LAPORAN AKHIR

RUMAH PROGRAM
ARTIFICIAL INTELLIGENCE, BIG DATA, DAN TEKNOLOGI KOMPUTASI
UNTUK BIODIVERSITAS DAN CITRA SATELIT

JUDUL RISET
Pengembangan Sistem Informasi Varietas Tanaman Lokal Berbasis Web-GIS

KOORDINATOR KEGIATAN
Muhamad Sabran

SATUAN KERJA
PUSAT RISET TANAMAN PANGAN
ORGANISASI RISET PERTANIAN DAN PANGAN

ORGANISASI RISET ELEKTRONIKA DAN INFORMATIKA

BADAN RISET DAN INOVASI NASIONAL
TAHUN 2023
 LEMBAR PENGESAHAN

LAPORAN AKHIR RUMAH PROGRAM

ARTIFICIAL INTELLIGENCE, BIG DATA, DAN TEKNOLOGI KOMPUTASI

UNTUK BIODIVERSITAS DAN CITRA SATELIT

ORGANISASI RISET ELEKTRONIKA DAN INFORMATIKA

BADAN RISET DAN INOVASI NASIONAL
TAHUN 2023

JUDUL KEGIATAN
Pengembangan Sistem Informasi Varietas Tanaman Lokal Berbasis Web-GIS
I. KETERANGAN UMUM
A. Nama Pusat Riset : Pusat Riset Tanaman Pangan
B. Nama Organisasi Riset : Organisasi Riset Pertanian dan Pangan
C. Alamat Kantor : Cibinong Science Center Jl. Raya Jakarta-Bogor KM
45, Cibinong, Bogor 16911
D. Nomor Telepon/HP : 081119333624
E. Alamat E-mail : prtpa@brin.go.id
II. DATA KEGIATAN
A. Unit Kerja Lain dan mitra. 7) Pemerintah Daerah Kota
: Yogyakarta
8) Pemerintah Daerah Kabupaten
1. Pusat Perlindungan Varietas Tanaman Bantul
dan Perizinan Pertanian; 9) Dinas Pertanian dan Pangan Kota
2. Balai Besar Standarisasi Instrumen Yogyakarta
Biogen; 10) Dinas Pertanian, Pangan dan
3. Universitas Gadjah Mada (Bank Gen Perikanan Kabupaten Sleman
PIAT) 11) Dinas Pertanian dan Pangan
4. Mitra D.I.Yogyakarta = Kabupaten Kulon Progo
1) Balai Pengembangan Perbenihan 12) Dinas Pertanian dan Pangan
dan Mitra D.I.Yogyakarta = Kabupaten Gunung kidul
2) Balai Pengembangan Perbenihan 13) Dinas Ketahanan Pangan dan
Dan Pengawasan Mutu Benih Pertanian Kabupaten Bantul
Tanaman Pertanian (BP3MBTP)
D.I.Yogyakarta
3) Dinas Pertanian dan Ketahanan
Pangan Daerah Istimewa
Yogyakarta
4) Pemerintah Daerah Kabupaten
Gunungkidul
5) Pemerintah Daerah Kabupaten
Sleman
6) Pemerintah Daerah Kabupaten
Kulon Progo
B. Lama Kegiatan : 8 bulan
C. Tipe Kegiatan : Tipe 1
D. Periset Kepala : Prof. Dr. Ir. Muhamad Sabran, M.Sc.
E. Periset Anggota

n Nama Pusat Riset Organisasi Riset

o
1 Gita Citra Puspita, S.Kom. Sains Data dan Elektronika dan
Informasi, Informatika
2 Dr. Andari Risliawati, S.P., M.Sc Tanaman Pangan Pertanian dan Pangan

3 Dr. Susilawati, S.P., M.Si. Tanaman Pangan Pertanian dan Pangan

4 Dr. Andy Bhermana, S.P., M.Sc. Geospasial Kebumian dan Maritim

5 Niken Fitria Apriani, S.Kom., M.Kom. Sains Data dan Elektronika dan
Informasi, Informatika
6 Dr. Hakim Kurniawan, S.P., M.P Tanaman Pangan Pertanian dan Pangan

7 Setyorini Widyayanti, S.P., M.Sc Tanaman Pangan Pertanian dan Pangan

8 Yusi Nurmalita Andarini, S.P., M.Si. Tanaman Pangan Pertanian dan Pangan

F. Biaya Kegiatan 2023

Sumber Dana Rp. 5.300.000,-

Mitra (in-kind) Rp. -
Total Rp. 5.300.000,-
Cibinong, 21 Desember
2023
Mengetahui,

Kepala Pusat Riset Periset Kepala

Dr. Yudhistira Nugraha, S.P., M.P. Prof. Dr. Ir. Muhamad Sabran, M.Sc.
NIP. 19760807 200212 1 001 NIP. 19580814 198303 1 002
 ABSTRAK
Sumber daya genetik (SDG) tanaman yang sangat banyak di Indonesia, dapat dimanfaatkan
untuk menghasilkan varietas tanaman yang dapat dijadikan bibit unggul, khususnya dalam
menjawab isu perubahan iklim. Namun keberadaan SDG tersebut harus dapat dipastikan
apakah tersedia sesuai yang diinginkan, baik jenis, tempat maupun jumlahnya. Kegiatan yang
akan dilakukan pada tahun 2023 ini bertujuan untuk menghimpun dan mengkompilasi data
varietas lokal terdaftar, kemudian memetakannya secara spasial ke dalam suatu sistem
informasi berbasis Web-GIS serta mengembangkan konsep tool analysis untuk penciri varietas
lokal terdaftar. Prototipe sistem informasi SDG lokal tanaman pertanian ini kedepannya
diharapkan dapat menjadi sistem informasi rujukan tidak hanya bagi pengelola SDG tanaman
pertanian baik in situ maupun ex situ, tetapi juga para pemulia tanaman sehingga dapat
mempercepat kegiatan perakitan varietas unggul baru.
Kata kunci : keragaman genetik, koleksi dan konservasi, sebaran,
spasial

1. PENDAHULUAN
1.1. Latar Belakang
Indonesia adalah negara mega-biodiversitas. Diperkirakan sekitar 25.000 spesies
tumbuhan berbunga, 515 spesies mamalia, 600 spesies reptilia; 1500 spesies burung dan 270
spesies amfibi, terdapat di Indonesia (LIPI, 2014). Sekitar 6.000 spesies tumbuhan dan hewan
telah digunakan oleh masyarakat Indonesia untuk memenuhi kebutuhan sehari-hari (Shiva,
1994). Demikian juga dengan sumber daya genetik (SDG) yang merupakan keragaman dalam
spesies tentu lebih banyak lagi. Kelimpahan SDG demikian harus dimanfaatkan sebesar-
besarnya untuk kepentingan Pembangunan ekonomi.
Sumber daya genetik tanaman untuk pangan dan pertanian (SDGTPP) adalah bahan
yang berasal dari tanaman yang unit fungsional yang dapat diturunkan (hereditas)
(Moeljopawiro, 2008). SDGTPP ini terdiri atas varietas lokal, varietas unggul, kerabat liar
tanaman budidaya, dan spesies liar. Varietas lokal atau varietas tradisional/landraces adalah
varietas yang dibudidayakan secara turun temurun oleh petani, serta menjadi milik masyarakat
dan dikuasai oleh negara (Permentan, 2021). Varietas lokal ini merupakan sumber gen yang
beragam dan memiliki keunggulan karakter yang beragam dan spesifik di daerah atau
agroekosistem tertentu. Varietas lokal ini tersebar di seluruh Indonesia. Pemerintah daerah
sebagai wakil dari masyarakat yang merupakan pemilik dari varietas lokal ini, mendaftarkan
varietas lokal tersebut ke Pusat Perlindungan Varietas dan Perizinan Pertanian (PVTPP),
Kementerian Pertanian. Data mengenai varietas lokal yang didaftarkan, dilepas, atau
dilindungi ini tersimpan dalam database PVTPP. Hingga saat ini varietas lokal terdaftar lebih
dari 500 varietas tersebar di seluruh Indonesia.

Meskipun kaya akan sumberdaya genetik, hingga saat ini belum tersedia data yang
mudah diakses terkait jumlah koleksi SDG tanaman pertanian (SDGTPP). Hal ini dikarenakan
pengelolaan koleksi SDGTPP tersebar di berbagai tempat, baik di instansi pemerintah,
universitas, perusahaan swasta, maupun perorangan. Dalam rangka mengoptimalkan
pemanfaatan SDGTPP termasuk varietas lokal terutama dalam kegiatan perakitan varietas
unggul baru, para pemulia dan peneliti terkait perlu kemudahan akses atas berbagai SDGTPP
yang tersedia, baik yang ada di koleksi in situ yang ada di masyarakat maupun yang dikelola
oleh instansi pemerintah baik pusat maupun daerah. Kemudahan akses ini salah satunya dapat
dicapai melalui pembentukan sistem informasi sumber daya genetik berbasis Web GIS. Sistem
informasi ini akan mengintegrasikan sistem informasi geografi (spasial) dan website sumber
data yang terdiri atas berbagai organisasi baik pemerintah maupun non-pemerintah

1.2. Tujuan dan Sasaran

Tujuan Tahun 2023
1. Mengembangkan prototipe sistem informasi geospasial varietas lokal berbasis Web-
GIS
2. Melakukan analisis dan identifikasi karakter penciri sebagai dasar konsep tool
analisis kemiripan antar varietas lokal

Sasaran Tahun 2023

1. Pengembangan Sistem Informasi varietas lokal tanaman pertanian
2. Pengembangan tool analysis untuk penciri varietas lokal terdaftar

1.3. Perumusan Masalah

Pemulia tanaman menghadapi tantangan yang selalu berubah sepanjang masa, baik
peningkatan produktivitas tanaman, toleransi terhadap cekaman baik biotik maupun abiotik,
preferensi konsumen dan lain-lain. Menghadapi tantangan yang selalu berubah tersebut
pemulia tanaman harus memiliki sumber gen yang bermacam-macam sesuai dengan program
pemuliaannya. Sumber gen tersebut harus teridentifikasi secara lengkap dan terinformasikan
secara baik dalam suatu sistem informasi berbasis Web-GIS yang dapat diakses dengan mudah
dan cepat oleh pengguna.
Sumber gen utama untuk perakitan varietas unggul adalah varietas lokal. Pendaftaran
varietas lokal tersebut terus bertambah setiap tahun yang diusulkan oleh Pemerintah Daerah
ke PVTPP Kementerian Pertanian. Pendaftaran varietas lokal baru tersebut memerlukan
bantuan tool/perangkat analisis yang dapat membantu mengidentifikasi kemiripan varietas
lokal baru yang hendak didaftarkan dengan varietas lokal yang telah didaftarkan lebih dahulu.
Sehingga perlu tool analysis yang terintegrasi ke dalam sistem informasi berbasis Web-GIS
tersebut untuk memudahkan tidak hanya pengelola data varietas lokal (PVTPP) tetapi pemulia
secara umum.

2. METODOLOGI

2.1 Metodologi Pengembangan Prototipe Web-GIS

Pengembangan sistem informasi geospasial berbasis Web-GIS dirancang dan disusun
dalam lingkungan sistem informasi geografis (GIS) dengan mengintegrasikan fungsi internet
yang selanjutnya dimanfaatkan sebagai tool untuk menyajikan informasi dan
mendiseminasikan suatu sistem informasi berbasis geospasial berbasis jaringan website
(Somantri et al., 2021). Dalam kegiatan ini pengembangan Web-GIS menggunakan model
dan metodologi pengembangan perangkat lunak yang dikenal dengan istilah Software
Development Life Cycle (SDLC), meskipun demikian pada pengembangan peta sebar ini
digunakan Y-Model Web GIS Development (YWDM) yang merupakan kombinasi dari metode
pengembangan perangkat lunak dalam kerangka SIG berbasis Web (Ananda et. al., 2016).
Dengan model YWDM ini pengembangan software menjadi lebih mudah, kebutuhan
pengembangan perangkat lunak dapat terdefinisi dengan baik karena kebutuhan
pengembangan perangkat lunak dengan spesifikasi spasial dapat terpenuhi.
Pendekatan Y-Model untuk membangun sistem informasi geospasial varietas tanaman
lokal dilakukan berdasarkan ketersediaan data yang selanjutnya dijadikan sebagai rancang
bangun (framework) untuk Y-Model Web GIS Development (YWDM). Tahapan
pengembangan sistem Web-GIS yang dilakukan dapat dilihat pada Gambar 1.
 Gambar 1 Metodologi Pengembangan Web-GIS Y-Model (Ananda et. al., 2016)

Metodologi pada Gambar 1 bernama YWDM diambil dari representasi diagram metodologi
dalam bentuk huruf Y. Dalam YWDM, pengembangan Sistem informasi geografis berangkat
dari dua sisi, yaitu penyusunan aplikasi dalam hal data dan teknologi GIS, dan dalam hal
aplikasi web. Secara umum, fase pengembangan dibagi menjadi 4 fase, yang kemudian diikuti
oleh fase implementasi. Tahap implementasi itu sendiri dibagi lagi menjadi beberapa tahap,
yaitu integrasi data GIS dengan aplikasi web, optimasi, pengujian, penyebaran, konfigurasi
dan pengujian pelatihan, dan pemeliharaan dan pembaruan sistem. Prototype Web- GIS tahap
pertama yang akan dikembangkan ini diharapkan dapat memudahkan pengguna melihat data
berdasarkan kelompok data identitas dan data asal. Ada 3 kelompok data yang menjadi
masukan pada prototype Web-GIS tahap pertama ini, yaitu:
1. Data identitas varietas
2. Data asal varietas
3. Data karakteristik varietas
Pada kelompok data identitas varietas, atribut data yang dimaksud dengan identitas ini meliputi
nomor tanda daftar, nama varietas dan data identitas umum. Data asal varietas meliputi data
passport, data administratif asal varietas berupa nama desa, kecamatan, kabupaten, provinsi,
negara, data pemetaan yang terdiri dari data latitude dan longitude yang didapat dari GPS.
Uraian subsistem Web-GIS yang akan dikembangkan dapat dilihat pada Gambar 2.

Gambar 2 Uraian subsistem Web-GIS yang dikembangkan

Implementasi sistem Web-GIS dalam perencanaan dan pemanfaatan data PVTPP ini
diharapkan dapat memberikan kemudahan dan informasi data varietas, lokasi asal, variabel
karakter dari tanaman dan komoditas tanaman, tinggi tanaman, lebar daun, dan sebagainya
kepada pengguna yang membutuhkan informasi tersebut untuk kebutuhan penelitian. Keluaran
dan penyaringan data yang diharapkan pada sistem Web-GIS ini minimal dapat membantu
pengguna mengetahui sebaran varietas dan memfilter data sebaran tersebut berdasarkan
komoditasnya.

2.2. Pengembangan konsep tool analysis deteksi tingkat kemiripan antar varietas lokal
Pendaftaran varietas lokal trennya terus meningkat dari tahun ke tahun, sedangkan dari
sisi jenis komoditas dan karakteristik varietas lokal yang didaftarkan oleh Pemerintah Daerah,
memiliki peluang untuk sama satu dengan yang lainnya. Sehingga diperlukan suatu metode
yang mudah dan cepat dalam mengevaluasi usulan tersebut apakah varietas yang akan
didaftarkan sebenarnya telah didaftarkan sebelumnya. Pengembangan konsep tool analisis ini
akan menggunakan beberapa pendekatan parameter genetik sebagai standar/basis
pengukurannya, di antaranya adalah jarak genetik antar varietas lokal berbasis karakter
morfologi dan karakter agronomi, serta tingkat keragaman genetik yang diukur berdasarkan
indeks Shannon. Tahap pertama dalam pengembangan konsep tool analysis ini adalah
mengidentifikasi karakter penciri dari setiap komoditas . Karakter penciri/key character ini
merupakan karakter dengan tingkat variasi tinggi, di mana pendekatan yang akan digunakan
adalah analisis komponen utama. Tahap kedua adalah mengevaluasi model jarak genetik yang
sesuai untuk diterapkan di setiap komoditas. Jarak genetik yang dipilih adalah jarak genetik
yang memiliki nilai silhouette tinggi dan stabil. Tahap ketiga adalah menghitung indeks
Shannon dari setiap karakter penciri. Data indeks Shannon dan jarak genetik ini yang nantinya
akan menjadi basis pengembangan konsep tool analysis untuk penciri varietas lokal berbasis
karakteristik tanaman.

3. HASIL DAN LUARAN KEGIATAN

Luaran dari kegiatan ini pada akhir tahun 2023 adalah sebagai berikut.
a) 1 prototipe sistem informasi varietas tanaman lokal berbasis Web-GIS
b) 1 KTI international

Purwarupa (prototipe) Sistem Informasi varietas lokal tanaman berbasis Web-GIS

mengintegrasikan data dan informasi SDG yang terpaut (linked) dengan website sumber data
informasi geografi (peta bumi). Dengan cara ini otoritas sumber data masih terjaga, meski meta
datanya dapat diketahui melalui sistem informasi ini, sehingga data dan informasi dari berbagai
sumber data tidak tumpang-tindih dan lebih efisien. Sistem informasi ini dapat dikembangkan
untuk semua SDG, tidak terbatas pada varietas lokal terdaftar, asalkan pengelola SDG yang
mempunyai Website sebagai sumber data dan informasi menyetujui untuk bekerja sama.

Gambar 3 Desain arsitektur prototipe sistem informasi sumber daya genetik tanaman pertanian
lokal
Gambar 4 Landing page prototipe sistem informasi sumber daya genetik tanaman pertanian
lokal
 Gambar 5 Peta spasial sumber daya genetik tanaman pertanian lokal

KTI Internasional
Target KTI pada kegiatan ini merupakan satu publikasi internasional pada AIP
conference prosiding berjudul “Morpho-agronomic character bring dynamics for maize core
collection development” yang saat ini statusnya accepted (dalam proses terbit di publisher), KTI
tersebut membahas tentang studi genetik tanaman jagung. Penelitian dan studi genetika
terhadap jagung saat ini semakin meningkat karena tanaman ini merupakan komoditas utama
di banyak negara. Genbank, sebagai reservoir genetik untuk kegiatan-kegiatan tersebut, perlu
meningkatkan kompetensinya dalam melestarikan plasma nutfah, termasuk mengembangkan
subset koleksi inti sebagai perwakilan keanekaragaman dari keseluruhan koleksi.

Penelitian tersebut bertujuan untuk mengetahui pengaruh pemilihan berbagai jenis

karakter tanaman yang digunakan dalam pengembangan koleksi inti dengan menggunakan
perangkat lunak Core Hunter 3. Sembilan karakter kernel dari 1.279 aksesi jagung dan 19
karakter morfo-agronomi dari 560 aksesi digunakan untuk mengembangkan tiga set koleksi inti
dengan target ukuran inti sebanyak 150 aksesi. Hasil penelitian menunjukkan hasil yang tidak
diharapkan karena penambahan karakter morfo-agronomi pada pengembangan koleksi inti
jagung ternyata tidak mampu meningkatkan sifat keanekaragaman inti. Hal ini ditunjukkan
dengan semakin rendahnya nilai indeks Shannon, VD, VR, dan CR sebagai parameter yang
mewakili seberapa besar variasi yang dapat dipertahankan oleh inti.

Informasi penting yang diperoleh dari kegiatan ini adalah telah diperoleh ketiga koleksi
inti dengan memilih 14 aksesi yang sama dengan anggota inti. Aksesi-aksesi tersebut, yang
dipilih oleh tiga inti, dapat dikategorikan sebagai aksesi yang memberikan kontribusi paling
besar terhadap keanekaragaman koleksi plasma nutfah jagung dan dapat diprioritaskan untuk
konservasi jangka panjang dan kajian genetik penting dalam penelitian dan pengembangan
jagung. Hasil penelitian ini menjadi bukti yang terbukti mengenai dinamika pengembangan
koleksi inti.
● PURWARUPA/PROTOTIPE
Target : 1 Purwarupa/Prototipe
Realisasi : 1 Purwarupa/Prototipe
NO NAMA PURWARUPA
1 Gita Citra Puspita, Niken Fitria Apriani,
Sistem Informasi
Sumber daya genetik
tanaman pertanian
INVENTOR PROGRES (%) STATUS (Lab,
Scale Up,
Sebenarnya)
Dalam
-kompilasi data varietas lokal (100%)
proses
Andy Bhermana, Muhamad Sabran, -Tabulasi data paspor varietas lokal (70%) (80%)
Andari Risilawati, Hakim Kurniawan,
-perancangan design Web-GIS dalam
Susilawati, Yusi Nurmalita, Setyorini
bentuk modular (100%)
Widyayanti, Puji Lestari
-Persiapan infrastruktur pengembangan
sistem Web-GIS (100%)
● PUBLIKASI
Target : 1 Publikasi
Realisasi : 1 Publikasi

NO JUDUL PENGARANG PROGRES STATUS (Draft, NAMA URL/DOI

(%) Submitted, Review, JURNAL/PROSIDING
Accepted, Published)

A INTERNASIONAL

1 Morpho-agronomic Andari Risliawati, Puji 90% Proses terbit di AIP Conference https://drive.google.com/file/d/1SvLr1s_gc
qkOVg2LjpKd56U4SLxj6Jl_/view?usp=shar
character bring dynamics Lestari, Sobir, publisher Proceeding ing
for maize core collection Trikosoemaningtyas,
development Willy Bayuardi
….. Suwarno, Yusi N.
Andarini, Muhamad
Sabran, Nurul
Hidayatun
 DAFTAR PUSTAKA
Somantri., A Sujjada., dan D T Fatimatuzahra. 2023. Implementation of Web-GIS Forest Resource
Potential Mapping Using Y-Model. Inform : Jurnal Ilmiah Bidang Teknologi Informasi dan
Komunikasi Vol.8 No.2 July 2023: 147-153.

Widjaja, E.A., Y. Rahayuningsih, J.S. Rahajoe, R. Ubaidilah, I. Maryanto, E.B. Walujo dan G.
Semiadi. 2014. Kekinian Keanekaragaman Hayati Indonesia. Jakarta : LIPI Press, 2014.

Shiva, V. 1994. Keragaman Hayati : Dari bioimperialisme ke biodemokrasi. PT. Gramedia.

Moeljopawiro, S. 2008. International Treaty on Plant Genetic Resources for Food and Agriculture
(ITPGRFA). Dalam Merajut Penyepakatan Pembagian Keuntungan yang Adil dan
Seimbang Kumpulan Tulisan Mengenai Akses Terhadap Sumber Daya Genetik dan
Pembagian Keuntungan atas Pemanfaatannya. Jakarta : Kerjasama antara Kementerian
Lingkungan Hidup, Departemen Luar Negeri, Departemen Pertanian, dan Yayasan
KEHATI, 2008. Hal. 29-35.

Permentan, 2021. Peraturan Menteri Pertanian Republik Indonesia nomor 29 tahun 2021
tentang Penamaan dan dan Pendaftaran Varietas Tanaman.

Ananda, F., Kuria, D. N., dan Ngigi, M. M. 2016. Towards a new methodology for web GIS
development.