MIKROBIOLOGI PERTANIAN
(PNA1314)
ACARA 7
MORFOLOGI KOLONI DAN SEL MIKROBA ISOLAT DARI
RHIZOSFER
Oleh:
Ariska Febrilianti
NIM.A1H023011
Rombongan 11
A. Latar Belakang
Rhizosfer adalah lapisan tanah yang mengelilingi dan dipengaruhi oleh akar
tanaman. Ini adalah habitat yang kaya akan berbagai mikroorganisme, termasuk
bakteri, jamur, dan nematoda, karena tersedianya bahan organik dari akar
(Prayudyaningsih et al., 2015). Mikroorganisme di rhizosfer berperan penting
dalam berbagai proses, seperti penyerapan nutrisi, dekomposisi bahan organik, dan
pertahanan tanaman terhadap patogen. Mikroorganisme adalah makhluk hidup
yang sangat kecil sehingga untuk mengamatinya diperlukan alat bantuan seperti
mikroskop. Mikroorganisme dapat berupa organisme tunggal (uniseluler) atau
organisme banyak sel (multiseluler) (Moral et al., 2017). Keanekaragaman
mikroorganisme rizosfer dapat berkontribusi pada kualitas biologis tanah secara
keseluruhan dan kesehatan tanaman. Sebagai contoh, dalam sebuah penelitian oleh
Gassing pada tahun 2021 pada tanaman padi, keanekaragaman jamur rizosfer
ditemukan berbanding terbalik dengan terjadinya penyakit tanaman. Oleh karena
itu, memahami dan mengidentifikasi mikroorganisme di rizosfer dapat bermanfaat
bagi pertumbuhan tanaman dan pengelolaan penyakit.
Morfologi mengacu pada studi tentang bentuk dan struktur mikroorganisme,
termasuk morfologi koloni dan selnya. Studi tentang morfologi koloni penting
karena dapat membantu mengidentifikasi spesies bakteri yang berbeda, karena
setiap spesies memiliki morfologi koloni yang unik Agustina et al., (2022). Dengan
mengamati morfologi koloni, para ilmuwan dapat menyimpulkan karakteristik
bakteri, seperti tingkat pertumbuhan, pigmentasi, dan teksturnya. Morfologi koloni
juga dapat membantu dalam pemisahan sel bakteri, memungkinkan mereka untuk
tumbuh menjadi koloni pada media masing-masing.
Studi tentang morfologi sel juga penting karena dapat membantu
mengidentifikasi spesies bakteri yang berbeda. Bentuk, ukuran, dan susunan sel
1
bakteri dapat memberikan petunjuk tentang identitas dan karakteristiknya. Sebagai
contoh, kokus adalah bakteri berbentuk bulat, sedangkan basil adalah bakteri
berbentuk batang. Susunan sel bakteri juga dapat memberikan informasi tentang
identitas mereka, seperti diplokokus, yang merupakan pasangan bakteri berbentuk
bola. Jika sudah dapat mengidentifikasi dan mengkarakterisasi spesies
mikroorganisme yang berbeda, dapat berimplikasi pada berbagai bidang terutama
pertanian.
B. Tujuan
2
II. TINJAUAN PUSTAKA
Morfologi koloni dan sel mikroba merupakan salah satu karakteristik yang
dapat digunakan untuk identifikasi mikroorganisme. Morfologi koloni dapat
diamati dengan menggunakan mikroskop stereo atau mikroskop cahaya. Morfologi
sel dapat diamati dengan menggunakan mikroskop elektron.
Morfologi koloni dan sel mikroba isolat dari rhizosfer dapat bervariasi,
tergantung pada jenis mikroorganismenya. Berbagai jenis mikroorganisme telah
diisolasi dari rhizosfer, termasuk bakteri, fungi, dan archaea. Bakteri yang umum
ditemukan di rhizosfer antara lain bakteri Gram positif dan Gram negatif. Bakteri
Gram positif umumnya membentuk koloni yang bulat, datar, dan berwarna putih.
Bakteri Gram negatif umumnya membentuk koloni yang bulat, datar, dan tidak
berwarna (Akter et al., 2022).
Morfologi koloni bakteri dapat diamati berdasarkan bentuk, ukuran, elevasi,
permukaan, dan pigmentasi. Bentuk koloni bakteri dapat dibedakan menjadi
beberapa bentuk, yaitu bulat (circular), tidak beraturan (irregular), dan filamen
(filamentous). Ukuran koloni bakteri dapat bervariasi, mulai dari beberapa
milimeter hingga beberapa sentimeter. Kumar et al., pada tahun 2021 menyatakan
bahwa, elevasi koloni bakteri adalah ketinggian pertumbuhan koloni bakteri yang
dapat dikategorikan menjadi beberapa jenis, yaitu:
1. Flat, ketinggian sukar terukur, nyaris rata dengan medium.
2. Raised, ketinggian nyata terlihat, namun rata pada seluruh permukaan.
3. Convex, ketinggian nyata terlihat dan permukaan koloni cembung.
4. Umbonate, ketinggian nyata terlihat dan permukaan koloni menonjol di tengah.
5. Crateriform, ketinggian nyata terlihat dan permukaan koloni cekung.
Permukaan koloni bakteri dapat dibedakan menjadi dua, yaitu halus (smooth)
dan kasar (rough). Pigmentasi koloni bakteri dapat berwarna atau tidak berwarna.
Morfologi sel bakteri dapat diamati berdasarkan bentuk, ukuran, dan susunan
sel. Bentuk sel bakteri dapat dibedakan menjadi beberapa bentuk, yaitu kokoid
(bulat), basil (batang), dan spiral (Al-Dhabaan, 2019). Ukuran sel bakteri dapat
3
bervariasi, mulai dari beberapa mikrometer hingga beberapa puluh mikrometer.
Susunan sel bakteri dapat dibedakan menjadi dua, yaitu monomorfik (sel-sel
berbentuk sama), dan polimorfik (sel-sel berbentuk berbeda) (Honchar et al., 2021).
Pewarnaan Gram adalah metode pewarnaan yang digunakan untuk
membedakan spesies bakteri menjadi dua kelompok besar yaitu Gram-positif dan
Gram-negatif (Kawano et al., 2022). Metode ini ditemukan oleh seorang ilmuwan
Denmark bernama Hans Christian Gram pada tahun 1884. Bakteri Gram positif
mempertahankan pewarna kristal violet sedangkan bakteri Gram-negatif tidak.
Setelah mencuci, counterstain ditambahkan (umumnya safranin atau fuchsine) yang
akan mewarnai bakteri Gram-negatif menjadi warna merah, dan pada bakteri Gram-
positif akan berwarna ungu dari Kristal violet. Pewarnaan Gram sangat diperlukan
untuk dapat melihat bakteri dengan jelas, baik untuk melihat struktur internal
ataupun eksternalnya secara keseluruhan. Tujuan dari pewarnaan Gram ini yaitu
untuk mempermudah melihat bakteri secara mikroskopik, memperjelas ukuran dan
bentuk bakteri, melihat struktur dalam bakteri seperti dinding sel dan vakuola, dan
menghasilkan sifat-sifat fisik serta kimia khas dari bakteri dengan zat warna.
Bakteri Gram positif memiliki lapisan peptidoglikan yang tebal, yaitu 20–80
nm, sehingga akan mengambil kompleks stain–mordant primer dan akan
mempertahankan warna ungu dari kristal violet (Becerra et al., 2016). Sedangkan
bakteri Gram negatif memiliki dinding sel yang tipis dan terdiri dari lapisan
lipopolisakarida dan peptidoglikan yang tipis, yaitu 1–3 nm, sehingga tidak dapat
mempertahankan warna ungu dari kristal violet dan akan kehilangan zat pewarnaan
kristal violet setelah dicuci dengan alcohol (Ye et al., 2013). Setelah dicuci, bakteri
Gram negatif akan diwarnai dengan counterstain, umumnya safranin atau fuchsine,
yang akan mewarnai bakteri Gram negatif menjadi warna merah.
Pewarnaan Gram dapat membantu klasifikasi bakteri menjadi dua kelompok
besar yaitu Gram-positif dan Gram-negatif. Selain itu, pewarnaan Gram juga dapat
membantu mengidentifikasi jenis-jenis bakteri berdasarkan bentuk, ukuran, dan
sifat pewarnaan serta membantu dalam pemilihan antibiotik yang tepat untuk
mengobati infeksi bakteri. Namun, terdapat beberapa kesalahan yang dapat terjadi
saat melakukan prosedur pewarnaan Gram, seperti pemanasan berlebihan saat
4
fiksasi, preparat terlalu tebal, larutan kristal violet konsentrasi rendah, pencucian
berlebihan dengan air, dan iodin yang terlalu lama dibiarkan pada preparate.
Dalam patent yang dikemukakan oleh Ye et al., pada tahun 2013, Metode
pewarnaan Gram pada umumnya mencakup empat langkah dasar, yaitu
menerapkan pewarnaan primer (kristal violet), mordan (yodium Gram),
penghilangan warna, dan pewarnaan balik. Operasi spesifiknya meliputi langkah-
langkah berikut ini:
1. mengoleskan bakteri pada preparat dan menempelkan preparat;
2. menodai bakteri dengan kristal violet amonium oksalat selama 1 menit;
3. membilas dengan air;
4. memperlakukan object glassdengan pelarut mordan dan kemudian menunggu
selama 1 menit;
5. membilas object glassdengan air dan menggunakan kertas penyerap air untuk
menyerap kelembapan ekstra;
6. menambahkan tetes etil alkohol 95% dan sedikit pengocokan untuk
melanjutkan penghilangan warna selama 30 detik, membilas dengan air,
mengeringkannya; dan
7. menodai object glassdengan safrainin selama 10 detik, membilas dengan air,
mengeringkan dan memeriksa dengan mikroskop.
Hasilnya tampak bahwa sel Gram positif tetap berwarna ungu sedangkan sel
Gram negatif berubah menjadi merah.Metode pewarnaan Gram empat langkah
memiliki hasil yang bagus tetapi langkah-langkah pengoperasiannya jauh lebih
rumit. Karena kesibukan di laboratorium, setiap teknik dituntut untuk menjadi lebih
sederhana dan lebih efisien untuk menyelesaikan lebih banyak tugas dalam waktu
yang terbatas.
5
III. METODE PRAKTIKUM
Bahan yang digunakan pada praktikum ini, adalah alkohol, bakteri biakan,
crystal violet, iodine, etanol 96%, dan safranin untuk pewarnaan gram, serta media
PDA dan NA untuk pengamatan morfologi. Alat yang digunakan, antara lain gelas
objek, jarum oose, api bunsen, dan mikroskop.
B. Prosedur Kerja
Pada praktikum ini dilakukan dua prosedur untuk mencapai tujuan yaitu
pewarnaan gram dan pengamatan morfologi, dijelakan sebagai berikut:
1. Pewarnaan Gram
a. Bahan dan alat disiapkan.
b. Gelas objek dan jarum oose disterilkan dengan disemprot alkohol dan
dipanaskan di atas api bunsen, kemudian didiamkan sejenak hingga
mendingin.
c. Bakteri diambil menggunakan jarum oose pada tabung reaksi.
d. Dibuat preparat ulas (smear) yang telah difiksasi dari bakteri gram
positif.
e. Crystal violet diteteskan sebanyak 3 tetes pada preparat sebagai pewarna
utama pada kedua preparat hingga semua ulasan terwarnai dan ditunggu
selama 1 menit, kemudian dibilas dengan air
f. Iodine diteteskan sebanyak 3 tetes, kemudian ditunggu selama satu
menit, lalu dibilas dengan air
g. Etanol 96% diteteska menggunakan pipet tetes hingga etanol yang
mengalir berwarna jernih, kemudia dibilas
6
h. Safranin diteteskan sebanyak 3 tetes dan ditunggu selama 45 detik,
kemudian dibilas dengan air.
i. Diamati dengan mikroskop. Apabila berwarna biru atau ungu berarti
Bakteri gram positif dan berwarna merah berarti bakteri gram negatif.
2. Pengamatan morfologi
a. Biakan bakteri ditumbuhkan pada media PDA dengan teknik spread 10-3
dan 10-4.
b. Biakan bakteri ditumbuhkan pada media NA dengan teknik pour 10-8.
7
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN
A. Hasil
Gram Negatif
8
4 Bakteri yang sudah kering
diteteskan Crystal violet satu
tetes selama satu menit.
Kemudian dibilas menggunakan
aquades.
9
7 Langkah selanjutnya, teteskan
larutan safranin pada object glass
dan tunggu selama ± 45 detik.
Lalu cuci menggunakan aquades
dan dikeringkan dengan tisu
disetiap permukaan object glass.
Gram Positif
10
4. Crystal violet diteteskan pada
bakteri yang ada di object glass
dan tunggu selama 1 menit.
Object glass yang sudah ditetesi
Crystal violet dicuci dengan
aquades.
11
Tabel 7.2 Pengamatan Morfologi
B. Pembahasan
12
2020). Wardhani et al., pada tahun 2020 menyatakan bahwa, identifikasi
merupakan suatu kegiatan untuk mengelompokkan makhluk hidup ke dalam suatu
kelompok tertentu berdasarkan karakteristik persamaan dan perbedaan yang
dimiliki oleh masing-masing makhluk hidup.
Gambar 2 Penampaka Bacillus sp. setelah pewarnaan gram. Sumber : Ren et al., 2015
13
Gambar 3 Penampakan Pseudomonas aeruginosa dalam pewarnaan gram. Sumber :
www.microbiologypictures.com
14
1. Bakteri Gram Positif memiliki dinding sel yang terdiri dari dua lapisan, yaitu
peptidoglikan yang tebal dan membran dalam. Lapisan peptidoglikan inilah
yang memberikan warna ungu pada pewarnaan Gram karena dapat menyerap
kristal violet. Struktur dinding sel yang tebal ini membuat bakteri Gram positif
lebih tahan terhadap tekanan osmotik dibandingkan dengan bakteri Gram
negative.
2. Bakteri Gram Negatif memiliki dinding sel yang terdiri dari lapisan tipis
peptidoglikan yang diselubungi oleh lapisan tipis outer membrane yang terdiri
dari lipopolisakarida (LPS). Karena lapisan peptidoglikan yang tipis, bakteri
Gram negatif tidak dapat menahan kristal violet, sehingga pada pewarnaan
Gram akan berubah menjadi warna merah setelah diberi perlakuan pewarnaan
tandingan safranin.
Langkah kedua yaitu mengamati morfologi koloni sel bakteri. Kumar et al.,
(2021), menyatakan bahwa hasil pengamatan morfologi bakteri digambarkan
berdasarkan ukuran, warna atau pigmentasi, karakter optic, bentuk koloni, , elevasi,
permukaan, dan margin. Pada umumnya, bentuk koloni bakteri berbentuk round,
irregular, filamenthous, dan rhizoid. Elevasi berbentuk raised, covex, flat,
umbonate, plateau, spreading edge, raised margin, dan growth into medium.
Sedangkan tepian memiliki bentuk smooth, rhizoid, irregular, lobate, dan
filamenthous.
Pada isolat bakteri pour NA dengan pengenceran 10-8 memiliki ukuran yang
kecil (small). Bakteri ini memiliki pigmentasi putih susu. Karakteristik optik yang
dimiliki yaitu opaque atau tidak dapat ditembus oleh cahaya. Koloninya berbentuk
circulari. Bentuk elevasi dari sampel berbentuk convex. Permukaannya halus dan
mengkilat. Adapun bentuk margin dari sampel yaitu entore.
Pada isolat bakteri spread PDA dengan pengenceran 10-3 memiliki ukuran
yang sedang (moderate). Bakteri ini memiliki pigmentasi putih dengan titik hitam
di tengah. Karakteristik optik yang dimiliki yaitu Transculent atau dapat ditembus
oleh cahaya. Koloninya berbentuk circulari. Bentuk elevasi dari sampel berbentuk
unbonate. Permukaannya kering seperti bubuk. Adapun bentuk margin dari sampel
yaitu felamentaouse.
15
Pada isolat bakteri spread PDA dengan pengenceran 10-4 memiliki ukuran
yang kecil (small). Bakteri ini memiliki pigmentasi putih. Karakteristik optik yang
dimiliki yaitu Transculent atau dapat ditembus oleh cahaya. Koloninya berbentuk
felamentaouse. Bentuk elevasi dari sampel berbentuk unbonate. Permukaannya
berkerut. Adapun bentuk margin dari sampel yaitu felamentaouse.
Bakteri yang ditemukan di tanah dan memiliki koloni berwarna putih antara
lain: Terriglobus gen. nov: Bakteri yang termasuk dalam filum Acidobacteria ini
diisolasi dan dikarakterisasi dari tanah. Koloninya berdiameter sekitar 1 mm dan
berwarna putih atau merah muda, dengan warna yang terakhir disebabkan oleh
karotenoid yang disintesis (Nurtjahyani et al., 2020).
16
V. KESIMPULAN DAN SARAN
A. Kesimpulan
B. Saran
17
DAFTAR PUSTAKA
Agustina, N., Asih, E. N. N., & Kartika, A. G. D. 2022. Jenis Gram dan Morfologi Koloni
Bakteri Air Baku Garam. Jurnal Ilmu Kelautan Lesser Sunda, 2(1), 1–8.
Akter, M., et al. 2022. Morphological characterization of bacterial isolates from the
rhizosphere of wheat grown under different irrigation regimes. Journal of Soil Science
and Plant Nutrition, 22(2), 281-292.
Al-Dhabaan, F. A. 2019. Morphological, biochemical and molecular identification of
petroleum hydrocarbons biodegradation bacteria isolated from oil polluted soil in
Dhahran, Saud Arabia. Saudi Journal of Biological Sciences, 26(6), 1247–1252.
https://doi.org/10.1016/J.SJBS.2018.05.029
Becerra, S. C., Roy, D. C., Sanchez, C. J., Christy, R. J., & Burmeister, D. M. 2016. An
Optimized Staining Technique For The Detection Of Gram Positive And Gram
Negative Bacteria Within Tissue. BMC Research Notes, 9(1), 216.
https://doi.org/10.1186/s13104-016-1902-0
Chayadevi, M. L., & Raju, G. T. 2013. Data mining, Classification and Clustering with
Morphological features of Microbes. International Journal of Computer
Applications, 52(4), 1–5. https://doi.org/10.5120/8187-1547
Fifendy, M., Rattriana, F., & Irdawati, I. 2017. Isolasi dan Identifikasi Bakteri Halofilik
Ikan Talang (Chorinemus sp.) dari Aia Bangih Pasaman Barat. BioScience, 1(2), 21.
https://doi.org/10.24036/02017128075-0-00
Gassing, S. 2021. Identifikasi dan Karakterisasi Mikroba Rhizosfer PadaTanaman Padi
(Oryza sativa L.) di Kecamatan Kajang Kabupaten Bulukumba [Fakultas Pertanian].
Universitas Hasanuddin.
Honchar, A., Tonkha, O., Patyka, N., Lykholat, Y., & Patyka, T. 2021. Morphological And
Physiological-Biochemical Variability Of Spore-Forming Bacteria Isolated From The
Agrocoenosis Of Winter Wheat. Regulatory Mechanisms in Biosystems, 12(4), 588–
593. https://doi.org/10.15421/022180
Kawano, I., Kurumida, E., Terada, S., & Hirata, K. 2022. Classifying Gram Positive Cocci
and Gram Negative Bacilli in Gram Stained Smear Images. 12th International
Congress on Advanced Applied Informatics (IIAI-AAI), 55–60.
https://doi.org/10.1109/IIAIAAI55812.2022.00021
Kumar, J., Kumar, M., Tomar, A., Vaishali, ., Kumar, P., & Chand, P. 2021. Morphological
and Molecular Characterization of Trichoderma spp. from Rhizosphere Soil and Their
Antagonistic Activity against Fusarium spp. International Journal of Plant & Soil
Science, 100–112. https://doi.org/10.9734/ijpss/2021/v33i1930605
Moral, U., Nagar, P., Maan, S., & Kaur, K. 2017. A Growth of Different Types of
Microorganism, Intrinsic and Extrinsic Factors of Microorganism and their Affects in
18
Food: A Review. International Journal of Current Microbiology and Applied
Sciences, 6(1), 290–298. https://doi.org/10.20546/ijcmas.2017.601.035
Nurtjahyani, S. D., Oktafitria, D., Sriwulan, Zaenal Arifin, A., & Purnomo, E. 2020.
Identification and Analysis of Diversity of Soil Microorganism Colonies in
Limestone Reclamation Land. Advances in Tropical Biodiversity and Environmental
Sciences, 4(2), 35. https://doi.org/10.24843/ATBES.2020.v04.i02.p02
Prayudyaningsih, R., Nursyamsi, & Sari, R. 2015. Mikroorganisme Tanah Bermanfaat
pada Rhizosfer Tanaman Umbi di Bawah Tegakan Hutan Rakyat Sulawesi Selatan.
Mikroorganisme Pada Rhizosfer Tanaman Umbi, 954959–959.
https://doi.org/10.13057/psnmbi/m010453
Ren, G., Jin, Y., Zhang, C., Gu, H., & Qu, J. 2015. Characteristics of Bacillus sp. PZ-1 and
its biosorption to Pb(II). Ecotoxicology and Environmental Safety, 117, 141–148.
https://doi.org/10.1016/j.ecoenv.2015.03.033
Salsabila, S. 2023. Identifikasi Bakteri dari Telapak Tangan dengan Pewarnaan Gram.
Jurnal Kimia Dan Ilmu Lingkungan , 1(1).
Wardhani, A. K., Uktolseja, J., & Djohan. 2020. Identifikasi Morfologi Dan Pertumbuhan
Bakteri Pada Cairan Terfermentasi Silase Pakan Ikan. Seminar Nasional Pendidikan
Biologi Dan Saintek (SNPBS) Ke-V, 411–419.
Ye, Y., Yuan, T., Yang, L.-X., & Wen, F.-Q. 2013. Two-Step Gram Staining Method
(Patent US8524469B2).
Zuraidah, Wahyuni, D., & Astuty, E. 2020. Karakteristik Morfologi dan Uji Aktivitas
Bakteri Termofilik dari Kawasan Wisata Ie Seuum (Air Panas). Jurnal Ilmu Dan
Lingkungan, 11(2), 40–47.
19
LAMPIRAN
20
21
22
23
24
25
26
27