Oleh:
Dicky Dewantoro
Fakultas Kedokteran
Universitas Jember
2021
ALUR PENELITIAN
Transformasi dengan
metode heat shock
4 x 50 µL
E. coli BL21 (DE3)
1,5 µL (150 ng) 1,5 µL (150 ng) 1,5 µL (150 ng) 1 µL (10 pg)
pET30a- CIDR1α pET30a- CIDR1α pET30a- CIDR1α pUC19
1
PEMBUATAN MEDIA AGAR
1. Resep Utama
No. Bahan Aturan Pembuatan
1 LB Padat 1 gr LB bubuk + 0,7 gr Agar Bacto → untuk 50 mL Aquadest
2 LB Cair 1 gr LB bubuk → Untuk 50 mL Aquadest
3 Kanamisin Konsentrasi: (50 mg/mL) → 1 µL untuk setiap 1 mL media
4 Ampisilin Konsentrasi: (50 mg/mL) → 1 µL untuk setiap 1 mL media
2
PEMBUATAN SEL KOMPETEN
1. Persiapan
Sterilisasi alat dan bahan dengan autoklaf:
1) 100 ml 0,1 M CaCl2
dibuat dengan melarutkan 1,47 gram CaCl2 dalam 100 ml aquadest.
2) 10 ml 0,1 M CaCl2 gliserol 15%
dibuat dengan melarutkan 0,147 gram CaCl2 + 1,5 ml gliserol 99% + 8,5 ml aquadest
3) Tip mikropipet 1000 ul
4) Dua tube sentrifuge 50 ml
5) Tube Eppendorf 1,5 mL minimal 30 tube
6) 2 ml LB cair dalam tabung ulir (Resep pada halaman 2)
7) 50 ml LB cair dalam erlenmeyer 250 ml (Resep pada halaman 2)
8) Siapkan shaker incubator suhu 28oC 150 rpm
3
PERSIAPAN PLASMID
1. DNA Rekombinan: CIDR1α-pET30a
DNA pabrik:
- 4,1 µg Supercoiled DNA
- 5913 bp
- Titik ligasi pada BamHI dan XhOI
- Simpan dalam -20oC
Tahap Pengenceran
1. DNA pabrik (powder) diencerkan dengan 15 µL Aquabidest
2. Didapatkan 15 µL Stok DNA dengan konsentrasi 273 ng/µL
3. Stok DNA (273 ng/µL) diambil sebanyak 2,2 µL + 3,8 µL Aquabidest
4. Didapatkan 6 µL DNA aliquot dengan konsentrasi 100 ng/µL
5. Yang digunakan untuk transformasi adalah 1,5 µL (150 ng DNA) untuk setiap perlakuan
Note:
Hingga akhir penelitian, kira-kira sisa Stok DNA rekombinan ± 6 µL (273 ng/µL)
4
TRANSFORMASI
1. Langkah Transformasi
1. Cairkan 2 tube sel kompeten (masing-masing berisi 100 µL) ke dalam es (5 menit)
Jangan menggoncang tabung sel kompeten sedikitpun
Tempatkan juga 4 Eppendorf tube (ukuran 1,5 mL) ke dalam es.
7. Tambahkan 250 µL S.O.C Medium yang memiliki suhu ruang pada semua tube
8. Tempatkan tabung pada shaker incubator. Gunakan isolasi untuk memastikan tabung
tidak terlepas.
9. Shake tabung pada 225 rpm dan suhu 37o C selama 1 jam.
10. Spread bakteri transforman dengan volume yang berbeda (200µL dan 100µL)
Tube 1 Tube 2 Tube 3 Tube 4
LB agar + Kanamisin LB agar + Kanamisin LB agar + Kanamisin LB agar + Ampisilin
- 200 µL label K1 - 200 µL label K3 - 200 µL label K5 - 200 µL label A1
- 100 µL label K2 - 100 µL label K4 - 100 µL label K6 - 100 µL label A2
Pelajari Teknik spreading → Hingga kering
11. Segel dan Invert plate lalu inkubasi pada suhu 37o C selama satu malam (Overnight)
12. Keesokan harinya amati pertumbuhan koloni bakteri. JANGAN TERLAMBAT
5
2. Rumus Efisiensi Transformasi
3. Hasil Transformasi
Label Keterangan Gambar
K1 Transformasi CIDR1α
- Heatshock 42oC 30 detik
- Plating: 200 uL
- Koloni: 5 Koloni
K2 Transformasi CIDR1α
- Heatshock 42oC 30 detik
- Plating: 100 uL
- Koloni: 1 Koloni
6
K3 Transformasi CIDR1α
- Heatshock 42oC 50 detik
- Plating: 200 uL
- Koloni: 19 Koloni
- Efisiensi Transformasi:
1,9 x 102 CFU/µg
K4 Transformasi CIDR1α
- Heatshock 42oC 50 detik
- Plating: 100 uL
- Koloni: 2 koloni
- Efisiensi Transformasi:
4 x 10 CFU/µg
K5 Transformasi CIDR1α
- Heatshock 42oC 70 detik
- Plating: 200 uL
- Koloni: 0 koloni
- Efisiensi Transformasi: 0 CFU/µg
7
K6 Transformasi CIDR1α
- Heatshock 42oC 70 detik
- Plating: 100 uL
- Koloni: 0 Koloni
- Efisiensi Transformasi: 0 CFU/µg
A1 Transformasi pUC19
- Heatshock 42oC 30 detik
- Plating: 200 uL
- Koloni: 298 Koloni
- Efisiensi Transformasi:
4,47 x 107 CFU/µg
A2 Transformasi pUC19
- Heatshock 42oC 30 detik
- Plating: 100 uL
- Koloni: 136 Koloni
- Efisiensi Transformasi:
4,08 x 107 CFU/µg
8
PEMBUATAN KULTUR UNTUK ISOLASI PLASMID
1. Persiapan
Sterilisasi alat dan bahan dengan autoclave 121 oC selama 15 menit:
- 4 Erlenmeyer berukuran 25 mL
- 4 x 30 mL LB agar → dijadikan 4 plate (Resep sesuai halaman 2)
- 4 x 10 mL LB cair → dijadikan 4 erlenmeyer (Resep sesuai halaman 2)
- Microtip kuning dan biru
- Ose bulat
2. Prosedur:
1. 4 koloni terpilih kemudian dipindahkan pada Media LB Agar + Kanamisin dengan
metode streaking. Masing-masing plate diberi label koloni 1,2,3, dan 4.
2. Seal plate dengan rapat dan invert. Inkubasi pada suhu 37oC selama 15-16 jam
(overnight)
4. Erlenmeyer diberi label sesuai koloni yang dipindahkan. Tabung kemudian seal rapat
menggunakan alfo dan plastic wrap
5. Shaker Incubator 150 rpm, suhu 37oC hingga OD600 mencapai 0,6
9
ISOLASI PLASMID BAKTERI TRANSFORMAN
2. Prosedur
1. Tambahkan 600 µl kultur bakteri yang telah ditumbuhkan pada medium LB cair ke
dalam tabung microcentrifuge 1,5 ml.
Juga dapat digunakan untuk prosedur klasik sentrifugasi yang dapat mencapai 3 ml
kultur bakteri, dengan modifikasi sebagai berikut:
1A) Sentrifugasi 1,5 ml kultur bakteri dengan kecepatan maksimum selama 30 detik
1B) buang supernatan
1C) ulangi langkah 1A dan 1B bila diperlukan
1D) tambahkan 600 µl TE atau air ke dalam pellet dan resuspensi.
Note: Pada penelitian ini digunakan Langkah 1A-1D sebanyak 2 kali pengulangan
2. Tambahkan 100 µl 7X Lysis Buffer (biru) dan campur dengan cara membolak-balikkan
tube 4-6 kali. Lanjutkan ke langkah 3 dalam 2 menit.
Catatan:
Setelah penambahan 7X Lysis Buffer maka akan terjadi perubahan warna dari putih
menjadi biru yang menandakan lisis sel komplit.
3. Tambahkan 350 µl Cold Neutralization Buffer (kuning) dan campur merata. Sampel
akan berubah warna menjadi kuning ketika netralisasi telah komplit dan akan terbentuk
presipitasi kekuningan. Bolak-balikkan sampel sekitar 2-3 kali untuk memastikan
netralisasi terjadi sempurna.
10
4. Sentrifugasi pada 11.000 – 16.000 x g selama 2-4 menit.
5. Pindahkan supernatan (sekitar 900 µl) ke dalam Zymo-Spin IIN column. Jangan sampai
menyentuh pelet yang mengandung debris sel.
6. Tempatkan column ke dalam collection tube dan sentrifugasi selama 15 detik.
7. Buang flow-through dan tempatkan kembali column ke dalam collection tube yang sama
dengan sebelumnya.
8. Tambahkan 200 µl Endo-Wash Buffer ke dalam column. Sentrifugasi selama 30 detik.
Tidak perlu mengosongkan collection tube.
9. Tambahkan 400 µl Zyppy Wash Buffer ke dalam column. Sentrifugasi selama 1 menit.
10. Pindahkan column ke dalam 1,5 ml tabung microcentrifuge, kemudian tambahkan 30 µl
Zyppy Elution Buffer langsung ke dalam column matrix dan berdirikan dalam suhu ruang
selama 1 menit.
11. Sentrifugasi selama 30 detik untuk elusi plasmid DNA.
Note:
Prosedur diatas dilakukan untuk semua koloni bakteri transforman
Didapatkan sekitar 30 µl plasmid untuk setiap koloni
11
PEMOTONGAN ENZIM
1. Pembacaan Konsentrasi Plasmid Hasil Isolasi
K1 K2 K3 K4
47,5 ng/mL 56 ng/mL 71 ng/mL 61,5 ng/mL
Karena konsentrasi plasmid terlalu rendah dan tidak homogen, maka dilakukan optimasi
volume reaksi pemotongan enzim.
Target Konsentrasi plasmid yang seharusnya: 500 – 1000 ng untuk setiap reaksi
12
ELEKTROFORESIS
1. Pembuatan Gel dan Buffer
1. TAE Buffer 1X
Butuh 500 mL (Running Buffer) dan 500 mL (Gel Buffer)
Stok TAE Buffer kita 10X
- Running Buffer: 50 TAE buffer 10X + 450 Aquadest steril
- Gel Buffer: 50 TAE buffer 10X + 450 Aquadest steril
2. Agarose Gel 1%
- Casting 10 well (25 mL gel)
1. Sebanyak 0,25 gram Agarose powder + 25 mL TAE 1X
2. Microwave kira-kira 3x40 detik → Hingga larut
3. Dinginkan hingga bisa dipegang dengan tangan telanjang
4. Tambahkan 2,5 uL EtBr → Aduk merata
5. Tuangkan pada cetakan dan pasang comb
6. Tunggu hingga mengeras (30 menit)
7. Lepaskan comb dan pindahkan gel pada chamber
8. Siram dan genangi gel dengan Running Buffer
Atau bisa juga dilakukan staining SYBR setelah proses running selesai dengan cara:
1. Campurkan SYBR dengan TAE Buffer 1X dengan perbandingan 1:10.000
Misal: 2,5 uL SYBR dalam 25 mL TAE Buffer 1X
2. Rendam gel yang telah dilakukan elektroforesis di dalam larutan SYBR-TAE Buffer
pada suhu ruang selama 10-40 menit
3. Perendaman gel dilakukan dalam kondisi gelap (Bisa dilapisi aluminium foil) atau
disarankan benar-benar pada tempat yang gelap sempurna.
13
3. Masukkan dalam well urut dari kiri ke kanan
4. Tambahkan 6 uL DNA marker pada well paling kiri
3. Running
Voltase 75 V selama 50 menit
Note: Jika tidak ada EtBr, bisa digunakan SYBR Green dgn perbandingan Volume
SYBR:Agarose gel adalah 1:10.000
4. Hasil Elektroforesis
1. Plasmid Hasil Isolasi (Tanpa pemotongan enzim)
M: Marker
1: Koloni 1
2: Koloni 2
3: Koloni 3
4: Koloni 4
14
M: Marker
1: Koloni 1
2: Koloni 2
3: Koloni 3
4: Koloni 4
M: Marker
1: Koloni 1
2: Koloni 2
3: Koloni 3
4: Koloni 4
15
PEMBUATAN STOK GLISEROL BAKTERI TRANSFORMAN
Prosedur:
1. Koloni bakteri pada LB agar, hasil streaking (Sisa dari tahap pembuatan kultur untuk
isolasi plasmid) dipindahkan dalam 2 mL LB Cair-Kanamisin di tabung ulir. Berikan
label koloni 1,2,3, dan 4
2. Shaker incubator 150 rpm 37oC selama 16 jam (overnight)
3. Tuang masing-masing starter kultur (2 mL) pada 50 mL LB cair-kanamisin di
Erlenmeyer. Berikan label koloni 1,2,3,4 pada Erlenmeyer. Total ada 4 erlenmeyer
masing-masing berisi 50 mL kultur
4. Shaker incubator 150 rpm 37oC hingga OD600 mencapai 0,6
5. Aliquot masing-masing kultur bakteri sebanyak 650 uL pada Eppendorf tube ukuran
1,5 mL. Sebanyak mungkin.
Jika kultur pada Erlenmeyer sisa, dibuang saja
6. Tambahkan 350 uL Gliserol 40% pada masing-masing tube hingga merata
7. Siram nitrogen cair hingga beku sempurna
8. Simpan dalam freezer -80oC
16