2/12/2024

TAKSONOMI MIKROBA
• Taxon = taxa = taxis
= arrangement/grouping /klasifikasi
• Pengertian
Penyusunan secara sistematis mikroorganisme dalam
berbagai kelompok atau kategori berdasarkan pola
tertentu (meliputi klasifikasi, nomenklatur dan
identifikasi), al :
Klasifikasi merupakan penyusunan mikroorganisme ke
dalam grup berdasarkan kesamaan dan hubungan evolusi
Nomenklatur terkait dengan penamaan dalam grup
taxonomy yang sesuai dgn aturan yg disepakati
Identifikasi merupakan proses penentuan (secara praktis)
bahwa suatu isolat tertentu termasuk ke dalam takson
yang sudah diketahui atau diakui
Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan
3
Mikrobiologi FMIPA

• Ada dua cara umum sistem klasifikasi dapat

dibangun.
– berdasarkan kesamaan keseluruhan untuk
membentuk sistem fenetik/fenotip
– berdasarkan kemungkinan hubungan evolusi
untuk menghasilkan sistem filogenetik

1
 2/12/2024

POLA KLASIFIKASI SISTEM

1. Klasifikasi phenetic
Pengelompokan berdasarkan sifat fenotip dan kesamaan
karakteristik secara anatomi dan struktur morfologi dari
suatu organisme yg dpt diamati oleh mata.
contoh sifat fenotif : flagella, dll

2. Klasifikasi phylogenic
- Seorang ahli biologi mulai mencoba mengembangkan sistem
klasifikasi filogenetik atau filetik yang didasarkan pada sistem
evolusi kekerabatan (bukan berdasarkan kemiripan)
- Sistem ini sulit dilakukan untuk prokariot dan
mikroorganisme tertentu (bakteri), karena tidak tersedianya
catatan tentang fosil yang baik (sel bakteri ukurannya sangat
kecil)

Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan

5
Mikrobiologi FMIPA

SEJARAH TAKSONOMI
• Diperkirakan planet bumi berumur 4,6 miliar
tahun
• Sistem solar terbentuk ketika suatu bintang besar
yang sangat panas meledak dan menghasilkan
bintang baru yang disebut matahari dan
beberapa komponen lain dari sistem solar kita
• Fosil sisa sel prokariotik sekitar 3,5 hingga 3,8
miliar tahun telah ditemukan pada
stromatolite/sedimen batuan berlapis yg
ditumbuhi mikroba (primitif)

2
 2/12/2024

• Setelah bumi mengalami proses pendinginan,

fosil stromatolit membentuk lapisan mikroba
berupa cyanobacteria dan mikroorganisme
lainnya serta muncul prokariot (paling awal
bersifat anaerob)
• Cyanobacteria dan oksigen hasil fotosintesis
telah berkembang (sekitar 2,5–3 miliar tahun
lalu)
• Keragaman mikroba meningkat pesat seiring
terbentuknya oksigen yang lebih banyak

• Lanjutan
• Darwin (1859) dalam publikasinya → On the
Origin of Species (tentang asal usul spesies)

3
 2/12/2024

KONSEP
• Pengelompokan mikroorganisme berdasarkan
karakteristik, morfologi, fisiologis, metabolik,
ekologi dan genetik, serta karakteristik molekuler
semuanya berguna dalam taksonomi karena
mencerminkan susunan dan aktivitas genom
• Urutan asam nukleat merupakan indikator terbaik
dari filogenik dan kekerabatan mikroba
• Mengapa asam nukleat begitu penting dalam
taksonomi?
• Materi genetik/materi pembawa informasi?
• Produk akhirnya?

Lanjutan
• Prokariot kemudian terbagi menjadi kelompok
berbeda berdasarkan urutan rRNA (Carl Woese
dkk) → Bakteri dan Archaea
• Digambarkan dalam pohon filogenetik yang
terbelah menjadi 3 cabang utama yang mewakili
3 kelompok utama:
Bakteri, Archaea, Eucarya
• Ketiga kelompok itu disebut domain dan
ditempatkan di atas filum
– Dan tingkatan kerajaan (kerajaan tradisional
didistribusikan di antara 3 domain ini

10

4
 2/12/2024

Kingdom

Phyllum

Class
POLA/HIRARKI TAKSONOMI
(tingkatan dari atas ke bawah) Ordo

Family

Genus

Spesies

Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan

11
Mikrobiologi FMIPA

11

12

5
 2/12/2024

Perkembangan Taksonomi
• Taksonomi bakteri berubah dengan cepat
karena diperoleh data baru, dengan
penggunaan teknik molekuler yang
membandingkan struktur RNA ribosom dan
urutan kromosom →→ klasifikasi filogenetik
baru
• Akan tetapi pendekatan yang tradisional
masih memiliki nilai prediktif dan manfaat
yang besar.

13

• Edisi pertama Bergey’s Manual of Systematic

Bacteriology mengelompokkan prokariot
sebagian besar berdasarkan fenotipik, yaitu
cara yang mudah, seperti karakteristik bentuk,
sifat pewarnaan Gram, kebutuhan oksigen,
dan motilitas.
• Edisi kedua adalah pengelompokan secara
filogenetik dan mendistribusikan prokariot di
antara dua domain dan 25 filum

14

6
 2/12/2024

Kriteria Umum
didasarkan pada uji karakteristik yang meliputi semua
fenom (genotip dan fenotip) organisme
1. karakteristik kultur
2. morfologi (bentuk, ukuran, endospora dll)
3. karakteristik fisiologi
4. karakteristik biokimia/metabolisme
5. cara reproduksi
6. komposisi kimia
7. kebutuhan nutrisi
8. ekologi/lingkungan mikroorganisme
9. analisis genetik/genom
10. tes serologi
Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan
15
Mikrobiologi FMIPA

15

Sifat-sifat fisiologik dan metabolik yang digunakan

untuk klasifikasi dan identifikasi

▪ sumber karbon ▪ luminescensce

▪ komposisi kimia dinding sel ▪ motilitas
▪ sumber energi ▪ ketahanan osmosis
▪ produk fermentasi ▪ kebutuhan oksigen
▪ jenis nutrisi ▪ pigmen fotosintesis
▪ range temperature optimum ▪ pembentukan metabolit
pertumbuhan sekunder
▪ range pH optimum ▪ kepekaan terhadap
pertumbuhan antibiotik
▪ mekanisme perubahan
energi

Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan

16
Mikrobiologi FMIPA

16

7
 2/12/2024

5 Kelompok Utama Mikroorganisme

Berdasarkan Kriteria/Karakteristik
1. Karakteristik kultur
Penampakan koloni memberikan tambahan
informasi dalam teknik identifikasi
mikroorganisme berupa ukuran, bentuk,
pigmentasi, dan tekstur.

Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan

17
Mikrobiologi FMIPA

17

Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan

18
Mikrobiologi FMIPA

18

8
 2/12/2024

2. Karakteristik Morfologi
Morfologi merupakan karakter penting karena
mudah dipelajari dan dianalisis (terutama untuk
mikroorganisme eukariot dan prokariot yg lebih
kompleks). Selain itu perbandingan morfologi sangat
bermanfaat sebab bentuk struktural merupakan
ekspresi dari gen (yang bersifat stabil secara genetik
dan sangat tidak dipengaruhi oleh perubahan
lingkungan). Jadi kesamaan morfologi merupakan
suatu indikasi yg baik dari sistem filogenik.
Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan
19
Mikrobiologi FMIPA

19

Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan

20
Mikrobiologi FMIPA

20

9
 2/12/2024

Green Mold (Trichoderma harzianum)(10)

Staphylococcus aures(5)

Black Mold (Aspergillus nidulaus)(11

Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan
21
Mikrobiologi FMIPA

21

3. Karakteristik fisiologik dan metabolik

Karakter ini juga sangat bermanfaat sebab
berhubungan langsung dengan sifat dan
aktivitas enzim/protein mikroba. Analisis
protein (protein merupakan produk gen)
dapat membuktikan secara tidak langsung
perbandingan genom mikroba.

Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan

22
Mikrobiologi FMIPA

22

10
 2/12/2024

4. Karakteristik Ekologi
Mikroorganisme dapat dibedakan berdasarkan sifat-
sifat ekologinya.
Mikroorganisme yang hidup di berbagai bagian
tubuh manusia sangat berbeda satu dengan yang
lainnya, demikian juga yang tumbuh di lingkungan air
tawar, garis pantai dan laut. Sifat dari hubungan
simbiosis, dan kemampuan menimbulkan penyakit
(patogenitas) terhadap hospes tertentu sangat
berguna secara taksonomi.

Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan

23
Mikrobiologi FMIPA

23

5. Analisis Genetik
Adanya pertukaran gen kromosom melalui transformasi dan
konjugasi dapat merupakan informasi penting untuk klasifikasi
mikroba.
Untuk bakteri yang tumbuh dan hidup pada usus (bakteri
enterik), seperti genera Escherichia dapat berkonjugasi
dengan genera Salmonella dan Shigella tetapi tidak dengan
Proteus dan Enterobacter
Oleh karena itu ke 3 genera yg disebut pertama berkerabat
sangat dekat dibandingkan dengan Proteus dan Enterobacter.

Recent advances in genomics, the study of an organism’s

genes, have provided new tools for classifying
microorganisms.

Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan

24
Mikrobiologi FMIPA

24

11
 2/12/2024

Pembatasan Sifat-sifat mikroba

• Sebelum thn 1700 (belum ditemukan mikroorganisme),

semua benda hidup yang dapat dilihat, dianggap
sebagai Animal & Plantae
• Thn 1838, diperkenalkan teori sel (Mathias Schleiden &
Theodore Schawann) → sel dinyatakan sebagai unit
dasar kehidupan.
• Haeckel (1866) → mahluk hidup jenis peralihan →
PROTISTA
• Awal abad ke 19 → dikenal sel prokariot dan eukariot

Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan

25
Mikrobiologi FMIPA

25

Contoh susunan hirarki dalam taksonomi

KINGDOM PROCARIOT

DEVISI Graciculates Firmiculates Tenericulates Mendosicutes

CLASS
Scotobacteria Anoxyphotobacteria Oxyphotobacteria
e

FAMILY
Enterobacteriacea Vibronaceae Pasteurellaceae
e

Escherichia Shigella Salmonella Citrobacter Klebsiella Serattia Proteus

GENUS
Enterobacter

SPESIES S. dysentriae S. boydii S. flexneri S. sonnei

Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan

26
Mikrobiologi FMIPA

26

12
 2/12/2024

Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan

27
Mikrobiologi FMIPA

27

Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan

28
Mikrobiologi FMIPA

28

13
 2/12/2024

Sistem Lima KINGDOM

Saat ini organisme hidup dikelompokkan → 5 Kingdom

(Robert Whittacher), didasarkan atas 3 kriteria :
1. Tipe sel : eukariot dan prokariot
2. Tingkat organisasi sel : soliter, uniseluler yg
membentuk koloni (multiseluler)
3. Jenis nutrisi yang digunakan

Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan

31
Mikrobiologi FMIPA

31

1. Monerra atau Prokariot

- Meliputi seluruh sel organisme prokariot.
- Organisasi sel : soliter (uniseluler)
- Pengambilan nutrisi: absorpsi
2. Prostista
merupakan sel eukarotik dengan sistem
uniseluler berbentuk soliter atau koloni (tdk
berupa jaringan sejati). Sistem nutrisi dicerna,
absorpsi atau fotoautotrof. Contoh: algae,
protozoa dan fungi (yg sederhana)
Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan
32
Mikrobiologi FMIPA

32

14
 2/12/2024

3. Fungi
Merupakan sel eukarotik dg sel yg memilki banyak inti
yg dipisahkan oleh dinding sel (disebut miselium
berseptat). Pengambilan nutrisi dg cara absorpsi
4. Animal
Merupakan hewan multisel dg sel eukariotik tanpa
dinding sel, bersifat aerob.
Sistem nutrisi dengan cara mencerna.
5. Plantae
Merupakan tanaman multiseluler dengan tipe sel
eukariotik berdinding sel dan sistem nutrisi
fotoautotrof.

Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan

33
Mikrobiologi FMIPA

33

NOMENKLATUR/PENAMAAN MIKROBA (Sistem

Binomial)
• Terdiri atas 2 kata Latin/Greek → genus & spesies yg ditulis miring
(italik) or digarisbawahi
Genus → bentuk organisme : Bacillus, Clostridium
nama penemu : Pasteurella, Brucella
sifat spesifik : Cirrhosis
Spesies → merupakan keterangan terhadap genus
• Contoh:
- Bacillus anthracis (bentuk batang, penyebab antraks)
- Spirillum rubrum (bentuk spiral, berwarna merah)
- Neiesseria gonorrhoae (Albert Neisseria, kencing nanah)
- Pasteurella pestis (Louis Pasteur, penyakit pes)
- Brucella abortus

Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan

34
Mikrobiologi FMIPA

34

15
 2/12/2024

• Strains → ditunjukkan dengan huruf aaau

nomor

Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan

35
Mikrobiologi FMIPA

35

Istilah/nama ilmiah
• Kuman sifilis → Treponema pallidum
• Kuman tifoid → Salmonella typhosa
• Basil Koch atau TB → Mycobacterium (M.)
tuberculosis

Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan

36
Mikrobiologi FMIPA

36

16
 2/12/2024

PUSAT KOLEKSI KULTUR

• ATCC (USA)
• DSMZ (Germany)
• UICC
• InaCC

Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan

37
Mikrobiologi FMIPA

37

Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan

38
Mikrobiologi FMIPA

38

17
 2/12/2024

39

Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan

40
Mikrobiologi FMIPA

40

18
 2/12/2024

Prokaryotae
a. Prokaryotic, unicellular, absorptive
b. Bacteria
1). Eubacteria - “true” bacteria
2). Archaebacteria – “ancient” (primitive)
bacteria
- Extreme acidophiles
- Extreme thermophiles
- Extreme halophiles
- Methanogens produce methane gas from CO2

Siswati Setiasih. Lab. Biokimia dan

41
Mikrobiologi FMIPA

41

eukarotic cell

prokaryotic cell

42

19