BORANG

LAPORAN PRAKTIKUM
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

No. Dokumen
Berlaku sejak

FO-UGM-BI-07-09
03 Maret 2008

Revisi

00

Halaman

1 dari 15

LAPORAN SISTEMATIKA MIKROBIA

KARAKTERISASI DAN KLASIFIKASI BAKTERI DENGAN METODE TAKSONOMI
NUMERIK-FENETIK

Disusun Oleh :
Nama

: Alfian Silvia Krisnasari

NIM

:11/315952/BI/08682

Gol./Kel.

: Selasa/ 4

Asisten

: Retno Setyasti

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI
FAKULTAS BIOLOGI
UNIVERSITAS GADJAH MADA
YOGYAKARTA
2013
I.

PENDAHULUAN

BORANG
LAPORAN PRAKTIKUM
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

No. Dokumen
Berlaku sejak

FO-UGM-BI-07-09
03 Maret 2008

Revisi

00

Halaman

2 dari 15

A. Latar Belakang
Taksonomi merupakan suatu langkah dalam pengelompokan jasad hidup di dalam
kelompok atau takson yang sesuai. Pertama kali, pengelompokan ini hanya dilakukan
dalam lingkungan tumbuh-tumbuhan dan hewan, namun ternyata mikroba pun dapat
digunakan. (Felsenstein, 1981; Nei dan Kumar, 2000). Dalam taksonomi organisme
terdiri dari tiga bagian, yaitu nomenklatur, klasifikasi, dan identifikasi. Nomenklatur
merupakan kegiatan pemberian nama, sedangkan identifikasi berarti penetapan
organisme menggunakan kriteria-kriteria yang ditetapkan dalam klasifikasi. Klasifikasi
adalah tahap pengelompokkan suatu mikrobia berdasarkan sifat-sifat beda. ( Nicklin,
et.al.,1999 ).
Klasifikasi dan identifikasi mikroorganisme haruslah diketahui terlebih dahulu
karakteristik atau ciri-ciri mikroorganisme. Oleh karena ukurannya yang sangat kecil,
tidaklah mungkin untuk mempelajari 1 mikroorganisme saja, sehingga yang dipelajari
adalah karakteristik suatu biakan yang merupakan populasi dari suatu mikroorganisme
(Loy, 1994). Karena berbeda dengan tanaman dan hewan, sistematika mikrobia memiliki
cara khusus untuk memetakan keanekaragaman spesies makhluk mikrobia dalam hal
klasifikasi. Dalam klasifikasi mikrobia, terdapat tiga macam cara yaitu klasifikasi
artificial, klasifikasi fenetik, dan klasifikasi filogenetik. Contoh penarapan klasifikasi
fenetik adalah pada taksonomi numerik. (Boone and Castenholz.2001)
Menurut

Boone

&

Castenholz

(2001)

taksonomi

numerik

merupakan

pengelompokkan suatu unit taksonomi dengan metode numerik ke dalam taksa tertentu
berdasarkan atas karakter yang dimiliki, dimana taksonomi numerik memiliki tujuan
utama yaitu untuk menghasilkan suatu klasifikasi yang bersifat teliti, reprodusibel serta
padat informasi. Taksonomi numerik juga dikenal sebagai Taksonomi Adansonian.
Taksonomi numerik ini berdasarkan atas lima prinsip utama, yaitu taksonomi yang ideal
yang merupakan taksonomi yang mengandung informasi terbesar, dimana masing-masing
karakter diberi nilai yang setara dalam mengkonstruksikan takson yang bersifat alami,
tingkat kedekatan antara dua strain merupakan fungsi proporsi similaritas sifat yang
dimiliki bersama, taksa yang berbeda dibentuk berdasarkan atas sifat yang dimiliki, dan
similaritas tidak bersifat filogenetis melainkan bersifat fenetis.

BORANG
LAPORAN PRAKTIKUM
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

No. Dokumen
Berlaku sejak

FO-UGM-BI-07-09
03 Maret 2008

Revisi

00

Halaman

3 dari 15

Ciri penting atau karakter yang digunakan dalam taksonomi numerik-fenetik pada
umumnya merupakan karakter strain bakteri secara fenotipik. Karakter fenotipik yang
digunakan antara lain adalah : (i) karakter morfologis; (ii) karakter pengecatan; (iii) uji
degradasi; (iv) uji biokimiawi; (v) uji sumber karbon; dan (vi) uji toleransi terhadap
substansi

tertentu.

Hasil

akhir

taksonomi

ini

berbentuk

dendrogam

yang

merepresentasikan kesamaan sifat antarstrain bakteri. (Priest and Austin, 1993; Saliro and
Talaro, 1999)
Taksonomi

fenetik

merupakan

suatu

sistem klasifikasi

mikroba

tanpa

mempertimbangkan sifat evolusioner. Pengukuran kekerabatan berdasarkan sifat fenotip

dan genotip, misalnya penentuan sifat biokimia, morfologi, fisiologi, kimiawi dan
pembedaan DNA. Salah satu cara yang paling mudah dalam membandingkan Operational
Taxonomical Unit (OTU) adalah dengan mencari jumlah karakter yang identik diantara
masing-masing individu yang disebut sebagai koefisien asosiasi (Stanier, dkk., 1982).
Koefisien pada Klasifikasi numeric fenetik ini terdiri atas dua jenis yaitu, Simple
Matching Coeficient (Ssm) dan Jaccard Coeficient (SJ). Ssm merupakan koefisien
similaritas yang umum digunakan pada ilmu bakteriologi untuk mengukur proporsi
karakter yang sesuai, baik hubungannya bersifat ada (positif) maupun tidak ada (negatif).
Sedangkan SJ dihitung, tanpa memperhitungkan karakter yang tidak dimiliki oleh kedua
organisme tersebut (Felsenstein, 1981). Fenetik merupakan suatu studi klasifikasi
berbagai macam organisme berdasarkan kesamaan atau kemiripan morfologi dan sifat
lainnya yang bisa diobservasi tidak tergantung pada asal evolusi organisme bersangkutan.
Jadi dalam studi ini, lebih ditekankan adanya proses konvergensi evolusi. Derajat
kesamaan sejumlah karakterisitk dalam taksonomi digambarkan dalam dendogram.
(Harly, 2005).
Kapang (mold) merupakan anggota regnum Fungi yang biasanya tumbuh pada
permukaan makanan yang sudah basi atau terlalu lama tidak diolah. Sebagian besar
kapang merupakan anggota dari kelas Ascomycetes. Kapang bereproduksi dengan
menggunakan spora. Spora kapang terdiri dari dua jenis, yaitu spora seksual dan spora
aseksual. Spora aseksual dihasilkan lebih cepat dan dalam jumlah yang lebih banyak
dibandingkan spora seksual. Spora aseksual memiliki ukuran yang kecil (diameter 1-10

BORANG
LAPORAN PRAKTIKUM
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

No. Dokumen
Berlaku sejak

FO-UGM-BI-07-09
03 Maret 2008

Revisi

00

Halaman

4 dari 15

m) dan ringan, sehingga penyebarannya umumnya secara pasif menggunakan aliran

udara. Apabila spora tersebut terhirup oleh manusia dalam jumlah tertentu akan
mengakibatkan gangguan kesehatan. (Alcamo, 1998)

B. Tujuan
Tujuan dari praktikum ini adalah memahami klasifikasi numerik fenetik pada beberapa
strain kapang berdasarkan ciri-ciri yang teridentifikasi, menghitung dan membuat tabel indeks
similaritas baik similaritas Ssm maupun Ssj. Memahami teknik pengklusteran dan dendogram
similaritas baik secara Ssm maupun secara Ssj. Mengetahui nilai koefisien mana yang lebih
akurat dari nilai koefisien Ssm atau Ssj pada klasifikasi kapang tersebut.

II.

METODE
A. Alat dan Bahan
Alat-alat yang digunakan dalam praktikum acara ini adalah cawan petri, tutup
dari cawan petri, ose, pembakar spiritus, jarum enten, mikroskop cahaya, gelas benda,
pipet tetes, inkubator, kalkulator, laptop, dan alat tulis.
Bahan-bahan yang digunakan dalam praktikum ini adalah kultur kapang strain
A, B, C, D, E, dan F; medium pertumbuhan berupa PDA (Potato Dextrose Agar),
MEA, dan Czapeck Dox Agar; dan larutan jodium (JKJ).

B. Cara Kerja
Dalam praktikum ini, terdapat berbagai langkah kerja yang harus dilakukan.
Langkah-langkah kerja tersebut adalah sebagai berikut:

BORANG
LAPORAN PRAKTIKUM
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

No. Dokumen
Berlaku sejak

FO-UGM-BI-07-09
03 Maret 2008

Revisi

00

Halaman

5 dari 15

Karakteristik pertumbuhan
Strain kapang ditumbuhkan ke dalam berbagai media pertumbuhan (PDA,
MEA, dan Czapeck Dox Agar). Kemudian, diamati berbagai karakternya, meliputi
kecepatan pertumbuhan (lebat, sedang, atau lambat), warna koloni bagian atas, warna
koloni bagian bawah, pigmen terlarut (ada atau tidak), dan permukaan koloni (wooly,
felevate, atau powdering).
Morfologi hifa
Hifa pada masing-masing strain kapang yang ditumbuhkan pada PDA diambil
dengan jarum enten, kemudian diletakkan di atas gelas benda, dan diamati secara
mikroskopis untuk melihat struktur hifa. Karakter yang diamati adalah ada atau
tidaknya sekat pada hifa kapang.
Tipe spora seksual
Kapang yang ditumbuhkan pada medium PDA diamati ada atau tidaknya spora
seksual secara mikroskopis. Spora seksual yang diamati adalah oospora, zygospora,
dan askospora.
Tipe spora aseksual
Kapang yang ditumbuhkan pada medium PDA diamati ada atau tidaknya spora
aseksual secara mikroskopis. Spora aseksual yang diamati adalah klamidospora,
sporangiospora, dan konidiospora.
Karakteristik sporangia
Kapang yang ditumbuhkan pada medium PDA diamati bentuk sporangianya
secara mikroskopis, apakah sporangianya berbentuk bulat atau lonjong.
Karakteristik spore head bearing conidia
Kapang yang ditumbuhkan pada medium PDA diamati karakteristik spore
head bearing conidia secara mikroskopis, yang meliputi kolumela, vesikel, metula,
phiallide, dan konidia (ada atau tidaknya struktur tersebut pada bagian spore head
bearing kapang).
Karakteristik sporangiofor
Kapang yang ditumbuhkan pada medium PDA diamati karakteristik
sporangiofornya secara mikroskopis, apakah bercabang atau tidak bercabang.

BORANG
LAPORAN PRAKTIKUM
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

No. Dokumen
Berlaku sejak

FO-UGM-BI-07-09
03 Maret 2008

Revisi

00

Halaman

6 dari 15

Struktur tambahan
Kapang yang ditumbuhkan pada medium PDA diamati ada atau tidaknya
struktur tambahan pada preparat kapang secara mikroskopis. Struktur tambahan yang
diamati meliputi sel kaki, stolon, rhizoid, apophysis, dan sklerotia.
Karakterisasi fisiologis
Masing-masing strain kapang ditumbuhkan dalam medium pati agar plate.
Setelah diinkubasikan selama 1-2 minggu, koloni yang tumbuh ditetesi dengan larutan
jodium (JKJ). Plate didiamkan sebentar agar kapang bereaksi dengan penambahan
JKJ. Apabila terdapat zona jernih atau perubahan warna menjadi biru tua keunguan,
hasilnya positif.
Setelah data dari berbagai karakter kapang diperoleh, maka dilakukan analisis
data. Analisis data diawali dengan penghitungan nilai similaritas, baik SSM (Simple
Matching Coefficient) maupun SJ (Jaccard Coefficient).

Keterangan : a = jumlah karakter (+) untuk tiap strain; b = jumlah karakter (+)
untuk strain pertama dan (-) untuk strain kedua; c = jumlah karakter (-) untuk strain
pertama dan (+) untuk strain kedua; d = jumlah karakter (-) untuk tiap strain.
Kemudian, dari nilai similaritas yang diperoleh, dibuat matriks similaritas n x t.
Setelah itu, dilakukan konstruksi dendogram menggunakan Average Linkage
(UPGMA). Lalu, dilakukan analisis kofenetik-korelasi terhadap dendogram yang telah
dibuat, yang menghasilkan nilai r. Nilai r

60% merupakan nilai r yang dapat

diterima.

dengan : x = Data dalam matriks similaritas; y = Data dalam matriks similaritas

turunan dendrogram; n = Jumlah pasangan strain

BORANG
LAPORAN PRAKTIKUM
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

No. Dokumen
Berlaku sejak

FO-UGM-BI-07-09
03 Maret 2008

Revisi

00

Halaman

7 dari 15

(Goodfellow and Dicknison, 1995)

C. HASIL DAN PEMBAHASAN

A. HASIL
Berikut ini merupakan tabel karakter, tabel similaritas, pengklusteran dan dendogram
koefisien Ssm dan Ssj hasil

hasil praktikum Sistematika Mikrobiologi di Laboratorium

Parasitologi Fakultas Biologi Universitas Gadjah Mada, didapatkan 46 karakter .

NO

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18

STRAIN
A
B
C
D
UNIT KARAKTER KAPANG
Pertumbuhan Koloni
lebat
+
+
+
sedang
tipis
+
Warna Koloni Bagian Atas
putih
+
hitam
+
coklat
+
hijau
+
kuning
Warna Koloni Bagian Bawah
abu-abu
+
krem
+
+
coklat
+
Karakteristik Pertumbuhan
pigmen terlarut
+
dalam medium
Morfologi Hifa
bersekat
+
+
tidak bersekat
+
+
Karakteristik Miselium
jernih
+
berwarna
Tipe Spora Aseksual
sporangiospora
+
+
+
konidiospora
+
KARAKTER

+
-

+
-

+
-

+
-

+
-

+
-

+
-

+
-

+
-

+
-

BORANG
LAPORAN PRAKTIKUM
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41

42
43
44
45
46

No. Dokumen
Berlaku sejak

FO-UGM-BI-07-09
03 Maret 2008

Revisi

00

Halaman

8 dari 15

Karakteristik Spora aseksual: Bentuk Spora

spherical
+
+
+
ovate
obovate
+
pyriform
+
obpyriform
elipsoid
silindrical
oblong
allantoid
falcate
fusoid
filiform
Karakteristik Spora aseksual: Ornamen pada Spora
reticulate
ferrucose
+
punctate
striate
+
echinate
+
alveolate
Karakteristik Spore Head Bearing Conidia: Susunan Phialides
radiate head
+
+
+
columnar head
+
Karakteristik Konidiofor
bercabang
+
tunggal
+
+
+
+
dalam berkas
(bercabang pada
sekat)
Sturktur Tambahan
stolon
+
rhizoid
sel kaki
+
apophysis
Karakteristik Fisiologis
hidrolisis amilum
+
+
+
+
+

+
+
+
+
-

+
+

BORANG
LAPORAN PRAKTIKUM
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

A
100

73.9130435

Matriks SSM
C

A
B
C

71.73913043

100
67.3913

71.73913043

67.3913

82.60869565

71.73913043

69.5652
2
71.7391
3

100
73.9130
4
71.7391
3
78.2608
7

No. Dokumen
Berlaku sejak

FO-UGM-BI-07-09
03 Maret 2008

Revisi

00

Halaman

9 dari 15

100
76.0869
6

100

82.6087

80.4347
8

10
0

Klustering Analysis Ssm

A
E
B
C
D
F
100 A
E
B
C
D
F
90 A
E
B
C
D
F
82.609
(AE)
B
C
(DF)
80
(AE)
B
C
(DF)
76.087
((AE)B))
(C(DF))
72.222
(((AE)B)(C(DF)))

Matriks Turunan SSM

C
D

100

A
B
C
D
E
F

76.087
72.222
72.222
82.609
72.222

AD

SSM
X
73.9130
4
71.7391
3
71.7391
3

AE

82.6087

AB
AC

100
72.222
72.222
76.087
72.222

76.087
72.222
72.222
82.609

100
76.087
72.222
76.087

XY
5623.821739
5181.143478
5181.143478
6824.221739

100
72.222
82.609

X2
5463.13
8
5146.50
3
5146.50
3
6824.19
7

100
72.222

100

Y2
5789.231569
5216.017284
5216.017284
6824.246881

BORANG
LAPORAN PRAKTIKUM
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

AF

71.7391
3

BC

67.3913

BD

67.3913
69.5652
2
71.7391
3
73.9130
4
71.7391
3
78.2608
7
76.0869
6

BE
BF
CD
CE
CF
DE
DF
EF

82.6087
80.4347
8
1110.87

A
B
C
D
E
F

A
1000
25
18.75
18.75
46.66666667
23.52941176

72
72.222
72.222
76.087
72.222
76.087
72.222
76.087
72.222
82.609
72.222
1119.56
4

5146.50
3
4541.58
8
4541.58
8
4839.31
9
5146.50
3
5463.13
8
5146.50
3
6124.76
4
5789.22
5
6824.19
7
6469.75
4
82613.4
2

5181.143478
4867.134783
4867.134783
5293.008696
5181.143478
5623.821739
5181.143478
5954.634783
5495.152174
6824.221739
5809.16087
83088.03043

Matriks SSJ
B
C
100
16.66667
100
16.66667
25
26.31579 27.77778
27.77778
37.5

No. Dokumen
Berlaku sejak

FO-UGM-BI-07-09
03 Maret 2008

Revisi

00

Halaman

10 dari 15

5216.017284
5216.017284
5216.017284
5789.231569
5216.017284
5789.231569
5216.017284
5789.231569
5216.017284
6824.246881
5216.017284
83749.57559

100
35.29412
100
46.66667 47.05882

Klustering Analysis Ssj

A
B
C
100 A
B
C
90 A
B
C
80 A
B
C
70 A
B
C
60 A
B
C
50 A
B
C

D
D
D
D
D
D
D

E
E
E
E
E
E
E

100

F
F
F
F
F
F
F

BORANG
LAPORAN PRAKTIKUM
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI
47.059
40.98
40
30.093
30
26.92
22.486

A
A
B
C
D
E
F

B
100
22.486
26.924
26.924
26.924
26.924

AB

X
25

AC

18.75

AD

18.75
46.6666
7
23.5294
1
16.6666
7
16.6666
7
26.3157
9
27.7777
8
25
27.7777
8
37.5
35.2941
2
46.6666

AE
AF
BC
BD
BE
BF
CD
CE
CF
DE
DF

A
A
A
A
A
B

B
B
B
B
B

C
C
C

26.924
26.924
26.294
27
22.486
22.486
22.486
22.486
30.093
30.093
30.093
40.98
40.98

Revisi

00

Halaman

11 dari 15

(EF)
(D(EF))
(D(EF))
(C(D(EF)))
(C(D(EF)))
(A(C(D(EF))))
(B(A(C(D(EF)))))

100
30.093
30.093
30.093

22.486

FO-UGM-BI-07-09
03 Maret 2008

Matriks Turunan SSJ

C
D
100
22.486
22.486
22.486
22.486

No. Dokumen
Berlaku sejak

100
40.98
40.98
XY
562.15
504.825
504.825

1227.053333
633.5058824
374.7666667
374.7666667
591.7368421
624.6111111
752.325
835.9166667
1128.4875
1446.352941
1912.4

100
47.059
X2
625
351.562
5
351.562
5
2177.77
8
553.633
2
277.777
8
277.777
8
692.520
8
771.604
9
625
771.604
9
1406.25
1245.67
5
2177.77

100
Y2
505.620196
724.901776
724.901776
691.374436
724.901776
505.620196
505.620196
505.620196
505.620196
905.588649
905.588649
905.588649
1679.3604
1679.3604

BORANG
LAPORAN PRAKTIKUM
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

EF

7
47.0588
2
439.420
4

47.059
438.794

2214.541176
13688.26379

No. Dokumen
Berlaku sejak

FO-UGM-BI-07-09
03 Maret 2008

Revisi

00

Halaman

12 dari 15

8
2214.53
3
14520.0
6

2214.549481
13684.21697

B. PEMBAHASAN
Karakter yang didapatkan dari praktikum di Laboratorium Parasitologi Universitas
Gadjah Mada ini berjumlah 38 karakter dan belum memenuhi karakter uji minimal yang
disyaratkan yaitu sebanyak 50 karakter. Sehingga data yang dihasilkan kurang valid. Indeks
similaritas yang digunakan dalam praktikum ini adalah ada 2 yaitu Simple Matching Coefficient
(SSM) dan Jaccard Coefficient (SJ). Penggunaan kedua metode tersebut bertujuan untuk
membandingkan indeks similaritas manakah paling efektif untuk menghitung similaritas dari
strain bakteri yang diuji. Pada SSM semua sifat digunakan baik double positive maupun double
negative sedangkan SSJ nilai double negative pada dua strain yang dibandingkan tidak
diikutsertakan dalam penghitungan. Beberapa kelompok strain termasuk dalam spesies yang
sama atau tidak, ditentukan dalam analisis pengklusteran, berdasarkan besarnya indeks
similaritas yang didapatkan baik melalui koefisien Ssm maupun SSj. Algoritma pengklasteran
yang digunakan adalah average linkage (UPGMA) dengan dasar pengklasteran rata-rata indeks
similaritas dari strain-strain yang dicari kekerabatanya., setelah itu dibuat dendogram untuk
memudahkan pembacaan koefisien klustering sehingga dapat diketahui jauh-dekatnya
kekerabatan strain bakteri satu dengan yang lainnya. Selanjutnya hasil yang didapatkan dari
perhitungan berlanjut pada Analisis kofenetik korelasi untuk mengetahui matriks similaritas
turunan dendogram berbeda nyata dengan matriks similaritas asli pada taraf kepercayaan lebih
besar atau sama dengan 60 %. Jika hasil korelasi kofenetik (nilai R) lebih besar atau sama
dengan 60% maka dendogram dianggap valid, artinya bahwa penerapan algoritma UPGMA
(Unwewight Pair Group Method with Arithmatic Averages) tidak ada perbedaan yang berarti.
Sifat double negative yang digunakan pada metode SSM merupakan sifat yang tidak seimbang

BORANG
LAPORAN PRAKTIKUM
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

dengan sifat double negative. Dengan adanya sifat

No. Dokumen
Berlaku sejak

FO-UGM-BI-07-09
03 Maret 2008

Revisi

00

Halaman

13 dari 15

double negative ini menyebabkan

pengelompokan yang rancu.

Dari perhitungan yang didapat R koefisien SJ sebesar 75,91% lebih besar daripada nilai R
koefisien SSM 72,39%. Dari hasil tersebut dapat disimpulkan bahwa koefisien SSj lebih efektif
daripada Koefisien Ssm dalam percobaan ini, walaupun jumlah karakter sebanyak 38 belum
memenuhi karakter minimal penggunaan klasifikasi Numerik Fenetik yaitu minimal karakternya
sebnayak 50. Dalam penggunaan koefisien SSM akan menyebabkan suatu analisis itu bersifat
subjektif pada saat penentuan suatu sifat akan diberi nilai positif atau negatif. Penentuan nilai
positive negative ini akan menghasilkan variasi nilai pada setiap karakter tertentu karena
kesubyektifitasannya, maka karakternya harus diperbanyak agar hasil datanya valid dan
sensitivitasnya tinggi. Hasil yang didapatkan dari pengklusteran, didapatkan D dan E bergabung
pada nilai 76,316% dan B dan C bergabung pada 73,684% Pada konstruksi dendogram masingmasing strain (DE) dan (BC) mempunyai derajat similaritas lebih dari 70 % sehingga dapat
dimasukkan ke dalam 2 spesies berbeda, dasar pengelompokkan ini adalah taxospecies concept.
Dari hasil tersebut didapatkan koefisien yang paling tinggi adalah (DE) berarti tingkat
kekerabatannya paling dekat disbanding strain yang lainnya. Strain yang mempunyai
kekerabatan dekat berikutnya adalah (BC) pada koefisien 73,684%. Setelah itu (DE) bergabung
dengan (F) dalam koefisien 61,842%, pada saat koefisien 61,842% (DE) dan (BC) belum
bergabung maka belum bergabungnya (DE) dan (BC) menunjukkan sifat karakter yang berbeda.
Setelah itu (DE) (F) dan (A) bergabung dalam koefisien 58,108%. Pada 54,605% (DE)(F)(A)
dan (BC) bergabung. Dari hasil tersebut indeks similaritas SSM terdapat 4 spesies yang berbeda,
dengan dua strain yang memiliki indeks similaritas lebih dari 70% (DE) dan (BC).
.

Penggunaan Jaccard Coefficient (SJ) tidak menggunakan sifat double negative.

Sehingga tidak adanya menyebabkan pengelompokan yang rancu. Jaccard Coefficient (SJ)
mampu membedakan 6 strain bakteri yang diuji ke dalam spesies yang berbeda nyata. Dengan
koefisien similaritas paling tinggi 57,143% yaitu terdapat pada DE. setelah itu diikuti BC sebesar
56,522%. Keduanya mempunyai indeks similaritas kurang dari 70% sehingga tidak dapat
dimasukkan dalam satu spesies. Selanjutnya diikuti penggabungan (BC) dan (F) pada 40,224%
setelah itu diikuti penggabungan (DE) dan (A) sebesar 37,105% setelah itu penggabungan

BORANG
LAPORAN PRAKTIKUM
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

No. Dokumen
Berlaku sejak

FO-UGM-BI-07-09
03 Maret 2008

Revisi

00

Halaman

14 dari 15

semuanya diawali dari (DE), (A), (BC) dan (F) pada indeks 33,504%. Karena dalam koefisien
similaritas tidak ada yang melebihi indeks similaritas 70% maka kesimpulannya keenam strain
tersebut memang berbeda spesies. Dari kedua analisis koefisien baik menggunakan Ssm maupun
Ssj, didapatkan strain (BC),(DE) yang paling pertama bergabung karena koefisien similaritasnya
paling tinggi baik menggunakan analisis Ssm maupun Ssj, sehingga dapat disimpulkan yang
memiliki kekerabatan yang paling dekat dari diantara 6 strain tersebut adalah yaitu D dengan E
dan B dengan C.
D. KESIMPULAN
Dari hasil perhitungan koefisien similaritas baik menggunakan SSj maupun Ssm,
didapatkan hasil bahwa strain antara B dan C, serta D dan E memiliki kekerabatan yang paling
dekat, dikarenakan hasil analisis baik menggunakan koefisien similaritas Ssm dan Ssj
menunjukkan hasil yang paling tinggi, yaitu koefisien similaritas DE sebesar 76.316% dan
koefisien BC sebesar 73.684%, dengan hasil analisis koefisien Ssm ada 4 spesies yang berbeda
dengan DE dan BC memiliki tingkat kekerabatan yang dekat, dikarenakan koefisien
similaritasnya lebih besar dari 70%. Sedangkan menggunakan SSj, didapatkan 6 spesies yang
berbeda, dikarenakannilai koefisien similaritasnya kurang dari 70%. Dan diantara Ssm dan Ssj
yang paling efektiv dalam percobaan ini adalah analisis Ssj.

E. DAFTAR PUSTAKA
Alcamo, I. E. 1998. Schaums Outlines : Microbiology. McGraw Hill Company. New York.
Boone, R.D, Castenholz, W.R. 2001. Bergeys Manual of Systematic Bacteriology. 2nd ed. Voll
springer-Verlag. New York. P:133
Felsenstein, J. 2004 .Inferring Phylogenies. Sunderland, MA: Sinauer Associates.P:241
Harly, J. P. 2005. Laboratory Exorcises in Microbiology sixth Edition. McGraw Hill Companies,
inc, 1211, Avence of the Amonical. New York. p: 74.
Loy, B. W. 1994. Analisis Mikrobia Di Lahro . PT Raja Grafindo Persada. Jakarta. p:63.
Nei, M. and Kumar, S.2000. Molecular Evolution and Phylogenetics. NY: Oxford University
Press. New York. P: 241.

BORANG
LAPORAN PRAKTIKUM
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

No. Dokumen
Berlaku sejak

FO-UGM-BI-07-09
03 Maret 2008

Revisi

00

Halaman

15 dari 15

Nicklin, J, Graeme-Cook, T Paget , and Killington. 1999. Microbiology. BIOS Scientific

Publisher Limited. New York. P: 125.
Priest, F & B. Austin. 1993. Modern Bacterial Taxonomy Second Edition. Champman dan Hall.
London. p:211.
Stanier, R. Y., Edward, A. A., and Jon, L. I. 1982. Mikrobiologi. UGM. Penerbit PT. Bhintara
Karya Aksara.Yogyakarta. p:26.