Protobiont (2021) Vol.

10 (3) : 69-73

KARAKTERISASI BAKTERI Bacillus sp. (KODE NrLtF5) YANG

DIISOLASI DARI USUS CACING NIPAH (Namalycastis rhodochorde)
Eka Karunia1*, Rikhsan Kurniatuhadi1, Ari Hepi Yanti1
1
Program Studi Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Tanjungpura
Jl. Prof. Dr. H. Hadari Nawawi, Pontianak, Kalimantan Barat, Indonesia
*Email korespondensi: ekakaruniaptk@gmail.com

Abstract
Estuaries are waters that are dominated by mangroves and are influenced by fluctuations in salinity. One of the
organisms that live in these waters is the nipah worm (Namalycastis rhodochorde). Fluctuations in salinity affect
the growth of bacteria associated in the intestines of nipah worms (N. rhodochorde). The purpose of this study was
to determine the character of Bacillus bacteria that live in the intestines of nipah worms (N. rhodochorde). To
identify NrLtF5 isolate bacteria, follow Bergey's manual determinative of bacteriology which includes gram
staining, catalase production activity test, sporulation test, gelatinase test, methyl red test, cytochrome oxidase test,
oxidative fermentative assay, motility activity test, ornithine activity, decarboxylase and indole production, acid
and gas formation test, citrate test, urease test, and determination of the optimum temperature for bacterial growth.
The results confirmed that the bacteria with the isolate code NrLtF5 had similar characters with the genus Bacillus
with gram-positive staining, bacilli-shaped, endospore, and produced the enzyme catalase.

Keywords: Bacillus, characterization, Namalycastis rhodochorde, Nypa Worm

PENDAHULUAN cacing nipah (Namalycastis rhodochorde). Maka

Cacing nipah (Namalycastis rhodochorde)
merupakan anggota Polychaeta yang hidup pada
daerah estuaria yang dipengaruhi oleh kondisi
lingkungan dengan salinitas yang fluktuatif. Daerah
estuaria memiliki karakteristik lingkungan dengan
kandungan organik yang tinggi, terjadi fluktuasi
salinitas, suhu lingkungan dan oksigen terlarut yang
tinggi (Junardi, 2008). Faktor lingkungan habitat
cacing nipah akan mempengaruhi pertumbuhan
bakteri yang hidup pada substrat ataupun yang
berasosiasi dengan tubuh cacing nipah (Namalycastis
rhodochorde).
Menurut Rifai et al. (2020), pertumbuhan bakteri
dapat dipengaruhi oleh faktor lingkungan. Bakteri
mampu bertahan hidup dalam lingkungan yang
mendukung pertumbuhannya. Salah satu faktor
lingkungan yang berperan adalah pH dan suhu
lingkungan. Junardi (2008) telah melakukan
penelitian tentang karakteristik morfologi cacing
nipah (Namalycastis rhodochorde) namun tidak
mengisolasi dan karakterisasi bakteri yang
berasosiasi pada usus cacing nipah (Namalycastis
rhodochorde). Bakteri Bacillus sp. yang diisolasi
dari usus cacing nipah (Namalycastis rhodochorde)
memiliki karakteristik pertumbuhan yang akan
menyesuaikan dengan lingkungan internal dari tubuh
penelitian ini dilakukan dengan tujuan untuk
mengetahui karakteristik bakteri Bacillus sp. yang
diisolasi dari usus cacing nipah (Namalycastis
rhodochorde).
METODE PENELITIAN
Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian ini berlangsung dari bulan November
2019 hingga Maret 2020. Penelitian dilakukan di
Laboratorium Mikrobiologi, Jurusan Biologi,
Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam,
Universitas Tanjungpura, Pontianak. Pengukuran
nilai Optical Density (OD) dilakukan di
Laboratorium Kimia, Fakultas Matematika dan Ilmu
Pengetahuan Alam, Universitas Tanjungpura,
Pontianak.
Alat dan Bahan
Alat-alat yang digunakan saat sterilisasi adalah
autoklaf dan plastik pembungkus. Pembuatan media
menggunakan alat_alat seperti alumunium foil,
erlenmeyer, spatula, timbangan analitik, dan
magnetic stirrer. Saat melakukan enumerasi alat-alat
yang digunakan adalah alumunium foil, bunsen,
cawan petri, cuvet, erlenmeyer, gelas ukur, hot-stir-
plate, inkubator, jarum ose, kapas, dan kamera. Uji

69
Protobiont (2021) Vol. 10 (3) : 69-73
biokimia untuk karakterisasi bakteri alat yang
digunakan adalah gelas objek, gelas penutup, kertas
oksidase, kertas label, penggaris, pipet tetes, plastik
pembungkus, rak tabung, salinometer, shaker
incubator, spektrofotometer, spatula, sprayer, spuit,
pipet ukur, tabung reaksi, dan vortex mixer.
Bakteri yang digunakan adalah isolat Bacillus sp.
dari usus cacing nipah dari koleksi hasil penelitian
Yanti et al. (2020). Bahan-bahan yang digunakan
untuk pembuatan media enumerasi adalah akuades,
alkohol 70%, media deMan Rogosa and Sharpe
(MRS) Agar, media deMan Rogosa and Sharpe
(MRS) Broth. Saat karakterisasi dan uji biokimia
bahan-bahan yang digunakan adalah HCl, H2O2,
media Of BASAL, Methyl Red-Voges Proskauer
(MR-VP) broth, Motility Indole Ornithine (MIO)
Agar, NaCl, NaOH 0,1 N, Nutrient Broth (NB),
Nutrient Gelatin Agar, paraffin, reagen methyl red,
reagen kovach’s, trace elemen (Beef extract 8 gram;
di-potassium hydrogen phosphate 2 gram; glukosa
20 gram; MgSO4 0,2 gram; MnSO4 0,05 gram;
pepton 10 gram; tween 80 sebanyak 1 mL; Yeast
extract 4 gram), Simmon Citrate Agar (SCA), Triple
Sugar Iron Agar (TSIA), dan media Urea
Chrisstensens.
Prosedur Penelitian
Pewarnaan Gram Bakteri
Pewarnaan gram dengan mengacu pada metode yang
dilakukan oleh Putri et al. (2017) dengan proses
gram staining. Bakteri gram positif akan berwarna
ungu, sedangkan bakteri gram negatif tidak
mempertahankan zat warna kristal violet sewaktu
proses pewarnaan gram sehingga akan berwarna
merah muda (Madigan et al., 2006). Pewarnaan gram
salah satu metode yang sederhana, pewarnaan gram
mempermudah untuk melihat bakteri secara
mikroskopik. Membantu memperjelas ukuran dan
bentuk sel bakteri, dan membantu melihat bentuk
struktur sel bakteri.
Uji Aktivitas Gelatinase
Sebanyak satu ose isolat bakteri bakteri Bacillus sp.
diinokulasikan pada media gelatin agar dan
diinkubasi selama 48 jam pada suhu 37oC. Kemudian
kultur dimasukkan pada lemari pendingin dengan
suhu 4oC selama 30 menit. Indikator pengamatan
aktivitas gelatin positif jika medium gelatin menjadi
cair dan negatif jika medium gelatin tetap padat (Lay,
1994).
Uji Methyl Red
Uji Methyl Red dilakukan dengan mengacu pada
penelitian Rika et al. (2016). Isolat diinokulasi pada
media MRVP dan diinkubasi 24 jam, setelah itu
ditambahkan reagen methyl red. Jika media berwarna
merah setelah penambahan reagen methyl red maka
menunjukkan hasil uji positif dan jika media
berwarna kuning maka hasil uji negatif.
Uji Aktivitas Sitokrom Oksidase
Uji oksidase dilakukan dengan mengacu pada
penelitian Rika et al. (2016) dengan mengambil satu
ose isolat bakteri lalu dioleskan pada kertas oksidase.
Pengamatan dilakukan pada perubahan warna kertas.
Uji positif ditandai dengan perubahan warna kertas
menjadi biru atau ungu gelap dan uji negatif ditandai
dengan tidak terjadi perubahan warna pada kertas.
Uji Fermentatif Oksidatif
Uji fermentasi oksidatif dilakukan dengan mengacu
pada penelitian Rika et al. (2016), dengan
mengambil satu ose isolat bakteri, lalu ditusuk pada
media tegak OF basal pada dua tabung yakni tidak
ditetesi parafin dan ditetesi parafin di permukaan
media untuk uji oksidatif. Kemudian diinkubasi pada
suhu 37oC selama 24 jam. Pengamatan dilakukan
dengan perubahan warna media. Bakteri bersifat
fermentatif jika media yang ditutup parafin cair
berubah warna kuning. Bakteri bersifat oksidatif jika
semua bagian media berwarna kuning. Uji negatif
ditandai dengan tidak terjadi perubahan warna pada
media.
Uji Aktivitas Produksi Katalase
Uji katalase dilakukan dengan mengacu pada metode
Hadioetomo (1990). Sebanyak satu ose isolate
bakteri diinokulasi pada media padat dan diinkubasi
selama 24 jam. Kemudian diambil satu ose bakteri uji
dan dicampur secara perlahan pada H2O2 3%
menggunakan ose, hasil yang positif ditandai oleh
terbentuknya gelembung-gelembung udara
(Cappucino & Sherman, 2005).
Uji Aktivitas Motilitas, Aktivitas Ornitin
Dekarboksilase, dan Produksi Indol
Uji motilitas, ornitin, dan produksi indol dilakukan
dengan mengacu pada penelitian Rika et al. (2016),
isolat bakteri diinokulasi dengan cara menusukkan
jarum ose secara tegak lurus hingga setengah tinggi
media Motility Indole Ornithine (MIO) agar pada
tabung reaksi, dan diinkubasi selama 24 jam pada
70
Protobiont (2021) Vol. 10 (3) : 69-73
suhu 37oC. Motil positif ditandai terbentuknya koloni
yang menyebar sepenjang bekas tusukan pada media.
Ornitin dekarboksilase positif apabila daerah anaerob
berwarna kuning. Indol positif ditandai dengan
terbentuknya cincin merah setelah ditetesi reagen
kovach pada permukaan media.
Uji Pembentukan Asam dan Gas
Uji gas dilakukan dengan mengacu pada penelitian
Rika et al. (2016), dengan mengambil satu ose isolat
bakteri, kemudian diinokulasi pada media miring.
Inokulasi dilakukan dengan goresan zig zag pada
bagian miring (slant) dan ditusukkan pada dasar
(butt) media dan diinkubasi selama 24 jam pada suhu
37oC. Pengamatan dilakukan pada perubahan warna
media slant dan butt, warna merah menunjukkan
reaksi alkali sedangkan warna kuning menunjukkan
reaksi asam. Pembentukan gas ditandai pada bagian
dasar media berwarna hitam dan adanya H2S ditandai
dengan terangkatnya media.
Uji Sitrat
Uji sitrat dilakukan dengan mengacu pada penelitian
Rika et al. (2016). Uji dilakukan dengan mengambil
satu ose isolat bakteri, kemudian diinokulasi pada
media miring dengan goresan zig zag pada bagian
miring (slant) media dan diinkubasi selama 24 jam
pada suhu 37oC. Pengamatan dilakukan pada
perubahan warna media, warna biru menunjukkan
reaksi penggunaan sitrat oleh bakteri. Perubahan
warna hijau menjadi biru menunjukan bahwa bakteri
mampu menggunakan sitrat sebagai satu-satunya
sumber karbon (Schlegel & Karin, 1994).
Uji Urease
Uji urease dilakukan dengan mengacu pada
penelitian Sardiani et al. (2015). Uji dilakukan
dengan mengambil satu ose isolat bakteri, kemudian
diinokulasi pada media miring dengan goresan zig
zag pada bagian miring (slant) media. Setelah itu
diinkubasi selama 24 jam pada suhu 37oC.
Pengamatan dilakukan pada perubahan warna media,
warna merah muda menunjukkan reaksi positif urea.
Penentuan Suhu Optimum Pertumbuhan dan
Pengukuran Suhu Coelom
Penentuan suhu optimum bakteri Bacillus sp.
dilakukan dengan metode kultur cair pada media
Nutrient Broth (NB) + trace elemen. NB+trace
elemen diambil 90 ml dimasukan pada erlenmeyer
dan ditambahkan 10 mL suspensi isolat yang sudah
dilakukan standardisasi dengan larutan standar Mc
farland 0,5. Inokulum diinkubasi pada shaker
incubator dengan suhu 30oC dan 37oC selama 24
jam. Setelah itu, kekeruhan inokulum diukur dengan
spektrofotometer pada  = 600 m. Hasil
pengukuran OD diplot pada kurva dengan OD
sebagai ordinat dan suhu sebagai absis.
Pengukuran suhu inang bakteri Bacillus sp. yaitu
cacing nipah (Namalycastis rhodochorde) dilakukan
dengan cara memotong secara vertical. Setelah
dipotong secara vertikal diukur suhu cacing nipah
(Namalycastis rhodochorde) pada daerah coelom
dengan thermometer digital. Pengukuran dilakukan
dengan pengulang pada sisi coelom yang berbeda,
hal tersebut dilakukan dengan tujuan
membandingkan suhu coelom cacing nipah
(Namalycastis rhodochorde).
HASIL DAN PEMBAHASAN
Hasil
Hasil dari karakteristik pertumbuhan bakteri Bacillus
sp. dengan penukuran hasil Optical Density (OD)
dengan hasil OD masing-masing 899,75 dan 590,20.
Hasil pengukuran OD menunjukkan bahwa bakteri
tersebut tumbuh dengan baik pada suhu 30oC hingga
37oC. Hal tersebut memiliki kesamaan dengan hasil
pengukuran suhu tubuh cacing nipah (Namalycastis
rhodochorde) dengan suhu 32,61oC. Bakteri Bacillus
sp. memiliki sifat metabolisme fermentatif (Tabel 1),
bakteri tersebut mampu fermentasi gula sebagai
sumber utama (Surono, 2004).
Pembahasan
Hasil karakterisasi fisiologis dilakukan dengan
beberapa uji yaitu uji katalase, uji oksidase, uji
motilitas, uji sitrat, uji gula, uji OF, uji sporulasi
(Tabel 1), terhadap bakteri Bacillus sp. dan
dicocokan dengan Bergeys Manual of Determinative
Bacteriology (Holt et al., 1994). Hasil tersebut
menunjukkan karakter yang diisolasi dari usus
cacing nipah memiliki kesamaan dengan karakter
genus Bacillus sp. dengan karakter gram positif,
berbentuk basil, menghasil endospora, dan
menghasilkan enzim katalase. Bakteri Bacillus sp.
dengan kode isolat NrLtF5 memiliki kesamaan
karakter dengan anggota genus Bacillus yang disebut
oleh Holt et al. (1994).
71
Protobiont (2021) Vol. 10 (3) : 69-73

Tabel 1. Hasil Karakterisasi Morfologi dan Karakter Fisiologi Sel Bakteri Bacillus sp. yang Diisolasi dari Usus Cacing Nipah
(N. rhodochorde)
Karakteristik Hasil Uji Morfologi Sel dan Karakter Karakter Bakteri pada Buku Bergeys
Biokimia Manual of Determinative Bacteriology
A.MORFOLOGI SEL
Pewarnaan gram Positif Positif
Bentuk sel Basil Basil
Uji sporulasi + +
B.KARAKTER BIOKIMIA
Motil - +
Ornitin - D
Indol - D
Gas - -
H 2S - -
Glukosa + +
Laktosa - +
Methyl red + +
Oksidase - D
Gelatin + +
Katalase + +
Oksidatif + D
Fermentatif + D
Sitrat - D
Urease + -
Keterangan: (+) Hasil uji positif; (-) Hasil uji negatif; (D) bisa bervariasi

Tabel 2. Hasil Pengukuran Optical Density, Salinitas, pH dan Suhu Tubuh Inang Bakteri Bacillus sp. dan Optical Density Sel
Bakteri Inkubasi 24 Jam
Kode Isolat Optical Density (OD) Salinitas pH Inang Suhu tubuh Inang
30oC 37 oC Lingkungan Inang (o/oo) (oC)
NrLtF5 899,75 590,20 5 – 10 7 32,61

Kesamaan karakter tersebut antara lain bersifat gram
positif, sel berbentuk basil, reaksi isolat terhadap uji
katalase positif, dan memiliki endospora. Hasil uji
reaksi oksidase pada bakteri Bacillus sp. dapat
berupa positif maupun negatif. Menurut Yulvizar
(2013), bahwa anggota genus Bacillus memiliki ciri
morfologis dengan reaksi terhadap uji indol dan asam
sitrat negatif, katalase positif, dan isolat bakteri
mampu memfermentasikan gula. Pertumbuhan
bakteri dari hasil pengukuran nilai OD pada suhu
30oC dan 37oC selama inkubasi 24 jam menunjukan
bahwa pertumbuhan bakteri dapat tumbuh lebih
tinggi pada suhu 30oC (Tabel 2). Suhu 30oC yang
dapat meningkatkan nilai OD sebesar 899,75
sedangkan pada suhu 37oC nilai menurun menjadi
590,20 sehingga diketahui bahwa pertumbuhan
bakteri terbaik pada suhu 30oC. Hal tersebut karena
pertumbuhan bakteri menyesuaikan dengan suhu
inang bakteri, yaitu suhu tubuh cacing nipah 32,61
o
C. Jika suhu lebih tinggi maka pertumbuhan bakteri
menurun. Hal tersebut dikuatkan oleh pernyataan
Murray et al. (2003), bahwa suhu optimum suatu
bakteri bakteri tergantung pada lingkungan suhu atau
temperatur asal bakteri. Menurut Sumardi et al.
(2012), pada penelitian bakteri Bacillus yang
diisolasi dari saluran pencernaan ayam kampung,
menyatakan bahwa bakteri Bacillus sp. dapat tumbuh
dengan optimal sesuai dengan lingkungan asal
bakteri. Karakter bakteri Bacillus sp. yang diisolasi
dari usus cacing nipah (Namalycastis rhodochorde)
menunjukkan adanya kesamaan dari lingkungan
pertumbuhan cacing nipah (Namalycastis
rhodochorde) (Tabel 2). Menurut Grauman (2007),
bakteri Bacillus sp. yang dapat tumbuh pada suhu
25oC-35oC, salah satunya adalah bakteri Bacillus sp.
Suhu optimum tersebut menunjukkan suhu terbaik
untuk pertumbuhan bakteri Bacillus. Pertumbuhan
yang baik pada bakteri akan berpengaruh pada
keberadaan populasi dari Bacillus sp. di dalam tubuh
cacing nipah (N. rhodochorde) dengan suhu internal
tubuh cacing nipah (N. rhodochorde) 32,61oC.
Menurut Pakpahan et al. (2013), suhu lingkungan
memberikan pengaruh positif terhadap laju
pertumbuhan bakteri.

72
Protobiont (2021) Vol. 10 (3) : 69-73
DAFTAR PUSTAKA
Cappuccino, JG, & N, Sherman, 2005, Microbiology a
Laboratory Manual, 7th Edition, Pearson
Education, Inc. Publishing as Benjamin
Cummings, San Fransisco
Grauman, P, 2007, Bacillus; Celluler and Molecular
Biology, Caister Academic Press, University of
Freiburg, Freiburg Im Breisgau
Hadioetomo, RS, 1990, Mikrobiologi dasar dalam praktek
teknik dan prosedur dasar laboratorium, Penerbit
PT Gramedia, Jakarta, Hal. 103-104
Holt, JG, Krieg, NR, Sneath, PHA, Staley, JT & Williams,
ST, 1994, Bergey’s Manual of Determinative
Bacteriology, ninth edition, Lippincott Williams &
Wilkins, Philadelphia
Junardi, 2008, ‘Karakteristik Morfologi dan Habitat
Cacing Nipah Namalycastis rhodochorde
(Polychaeta: Nereididae) di Kawasan Hutan
Mangrove Estuaria Sei Kakap Kalimantan Barat’,
Jurnal Sains MIPA, Vol. 14, No. 2, Hal. 85-89
Lay, BW, 1994, Analisis Mikroba di Laboratorium, PT.
Raja Grafindo Persada, Jakarta
Madigan, MT, Martinko, JM, Dunlap, PV, & Clarck, DV,
2006, Brock Biology of Microrganisms, Pearson
Education International, London, pp. 375-377
Murray, RK, Granner DK, Mayes PA, & Rodwell, VW,
2003, Biokimia Harper edisi 25, Penerbit Buku
Kedokteran EGC, Jakarta
Pakpahan, M, Ekowati & Handayani, K, 2013,
‘Karakterisasi Fisiologi dan Pertumbuhan Isolat
Bakteri Bacillus thuringiensis Dari Tanah Naungan
di Lingkungan Universitas Lampung’, Seminar
Nasional Sains & Teknologi V, Lembaga Penelitian
Universitas Lampung, Lampung, Hal. 751-759
Putri, MH, Sukini, & Yodong, 2017, Mikrobiologi, Edisi
2017, Kementerian Kesehatan Republik Indonesia,
Jakarta
Rifai, MR, Widowati, H, & Sutanto, A, 2020, ‘Uji Sinergis
Konsorsia Bakteri Indigen Lcn Berkonsorsia
Bakteri Tanah di Kebun Percobaan Universitas
Muhammadiyah Metro Untuk Penyusunan
Panduan Praktikum Mikrobiologi’, Biolova, Vol. 1,
No. 2, Hal. 87-95
Rika, A, Aliza, D, & Mellisa, S, 2016, ‘Identifikasi Bakteri
Aeromonas hydrophila Dengan Uji Mikrobiologi
Pada Ikan Lele Dumbo (Clarias gariepinus) yang
Dibudidayakan di Kecamatan Baitussalam
Kabupaten Aceh Besar’, Jurnal Ilmiah Mahasiswa
Kelautan dan Perikanan Unsyiah, Vol. 1, No. 2,
Hal. 270-286
Sardiani, N, Litaay, M, Budji, RG, Priosambodo, D,
Syahribulan & Dwyana, Z, 2015, ‘Potensi Tunikata
Rhopalaea sp sebagai Sumber Inokulum Bakteri
Endosimbion Penghasil Antibakteri; 1.
Karakterisasi Isolat’, Jurnal Alam dan Lingkungan,
Vol. 6, No. 11
Schlegel, HG, & Karin, 1994, Mikrobiologi Umum, Edisi
ke-6, Gadjah Mada University Press, Yogyakarta
Sumardi, Ekowati, CN, Handayani, K., & Nurhayati,
2012, ‘Isolasi dan Karakterisasi Bacillus sp.
Penghasil Antimikroba dari Saluran Pencernaan
Ayam Kampung (Gallus domesticus)’, Prosiding
SNSMAIP III, Hal. 306-311
Surono, LS, 2004, Probiotik Susu Fermentasi dan
Kesehatan, Tri Cipta Karya, Jakarta
Yanti, AH, Setyawati, TR, & Kurniatuhadi, R, 2020,
‘Isolation and Characterization of Lactic Acid
Bacteria from Fecal, Pellets, Coelomic Fluid, and
Gastrointestinal Tract of Nypa Worm
(Namalycastis rhodochorde) from West
Kalimantan, Indonesia’, Biodiversitas, Vol. 21, No.
10, pp. 4726-4731
Yulvizar, C, 2013, ‘Isolasi dan Identifikasi Bakteri
Probiotik pada Rastrelliger sp.’, Biospecies, Vol. 6,
No. 2, Hal. 1-7
73