No FO-UGM-BI-07-13

BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 1

LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA

85.5 ACARA I

KARAKTERISASI, KLASIFIKASI, DAN IDENTIFIKASI KHAMIR

DENGAN METODE TAKSONOMI NUMERIK FENETIK

Nama : Muhammad Rafie

NIM : 20/461062/BI/10613

Golongan (Kel) : Selasa (5)

Asisten : Fachrunniam

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

FAKULTAS BIOLOGI

UNIVERSITAS GADJAH MADA

YOGYAKARTA

2022/2023
 No FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 2

ACARA I
KARAKTERISASI DAN KLASIFIKASI KHAMIR DENGAN METODE
TAKSONOMI NUMERIK FENETIK
I. Latar Belakang 16.5
Khamir (yeast) merupakan fungi uniseluler eukariotik yang reproduksi
aseksualnya terutama melalui pembentukan tunas (budding) atau pembelahan
(fission) dan memiliki fase seksual yang tidak tertutup dalam badan buah.
Ukuran sel khamir sangat bervariasi bergantung pada jenis spesies dan kondisi
pertumbuhannya. Beberapa khamir memiliki panjang sel 2-3 μm sementara
khamir lainnya dapat mencapai 20- 50 μm. Lebar sel khamir yaitu antara 1-10
μm,. Khamir termasuk dalam Kingdom Eumycota. Berdasarkan taksonominya,
khamir termasuk dalam dua kelompok yaitu filum Ascomycota dan filum
Basidiomycota (Kurtzman & Sugiyama 2015). Filum Ascomycota merupakan
kelompok khamir yang memproduksi askospora (asporogenous yeast) dan
tidak membentuk askokarp. Sebagian besar khamir kelompok ini merupakan
anggota dari ordo Saccharomycetales (McLaughin & Spatafora, 2015; Ilmi &
Prihartini, 2018).
Pengamatan karakter khamir dapat dilakukan dengan metode klasifikasi
dengan taksonomi. Dalam biologi, taksonomi paling sering didefinisikan
sebagai cabang ilmu pengetahuan, yang memberi nama dan
mengklasifikasikan organisme berdasarkan sifat Bersama. Spesies organisme
didefinisikan secara deskriptif (fenotipik). Setiap macam khamir dianggap
sebagai suatu spesies, yang dibentuk dari kumpulan strain yang memberikan
beberapa gambaran sangat berbeda dari strain lain. Suatu strain merupakan
merupakan progeni atau subkultur dari isolat koloni tunggal dalam kultur
murni. Spesies khamir diidentifikasikan similaritas antar spesies melalui unit
karakter structural fisiologis, morfologi sel, morfologi koloni, dan jumlah spora
(Hugenholtz et al, 2021).
Pengklasifikasian numerik fenetik didasari oleh derajat kesamaan pada tiap
strain dan kluster yang diuji dan hasil ditampilkan berupa dendogram. Dalam
taksonomi numerik satu jenis karakter tidak dapat menenjelaskan posisi
 No FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 3

taksonomi dari suatu organisme. Untuk mendefinisikan posisi taksonomi harus
dilakukan pengujian sejumlah besar karakteristik, dimana setiap karakter
memiliki nilai yang sama untuk mendefenisikan taksa. Klaster pada taksa yang
memiliki nilai similaritas tinggi ( ≥70%) disebut taksospesies. Taksonomi
numerik didasarkan atas bukti-bukti fenetik, yaitu kemiripan yang
diperlihatkan objek studi yang diamati dan dicatat, bukan berdasarkan
kemungkinan perkembangan filogenetiknya. Taksonomi numerik tidak
didasarkan atas subjektifitas melainkan objektifitas berdasarkan
karakterkarakter yang dimiliki sehingga mampu menghasilkan klasifikasi yang
bersifat teliti, reproduksibel, padat informasi dan stabil yang dapat digunakan
sebagai dasar identifikasi (Idami & Nasution, 2019). Oleh karena itu,
praktikum ini dilakukan untuk mengetahui karakter, klasifikasi dan indeks
similaritas dari tiap strain khamir.
II. Tujuan 9
Tujuan dari praktikum kali ini adalah sebagai berikut :
a. Memperkenalkan prosedur taksonomi numerik-fenetik dalam klasifikasi
khamir.
b. Melakukan karakterisasi dan klasifikasi pada strain khamir (OTU A, OTU
B, OTU C, OTU D, OTU E, dan OTU F) dengan metode taksonomi
numerik-fenetik.
c. Melakukan perhitungan indeks similaritas dengan Simple Matching
Coeficient (Ssm) dan Jaccard Coeficient
III. Metode 9
A. Alat dan Bahan
Alat yang digunakan pada percobaan ini meliputi tabung reaksi sebagai
wadah kultur khamir, cawan petri steril sebagai wadah pertumbuhan strain
khamir, ose sebagai alat pencuplik sampel strain khamir, spirtus untuk
sterilisasi dengan pemanasan, rak tabung reaksi sebagai tempat peletakkan
tabung reaksi berupa tabung durham, gelas benda untuk tempat strain
khamir saat pengamatan karakter fenotip, mikroskop untuk mengamati
jumlah dan bentuk spora, dan gambar acuan karakteristik morfologi khamir
 No FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 4

untuk membantu penentuan karakter fenotip keenam strain khamir.
Sementara itu, bahan yang digunakan adalah kultur dari 6 strain khamir
yang berbeda yakni strain A, strain B, strain C, strain D, strain E, dan strain
F, medium YMA plate sebagai medium pertumbuhan khamir, medium basal
fermentasi (Wickerham Medium), medium irisan wortel, medium YMA
agar plate yang mengandung 50% glukosa, medium YME agar plate,
,medium YME brothmedium 1% asam asetat, medium glukosa 5% agar,
medium YME agar miring, larutan malachite green 5%, dan larutan safranin
0.5%.
B. Cara Kerja
Terdapat beberapa cara kerja dalam praktikum ini, yaitu diawali dengan
dilakukannya pengamatan beberapa karakter antara lain morfologi koloni
enam strain khamir yang ditumbuhkan medium YMA plate. Lalu
diinkubasikan pada suhu kamar selama 2-3 hari. Morofologi koloni diamati
berupa bentuk koloni (cicular, irregular dan filamentous), permukaan koloni
(central triation, radial triation, radial valley), tepi koloni (entire, lobate dan
undulate), profil koloni (smooth, craterifoem with cental wrinkles, flat -
extended smooth, raised) dan warna koloni (putih, krem, merah).
Selanjutnya, yaitu pengamatan morfologi sel yang dilakukan dengan cara
dibuat preparat dengan gelas benda yang telah disterilkan kemudian ditetesi
dengan methylene blue. Setelah itu ditambahkan cat kemudian dilakukan
pengamatan bentuk morfologi sel (oval, silindris, pear-shaped, spherical,
triangular, lemon-shaped, elongated, pseudo, mycelium) dan tipe
pertunasan (polar, monopolar, bipolar, random, multilateral).
Pengamatan selanjutnya, yaitu Pengamatan morfologi dan jumlah spora,
pengamatan dilakukan dengan cara strain khamir dikultur dalam medium
irisan wortel. Kemudian kultur diinkubasi selama 1-2 minggu pada suhu
ruangan normal kemudian dibuat preparat pada gelas benda dan diwarnai
dengan malachite green 5% dan saftranin 0,5%. Selanjutnya dilakukan
pengamatan bentuk spora (spheroidal, ellipsoidal, ovoidal, hat-shaped,
hemispheroidal dan Saturn-shaped) dan jumlah spora 1, 1-2, 1-4, 4-8.
 No FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 5

Berikutnya adalah uji karakter fisiologis yang meliputi uji fermentasi,
pertumbuhan dalam 50% glukosa yeast extract agar, pertumbuhan pada
berbagai temperature, pertumbuhan dalam media cari, pertumbuhan dalam
1% asam asetat, produksi asam dari glukosa, dan produksi ester. Uji
pertama, yaitu uji fermentasi dilakukan dengan cara menginokulasikan satu
ose kultur khamir dalam medium basal fermentasi ke medium Wickerham
di dalam tabung reaksi yang berisi tabung durham. Inkubasi dilakukan
dalam suhu kamar yang kemudian dilakukan pengamatan. Hasil positif
ditandai dengan adanya produksi gas CO2 dan terdapat perubahan warna
menjadi kuning.
Pengamatan selanjutnya, yaitu uji pertumbuhan dalam 50% glukosa
yeast ekstrak agar. Pengamatan dilakukan dengan cara strain khamir
diinokulasikan secara streak pada medium YME agar plate yang
mengandung 50% (w/v) glukosa. Kemudian dilakukan inkubasi pada suhu
kamar selama 3 hari. Hasil positif ditandai dengan adanya pertumbuhan
koloni khamir pada media. Pengamatan berikutnya adalah uji pertumbuhan
pada berbagai temperature. Uji pertumbuhan dilakukan pada berbagai
temperature dengan menginokulasikan strain khamir pada medium YME
agar plate secara goresan. Strain tersebut diinokulasikan pada temperature
5°C, 37°C, dan 55°C selama 3 hari hingga 1 minggu. Hasil positif ditandai
dengan adanya pertumbuhan koloni khamir dalam medium.
Pengamatan berikutnya, yaitu pertumbuhan media cair. Pertumbuhan
dalam media cair dilakukan dengan cara strain khamir diinokulasikan dalam
medium YME broth kemudian diinkubasikan pada suhu kamar selama 3
hari hingga 1 minggu. Hasil positif ditandai dengan adanya endapan pada
permukaan medium. Pengamatan selanjutnya, yaitu uji pertumbuhan asam
asetat 1% yang dilakukan dengan cara strain khamir diinokulasikan dalam
medium 1% asam asetat secara goresan kemudian diinkubasi pada suhu
kamar selama 3 hari hingga 6 hari. Hasil positif apabila ditemukan
pertumbuhan koloni khamir dalam medium.
Pengamatan selanjutnya adalah produksi asam dari glukosa. Dalam uji
 No FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 6

pertumbuhan di medium glukosa dilakukan dengan cara strain khamir
diinokulasikan pada medium glukosa 5% secara goresan lalu diinkubasikan
pada suhu kamar selama 3 hari. Hasil positif yaitu apabila strain khamir
dapat menghasilkan asam dari glukosa dalam medium. Terakhir, yaitu
pengamatan dalam uji produksi ester dilakukan dengan cara strain khamir
diinokulasikan dalam medium YME agar miring secara goresan lalu
diinkubasikan pada suhu kamar selama 3 hari. Hasil positif ditandai dengan
adanya bau ester yang dihasilkan oleh khamir dalam medium tersebut.
Tahap selanjutnya, yaitu karakterisasi strain khamir yaitu dibuat
klasifikasi numerik fenetik. Langkah yang ditempuh yaitu dilakukan
pembuatan tabel n x t, dibuat matriks similaritasnya, dibuat clustering
analysis, disusun dendogram berdasarkan data yang diperoleh, kemudian
dibuat pula turunan matriks similaritasnya. Setelah itu dilakukan
perhitungan nilai coefficient correlation dua pendekatan berbeda yaitu SSM
dan SJ. Rumus yang digunakan yaitu:

Keterangan:
a = jumlah karakter (+) untuk kedua strain
b = jumlah karakter (+) untuk strain pertama dan karakter (-) bagi strain
kedua
c = jumlah karakter yang (-) untuk strain pertama dan (+) bagi strain kedua
d = jumlah karakter (-) untuk kedua strain
IV. Hasil dan Pembahasan
A. Hasil 9
1. Hasil
Berdasarkan praktikum dan analisis data yang telah dilakukan, maka
didapatkan hasil sebagai berikut yang tersaji dalam bentuk tabel dan gambar.
 No FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 7

Tabel 1. matriks nxt Khamir
Strain (OTU)
No Karakter A B C D E F
UJI BIOKIMIA
A. Pertumbuhan pada glukosa 50% (w/v)-yeast extract agar
1 Sedikit - - - - - -
2 Sedang - + + - + -
3 Lebat + - - + - +
B. Produksi ester
4 Menyengat + - - + + +
Tidak
5 menyengat - + + - - -
C. Pertumbuhan pada asam asetat 1%
6 Tumbuh - + + + + +
Tidak
7 tumbuh + - - - - -
D. Uji fermentasi
8 Tumbuh + + + + + +
9 Gas - - + + + -
Perubahan
warna
merah-
10 kuning + + + + + +
Pertumbuhan pada 0° C
Tidak
11 tumbuh + + + - + +
12 Sedikit - - - + - -
13 Sedang - - - - - -
Pertumbuhan pada 37° C
 No FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 8

Tidak
14 tumbuh - - - - + +
15 Sedikit + - - - - -
16 Sedang - + + + - +
Pertumbuhan pada 37° C (suhu kamar)
Tidak
17 tumbuh - - - - - -
18 Sedikit - - + - + -
19 Sedang + + - - - -
Pertumbuhan pada 55° C
Tidak
20 tumbuh + + + + + +
21 Sedikit - - - - - -
22 Sedang - - - - - -
Pertumbuhan pada PDB cair
Muncul
23 endapan + + + + + +
Produksi asam pada medium glukosa
Ada zona
24 jernih - - - - - -
MORFOLOGI SEL
Bentuk sel
25 Oval - - - - - +
26 Silindris + - - + - -
Spherical
27 (bulat) - + + - + -
Tipe pertunasan
Monopolar
(bercabang
28 1) + + - + + +
 No FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 9

Multipolar
(bercabang
29 banyak) - - + - - -
MORFOLOGI KOLONI
Bentuk koloni
30 Cicular + + + + + -
31 Irregular - - - - - +
32 Filamentous - - - - - -
Margin
33 Entire - - - - - -
34 Undulate + + + + - +
35 Lobate - - - - + -
Permukaan koloni
Radial
36 valley - - - - - -
Central
37 striation + + + + + +
Radial
38 striation - - - - - -
Profil
39 Smooth - - - + - -
Crater form
with central
40 wrinkles - - - - - -
Flat-
41 extended - - - - - -
Smooth-
42 crater form - - - - - -
Smooth &
43 raised + + + - + +
 No FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 10

Warna
44 Putih - - + + - +
45 Merah - - - - - -
46 Krem + + - - + -
Berdasarkan tabel diatas juga diketahui bahwa digunakan 4 macam
medium yaitu agar plate, agar tegak, agar miring, dan nutrien cair. Simbol
positif (+) menunjukkan bahwa khamir yang diuji memiliki karakter tersebut,
sedangkan simbol negatif (-) menunjukkan bahwa khamir yang diuji tidak
memiliki karakter tersebut. Simbol positif dan negatif selanjutnya akan
disederhanakan menjadi strain a, b, c, dan d. Termasuk strain a apabila
karakter yang dihasilkan (+) untuk kedua strain, kemudian termasuk strain b
apabila dihasilkan karakter (+) untuk strain pertama dan (-) untuk strain
kedua, lalu termasuk strain c apabila dihasilkan karakter (-) untuk strain
pertama dan (+) untuk strain kedua dan termasuk strain d apabila kedua strain
menghasilkan karakter (-).

Tabel 2. Matriks Similaritas Ssm Khamir

Ssm
(%) A B C D E F
A
B 78,26
C 63,04 84,78
D 73,91 69,57 71,74
E 71,74 80,43 78,26 67,39
F 73,91 73,91 71,74 78,26 71,74

Berdasarkan tabel diatas, Terdapat 15 strain yang telah disederhanakan,

yaitu AB, AC, AD, AE, AF, BC, BD, BE, BF, CD, CE, CF, DE, DF, dan EF.
Diketahui nilai matriks similaritas Ssm terbesar adalah 84,78% yang
merupakan nilai Ssm B-C. Sedangkan nilai Ssm terkecil dimiliki oleh strain
A-C yaitu sebesar 63,04%.
 No FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 11

Tabel 3. Matriks Similaritas Sj Khamir

Sj (%) A B C D E F
A
B 54.55
C 34.62 66.67
D 47.83 41.67 45.83
E 45.83 59.09 56.52 40.00
F 47.83 47.83 45.83 54.55 45.83

Berdasarkan tabel diatas terdapat 15 strain yang telah disederhanakan,

yaitu AB, AC, AD, AE, AF, BC, BD, BE, BF, CD, CE, CF, DE, DF, dan EF.
Perbedaan antara Ssm dengan Sj adalah pada Sj strain d tidak masuk dalam
perhitungan. Diketahui nilai matriks similaritas Sj terbesar dimiliki oleh B-C
sebesar 66,67%. Sedangkan nilai matriks similaritas Sj terkecil dimiliki oleh
A-C sebesar 34,62%.

Tabel 4. Clustering Analisis Ssm Khamir

Index
(%) B C E D F A
100,00 B C E D F A
84,78 BC E D F A
79,35 BCE D F A
78,26 BCE DF A
73,91 BCE DFA
71,01 BCEDFA
Berdasarkan tabel hasil analisis clustering Ssm diketahui bahwa strain B
dan C memiliki kemiripan fenetik terbesar pada indeks similaritas 84,78%,
kemudian diikuti strain B, C, dan E memiliki kemiripan fenetik pada indeks
similaritas 79,35%, lalu strain D dan F memiliki kemiripan fenetik pada
indeks similaritas 78,26%, strain D, F, dan A memiliki kemiripan fenetik pada
 No FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 12

indeks similaritas 73,91%, dan yang terakhir strain keseluran strain memiliki
kemiripan fenetik pada indeks similaritas 71,01 %.

Tabel 5. Clustering Analisis Sj Khamir

Index
(%) B C E D F A
100,00 B C E
66,67 BC E
57,81 BCE D F A
54,55 BCE DF A
47,83 BCE DFA
44,67 BCEDFA
Berdasarkan tabel hasil analisis clustering Ssm diketahui bahwa strain B
dan C memiliki kemiripan fenetik terbesar pada indeks similaritas 66,67%,
kemudian diikuti strain B, C, dan E memiliki kemiripan fenetik pada indeks
similaritas 57,81%, lalu strain D dan F memiliki kemiripan fenetik pada
indeks similaritas 54,55%, strain D, F, dan A memiliki kemiripan fenetik pada
indeks similaritas 47,83%, dan yang terakhir strain keseluran strain memiliki
kemiripan fenetik pada indeks similaritas 44,67%.

Gambar 1. Dendogram Ssm Khamir

Berdasarkan analisis dendogram Ssm diketahui bahwa strain B dan C
 No FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 13

memiliki kemiripan fenetik terbesar pada indeks similaritas 84,78%,
kemudian diikuti strain B, C, dan E memiliki kemiripan fenetik pada indeks
similaritas 79,35%, lalu strain D dan F memiliki kemiripan fenetik pada
indeks similaritas 78,26%, strain D, F, dan A memiliki kemiripan fenetik pada
indeks similaritas 73,91%, dan yang terakhir strain keseluran strain memiliki
kemiripan fenetik pada indeks similaritas 71,01 %.

Gambar 2. Dendogram Sj Khamir

Berdasarkan analisis dendogram Sj diketahui bahwa strain B dan C
memiliki kemiripan fenetik terbesar pada indeks similaritas 66,67%,
kemudian diikuti strain B, C, dan E memiliki kemiripan fenetik pada indeks
similaritas 57,81%, lalu strain D dan F memiliki kemiripan fenetik pada
indeks similaritas 54,55%, strain D, F, dan A memiliki kemiripan fenetik pada
indeks similaritas 47,83%, dan yang terakhir strain keseluran strain memiliki
skemiripan fenetik pada indeks similaritas 44,67 %.

Tabel 6. Matriks turunan analisis Ssm

Matriks Turunan Analysis SSM
Ssm (%) A B C D E F
A
B 71,01
C 71,01 84,78
D 73,91 71,01 71,01
E 71,01 79,35 79,35 71,01
 No FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 14

F 73,91 71,01 71,01 78,26 71,01
Berdasarkan hasil berupa tabel matriks SSM yang didasari atas
pertemuan dari titik pertemuan antar strain dalam dendogram. Nilai turunan
Ssm tertinggi dijumpai pada strain BC sebesar 84,78%. Kemudian untuk nilai
indeks turunan terendah terdapat pada strain AB, AC, AE, BD, CD, dan
DE,sebesar 71,01%.

Tabel 7. Matriks turunan analisis Sj

Matriks Turunan Analysis Sj
Sj (%) A B C D E F
A
B 44.67
C 44.67 66.67
D 47.83 44.67 44.67
E 44.67 57.81 57.81 44.67
F 47.83 54.55 44.67 54.55 44.67
Berdasarkan hasil berupa tabel matriks SSM yang didasari atas
pertemuan dari titik pertemuan antar strain dalam dendogram. Nilai turunan
Ssm tertinggi dijumpai pada strain BC sebesar 66,67%. Kemudian untuk nilai
indeks turunan terendah terdapat pada strain AB, AC, AE, BD, CD,sebesar
44,67%.
Pembacaan koefisien korelasi?

B. Pembahasan 24
Pada praktikum kali ini, praktikum bertujuan untuk mempelajari
prosedur taksonomi numerik-fenetik dalam klasifikasi khamir dengan
,melakukan perhitungan indeks similaritas dengan Simple Matching
Coeficient (Ssm) dan Jaccard Coeficient serta ,melakukan karakterisasi serta
klasifikasi pada strain khamir. Pada praktikum ini digunakan 6 jenis strain
khamir yang terdiri dari OTU A, OTU B, OTU C, OTU D, OTU E, dan OTU
F. Berdasarkan hasil pengamatan, diperoleh berbagai 46 karakteristik dari
jenis isolate khamir yang diamati dengan metode pengamatan morfologi
 No FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 15

koloni, morfologi sel, karakter fisiologi, dan uji sifat biokimia.
Pada praktikum ini, digunakkan medium YMA plate sebagai medium
pertumbuhan khamir, medium basal fermentasi (Wickerham Medium),
medium irisan wortel, medium YMA agar plate yang mengandung 50%
glukosa, medium YME agar plate, ,medium YME brothmedium 1% asam
asetat, medium glukosa 5% agar, medium YME agar miring. Medium YMA
plate digunakkan sebagai medium utama pertumbuhan khamir. Selain itu
digunakkan juga medium wortel sebagai medium perhitungan dan bentuk
spora. Medium wortel banyak digunakan dalam penelitian mikrobiologi.
Kombinasi yang berbeda dari wortel dan agar-agar diketahui mendukung
proliferasi dan sporulasi patogen tanaman (Le, 2021) Pada praktikum ini,
dilakukan uji biokimia, salah satunya produksi eter. uji produksi ester
dilakukan dengan cara strain khamir diinokulasikan dalam medium YME
agar miring secara goresan lalu diinkubasikan pada suhu kamar selama 3 hari.
Hasil positif ditandai dengan adanya bau ester yang dihasilkan oleh khamir
dalam medium tersebut.
Klasifikasi numerik fenetik dapat digunakan untuk mengidentifikasi
karakteristik dan similaritas dari suatu strain khamir. Klasifikasi ini, didasari
oleh derajat kesamaan pada tiap strain dan kluster yang diuji dan hasil
ditampilkan berupa dendogram. Dalam taksonomi numerik satu jenis karakter
tidak dapat menenjelaskan posisi taksonomi dari suatu organisme. Untuk
mendefinisikan posisi taksonomi harus dilakukan pengujian sejumlah besar
karakteristik, dimana setiap karakter memiliki nilai yang sama untuk
mendefenisikan taksa. Adapun, klaster pada taksa yang memiliki nilai
similaritas tinggi ( ≥70%) disebut taksospesies, yaitu hasil taksonomi yang
menunjukan bahwa strain yang dianalisis berada pada satu spesies (Idami &
Nasution, 2019).
Penganalisisan data memerlukan adanuya strain mikroba atau
Operational Taxconomic Units (OTU) yang selanjutnya akan dibandingkan
dengan masing-masing strain yang lain. Tingkat kemiripan dapat ditentukan
dengan 2 cara yaitu Simple Matching Coeficient (Ssm) dan Jaccard
 No FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 16

Coeficient (Sj), dengan rumus sebagai berikut.

Keterangan :
a = Jumlah karakter yang (+) untuk kedua strain
b = Jumlah karakter yang (+) untuk strain pertama dan (-) bagi strain
kedua
c = Jumlah karakter yang (-) untuk strain pertama dan (+) bagi strain
kedua
d = Jumlah karakter yang (-) untuk kedua strain
Simple matching coefficient sendiri adalah metode perhitungan untuk
menghitung tingkat similaritas dua buah objek yang bersifat biner. Dalam
menggunakan metode ini, setiap karakter diberi nilai pembobotan tabel nxt.
Sedangkan, Jaccar coeficient merupakan metode yang digunakan untuk
menghitung tingkat kesamaan (similarity) antar dua objek. Adapun adanya
perbedaan antara Ssm dan Sj yaitu perhitungan Ssm mencakup karakter
positif maupun karakter negatif, sedangkan perhitungan Sj hanya mencakup
karakter positif dalam menilai kesamaan dan tidak melibatkan karakteristik
negatif pada kedua strain (Sari, et al., 2019).
Metode numerik yang ditujukan untuk menemukan kelompok dalam data
disebut sebagai analisis klaster. Analisis clustering ditujukan untuk
mengungkap kelompok objek yang belum diketahui dengan analogi konsep
menjadi pengenalan pola tanpa pengawasan atau taksonomi numerik. Oleh
karena itu, analisis clustering adalah teknik eksplorasi dengan tujuan untuk
menyarankan pengelompokan yang menjadi dasar hipotesis untuk
mengidentifikasi objek- objek yang homogen ke dalam kelompok-kelompok.
Teknik analisis clustering sendiri secara luas dapat dikelompokkan menjadi
tiga kelas yang diberi label pengelompokan hierarkis, pengelompokan
optimasi, dan pengelompokan berbasis model (Landau & Ster, 2012).
 No FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 17

Berdasarkan clustering dengan indeks similaritas Ssm, diperoleh data
dari 6 strain dengan karakter strain (B, C) memiliki kemiripan fenetik terbesar
pada indeks similaritas 84,78%, kemudian diikuti strain (B,C,E) memiliki
kemiripan fenetik pada indeks similaritas 79,35%, lalu strain (D,F) memiliki
kemiripan fenetik pada indeks similaritas 78,26%, strain (D,F,A) memiliki
kemiripan fenetik pada indeks similaritas 73,91%, dan yang terakhir strain
keseluran strain memiliki kemiripan fenetik pada indeks similaritas 71,01%.
Pada analisis clustering dengan indeks similaritas Sj, diperoleh data yang
menunjukkan bahwa strain (B,C) memiliki kemiripan fenetik terbesar pada
indeks similaritas 66,67%, kemudian diikuti strain (B,C,E) memiliki
kemiripan fenetik pada indeks similaritas 57,81%, lalu strain (D,F) memiliki
kemiripan fenetik pada indeks similaritas 54,55%, strain (D, F, A) memiliki
kemiripan fenetik pada indeks similaritas 47,83%, dan yang terakhir strain
keseluran strain memiliki kemiripan fenetik pada indeks similaritas 44,67%.
Pada praktikum ini, dilakukan analisis dengan menggunakan dendogram
untuk menyajikan pengelompokkan strain karakter secara hierarkis dengan
sajian berupa pohon fenetik yang representatif. Dendogram merupakan
metode pengelompokkan statistik untuk mengklasifikasikan suatu strain
ketika dilakukan analisis clustering. Metode dendogram digunakan agar
mempermudah untuk mengenali strain yang asing sebagai suatu pengenalan
digital dalam membagi karakter pada satu kluster dalam dataset yang bisa
diolah nantinya. Data pada dendogram dapat menunjukan suatu strain
memiliki nilai similaritas besar dan dapat dikatakan satu spesies jika nilai
≥70% yang tentunya dilakukan analisis lebih lanjut dalam penentuan spesies
(Lemenkova, 2020).
Berdasarkan hasil dendogram yang telah dibuat, data pada klastering ssm
menunjukkan bahwa strain B dan C memiliki indeks similaritas tertinggi,
yaitu 84,78%. Selanjutnya, strain B, C, dan E menjadi satu klaster pada indeks
similaritas 79,35%. Strain D kemudian masuk kedalam index similaritas yang
sama dengan F membentuk (D,F) pada indeks 78,26%. Klastering dilanjutkan
hingga strain (D,F) memiliki indeks klaster similaritas yang sama dengan
 No FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 18

strain single A membentuk (D,F,A) pada index 73,91%. Terakhir, keenam
strain bergabung menjadi satu similaritas pada indeks 71,01%. Diketahui
bahwa nilai indeks similaritas harus berada pada nilai nilai ≥70% agar dapat
dikategorikan menjadi satu spesies sehingga keenam strain tersebut
menunjukkan berada pada spesies yang sama. Oleh karena itu, perhitungan
indeks similaritas menggunakan metode Ssm menghasilkan data yang
menunjukkan bahwa 6 strain yang dianalisis dengan metode Ssm numerik
fenetik berada pada spesies yang sama.
Adapun metode Sj menunjukkan data analisis dendogram, bahwa
keenam strain memiliki indeks similaritas teringgi hanya pada 66,67% pada
strain B dan C sehingga teridentifikasi dengan metode sj bahwa seluruh strain
memiliki indeks similaritas rendah yang berada dibawah 70%. Hasil tersebut
dapat menunjukkan bahwa dari keenam strain yang dianalisis dengan metode
perhitungan Sj tidak menunjukkan adanya kesamaan spesies sehingga dari
data tersebut terdapat 6 jenis spesies khamir berbeda dari 6 strain yang
diamati dengan metode ini.
Berdasarkan analisis data tersebut, diperoleh hasil analisis dari korelasi
kofenetik pada perhitungan indeks similaritas Ssm dan S. Nilai r pada metode
Ssm memperoleh besaran 81,04 % dan nilai r pada metode Sj memperoleh
nilai sebesar 83,58%. Adapun nilai koefisien korelasi yang dapat
menunjukkan data bahwa analisis dendogram dapat diterima, yaitu sebesar ≥
60%. Berdasarkan pemaparan tersebut, kedua nilai r pada analisis Ssm dan Sj
menunjukkan bahwa hasil analisis dapat diterima

V. Kesimpulan 4
Kesimpulan dari praktikum kali ini adalah sebagai berikut
Kesimpulan dari praktikum kali ini, yaitu metode taksonomi numerik-
fenetik digunakan dalam melakukan karakterisasi, klasifikasi, serta similaritas
dari berbagai strain khamir yang pada praktikum ini digunakan 6 jenis strain
khamir. Perhitungan dendogram pada klastering Ssm dan Sj menunjukkan
bahwa strain B dan C memiliki indeks similaritas tertinggi. Perhitungan
 No FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 19

similaritas berdasarkan Simple Matching Coefficient (Ssm) menghasilkan nilai
koefisien korelasi (r) sebesar 81,04% dan berdasarkan Jaccard Coefficient (Sj)
menghasilkan nilai koefisien korelasi (r) sebesar 83,58%. Hal ini menunjukkan
bahwa hasil Ssm dan Sj dapat diterima dan sudah reprsentatif. Berdasarkan
dendogram Ssm diperoleh spesies yang sama dari 6 strain berbeda, sedangkan
dari dendogram Sj diperoleh 6 spesies berbeda dari 6 macam strain berbeda.
VI. Daftar Pustaka 5
Hugenholtz, P., Chuvochina, M., Oren, A., Parks, D.H. and Soo, R.M., 2021.
Prokaryotic taxonomy and nomenclature in the age of big sequence
data. The ISME Journal, 15(7), pp.1879-1892.
Idami, Z. & Nasution, C. 2019. Klasifikasi echinoidea (filum echinodermata)
dengan metode taksonomi numerik-fenetik. Klorofil: Jurnal Ilmu
Biologi dan Terapan, 3(1), pp.4-9.
Kurtzman CP, Sugiyama J. 2015 –Saccharomycotina and Tahphromycotina:
the yeasts and yeast-like fungi of the Ascomycota.In: McLaughin DJ,
Spatapora JW– The mycota: systematics and evolution Part B, VII ed.
Springer-Verlag Berlin Heidelberg. New York, pp. 3–11.
Landau, S. and Ster, I. C. 2012. Cluster Analysis: Overview. Elsevier London
King’s College. p. 1.
Le, D.P., 2021. A simple carrot agar medium for isolation of black root rot
pathogen of cotton seedlings. Australasian Plant Pathology, 50(3),
pp.319-322.
McLaughin DJ, Spatafora JW. 2015 – The mycota.Springer-Verlag Berlin
Heidelberg. New York, p. 7.
Prihartini, M. and Ilmi, M., 2018. Karakterisasi dan klasifikasi numerik khamir
dari madu hutan Sulawesi Tengah. Jurnal Mikologi Indonesia, 2(2),
pp.112-128.
Sari, R., Tursina, T. and Sukamto, A.S. 2019. Aplikasi pemilihan resep
masakan berdasarkan ketersediaan bahan masakan dengan metode
simple matching coefficient (SMC). Jurnal Edukasi dan Penelitian
Informatika. 5(1): 32-39.
 No FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 20

Lampiran 4
1. Perhitungan nilai a, b, c, d pada tabel n x t

Score
Strains a b c d
A-B 12 5 5 24
A-C 9 8 9 20
A-D 11 6 6 23
A-E 11 6 7 22
A-F 11 6 6 23
B-C 14 3 4 25
B-D 10 7 7 22
B-E 13 4 5 24
B-F 11 6 6 23
C-D 11 7 6 22
C-E 13 5 5 23
C-F 11 7 6 22
D-E 10 7 8 21
D-F 12 5 5 24
E-F 11 7 6 22

2. Perhitungan indeks similaritas Ssm dan Sj

Perhitungan a+d/a+b+c+d Ssm

a+b+c+d 46
AB
a+d/a+b+c+d 12+24/46 78.26
AC
a+d/a+b+c+d 9+20/46 63.04
AD
a+d/a+b+c+d 11+23/46 73,91
AE
a+d/a+b+c+d 11+22/46 71,74
AF
a+d/a+b+c+d 11+23/46 73,91
BC
a+d/a+b+c+d 14+25/46 84,78
 No FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 21

BD
a+d/a+b+c+d 10+22/46 69,57
BE
a+d/a+b+c+d 13+24/46 80,43
BF
a+d/a+b+c+d 11+23/46 73,91
CD
a+d/a+b+c+d 11+22/46 71,74
CE
a+d/a+b+c+d 13+23/46 78,26
CF
a+d/a+b+c+d 11+22/46 71,74
DE
a+d/a+b+c+d 10+21/46 67,39
DF
a+d/a+b+c+d 12+24/46 78,26
EF
a+d/a+b+c+d 11+22/46 71,74

Perhitungan a/a+b+c Sj
AB
a/a+b+c 12/22 54,55
AC
a/a+b+c 9/26 34,62
AD
a/a+b+c 11/23 47,83
AE
a/a+b+c 11/24 45,83
AF
a/a+b+c 11/23 47,83
BC
a/a+b+c 14/21 66,67
BD
a/a+b+c 10/24 41,67
BE
a/a+b+c 13/22 59,09
BF
 No FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 22

a/a+b+c 11/23 47,83

CD
a/a+b+c 11/24 45,83
CE
a/a+b+c 13/23 56,52
CF
a/a+b+c 11/24 45,83
DE
a/a+b+c 10/25 40,00
DF
a/a+b+c 12/22 54,55
EF
a/a+b+c 11/24 45,83

3. Perhitungan clustering analysis Ssm

KLASTER PERTAMA
SEMUANYA 100.00

KLASTER KEDUA
B-C 84,78

KLASTER KETIGA
COUPLE
(B,C)A AB+AC/2 70,65
(B,C)D BD+CD/2 70,65
(B,C)E BE+CE/2 79,35
(B,C)F BF+CF/2 72.83

SINGLE
A-D 73,91
A-E 71,74
A-F 73,91
D-E 67,39
D-F 78,26
E-F 71,74

KLASTER KEEMPAT
COUPLE
(B,C,E)A AB+AC+AE/3 71,01
 No FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 23

(B,C,E)D BD+CD+DE/3 69,57

(B,C,E)F BF+CF+EF/3 72,46

SINGLE
A-D 73,91
A-F 73,91
D-F 78,26

KLASTER KELIMA
(BCE)A AB+AC+AE/3 71,01
(D,F)A AD+AF/2 73,91
(BCE)(DF) BD+BF+CD+CF+DE+EF/6 71.01

KLASTER KEENAM
(BCEDFA) BD+BF+AB+CD+CF+AC+DE+EF+AE/9 71.01

4. Perhitungan clustering Sj
KLASTER PERTAMA
SEMUANYA 100

KLASTER KEDUA
B-C 66,66

KLASTER KETIGA
COUPLE
(B,C)A AB+AC/2 44,58
(B,C)D BD+CD/2 43,75
(B,C)E BE+CE/2 57,81
(B,C)F BF+CF/2 46.83

SINGLE
A-D 47,83
A-E 45,83
A-F 47,83
D-E 40,00
D-F 54,55
E-F 45,83

KLASTER KEEMPAT
 No FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 24

COUPLE
((B,C)E)A AB+AC+AE/3 45,00
((B,C)E)D BD+CD+DE/3 42,50
((B,C)E)F BF+CF+EF/3 47,16

SINGLE
A-D 47,83
A-F 47,83
D-F 54,55

KLASTER KELIMA
(BCE)A AB+AC+AE/3 45,00
(D,F)A AD+AF/2 47,83
(BCE)(DF) BD+BF+CD+CF+DE+EF/6 44.50

KLASTER KEENAM
(BCEDFA) BD+BF+AB+CD+CF+AC+DE+EF+AE/9 44.67

5. Perhitungan koefisiensi korelasi Ssm dan Sj

Ssm
Strain X Y XY X2 Y2
AB 78.26 71.01 5557.30 6124.76 5042.42
AC 63.04 71.01 4476.72 3974.48 5042.42
AD 73.91 73.91 5462.91 5463.14 5462.69
AE 71.74 71.01 5094.20 5146.50 5042.42
AF 73.91 73.91 5462.91 5463.14 5462.69
BC 84.78 84.78 7187.87 7188.09 7187.65
BD 69.57 71.01 4939.83 4839.32 5042.42
BE 80.43 79.35 6382.50 6469.75 6296.42
BF 73.91 71.26 5267.04 5463.14 5077.99
CD 71.74 71.01 5094.20 5146.50 5042.42
CE 78.26 79.35 6210.00 6124.76 6296.42
CF 71.74 71.01 5094.20 5146.50 5042.42
DE 67.39 71.01 4785.46 4541.59 5042.42
DF 78.26 78.26 6124.70 6124.76 6124.63
EF 71.74 71.01 5094.20 5146.50 5042.42
n = 15 1108.70 1108.90 82234.02 82362.95 82247.85
1233510.3 1235444.2 1233717.6
n*
3 3 8
 No FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 25

(∑X)(∑Y) 1229432.61
(∑X)2 1229206.05
n∑X2-(∑X)2 6238.19
(∑Y)2 1229659.21
n∑Y2-(∑Y)2 4058.47
(n∑X2-
25317512.6
(∑X)2)(n∑Y2-
7
(∑Y)2)
√(n∑X2-
denominat
(∑X)2)(n∑Y2- 5031.65 or
(∑Y)2)
n(∑XY)-(∑X)(∑Y) 4077.72 numerator
numerator/denominat
or
0.8104
r 81.04
r ≥ 60 r is accepted

Sj
Strain X Y XY X2 Y2
2448.54545
AB 2975.21 2015.11
54.55 44.89 5
1553.88461
AC 1198.22 2015.11
34.62 44.89 5
2287.52173
AD 2287.33 2287.71
47.83 47.83 9
2057.45833
AE 2100.69 2015.11
45.83 44.89 3
2287.52173
AF 2287.33 2287.71
47.83 47.83 9
4444.66666
BC 4444.44 4444.89
66.67 66.67 7
1870.41666
BD 1736.11 2015.11
41.67 44.89 7
3416.04545
BE 3491.74 3342.00
59.09 57.81 5
2608.91304
BF 2287.33 2975.70
47.83 54.55 3
2057.45833
CD 2100.69 2015.11
45.83 44.89 3
3267.52173
CE 3194.71 3342.00
56.52 57.81 9
CF 45.83 44.67 2047.375 2100.69 1995.41
DE 40.00 44.89 1795.6 1600.00 2015.11
 No FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku sejak 21 Maret 2009
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 0

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 26

2975.45454
DF 2975.21 2975.70
54.55 54.55 5
2057.45833
EF 2100.69 2015.11
45.83 44.89 3
745.9
n = 15 734.46 37175.84 36880.42 37756.90
5
566353.4
n* 557637.62 553206.265
8 6
(∑X)(∑Y) 547873.32
(∑X)2 539437.18
n∑X2-(∑X)2 13769.09
(∑Y)2 556441.40
n∑Y2-(∑Y)2 9912.06
(n∑X2-
136480048.8
(∑X)2)(n∑Y2-
4
(∑Y)2)
√(n∑X2-
(∑X)2)(n∑Y2- 11682.47 denominator
(∑Y)2)
n(∑XY)-(∑X)(∑Y) 9764.30 numerator
Numerator/denominato
r
0.8358
r 83.58
r ≥ 60 r is accepted