukopake 0,006±0,006<0,29±0,07 0,01
Lokasi pengendalian Pulau Tikus < Peternakan kerang Pulau Tikus 0,006±0,006<0,75±0,25 0,03
Lokasi pengendalian Pulau Tikus <Peternakan kerang Pulau Motukopake 0,006±0,006<0,41±0,13 0,04
Crustacea lainnya Situs kendali Pulau Motukopake <Pulau Motukopake 0,02±0,02 <0,21±0,06 0,006
peternakan kerang
Lokasi pengendalian Pulau Tikus <Peternakan kerang Pulau Motukopake 0,02±0,02 <0,21±0,06 0,04
Dekapoda Peternakan kerang Pulau Motukopake< Lokasi pengendalian Pulau Tikus 0,06±0,06 < 0,46±0,17 0,02
Peternakan kerang Pulau Tikus< Situs pengendalian Pulau Tikus 0±0 <0,46±0,17 0,004
Paguroidea Peternakan kerang Pulau Motukopake<Pulau Motukopake 0±0 <0,21±0,08 0,04

situs kontrol
Catatan: Mangsa diklasifikasikan ke dalam tingkat taksonomi yang luas, dan ukuran proporsi relatif mengidentifikasi kontribusi relatif setiap kelompok mangsa yang dihitung dari metode
kepenuhan relatif yang dimodifikasi. Rata-rata dan kesalahan standar berasal dari data mentah.
3.2.2 Analisis isi usus untuk kelompok mangsa umur individu kakap dalam suatu lokasi yang terdapat kelompok
diklasifikasikan ke tingkat taksonomi terendah mangsanya (Tabel3). Mangsa terbanyak yang dikonsumsi oleh budidaya
ikan kakap Pulau Motukopake adalah kerang bibir hijau (P.kanaliculus);
Mangsa yang diidentifikasi hingga tingkat taksonomi terendah dalam isi usus Namun, mangsa yang paling sering hadir adalah teritip segitiga (Balanus
ikan kakap menghasilkan dua set data. Pertama, ukuran proporsi relatif yang trigonus) (Meja3). Di peternakan kerang Pulau Tikus, mangsa terbanyak
berasal dari proporsi item mangsa dalam isi usus dikombinasikan dengan dan paling sering hadir adalah kerang bibir hijau (Tabel3). Mangsa
ukuran kepenuhan relatif digunakan untuk mengidentifikasi jumlah relatif terbanyak yang dikonsumsi oleh kakap lokasi pengendalian Pulau
masing-masing kelompok mangsa yang dikonsumsi di antara ikan kakap (Tabel Motukopake adalah rajungan (Liocarcinus corrugatus) dan mangsa yang
3). Kedua, data ada/tidaknya digunakan untuk menghitung persentase paling sering hadir adalah kelomang di
TABEL 3 Jumlah total (berasal dari data ukuran proporsi relatif) kelompok mangsa yang diklasifikasikan hingga tingkat taksonomi terendah yang dikonsumsi
kakap, dan persentase total individu kakap dengan kelompok mangsa yang ada (diperoleh dari data ada/tidaknya), di antara lokasi (lokasi kontrol Pulau Motukopake,
N=16; Peternakan kerang Pulau Motukopake,N=16; Situs Pengendalian Pulau Tikus,N=13; peternakan kerang Pulau Tikus,N=16)
Motukopake Motukopake
Kontrol pulau kerang pulau Pulau Tikus Pulau Tikus
Kelompok mangsa pada tingkat taksonomi terendah dalam isi usus ikan kakap lokasi peternakan situs kontrol peternakan kerang
Bahan yang dicerna 18.94 dan 15.34 dan 14.48 dan 13,25 dan 93%
100% 100% 100%
Moluska Bivalvia Bivalvia Tak Dikenal 0,48 dan 6% 0,00 0,00 0,04 dan 6%
Anomia trigonopsis 1,28 dan 25% 0,03 dan 6% 0,00

Atrina Zelandica 2,11 dan 37% 0,00 0,00 1,07 dan 6%
Austrovenus stutchburyi 0,34 dan 6% 0,00 0,00 0,00

Dosinaspp. 0,59 dan 19% 0,00 0,00 0,00
Mytilus galloprovincialis 0,00 0,60 dan 13% 0,00 4,04 dan 31%
planulatus
Ostreidae spp. 0,00 0,00 0,075 dan 8% 0,00

Paphies australis 0,08 dan 6% 0,00 0,00 0,00
kanalikuli Perna 0,00 5.90dan 56% 0,00 6,85 dan 56%
Gastropoda Trochidae spp. 0,52 dan 13% 0,00 0,00 0,00

Kitonida Chiton tak dikenal 0,11 dan 6% 0,00 0,00 0,043 dan 6%
Cellana hiasan 0,00 0,00 0,00 0,16 dan 6%
Arthropoda Brachyura Brachyura tak dikenal 0,1 dan 6% 0,61 dan 19% 0,38 dan 8% 0,17 dan 6%
Halicarcinus innominatus 0,00 1,49 dan 6% 0,00 0,00

Halicarcinusspp. 0,00 0,18 dan 6% 0,00 0,00
Liocarcinus corrugatus 3.70dan 13% 0,00 0,00 0,00
Nepinnotheres novaezelandiae 0,00 0,20 dan 6% 0,00 0,25 dan 6%
Notomitraxspp. 0,04 dan 13% 0,86 dan 13% 0,00 0,72 dan 6%
Pilumnus novaezelandiae 0,00 0,77 dan 13% 0,00 0,00

Portunidae 0,00 0,057 dan 6% 0,00 0,00
Paguroidea Paguridae spp. 2.86 dan38% 0,00 0,83 dan 23% 0,02 dan 6%
Lophopaguruspp. 0,50 dan 19% 0,00 0,00 0,00

Dekapoda Dekapoda tak dikenal 0,53 dan 13% 0,94 dan 6% 5.99Dan62% –
krustasea Balanus trigonus 0,00 3.33 dan68% 0,42 dan 15% 5,76 dan 44%
Epopella plicata 0,00 0,00 0,00 0,32 dan 6%
Meiura 0,35 dan 6% 0,00 0,00 0,00

Caridea Caridea Tak Dikenal 0,02 dan 6% 0,00 0,33 dan 15% 0,11 dan 6%
Alpheus richardsoni 0,00 0,00 0,07 dan 8% 0,00

Biffarius filholi 0,48 dan 6% 0,00 0,00 0,00
Annelida Polichaeta Polichaeta tak dikenal 0,04 dan 6% 0,00 0,00 0,05 dan 6%
mikrofil Eulalia 0,00 0,45 dan 6% 0,00 0,00

Serpulidae spp. 0,00 0,43 dan 38% 0,00 0,47 dan 13%
Chordata Teleostei Forsterigionspp. 0,00 0,00 2,42 dan 8% 0,00

Ascidiacea Styela clava 0,00 0,32 dan 6% 0,00 0,00
Puing-puing cangkang Lain-lain puing-puing cangkang 0,1 dan 6% 0,00 0,00 0,16 dan 6%
Catatan: Ukuran proporsi relatif mengidentifikasi kontribusi relatif setiap mangsa yang dihitung dengan metode kepenuhan usus yang dimodifikasi. Persentase
tersebut mewakili proporsi sampel kakap yang memiliki mangsa, dari jumlah total individu di setiap lokasi. Nilai yang dicetak tebal mewakili nilai tertinggi (tidak
termasuk materi yang dicerna) per lokasi.
GAMBAR 6Plot non-metric multidimensional scaling

(NMDS) yang berisi data ada/tidaknya kelompok
mangsa yang diklasifikasikan hingga tingkat
taksonomi terendah dalam isi usus ikan kakap di
lokasi kontrol dan budidaya kerang (lihat Tabel3).
Interval kepercayaan (50%) elips ditampilkan di atas
Perawatan.
TABEL 4 Uji eksak nelayan post hoc menunjukkan perbedaan yang signifikan dalam ada/tidaknya kelompok mangsa yang diklasifikasikan hingga tingkat taksonomi terendah
dalam isi usus ikan kakap antara lokasi budidaya kerang Pulau Motukopake, lokasi pengendalian Pulau Motukopake, budidaya kerang Pulau Tikus dan lokasi pengendalian
Pulau Tikus
Kelompok mangsa pada tingkat taksonomi terendah Perbandingan Persen DisesuaikanP-nilai
Teritip segitiga (Balanus trigonus) Lokasi pengendalian Pulau Motukopake <peternakan kerang Pulau Motukopake 0% vs 68% 0,002
Kerang berbibir hijau (kanalikuli Perna) Lokasi pengendalian Pulau Motukopake <peternakan kerang Pulau Motukopake 0% vs 56% 0,02
Lokasi pengendalian Pulau Tikus < Peternakan kerang Pulau Tikus 0% vs 56% 0,04
Lokasi pengendalian Pulau Motukopake < Peternakan kerang Pulau Tikus 0% vs 56% 0,03
Lokasi pengendalian Pulau Tikus <Peternakan kerang Pulau Motukopake 0% vs 56% 0,04
Dekapoda spp. Peternakan kerang Pulau Tikus< Situs pengendalian Pulau Tikus 0% vs 62% 0,01
Keluarga Paguridae (Tabel3). Di lokasi pengendalian Pulau Tikus, mangsa Lokasi pengendalian Pulau Motukopake (Tabel4). Peternakan kerang di Pulau
terbanyak dan paling sering hadir dalam isi usus ikan kakap adalah Motukopake juga memiliki frekuensi kehadiran kerang bibir hijau yang lebih tinggi di
Decapoda (Tabel3). isi usus ikan kakap dibandingkan dengan lokasi kontrol di Pulau Tikus. Demikian pula,
Analisis statistik untuk kelompok mangsa yang diklasifikasikan pada tingkat peternakan kerang di Pulau Tikus memiliki frekuensi keberadaan kerang bibir hijau
taksonomi terendah hanya diselesaikan berdasarkan data ada/tidaknya. Plot yang lebih tinggi di isi usus ikan kakap dibandingkan dengan lokasi kontrol di Pulau
pentahbisan untuk data ada/tidaknya kelompok mangsa pada tingkat Tikus dan di lokasi kontrol di Pulau Motukopake. Lokasi pengendalian Pulau Tikus
taksonomi terendah mengidentifikasi pemisahan antara lokasi budidaya kerang memiliki frekuensi Decapoda lain yang lebih tinggi dibandingkan dengan lokasi
dan kontrol (Gambar6). PERMANOVA mengidentifikasi perbedaan yang budidaya kerang (Tabel4).
signifikan dalam komposisi isi usus ikan kakap untuk Pengobatan (pseudoF(1, 57)
= 13,58,P=0,001) dan Pengobatan×Lokasi (semuF(1, 57)= 3,46,P=0,001), tetapi
tidak untuk Lokasi (pseudoF(1, 57)= 2.11,P=0,05). Analisis post hoc menunjukkan 3.3 Komposisi isi usus dalam analisis genetik
bahwa kelompok mangsa utama pada tingkat taksonomi terendah yang
mendorong perbedaan tersebut adalah teritip segitiga, kerang berbibir hijau, Di Pulau Motukopake, terdapat 20 keluarga yang teridentifikasi di empat
dan Decapoda lainnya (Tabel4). Teritip segitiga dan kerang bibir hijau lebih lokasi (Gambar7). Proporsi spesies terbesar pada kedua Perlakuan berada
sering ditemukan di peternakan kerang Pulau Motukopake dibandingkan pada kelas Malacostraca (Crustacea) (Gambar7). Perbedaan utamanya
dengan di peternakan kerang Pulau Motukopake. adalah keberadaan Mytilidae (kerang) dalam jumlah besar.
GAMBAR 7 Plot ada/tidaknya rangkaian DNA yang teridentifikasi pada isi usus ikan kakap di peternakan kerang Pulau Motukopake (N=16) dan
Situs kendali Pulau Motukopake (N=16), dan peternakan kerang Pulau Tikus (N=16) dan lokasi pengendalian Pulau Tikus (N=13) dikategorikan berdasarkan tingkat
keluarga (sisi kiri) dan tingkat kelas (sisi kanan). Ukuran lingkaran menunjukkan jumlah individu di mana kelompok mangsa diidentifikasi, dan warna menunjukkan
kelimpahan relatif (RRA) yang merupakan metrik semi-kuantitatif untuk memahami dominasi kelompok mangsa dalam sampel ikan kakap.
dan Caprellidae (Amphipoda) di lokasi budidaya kerang dan tidak ada di lokasi kontrol Chromadorea (cacing gelang) (36%) dibandingkan dengan peternakan kerang Pulau
(Gambar7). Sesarmidae (Brachyura) memiliki proporsi tertinggi di lokasi kontrol dan Tikus (0%) dan lokasi pengendalian Pulau Motukopake (0%) (P=0,03).
tidak ada satupun yang terdapat di lokasi budidaya kerang (Gambar 2).7).
Di Pulau Tikus, terdapat 15 famili yang teridentifikasi di lokasi kontrol

dan 29 famili yang teridentifikasi di peternakan kerang (Gambar7). 4 DISKUSI
Proporsi famili terbesar di lokasi kontrol adalah kelas Actinopteri (ikan
sirip pari) dan kelas Malacostraca (Crustacea), dan di peternakan kerang, Studi ini membandingkan perbedaan isi usus ikan kakap antara peternakan kerang
kelas Malacostraca adalah Malacostraca (Gambar7). Mytilidae (kerang) dan lokasi kontrol untuk melihat apakah kelompok mangsa yang diidentifikasi di
dan Skeletonemaceae (mikroalga) paling banyak terdapat di peternakan peternakan kerang kakap bersumber langsung atau tidak langsung dari infrastruktur
kerang, sedangkan Semilidae (kerang) dan Lithodidae (kepiting) terwakili peternakan kerang. Hasilnya menunjukkan bahwa ikan kakap yang diambil dari
dalam jumlah sampel yang lebih besar di lokasi pengendalian Pulau Tikus habitat peternakan kerang mengonsumsi makanan yang sangat berbeda
(Gambar7). Kelompok mangsa yang paling dominan (berdasarkan dibandingkan dengan ikan yang diambil dari lokasi kontrol. Perbedaan pola makan ini
kelimpahan relatif) di budidaya kerang adalah Dotillidae (kepiting) dan disebabkan oleh kakap yang memanfaatkan spesies mangsa yang tersedia melalui
Moridae (ikan cod) di lokasi kontrol (Gambar7). keberadaan habitat budidaya kerang, seperti spesies yang dipanen dan biofouling
PERMANOVA mengidentifikasi perbedaan signifikan ada/tidaknya mangsa di yang umum di habitat budidaya, yang tidak tersedia di habitat sedimen lunak terdekat
tingkat keluarga pada isi usus ikan kakap untuk Pengobatan (pseudoF(1, 44)= yang tidak terstruktur (yaitu kontrol situs).
5,66,P=0,001), Lokasi (pseudoF(1, 44)= 2,07,P=0,007) dan Pengobatan×Lokasi

(semuF(1, 44)= 2,12,P=0,009). Namun,P-nilai yang disesuaikan dalam analisis post
hoc tidak dapat mendeteksi perbedaan yang signifikan di antara keempat 4.1 Perbedaan isi usus ikan kakap
lokasi. Tidak disesuaikanP-nilai menunjukkan beberapa perbedaan keluarga
antar Perawatan. Misalnya saja, keberadaan Mytilidae yang lebih tinggi pada isi 4.1.1 Peternakan kerang versus kakap di lokasi kontrol
usus ikan kakap yang diambil dari sampel peternakan kerang Pulau
Motukopake (54%) dan peternakan kerang Pulau Tikus (55%) secara signifikan Perbedaan utama kandungan isi perut ikan kakap antara budidaya kerang dan
lebih besar dibandingkan lokasi kontrol (0%) (P=0,002 danP=0,01, masing- lokasi kontrol adalah kontribusi signifikan dari kerang (bibir hijau dan biru) dan
masing). Keberadaan Sesarmidae lebih tinggi pada isi usus ikan kakap di lokasi teritip di budidaya kerang dan bukan di lokasi kontrol. Analisis genetik juga
pengendalian Pulau Motukopake (50%) dibandingkan dengan budidaya kerang mengkonfirmasi bahwa terdapat perbedaan keberadaan amphipoda kaprellid
Pulau Motukopake dan budidaya kerang Pulau Tikus (0%) (P=0,006 danP= yang terdapat di peternakan kerang tetapi tidak di lokasi kontrol, namun
masing-masing 0,04). Peternakan kerang di Pulau Motukopake memiliki jumlah Amphipoda bertubuh lunak ini tidak terdeteksi dalam analisis visual. Terdapat
Balanidae (teritip) yang lebih tinggi (46%) dibandingkan dengan lokasi beberapa perbedaan pada famili Brachyura antara budidaya kerang dan lokasi
pengendalian di Pulau Motukopake dan di Pulau Tikus (0%) (P=0,006 danP=0,02, kontrol, seperti pada Sesarmidae yang lebih banyak terdapat pada isi usus ikan
masing-masing). Selain itu, Caprellidae (Amphipoda) terdapat pada isi usus ikan kakap di kedua lokasi kontrol. Keluarga kepiting Sesarmidae bukanlah keluarga
kakap yang diambil dari peternakan kerang Pulau Motukopake (38%) namun Brachyura yang umum di Selandia Baru dan oleh karena itu kemungkinan
tidak terdapat di lokasi kontrol Pulau Motukopake dan Pulau Tikus (0%) (P=0,02 besar mewakili spesies Brachyura berbeda yang belum tersedia dalam
dan P=0,04, masing-masing). database referensi DNA (Wilkens & Ahyong,2015). Perbedaan utama lainnya di
lokasi kontrol dibandingkan dengan peternakan kerang adalah keberadaan
PERMANOVA mengidentifikasi perbedaan yang signifikan dalam ada/ Paguridae (kelomang). Paguridae melimpah di berbagai lokasi terumbu
tidaknya item mangsa di tingkat kelas dalam isi usus untuk Pengobatan sedimen lunak dan berbatu, dan telah menunjukkan hubungan dengan habitat
(pseudoF(1, 48)= 3,74,P=0,007) dan Pengobatan×Lokasi (semuF(1, 48)=2,48,P=0,04), peternakan kerang di luar negeri dan di terumbu kerang sedimen lunak di
tetapi bukan Lokasi (pseudoF(1, 48)=1.13, P=0,34). Namun,P-nilai yang Selandia Baru (D'Amours dkk.,2008; McLeod dkk.,2014; Sean dkk.,2022). Oleh
disesuaikan dalam analisis post hoc tidak dapat mendeteksi perbedaan karena itu, tidak jelas mengapa kelimpahan Paguridae lebih tinggi di lokasi
signifikan antar lokasi. Tidak disesuaikan P-nilai menunjukkan beberapa kontrol dan bukan di peternakan kerang. Ada kemungkinan bahwa kelimpahan
perbedaan ada/tidaknya berbagai kelas mangsa di isi usus antara Perlakuan cangkang yang menjadi andalan Paguridae untuk cangkang inangnya lebih
dan Lokasi. Misalnya, isi usus ikan kakap yang diambil dari peternakan kerang melimpah di lokasi kontrol, karena Paguridae lebih menyukai cangkang inang
Pulau Motukopake dan peternakan kerang Pulau Tikus memiliki kandungan dari spesies Gastropoda dibandingkan Bivalvia, dan cangkang Bivalvia (dari
Bivalvia (termasuk kerang) yang lebih besar (47% dan 46%) dibandingkan kerang) paling melimpah di dasar laut di bawah peternakan kerang.
dengan lokasi kontrol di Pulau Motukopake (0%) (P=0,007 dan P=0,01, masing- (McLaughlin & Thiel, 2015; Liar & Nikel,2013).
masing). Peternakan kerang Pulau Motukopake juga memiliki kehadiran
Thecostraca (misalnya teritip) yang lebih besar dibandingkan dengan kedua Konsumsi/predasi ikan kakap terhadap spesies kerang yang dibudidayakan
lokasi kontrol (40% vs. 0%,P=0,02). Isi usus ikan kakap dari lokasi pengendalian (misalnya kerang bibir hijau yang dibudidayakan) konsisten dengan analisis global
di Pulau Motukopake memiliki kandungan Conoidasida (alveolat parasit) yang umum mengenai pola makan spesies Sparidae yang tinggal di peternakan lainnya
lebih besar (35%) dibandingkan dengan budidaya kerang di Pulau Motukopake (Gerlotto dkk.,2001; Hayden,1995; Peteiro dkk.,2010; Šegvić-Bubić dkk., 2011; Tsuyuki
(0%) (P=0,03). Lokasi pengendalian Pulau Tikus memiliki kehadiran yang lebih & Umino,2017). Namun, sebagian besar penelitian ini berfokus pada tahap spat
besar daripada kerang dewasa yang sedang dalam siklus pertumbuhan (Ger-
lotre dkk.,2001; Hayden,1995; Peteiro dkk.,2010; Stenton-Dozey & Broekhuizen, mereka masih mengunjungi jalur penetes yang mungkin untuk mencari makan,
2019; Tsuyuki & Umino,2017). Spesies sparid dikenal sebagai predator sebagaimana juga dibuktikan dengan komposisi mangsa di isi usus ikan kakap.
signifikan terhadap spesies kerang yang dibudidayakan, khususnya kerang.
Misalnya, makanan ikan gilthead seabream (Sparusaurata) sampel dari Terdapat spesies indikator kunci lainnya yang terdapat pada ikan kakap
peternakan kerang Kroasia terdiri dari 70% kerang yang dibudidayakan, yang budidaya kerang namun tidak terdapat pada lokasi kontrol yang
jauh lebih tinggi dibandingkan sampel kakap di lokasi peternakan kerang dalam mengkonfirmasi bahwa ikan kakap kerang mengkonsumsi biofouling dalam
penelitian ini, dengan konsumsi hingga 19% dari kerang bibir hijau yang lingkungan budidaya. Ini termasukNotomitraxDanHalicarcinusSpesies
dibudidayakan. Kakap dalam penelitian ini juga ditangkap di dasar laut Brachyura yang keduanya merupakan penghuni umum garis penetes kerang
sehingga kemungkinan besar memakan kerang yang jatuh dari garis penetes (Woods et al., 2012). Kepiting kacang (Nepinnotheres novaezelandiae) juga
dan juga yang ada di garis penetes. Selain itu, penelitian di Kroasia terdapat pada kerang budidaya kerang yang biasanya merupakan kepiting
menunjukkan tidak adanya konsumsi Crustacea oleh ikan gilthead di parasit hanya pada kerang berbibir biru dan hijau (Trottier & Jeffs,2015a, 2015b;
peternakan kerang, hal ini mengejutkan mengingat Crustacea merupakan Trottier dkk.,2012; Wilkens & Ahyong,2015). Selain itu, beberapa Bivalvia yang
sumber makanan dominan bagi Sparidae dan umumnya berasosiasi dengan terdapat di lokasi kontrol budidaya ikan kakap dan bukan kerang, sepertiDosina
peternakan kerang (Callier et al.,2018; McKindsey dkk.,2011; Šegvić-Bubić dkk., spp., kerang (Austrovenus stutchburyi) dan pipi (Paphies australis), lebih sering
2011; Usmar,2012; hutan dkk.,2012). Meskipun demikian, ikan gilthead ditemukan di habitat bentik lunak, berlumpur, dan berpasir halus tanpa
memang mengonsumsi Teleostei dan lebih banyak Gastropoda dibandingkan hubungan langsung dengan habitat bentik peternakan kerang dimana muatan
dengan penelitian ini, hal ini menunjukkan bahwa perbedaan spesifik lokasi organik dari budidaya kerang biasanya lebih tinggi (Powell,1979; Liar & Nikel,
dalam biofouling atau perbedaan pola makan antara kedua spesies Sparidae 2013).
telah berdampak pada komposisi pola makan masing-masing spesies (Šegvić-
Bubić dkk.,2011).
Ikan kakap di peternakan kerang juga mengonsumsi kerang biru (hingga 10,1%) 4.1.2 Perbandingan dengan kakap Teluk Hauraki yang lebih luas
dan teritip (hingga 14%), yang merupakan spesies biofouling pengganggu utama di populasi
peternakan kerang bibir hijau di Selandia Baru (Forrest & Atalah,2017; hutan dkk.,2012
; Zazzaro dkk.,2018). Sejak tahun 2009, terjadi peningkatan dramatis dalam jumlah Analisis sebelumnya mengenai isi usus ikan kakap di Teluk Hauraki telah
pengotoran pada teritip segitiga (B.trigonus) di peternakan kerang di Teluk Hauraki mencakup habitat yang lebih luas dan rentang ukuran ikan kakap yang
(Zazzaro et al.,2018). Secara global, diperkirakan bahwa operasi budidaya perairan menghasilkan beragam spesies dan kelompok taksonomi yang
menghabiskan 5%–10% dari total keuntungan untuk mengelola biofouling, sehingga teridentifikasi dalam isi usus (Colman,1972; Drummond,2020; Godfriaux,
jika ikan kakap secara selektif memangsa organisme pengganggu pengganggu ini, hal 1970; Russel,1983; Ketiga,2022; Usmar,2012). Kakap telah diamati
ini dapat bermanfaat bagi operasi budidaya kerang (Zazzaro dkk.,2018). Oleh karena mengonsumsi hampir 100 spesies berbeda di berbagai stasiun
itu, ada potensi trade-off antara ikan kakap yang mengonsumsi kerang hijau yang pengambilan sampel sedimen lunak di Teluk Hauraki, yang jauh lebih
sudah dipanen, namun juga mendapatkan manfaat dari pengurangan biofouling yang tinggi dibandingkan 34 spesies yang diidentifikasi dalam analisis usus
mengganggu di dalam budidaya. Mengingat konsumsi keseluruhan kerang yang visual dalam penelitian ini (Colman,1972; Godfriaux,1970). Misalnya,
dipanen oleh ikan kakap jauh lebih rendah dibandingkan yang tercatat sebelumnya proporsi Polychaeta yang lebih tinggi (5%–10% vs. 0%–2%), Teleostei (5%–
untuk spesies ikan kakap lainnya (19% vs. 70%), pemangsaan mungkin tidak cukup 10% vs. 0%–4%) dan Gastropoda (5%–15% vs. 0%– 1,6%) sebelumnya telah
signifikan untuk mempengaruhi produksi kerang pada tahap pertumbuhan diidentifikasi dalam isi usus ikan kakap yang hidup di habitat alami di
menengah hingga akhir. Teluk Hauraki (Colman,1972; Drummond,2020; Godfriaux,1970; Ketiga,
2022). Selain itu, Echinodermata dan Porifera juga terdapat dalam studi
Caprellid yang ditemukan dalam isi usus ikan kakap di peternakan pola makan yang lebih luas, dengan Echinodermata menempati sebagian
kerang kemungkinan besar terdapat di dalam kerang pada jalur penetes besar isi usus (9,6%–28,3%) (Colman,1972; Godfriaux,1970; Russel,1983).
karena ini adalah spesies biofouling umum yang berasosiasi dengan Perbandingan ini telah mengkonfirmasi plastisitas pola makan ikan kakap
struktur biogenik, misalnya kerang, hidroid, dan tunikata (Lim & Harley, bahkan dalam habitat berbeda yang ditemukan dalam satu wilayah laut.
2018; Selatan dkk., 2019; hutan dkk.,2012, 2014). Caprellids sangat Secara keseluruhan, terdapat konsensus umum bahwa sebagian besar
melimpah pada garis penetes selama benih kerang muda (Southet al., Crustacea yang hidup bebas merupakan kelompok mangsa dominan yang
2019). Kehadiran caprellid, mussel, dan teritip di dalam isi usus ikan kakap menjadi target kakap, dan semua penelitian pola makan sebelumnya mencatat
di peternakan kerang menunjukkan bahwa ikan kakap memakan jalur taksa ini sebagai komponen dominan (Colman,1972; Drummond,2020;
penetes dan juga benthos, karena spesies ini lebih besar Godfriaux,1970; Russel,1983; Ketiga,2022; Usmar, 2012). Hal ini secara umum
kemungkinannya terdapat pada substrat struktural jalur penetes (South konsisten dengan penelitian ini; namun, dominasi Bivalvia pada isi usus ikan
et Al.,2019; hutan dkk.,2012; Zazzaro dkk.,2018). Penelitian yang kakap di peternakan kerang melebihi proporsi Crustacea di peternakan kerang
menyelidiki kelimpahan dan keanekaragaman ikan kakap di peternakan Pulau Tikus (32%Bivalvia vs. 18,4%Crustacea), dan tergolong tinggi namun tidak
kerang Coromandel menunjukkan bahwa ikan kakap teramati di melebihi proporsi Crustacea di peternakan kerang Pulau Motukopake. (18%
permukaan sebanyak 34% dan di benthos sebanyak 66%, berdasarkan Bivalvia dan 26% Crustacea). Kedua lokasi kontrol mempunyai dominasi
rekaman berdurasi 89,6 jam (Underwood,2023). Pengamatan ini Crustacea—29% di lokasi kontrol Pulau Tikus dan 21,4% di lokasi kontrol Pulau
menunjukkan bahwa meskipun kakap hampir selalu terdapat di benthos, Motukopake. Dari Crustacea, Brachyura ditemukan menjadi
komponen dominan dalam empat penelitian sebelumnya tentang pola makan habitat alami (Ketiga,2022; Usmar,2012), namun kakap diketahui
ikan kakap di Selandia Baru (Colman,1972; Godfriaux,1970; Russel,1983; Usmar, mendahuluinya ketika tersedia (Alder et al.,2021, 2022a, 2022b).
2012); namun, Paguroidea dan Caridea lebih dominan dalam dua penelitian Kerang biru belum pernah tercatat dalam pakan ikan kakap
yang berfokus pada ikan kakap dewasa berukuran lebih kecil yaitu 25–55 cm sebelumnya di Selandia Baru (Colman,1972; Drummond,2020;
(Drummond,2020; Ketiga,2022). Kakap biasanya mulai memakan Brachyura dari Godfriaux, 1970; Russel,1983; Ketiga,2022; Usmar,2012). Namun
ukuran 10 cm (panjang garpu) dan makanannya menjadi lebih bervariasi dari deteksi konsumsi kerang bergantung pada keberadaan spesies ini
25 cm hingga mencakup Bivalvia, Paguroidea, Polychaeta, Gastropoda dan dalam jumlah yang cukup di habitatnya.
Teleostei (Usmar,2012). Hal ini sebagian besar disebabkan oleh kekuatan
rahang kakap yang berkembang seiring bertambahnya usia/bertambahnya
ukuran, sehingga kakap dapat berhasil mengonsumsi lebih banyak organisme 4.2 Perbandingan analisis usus visual dan genetik
bercangkang keras (Usmar,2012). Dalam penelitian ini (yang juga hasil
menggunakan kelas ukuran halus 26–42 cm), komponen Crustacea yang
dominan pada ikan kakap budidaya kerang adalah teritip, sebagian besar teritip Secara keseluruhan, terdapat keselarasan yang baik antara analisis visual dan
segitiga (B.trigonus). Ini merupakan temuan penting karena belum ada genetik usus untuk spesies utama, seperti kerang dan teritip. Selain itu, banyak
penelitian kakap sebelumnya di Teluk Hauraki yang mengidentifikasi teritip famili Brachyura yang diidentifikasi melalui analisis genetik molekuler sama
sebagai komponen makanan (Colman, 1972; Drummond,2020; Godfriaux,1970; persis dengan spesies Brachyura yang diidentifikasi melalui analisis usus visual,
Ketiga,2022). Untuk lokasi kontrol, Paguroidea dominan di Pulau Motukopake, seperti Majidae (Notomitraxspp.), Hymenosomatidae (Halicarcinusspp.),
sejalan dengan penelitian kakap sedimen lunak yang dilakukan baru-baru ini Pilumnidae (misPilumnus novaezelandiae) dan Pinnotheridae (Nepinnotheres
(Drummond,2020; Ketiga, 2022). Dekapoda spp. dominan di Pulau Tikus yang spp.). Analisis genetik juga mampu mengidentifikasi taksa yang lebih luas,
mungkin berasal dari famili Brachyura, Caridea, dan Paguridae mana pun. termasuk tubuh lunak dan organisme kecil seperti Ascidiacea (tunicates),
Dari Brachyura yang diidentifikasi dengan metode analisis genetik dan Holothuroidea (teripang), Polychaeta dan Hoplonemertea (cacing) dan
visual usus kami, hanya empat spesies yang telah tercatat sebelumnya. Kepiting amphipoda (krustasea kecil). Mengidentifikasi jenis organisme bertubuh lunak
perenang kerdil (Liocarcinus corrugatus), diidentifikasi di lokasi kontrol, ini ke tingkat yang informatif seringkali tidak mungkin dilakukan dengan
terdapat pada dua penelitian usus ikan kakap sebelumnya dan dominan pada menggunakan analisis usus visual karena pencernaannya yang cepat setelah
satu penelitian (Drummond,2020; Ketiga,2022). Brachyura lain yang ditemukan dikonsumsi, sehingga menutupi struktur morfologi yang diperlukan untuk
pada ikan kakap kerang berasal dari famili Majidae (kepiting penghias), identifikasi (O'Rorke et al.,2012; van der Reis dkk.,2020). Namun, jumlah
diantaranyaNotomitraxspesies yang sebelumnya ditemukan di sebagian besar individu ikan kakap yang DNA-nya dapat dideteksi dari kelompok mangsa
penelitian usus kakap Teluk Hauraki (Colman,1972; Drummond,2020; tersebut tidak mencukupi untuk menghasilkan perbedaan yang signifikan
Godfriaux, 1970; Ketiga,2022). Demikian pula,Halicarcinusspp. terdapat pada antara ikan kakap dari lokasi kontrol dan lokasi budidaya kerang. Meskipun
ikan kakap peternakan kerang dan umumnya dikonsumsi oleh ikan kakap yang amplifikasi dicapai pada sebagian besar sampel, DNA yang diekstraksi dari isi
diambil sampelnya dari habitat alami di Teluk Hauraki (Colman,1972; usus terdegradasi (terlihat saat menjalankan gel DNA agarosa 0,8%),
Drummond,2020; Godfriaux,1970; Ketiga,2022; Usmar,2012). Meskipun spesies kemungkinan menghambat amplifikasi yang lebih baik, dan mungkin menjadi
kepiting ini terdapat di habitat alami sedimen lunak, kemungkinan besar batasan untuk mengidentifikasi cakupan taksa secara keseluruhan dalam
jumlah spesies kepiting ini akan meningkat di habitat budidaya kerang (Wilkens sampel. isi usus dalam penelitian ini (O'Rorke et al.,2012; van der Reis dkk.,2020
& Ahyong,2015; hutan dkk.,2012). ). Meskipun protokol yang sesuai telah diikuti, kendala logistik dalam
Proporsi keseluruhan Bivalvia dalam isi usus ikan kakap kerang sebagian pengambilan sampel di lapangan dan pengambilan sampel berulang dari isi
besar melebihi proporsi penelitian sebelumnya, misalnya 32%–18% pada usus (yaitu analisis visual usus dan pengambilan sampel untuk analisis
penelitian ini dibandingkan 8%–13% (Godfriaux,1970; Ketiga,2022). Spesies biokimia) berarti bahwa isi usus tidak dapat segera diawetkan dengan bahan
Bivalvia yang sebelumnya teridentifikasi pada isi usus ikan kakap antara lain kimia (yaitu etanol) setelah penangkapan ikan kakap. akan optimal untuk
Dosinaspp.,Anomiaspp.,A.stutchburyi,Atrina Zelandica,Tawera spissa,Soletellina analisis genetik molekuler (van der Reis & Lavery,2020).
nitida,Purpurocardia purpurata,Neilo australis,Gari StangeriDanLinucula
hartvigiana(Colman, 1972; Drummond,2020; Godfriaux,1970; Ketiga,2022). Penetapan taksonomi urutan DNA bergantung pada kecocokan yang
Spesies Bivalvia yang sebelumnya diamati pada isi usus ikan kakap yang mencapai ambang batas akurasi minimum yang diperlukan yang biasanya
diambil sampelnya dari habitat alami memiliki empat spesies yang sama ditetapkan berdasarkan ketersediaan urutan dalam database referensi untuk
dengan lokasi kontrol di habitat alami sedimen lunak dalam penelitian ini, dan jenis mangsa yang dicurigai (van der Reis & Lavery, 2020). Di Selandia Baru,
hanya dua spesies yang terdapat di lokasi budidaya kerang. Menariknya, kakap terdapat kekurangan referensi untuk spesies Crustacea dalam database DNA
di Pulau Motukopake juga memiliki proporsi Bivalvia yang tinggi (tidak (terutama pada kepiting) (van der Reis dkk.,2020). Oleh karena itu, kecocokan
termasuk kerang) dalam isi ususnya (16%) melebihi penelitian sebelumnya identitas BLAST 85% dipilih untuk dapat menetapkan kecocokan terdekat untuk
(Godfriaux,1970; Ketiga, 2022). Hal ini kemungkinan besar disebabkan oleh spesies ini (van der Reis et al.,2020). Kurangnya pengurutan famili Crustacea di
ketersediaan Bivalvia di habitat bentik di lokasi spesifik ini, karena sampel ikan Selandia Baru telah mengakibatkan beberapa kesalahan identifikasi kepiting
kakap dari Pulau Tikus hanya mengandung 0,15% Bivalvia dalam isi ususnya. (lima famili Malacostraca) sehingga hanya sedikit spesies pesisir umum yang
Kerang berbibir hijau jarang dilaporkan terdapat dalam isi usus ikan kakap teridentifikasi (Forest & McLay,2001; Wilkens & Ahyong,2015). Terlepas dari itu,
yang diambil sampelnya berbeda
perbedaan ditemukan untuk keluarga kepiting yang diidentifikasi dalam satu perlakuan dan tidak pada terkait dengan spesies yang dibudidayakan (misalnya kerang berbibir
perlakuan lainnya. hijau) dan biofouling (misalnya kerang biru dan teritip). Ada keselarasan
yang baik antara intuisi visual dan analisis genetik untuk spesies kunci
yang diidentifikasi. Degradasi DNA dalam sampel ikan kakap
4.3 Implikasinya bagi ikan kakap teluk Hauraki kemungkinan besar berdampak pada kurangnya perbedaan tambahan
populasi yang teridentifikasi. Secara keseluruhan, hasil penelitian menunjukkan
bahwa banyaknya kelompok mangsa yang dikonsumsi oleh ikan kakap di
Secara keseluruhan, hasil penelitian menunjukkan bahwa ikan kakap di dalam habitat budidaya kerang kemungkinan besar akan bermanfaat bagi
budidaya kerang mempunyai pola makan yang unik, dengan kelompok mangsa populasi ikan kakap, mengurangi upaya mencari makan dan berpotensi
yang terkait dengan habitat budidaya kerang, baik di bawah budidaya kerang menyediakan mangsa yang lebih bergizi. Temuan ini memberikan bukti
dan/atau di habitat dropper line. Secara khusus, kelompok mangsa utama yang terhadap jasa pendukung habitat budidaya kerang melalui penyediaan
dikonsumsi ikan kakap di habitat peternakan kerang (kerang dan teritip) sangat sumber makanan. Bukti ini dapat mendukung tujuan akuakultur restoratif
melimpah di peternakan kerang (Forrest & Atalah,2017; Skelton dkk.,2022; di wilayah ini,
hutan dkk.,2012; Zazzaroet al.,2018). Pertama, industri kerang bibir hijau
menghasilkan sekitar 1,78 miliar kerang dewasa per tahun, dengan 30% dari KONTRIBUSI PENULIS
produksi ini berada di wilayah Coromandel, yang berjumlah sekitar 530 juta Lucy H. Underwood: Konseptualisasi; analisis formal; penyelidikan;
kerang dewasa per tahun (Skelton et al.,2022). Kedua, kerang biru dan teritip metodologi; tulisan—draf asli.Aimee van der Reis: Konseptualisasi;
merupakan spesies biofouling pengganggu utama di peternakan kerang metodologi; menulis—meninjau dan mengedit.Andrew G.Jeffs:
Coromandel karena spesies ini dapat mengotori permukaan dengan kepadatan Perolehan pendanaan; administrasi proyek; pengawasan; menulis
tinggi di seluruh habitat garis penetes kerang (Forrest & Atalah,2017; hutan review dan mengedit.
dkk.,2012; Zazzaro dkk.,2018). Kelompok mangsa yang melimpah terutama
dapat menjadi sasaran ikan kakap karena pola makan mereka yang omnivora UCAPAN TERIMA KASIH
dan sangat beragam (Colman,1972; Drummond,2020; Godfriaux,1970; Russel, Kami berterima kasih kepada peternakan Gold Ridge Marine yang telah menyediakan
1983; Ketiga,2022; Usmar,2012). Kakap telah diamati memiliki kepadatan yang akses ke lokasi budidaya kerang dan atas dukungan logistik. Kami juga berterima
jauh lebih tinggi di dalam peternakan kerang dibandingkan dengan lokasi kasih kepada Asosiasi Petani Kelautan Coromandel (CMFA) dan anggotanya atas
kontrol di dekatnya (yaitu sedimen lunak tanpa peternakan kerang), dengan dukungan mereka. Terima kasih kepada Esther Stuck, Brad Skelton, David DuPavillon,
jumlah kakap lima kali lebih banyak di bawah peternakan kerang (Underwood, Bruce Underwood dan Joe Dennehy atas dukungan kerja lapangannya. Terima kasih
2023). Oleh karena itu, tingginya kelimpahan ikan kakap di peternakan kerang kepada Ash Heaphy atas dukungan laboratoriumnya. Kami berterima kasih kepada
kemungkinan besar sebagian disebabkan oleh ketersediaan mangsa Nature Conservancy atas dukungan finansial untuk penelitian ini dan kepada Dana
mengingat adanya hubungan langsung dengan spesies ikan kakap di habitat Masa Depan Pangan dan Serat Berkelanjutan dari Kementerian Industri Primer
peternakan kerang. Pasokan mangsa yang stabil penting karena mengurangi (#22074).
pembagian energi untuk mencari makan, sehingga tersedia lebih banyak Penerbitan akses terbuka yang difasilitasi oleh The University of Auckland,
energi untuk proses biologis lainnya seperti pertumbuhan dan reproduksi sebagai bagian dari perjanjian Wiley - The University of Auckland melalui Dewan
(Wootton,2012). Selain itu, kelompok mangsa yang menjadi sasaran peternakan Pustakawan Universitas Australia.
kerang kaya akan energi, dengan kandungan lipid yang tinggi terdapat pada
kerang dan teritip (Barclay et al.,2006; Barnes & Achituv,1976). Oleh karena itu, PERNYATAAN ETIKA
ikan kakap kemungkinan besar akan memperoleh manfaat nutrisi dari Penelitian ini dilakukan sesuai dengan persetujuan etika hewan berdasarkan Undang-
pemberian pakan di habitat peternakan kerang. Habitat peternakan kerang Undang Kesejahteraan Hewan Selandia Baru tahun 1999 (Persetujuan UoA-AEC
yang sangat melimpah di Coromandel berpotensi mendukung populasi kakap #21619), yang menjamin perlakuan manusiawi terhadap hewan untuk penelitian.
Teluk Hauraki melalui pasokan sumber makanan. Hal ini merupakan hasil
langsung yang dapat digunakan untuk kerangka budidaya perikanan restoratif, PERNYATAAN KONFLIK KEPENTINGAN Para penulis
untuk memanfaatkan habitat budidaya dengan cara yang memberikan hasil menyatakan tidak ada konflik kepentingan.
ekologi positif bagi lingkungan pesisir (Alleway dkk.,2019; Froehlich dkk.,2017;
Gentry dkk.,2020; Theuerkauf dkk.,2019). PERNYATAAN KETERSEDIAAN DATA
Data urutan mentah tersedia di Arsip Baca Urutan NCBI (http://
www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/971684) dengan metadata terkait.
5 KESIMPULAN Data yang mendasari analisis statistik akan dibagikan berdasarkan
permintaan yang masuk akal kepada penulis terkait.
Hasil dari penelitian ini menunjukkan bahwa ikan kakap yang hidup di peternakan
kerang di Teluk Hauraki mengonsumsi makanan yang sangat berbeda dengan ikan Tinjauan sejawat
kakap di habitat alami yang berdekatan tanpa peternakan kerang. Makanan yang Riwayat tinjauan sejawat untuk artikel ini tersedia di:https://publon. com/
dikonsumsi ikan kakap di peternakan kerang bisa langsung publon/10.1002/aff2.113
REFERENSI Budge, SM, Iverson, SJ & Koopman, HN (2006) Mempelajari ekologi trofik
Alder, A., Jeffs, AG & Hillman, JR (2022a) Pentingnya pemilihan saham ekosistem laut menggunakan asam lemak: dasar analisis dan
tion untuk meningkatkan efisiensi transplantasi.Ekologi Restorasi, 30(4), interpretasi.Ilmu Mamalia Laut, 22(4), 759–801.https://doi.org/10.1111/
e13561. Tersedia dari:https://doi.org/10.1111/rec.13561 j.1748-7692.2006.00079.x
Alder, A., Jeffs, A. & Hillman, J. (2022b) Mengatur waktu penyebaran kerang ke Callahan, BJ, McMurdie, PJ &Holmes, SP (2017) Varian urutan yang tepat
meningkatkan keberhasilan reintroduksi dan efisiensi restorasi.Seri harus menggantikan unit taksonomi operasional dalam analisis data gen
Kemajuan Ekologi Laut, 698, 69–83. Tersedia dari:https://doi.org/10.3354/ penanda.Jurnal ISME, 11(12), 2639–2643.https://doi.org/10.1038/ismej.
meps14157 2017.119
Alder, A., Jeffs, A. &Hillman, JR (2021) Mempertimbangkan penggunaan kata sub-dewasa dan Callahan, BJ, McMurdie, PJ, Rosen, MJ, Han, AW, Johnson, AJA &
kerang remaja untuk restorasi terumbu kerang.Ekologi Restorasi, 29(3), Holmes, SP (2016) DADA2: inferensi sampel resolusi tinggi dari data
e13322.https://doi.org/10.1111/rec.13322 amplikon Illumina.Metode Alam, 13(7), 581–583.https://doi.org/10.
Alleway, HK, Gillies, CL, Bishop, MJ, Gentry, RR, Theuerkauf, SJ & 1038/NMETH.3869
Jones, R. (2019) Jasa ekosistem budidaya laut: menilai manfaat bagi Callier, MD, Byron, CJ, Bengtson, DA, Cranford, PJ, Cross, SF, Focken,
manusia dan alam.Biosains, 69(1), 59–68.https://doi.org/10.1093/ U., dkk.(2018) Ketertarikan dan penolakan organisme liar bergerak terhadap
biosci/biy137 budidaya ikan bersirip dan kerang: tinjauan.Ulasan di Akuakultur, 10(4), 924–
Amundsen, P. & Sánchez-Hernández, J. (2019) Studi pemberian makan membutuhkan nyali – 949.https://doi.org/10.1111/raq.12208
tinjauan kritis dan rekomendasi metode analisis isi lambung pada ikan. Castro, ALC, deFariasDiniz, A.,Martins, IZ, Vendel, AL, deOliveira, TPR
Jurnal Biologi Ikan, 95(6), 1364–1373.https://doi.org/10.1111/jfb.14151 & de Lucena Rosa, IM (2008) Menilai komposisi makanan kuda laut di alam
liar menggunakan metode non-destruktif:Hipokampus reidi(Teleostei:
Anyango, JO, Mlewa, CM & Mwaluma, J. (2017) Kelimpahan, keanekaragaman dan Syngnathidae) sebagai studi kasus.Iktiologi Neotropis, 6(4), 637–644. https://
status trofik ikan liar di sekitar budidaya rumput laut di Kibuyuni, Pantai doi.org/10.1590/S1679-62252008000400012
Selatan Kenya.Jurnal Internasional Perikanan dan Studi Perairan, 5(3), 440– Clynick, BG, McKindsey, CW & Archambault, P. (2008) Distribusi dan
446. produktivitas ikan dan makroinvertebrata di lokasi budidaya kerang di
Baker, R., Buckland, A. & Sheaves, M. (2014) Analisis isi usus ikan: kepulauan Magdalen (Québec, Kanada).Akuakultur, 283(1), 203–210.
ukuran komposisi makanan yang kuat.Ikan dan Perikanan, 15(1), 170–177. https://doi.org/10.1016/j.aquaculture.2008.06.009
https://doi.org/10.1111/faf.12026 Cole, A. (2010) Pembersihan karang: pergeseran ontogenetik dalam ekologi makanan
Barclay, MC, Irvin, SJ, Williams, KC & Smith, DM (2006) Perbandingan dari tubelip wrasse.Terumbu karang, 29(1), 125–129.https://doi.org/10.1007/
diet untuk lobster berduri tropisPanulirus hiasan: pakan tambahan s00338-009-0563-z
astaxanthin dan daging kerang.Nutrisi Akuakultur, 12(2), 117–125. Colman, JA (1972) Makanan ikan kakap,Chrysophrys auratus(Forster), di
https://doi.org/10.1111/j.1365-2095.2006.00390.x Barnes, H. & Acituv, Teluk Hauraki, Selandia Baru.Jurnal Penelitian Kelautan dan Air Tawar
Y. (1976) Pemanfaatan berbagai entitas biokimia Selandia Baru, 6(3), 221–239.https://doi.org/10.1080/00288330.1972.
ikatan dalam kematangan gonadBalanus balanoides(L.) dalam kondisi 9515422
kelaparan dan makan tanpa adanya persetubuhan.Jurnal Biologi dan Ekologi D'Amours, O., Archambault, P., McKindsey, C. & Johnson, L. (2008) Lokal
Kelautan Eksperimental, 22(3), 257–262. peningkatan kegiatan budi daya makrofauna makro epibentik.Seri
Barnett, A., Redd, KS, Frusher, SD, Stevens, JD & Semmens, JM (2010) Kemajuan Ekologi Laut, 371, 73–84.https://doi.org/10.3354/meps07672
Metode tidak mematikan untuk mendapatkan sampel perut dari predator Deagle, BE, Thomas, AC, McInnes, JC, Clarke, LJ, Vesterinen, EJ, Clare,
laut besar dan penggunaan analisis DNA untuk meningkatkan informasi EL, Kartzinel, TR & Eveson, JP (2019) Menghitung dengan DNA dalam studi metabarcoding:
makanan. Jurnal Biologi dan Ekologi Kelautan Eksperimental, 393(1), 188– bagaimana kita seharusnya mengubah pembacaan urutan menjadi data makanan?
192. https://doi.org/10.1016/j.jembe.2010.07.022 Ekologi Molekuler, 28(2), 391–406.https://10.1111/mec.14734 Drummond, L. (2020)
Barrett, LT, Theuerkauf, SJ, Rose, JM, Alleway, HK, Bricker, SB, Parker, Bagaimana pola makan mempengaruhi ikan kakap (Chrysophrys auratus)
M., dkk. (2022) Pertumbuhan berkelanjutan dari budidaya perairan tanpa pakan dapat pergerakan?(disertasi master). Auckland: Universitas Auckland. Fernandez-
menghasilkan manfaat ekosistem yang berharga.Layanan ekosistem, 53, 101396.https:// Jover, D. & Sanchez-Jerez, P. (2015) Perbandingan pola makan dan
doi. org/10.1016/j.ecoser.2021.101396 pertumbuhan otolith komunitas remaja ikan liar di peternakan ikan
Berry, O., Bulman, C., Bunce, M., Coghlan, M., Murray, DC & Ward, RD dan habitat alami.Jurnal Ilmu Kelautan ICES, 72(3), 916–929.https://doi.
(2015) Perbandingan analisis metabarcoding morfologi dan DNA pola org/10.1093/icesjms/fsu153
makan ikan laut yang dieksploitasi.Seri Kemajuan Ekologi Laut, 540, Fernandez-Jover, D., Sanchez-Jerez, P., Bayle-Sempere, JT, Arechavala-
167–181.https://doi.org/10.3354/meps11524 Lopez, P., Martinez-Rubio, L., Jimenez, JAL & Lopez, FJM (2009)
Benson, DA, Cavanaugh, M., Clark, K., Karsch-Mizrachi, I., Lipman, DJ, Peternakan ikan pesisir merupakan tempat pemukiman ikan remaja.
Ostell, J. & Sayers, EW (2013) GenBank.Asam Nukleat Res, 41, H36–42. Penelitian Lingkungan Laut, 68(2), 89–96.https://doi.org/10.1016/
https://doi.org/10.1093/nar/gks1195 j.marenvres. 2009.04.006
Binning, SA & Chapman, LJ (2010) Merupakan variasi intraspesifik dalam pola makan dan Forest, J. & McLay, CL (2001) Biogeografi dan distribusi batimetri
morfologi terkait dengan gradien lingkungan? Menjelajahi paradoks Liem buti kelomang Selandia Baru (Crustacea: Anomura: Paguridea). Jurnal
pada ikan cichlid.Zoologi Integratif, 5(3), 241–255.https://doi.org/10. 1111/ Royal Society of Selandia Baru, 31(4), 687–720.https://doi. org/
j.1749-4877.2010.00209.x 10.1080/03014223.2001.9517670
Boecklen, WJ, Yarnes, CT, Cook, BA & James, AC (2011) Tentang penggunaan Forrest, BM & Atalah, J. (2017) Dampak signifikan dari kerang biru
isotop stabil dalam ekologi trofik.Tinjauan Tahunan Ekologi, Evolusi, dan Mytilus galloprovincialisbiofouling pada produksi budidaya kerang
Sistematika, 42(1), 411–440.https://doi.org/10.1146/annurev- hijau di Selandia Baru.Interaksi Lingkungan Akuakultur, 9, 115–126.
ecolsys-102209-144726 https://doi.org/10.3354/aei00220
Bolyen, E., Rideout, JR, Dillon, MR, Abnet, CC, Al-Ghalith, GA, Froehlich, HE, Gentry, RR & Halpern, BS (2017) Konservasi perairan
Alexander, H., dkk. (2019) Ilmu data mikrobioma yang dapat direproduksi, budaya: mengubah narasi dan paradigma peran akuakultur dalam
interaktif, terukur, dan diperluas menggunakan QIIME 2.Bioteknologi Alam, pengelolaan sumber daya.Konservasi Hayati, 215, 162–168.https://
37(9), 1091.https://doi.org/10.1038/s41587-019-0252-6 doi.org/10.1016/j.biocon.2017.09.012
Braga, R., Bornatowski, H. & Vitule, J. (2012) Ekologi pemberian makan ikan: sebuah Geller, J., Meyer, C., Parker, M. & Hawk, H. (2013) Desain Ulang PCR
ikhtisar publikasi di seluruh dunia.Ulasan di Biologi Ikan dan Perikanan primer untuk subunit I sitokrom c oksidase mitokondria untuk invertebrata
, 22(4), 915–929.https://doi.org/10.1007/s11160-012-9273-7 laut dan aplikasi dalam survei biotik semua taksa.Molekuler
Sumber Daya Ekologi, 13(5), 851–861.https://doi.org/10.1111/1755-0998. Morton, J., Platell, M. & Gladstone, W. (2008) Perbedaan ekosistem pakan
12138 ogy di antara tiga spesies ikan wrasse (Teleostei: Labridae) yang hidup
Gentry, RR, Alleway, HK, Bishop, MJ, Gillies, CL, Waters, T. & Jones, R. berdampingan di terumbu berbatu di Australia beriklim sedang.Biologi kelautan,
(2020) Mengeksplorasi potensi budidaya laut untuk berkontribusi 154(3), 577–592. https://doi.org/10.1007/s00227-008-0951-x
terhadap jasa ekosistem.Ulasan di Akuakultur, 12(2), 499–512.https:// O'Rorke, R., Lavery, S. & Jeffs, A. (2012) Teknik pengayaan PCR untuk
doi. org/10.1111/raq.12328 mengidentifikasi pola makan predator.Sumber Daya Ekologi Molekuler, 12(1), 5–
Gerlotto, F., Brehmer, P., Buestel, D. & Sanguinede, F. (2001)Sebuah metode untuk 17. https://doi.org/10.1111/j.1755-0998.2011.03091.x
pemantauan akustik rawai kerang menggunakan echosounder vertikal dan Peteiro, LG, Filgueira, R., Labarta, U. & Fernández-Reiriz, MJ (2010) The
sonar multibeam. Dalam: Konferensi Sains Tahunan ICES, 26–29 September peran pemangsaan ikan dalam perekrutanMytilus galloprovincialispada
2001, Oslo. kolektor kerang buatan yang berbeda.Teknik Akuakultur, 42(1), 25–30.
Gibbs, MT (2004) Interaksi antara budidaya kerang kerang dan ikan- https://doi.org/10.1016/j.aquaeng.2009.09.003
sumber daya yang sangat banyak.Akuakultur, 240(1), 267–296.https://doi.org/10.1016/j. Powell, AWB (1979)Moluska Selandia Baru: laut, darat, dan air tawar
budidaya perikanan.2004.06.038 kerang. Auckland: Collins.
Godfriaux, BL (1970) Makanan ikan demersal predator di Teluk Hauraki.Baru Tim Inti R. (2021)R: bahasa dan lingkungan untuk komputasi statistik
Jurnal Penelitian Kelautan dan Air Tawar Selandia, 4(4), 325–336.https:// ing. Versi 4.1.0; R studio versi 1.4.1106. Wina: Yayasan R untuk
doi.org/10.1080/00288330.1970.9515351 Komputasi Statistik.
Hayden, BJ (1995)Faktor-faktor yang mempengaruhi perekrutan kerang hijau yang dibudidayakan, Rennó Braga, R., Ribeiro, V., Bornatowski, H., Abilhoa, V. & Vitule, SJ (2017)
Perna canaliculus (Gmelin) 1791, di Marlborough Sounds(Disertasi Bilas lambung untuk studi makanan ikan kecil: efisiensi, kelangsungan hidup
doktoral). Christchurch, Selandia Baru: Universitas Canterbury. dan penerapan.Acta Ichthyologica dan Piscatoria, 47(1), 97–100.https://doi.
Tersedia dari:http://hdl.handle.net/10523/9115. org/10.3750/AIEP/02079
Hehre, EJ & Meeuwig, JJ (2016) Analisis hubungan global Russell, BC (1983) Makanan dan kebiasaan makan ikan karang berbatu di utara-
antara produksi budidaya rumput laut dan penangkapan ikan herbivora. Selandia Baru bagian timur.Jurnal Penelitian Kelautan dan Air Tawar
PLoS SATU, 11(2), e0148250.https://doi.org/10.1371/journal.pone.0148250 Selandia Baru, 17(2), 121–145.https://doi.org/10.1080/00288330.1983.
Horton, T., Kroh, A., Ahyong, S., Bailly, N., Bieler, R., Boyko, CB, dkk. 9515991
(2022)Daftar Spesies Laut Dunia (WoRMS). Ostend, Belgia: Daftar Sanchez-Jerez, P., Fernandez-Jover, D., Uglem, I., Arechavala-Lopez, P.,
Spesies Laut Dunia (WoRMS). Dempster, T., Bayle-Sempere, JT, dkk. (2011) Budidaya ikan pesisir sebagai alat
menerangi. (2013) Persiapan perpustakaan sequencing metagenomik 6S: Pmemperbaiki agregasi ikan (rumpon). Dalam: Bortone, SA, Pereira Brandini, F., Fabi, G. & Otake,
Amplikon gen RNA ribosom 16S untuk sistem Illumina MiSeq. Laporan S. (Eds.)Terumbu buatan dalam pengelolaan perikanan. Boca Raton, FL: CRC Press
no. 15044223 Rev. B. Tersedia dari:https://support.illumina. com/ Taylor & Francis Group, hlm.187–208.
documents/documentation/chemistry_documentation/16s/ Sean, A., Drouin, A., Archambault, P. & McKindsey, CW (2022) Pengaruh
16smetagenomic-library-prep-guide-15044223-b.pdf pengaruh situs budidaya kerang lepas pantai terhadap distribusi
Kamler, JF & Pope, KL (2001) Metode pemeriksaan stoma ikan yang tidak mematikan makrofauna epibentik di Îles de la Madeleine, Kanada Timur.
setiap isinya.Review di Ilmu Perikanan, 9(1), 1–11.https://doi.org/10. Perbatasan dalam Ilmu Kelautan, 9, 859816.https://doi.org/10.3389/
1080/20016491101663 fmars.2022. 859816
Leray, M., Yang, JY, Meyer, CP, Mills, SC, Agudelo, N., Ranwez, V., dkk. Šegvić-Bubić, T., Grubišić, L., Karaman, N., Tičina, V., Jelavić, KM & Katavić,
(2013) Satu set primer serbaguna baru yang menargetkan fragmen pendek I. (2011)Kerusakan pada peternakan kerang yang berpotensi disebabkan oleh
wilayah COI mitokondria untuk metabarcoding keanekaragaman metazoa: aplikasi pemangsaan ikan—Swalayan di tali?Akuakultur, 319(3), 497–504.https://doi.org/
untuk mengkarakterisasi isi usus ikan terumbu karang.Perbatasan dalam Zoologi, 10.1016/j.aquaculture.2011.07.031
10(1), 34.https://doi.org/10.1186/1742-9994-10-34 Skelton, BM, South, PM & Jeffs, AG (2022) Inefisiensi konversi
Lim, EG & Harley, CDG (2018) Amphipoda Caprellid (Caprellaspp.) adalah benih menjadi kerang yang siap dipasarkan di Greenshell Selandia Baru™
rentan terhadap efek pengasaman laut yang disebabkan oleh fisiologis kerang (kanalikuli Perna) industri.Akuakultur, 560, 738584.https://doi.org/10.
dan habitat.RekanJ, 6, e5327.https://doi.org/10.7717/peerj.5327 Lobo, 1016/j.akuakultur.2022.738584
J., Costa, PM, Teixeira, MA, Ferreira, MS, Costa, MH & Costa, Skog, T., Hylland, K., Torstensen, BE & Berntssen, MHG (2003) Salmon
FO (2013) Peningkatan primer untuk amplifikasi kode batang DNA dari pertanian mempengaruhi komposisi asam lemak dan rasa saithe liar
berbagai metazoa laut.Ekologi BMC, 13(1), 34.https://doi. org/ Pollachius virens.Penelitian Budidaya Perairan, 34(12), 999–1007.https://
10.1186/1472-6785-13-34 doi.org/10.1046/j.1365-2109.2003.00901.x
Mahesh, V., Gop, A. & Nair, RJ (2018) Teknik analisis isi perut South, PM, Floerl, O. & Jeffs, AG (2019) Peran pengembangan biofouling
pada ikan. Dalam: Nair, RJ, Gop, AP & Mahesh, V. (Eds.)Kemajuan terkini dalam opment dalam hilangnya benih kerang dalam budidaya.Biofouling,
teknik biologi perikanan untuk evaluasi dan konservasi keanekaragaman hayati. 35(2), 259–272.https://doi.org/10.1080/08927014.2019.1596261
Kochi, India: Central Marine Fisheries Research Institute, hal.104–115. Martin, M. Stenton-Dozey, J. & Broekhuizen, N. (2019) Penyediaan ekologi dan
(2011) Cutadapt menghilangkan urutan adaptor dari high- jasa ekosistem oleh budidaya kerang di Marlborough Sounds: tinjauan
urutan throughput berbunyi.EMBnet.Jurnal, 17(1), 10–12.https://doi. literatur dalam konteks keadaan lingkungan sebelum dan sesudah
org/10.14806/EJ.17.1.200 budidaya kerang. Disiapkan untuk Asosiasi Pertanian Laut, Institut
McKindsey, CW, Archambault, P., Callier, MD & Olivier, F. (2011) Pengaruh Nasional Penelitian Air & Atmosfer. Tersedia dari:https://
pengaruh budidaya kerang yang tersuspensi dan lepas dasar di dasar laut www.marinefarming.co.nz/site_files/24792/upload_ files/
dan habitat bentik: sebuah tinjauan.Jurnal Zoologi Kanada, 89(7), 622–646. Fullreport_28.07.2021update.pdf?dl=1
https://doi.org/10.1139/Z11-037 Supono, S., Dunphy, B. & Jeffs, A. (2021) Peran riwayat nutrisi dalam
McLaughlin, PA & Thiel, M. (2015) Crustacea di rumah mobil.Itu keterikatan dan retensi spat kerang bibir hijau.Akuakultur, 533,
Sejarah Alam Crustacea, 2, 145–162. 736094.https://doi.org/10.1016/j.aquaculture.2020.736094 Theuerkauf,
McLeod, I., Parsons, D., Morrison, M., Van Dijken, S. & Taylor, R. (2014) Mus- SJ, Barrett, LT, Alleway, HK, Costa-Pierce, BA, St Gelais, A.
sel terumbu pada sedimen lunak: habitat yang sangat berkurang namun & Jones, RC (2022) Nilai habitat budidaya kerang kerang dan rumput
penting bagi makroinvertebrata dan ikan di Selandia Baru.Jurnal Penelitian laut untuk ikan dan invertebrata: jalur, sintesis, dan langkah
Kelautan dan Air Tawar Selandia Baru, 48(1), 48–59.https://doi.org/10.1080/ selanjutnya. Ulasan di Akuakultur, 14(1), 54–72.https://doi.org/10.1111/
00288330.2013.834831 raq.125 84
Theuerkauf, SJ, Morris, JA, Waters, TJ, Wickliffe, LC, Alleway, HK & vanderReis, AL&Lavery, SD (2020)Metabarcoding DNA Kelautan. Dalam:Emas-
Jones, RC (2019) Analisis spasial global mengungkap manfaat budidaya laut stein, MI &Della Salla, DA (Eds.)Ensiklopedia bioma dunia, jilid. 4.
yang dapat bermanfaat bagi alam dan manusia.PLoS SATU, 14(10), Amsterdam: Elsevier, hlm.612–618.
e0222282. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0222282 van der Reis, AL, Beckley, LE, Olivar, MP & Jeffs, AG (2023) Nanopore
Ketiga, G. (2022)Variasi morfologi dan pola makan pada Chrysophrys auratus pengurutan baca singkat: metode cepat, hemat biaya, dan akurat untuk
populasi(disertasi master). Auckland: Universitas Auckland. Trkov, D. & pengkodean metabar DNA.DNA lingkungan, 5(2), 282–296.https://doi.org/
Lipej, L. (2019) Metode non-destruktif untuk menilai umpan- 10.1002/edn3.374
kebiasaan ikan pesisir.Ilmu Kelautan Mediterania, 20(2), 453–459. van der Reis, A., Jeffs, A. & Lavery, S. (2020) Dari kebiasaan makan hingga
https://doi.org/10.12681/mms.20234 jaring makanan: menjelajahi pola makan seorang generalis bentik
Trottier, O. & Jeffs, AG (2015a) Perekrutan kepiting kacang parasit oportunistik. Seri Kemajuan Ekologi Laut, 655, 107–121.https://doi.org/
Nepinnotheres novaezelandiaemenjadi kerang berbibir hijau 10.3354/ meps13511
Pernakanaliculus. Penyakit Organisme Akuatik, 112(3), 199–205.https:// Wilding, TA &Nickell, TD (2013) Perubahan benthos terkait dengan mus-
doi.org/10.3354/dao02809 sel (Mytilus edulisL.) peternakan di pantai barat Skotlandia.PLoS SATU, 8(7),
Trottier, O. & Jeffs, AG (2015b) Menemukan lokasi dan perilaku akses e68313.https://doi.org/10.1371/journal.pone.0068313
kepiting kacang parasit,Nepinnotheres novaezelandiae, parasit Wilkens, SL & Ahyong, ST (2015)Kepiting Pesisir: Panduan Kepiting Baru
penting dari kerangkanalikuli Perna.Parasit, 22, 13.https://doi.org/ Selandia(Versi 1). Wellington, Selandia Baru: Institut Nasional
10.1051/parasite/2015013 Penelitian Air dan Atmosfer (NIWA).
Trottier, O., Walker, D. & Jeffs, AG (2012) Dampak parasit kepiting kacang Woods, C., Floerl, O. & Hayden, B. (2012) Biofouling pada Greenshell™remis
Pinnotheres novaezelandiaepada kerang bibir hijau yang dibudidayakan di (kanalikuli Perna) peternakan: penilaian awal dan implikasi potensial
Selandia Baru, Perna canaliculus.Akuakultur, 344–349, 23–28.https://doi. terhadap praktik budidaya perikanan berkelanjutan.Akuakultur
org/10.1016/j.aquaculture.2012.02.031 Internasional, 20(3), 537–557.https://doi.org/10.1007/s10499-011-9484-2
Tsuyuki, A. & Umino, T. (2017) Pergerakan spasial ikan air tawar hitam Woods, C., Williams, R. & Heasman, K. (2014) Rekor pertama caprel-
Acanthopagrus schlegeliidi sekitar kawasan budidaya tiram di Teluk tutup amphipodaCaprella andreaeMayer, 1890 (Crustacea, Amphipoda,
Hiroshima, Jepang.Ilmu Perikanan, 83(2), 235–244.https://doi.org/10.1007/ Caprellidae) dari Selandia Baru.Catatan BioInvasi, 3(2), 97–102.
s12562-016-1058-9 Wootton, RJ (2012)Ekologi ikan teleost. Dordrecht: Peloncat.https://
Udy, J., Wing, S., O'Connell-Milne, S., Kolodzey, S., McMullin, R., Durante, doi.org/10.1007/978-94-009-0829-1
L.dkk. (2019) Bahan organik yang berasal dari rumput laut mendukung Zazzaro, D., Ruggiero, K. & Jeffs, A. (2018) Penggunaan ekstrak dari orang dewasa
sebagian besar biomassa komunitas ikan karang beriklim sedang: teritip segitiga,Balanus trigonus, untuk mengurangi fouling di peternakan kerang.
implikasinya terhadap pengelolaan berbasis ekosistem.Konservasi Perairan, Akuakultur, 483, 223–229.
29(9), 1503–1519.https://doi.org/10.1002/aqc.3101
Underwood, LH & Jeffs, AG (2023) Pemukiman dan perekrutan ikan di
peternakan kerang.Interaksi Lingkungan Akuakultur, 15, 85–100.https://
doi.org/10.3354/aei00454
Cara mengutip artikel ini:Underwood, LH, van der Reis, A. & Jeffs,
Di Bawah Kayu, LH (2023)Nilai habitat kerang bibir hijau (Perna canalicu-
lus) peternakan untuk populasi ikan lokal di Selandia Baru bagian utara( AG (2023) Diet ikan kakap (Chrysophrys auratus) di peternakan
Disertasi doktoral). Auckland: Universitas Auckland. kerang bibir hijau dan habitat sedimen lunak yang berdekatan.
Usmar, N. (2012) Pergeseran pola makan ontogenetik pada ikan kakap (Pagrus auratus: Spari-
Budidaya Perairan, Perikanan dan Perikanan, 3, 268–286. https://
dae) di muara Selandia Baru.Jurnal Penelitian Kelautan dan Air Tawar
doi.org/10.1002/aff2.113
Selandia Baru, 46(1), 31–46.https://doi.org/10.1080/00288330.
2011.587824

DNA Kakap 4.en - Id

Diunggah oleh

Informasi Dokumen

Judul Asli

Hak Cipta

Format Tersedia

Bagikan dokumen Ini

Bagikan atau Tanam Dokumen

Opsi Berbagi

Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

Apakah konten ini tidak pantas?

Hak Cipta:

Format Tersedia

DNA Kakap 4.en - Id

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

Diterjemahkan dari bahasa Inggris ke bahasa Indonesia - www.onlinedoctranslator.

Diterima: 26 Maret 2023 Diterima: 27 April 2023

Diet ikan kakap (Chrysophrys auratus) di peternakan kerang bibir hijau

Lucy H. Underwood1,2 Aimee van der Reis1 AndrewG. Jeff1,2

1Fakultas Ilmu Biologi, Universitas

268 wileyonlinelibrary.com/journal/aff2 air. Ikan & Perikanan.2023;3:268–286.

1 PERKENALAN & Sánchez-Hernández,2019; Braga dkk.,2012; kol,2010; Morton dkk.,2008).

krepuskular terutama menjadi sasaran pengambilan sampel guna meningkatkan

dari masing-masing tiga lokasi pengambilan sampel (peternakan kerang Pulau

serangkaian garis tulang punggung paralel berpasangan yang diikatkan di dekat

2.6.1 Metrik kakap

2.6.2 Analisis usus visual 3 HASIL

Bahan yang dicerna 18.94 15.34 14.48 13.25

Moluska Bivalvia 4.71 6.53 0,075 12.01

Gastropoda 0,52 0,00 0,00 0,00

GAMBAR 5Plot penskalaan multidimensi non-metrik

taksonomi yang luas Kesalahan rata-rata dan

Paguroidea Peternakan kerang Pulau Motukopake<Pulau Motukopake 0±0 <0,21±0,08 0,04

Anomia trigonopsis 1,28 dan 25% 0,03 dan 6% 0,00

Austrovenus stutchburyi 0,34 dan 6% 0,00 0,00 0,00

Ostreidae spp. 0,00 0,00 0,075 dan 8% 0,00

Gastropoda Trochidae spp. 0,52 dan 13% 0,00 0,00 0,00

Cellana hiasan 0,00 0,00 0,00 0,16 dan 6%

Halicarcinus innominatus 0,00 1,49 dan 6% 0,00 0,00

Pilumnus novaezelandiae 0,00 0,77 dan 13% 0,00 0,00

Lophopaguruspp. 0,50 dan 19% 0,00 0,00 0,00

Epopella plicata 0,00 0,00 0,00 0,32 dan 6%

Meiura 0,35 dan 6% 0,00 0,00 0,00

Alpheus richardsoni 0,00 0,00 0,07 dan 8% 0,00

mikrofil Eulalia 0,00 0,45 dan 6% 0,00 0,00

Chordata Teleostei Forsterigionspp. 0,00 0,00 2,42 dan 8% 0,00

GAMBAR 6Plot non-metric multidimensional scaling

Kelompok mangsa pada tingkat taksonomi terendah Perbandingan Persen DisesuaikanP-nilai

Di Pulau Tikus, terdapat 15 famili yang teridentifikasi di lokasi kontrol

5,66,P=0,001), Lokasi (pseudoF(1, 44)= 2,07,P=0,007) dan Pengobatan×Lokasi

192. https://doi.org/10.1016/j.jembe.2010.07.022 Ekologi Molekuler, 28(2), 391–406.https://10.1111/mec.14734 Drummond, L. (2020)

Anda mungkin juga menyukai