No FO-UGM-BI-07-13

BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 1

LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA

ACARA III
88.5
KARAKTERISASI, KLASIFIKASI, DAN IDENTIFIKASI KAPANG
DENGAN METODE TAKSONOMI NUMERIK FENETIK

Nama : Muhammad Rafie

NIM : 20/461062/BI/10613

Golongan (Kel) : Selasa (5)

Asisten : Fachrunniam

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI
FAKULTAS BIOLOGI
UNIVERSITAS GADJAH MADA
YOGYAKARTA
2022/2023
 No FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 2

ACARA III
KARAKTERISASI DAN KLASIFIKASI KAPANG DENGAN METODE
TAKSONOMI NUMERIK FENETIK
I. Latar Belakang 16
Kapang adalah fungi multiseluler yang mempunyai filamen, hidup secara
saprofit atau parasit pada organisme lain. Kapang dapat tumbuh di berbagai
substrat, salah satunya serasah tumbuhan dan dapat hidup pada kondisi
asam.Kapang tidak dapat memenuhi kebutuhan nutriennya secara autotrof,
sehingga hidup secara saprofit atau parasit pada organisme lain. Kapang dapat
tumbuh pada berbagai substrat seperti pada bahan makanan, batang tumbuhan,
buah-buahan busuk, kayu lapuk, tanah, serangga, dan substrat serasah daun,
Kapang bersifat aerobik yaitu membutuhkan oksigen dalam pertumbuhannya.
Kapang pada umumnya bersifat aerobik fakultatif (harus selalu ada oksigen).
sedangkan ragi atau khamir bersifat aerobik fakultatif artinya mereka dapat
hidup baik dalam keadaan aerobic maupun keadan anaerobik (Ivarsson et al,
2016).
Pengamatan karakter kapang dapat dilakukan dengan metode klasifikasi
dengan taksonomi. Dalam biologi, taksonomi paling sering didefinisikan
sebagai cabang ilmu pengetahuan, yang memberi nama dan
mengklasifikasikan organisme berdasarkan sifat Bersama. Spesies organisme
didefinisikan secara deskriptif (fenotipik). Setiap macam kapang dianggap
sebagai suatu spesies, yang dibentuk dari kumpulan strain yang memberikan
beberapa gambaran sangat berbeda dari strain lain. Suatu strain merupakan
merupakan progeni atau subkultur dari isolat koloni tunggal dalam kultur
murni. Spesies kapang diidentifikasikan similaritas antar spesies melalui unit
karakter struktural fisiologis, morfologi hifa, karakteristik miselium, tipe spora,
struktur tambahan, karakteristik fisiologis dan sporangiofor (Hugenholtz et al,
2021; Kateb & Castello, 2013).
Pengklasifikasian numerik fenetik didasari oleh derajat kesamaan pada tiap
strain dan kluster yang diuji dan hasil ditampilkan berupa dendogram. Dalam
taksonomi numerik satu jenis karakter tidak dapat menenjelaskan posisi
 No FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 3

taksonomi dari suatu organisme. Untuk mendefinisikan posisi taksonomi harus
dilakukan pengujian sejumlah besar karakteristik, dimana setiap karakter
memiliki nilai yang sama untuk mendefenisikan taksa. Klaster pada taksa yang
memiliki nilai similaritas tinggi ( ≥70%) disebut taksospesies. Taksonomi
numerik didasarkan atas bukti-bukti fenetik, yaitu kemiripan yang
diperlihatkan objek studi yang diamati dan dicatat, bukan berdasarkan
kemungkinan perkembangan filogenetiknya. Taksonomi numerik tidak
didasarkan atas subjektifitas melainkan objektifitas berdasarkan
karakterkarakter yang dimiliki sehingga mampu menghasilkan klasifikasi yang
bersifat teliti, reproduksibel, padat informasi dan stabil yang dapat digunakan
sebagai dasar identifikasi (Idami & Nasution, 2019). Oleh karena itu,
praktikum ini dilakukan untuk mengetahui karakter, klasifikasi dan indeks
similaritas dari tiap strain kapang.
II. Tujuan 9
Tujuan dari praktikum kali ini adalah sebagai berikut :
a. Memperkenalkan prosedur taksonomi numerik-fenetik dalam klasifikasi
kapang.
b. Melakukan karakterisasi dan klasifikasi pada strain kapang (OTU A, OTU
B, OTU C, OTU D, OTU E, dan OTU F) dengan metode taksonomi
numerik-fenetik.
c. Melakukan perhitungan indeks similaritas dengan Simple Matching
Coeficient (Ssm) dan Jaccard Coeficient
III. Metode 8.5
A. Alat dan Bahan
Alat yang digunakan pada percobaan ini meliputi mikroskop cahaya
untuk mengamati benda mikroskopik, petridish sebagai wadah
pertumbuhan kapang, ose untuk mengambil kultur, bunsen untuk sterilisasi,
dan pipet tetes untuk meneteskan larutan JKJ.
Sementara itu, bahan yang digunakan adalah kultur dari 6 strain kapang
(A, B, C, D, E, dan F) yang ditumbuhkan pada media PDA plate, media pati
agar, media MEA, dan media Czapeck Dox Agar. Reagen yang digunakan
 No FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 4

adalah larutan iodium (JKJ).
B. Cara Kerja
Terdapat beberapa cara kerja dalam praktikum ini, yaitu diawali dengan
ditumbuhkannya masing-masing strain kapang dengan metode goresan
(pour plate) dalam medium PDA plate dan diinkubasikan pada suhu kamar
selama 2-3 hari. Pengamatan dilakukan pada karakteristik pertumbuhan,
morfologi hifa, karakteristik miselium, tipe spora seksual, tipe spora
aseksual, karakteristik sporangia, karakteristik spore head bearing conidia,
karakteristik sporangiofor, karakteristik spora aseksual, struktur tambahan,
dan hidrolisis amilum
Karakteristik pertumbuhan dalam berbagai media yang diamati meliputi
pertumbuhan (lebat, sedang jarang), warna koloni bagian atas, warna koloni
bagian bawah, pigment terlarut dalarn medium. Strain kapang lalu
diinokulasikan ke dalam media PDA MEA dan Czapeck Dox Agar.
Semenatara itu, pada pengamatan morfologi hifa, kapang yang diamati
ditumbuhkan pada media PDA dan diamati hifanya secara mikroskopis,
yaitu hifa yang bersekat atau tidak bersekat. Pengamatan selanjutnya adalah
karakteristik miselium. Kapang ditumbuhkan pada media PDA dan diamati
miseliumnya secara mikroskopis. Miselium yang teramati adalah jernih atau
gela serta berwarna atau tidak berwarna.
Tipe spora seksual yang ditumbuhkan dapat diamati dengan penumbuhan
pada media PDA atau ada tidaknya spora seksual, yaitu oospora, zygospora,
atau askospora. Tipe spora aseksualnya, yaitu sporangiospora,
konidiospora, dan artrospora. Sementara itu, karakteristik sporangia dapat
diamati dengan ditumbuhkan pada media PDA yang diamati dengan
ukuran, warna, bentuk, dan lokasi sporangia.
Karakteristik spore head bearing conidia, diamati dengan ditumbuhkan
terlebih dahulu pada media PDA yang diamati jumlah konidianya, rantai,
tunas atau massa, bentuk, dan susunan sterigma atau phialide. Pengamatan
sporangiofor dilakukan dengan ditumbuhkan kapang pada media PDA
untuk diamati sporangiofor/konidiofornya.
 No FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 5

Karakteristik spora aseksual pada konidia dilihat dengan ditumbuhkan
terlebih dahulu pada media PDA dan diamati bentuk, ukuran, warna, tekstur
permukaan, dan jumlah sel penyusun konidia. Pada pengamatan struktur
tambahan, kapang ditumbuhkan pada media PDA dengan diamati struktur
tambahan, yaitu stolon, rhizoid, sel kaki, apophysis, klamidospora, dan
skletoria. Pengamatan selanjutnya adalah karakteristik fisiologis, yaitu
hidrolisis amilum, yaitu dengan cara strain kapang ditumbuhkan dalam
medium pati agar. Setelah itu, diinkubasikan selama 1-2 minggu dan ditetesi
dengan larutan jodium (JKJ).
Tahap selanjutnya, yaitu karakterisasi strain kapang yaitu dibuat klasifikasi
numerik fenetik. Langkah yang ditempuh yaitu dilakukan pembuatan tabel n x t,
dibuat matriks similaritasnya, dibuat clustering analysis, disusun dendogram
berdasarkan data yang diperoleh, kemudian dibuat pula turunan matriks
similaritasnya. Setelah itu dilakukan perhitungan nilai coefficient correlation dua
pendekatan berbeda yaitu SSM dan SJ. Rumus yang digunakan yaitu:

Keterangan:
a = jumlah karakter (+) untuk kedua strain
b = jumlah karakter (+) untuk strain pertama dan karakter (-) bagi strain kedua
c = jumlah karakter yang (-) untuk strain pertama dan (+) bagi strain kedua
d = jumlah karakter (-) untuk kedua strain
IV. Hasil dan Pembahasan
A. Hasil
1. Hasil 9.5
Berdasarkan praktikum dan analisis data yang telah dilakukan, maka
didapatkan hasil sebagai berikut yang tersaji dalam bentuk tabel dan gambar.
Tabel 1. matriks nxt Kapang
Strain (OTU)
No Karakter
A B C D E F
 No FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 6

Karakter Kapang pada Medium PDA
A. Warna permukaan atas koloni
1 Hijau tua - - + - - -
2 Putih susu - + - - - -
3 Coklat - - - + - -
4 Hitam +- - - + +
B. Warna permukaan bawah koloni
5 Coklat - - - - - -
6 Krem - + - + - -
7 Putih - - - - - -
8 Abu-abu + - + - + +
C. Pertumbuhan
9 Jarang - - - - + -
10 Sedang + + - - - -
11 Lebat - - + + - +
D. Pola Koloni
12 Zonasi + + + + - +
13 Radial furrow - - - - + -
E. Pola tekstur
14 Cottony - - - + - -
15 Granular + + + - - +
16 Velvety - - - - + -
Karakteristik Kapang pada Medium MEA
F. Warna permukaan atas koloni
17 Hijau tua - + + - - -
18 Hitam + - - - - +
19 Abu-abu - - - + + -
G. Warna permukaan bawah koloni
20 Putih - - - - + -
21 Abu-abu - - - - - +
22 Hitam - - - - - -
23 Kuning + + + + - -
H. Pertumbuhan
24 Jarang - - - - - -
25 Sedang - - + - + -
26 Lebat + + - + - +
I. Pola koloni
27 Radial furrow + + - - + +
28 Zonasi - - + + - -
J. Pola tekstur
29 Cottony - + - + + -
 No FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 7

30 Granular + - + - - -
31 Velvety - - - - - +
Karakteristik Kapang pada Medium Pati
K. Warna permukaan atas koloni
32 Coklat - + - + - -
33 Putih susu - - - - - -
34 Hitam + - + - + +
L. Warna permukaan bawah koloni
35 Coklat - - - + - -
36 Putih + - + - - -
37 Abu-abu - + - - + +
M. Pertumbuhan
38 Jarang - - - - + -
39 Sedang + + - - - -
40 Lebat - - + + - +
N. Pola koloni
41 Zonasi + - + - + -
O. Pola tekstur
42 Cottony - - - + + -
43 Granular + + + - - +
Morfologi Hifa
44 Bersekat - - - - - -
45 Tidak bersekat + + + + + +
P. Tipe spora aseksual
46 Konidiospora + + - - - -
47 Sporangiospora - - + + + +
Q. Tipe sporangiofor/konidiofor
48 Bercabang + + + - + +
R. Struktur tambahan
49 Stolon - - + + - +
S. Karakter fisiologis (hidrolisis amilum)
50 Biru kehitaman + - - - - +
Berdasarkan tabel diatas, aimbol positif (+) menunjukkan bahwa kapang yang
diuji memiliki karakter tersebut, sedangkan simbol negatif (-) menunjukkan bahwa
kapang yang diuji tidak memiliki karakter tersebut. Simbol positif dan negatif
selanjutnya akan disederhanakan menjadi strain a, b, c, dan d. Termasuk strain a
apabila karakter yang dihasilkan (+) untuk kedua strain, kemudian termasuk strain
b apabila dihasilkan karakter (+) untuk strain pertama dan (-) untuk strain kedua,
lalu termasuk strain c apabila dihasilkan karakter (-) untuk strain pertama dan (+)
 No FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 8

untuk strain kedua dan termasuk strain d apabila kedua strain menghasilkan
karakter (-).
Tabel 2. Matriks Similaritas Ssm kapang
Ssm (%) A B C D E F
A
B 72.00
C 68.00 56.00
D 44.00 60.00 60.00
E 54.00 50.00 54.00 50.00
F 72.00 60.00 68.00 56.00 56.00
Berdasarkan tabel diatas, Terdapat 15 strain yang telah disederhanakan, yaitu
AB, AC, AD, AE, AF, BC, BD, BE, BF, CD, CE, CF, DE, DF, dan EF. Diketahui
nilai matriks similaritas Ssm terbesar adalah 72.00% yang merupakan nilai Ssm A-
F. Sedangkan nilai Ssm terkecil dimiliki oleh strain A-D yaitu sebesar 44.00%.
Tabel 3. Matriks Similaritas Sj Kapang
Sj (%) A B C D E F
A
B 44.00
C 40.74 24.14
D 12.50 25.93 28.57
E 23.33 16.67 23.33 16.67
F 46.15 28.57 40.74 24.14 24.14
Berdasarkan tabel diatas terdapat 15 strain yang telah disederhanakan, yaitu
AB, AC, AD, AE, AF, BC, BD, BE, BF, CD, CE, CF, DE, DF, dan EF. Perbedaan
antara Ssm dengan Sj adalah pada Sj strain d tidak masuk dalam perhitungan.
Diketahui nilai matriks similaritas Sj terbesar dimiliki oleh A-F sebesar 46.15%.
Sedangkan nilai matriks similaritas Sj terkecil dimiliki oleh A-D sebesar 12,50%.
Tabel 4. Clustering Analisis Ssm Kapang

Index (%) A F C B D E
100.00 A F C B D E
72.00 AF C B D E
68.00 AFC B D E
62.67 AFCB D E
55.00 AFCBD E
 No FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 9

53.20 AFCBDE
Berdasarkan tabel hasil analisis clustering Ssm diketahui bahwa strain A dan
F memiliki kemiripan fenetik terbesar pada indeks similaritas 72,00%, kemudian
diikuti strain A, F, dan C memiliki kemiripan fenetik pada indeks similaritas
68.00%. Kemudian strain B bergabung dengan AFC yang memiliki kemiripan
fenetik pada indeks similaritas 62.67%. Selanjutnya strain D bergabung dengan
AFCB yang memiliki kemiripan fenetik pada indeks similaritas 55,00%, dan yang
terakhir, strain keseluran strain memiliki kemiripan fenetik pada indeks similaritas
53.20 %.
Tabel 5. Clustering Analisis Sj Kapang
Index (%) A F C B D E
100.00 A F C B D E
46.15 (AF) C B D E
40.74 (AFC) B D E
32.24 (AFCB) D E
22.78 (AFCBD) E
20.83 (AFCBDE)
Berdasarkan tabel hasil analisis clustering Ssm diketahui bahwa strain A dan
F memiliki kemiripan fenetik terbesar pada indeks similaritas 46,15%, kemudian
diikuti strain A, F, dan C memiliki kemiripan fenetik pada indeks similaritas
40.74%. Kemudian strain B bergabung dengan AFC yang memiliki kemiripan
fenetik pada indeks similaritas 32.24%. Selanjutnya strain D bergabung dengan
AFCB yang memiliki kemiripan fenetik pada indeks similaritas 22.78%, dan yang
terakhir, strain keseluran strain memiliki kemiripan fenetik pada indeks similaritas
20.83 %.

Gambar 1. Dendogram Ssm Kapang

Berdasarkan analisis dendogram Ssm diketahui bahwa strain A dan F
memiliki kemiripan fenetik terbesar pada indeks similaritas 72,00%,
kemudian diikuti strain A, F, dan C memiliki kemiripan fenetik pada indeks
 No FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 10

similaritas 68.00%. Kemudian strain B bergabung dengan AFC yang
memiliki kemiripan fenetik pada indeks similaritas 62.67%. Selanjutnya
strain D bergabung dengan AFCB yang memiliki kemiripan fenetik pada
indeks similaritas 55,00%, dan yang terakhir, strain keseluran strain memiliki
kemiripan fenetik pada indeks similaritas 53.20 %.

Gambar 2. Dendogram Sj Kapang

Berdasarkan analisis dendogram Sj diketahui bahwa strain A dan F
memiliki kemiripan fenetik terbesar pada indeks similaritas 46,15%,
kemudian diikuti strain A, F, dan C memiliki kemiripan fenetik pada indeks
similaritas 40.74%. Kemudian strain B bergabung dengan AFC yang
memiliki kemiripan fenetik pada indeks similaritas 32.24%. Selanjutnya
strain D bergabung dengan AFCB yang memiliki kemiripan fenetik pada
indeks similaritas 22.78%, dan yang terakhir, strain keseluran strain memiliki
kemiripan fenetik pada indeks similaritas 20.83 %.
Tabel 6. Matriks turunan analisis Ssm
Matriks Turunan Analysis SSM
Ssm (%) A B C D E F
A
B 62.67
C 68.00 62.67
D 55.00 55.00 55.00
E 53.20 53.20 53.20 53.20
F 72.00 62.67 68.00 55.00 53.20
Berdasarkan hasil berupa tabel matriks SSM yang didasari atas
pertemuan dari titik pertemuan antar strain dalam dendogram. Nilai turunan
Ssm tertinggi dijumpai pada strain AF sebesar 72.00%. Kemudian untuk nilai
indeks turunan terendah terdapat pada strain AE, BE, CE, DE, dan EF sebesar
53.20%
 No FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 11

Tabel 7. Matriks turunan analisis Sj

Matriks Turunan Analysis Sj
Sj (%) A B C D E F
A
B 32.24
C 40.74 32.24
D 22.78 22.78 22.78
E 20.83 20.83 20.83 20.83
F 46.15 32.24 40.74 22.78 20.83
Berdasarkan hasil berupa tabel matriks sj yang didasari atas pertemuan
dari titik pertemuan antar strain dalam dendogram. Nilai turunan sj tertinggi
dijumpai pada strain AF sebesar 46.15%. Kemudian untuk nilai indeks
turunan terendah terdapat pada strain AE, BE, CE, DE, dan EF sebesar
20.83%
Tabel 8. Analisis Korelasi Kofenetik
Indeks Similaritas Coefficient Correlation (%)
Simple matching cofficient (Ssm) 80.50
Jaccard Coefficient (Sj) 84.60
Berdasarkan tabel diatas, dapat terliat bahwa nilai koefisien pada kedua
indeks berada diatas 60% sehingga hasil dapat diterima. Nilai koefisien
terbesar didapat oleh metode indeks Sj.
B. Pembahasan 27
Pada praktikum kali ini, praktikum bertujuan untuk mempelajari
prosedur taksonomi numerik-fenetik dalam klasifikasi kapang dengan
,melakukan perhitungan indeks similaritas dengan Simple Matching
Coeficient (Ssm) dan Jaccard Coeficient serta ,melakukan karakterisasi serta
klasifikasi pada strain kapang Pada praktikum ini digunakan 6 jenis strain
kapang yang terdiri dari OTU A, OTU B, OTU C, OTU D, OTU E, dan OTU
F. Berdasarkan hasil pengamatan, diperoleh 50 karakteristik dari jenis isolate
kapang yang diamati dengan metode pengamatan morfologi koloni,
 No FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 12

morfologi sel, karakter fisiologi, dan uji sifat biokimia.
Pada praktikum ini, digunakkan medium PDA. PDA (Potato Dextrose
Agar) adalah media yang umum untuk pertumbuhan jamur di laboratorium
karena memilki pH yang rendah (pH 4,5 sampai 5,6) sehingga menghambat
pertumbuhan bakteri yang membutuhkan lingkungan yang netral dengan pH
7,0 dan suhu optimum untuk pertumbuhan antara 25-30°C. erdasarkan
komposisinya PDA termasuk dalam media semi sintetik karena tersusun atas
bahan alami (kentang) dan bahan sintesis (dextrose dan agar). Kentang
merupakan sumber karbon (karbohidrat), vitamin dan energi, dextrose
sebagai sumber gula dan energi, selain itu komponen agar berfungsi untuk
memadatkan medium PDA. Masing-masing dari ketiga komponen tersebut
sangat diperlukan bagi pertumbuhan dan perkembangbiakkan
mikroorganisme terutama jamur (Wantini & Octavia, 2017). Pada praktikum
ini juga dilakukan uji hidrolisis amilum/pati. Uji hidrolisis pati merupakan
pemecahan molekul amilum menjadi komponen penyusunnya yang lebih
sederhana seperti dekstrin, maltotriosa, maltose dan glukosa. Proses hidrolisis
secara enzimatis lebih efektif bila dibandingkan hidrolisis asam karena enzim
memutus ikatan glikosidik secara spesifik, tanpa menyisakan residu dan
minimum kerusakan warna (Andina et al, 2017).
Kapang adalah fungi multiseluler yang mempunyai filamen, hidup secara
saprofit atau parasit pada organisme lain. Kapang dapat tumbuh di berbagai
substrat, salah satunya serasah tumbuhan dan dapat hidup pada kondisi asam.
Kapang menghasilkan spora yang dapat mengakibatkan gangguan kesehatan
pada manusia. Gangguan kesehatan yang diakibatkan spora kapang terutama
akan menyerang saluran pernapasan. Asma, alergi rinitis, dan sinusitis
merupakan gangguan kesehatan yang paling umum dijumpai sebagai hasil
kerja sistem imun tubuh yang menyerang spora yang terhirup. Penyakit lain
2 adalah infeksi kapang pada saluran pernapasan, atau disebut mikosis. Salah
satu penyakit mikosis yang umum adalah Aspergillosis, yaitu tumbuhnya
kapang dari genus Aspergillus pada saluran pernapasan (Kosmidis, et
al.,2015).
 No FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 13

Klasifikasi numerik fenetik dapat digunakan untuk mengidentifikasi
karakteristik dan similaritas dari suatu strain kapang Klasifikasi ini, didasari
oleh derajat kesamaan pada tiap strain dan kluster yang diuji dan hasil
ditampilkan berupa dendogram. Dalam taksonomi numerik satu jenis karakter
tidak dapat menenjelaskan posisi taksonomi dari suatu organisme. Untuk
mendefinisikan posisi taksonomi harus dilakukan pengujian sejumlah besar
karakteristik, dimana setiap karakter memiliki nilai yang sama untuk
mendefenisikan taksa. Adapun, klaster pada taksa yang memiliki nilai
similaritas tinggi ( ≥70%) disebut taksospesies, yaitu hasil taksonomi yang
menunjukan bahwa strain yang dianalisis berada pada satu spesies (Idami &
Nasution, 2019).
Penganalisisan data memerlukan adanuya strain mikroba atau
Operational Taxconomic Units (OTU) yang selanjutnya akan dibandingkan
dengan masing-masing strain yang lain. Tingkat kemiripan dapat ditentukan
dengan 2 cara yaitu Simple Matching Coeficient (Ssm) dan Jaccard
Coeficient (Sj), dengan rumus sebagai berikut.

Keterangan :
a = Jumlah karakter yang (+) untuk kedua strain
b = Jumlah karakter yang (+) untuk strain pertama dan (-) bagi strain
kedua
c = Jumlah karakter yang (-) untuk strain pertama dan (+) bagi strain
kedua
d = Jumlah karakter yang (-) untuk kedua strain
Simple matching coefficient sendiri adalah metode perhitungan untuk
menghitung tingkat similaritas dua buah objek yang bersifat biner. Dalam
menggunakan metode ini, setiap karakter diberi nilai pembobotan tabel nxt.
Sedangkan, Jaccar coeficient merupakan metode yang digunakan untuk
 No FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 14

menghitung tingkat kesamaan (similarity) antar dua objek. Adapun adanya
perbedaan antara Ssm dan Sj yaitu perhitungan Ssm mencakup karakter
positif maupun karakter negatif, sedangkan perhitungan Sj hanya mencakup
karakter positif dalam menilai kesamaan dan tidak melibatkan karakteristik
negatif pada kedua strain (Sari, et al., 2019).
Metode numerik yang ditujukan untuk menemukan kelompok dalam data
disebut sebagai analisis klaster. Analisis clustering ditujukan untuk
mengungkap kelompok objek yang belum diketahui dengan analogi konsep
menjadi pengenalan pola tanpa pengawasan atau taksonomi numerik. Oleh
karena itu, analisis clustering adalah teknik eksplorasi dengan tujuan untuk
menyarankan pengelompokan yang menjadi dasar hipotesis untuk
mengidentifikasi objek- objek yang homogen ke dalam kelompok-kelompok.
Teknik analisis clustering sendiri secara luas dapat dikelompokkan menjadi
tiga kelas yang diberi label pengelompokan hierarkis, pengelompokan
optimasi, dan pengelompokan berbasis model (Landau & Ster, 2012).
Berdasarkan clustering dengan indeks similaritas Ssm, diperoleh data
dari 6 strain bahwa strain A dan F memiliki kemiripan fenetik terbesar pada
indeks similaritas 72,00%, kemudian diikuti strain A, F, dan C memiliki
kemiripan fenetik pada indeks similaritas 68.00%. Kemudian strain B
bergabung dengan AFC yang memiliki kemiripan fenetik pada indeks
similaritas 62.67%. Selanjutnya strain D bergabung dengan AFCB yang
memiliki kemiripan fenetik pada indeks similaritas 55,00%, dan yang
terakhir, strain keseluran strain memiliki kemiripan fenetik pada indeks
similaritas 53.20 %.
Pada analisis clustering dengan indeks similaritas Sj, bahwa strain A dan
F memiliki kemiripan fenetik terbesar pada indeks similaritas 46,15%,
kemudian diikuti strain A, F, dan C memiliki kemiripan fenetik pada indeks
similaritas 40.74%. Kemudian strain B bergabung dengan AFC yang
memiliki kemiripan fenetik pada indeks similaritas 32.24%. Selanjutnya
strain D bergabung dengan AFCB yang memiliki kemiripan fenetik pada
indeks similaritas 22.78%, dan yang terakhir, strain keseluran strain memiliki
 No FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 15

kemiripan fenetik pada indeks similaritas 20.83 %.
Pada praktikum ini, dilakukan analisis dengan menggunakan dendogram
untuk menyajikan pengelompokkan strain karakter secara hierarkis dengan
sajian berupa pohon fenetik yang representatif. Dendogram merupakan
metode pengelompokkan statistik untuk mengklasifikasikan suatu strain
ketika dilakukan analisis clustering. Metode dendogram digunakan agar
mempermudah untuk mengenali strain yang asing sebagai suatu pengenalan
digital dalam membagi karakter pada satu kluster dalam dataset yang bisa
diolah nantinya. Data pada dendogram dapat menunjukan suatu strain
memiliki nilai similaritas besar dan dapat dikatakan satu spesies jika nilai
≥70% yang tentunya dilakukan analisis lebih lanjut dalam penentuan spesies
(Lemenkova, 2020).
Berdasarkan hasil dendogram yang telah dibuat, data pada klastering ssm
menunjukkan bahwa strain A dan F memiliki kemiripan fenetik terbesar pada
indeks similaritas 72,00%, kemudian diikuti strain A, F, dan C memiliki
kemiripan fenetik pada indeks similaritas 68.00%. Kemudian strain B
bergabung dengan AFC yang memiliki kemiripan fenetik pada indeks
similaritas 62.67%. Selanjutnya strain D bergabung dengan AFCB yang
memiliki kemiripan fenetik pada indeks similaritas 55,00%, dan yang
terakhir, strain keseluran strain memiliki kemiripan fenetik pada indeks
similaritas 53.20 %. Diketahui bahwa nilai indeks similaritas harus berada
pada nilai nilai ≥70% agar dapat dikategorikan menjadi satu spesies sehingga
keenam strain tersebut menunjukkan berada pada spesies yang sama. Oleh
karena itu, perhitungan indeks similaritas menggunakan metode Ssm
menghasilkan data yang menunjukkan bahwa hanya terdapat 2 strain yang
memiliki indeks similaritas sama dan dikategorikan satu spesies, yaitu spesies
strain A dan F.
Adapun metode Sj menunjukkan data analisis dendogram, bahwa
keenam strain memiliki indeks similaritas teringgi hanya pada 46.15% pada
strain A dan F sehingga teridentifikasi dengan metode sj bahwa seluruh strain
memiliki indeks similaritas rendah yang berada dibawah 70%. Hasil tersebut
 No FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 16

dapat menunjukkan bahwa dari keenam strain yang dianalisis dengan metode
perhitungan Sj tidak menunjukkan adanya kesamaan spesies sehingga dari
data tersebut terdapat 6 jenis spesies kapang berbeda dari 6 strain yang
diamati dengan metode ini.
Berdasarkan analisis data tersebut, diperoleh hasil analisis dari korelasi
kofenetik pada perhitungan indeks similaritas Ssm dan S. Nilai r pada metode
Ssm memperoleh besaran 80.50 % dan nilai r pada metode Sj memperoleh
nilai sebesar 84.60%. Adapun nilai koefisien korelasi yang dapat
menunjukkan data bahwa analisis dendogram dapat diterima, yaitu sebesar ≥
60%. Berdasarkan pemaparan tersebut, kedua nilai r pada analisis Ssm dan Sj
menunjukkan bahwa hasil analisis dapat diterima.

V. Kesimpulan 4.5
Kesimpulan dari praktikum kali ini adalah sebagai berikut
Kesimpulan dari praktikum kali ini, yaitu metode taksonomi numerik-
fenetik digunakan dalam melakukan karakterisasi, klasifikasi, serta similaritas
dari berbagai strain kapang yang pada praktikum ini digunakan 6 jenis strain
kapang. Perhitungan dendogram pada klastering Ssm dan Sj menunjukkan
bahwa strain A dan F memiliki indeks similaritas tertinggi. Perhitungan
similaritas berdasarkan Simple Matching Coefficient (Ssm) menghasilkan nilai
koefisien korelasi (r) sebesar 80.50% dan berdasarkan Jaccard Coefficient (Sj)
menghasilkan nilai koefisien korelasi (r) sebesar 84.60%. Hal ini menunjukkan
bahwa hasil Ssm dan Sj dapat diterima dan sudah reprsentatif. Berdasarkan
dendogram Ssm diperoleh spesies yang sama dari 6 strain berbeda, sedangkan
dari dendogram Sj diperoleh 6 spesies berbeda dari 6 macam strain berbeda.
VI. Daftar Pustaka 5
Andina, Ridwan, & Rahmawati. 2017. Analisis Model Mental Siswa pada
Materi Hidrolisis Garam di Klaten . Jurnal Riset Pendidikan Kimia 7(2):
144-152.
Hugenholtz, P., Chuvochina, M., Oren, A., Parks, D.H. and Soo, R.M., 2021.
Prokaryotic taxonomy and nomenclature in the age of big sequence data.
 No FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 17

The ISME Journal, 15(7), pp.1879-1892
Ivarsson, M., Schnürer, A., Bengtson, S. and Neubeck, A., 2016. Anaerobic
fungi: a potential source of biological H2 in the oceanic crust. Frontiers
in microbiology, 7, p.674.
Kateb, H.A. and Costello, B.D.L., 2013. Analysis of the volatiles in the
headspace above the plasmodium and sporangia of the slime mould
(Physarum polycephalum) by SPME-GCMS. arXiv preprint
arXiv:1307.8017.
Kosmidis C, et al. 2015. The clinical spectrum of pulmonary aspergillosis.
Thorax 2015, 70: 270–277.
Landau, S. and Ster, I. C. 2012. Cluster Analysis: Overview. Elsevier London
King’s College. p. 1
Lemenkova, P. 2020. R libraries {dendextend} and {magrittr} and clustering
package scipy cluster of python for modelling diagrams of dendrogram
trees. Carpathian Journal of Electronic and Computer Engineering. 13(1):
5 – 12.
Sari, R., Tursina, T. and Sukamto, A.S. 2019. Aplikasi pemilihan resep
masakan berdasarkan ketersediaan bahan masakan dengan metode
simple matching coefficient (SMC). Jurnal Edukasi dan Penelitian
Informatika. 5(1): 32-39.
Wantini, S. and Octavia, A., 2018. Perbandingan pertumbuhan jamur
Aspergillus flavus pada media PDA (potato dextrose agar) dan media
alternatif dari singkong (Manihot esculenta Crantz). Jurnal Analis
Kesehatan, 6(2), pp.625-631.
Wantini, S. and Octavia, A., 2018. Perbandingan pertumbuhan jamur
Aspergillus flavus pada media PDA (potato dextrose agar) dan media
alternatif dari singkong (Manihot esculenta Crantz). Jurnal Analis
Kesehatan, 6(2), pp.625-631.
Lampiran 4
1. Perhitungan nilai a, b, c, d pada tabel n x t
Strains Score
 No FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 18

a b c d
A-B 11 8 6 25
A-C 11 8 8 23
A-D 4 15 13 18
A-E 7 12 11 20
A-F 12 7 7 24
B-C 7 10 12 21
B-D 7 10 10 23
B-E 5 12 13 20
B-F 8 9 11 22
C-D 8 11 9 22
C-E 7 12 11 20
C-F 11 8 8 23
D-E 5 12 13 20
D-F 7 10 12 21
E-F 7 11 11 21

2. Perhitungan indeks similaritas Ssm dan Sj

Perhitungan a+d/a+b+c+d Ssm

a+b+c+d 50
AB
a+d/a+b+c+d 11+25/50 72.00
AC
a+d/a+b+c+d 11+23/50 68.00
AD
a+d/a+b+c+d 4+18/50 44.00
AE
a+d/a+b+c+d 7+20/46 54.00
AF
a+d/a+b+c+d 12+24/46 72.00
BC
a+d/a+b+c+d 7+21/46 56.00
BD
a+d/a+b+c+d 7+23/46 60.00
BE
a+d/a+b+c+d 5+20/46 50.00
BF
 No FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 19

a+d/a+b+c+d 8+22/46 60.00

CD
a+d/a+b+c+d 8+22/46 60.00
CE
a+d/a+b+c+d 7+20/46 54.00
CF
a+d/a+b+c+d 11+23/46 68.00
DE
a+d/a+b+c+d 5+20/46 50.00
DF
a+d/a+b+c+d 7+21/46 56.00
EF
a+d/a+b+c+d 7+21/46 56.00

Perhitungan a/a+b+c Sj
AB
a/a+b+c 11/25 44.00
AC
a/a+b+c 11/27 40.74
AD
a/a+b+c 4/32 12.50
AE
a/a+b+c 7/30 23.33
AF
a/a+b+c 12/26 46.15
BC
a/a+b+c 7/29 24.14
BD
a/a+b+c 7/27 25.93
BE
a/a+b+c 5/30 16.67
BF
a/a+b+c 8/28 28.57
CD
a/a+b+c 8/28 28.57
CE
a/a+b+c 7/30 23.33
CF
 No FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 20

a/a+b+c 11/27 40.74
DE
a/a+b+c 5/30 16.67
DF
a/a+b+c 7/29 24.14
EF
a/a+b+c 7/29 24.14

3. Perhitungan clustering analysis Ssm

KLASTER PERTAMA
SEMUANYA 100,00

KLASTER KEDUA
A-F 72,00

KLASTER KETIGA
COUPLE
(A,F)B AB+BF/2 66,00%
(A,F)C AC+FC/2 68,00%
(A,F)D AD+FD/2 50,00%
(A,F)E AE+FE/2 56,00%

SINGLE
B-C 56,00
B-D 60,00
B-E 50,00
C-D 60,00
C-E 54,00
D-E 50,00

KLASTER KEEMPAT
COUPLE
(AFC)B AB+FB+BC/3 62,67%
(AFC)D AD+FD+CD/3 53,33%
(AFC)E AE+EF+CE/3 55,33%

SINGLE
B-D 60,00
B-E 50,00
 No FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 21

D-E 50,00
KLASTER KELIMA

(AFCB)D AD+FD+CD+BD/4 55,00%

(AFCB)E AE+FE+CE+BE/4 54,00%

SINGLE
D-E 50,00
KLASTER KEENAM

(AFCBD)E AE+FE+CE+BE+DE/5 53,20%

4. Perhitungan clustering Sj
KLASTER PERTAMA
SEMUANYA 100,00

KLASTER KEDUA
A-F 46,15

KLASTER KETIGA
COUPLE
(AF)B AB+BF/2 36,29
(AF)C AC+CF/2 40,74
(AF)D AD+DF/2 18,32
(AF)E AE+EF/2 23,74

SINGLE
B-C 24,14
B-D 25,93
B-E 16,67
C-D 28,57
C-E 23,33
D-E 16,67

KLASTER KEEMPAT
COUPLE
(AFC)B AB+BF+BC/3 32,24
(AFC)D AD+DF+CD/3 21,74
(AFC)E AE+EF+CE/3 23,60
 No FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 22

SINGLE
B-D 25,93
B-E 16,67
D-E 0,00 16,67
KLASTER KELIMA

(AFCB)D AD+DF+CD+BD/4 22,78

(AFCB)E AE+EF+CE+BE/4 21,87

SINGLE
D-E 16,67
KLASTER KEENAM

(AFCBD)E AE+EF+CE+BE+DE/5 20,83

5. Perhitungan koefisiensi korelasi Ssm dan Sj

Ssm
Ssm
Strain X Y XY X2 Y2
AB 72,00 62,67 4512,24 5184,00 3927,53
AC 68,00 68,00 4624,00 4624,00 4624,00
AD 44,00 55,00 2420,00 1936,00 3025,00
AE 54,00 53,20 2872,80 2916,00 2830,24
AF 72,00 72,00 5184,00 5184,00 5184,00
BC 56,00 62,67 3509,52 3136,00 3927,53
BD 60,00 55,00 3300,00 3600,00 3025,00
BE 50,00 53,20 2660,00 2500,00 2830,24
BF 60,00 62,67 3760,20 3600,00 3927,53
CD 60,00 55,00 3300,00 3600,00 3025,00
CE 54,00 53,20 2872,80 2916,00 2830,24
CF 68,00 68,00 4624,00 4624,00 4624,00
DE 50,00 53,20 2660,00 2500,00 2830,24
DF 56,00 55,00 3080,00 3136,00 3025,00
EF 56,00 53,20 2979,20 3136,00 2830,24
52358,7 52592,0 52465,7
n = 15 880,00 882,01 6 0 9
785381, 788880, 786986,
n* 40 00 80
(∑X)(∑Y) 776168,80
(∑X)2 774400,00
 No FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 23

n∑X2-(∑X)2 14480,00
(∑Y)2 777941,64
n∑Y2-(∑Y)2 9045,16
(n∑X2-
(∑X)2)(n∑Y2- #######
(∑Y)2) ##
√(n∑X2-
(∑X)2)(n∑Y2- denominat
(∑Y)2) 11444,38 or
n(∑XY)-
(∑X)(∑Y) 9212,60 numerator
numerator/denomin
ator 0,8050
r 80,50
r is
r ≥ 60 accepted

Sj
Sj
Strain X Y XY X2 Y2
AB 44,00 32,24 1418,56 1936,00 1039,42
AC 40,74 40,74 1659,7778 1659,81 1659,75
AD 12,50 22,78 284,75 156,25 518,93
AE 23,33 20,83 486,03333 544,44 433,89
AF 46,15 46,15 2130 2130,18 2129,82
BC 24,14 32,24 778,2069 582,64 1039,42
BD 25,93 22,78 590,59259 672,15 518,93
BE 16,67 20,83 347,16667 277,78 433,89
BF 28,57 32,24 921,14286 816,33 1039,42
CD 28,57 22,78 650,85714 816,33 518,93
CE 23,33 20,83 486,03333 544,44 433,89
CF 40,74 40,74 1659,7778 1659,81 1659,75
DE 16,67 20,83 347,16667 277,78 433,89
DF 24,14 22,78 549,86207 582,64 518,93
EF 24,14 20,83 502,7931 582,64 433,89
n = 15 419,62 419,62 12812,72 13239,21 12812,73
n* 192190,80 198588,2057 192190,93
(∑X)(∑Y) 176080,06
(∑X)2 176079,19
n∑X2-(∑X)2 22509,02
(∑Y)2 176080,94
n∑Y2-(∑Y)2 16109,98
 No FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 24

(n∑X2-(∑X)2)(n∑Y2-
(∑Y)2) #########
√(n∑X2-(∑X)2)(n∑Y2-
(∑Y)2) 19042,58 denominator
n(∑XY)-(∑X)(∑Y) 16110,74 numerator
Numerator/denominator 0,8460
r 84,60
r ≥ 60 r is accepted