Laporan Sistematika Mikrobia

No.
Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA
ACARA - 3
KARAKTERISASI, KLASIFIKASI DAN IDENTIFIKASI KAPANG
Nama : Abdul Basith Azzam
NIM : 16/396879/BI/09637
Gol/Kel : Ganjil lab Anatomi Hewan /2
Asisten : Imanuella Berliana
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI
FAKULTAS BIOLOGI
UNIVERSITAS GADJAH MADA
YOGYAKARTA
2018
No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
I. PENDAHULUAN
A. Latar Belakang
Kapang adalah mikroorganisme yang termaksuk dalam anggota
Kingdom Fungi yang membentuk hifa. Kapang bukan merupakan kelompok
taksonomi yang resmi, sehingga anggota-anggota dari kapang tersebar ke
dalam Filum Glomeromycota, Ascomycota, dan Basidiomycota. Kapang
merupakan anggota Kingdom Fungi yang biasanya tumbuh pada permukaan
makanan yang sudah basi atau terlalu lama tidak diolah. Sebagian besar
kapang merupakan anggota dari kelas Ascomycetes. Kapang bereproduksi
dengan menggunakan spora. Spora kapang terdiri dari dua jenis, yaitu spora
seksual dan spora aseksual. Spora aseksual dihasilkan lebih cepat dan dalam
jumlah yang lebih banyak dibandingkan spora seksual. Spora aseksual
memiliki ukuran yang kecil (diameter 1-10 μm) dan ringan, sehingga
penyebarannya umumnya secara pasif menggunakan aliran udara. Apabila
spora tersebut terhirup oleh manusia dalam jumlah tertentu akan
mengakibatkan gangguan kesehatan (Campbell, dkk., 2002).
Fungi multiseluler mempunyai miselium atau filament, dan
pertumbuhannya dalam bahan makanan mudah sekali dilihat, yakni seperti
kapas. Pertumbuhan fungi mula-mula berwarna putih, tetapi bila telah
memproduksi spora maka akan terbentuk berbagai warna tergantung dari
jenis kapang. Sifat-sifat kapang baik penampakan mikroskopik ataupun
makroskopik digunakan untuk identifikasi dan klasifikasi kapang. Kapang
dapat dibedakan menjadi dua kelompok berdasarkan struktur hifa, yaitu hifa
tidak bersekat dan hifa bersekat yang membagi hifa dalam mangan-mangan,
dimana setiap mangan mempunyai inti satu atau lebih. Dinding penyekat
pada kapang disebut dengan septum yang tidak bertutup rapat sehingga
sitoplasma masih dapat bebas bergerak dari satu ruang keruang lainnya.
Kapang tidak berseptat intinya tersebar disepanjang septa (Boone dan
Castenholz, 2001)
Dalam identifikasi dan klasifikasi kapang yang belum dikenal dari suatu
spesimen, hal utama yang harus dilakukan adalah dengan memperoleh
biakan murni dari masing-masing organisme sebelum dilakukan berbagai

langkah dalam pengidentifikasian untuk klasifikasi seperti karakterisasi
morfologi.Selain dengan bentuk morfologi juga ditentukan oleh sifat – sifat
lain seperti kultur, fisiologi, dan reproduksi seksual. Sifat – sifat penting
yang digunakan untuk identifikasi dan klasifikasi jamur / fungi / khamir /
kapang yaitu sebagai berikut :
1. Sifat – sifat morfologi, meliputi reproduksi vegetatif; pertunasan,
pembelahan, pembelah tunas, pembentukan spora aseksual; bentuk sel
vegetatif (bentuk, ukuran, warna, ciri – ciri lain).
2. Sifat – sifat kultur, meliputi karakteristik pertumbuhan di dalam medium
cair dan karakteristik pertumbuhan pada medium padat.
3. Sifat – sifat fisiologi, antara lain penggunaan senyawa karbon,
penggunaan senyawa nitrogen, pertumbuhan di dalam medium dengan
tekanan osmotik tinggi, pertumbuhan pada suhu relatif tinggi, produksi
asam, produksi senyawa eksraseluler, hidrolisis urea, pemecahan lemak,
pembentukan pigmen, produksi eter, ketahanan terhadap aktidion (
sikloheksimida ), dan pencairan gelatin.
Reproduksi seksual, yaitu karakteristik askus dan aksospora, infertilisas
pada khamir Ascomycetes, dan karakteristik teliospora dan sporodia
(basidiospora) (Harly, 2005).
Keberadaan kapang dapat diamati dengan melihat gejala atau pengaruh
yang ditimbulkan dari aktifitasnya. Berdasarkan fungsi dan dampaknya,
kapang sangat beranekaragam dan memiliki banyak karakter yang bersifat
umum dan khusus. Sistematika mikrobia adalah salah satu cabang ilmu
mikrobiologi yang menitikberatkan pada karakterisasi mikrobia. Salah satu
cara karakterisasi yang dilakukan dalam sistematikamikrobia adalah
menggunakan taksonomi numerik yang berasal dari taxo-species concept
(Holt et al. 2001).
Berdasarkan konsep tersebut, maka mikrobia dapat dikarakterisasi,
salah satunya yaitu kapang. Cara karakterisasi yang dilakukan adalah dengan
menggunakan metode taksonomi numerik fenetik yang berdasarkan

kemiripan sifat yang dimiliki oleh kapang.
Taksonomi yang ideal adalah yang memuat informasi sebanyak-
banyaknya tentang karakter yang dimiliki. Dari masing-masing sifat ini
memiliki kedudukan yang setara, dimana tingkat kedekatan antara dua strain
merupakan proporsi kemiripan sifat yang dimiliki bersama dan similaritas ini
bersifat fenetis. Sehingga apabila yang memiliki tingkat similaritas tinggi
belum tentu memiliki hubungan filogenetis ( Bergey, 2001 ).
Dalam sistem taksonomi numerik-fenetik digunakan sebanyak-
banyaknya karakter dari organisme-organisme yang akan dikelompokkan dan
dilanjutkan dengan mencari index similaritas (IS) dari satu organisme
terhadap organisme lain dalam daftar organisme yang akan dikelompokkan
(disebut OTUs). Taksonomi numerik mengkaji hubungan taksa dengan
menggunakan nilai similaritas dari OTU sehingga dapat dibuat tingkatan
kategori berdasarkan derajat/ indeks similaritas. Pada praktek taksonomi
numerik-fenetik, biasa digunakan Simple Matching Coefisient (Ssm) dan
Jaccard Coeficient (Sj). Sj tidak memperhatikan sifat yang sama-sama tidak
dimiliki (negatif). Sedangkan pada Ssm semua sifat yang ada dilihat dan
digunakan. Dalam sistematika mikrobia, unit taksonomi yang terkecil adalah
spesies. Beberapa konsep yang digunakan adalah konsep taxospecies,
genospecies, dan genomic species. Dalam praktek taksonomi numerik-
fenetik, digunakan konsep taxospecies, dimana suatu strain dikelompokkan
menjadi satu spesies jika IS ≥ 70%. Pada percobaan kali ini akan dilakukan
taksonomi numerik-fenetik yang berarti karakter yang digunakan berdasarkan
karakter luar seperti morfologi dan sifat biokimia.
Identifikasi dan klasifikasi kapang yang belum dikenal dari suatu
spesimen, hal utama yang harus dilakukan adalah dengan memperoleh
biakan murni yang selanjutnya dikarakterisasi dan identifikasi untuk
memperoleh tingkat kedekatan antar strain.
Dalam pengamatan ini digunakan enam strain dan dilakukan berbagai
pengujian terhadap strain-strain yang telah disediakan melalui pengamatan
morfologi koloni, uji fisiologis, morfologi hifa, tipe spora, dan struktur
tambahan. Selain itu perlu dilakukan pengklasifikasian secara numeric-
fenetik dengan Ssm (Simple Matching) dan Sj (Jaccard) maka dapat
dihasilkan suatu pengelompokan (clustering ) kemiripan strain kapang yang
berbeda.
Dalam prakteknya, terdapat berbagai tahapan dalam pengklasifikasian
numerik-fenetik yang dilakukan sehingga diperoleh similaritas yang bersifat
fenetik. Oleh sebab itu penting dilakukan percobaan ini karena dapat
membantu memahami langkah-langkah pengklasifikasian mikrobia secara
numerik-fenetik dengan benar dan hasil yang akurat.
B. Tujuan
Tujuan dari percobaan ini adalah untuk mengkarakterisasi,
mengklasifikasi dan mengidentifikasi 6 strain kapang yang ada di
laboratorium Mikrobiologi Fakultas Biologi Universitas Gadjah Mada.
II. METODE
A. Alat dan Bahan

Bahan yang digunakan antara lain 6 strain kapang, medium PDA
plate, MEA plate, medium pati agar, dan larutan jodium. Alat yang
digunakan dalam praktikum kali ini antara lain petridish untuk tempat
medium kapang, jarum ose untuk mengambil mikrobia, pipet tetes untuk
meneteskan larutan, bunsen spitrus untuk menjaga keaseptisan dalam
percobaan, dan mikroskop untuk membantu pengamatan karakter kapang.
B. Cara Kerja
Dalam penelitian ini diakukan 5 jenis karakterisasi yaitu morfologi
koloni menggunakan medium PDA plate dan medium MEA plate ;
morfologi hifa ; tipe spora; struktur tambahan dan karakter fisiologis.
Pada morfologi koloni enam strain yang telah ditumbuhkan pada
medium MEA plate dan medium PDA plate diamati menggunakan
mikroskop. Pada medium PDA plate diamati pertumbuhan, warna atas,
warna bawah, tekstur, dan pola koloni. Sedangkan pada medium MEA plate
diamati pertumbuhannya saja.
Pada pengamatan morfologi hifa diamati pada medium PDA untuk
mengetahui apakah hifa tersebut bersekat atau tidak dan jernih atau keruh
yang diamati melalui mikroskop.
Pada pengamatan tipe spora diamati ada tidaknya spora seksual dan
aseksual pada kapang yang ditumbuhkan pada medium PDA plate.
Pada pengamatan keempat adalah pengamatan struktur tambahan yang
dimiliki strain kapang uji. Pada penngamatan ini dilihat apakah ada struktur
tambahan berupa sel kaki, rhizoid, phiallide, apophysis, dan stolon.
Pada pengujian terakhir yaitu pengujian sifat fisiologis, dilakukan satu
pengujian pada tiap strain kapang, yaitu hidrolisis pati. Pada uji ini strain
kapang ditumbuhnkan pada medium pati agar lalu diinkubasikan selama 1-2
minggu setelah itu ditetesi larutan jodium (JKJ).
Setelah data keenam strain dengan unit masing-masing karakter

didapatkan lalu dilakukan klasifikasi numeric-fenetik. Data yang diperoleh
disusun dalam bentuk tabel n x t. Strain mikrobia diklasifikasikan
berdasarkan nilai similaritas dan dissimilaritaskan dari data yang dihitung
yaitu dari matrix n x t.
Dilakukan perhitungan nilai similaritas menggunakan Simple
Matching Coefficient (Ssm) dan Jaccard Coefficient (Sj) ditentukan dengan
persamaan sebagai berikut :
𝒂+𝒃
𝑺𝒔𝒎 = 𝒙 𝟏𝟎𝟎
𝐚+𝐛+𝐜+𝐝
𝒂
𝑺𝒋 = 𝒙 𝟏𝟎𝟎
𝐚+𝐛+𝐜
Keterangan :
a = karakter dimiliki oleh kedua strain yang diperbandingkan
b = karakter hanya dimiliki strain I, sedangkan strain II tidak memiliki
karakter tersebut
c = karakter yang hanya dimiliki strain II tetapi tidak dimiliki strain I

d = karakter tidak dimiliki oleh kedua strain
Strain yang memiliki kemiripan dimasukkan dalam satu kelompok
dengan menggunakan algoritma pengklateran. Algoritma pengklasteran
yang digunakan adalah UPGMA (Unweight Pair Group Method With
Arithmetic Averages). Kelompok yang dibentuk secara numeric kemudian
dipelajari dan karakter yang bersifat membedakan dipilih diantara data
dalam matrks untuk selanjutnya digunakan identifikasi. Setelah dilakukan
uji pengklasteran, hasilnya diringkas dalam bentuk dendogram. Dilakukan
uji analisis korelasi kofenetik antara keenam strain kapang dengan
melakukan pengujian antara hasil Indeks Matriks Similaritas Ssm dan Sj
yang diturunkan dari table (x) dengan indeks similaritas yang diturunkan
dari dendogram (y).
III. HASIL
Dari pengamatan yang telah dilakukan pada 6 strain kapang
didapatkan data sebagai berikut
Tabel 1. Matrix n x t
Strain (OTU)
No Karakter
A B C D E F
PDA
Pertumbuhan
1 Lebat 0 0 1 1 0 0
2 Sedang 1 0 0 0 1 0
3 Jarang 0 1 0 0 0 1
Warna atas
4 Hitam 1 0 0 0 0 0
5 Hijau 0 1 0 0 1 0
6 Cokelat 0 0 1 1 0 0
7 Putih 0 0 0 0 0 1
Warna Bawah
8 Putih 1 1 0 0 1 1
9 Abu-abu 0 0 1 0 0 0
10 Cokelat 0 0 0 1 0 0
Tekstur
11 Granular 1 0 1 0 0 0
12 Cottoni 0 1 0 1 1 1
Pola koloni
13 Radial furrow 0 0 0 1 1 0
14 Zonasi 1 1 1 0 0 1
MEA
Pertumbuhan
15 Sedang 0 1 0 1 0 1
16 Lebat 1 0 1 0 0 0
17 jarang 0 0 0 0 1 0
Uji karakter fisiologis
18 Hidroisis Pati 0 0 0 0 0 1
Morfologi Hifa
19 Bersekat 1 0 0 1 1 0
20 Tidak Bersekat 0 1 1 0 0 1
21 Jernih 1 1 1 0 1 0
22 Tidak Jernih 0 0 0 1 0 1
Tipe Spora Aseksual
23 Sporangiospora 1 0 1 0 0 0
24 Konidiospora 0 1 0 1 1 1
Struktur Tambahan
25 Sel kaki 1 0 0 0 0 0
26 Rhizoid 1 0 0 0 0 0
27 Apophysis 0 0 1 0 0 0
28 Stolon 0 0 1 0 0 0
Dari tabel di atas dapat diamati table n x t, yakni jumlah strain yang
diamati diwakli oleh huruf A, B, C, D, E, dan F, dan karakter yang
digunakan untuk karakterisasi sebanyak 28 karakter. Dari table ini maka
dapat dihitung indeks similaritasnya menggunakan koefisien Ssm maupun
Sj.
Tabel 2. Matriks Simiaritas SSM
A B C D E F
A
B 38,89%
C 44,44% 38,89%
D 27,78% 44,44% 33,33%
E 44,44% 55,56% 27,78% 50,00%
F 30,56% 63,89% 30,56% 47,22% 41,67%
Tabel 3. Matriks Simiaritas Sj
A B C D E F
A
B 17,65%
C 29,41% 17,65%
D 5,26% 20,00% 11,11%
E 25,00% 38,46% 5,26% 28,57%
F 10,53% 58,33% 10,53% 26,67% 18,75%
Hasil indeks similaritas Ssm dan Sj kemudian digunakan untuk membuat

clustering strain kapang berdasarkan algoritme pengklasteran average linkage
(UPGMA).
Tabel 4. Clustering 6 strain kapang berdasarkan Ssm
B F D E A C
100 B F D E A C
90 B F D E A C
80 B F D E A C
70 B F D E A C
63,89 (B, F) D E A C
60 (B, F) D E A C
50 (B, F) (D, E) A C
47,22 {(B,F), (D,E)} A C
44,44 {(B,F), (D,E)} (A,C)
40 {(B,F), (D,E)} (A,C)
34,03 {(B,F), (D,E)}{(A,C)}
30 {(B,F), (D,E)}{(A,C)}
20 {(B,F), (D,E)}{(A,C)}
10 {(B,F), (D,E)}{(A,C)}
Tabel 5. Clustering 6 strain kapang berdasarkan Sj
B F E D A C
100 B F E D A C
90 B F E D A C
80 B F E D A C
70 B F E D A C
60 B F E D A C
58,33 (B,F) E D A C
50 (B,F) E D A C
40 (B,F) E D A C
30 (B,F) E D A C
29,41 (B,F) E D (A,C)
28,61 (B,F),(E) D (A,C)
25,95 {(B,F),(E)}(D) (A,C)
20 {(B,F),(E)}(D) (A,C)
11,4 {(B,F),(E), (D)}{(A,C)}
10 {(B,F),(E), (D)}{(A,C)}
Pengklasteran terbentuk sesuai dengan indeks similaritas Ssm dan Sj yang

didapat. Clustering kemudian digunakan untuk membuat dendogram.
10 20 30 34,03 40 44,44 47,22 50 60 63,89 70 80 90 100
Gambar 1. Dendrogram untuk nilai similaritas Ssm

10 11,4 20 25,95 28,61 29,41 30 40 50 58,33 60 70 80 90 100
Gambar 2. Dendrogram untuk nilai similaritas Sj
Dari hasil dendogram kemudian dibuat matriks similaritas Ssm turunan

dari dendogram.
Tabel 6. Matriks similaritas turunan dendrogram Ssm
A B C D E F
A
B 34,03
C 44,44 34,03
D 34,03 47,22 34,03
E 34,03 47,22 34,03 50
F 34,03 63,89 34,03 47,22 47,22
Tabel 7. Matriks similaritas turunan dendrogram Sj
A B C D E F
A
B 11,4
C 29,41 11,4
D 11,4 25,95 11,4
E 11,4 28,61 11,4 25,95
F 11,4 58,33 11,4 25,95 28,61
Kemudian dilakukan perhitungan koefisien kofenetik dari dendrogam

Ssm yang dihasilkan dan didapatkan r = 87,17 %. Ini berarti nilai r > 60%,
sehingga dendrogram Ssm dapat diterima. Kemudian pada perhitungan
koefisien kofenetik dari dendogram Sj dihasilkan r = 88,97 %. Ini berarti
nilai r > 60%, sehingga dendrogram Sj dapat diterima.
IV. PEMBAHASAN
Pada umumnya terdapat tiga cara klasifikasi yaitu klasifikasi artifisial,
klasifikasi fenetik, dan klasifikasi filogenik. Salah satu penerapan klasifikasi
fenetik adalah pada taksonomi numerik (numerical taxonomy). Klasifikasi
numeric fenetik atau dengan nama lain yaitu klasifikasi adanonsian
merupakan pengelompokan unit takson dengan metode kuantitatif ke dalam
taksa tertentu berdasarkan atas karakter/ sifat yang dimiliki. Taksonomi
numeric-fenetik memiliki sifat mengandung banyak-banyak informasi,
dapat mengakomodasikan variasi, menggunakan sebanyak-banyaknya
karakter (politetik), system simpanan informasi yang berharga, dan
merupakan system ‘retrieval’ bagi para ilmuwan. Tujuan utama dari
taksonomi numeric-fenetik yaitu untuk menghasilkan suatu klasifikasi yang
bersifat teliti, reprodusible, serta padat informasi (Boone and Castenholz,
2001).
Dalam teknik klasifikasi numerik ini ada beberapa tahapan meliputi :
1. Strain mikrobia ( n ) yang akan diklasifikasikan dikoleksi lalu
ditentukan karakter fenotipiknya dalam jumlah besar ( t ) yang
mencakup sifat biokimiawi, morfologis, nutrisional, dan fisiologis. Data
yang diperoleh disusun dalam suatu matriks n x t.
2. Strain mikrobia diklasifikasikan berdasarkan nilai similaritas atau
disimilaritas yang dihitung dari data matriks n x t.
3. Strain yang mirip akan dimasukkan dalam suatu kelompok dengan
menggunakan algoritma pengklasteran ( clustering algorithm ).
4. Kelompok yang dibentuk secara numeric lalu dipelajari dan karakter

yang bersifat membedakan ( separating character ) dipilih diantara data
dalam matriks untuk selanjutnya digunakan dalam identifikasi.
(Sneath, 2001)
Sistem taksonomi ini digunakan sebanyak-banyaknya sifat (minimal
50 sifat) kemudian dicari indeks similaritas (IS) dari mikroba yang akan
dikelompokkan (disebut OTUs). Ada dua macam Koefisien Asosisi yaitu
Simple Matching Coefisient (SSM) dan Jaccard Coeficient (SJ). Pada SSM
semua sifat yang ada dilihat dan digunakan. Sedangakan pada SJ tidak
memperhatikan sifat yang sama-sama tidak dimiliki (negative). Kemudian
dari matriks IS tersebut, akan diperoleh dendogram. Metode yang umum
dalam pembuatan dendogram adalah sverage linkage clustering (UPGMA :
unwieghted pair-group method using arithmetic averages) yaitu suatu
metode pengklasteran akan menggabung ke klaster tertentu pada suatu nilai
yang dihitung tersendiri, yaitu rerata nilai-nilai IS
Pada percobaan ini dilakukan karakterisasi dan identifikasi terhadap
enam strain mikrobia (A, B, C, D, E, dan F). Untuk mendapatkan karakter
uji dilakukan pengamatan morfologi koloni, morfologi sel, serta pengujian
sifat. Data yang didapat kemudian disajikan dalam bentuk numeric dengan
memberikan nilai ‘+’ atau ‘-‘. Dalam matriks tersebut dilihat berbagai
karakter masing-masing strain terhadap berbagai uji yang dilakukan. Ada
strain yang memberikan nilai ‘+’ da nada juga yang memberikan nilai ‘-‘
terhadap suatu uji. Dari pengujian yang telah dilakukan diperoleh 36
karakter uji. Dalam suatu klasifikasi numeric-fenetik minimal karakter yang
dibuutuhkan yaitu 50 karakter. Hal ini menunjukkan bahwa karakterisasi
yang telah dilakukan dalam percobaan ini belum memenuhi persyaratan
klasifikasi numeric-fenetik sehingga hasil yang diperoleh menjadi kurang
atau tidak valid karena strain-strain yang diuji menjadi lebih mirip satu sama
lain dari pada yang seharusnya.
Dalam praktikum ini digunakan enam macam strain kapang. Strain
tersebut adalah Strain A, Strain B, Strain C, Strain D , Strain E dan Strain F.
Karakter yang digunakan untuk klasifikasi meliputi karakteristik

pertumbuhan (lebat, sedang, jarang), morfologi hifa (bersekat, tidak
bersekat), karakteristik miselium (jernih/gelap), tipe spora seksual,
aseksual(sporangiospora, konidiospora), struktur tambahan, bentuk
pertumbuhan, warna koloni atas dan bawah, serta hidrolisis amilum (pati).
Hidrolisis amilum (pati) ditandai dengan berubahnya warna medium pati
agar yang semula putih menjadi jernih. Strain kapang yang dapat
menghidrolisis pati menunjukkan bahwa kapang tersebut memiliki enzim
amilase untuk menghidrolisis amilum
Data yang diperoleh dari karakterisasi tersebut dianalisis lebih lanjut
untuk mencari Indeks Similaritasnya (IS) antara keenam strain tersebut.
Penghitungan nilai IS dapat diperoleh dengan menggunakan 2 metode, yaitu
metode Simple Matching Coefficient (SSM) dan Jaccard Coefficient (SJ).
dari kedua metode ini menggunakan dasar perhitungan yang berbeda. Pada
metode SSM menggunakan hasil karakterisasi, baik yang sama-sama positif
maupun yang sama-sama negative pada kedua strain yang dibandingkan.
Tetapi dalam metode SJ, hasil yang sama-sama negative diabaikan. Dalam
klasifikasi, khususnya klasifikasi numeric fenetik, yang menjadi dasar
klasifikasi adalah derajat kesamaan antara strain yang diuji. Oleh karena itu,
semua karakter yang sama akan menjadi dasar pengelompokan strain-strain
dalam satu spesies. Dari percobaan yang dilakukan diperoleh matriks
similaritas original untuk metode SSM (Tabel 2.) dan matrik similaritas
original untuk metode Sj (Tabel 3.)
Setelah diperoleh indeks similaritas melalui Ssm dan Sj, kemudian
dilakukan analisis clustering. Prinsip dari analisis clustering adalah untuk
mencari similaritas dengan nilai tinggi yang mengindikasikan pasangan
paling sama dari OUT (Operational Taxonomic Unit). Metode yang paling
umum digunakan yaitu Unweigthted Pair Group Method With Averages
(UPGMA) (Boone and Castenholz, 2001). Untuk menunjukkan hasil
analisis clustering, hasil divisualisasikan kedalam bentuk dendogram.
Kemudian dibuat analisis korelasi yang bertujuan untuk menentukan
hubungan kemiripan antara strain mikrobia satu dengan strain mikrobia

yang lain. Nilai korelasi kofeneetik pada Ssm dan Sj yang melebihi 60 %
menunjukkan bahwa uji yang dilakukan terhadap keenam strain kapang
tersebut dapat diterima atau dipercaya, sehingga kelompok yang dibentuk
memiliki kedekatan yang dapat diterima.
Berdasarkan perhitungan dan konstruksi dendogram dengan Ssm,
kemiripan yang paling tinggi adalah antara strain (B) dan (F) dengan nilai
similaritas 63,89 %. Kemiripan yang kedua antara strain (D) dan (E) yang
bergabung pada tingkat kemiripan 50 %. Selanjutnya, strain (BF)
bergabung dengan kluster strain (DE) pada tingkat kemiripan 47,22 %.
Strain (A) bergabung dengan strain (C) pada tingkat kesamaan 44,44 %.
Kemudian kluster strain (AC) dan (BFDE) bergabung membentuk
kelompok yang lebih besar pada tingkat kemiripan 34,03 % dan dapat
dikatakan bahwa pada tingkat tersebut adalah tingkat kemiripan keenam
strain yang ada. Berdasarkan konsep taxospecies, dua atau lebih strain
diklasifikasikan sebagai satu spesies jika strain-strain tersebut memiliki nilai
similaritas ≥ 70 %. Dengan demikian, berdasarkan hasil konstruksi
dendogram Ssm , tidak ada strain yang satu spesies.
Berdasarkan perhitungan dan konstruksi dendogram dengan Sj,
kemiripan yang paling tinggi adalah antara strain (B) dan (F) dengan nilai
similaritas 58,33 %. Kemudian antara strain (A) dan (C) dengan tingkat
kemiripan 29,41 %. Selanjutnya, strain (E) bergabung dengan kluster strain
(BF) pada tingkat kemiripan 28,61 %. Stain (D) bergabung dengan kluster
(BFE) pada tingkat kesamaan 25,95 %. Kemudian klaster (AC) dan kluster
(BFED) bergabung membentuk kelompok yang lebih besar pada tingkat
kemiripan 11,4 % dan dapat dikatakan bahwa pada tingkat tersebut adalah
tingkat kemiripan keenam strain yang ada. Karena keseluruhan strain tidak
menunjukkan nilai similaritas lebih dari ≥ 70 % maka keseluruhan spesies
adalah spesies yang terpisah berdasarkan konsep taksospesies. Dengan
demikian, berdasarkan hasil konstruksi dendogram Sj , didapatkan 6 spesies
yaitu species (A), (B), (C), (D), (E), dan (F).
Dari penjelasan di atas dapat di ketahui bahwa metode taksonomi

numerik similaritas bersifat fenetik yang tidak menunjukan hubungan
kekerabatan. Semakin banyak karakter yang diujikan, maka hasilnya
semakin baik. Sehingga walaupun nilai similaritas tinggi baik pada metode
SSM maupun pada metode SJ, strain kapang tersebut belum tentu
mempunyai hubungan kekerabatan, sebaliknya strain kapang yang
mempunyai hubungan kekerabatan tinggi belum tentu mempunyai
similaritas (kemiripan sifat) yang tinggi.
Setelah dilakukan pengklusteran, selanjutnya dikonstruksi
dendogramnya. Perhitungan analisis korelasi kofenetiknya (r) dilakukan
berdasarkan Indeks Similaritas turunan. Nilai koefisien kofenetik
menunjukkan apakah suatu dendogram yang terbentuk tersebut sudah
merepresentasikan nilai similaritas yang ada atau tidak. Suatu dendogram
dapat diterima jika nilai r yang diperoleh ≥ 60%. Jika diperoleh nilai r < 60
% berarti terlalu banyak distorsi dalam perhitungan IS sehingga dendogram
yang terbentuk tidak merepresentasikan similaritas yang ada. Dalam
percobaan ini, nilai r untuk dendogram yang terbentuk dengan metode Ssm
sebesar 87,17 % sedangkan dengan metode Sj diperoleh 88,97 % Hal ini
menunjukkan bahwa dendogram mempunyai kevalidan yang tinggi. Selain
itu tingkat kesamaan lebih valid bila menggunakan metode Sj karena nilai r
pada Sj lebih besar berarti lebih akurat.
V. KESIMPULAN
Dendogram indeks similaritas antara Ssm dan SJ menunjukkan

kecenderungan struktur hampir sama. Dari hasil data yang diperoleh
kesimpulan yang dapat ditarik yaitu nilai koefisien korelasi kofenetik
dengan metode Ssm yaitu 87,17 %, sedangkan dengan metode Sj 88,97 %.
Pada uji Ssm dan Sj tidak ditemukan strain kapang yang satu spesies karena
nilai similaritas <70 %. Koefisien korelasi kofenetik pada metode Ssm dan
Sj melebihi 60 % menunjukkan bahwa uji yang dilakukan terhadap keenam
strain kapang tersebut layak atau dapat dipercaya. Metode Sj lebih valid
akurat digunakan dalam metode klasifikasi modern.
VI. DAFTAR PUSTAKA

Bergey. 2001. Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology. 2 ed.
Volume I. Springer velay. New York.
Boone, R.D., Castenholz, W.R. 2001. Bergey’s Manual of Systematic

Bacteriology 2nd edition Vol I. Springervelay. New York.
Campbell, N. A., J. B. Reece, dan L. G. Mitchell. 2002. Biologi Jilid I. Edisi
5. Erlangga. Jakarta. Hal: 223-225.
Harly, J. P. 2005. Laboratory Exorcises in Microbiology. 6th edition.

McGraw-Hill Companies, Inc. New York.
Holt, J. G., N. R. Krieg, P. H. A. Sneath, J. T. Staley, and S. T. Williams.

2001. Bergey's Manual of Systematic Bacteriology : Numerical
Taxonomy. Springer Co. New York.
Sneath . 2001. Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology. 2nd ed. Vol 1.
Springer, New York.
Lampiran
1. Perhitungan Ssm dan Sj
IS IS Sj
Similaritas a b c d Perhitungan Perhitungan
Ssm(%) (%)
A-B 3 8 6 11 (3+11)/28 = 0,3889 38,89% 3/(3+8+6) = 0,1765 17,65%
A-C 5 6 6 11 (5+11)/28 = 0,4444 44,44% 5/(5+6+6) = 0,2941 29,41%
A-D 1 10 8 9 (1+9)/28 = 0,2778 27,78% 1/(1+10+8) = 0,0526 5,26%
A-E 4 7 5 12 (4+12)/28 = 0,4444 44,44% 4/(4+7+5) = 0,2500 25,00%
A-F 2 9 8 9 (2+9)/28 = 0,3056 30,56% 2/(2+9+8) = 0,1053 10,53%
B-C 3 6 8 11 (3+11)/28 = 0,3889 38,89% 3/(3+6+8) = 0,1765 17,65%
B-D 3 6 6 13 (3+13)/28 = 0,4444 44,44% 3/(3+6+6) = 0,2000 20,00%
B-E 5 4 4 15 (5+15)/28 = 0,5556 55,56% 5/(5+4+4) = 0,3846 38,46%
B-F 7 2 3 16 (7+16)/28 = 0,6389 63,89% 7/(7+2+3) = 0,5833 58,33%
C-D 2 9 7 10 (2+10)/28 = 0,3333 33,33% 2/(2+9+7) = 0,1111 11,11%
C-E 1 10 8 9 (1+9)/28 = 0,2778 27,78% 1/(1+10+8) = 0,0526 5,26%
C-F 2 9 8 9 (2+9)/28 = 0,3056 30,56% 2/(2+9+8) = 0,1053 10,53%
D-E 4 5 5 14 (4+14)/28 = 0,5000 50,00% 4/(4+5+5) = 0,2857 28,57%
D-F 4 5 6 13 (4+13)/28 = 0,4722 47,22% 4/(4+5+6) = 0,2667 26,67%
E-F 3 6 7 12 (3+12)/28 = 0,4167 41,67% 3/(3+6+7) = 0,1875 18,75%
2. Perhitungan clustering ssm
A B C D E F
A
B 38,89%
C 44,44% 38,89%
D 27,78% 44,44% 33,33%
E 44,44% 55,56% 27,78% 50,00%
F 30,56% 63,89% 30,56% 47,22% 41,67%
(A,B;A,F) 34,72%
(C,B;C,F) 34,72%
(D,B;D,F) 45,83%
(E,B;E,F) 48,61%
BF A C D E
BF
A 34,72%
C 34,72% 44,44%
D 45,83% 27,78% 33,33%
E 48,61% 44,44% 27,78% 50,00%
(BFD, BFE) 47,22%

(AD,AE) 36,11%
(CD, CE) 30,56%
DE BF A C
DE
BF 47,22%
A 36,11% 34,72%
C 30,56% 34,72% 44,44%
(ADE, ABF) 35,42%

(CDE, CBF) 32,64%
DEBF A C
DEBF
A 35,42%
C 32,64% 44,44%
(DEBFA,
DEBFC) 34,03%
AC DEBF
AC
DEBF 34,03%
Perhitungan clustering Sj
A B C D E F
A
B 17,65%
C 29,41% 17,65%
D 5,26% 20,00% 11,11%
E 25,00% 38,46% 5,26% 28,57%
F 10,53% 58,33% 10,53% 26,67% 18,75%
(AB, AF) 14,09%

(CB, CF) 14,09%
(DB, DF) 23,33%
(EB, EF) 28,61%
BF A C D E
BF
A 14,09%
C 14,09% 29,41%
D 23,33% 5,26% 11,11%
E 28,61% 25,00% 5,26% 28,57%
(BFA, BFC) 14,09%

(DA, DC) 8,19%
(EA, EC) 15,13%
AC BF D E
AC
BF 14,09%
D 8,19% 23,33%
E 15,13% 28,61% 28,57%
(ACBF,
ACE)) 14,61%
(DBF, DE) 25,95%
BFE AC D
BFE
AC 14,61%
D 25,95% 8,19%
ACBFE,ACD 11,40%
BFED AC
BFED
AC 11,40%
3. Perhitungan r Ssm dan Sj
SSM X Y X2 Y2 XY
A-B 38,89 34,03 1512,432 1158,041 1323,427
A-C 44,44 44,44 1974,914 1974,914 1974,914
A-D 27,78 34,03 771,7284 1158,041 945,3534
A-E 44,44 34,03 1974,914 1158,041 1512,293
A-F 30,56 34,03 933,9136 1158,041 1039,957
B-C 38,89 34,03 1512,432 1158,041 1323,427
B-D 44,44 47,22 1974,914 2229,728 2098,457
B-E 55,56 47,22 3086,914 2229,728 2623,543
B-F 63,89 63,89 4081,932 4081,932 4081,932
C-D 33,33 34,03 1110,889 1158,041 1134,22
C-E 27,78 34,03 771,7284 1158,041 945,3534
C-F 30,56 34,03 933,9136 1158,041 1039,957
D-E 50 50 2500 2500 2500
D-F 47,22 47,22 2229,728 2229,728 2229,728
E-F 41,67 47,22 1736,389 2229,728 1967,657
Σ 619,45 619,45 27106,74 26740,09 26740,22
Sj X Y X2 Y2 XY
A-B 17,65 11,4 311,5225 129,96 201,21
A-C 29,41 29,41 864,9481 864,9481 864,9481
A-D 5,26 11,4 27,6676 129,96 59,964
A-E 25 11,4 625 129,96 285
A-F 10,53 11,4 110,8809 129,96 120,042
B-C 17,65 11,4 311,5225 129,96 201,21
B-D 20 25,95 400 673,4025 519
B-E 38,46 28,61 1479,172 818,5321 1100,341
B-F 58,33 58,33 3402,389 3402,389 3402,389
C-D 11,11 11,4 123,4321 129,96 126,654
C-E 5,26 11,4 27,6676 129,96 59,964
C-F 10,53 11,4 110,8809 129,96 120,042
D-E 28,57 25,95 816,2449 673,4025 741,3915
D-F 26,67 25,95 711,2889 673,4025 692,0865
E-F 18,75 28,61 351,5625 818,5321 536,4375
Σ 323,18 314,01 9674,179 8964,289 9030,679
nsigmaxy 401103,276
sigmaxxsigmay 383718,3025
nsigmax^2 406601,1135
sigmx)^2 383718,3025
nsigmay^2 401101,2975
sigmy)^2 383718,3025
r ssm 87,16799238
nsigmaxy 135460,1865
sigmaxxsigmay 101481,7518
nsigmax^2 145112,685
sigmx)^2 104445,3124
nsigmay^2 134464,3305
sigmy)^2 98602,2801
r Sj 88,97392561

Laporan Sistematika Mikrobia

Diunggah oleh

Informasi Dokumen

Deskripsi Asli:

Judul Asli

Hak Cipta

Format Tersedia

Bagikan dokumen Ini

Bagikan atau Tanam Dokumen

Opsi Berbagi

Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

Apakah konten ini tidak pantas?

Hak Cipta:

Format Tersedia

Laporan Sistematika Mikrobia

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

No.

LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA

KARAKTERISASI, KLASIFIKASI DAN IDENTIFIKASI KAPANG

Nama : Abdul Basith Azzam

Asisten : Imanuella Berliana

UNIVERSITAS GADJAH MADA

biakan murni dari masing-masing organisme sebelum dilakukan berbagai

menggunakan metode taksonomi numerik fenetik yang berdasarkan

A. Alat dan Bahan

Setelah data keenam strain dengan unit masing-masing karakter

c = karakter yang hanya dimiliki strain II tetapi tidak dimiliki strain I

Hasil indeks similaritas Ssm dan Sj kemudian digunakan untuk membuat

Tabel 4. Clustering 6 strain kapang berdasarkan Ssm

Tabel 5. Clustering 6 strain kapang berdasarkan Sj

Pengklasteran terbentuk sesuai dengan indeks similaritas Ssm dan Sj yang

10 20 30 34,03 40 44,44 47,22 50 60 63,89 70 80 90 100

Gambar 1. Dendrogram untuk nilai similaritas Ssm

10 11,4 20 25,95 28,61 29,41 30 40 50 58,33 60 70 80 90 100

Gambar 2. Dendrogram untuk nilai similaritas Sj

Dari hasil dendogram kemudian dibuat matriks similaritas Ssm turunan

Tabel 6. Matriks similaritas turunan dendrogram Ssm

Tabel 7. Matriks similaritas turunan dendrogram Sj

F 11,4 58,33 11,4 25,95 28,61

Kemudian dilakukan perhitungan koefisien kofenetik dari dendrogam

4. Kelompok yang dibentuk secara numeric lalu dipelajari dan karakter

Karakter yang digunakan untuk klasifikasi meliputi karakteristik

hubungan kemiripan antara strain mikrobia satu dengan strain mikrobia

Dari penjelasan di atas dapat di ketahui bahwa metode taksonomi

Dendogram indeks similaritas antara Ssm dan SJ menunjukkan

VI. DAFTAR PUSTAKA

Boone, R.D., Castenholz, W.R. 2001. Bergey’s Manual of Systematic

Harly, J. P. 2005. Laboratory Exorcises in Microbiology. 6th edition.

Holt, J. G., N. R. Krieg, P. H. A. Sneath, J. T. Staley, and S. T. Williams.

2. Perhitungan clustering ssm

(BFD, BFE) 47,22%

(ADE, ABF) 35,42%

(AB, AF) 14,09%

(BFA, BFC) 14,09%

3. Perhitungan r Ssm dan Sj

Anda mungkin juga menyukai