Biologi Molekuler

PERKENALAN
ALAT
Oleh: kelompok 13

T3 STR REGULER 1 | 2024

 ANGGOTA KELOMPOK
1. MAHFUD DEWANTORO 2113353021
2. ANA AMELYA SARI 2113353026
3. DILA PUSPITA 2113353004
4. DONA RAHMA 2113353005
5. ADILA A'ANAS 2113353038
6. PUTRI FIRDA ANGELLINA 2113353035
7. ANISA TIARA 2113353045
8. AZZAHRA YUNIAR 2113353050
9. TANTI SETIEFANI 2113353016
10. ADELINE TRI RENITA 2113353025
11. NAUFAL KHUFSI 2113353013
12. REIKHA ZAHRA RIJHA P. 2113353046
 T3 STR REG 1

VORTEX
MIXER
Definisi Vortex Mixer
Vortex mixer adalah alat yang digunakan
untuk mencampur larutan yang ada dalam
tabung reaksi. Vortex mixer terdiri dari sebuah
motor listrik yang dipasang vertikal dan
diujungnya terdapat karet yang dipasang
sedikit keluar dari posisi tengah. Ketika wadah
atau tabung reaksi yang sesuai dengan
ukuran karet dan kemudian di masukan maka
wadah atau tabung akan mengikuti
perputaran motor/alat.
 Prinsip Kerja Mixer Vortex
Ketika alat dinyalakan, arus listrik memberikan tenaga untuk
putaran sentrifugal pada mesin. Rotasi motor mengarah ke orbit
poros, yang memutar Cup head. Rotasi menciptakan pusaran
yang kuat ketika tabung yang berisi sampel ditempatkan di Cup
head sehingga pusaran yang kuat membantu dalam campuran
sampel yang homogen. jika semakin kencang putaran motor
maka proses pencampuran akan cepat tercampur dan waktu
yang dibutuhkan lebih sedikit.
 Fungsi Mixer Vortex

Digunakan untuk melakukan proses homogenisasi atau

menyeragamkan cairan. Namun jumlah cairan yang dapat
dihomogenkan oleh alat ini terbilang kecil jika dibandingkan
dengan alat homogenizer lainnya. Ini karena, instrumen
tersebut hanya mampu menampung wadah kecil seperti
tabung reaksi, tabung sentrifuse, ependorf, falkon, atau
wadah penampung lain yang berukuran kecil.
 Prosedur Penggunaan
1. Sambungkan alat dengan sumber arus listrik.
2. Letakkan sampel pada tempat berbentuk lekukan
3. Tekan tombol On.
4. Putar tombol pengatur getaran ke angka yang kita inginkan
5. Letakan botol sampel diatas tempat penggetar sambil ditekan
6. Lakukan sampai sampel benar-benar homogeny
7. Setelah selesai putar kembali tombol pengatur getaran ke angka nol
8. Matikan dengan menekan tombol OFF
9. Cabut stop kontak dari sumber arus listrik.
 Keterbatas & Perawatan Vortex Mixer
Keterbatasan Perawatan
Ada beberapa cara yang dilakukan ketika merawat alat
vortex mixer, yaitu :
Tidak dapat digunakan untuk
bersihkan main body menggunakan kain lembut.
pencampuran zat padat dengan
(Jangan mencuci atau langsung menuangkan
zat cair atau zat padat-padat. cairan pembersih ke alat, karena takut terjadi
Ada risiko tumpahan jika tabung korsletting listrik).
tidak dipegang dengan benar. membersihkan adapter dengan cara dilepas
kemudian dibersihkan dengan detergent ringan.
pastikan kabel listrik sudah dicabut dan pastikan
adapter benar benar kering ketika ingin dipasang
kembali.
Simpan vortex mixer di tempat yang kering, bersih
serta tempat yang stabil pada suhu kamar dalam
jangka panjang .
 Kalibrasi Vortex Mixer
1. Menggunakan Tachometer
merupakan alat yang digunakan untuk mengukur kecepatan sebuah
alat.

2.Cara Kalibrasi Sederhana

Letakkan wadah sampel di samping plate
Tekan tombol ON
Putar speed control knob untuk mengatur kecepatan
Perhatikan plate, jika tersentuh tempat sampel, maka catat kecepatannya.
Bandingkan hasil kecepatannya dengan hasil tachnometer. Jika hasilnya
sama, bisa dipastikan vortex mixer masih berfungsi dengan baik.
Bagian-Bagian Vortex Mixer

Well / Cup head

Bagian kepala dari alat vortex laboratorium yang terbuat
dari karet dan ditempatkan di atas motor
Motor
Posisi motor tepat dibawah Cup head / mixing surface
disc
Main Switch / Sakelar Utama
sakelar utama berfungsi untuk menyalakan dan
mematikan alat
Speed Controler Knob / Kenop pengontrol kecepatan
Bagain ini berupa kenop yang terletak di bagian depan mesin.
Operation controller button / Tombol pengontrol operasi
Bagian ini adalah tombol yang membantu memberikan rotasi
atau rotasi langsung saat botol menyentuh Cup head.
GEL CASSETTE
 Definisi

Gel cassette adalah bagian dari gel

electrophoresis yang digunakan untuk
memisahkan fragmen DNA, RNA, atau
protein berdasarkan ukuran dan
muatannya. Kamu bisa mencari informasi
terkait jenis-jenis gel cassette, cara
penggunaannya, dan aplikasinya dalam
penelitian di laboratorium.
 Fungsi
sebagai wadah atau tempat untuk menampung gel
yang mengandung sampel DNA, RNA, atau protein
yang akan dipisahkan. Gel cassette memungkinkan
proses pemisahan molekul-molekul berdasarkan
ukuran dan muatan listriknya dengan bantuan arus
listrik yang diterapkan selama gel electrophoresis
berlangsung.
 Cara Penggunaan
1. Persiapan Gel: Buat atau siapkan gel sesuai dengan jenis eksperimen
yang ingin dilakukan. Tuangkan larutan gel ke dalam gel cassette dan
biarkan mengeras.
2. Pemuatan Sampel: Tambahkan sampel yang akan dipisahkan ke
dalam lubang-lubang pada gel cassette.
3. Penutupan: Tutup gel cassette dengan bagian atasnya atau tutup
khusus.
4. Pelaksanaan Elektroforesis: Tempatkan gel cassette dalam
perangkat elektroforesis, aplikasikan arus listrik sesuai dengan
kebutuhan percobaan.
 Cara Kalibrasi & Perawatan
.Kalibrasi
Cara kalibrasi gel cassette biasanya melibatkan:
Pemeriksaan Kondisi Fisik: Perawatan
Pastikan gel cassette dalam
kondisi baik, tidak retak, dan bersih perawatan Gel Cassette dapat
sebelum penggunaan.
dilakuka dengan:
Pengukuran Volume:
Untuk kalibrasi volume, gunakan
Pembersihan berkala
alat pengukur yang sesuai untuk Penyimpanan yang tepat
memastikan lubang-lubang pada pengecekan rutin.
gel cassette memiliki volume yang
konsisten.
TRANSILLUMINATOR
 Pengertian Transilluminator

Transilluminator merupakan alat yang

banyak digunakan di dalam laboratorium
untuk melihat atau memvisualisasikan
sampel yang mengandung zat fluoresen
seperti DNA, protein, atau membran
setelah proses elektrforesis atau
pewarnaan.
 Fungsi Alat

Untuk melakukan pengamatan sebuah proses

pemisahan atau pemurian suau makromolekul
seperti asam nukleat dan protein berdasarkan
perbedaan ukuran.
 Cara Pemakaian
1. Letakkan SmartBlue - Blue Light Transilluminator pada ruangan yang tidak
terpapar langsung cahaya matahari atau bisa menggunakan ruang gelap.
2. Koneksikan SmartBlue - Blue Light Transilluminator dengan sumber power
dengan tegangan 100-240 Volt AC.
3. Letakkan gel agarose hasil running elektroforesis yang telah dilakukan
straining sebelumnya, pada bagian tengah alat dengan posisi comb berada di
bagian atas.
4. Tutup viewing surface dengan cover filter untuk menghindari bahaya paparan
sinar UV.
5. Atau bisa juga menggunakan Accuris SmartDoc 2.0 Imaging Enclosure untuk
mempermudah proses pengambilan gambar menggunakan kamera atau HP.
6.Tekan tombol "on/off" yang berada di bagian samping kiri
alat, sinar UV akan otomatis terpancar.
7.Dokumentasikan gel agarose dengan menggunakan kamera
atau handphone.
8.Hasil dokumentasi gel siap untuk dinalisis.
9.Jika sudah selesai digunakan cabut kabel dari sumber listrik.
 T3 STR REG 1

DRY BATH
Pengertian Dry Bath
Dry Bath adalah alat laboratorium yang
digunakan untuk mengendapkan atau
mengeringkan sampel biologis atau kimia
dengan cara pemanasan. Ini berguna
untuk memisahkan zat-zat dari sampel
atau untuk mensterilkan sampel sebelum
diuji. Mini Dry Bath adalah versi miniatur
dari alat ini, biasanya digunakan untuk
aplikasi laboratorium yang kecil atau di
tempat yang terbatas.
 Prinsip Kerja Dry Bath
Dengan memanaskan sampel biologis atau kimia dengancara
menempatkan sampel dalam cawan atau tabung yang terisi air, dan
kemudian memanaskan air tersebut hingga sampel mencapai suhu
yang diinginkan. Dry Bath biasanya menggunakan sumber panas yang
dapat diatur, seperti heating element atau lampu inframerah, untuk
memanaskan air yang ada dalam cawan atau tabung tersebut. Setelah
sampel mencapai suhu yang diinginkan, maka Dry Bath akan menjaga
suhu sampel tersebut secara konstan, sehingga hasil uji yang
diperoleh dapat diandalkan.
 Fungsi Dry Bath
Dry Bath memiliki beberapa fungsi utama, di antaranya:

1. Mengendapkan sampel biologis atau kimia dengan cara pemanasan, sehingga

zat-zat dapat dipisahkan dari sampel.
2. Mensterilkan sampel biologis sebelum diuji, dengan cara memanaskan sampel
hingga suhuyang dapat membunuh mikroorganisme yang ada di dalamnya.
3. Mempermudah proses penentuan kadar zat dalam sampel biologis atau kimia,
dengan cara memanaskan sampel hingga zat yang akan diuji terpisah dari
sampel.
4. Mengontrol suhu sampel secara tepat dan akurat, sehingga hasil uji yang
diperoleh dapat diandalkan.
5. Mempermudah penanganan sampel di laboratorium, karena Dry Bath dapat
digunakan secara mudah dan cepat.
 Cara Menggunakan Dry Bath
Langkah-langkah menggunakan Dry Bath adalah sebagai berikut:

1. Mengendapkan sampel biologis atau kimia dengan cara pemanasan, sehingga

zat-zat dapatdipisahkan dari sampel.
2. Mensterilkan sampel biologis sebelum diuji, dengan cara memanaskan sampel
hingga suhuyang dapat membunuh mikroorganisme yang ada di dalamnya.
3. Mempermudah proses penentuan kadar zat dalam sampel biologis atau kimia,
dengan cara memanaskan sampel hingga zat yang akan diuji terpisah dari
sampel.
4. Mengontrol suhu sampel secara tepat dan akurat, sehingga hasil uji yang
diperoleh dapat diandalkan.
5. Mempermudah penanganan sampel di laboratorium, karena Dry Bath dapat
digunakansecara mudah dan cepat.
 Cara merawat Dry Bath
1. Bersihkan Dry Bath secara rutin setelah setiap pemakaian. Anda dapat
membersihkan bagian luar Dry Bath dengan menggunakan kain lembab atau lap
yang tidak terlalu basah. Jika bagian dalam Dry Bath terlihat kotor, Anda dapat
membersihkannya dengan menggunakan sikat atau spons yang lembut.
2. Jangan menyimpan sampel yang masih basah dalam Dry Bath setelah pemakaian. Ini
dapat menyebabkan karat pada bagian dalam Dry Bath, sehingga dapat menurunkan
kinerja alat. Pastikan sampel telah benar-benar kering sebelum disimpan dalam Dry
Bath.
3. Periksa kondisi Dry Bath secara rutin, terutama bagian-bagian yang berhubungan
dengan pemanasan atau pendinginan. Pastikan bahwa heating element atau lampu
inframerah masih berfungsi dengan baik, dan bahwa sistem pendingin juga dapat
bekerja dengan baik. Jika ada bagian yang rusak atau tidak berfungsi dengan baik,
segera perbaiki atau ganti bagian tersebut.
 Cara merawat Dry Bath
4.Jauhkan Dry Bath dari sumber panas atau api, agar tidak terjadi
kebakaran atau kerusakan pada alat. Pastikan Dry Bath diletakkan
di tempat yang bersih dan kering, agar alat terhindar dari kotoran atau
debu.
5.Gunakan Dry Bath sesuai dengan petunjuk pemakaian yang
disertakan oleh produsen. Jangan mencoba untuk memodifikasi atau
mengubah bagian-bagian dari Dry Bath, karena ini dapat
menyebabkan kerusakan atau kegagalan pada alat. Jika Anda tidak
yakin tentang cara menggunakan atau merawat Dry Bath, sebaiknya
bertanya kepada ahli atau teknisi yang berpengalaman.
 T3 STR REG 1

PCR
CONVENSIONAL
 DEFINISI
Polymerase Chain Reaction atau PCR terdiri dari kata Polimerase yang merupakan
enzim dan chain reaction berarti untai berantai, sehingga memiliki arti enzim yang
mampu menggabungkan DNA cetakan tunggal, membentuk untaian molekul DNA yang
panjang. Dalam bidang molekuler PCR merupakan teknik untuk mengamplifikasi
sekuen DNA spesifik menjadi ribuan sampai jutaan kopi sekuen DNA.

Metode PCR dibedakan menjadi dua yaitu PCR konvensional dan real time.
Conventional PCR atau PCR Konvensional merupakan teknik PCR yang dilakukan
secara kualitatif dengan visualisasi pada agar elektroforesis. PCR Konvensional
merupakan metode deteksi yang sangat sensitif dan Spesifik, gerakan fisik yang
berlebihan dapat menyebabkan terputusnya ikatan Antar molekul dan DNA sampel
mengalami kerusakan. Hal tersebut Mengakibatkan terjadinya smear pada pita DNA
elektroforesis.
 PCR
CONVENSIONAL
FUNGSI
PCR dapat digunakan sebagai alternatif metode
konvensional untuk mendeteksi Genom dari
berbagai spesimen karena waktu pengujian yang
cepat dengan hasil yang Lebih sensitif dan spesifik.
.
 PRINSIP KERJA PCR KONVENSIONAL

Reaksi amplifikasi ini dimulai dengan melakukan denaturasi

DNA cetakan yang berantai ganda menjadi rantai tunggal,
kemudian suhu diturunkan sehingga primer akan menempel
(annealing) pada DNA cetakan yang berantai tunggal. Setelah
proses annealing, suhu dinaikkan kembali sehingga enzim
polimerase melakukan proses polymerase rantai DNA yang
baru. Rantai DNA yang baru tersebut selanjutnya sebagai
cetakan bagi reaksi polimerase berikutnya.
 Instruksi Kerja
( T100 TM Thermal Cycler 1861096 )

A. Pembuatan Protokol baru atau Perubahan Protokol yang sudah ada

1. Membuat protokol baru, tekan icon “new protokol”

2. Mengedit protokol yang sudah ada, tekan icon “saved protokol” pada home screen.
3. Pilih protokol yang diinginkan untuk dimodifikasi tekan “edit"
Untuk mengedit temperatur atau waktu yang diperlukan masing-masing step, volume
sampel, lid temperatur dilakukan dengan menekan kotak yang diinginkan dan diganti
sesuai yang diinginkan
4. Tekan Run untuk memulai reaksi PCR
 Instruksi Kerja
( T100 TM Thermal Cycler 1861096 )
B. Menambah Step Protokol
1. Pilih step disebelah kiri dari step yang akan ditambah
2. Tekan “insert” akan muncul display tipe step yang akan ditambah
3. Tekan “temperatur” untuk menambah Step temperatur. Gradient untuk menambah Step gradient.
Dan goto untuk menambah goto step atau siklus PCR
4. Edit parameter dari step yang ditambahkan sesuai yang diinginkan

C. Menghapus Step Protokol

1. Pilih step yang akan dihapus
2. Tekan “delete” untuk menghapus Step yang diinginkan untuk dihapus

D. Setting thermal gradient pada mesin PCR T100

1. Hidupkan mesin T100 dengan menekan tombol power pada bagian belakang sistem
2. Pilih menu “new protocol” pada layar utama mesin T100
 T3 STR REG 1

MIKROCENTRIFUGE
 Definisi Mikrocentrifuge

Sentrifus merupakan alat yang yang digunakan untuk

memisahkan organel berdasarkan masa jenisnya melalui proses
pengendapan.
Larutan akan terbagi menjadi dua fase yaitu supernatan yang
berupa cairan dan butiran atau organel yang mengendap.
Peralatan sentrifus terdiri dari sebuah rotor atau tempat untuk
meletakkan larutan yang akan dipisahkan. Rotor ini nantinya yang
akan berputar dengan cepat yang akan mengakibatkan larutan
akan terpisah menjadi dua (supernatan dan endapan)
 Prinsip kerja
Prinsip kerja sentrifus adalah melawan gaya tarik bumi (gravitasi) dengan kekuatan
sentrifugasi sehingga partikel yang terlarut dalam cairan mengendap ke bawah dari pusat
putaran, dengan berat paling besar akan mengendap lebih dulu.
Tenaga ini disebut Relative Centrifugal Force (RCF) dalam satuan gravitasi yang
menggambarkan daya pemisah alat tersebut. Sehingga laju pengendapan suatu partikel
yang tersuspensi tersebut dapat diatur dengan meningkatkan atau menurunkan pengaruh
gravitasi terhadap partikel.

note :
Hasil sentrifugasi terbagi menjadi dua, yaitu supernatan dan butir.
Supernatan adalah subtansi hasil yang memiliki bobot jenis yang lebih rendah
butir adalah substansi hasil yang memiliki bobot jenis yang lebih tinggi.
 Jenis Centrifuge

Mikrocentrifuge
Salah satu jenis sentrifus adalah
Microcentrifuge atau disebut juga microfuges.
Mikrosentrifus adalah sentrifus yang hanya
digunakan untuk hematokrit yang
menggunakan tabung mikrokapiler dengan
kecepatan sentrifus 16000 rpm selama 5 menit.
Mikrosentrifus memutar microtube khusus pada
kecepatan tinggi. Volume microtubes berkisar
0,5-2,0 mL.
 Cara penggunaan
Hal - hal yang harus diperhatikan dalam pemakaian sentrifus adalah
sebagai berikut.
1. Sebelum memulai sentrifus, pastikan bahwa tutupnya terpasang dan
terkunci. Jangan pernah membuka tutup selama sentrifus
dioperasikan Pastikan kebersihan sentrifus, segera bersihkan semua
tumpahan.
2. Diseimbangkan muatan sentrifus sebelum pemakaian.
3. Amati dan lakukan tindakan yang sesuai jika ada bunyi atau getaran
yang tidak lazim selama pemutaran.
4. Putar sampel dengan tutup terpasang.
5. Gunakan tabung yang diperuntukkan untuk sentrifus tersebut
 T3 STR REG 1

FREEZER
 Pengertian freezer
kulkas

Freezer adalah alat di mana suhu

relatif lebih tinggi sehingga dapat
membuat air menjadi beku,
kebutuhan akan pendingin yang
mana digunakan untuk
mengawetkan makanan ataupun
untuk keperluan menyimpan bahan-
bahan kimia dapat disimpan di
freezer. Biasanya suhu freezer
berkisar -3 °C-0 °C
 FUNGSI & PRINSIP KERJA
Fungsi
.
berfungsi untuk menyimpan
bahan yang akan rusak jika
dibiarkan dalam keadaan
tidak beku,seperti
reagen,enzim,factor spotify
biaya langganan bulanan
berlaku setelahnya.
Prinsip Kerja
Secara umum, freezer bekerja dengan
cara mengambil kalor/panas dari
kompartemen atau benda-benda yang
disimpan di dalamnya, kemudian secara
perlahan menurunkan suhu hingga beku.
Refrigerant yang telah mengumpulkan
kalor dari kompartemen masuk ke
kompresor berupa gas yang sangat
panas.
 Cara penggunaan

1. Nyalakan stop kontak pada listrik

2. Buka pintu freezer
3. Masukkan sampel, bahan, reagen atau media yg
ingin disimpan dalam freezer
4. tutup pintu dengan rapat pintu freezer agar
suhu tetap terjaga
 Cara perawatan freezer
1. Bersihkan freezer 2x seminggu
2. Setelah dibuka, tutup rapat pintu freezer agar suhu tetap stabil dan tidak merusak
3. Membersihkan lemari pendingin melakukan defrost secara teratur.
4. Membuang ampul,tabung,botol dan wadah lain yang pecah.
5. Setelah dibersihkan,permukaan dalam lemari pendingin dan lemari pembeku harus
didesinfeksi dengan desinfektan yang tidak korosif.
6. Memberi label wadah yang berisi nama bahan,tanggal disimpan dan nama orangyang
menyimpan.Wadah yang tidak berlabel dan bahan yang sudah kadaluwarsaharus
dimusnahkan.
7. Tidak menyimpan cairan yang mudah terbakar.
8. Membersihkan dan menata kembali freezer dan alat-alat lain setelahdigunakan.
9. Lakukan kalibrasi
 Cara Kalibrasi freezer
1. Catat suhu setiap hari (pagi dan sore) di kertas dengan termometer atau suhu yangterlihat
pada digital display pada freezer.
2. Kemudian kertas digantung atau ditempelpada alat yang dikalibrasi tersebut.
3. Termometer yang digunakan harus sesuai dengan suhu alat yang dikalibrasi,misalnya
-8°C,-20°C atau -60,-75°C
4. Secara berkala periksa dengan menggunakan termometer standar.
5. Cocokkan hasilyang didapat antara suhu yang ditunjukkan oleh thermometer digital
display dengantermometer standar.Kemudian di akhir bulan di rata-rata.
6. payakan memantau suhu lemari es dengan termometer maksimum dan
minimum,sehingga bisa dipantau suhu terendah dan tertinggi yang pernah dicapai lemari es
7. ⁠Dicocokkan hasil yang didapat antara suhu yang ditunjukkan oleh termometer digital
displaydengan termometer standar.
 T3 STR REG 1

MIKROPIPET
Definisi Mikropipet

Mikropipet adalah alat laboratorium yang

digunakan untuk mengukur dan mengeluarkan
volume larutan yang kecil,
ukuran 0,5-5 microliter. Dibuat dari material
seperti plastik atau kaca, dan terdiri dari tabung
yang panjang dengan skala yang tertera di
sisinya. Mikropipet juga memiliki bagian yang
disebut “pipet bulb” atau “pipet elektronik”, yang
berfungsi untuk mengatur aliran larutan yang
akan dikeluarkan
 Fungsi Mikropipet

Fungsi utama mikropipet adalah untuk mengambil,

mengukur, dan mentransfer volume cairan yang
sangat kecil dengan tingkat presisi yang tinggi
 Cara Penggunaan Mikropipet

Langkah- langkah dalam menggunakan mikropipet:

1. persiapkan mikropipet
2. siapkan tip mikropipet
3. Menyiapkan cairan
4. Transfer cairan
5. Pembersihan dan penggantian tip
 Cara Kalibrasi Mikropipet

Langkah- langkah kalibrasi mikropipet:

1. Siapkan larutan yang akan digunakan (NaCl atau etanol)
2. Ukur volume larutan dengan menggunakann buret atau tabung ukur.
3. Masukkan larutan yang sudah diukur ke mikropipet, keluarkan ke
beakerglass/tabung reaksi.
4. Ukur volume yang dikeluarkan dengan buret/tabung ukur,
bandingkan dengan volume seharusnya.
5. Jika volume berbeda => setting (hingga mendapatkan volume yang
tepat)
 Cara Perawatan Mikropipet

Mengontrol secara rutin kondisi pipet, periksa bagian yang ada

di alat tersebut untuk memastikan tidak adanya kerusakan
seperti retak atau ada komponen yang hilang.
Rutin membersihkan pipet dengan alkohon atau cairan khusus
sebelum dan sesudah penggunaan.
Membersihkan bagian atau komponen pipet yang dapat
disterilkan menggunakan autoclaf atau penyinaran UV.
Jika terdapat kerusakan pada alat tersebut, segera periksakan
kondisi pipet anda ke distributor atau agen penjualnya.
Terima Kasih
OLEH: KELOMPOK 13 | T3 STR REGULER 1 | 2024