Pengambilan Spesimen

Mikrobiologi

DR. dr. Ni Nyoman Sri Budayanti, Sp.MK(K)

dr I W A Gd Manik S, M.ked.Klin, Sp.MK

April 2018
 Pendahuluan
Seleksi
koleksi
Pre-Analitik Transportasi
penyimpanan

Quality control
Analitik Procedure

Post Analitik Analisis dan Pelaporan

Outcome pasien; Terapi; Pencegahan dan pengendalian infeksi

di rumah sakit, Lama rawat inap, Biaya perawatan;
April 2018
G.I.G.O

April 2018
Prinsip-Prinsip Dasar Pengambilan Spesimen

Fase akut infeksi dan sebelum antibiotika

Lokasi anatomis yang benar

Teknik yang benar & hindari kontaminasi

Jumlah / volume yang tepat

Label

Waktu transport
April 2018
 Labelling pada kontainer
• Nama
• Nomor identifikasi
• Ruangan
• Dokter
• Area pengambilan spesimen
• Tanggal pengambilan spesimen
• Waktu pengambilan spesimen

April 2018
April 2018
 Form permintaan
• Nama pasien
• Umur pasien (tanggal lahir) dan jenis kelamin
• Nomor ruang rawat inap pasien atau lokasi
• Nama dokter dan alamat
• Lokasi anatomis spesifik
• Tanggal dan waktu pengambilan spesimen
• Diagnosis klinis atau riwayat penyakit pasien
• Riwayat pemberian antibiotika
• Nama petugas yang membuat permintaan

April 2018
TIDAK LENGKAP LENGKAP

April 2018
LENGKAP TIDAK LENGKAP

April 2018
April 2018
 Spesimen Mikrobiologi :

Liquor
Darah Urine Cerebro Mata
Spinalis

Saluran Saluran
Cairan
Telinga Pernafasan Pernafasan
genital
Atas Bawah

Saluran Sampel
Luka
pencernaan autopsi

April 2018
Kultur Darah

April 2018
 Prinsip Dasar Kultur Darah

• Kultur darah  penyebab bakteremia dan

fungemia.
• Spesimen darah  vena
• Rasio spesimen dan media  1:10 – 1:5
• Volume darah  paling penting !!!
• Antikoagulan : 0.025 - 0.05% sodium
polyanethol sulfonate (SPS)

April 2018
Mikroorganisme penyebab Infeksi Aliran Darah

Tille PM. 2014. Bailey Scott’s Diagnostic Microbiology. 13th Edition. China : Elsevier, Mosby
& 2018
April
Mekanisme terjadinya bakteremia terkait penggunaan kateter

April
Tille PM. 2014. Bailey & 2018
Scott’s Diagnostic Microbiology. 13th Edition. China : Elsevier, Mosby
Pengambilan spesimen darah

Volume darah

Waktu pengambilan darah

Prosedur antisepsis saat pengambilan darah

April 2018
 Volume

• Neonatus – 1 tahun (<4kg) : 0.5 – 1.5

ml / tabung  ± 1 ml
• Anak-anak 1-6 tahun : 1 ml per
penambahan umur
• Dewasa : 10 – 20 ml / tabung
April 2018
Volume

Murray R Patrick et al. 2011. Manual of Clinical Microbiology. 10th Ed.

April 2018
BACTEC April 2018
BACT/ALERT
Jumlah (set) spesimen yang diambil untuk kultur
darah pada kondisi tertentu :

Endocarditis
• Endocarditis akut : 3 set kultur darah dari 3 lokasi
yang berbeda dengan interval 10-15 menit.

• Sub-akut endocarditis : 3 set kultur darah dengan

interval sedikitnya 30 menit pada hari pertama
dan belum mendapatkan terapi antibiotika dalam
waktu 1-2 minggu terakhir.
April 2018
 Con’t
Kultur darah dari vena sentral
• Diambil 1 botol (aerob) per-lumen dg volume
10 ml darah setiap botolnya, maks. 3 botol
untuk setiap line.
• Pada waktu yang bersamaan, diambil 2 botol
dari vena perifer.

Infeksi pada IV device

• 2 set kultur darah pada waktu yang
April 2018
 Yang harus diperhatikan setelah mengambil
spesimen darah

• Botol kultur di simpan dalam suhu ruangan

sampai diproses dengan waktu maks. 4 jam
dan spesimen tidak boleh dimasukkan ke
lemari es.

• Pastikan botol kultur tidak rusak selama

proses transport spesimen.

April 2018
 Kapan mengambil kultur darah?

• Saat temperatur puncak

• Sebelum pemberian antibiotik atau setelah 3
hari antibiotik dihentikan.
• Episode febril akut: 2 set dari tempat yang
berbeda  dalam waktu 10 menit (sebelum AB)
• Untuk typhoid diambil pada demam minggu
pertama.

April 2018
 Desinfeksi
• Lokasi : botol kultur
dan area vena
puncture
• Menggunakan :
– Isoprophyl alkohol
atau ethyl alkohol
(etanol) 70%
– Iodine tincture /
Chorhexidine 2%

April 2018
 Teknik Pengambilan
Spesimen
• Cari vena  palpasi
• Swab dengan alkohol (70% isopropyl alcohol)
melingkar dari pusat biarkan 30’’
• Swab dengan 10% povidone-iodine atau 2%
iodine tincture (lebih baik). Keringkan 1 - 2
menit.
• Alergi iodine  alkohol 2x.
• Buka penutup botol  dekontaminasi dengan
alkohol.
• Ambil darah  jangan ganti jarum antara pasien
dengan botol ( akan meningkatkan kontaminasi).
• Setelah jarum dicabut, bersihkan sisa iodine
dengan alkohol.

April 2018
Video Pengambilan Spesimen Darah

April 2018
Spesimen Urine

April 2018
 Spesimen Urine
• Urine normalnya cairan
steril
• Kultur urine  ISK
• Waktu : Urine pertama pagi
hari
• Teknik pengambilan
dicantumkan
• Pemeriksaan
semikuantitatif
• Foley kateter  tidak dapat
di kultur !!!
April 2018
 Teknik Pengambilan Spesimen Urine
• Urine pancar tengah (clean catch midstream)
• Urine kateter (indwelling)
• Urine kateter in-out (straight catheter)
• Ileal conduit
• Aspirasi suprapubik
• Kateter suprapubik
• Bag collection
• Urine aspirat ureter
• Urine aspirat nefrostomi.
April 2018
Clean catch mid stream

April 2018
 Clean catch mid stream
• Langkah-langkah :
– Sewaktu atau urin pagi
– Penis / vulva dibersihkan dengan air sabun
atau tissue basah steril
– Hindari kemih mengenai kulit
– Urin yang pertama kali keluar dibuang,
selanjutnya ditampung dalam botol steril  10
cc
– Tutup rapat

April 2018
Ileal Conduit

April 2018
Aspirasi Suprapubic

April 2018
 Urine Supra pubic puncture

• Terutama untuk mengisolasi kuman anaerob

• kecurigaan infeksi dimana hasil pemeriksaan
urin dengan teknik lain hasil yang meragukan.
• Biasanya dilakukan pada pasien pediatri
dimana urin porsi tengah sangat sulit
didapatkan.
• Kekurangan : invasif

April 2018
Kateter Langsung

April 2018
 Kateter langsung
Teknik ini dilakukan pada keadaan dimana teknik urin
porsi tengah tidak bisa dilakukan.
• Sebelum dilakukan kateterisasi, pasien diharuskan
minum hingga vesika urinaria penuh.
• Bagian ujung uretra pasien dibersihkan dengan
sabun dan dicuci dengan air.
• Dengan menggunakan teknik steril, masukkan
kateter ke dalam vesika urinaria.
• Kumpulkan 10-30 ml urin dan buang dari ujung
kateter.
• Ambil spesimen urin dari porsi tengah dan akhir
dan masukkan dalam pot steril.
April 2018
Indwelling kateter

April 2018
 Indwelling kateter
• Desinfeksi bagian koleksi dari kateter dgn
alkohol 70%.
• Klem kateter pd bagian bawah tempat koleksi
• Gunakan jarum suntik secara aseptik untuk
mengkoleksi urine sebanyak min. 10 ml
• Pindahkan kedalam pot steril

April 2018
Cystoscopy

April 2018
Pediatric urine collector

April 2018
pemasangan urine collector pada
pasien pediatrik

April 2018
Media Transport Waktu Transport :
• Tanpa preservatif: ≤
2 jam, suhu kamar
• Dgn preservatif: ≤ 24
jam, suhu kamar

Waktu penyimpanan
dan temperatur :
≤ 24 jam, 4°C

April 2018
 Catatan :
Kateter langsung Indwelling kateter

• Kateterisasi  • Pasien dengan kateter

meningkatkan jml indwelling selalu
flora normal terdapat bakteri di
urethra pd vesica dalam vesica urinaria
nya.
urinaria
• Jangan koleksi urine
• Meningkatkan pada pasien jika tidak
risiko infeksi simtomatik.
iatrogenik
April 2018
Kultur LCS

April 2018
 Spesimen LCS

• LCS  diagnosis
meningitis akut
bakterial / viral,
infeksi LCS shunt
• Spesimen LCS 
lumbal punksi.

April 2018
 Pedoman Pengambilan Spesimen (LP)
1. Desinfeksi area dengan
iodine atau chlor-
hexidine.
2. Masukkan jarum dengan
stylet pada L3-L4 , L4-L5,
atau L5-S1 interspace.
3. Saat mencapai
subarachnaoid space,
lepas stylet dan koleksi
CSF sebanyak 1- 5 ml
kedalam masing-masing
tabung tahan bocor. Vol : ≥1 ml; acid fast, ≥5 ml

April 2018
Media Transport Waktu Transport :
• ≤15 menit, suhu kamar
• Tidak boleh beku
(bakteri)

Waktu penyimpanan
dan temperatur :
≤2 jam, 4°C

April 2018
 Saluran Pernafasan Atas
• Oral
• Nasal
• Nasopharynx
• Tenggorokan atau Pharynx

April 2018
 Spesimen Pada Rongga Mulut
1. Hilangkan sekresi oral
dan debris dari
permukaan lesi dengan
menggunakan swab 
swab dibuang
2. Gunakan swab kedua,
spesimen diambil
pada lesi dg kuat,
hindari area normal
pada jaringan.
April 2018
Media Transport

Waktu Transport :
≤ 2 jam, suhu kamar

Waktu penyimpanan
dan temperatur :
≤ 24 jam, Suhu kamar

April 2018
 Spesimen Pada Hidung
1. Masukkan swab
yang sudah
dibasahi dengan
saline steril,
kurang lebih 1-2
cm ke dalam
hidung
2. Putar-putar swab
di sekitar mukosa
hidung
April 2018
Media Transport

Waktu Transport :
≤ 2 jam, suhu kamar

Waktu penyimpanan
dan temperatur :
≤ 24 jam, Suhu kamar

April 2018
 Spesimen Pada Nasopharynx
1. Masukkan swab kecil
(cth. calcium algi-
nate) secara gentle
kedalam nasopharynx
posterior melalui
hidung.
2. Putar-putar swab
dengan perlahan sela-
ma detik untuk
mengabsorpsi sekret
April 2018
Media Transport

Waktu Transport :
≤ 2 jam, suhu kamar

Waktu penyimpanan
dan temperatur :
≤ 24 jam, Suhu kamar

April 2018
 Spesimen Pada Tenggorokan / Pharynx

1. Tekan lidah dengan

tounge spatula

2. Ambil spesimen
dengan swab steril
pada bagian
pharynx posterior,
tonsil dan area yang
mengalami inflamasi

April 2018
Media Transport

Waktu Transport :
≤ 2 jam, suhu kamar

Waktu penyimpanan
dan temperatur :
≤ 24 jam, Suhu kamar

April 2018
 Saluran Pernafasan Bawah
• Broncho alveolar lavage (BAL), cairan, brush
sample or washing, aspirasi endotrakeal
• Sputum expectorated
• Sputum induced
• Sputum aspirat (ETT/Endotracheal tube)

April 2018
 Bronchoalveolar lavage, cairan brush atau
washing, aspirasi endotrakeal

1. Koleksi washing atau

aspirat pada sputum
trap
2. Tempatkan brush
didalam kontainer
steril dengan saline 1
ml

April 2018
Media Transport

Waktu Transport :
≤ 2 jam, suhu kamar

Waktu penyimpanan
dan temperatur :
≤ 24 jam, 4°C

Kontainer steril ≥ 1 ml
April 2018
 Catatan :
• Cairan total yang dibutuhkan untuk analisis
kuantitatif adalah 40-80 ml.
• Untuk analisis kuantitatif brushingletakkan
brush keda- lam saline 1.0 ml (hanya aerob)

April 2018
 Spesimen Sputum, expectorated
1. Koleksi spesimen
dibawah supervisi dokter
/ perawat.
2. Pasien berkumur dengan
air untuk mengurangi
adanya flora normal
pada mulut.
3. Instruksikan pasien untuk
batuk dalam untuk
mengeluarkan sekret dari
saluran pernafasan
bawah (bukan cairan pos-
nasal)

April 2018
Media Transport

Waktu Transport :
≤ 2 jam, suhu kamar

Waktu penyimpanan
dan temperatur :
≤ 24 jam, 4°C

Kontainer steril ≥ 1 ml
April 2018
 Catatan :
• Untuk pasien pediatri yang tidak dapat me-
nghasilkan sputum, terapis di dalam perna-
fasan seharusnya mengkoleksi spesimen
dengan menggunakan suction.
• Spesimen terbaik dari semua pasien harus
mengandung ≤ 10 sel skuamosa x 10 lapangan
pandang dengan pembesaran okuler 10x

April 2018
 Spesimen Sputum, Induced
1. Perintahkan pasien
berkumur dengan air
setelah menggosok gusi
dan lidah
2. Dengan peralatan
nebulizer, perintahkan
pasien utk menghirup
uap saline 3-10 % 25 ml
3. Koleksi dalam
kontainer steril

April 2018
Media Transport

Waktu Transport :
≤ 2 jam, suhu kamar

Waktu penyimpanan
dan temperatur :
≤ 24 jam, suhu kamar

Kontainer steril ≥ 1 ml
April 2018
 PEMERIKSAAN MYCOBACTERIUM

Sputum
– Waktu pengambilan :
– Sputum pertama pagi sesudah bangun
tidur, 3 kali berturut-turut bila diperlukan
– Sputum sewaktu di bawah pengawasan
dokter – pagi - sewaktu
• Alat : Wadah + Penutup ( bersih )
• Cara pengambilan ( sama dengan diatas)
• Jumlah : 3-5 ml

April 2018
 Spesimen Luka
• Abses
– Umum
– Terbuka
– Tertutup
• Luka gigitan
• Luka bakar
• Selulitis
• Aspirat dari area Ulkus dekubitus
April 2018
Metode Pengambilan Spesimen pada Luka

• Biopsi jaringan
• Aspirasi cairan luka
• Swab dasar luka (Z Technique, Levine
Technique)

April 2018
 Teknik Levine
• Pilih lesi dengan gambaran infeksi.
• Pencucian permukaan luka dari eksudat dan
nekrotik, sesuai standar.
• Pengambilan spesimen dengan mengunakan
swab (Amies)
• Swab dilakukan pada permukaan seluas 1 cm2
dengan penekanan stik selama 10 detik dan
diulirkan, masukan dalam medium transport
dan spesimen segera dikirim ke Laboratorium
Mikrobiologi Klinik.
April 2018
 Teknik Z

Teknik Levine 1x1 cm

April 2018
April 2018
April 2018
 LUKA / ABSES
• Cara : biopsi (terbaik), aspirasi, dan
swab

• Anaerob : biopsi dan aspirasi

• Tidak dianjurkan untuk mengambil

pus yang berasal dari drain

April 2018
 Luka dalam atau abses
• Disinfeksi permukaan kulit dengan
alkohol 70% diikuti dengan larutan
povidone iodine 10%.
• Aspirasi bagian yang paling dalam
lesi, menghindari kontaminasi dari
permukaan luka. Bila pengambilan
spesimen dilakukan pada saat
pembedahan, bagian dinding abses
harus diikutsertakan untuk kultur.

April 2018
 Spesimen Abses

• Umum  hilangkan
permukaan eksudat
dengan dgn saline steril
atau alkohol 70%.
• Terbuka  Aspirasi /
swab  fresh border ?
• Tertutup  aspirasi 
transfer ke media
transport
April 2018
Media Transport

Waktu Transport :
≤ 2 jam, suhu kamar

Waktu penyimpanan
dan temperatur :
≤ 24 jam, suhu kamar

April 2018
 Catatan :
• Sampel dari dasar lesi dan dinding abses
adalah paling produktif.
• Kontaminasi dengan permukaan material
akan menyebabkan kolonisasi bakteri yg tidak
termasuk ke dalam proses infeksi.
• Jangan menggunakan jarum suntik sebagai
media transport.

April 2018
 Spesimen Luka Bakar
• Luka bakar dibersihkan
dan dilakukan debri-
dement.
• Utk kultur  3-4 mm
spesimen biopsi  kultur
aerob saja.
• Kultur kuantitatif bisa
bermakna atau tidak.
• Kultur pada permukaan
sampel luka bakar dapat
memberikan hasil yang
salah.

April 2018
Media Transport

Waktu Transport :
≤ 2 jam, suhu kamar

Waktu penyimpanan
dan temperatur :
≤ 24 jam, suhu kamar

April 2018
 Spesimen Selulitis / dekubitus
1. Bersihkan area dengan
saline steril.
2. Aspirasi pada area
dengan inflamasi max.
(biasanya di tengah)
dengan jarum suntik.
Bisa juga dilakukan irigasi
dengan saline steril.
3. Aspirasi steril kedalam
syringe dan tampung ke
dalam tabung steril
screw-cap

April 2018
Media Transport
Waktu Transport :
≤ 2 jam, suhu kamar

Waktu penyimpanan
dan temperatur :
≤ 24 jam, suhu kamar

April 2018
 Catatan :
• Menghasilkan patogen potensial dengan
sampel yang minimal pada pemeriksaan
kultur.
• Jika spesimen swab dari ulkus dekubitus tanpa
disertai informasi klinis, spesimen tsb
sebaiknya tidak diserahkan. Sampel biopsi
jaringan atau aspirasi jarum merupa- kan
spesimen pilihan.

April 2018
 Spesimen Cairan
• Abdominal
• Amnion
• Ascites
• Empedu
• Sendi
• Pericardial
• Peritoneal
• Pleura,
• Synovial

April 2018
 Spesimen Cairan
1. Desinfeksi kulit dg
sediaan iodine /
chlorhexidine
2. Melalui aspirasi jarum
perkutan / pembedahan
3. Selalu mengirimkan
cairan sebanyak
mungkin; jangan pernah
menyerahkan swab yang
dicelupkan ke dalam
cairan.
April 2018
Media Transport

Waktu Transport :
≤ 15 menit, suhu kamar

Waktu penyimpanan
dan temperatur :
≤ 24 jam, suhu kamar
Cairan pericardial & cairan
untuk kultur jamur 
≤ 24 jam, 4°C
April 2018
 Spesimen Feses
• Keluarkan spesimen
langsung ke dalam kon-
tainer bersih dan kering.
• Kirim ke laboratorium
mikrobiologi dalam
waktu 1 jam dari
pengambilan atau
pindahkan ke dalam
media transport Cary-
Blair

April 2018
 Stool Specimen
• Stool must be pass into
a clean, dry pan or
special container on the
toilet
• Volume of stool :
– Diarrheal stool  5 ml
– Solid  1 g or walnut-
sized portion

Macroscopic appearance of faecal

samples based on WHO guidelines
April 2018
 Notes :
• Do not use toilet
paper to collect stool
(may impregnated
with barium salts 
inhibitory some fecal
pathogens
• Specimen should not
be mixed with urine

April 2018
Media Transport
Waktu Transport :
• Tanpa preservatif : ≤ 1
jam, suhu kamar
• M. transport : ≤ 24 jam,
suhu kamar

Waktu penyimpanan
dan temperatur :
≤24 jam, 4°C
≤48 jam, suhu kamar
April 2018
 Spesimen Rectal Swab
1. Masukkan swab kurang
lebih sedalam 1 inchi
melewati sphincter
anal.
2. Putar swab dengan
gentel untuk menca-
pai crypte anal.
3. Untuk mendeteksi
diare pathogen feses
harus tampak pada
swab
April 2018
Media Transport
Waktu Transport :
• Tanpa preservatif : ≤ 1
jam, suhu kamar
• M. transport : ≤ 24 jam,
suhu kamar

Waktu penyimpanan
dan temperatur :
≤24 jam, 4°C
≤48 jam, suhu kamar
April 2018
April 2018