Computer Aided Drug Design

(CADD)
  Memasarkan obat baru membutuhkan proses yg
memakan banyak biaya (uang, tenaga manusia, dan
waktu)
 Penemuan dan pengembangan obat sekitar 10-15 thn
 sekitar US$800 juta - US$1.8 milyar
pendahuluan  Proses penemuan obat melibatkan berbagai disiplin
ilmu -- biologi kimia dan struktur, kimia komputasi,
sintesis organic, dan farmakologi
  Informasi ttg pola interaksi antara protein dan ligand
(complex) serta afinitas ikatan.

 Teknik CADD menjadi penting utk tahap pendahuluan

CADD penemuan dan pengembangan obat untuk mengurangi
biaya dan meminimalkan kegagalan tahap akhir.

.
  SBDD, struktur macromolecule design dan evalusi
interaksi ligand dengan tempat ikatan protein
 Identifikasi target obat
SBDD  Memperoleh informasi struktur molecule
  Binding site prediction
 Docking
 Modelling packages
 databases

SBDD
 Program/server

CASTp

Cavitator

ConCavity
Binding site
prediction eFindSite

SiteComp
  informasi reseptor 3D utk menemukan fragmen kecil yg
cocok dengan binding site
SBDD  menyediakan ligand baru yg dapat disintetis untuk
skrining berikutnya
 Prediksi/identifikasi binding site
  Quantitative structure–activity relationship (QSAR)
Perubahan bioktivitas berhubungan dengan variasi
struktur dan molekul

LBDD
 Pharmacophore modeling
Untuk menentukan senyawa dari kerangka yg berbeda,
dengan 3D
Computerized
searching of  melakukan pencarian komputasi dari database struktur
structural
databased