MIKROBIOLOGI & PARASITOLOGI

Pengampu : Rizka Mulya Miranti

 Pendahuluan
• The study of the biology of microorganisms
requires the use of many different procedures
as well as special equipment. The biological
characteristics of microorganisms can be
summarized under the following categories:
morphology, nutrition, physiology,
reproduction and growth, metabolism,
pathogenesis, antigenicity, and genetic
properties.
• Kata mikrobiologi berasal dari bahasa Yuniani,
yaitu: micros = kecil, bios = hidup, logos = ilmu.
• mikrobiologi adalah ilmu pengetahuan yang
mempelajari organisme hidup yang kecil yang
hanya dapat dilihat dengan mikroskop.
• Organisme yang meliputi bakteri, virus, jamur,
protozoa.
• Cabang ilmu mikrobiologi ada yang didasarkan
pada kelompok mikroba yang dipelajari, seperti
bakteriologi, virologi dan mikologi
 Peranan Mikrobiologi dalam
kehidupan manusia
• Tape
• Yogurt
• Lactobacillus
• Antibiotik
• Tempe
• Insulin
Mikroorganisme pada Manusia
 TEORI ABIOGENESIS DAN BIOGENESIS
Teori Abiogenesis
• Teori abiogenesis disebut juga teori generation spontaneaeyang
menyatakan bahwa makhluk hidup tercipta dari benda tak hidup yang
berlangsung secara spontan.
• Teori abiogenesis dipelopori oleh Aristoteles (384-322 SM ). Menurut
percobaan Aristoteles, tanah yang direndam air akan muncul cacing.
• Teori ini dikuatkan oleh ilmuan Belanda yang bernama Antony van
Leuwenhoek pada tahun 1677. Ia mengamati adanya makhluk renik pada
air rendaman jerami menggunakan mikroskop hasil temuannya. Hasil
pengamatannya ini ditulis dalam sebuah catatan ilmiah yang diberi judul
“Living in a Drop of Water”.
• Pendukung teori abiogenesisyang lain adalah John Needham yang
merupakan seorang ilmuwan Inggris . Needham melakukan percobaan
dengan penyimpanan air rebusan daging atau kaldu dengan botol yang
ditutup gabus. Setelah beberapa hari, terdapat mikroorganisme didalam
air kaldu tersebut. Jean Batiste van Helmont juga mendukung teori ini
dengan melakukan percobaan baju kotor yang terkena keringat manusia
disimpan dalam gudang gandum. Setelah beberapa hari akan menjadi
tikus. Van Helmont juga mempercayai bahwa katak berasal guntur yang
turun ka bumi bersama dengan air hujan. (Pelczar,Michael.J 1988)
 Teori Biogeneis
Teori abiogenesis disanggah oleh teori biogenesis sejak abad ke-19. Teori
biogenesis menyatakan bahwa makhluk hidup berasal dari makhluk hidup. Teori
biogenesis dikemukakan oleh Francesco Redi, Louis Pasteur Lazzaro Spallanzani
berdasarkan percobaan percobaan yang mereka lakukan.
˜Life would not long remain possible in the
absence of microbes˜
—Louis Pasteur
 Types of microorganisms
• Bacteria
 PENGERTIAN BAKTERIOLOGI
• Bakteriologi merupakan ilmu yang mempelajari kehidupan
dan klasifikasi bakteri, struktur anatomi sel bakteri, cara
kerja sel bakteri, interaksi antarsel bakteri, dan juga
tanggapan bakteri terhadap perubahan pada lingkungan
hidupnya.

• Bakteriologi dapat dikatakan juga sebagai biologi bakteri.

• Bakteri memiliki nilai ekonomi penting dalam kehidupan

manusia dan demikian pula bakteriologi. Pengetahuan dalam
cabang ilmu ini bermanfaat dalam pengobatan, higiene, ilmu
pangan dan gizi, pertanian, dan industri (terutama industri
fermentasi).
 Membran sel
Tersusun atas lemak dan
protein, bersifat
semipermeable, berfungsi
untuk mengatur keluar
masuknya zat ke dalam sel.

 Sitoplasma
Merupakan tempat
berlangsungnya reaksi
metabolik.

 Nucleoid (DNA)
Untuk mengontrol sintesis
protein dan pembawaan
sifat.
 Flagella (Cambuk Besar)
Berfungsi utk bergerak, flagel melekat
pada membran luar di dinding sel.
Ribosom
Tersusun atas protein dan RNA,
sebagai tempat sintesis protein.
Mesosom
Terbentuk dari membran sel yg tidak membentuk lipatan.
Organel ini berfungsi sbg tempat pemisahan dua molekul DNA
dan berperan juga dalam pembentukan dinding sel baru antara
kedua sel anak tersebut.
 CLOSTRIDIUM

 Pada kondisi lingkungan

yang tidak
menguntungkan, misal
kekurangan nutrisi dan air,
suhu yang sangat panas
atau sangat dingin serta
BACILLUS
racun, maka sel bakteri
akan membentuk
ENDOSPORA misal pada
bakteri Clostridium dan
Basilus.
BAKTERI PROKARYOTE & EUKARYOTE
 PERBANDINGAN SEL AEUKARIOTA
DAN PROKARIOTA
Pembeda Eukariot Prokariot
Struktur Organel Berbagai tipe selalu Tidak pernah ada
ada
Nukleus Membran nukleus DNA berhubungan
dan gelendong dengan sitoplasma
aparat
Komposisi Lipida Umum Sangat jarang
Sterol Selalu Hanya ada
mikroplasma
Dinding sel Tidak ada atau dari Peptidoglikan dg asam
selulose muramat
Organisasi Kromosom Banyak 1 lingkaran (+plasmid)
genetik Haploid
Diploidi Biasanya diploid Tidak ada
Histon atau Nukleosom Ada Berpasangan dan
Perpapasan transkipsi dan Terpisah dlm waktu berlangsung singkat
translasi dan berlangsung
lama
 UKURAN BAKTERI

• Bakteri merupakan organisme mikroskopis rata-rata

berdiameter 1,25 mikrometer (μm). (mikrometer =
1/1000000 meter).
• Bakteri yang terkecil adalah Dialister pneumosintes
dengan panjang tubuh 0,15 – 0,30 μm
• Sedangkan bakteri terbesar adalah Spirillum
voluntans, panjang tubuh 13 – 15 μm.
• Ukuran bakteri adalah mikroskopis, artinya dapat
dilihat dengan menggunakan mikroskop.
 BENTUK BAKTERI
Ada 3 macam bentuk bakteri sebagai berikut :

a. Bentuk batang (basil)

b. Bentuk bulat (kokus)
c. Bentuk spiral
BENTUK2 BAKTERI BASIL(BATANG)
Bakteri bentuk batang dikenal
sebagai basil (berasal dari kata
bacillus yang berarti batang). Bentuk
ini dapat dibedakan mjd :

• Monobasil,yaitu bakteri yang hanya

berbentuk satu batang tunggal.
Contoh: Salmonella typhosa penyebab
penyakit tipus, Escherichiacoli bakteri
yang terdapat pada usus dan
Lactobacillus.

• Diplobasil yaitu bakteri berbentuk

basil yang bergandengan dua-dua

• Streptobasil yaitu bakteri berbentuk

basil yang bergandengan memanjang
berbetuk rantai, misal Bacillus
anthracis penyebab penyakit antraks,
Streptpbacillus moniliformis,
Azotobacter, bakteri pengikat
nitrogen.
Bentuk2 Bakteri Kokus (Bulat)

Bakteri bentuk bulat (bola) atau

kokus dpt dibedakan mjd:

• Monokokus yaitu bakteri

berbentuk bola tunggal, misal
Monococcus gonorhoe penyebab
penyakit kencing nanah.

• Diplokokus yaitu bakteri

berbentuk bola bergandengan
dua-dua, misal Diplococcus
pneumoniae penyebab penyakit
pneumonia (radang, paru-paru).
• Streptokokus
yaitu bakteri berbentuk bola
yang berkelompok memanjang
berbentuk rantai, misal
Streptococcus lactis,
Streptococcus pyogenes
penyebab sakit tenggorokan dan
Streptococcus thermophilis untuk
pembuatan yoghurt (susu asam).

• Stafilokokus
yaitu bakteri berbentuk bola
yang berkoloni seperti buah
anggur, misal Stafilokokus
aureus, penyebab penyakit
radang paru-paru.
Bentuk Spirilia

Ada tiga macam bakteri bantuk spiral

yaitu:

• Spiral, yaitu golongan bakteri yang

bentuknya seperti spiral, misalnya
Spirillum.

• Vibrio atau bentuk koma yang

dianggap sebagai bentuk spiral tak
sempurna misalnya Vibrio cholerae
penyebab penyakit kolera.

• Spiroseta yaitu golongan bakteri

berbentuk spiral yang dapat bergerak
misal: Spirochaeta palida, penyebab
penyakit sifilis.
 PERKEMBANGBIAKAN BAKTERI
• Bakteri berkembang biak dengan cara rekombinasi
genetik dan membelah diri.
• Rekombinasi genetik adalah pemindahan secara
langsung bahan genetik (DNA) di antara dua sel
bakteri
• Pembelahan diri secara biner (langsung)
Pada pembelahan ini sel bakteri membelah menjadi
dua sel anakan, dimana sifat sel anak yang
dihasilkan sama dengan sifat sel induknya.
 Pertumbuhan Bakteri
• Pertumbuhan mikroba melalui beberapa fase
yaitu fase lag, fase akselerasi, fase eksponensial,
penurunan fase pertumbuhan, fase stasioner, dan
fase endogenus.
 Faktor Pertumbuhan Mikroba
1. Faktor intrinsik
 2. Faktor ekstrinsik
• Faktor Ekstrinsik meliputi : temperature,
kelembaban relative lingkungan, konsentrasi
gas di linkungan.
 PERGERAKAN BAKTERI

• Bakteri dapat bergerak dengan menggunakan

flagel.

• Flagel merupakan bulu-bulu cambuk yang dimiliki

oleh beberapa jenis bakteri dan letaknya berbeda-
beda tergantung kepada spesiesnya.
 BERDASARKAN LETAK DAN JUMLAH FLAGEL YANG DIMILIKI MAKA
BAKTERI DIBEDAKAN MENJADI:

• Monotrik:
yaitu bakteri yang
memiliki sebuah flagel
pada satu ujungnya.
• Lopotrik :
yaitu bakteri yang pada
satu ujungnya memiliki
lebih dari satu flagel.
• Amfitrik :
yaitu bakteri yang
pada kedua ujungnya
hanya terdapat satu
buah flagel.
• Peritrik :
yaitu bakteri yang
memiliki flagel pada
seluruh permukaan
tubuhnya.
 MEKANISME BAKTERI DALAM MENIMBULKAN
PENYAKIT
• INVASI
Merupakan kemampuan dari bakteri untuk menyerang dan
menyebar
 TOKSIGENITAS
Merupakan kemampuan dari bakteri dalam membentuk toksin.
a. Eksotoksin
dihasilkan oleh bakteri yang masih hidup, dikeluarkan dari
tubuh bakteri ke sekelilingnya.
b. Endotoksin
- Merupakan bagian utama dinding sel bakteri Gram negatif
- Toksin dihasilkan oleh bakteri2 yg telah mengalami
lisis/setelah bakteri tsb hancur
 MACAM-MACAM BAKTERI
• Berdasarkan sumber oksigen yang diperlukan
dalam proses respirasi, bakteri dikelompokan
sebagai berikut:

1. Bakteri aerob
yaitu bakteri yang menggunakan oksigen
bebas dalam proses respirasinya.
Misal: Nitrosococcus, Nitrosomonas dan
Nitrobacter. NITROSOCOCCUS

2. Bakteri anaerob
yaitu bakteri yang tidak menggunakan
oksigen bebas dalam proses respirasinya.
Misal: Streptococcus lactis
STREPTOCOCCUS LACTIS
• Berdasarkan kebutuhan terhadap oksigen, bakteri dikelompokkan
menjadi:

1. Bakteri aerob obligat

yaitu bakteri yang hanya dapat hidup dalam suasana mengandung
oksigen.
Misal: Nitrobacter dan Hydrogenomonas.
Nitrobacter
2. Bakteri anaerob obligat
yaitu bakteri yang hanya dapat hidup dalam suasana tanpa
oksigen.
Misal: Clostridium tetani.

Clostridium tetani

3. Bakteri anaerob fakulatif

yaitu bakteri yang dapat hidup dengan atau tanpa oksigen.
Misal: Escherichia coli, Salmonella thypose dan
Shigella.
Escherichia coli
• Berdasarkan cara memperoleh
makanannya, bakteri dapat
digolongkan menjadi dua golongan
yaitu :
1. Bakteri heterotrof
2. Bakteri autotrof
 1. Bakteri Heterotrof
• Bakteri ini hidup dengan memperoleh makanan berupa zat
organik dari lingkungannya karena tidak dapat menyusun
sendiri zat organik yang dibutuhkannya.

a. Bakteri Heterotrof yg bersifat saprofit

 Bakteri yang mendapatkan zat organik dari sampah, kotoran,
bangkai dan juga sisa makanan.

 Bakteri ini menguraikan zat organik dalam makanan menjadi

zat anorganik, yaitu CO2, H2O, energi dan mineral.
 Lanjutan....
 Di dalam lingkungan bekteri
pembusuk ini berfungsi sebagai
pengurai dan penyedia nutrisi
bagi tumbuhan.
 Sedangkan dalam usus manusia
terdapat juga bakteri yang hidup
secara saprofit (menguraikan
serat-serat pada makanan) dan
menguntungkan adalah bakteri
Escherichia coli.

Escherichia coli
• Keterangan:
1. Selaput lendir
2. Dinding sel
3. Ribosom
4. Daerah inti
5. Flagellum
6. Sitoplasma
b. Bakteri Heterotrof yg bersifat parasit
Bakteri ini merugikan baik pada manusia, hewan maupun
tumbuhan. Bakteri ini menyebabkan sakit (patogen).
Beberapa contoh bakteri yang patogen di antaranya:

No. Bakteri Penyakit yang ditimbulkan

1. Vibrio comma Penyakit kolera

2. Treponema palidum Sifilis
3. Salmonella thyposa Tifus
4. Pasteurella pestis Pes/sampar
5. Neisseria gonorhoe Kencing nanah
6. Mycobacterium tuberculose TBC
7. Bordetella pertusis Batuk rejan
8. Cytophoga colimnaris Parasit pada ikan
9. Salmonella pollurum Berak kapur pada ayam
10 Xanthomono citri Kanker pohon jeruk
2. Bakteri Autotrof

• Bakteri Autotrof adalah bakteri

yang dapat menyusun zat
makanan sendiri dari zat
anorganik yang ada.
• Dari sumber energi yang
digunakannya, bakteri autotrof
(auto = sendiri, trophein =
makanan) dibedakan menjadi
dua golongan, yaitu: bakteri
fotoautotrof dan bakteri
kemoautotrof
a. Bakteri fotoautrotof
yaitu bakteri yang memanfaatkan cahaya sebagai
energi untuk mengubah zat anorganik menjadi
zat organik melalui proses fotosintesis. Contoh :
bakteri hijau, bakteri ungu.

b. Bakteri kemoautrotof
yaitu bakteri yang menggunakan energi kimia
yang diperolehnya pada saat terjadi perombakan
zat kimia dari molekul yang kompleks menjadi
molekul yang sederhana dengan melepaskan
hidrogen.
Contoh : Nitrosomonas, Nitrosococcus,
Nitrobacter , Rhizobium (terdapat
pd bintil-bintil akar tanaman kacang-
kacangan)

Nitrosomonas
BAKTERI PENYEBAB PENYAKIT PADA MANUSIA

No. Bakteri Penyakit yang ditimbulkan

1. Vibrio comma Penyakit kolera

2. Treponema palidum Sifilis
3. Salmonella thyposa Tifus
4. Pasteurella pestis Pes/sampar
5. Neisseria gonorhoe Kencing nanah
6. Mycobacterium tuberculose TBC
7. Bordetella pertusis Batuk rejan
8. Staphylococcus saprophyticus Infeksi saluran kencing pd wanita
9. Neisseria meningitidis Meningitis
10. Yersinia pestis Black Plaque (penyakit usus)
11. Clostridium tetani Tetanus
12. Mycobacterium leprae Lepra
13. Leptospira interrogans Leptospirosis
 Gambar Beberapa Contoh
Bakteri Penyebab Penyakit pada
Manusia

Bakteri Sifilis Bakteri TBC

 Perbedaan Gram (+) dan Gram (-)
Keterangan Gram positif Gram negatif
Dinding Sel Sederhana Lebih kompleks
Struktur dinding sel 1 lapisan peptidoglikan 2 lapisan :
a. Bag. Luar
lipopolisakarida dan
protein
b. Bag. Dalam
peptidoglikan
Berat 50% berat kering sel 10% berat kering
Syarat nutrisi Lebih kompleks Lebih sederhana
Resistensi
GENETIKA MIKROBA

1. DNA dan RNA

2. PERUBAHAN GEN
 DNA dan RNA
• DNA (Deoksiribonukleat) adalah substansi
kimia yang berperan dalam penerus informasi
yang turun temurun.
• Dalam struktur DNA terkode/tersandikan
informasi bagi sintesis semua protein sel
• Segmen yang mempunyai ciri tersendiri pada
DNA atau kromosom disebut GEN
• Informasi dari DNA diteruskan dari sel ke sel
melalui replikasi DNA

• RNA (Asam ribonukleat), menyerupai DNA

tetapi tidak sama,
• kerja RNA adalah mengolah informasi yang
disandikan di dalam DNA bagi sintesis
protein melalui transkripsi dan tranlasi
 STRUKTUR DNA dan RNA

• DNA, mempunyai struktur yang panjang

menyerupai tali dua utas/ganda yang saling
melilit

• Setiap utas heliks DNA terdiri dari nukleotide

yang tergabung membentuk polinukleotide
• Setiap nukleotide terdiri dari 3 bagian yaitu :
– Senyawa bentuk cicin yang mengandung
nitrogen : purin dan pirimidin
• Purin terdiri dari adenin (A) dan guanin (G)
• Pirimidin terdiri dari sitosin (S) dan timin (T)
– Gugus gula berkarbon lima (pentose) :
deoksiribose dan
– Satu molekul fosfat (P
• Ketiga bagian tsb terhubungkan bersama
dalam urutan :
– basa bernitrogen-deoksiribose-fosfat
– Pada DNA ada 4 jenis nukleotide (A, G, S, T)
• Pada DNA ada 2 basa komplementer A-T
atau G-S, dengan perbandingan selalu 1 : 1
• Perbandingan basa lainnya tidak selalu 1:1,
seperti A-S, S-T, A-T atau G-S, nilai-nilai
perbandingan tsb sangat khas /spesifik untuk
setiap jenis organisme, sehingga nilai tsb
digunakan untuk identifikasi dan
pengelompokkan takson bakteri
• Kedua pasang basa A-T dan G-S inilah yang
menyatukan kedua heliks ganda melalui
ikatan hidrogen, antara A dan T dihubungkan
oleh 2 ikatan H, sedangkan pada G-S oleh 3
ikatan H

• Pada VIRUS tidak dijumpai perbandingan 1:1

antara A-T atau G-S tsb, sehingga DNA pada
virus berutasan tunggal, yang tidak
ditemukan pada organisme lainnya
• RNA, asam ribonukleat, berbeda dengan DNA,
yaitu :
– RNA, pada umumnya berutasan tunggal

– Komponen gula pada RNA adalah ribose bukan

deoksiribose
• Ribose mirip dengan deoksiribose kecuali adanya
gugusan hidroksil pada atom karbon no 2

– Basa bernitrogen pirimidin yang dijumpai pada

RNA adalah Urasil (U) bukan Timin
 Biosintesis DNA
• Pada umumnya mikroba/bakteri dapat mensintesis
nukleotide dari nutrien yg sederhana seperti
glukosa, amonium sulfat, mineral-mineral
• Pada bakteri tertentu, nukleotide harus disuplai
dalam medium dalam bentuk jadi
kinase
• Nukleotide + ATP  nukleotide-P + ADP
kinase
• Nukleotide-P + ATP  nukleotide-di P + ADP
 REPLIKASI DNA
• Kromosom bakteri adalah sebuah molekul DNA
berutasan ganda,
• Berat molekulnya 2,5 x 106 dalton (1 dalton = massa
1 atom H)
• Panjang kromosom 1,25 mm (1250 mm)
• Jumlah DNA pada kromosom : 4 x 106
• Replikasi DNA dimulai dari titik tumbuh, dimana
utas DNA memisah pada titik tsb, membentuk Y,
replikasi bergerak berurutan dari titik tsb satu arah
dan dua arah
• Titik tumbuh tsb melekat pada membran sel
• Pada replikasi DNA dibutuhkan satu pacing
yaitu primer RNA yang disintesis oleh RNA
polimerase, dengan adanya primer tsb DNA
polimerase dapat mensintesis
deoksiribonukleotide.
• Replikasi DNA, berlangsung tidak sinambung
tapi dalam segmen2 kecil yang disebut
fragmen Okazaki, segmen2 tsb digabungkan
oleh enzim DNA ligase
• Bila titik tumbuh telah bergerak di seluruh
panjang mol.DNA maka terbentuklah 2
mol DNA yang utuh
 Biosintesis Protein
• Nukleotide adalah bahan penyusun DNA
• Asam amino ad. bahan penyusun protein
• DNA disusun oleh 4 nukleotide
• Protein disusun oleh > 20 jenis as. Amino
• Setiap mikroba berbeda dalam
kemampuannya mensintesis as. amino untuk
sintesis pt, ada yang langsung dari nutrisi
dan ada yg harus ditambah asam amino
pada medianya
• Biosintesis pt terjadi pada ribosom / partikel
RNA berukuran besar (rRNA)
PERUBAHAN GENOTIP / MUTASI

• Perubahan genotip / mutasi gen dapat

terjadi pada semua mikroba
• Mutasi ialah perubahan di dalam rangkaian
nukleotide suatu gen yang menimbulkan ciri
genetis yang baru, atau genotip lain. Sel nya
/ organisme nya disebut mutan
• Mutasi dapat terjadi secara spontan
 REKOMBINASI
• Rekombinasi genetis adalah pembentukan
suatu genotipe baru setelah terjadi pertukaran
bahan genetis antara 2 kromosom yang
berbeda
• Rekombinasi gen dihasilkan oleh 3 tipe
pemindahan gen yaitu :
 – Konjugasi, pemindahan gen antar sel yang
kontak secara fisik satu sama lain
– Transduksi, pemindahan gen sel inang
bakteriofag kedalam krom. sel inang baru
– Transformasi, pemindahan DNA murni dari satu
sel ke sel yang lain, sel pemberi DNA akan
mengalami lisis

• Pada rekombinasi bakteri, sel tidak melebur,

biasanya sebagian kromosom sel donor
dipindah ke sel resipien. Maka sel resipien ini
menjadi merozigot, suatu zigot yang diploid
sebagian
Isolasi dn identifikasi bakteri
Sumber Mikroba

• Sumber alami (tanah, air, tanaman/hewan, limbah dll) atau

lembaga koleksi kultur  jumlah dan jenis mikroba sangat
beragam

• Seleksi mikroba yang akan digunakan untuk industri :

Isolasi mikroba, sehingga diperoleh kultur murni (semua
sel dlm populasi identik & berasal dari sel induk yang sama
 sifat morfologi & fisiologi seragam).

Seleksi sehingga diperoleh galur dengan kinerja terbaik

Identifikasi dengan menggunakan metode yang sesuai,

sehingga diketahui nama (klasifikasi) mikroba tersebut 
e.g Bergey's manual panduan membedakan spesies bakteri
berdasarkan perbedaan fenotip isolat

• Mikroba yang telah diperoleh harus disimpan dengan teknik

penyimpanan waktu yang panjang.
ISOLASI

• Isolasi kultur : kegiatan pemisahan suatu kultur mikroba dari

campuran biakan mikroba di alam  sel individu terpisah

• Sebelum mengisolasi, harus diketahui :

- mikroba apa yang akan diisolasi
- habitat
 menentukan sampel apa yang akan diambil dari alam ,
lokasi dan media apa yang akan digunakan
 Metode Pengambilan Contoh

- Contoh berupa padatan (tanah, serpihan batu, kayu dll) :

 Diambil dengan menggunakan spatula atau pinset
steril
 Penyimpanan menggunakan kantong plastik steril

- Contoh berupa cairan atau semi cair (air, lumpur dll) :

 Diambil menggunakan pipet steril
 Penyimpanan contoh menggunakan botol atau tabung
polipropilen steril

Contoh segera dibawa ke laboratorium

(bila jarak jauh, gunakan es batu pada wadah penyimpanan)

Sampel biasanya segera dipakai atau disimpan pada suhu

dingin (kulkas)
Teknik Isolasi Kultur Murni :

- 1. Penggoresan (Streak-plate) & Penyebaran

(Spread-plate)
- 2. Penuangan (Pour-plate)
- 3. Kultur Yang Diperkaya (Enrichment Culture)
- 4. Pengenceran Berseri (Serial-dilution)
- 5. Isolasi Sel Tunggal
1. Teknik Penggoresan (Streak-plate) & Penyebaran (Spread-
plate)
• Umumnya digunakan untuk memperoleh kultur murni
mikroba yang tidak berhasil ditumbuhkan pada media
padat dan hanya dapat tumbuh pada media cair
Untuk bakteri paling sesuai  menggunakan agar cawan

Sampel

Pengenceran berseri dg larutan

garam fisiologis (0,85 %)

Penggoresan (jarum Ose) atau penyebaran

(batang gelas) pada media agar  koloni tumbuh
menyebar

Penggoresan dilakukan berulang, sehingga

Diperoleh kultur murni

1 sel  1 koloni
 Cara Penggoresan Kultur pada Agar Cawan ;
1. Goresan Langsung
2. Goresan Kuadran
3. Goresan Radian

Goresan Kuadran

http://www.personal.psu.edu/faculty/k/h/khb4/enve301/301labs/301labgraphics/strea
k.gif
 Metode Penggoresan
 Dengan penggoresan terjadi pengenceran sel secara gradien
Goresan langsung
Goresan radian (unt
Unt mengkultur mikroba)
mengkultur mikroba)

Goresan Kuadran (isolasi koloni tunggal untuk

mempelajari mikroba)
http://www.studentsguide.in/microbiology/microbiology-tools-techniques/special-methods-of-isolation-of-pure-culture.html
Teknik Penyebaran (Spread-plate)
Batang gelas

http://www.studentsguide.in/microbiology/microbiology-tools-techniques/special-methods-of-isolation-of-pure-culture.html
• Teknik ini merupakan prosedur rutin untuk isolasi bakteri
& menggunakan peralatan yang sederhana
• Kelemahan : hanya sejumlah kecil contoh yang dapat
digunakan/disebarkan pada media
• Dua sel dapat bergabung menjadi membentuk satu
koloni
Contoh : bakteri yang menghasilkan lendir & yang tidak
 pencegahan dengan menambahkan deterjen

2. Teknik Penuangan (Pour-plate)

• Prinsip : pengenceran contoh dengan media agar cair

(+/- 450C) alam tabung reaksi, sehingga distribusi
sampel merata  dituang ke petri dish & dibiarkan
mengeras pada suhu ruang, lalu diinokulasi
• Tidak cocok untuk isolasi mikroba psikrofilik
 Teknik Penuangan (Pour-plate)

Sampel +/- 1 g)
....
1 ml
. ...
. ... A
A Agar cair …..
. Diperiksa

....
. .. .. . B
B
Koloni terisolasi
Suspensi Pengenceran
Penuangan
Bakteri Dibiarkan mengeras
. .
.. C
C
Inkubasi

Tahap I Tahap II Tahap III

Media agar miring

http://classes.midlandstech.edu/carterp/Courses/bio225/chap06/lecture5.htm
• Metode Penuangan  Pengamatan dapat dilakukan secara kualitatif
(morfologi) & kuantitatif (jumlah sel mikroba)

• Teknik penggoresan/penyebaran dan penuangan ini lebih efektif dengan

menggunakan media selektif/ diferensial atau dengan perlakuan khusus
sebelum penanaman pada agar cawan
Contoh : Isolasi bakteri pembentuk spora  contoh terlebih dulu
diberi perlakuan pemanasan s.d 850C selama 5 menit

• Media Selektif :
- Media dg NaCl 7,5 % unt mengisolasi Staphylococcus dari
faeces
- Media BGLBB (brilliant green lactose bile broth) : Salmonellae

• Media Diferensial :
- Media agar EMB (eosin-methylene blue agar)  terbentuk
koloni berbeda & mudah dikenali
E. coli : hijau kehitaman/hijau metalik
Aerobacter aerogenes : tengah ungu tua/coklat, tepi ungu muda
 3. Kultur Yang Diperkaya

• Untuk mengisolasi bakteri yang mempunyai sifat

fisiologis yang khusus (jumlah kecil & tumbuh lambat)

• Prinsip : menggunakan komposisi media dan kondisi

inkubasi tertentu, sehingga yang tumbuh hanya bakteri
tertentu

1 2 3 4

Media cair dgn substrat khusus

Contoh : bakteri tanah :
α-conidendrin

(+) (-)

Verifikasi
4. Teknik Pengenceran Berseri (Serial-dilution)

• Digunakan jika mikroba dlm kultur campuran terdapat

dalam jumlah lebih besar dari pada mikroba lain.
Contoh : S. lactis dalam susu asam

• Dengan tingkat pengenceran tinggi, sampel hanya

mengandung 1 galur mikroba

• Perlu dicek kemurnian kultur

Serial-dilution Method
http://dc338.4shared.com/doc/9lEZll1X/preview.html
5. Teknik Isolasi Sel Tunggal

a. Metode Mikromanipulator

• Menggunakan alat Mikromanipulator yang digabung dengan

mikroskop untuk mengambil suatu sel mikroba tunggal dari
sampel

• Dengan Mikromanipulator, operator dapat mengontrol

gerakan mikropipet (tabung kapiler) di bawah lensa obyek,
sehingga dapat diambil sel tunggal & dipindahkan ke dalam
tabung dan selanjutnya dipindahkan ke media yang sesuai

• Lebih cepat, namun kelemahannya :

- alat mahal
- operator harus trampil
Micromanipulator

http://eatingforaquadrillion.blogspot.com/2011/07/how-to-get-single-cell.html
Micromanipulator
b. Metode Kapiler untuk mendapatkan sel tunggal mikroba
-Beberapa tetes media yang mengandung mikroba,
ditempatkan pada penutup gelas obyek steril menggunakan
pipet kapiler steril.
-Dengan menggunakan mikroskop, cari tetesan yang
mengandung hanya 1 mikroba. Tetesan tsb dipindahkan
dengan pipet kapiler steril ke media segar  mikroba
tunggal yang berada pada tetesan mulai berbiak untuk
menghasilkan kultur murni.
Pembuktian Kemurnian Kultur

Setelah diasumsikan berhasil mengisolasi kultur

murni  perlu dilakukan pengujian dengan kriteria
sbb. :

(Kultur murni : sel-sel mikroba yang ada  sejenis)

1. Mikroba tampak mirip secara mikroskopis dan

menunjukkan hasil pewarnaan yang sama
2. Pada saat ditanam pada agar cawan, semua koloni
menunjukkan kesamaan .
3. Hasil penggoresan dll seragam
4. Beberapa koloni isolat mempunyai penampakan /
karakteristik identik, contoh memfermentasi gula
yang sama dll
 SELEKSI & IDENTIFIKASI
SELEKSI

Tujuan : mendapatkan galur dengan kinerja terbaik

 - rendemen lebih tinggi
- tidak menghasilkan produk sampingan yang
tidak dikehendaki
- peningkatan kemampuan penggunaan sumber C
dan N yang murah  penurunan biaya prod.
- Perubahan morfologi sel menjadi bentuk yang
lebih mudah dipisahkan dari produk

• Pendekatan genetika untuk memperbaiki kualitas mikroba :

1. Mutasi
2. Rekombinasi
• Taksonomi (klasifikasi) :
penataan teratur unit-unit ke dalam kelompok satuan yang lebih
besar
 hierarkhi klasifikasi :
spesies  genus  familia  orde  kelas  filum atau
divisi

Spesies : satuan atau kelompok dasar dalam semua sistem

klasifikasi organisme

• Nomenklatur :
penamaan satuan-satuan yang dicirikan dan dibatasi oleh klasifikasi
 binomial nomenklatur : menggunakan nama kombinasi biner
Latin, misalnya Rhizopus oryzae

• Identifikasi :
penggunaan kriteria yang ditetapkan untuk klasifikasi dan
nomenklatur untuk mengidentifikasi mikroba dengan
membandingkan dengan ciri-ciri/ karakteristik yang ada
 a.l Menggunakan kunci-kunci identifikasi yang sesuai
Contoh : Bakteri : Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology
• Contoh identifikasi bakteri :
- tidak terdapat bakteroklorofil
- sel tidak berbentuk filamen
- Gram positif
- berbentuk batang
- menghasilkan endospora
- Katalase positif
- Aerobik
- Nitrit negatif
- VP (Voges Proskauer) negatif
 Bacillus megaterium

Identifikasi Kapang :
 a.l. berdasarkan spora dan miselium

Identifikasi khamir :
 a.l. berdasarkan spora & kemampuan memfermentasi gula sebagai
sumber karbon
IDENTIFIKASI
• Setelah diperoleh kultur murni, dilakukan identifikasi

• Metode untuk identifikasi mikroba adalah dengan

menggunakan ciri/karakteristik :

1. Morfologis
Pengamatan ukuran, bentuk dan susunan sel, adanya
flagela, kapsul atau spora dengan bantuan mikroskop,
baik dengan pewarnaan maupun tidak
2. Nutrisional
Penentuan senyawa kimia dan kondisi fisik khusus
(suhu, cahaya, gas) yang diperlukan untuk
pertumbuhan mikroba
3. Kultural
Penentuan tampilan pertumbuhan pada berbagai
macam media, baik cair maupun padat (bentuk koloni,
permukaan koloni, tepi koloni, warna dll)
Contoh 1. Karakteristik Morfologis
(Pengamatan ukuran, bentuk dan susunan sel, adanya flagela,
kapsul atau spora dengan bantuan mikroskop, baik dengan
pewarnaan maupun tidak)

Aspergillus E. coli

Streptomyces Penicillium
 Contoh 1. Bentuk & Susunan Sel

Sel
Bakteri

http://content.answers.com/main/content/img/elsevier/dental/f0396-02.jpg
Contoh 3. Karakteristik Kultural
 Tampilan pertumbuhan pada media padat
(bentuk koloni, tepi koloni, permukaan koloni dll)
Kultur pada Agar Miring
4. Metabolik
Identifikasi & pengukuran perubahan kimiawi yang
dilakukan mikroba ( contoh kemampuan mikroba untuk
mengubah karbohidrat menjadi asam organik; gula
menjadi asam dan gas dll)
Contoh : E. coli dapat memfermentasi laktosa, sedangkan
Salmonella typhi tidak dapat
5. Susunan Kimiawi
Penentuan susunan kimiawi berbagai komponen sel (dinding sel, nukleus,
membran dll)

6. Susunan Antigen (Serologi)

Penelaahan sifat antigen – antibodi yang khas
* Antigen : substansi (sel mikroba) yang menstimulasi
produksi antibodi saat diinjeksikan ke hewan
7. Patogenik
Penentuan potensi suatu mikroba untuk menimbulkan penyakit

8. Genetik
Kajian berdasarkan untaian DNA mikroba menggunakan DNA Probe
 PEMELIHARAAN & PENGAWETAN KULTUR MURNI
• Tujuan :
menjaga sampai periode tertentu mikroba tetap dalam
kondisi hidup (viable), mencegah terjadinya perubahan
genetik & tidak terkontaminasi
 harus mampu melestarikan karakteristik spesies mikroba
selama diawetkan
Cara :
1. Pemindahan Secara Periodik
- Kultur mikroba secara periodik dipindahkan ke
media baru/segar, contoh : media agar miring
- Komposisi media & suhu serta interval waktu
pemindahan harus tepat dan disimpan pada suhu
dingin (50C)
 murah & mudah, tapi tidak cocok untuk penyimpanan
jangka panjang
 bakteri 2-3 minggu, fungi 3-4 minggu
• 2. Pelapisan Kultur dgn Minyak Mineral

- Permukaan agar miring atau media cair dilapisi

dengan minyak mineral steril (parafin) +/- 0,5 inci
- Keuntungan : dapat memindahkan sebagian mikroba
di bawah permukaan minyak mineral dg jarum Ose,
lalu diinokulasi ke media segar dengan tetap
mempertahankan kultur awal
- Lapisan parafin menjadikan kondisi anaerob dan
mencegah pengeringan medium

mikroba dorman  pengawetan dapat beberapa

tahun
3. Liofilisasi  Pengeringan beku (freeze-drying)

- Sel mikroba dikering-bekukan & aktivitas metabolisme

stop (dorman)  efektif untuk bakteri (dapat tetap hidup &
tidak berubah selama bertahun-tahun
- Cara :
* media berisi senyawa pelindung/penstabil : susu, serum,
natrium glutamat dll
* suspensi mikroba (±0,2 ml) ditempatkan dalam ampul
(vial) kaca
* Perendalam dalam es kering + alkohol (-780C)  beku
* Ampul dihubungkan dengan kondensor & pompa vakum
 kering (sublimasi)
* Ampul ditutup dengan melelehkan ampul kaca tsb dlm
keadaan vakum  penyimpanan pada suhu 40 C
- Keuntungan : Cocok untuk penyimpanan jangka panjang,
(tahunan) & kemungkinan perubahan kecil & Wadah
penyimpanan kecil
 Freeze drying Chamber

Sampel

Kondensor

Pompa vakum
Foto Alat Freeze Dryer
4. Penyimpanan pada Suhu Sangat Rendah
(Cryopreservation)

- Menggunakan nitrogen cair (sekitar -156 sampai-1960C)

- Sel dibekukan dengan diberi bahan pelindung beku
(gliserol atau dimetil sulfoksida)  mencegah
pembentukkan kristal es & meningkatkan ketahanan
hidup sel mikroba
- Contoh beku disimpan dalam lemari pendingin nitrogen
cair
- Cocok untuk kapang
- Kelebihan :
hampir sama dgn liofilisasi & kultur yg tidak dapat
diawetkan dengan liofilisasi, dapat dengan cara ini
5. Penyimpanan pada Tanah Steril

- Diterapkan untuk penyimpanan spora bakteri,

actinomycetes dan kapang

- Suspensi 5 ml dimasukkan ke dalam tabung reaksi

yang berisi 5 g bubuk tanah steril (campuran pasir halus
dan tanah liat 1:1)

- Dibiarkan pada suhu kamar selama 10 hari sampai

kering  disimpan pada lemari es
PEMANTAUAN VIABILITAS DAN KESTABILAN MIKROBA

• Sebelum dan sesudah penyimpanan, sebaiknya viabilitas

mikroba diperiksa, sehingga mikroba yang mati selama
penyimpanan dapat diketahui

•Sebaiknya diperiksa pula morfologi dan karakteristik

biokimianya,

 Bandingkan dengan referensi

• Bakteri Gram positif adalah bakteri yang
mempertahankan zat warna kristal violet sewaktu
proses pewarnaan gram sehingga akan berwarna biru
atau ungu di bawah mikroskop. Contoh bakteri gram
positif seperti Staphylococcus aureus (bakteri yang
biasa terdapat pada kulit dan saluran pernapasan atas
manusia manusia).
• Bakteri gram negatif adalah bakteri yang tidak
mempertahankan zat warna kristal violet sewaktu
proses pewarnaan Gram sehingga akan berwarna
merah bila diamati dengan mikroskop. Contoh: E. coli.
 Tujuan pewarnaan terhadap
mikroorganisme
Mempermudah melihat bentuk jasad, baik
bakteri, ragi, maupun fungi.
Memperjelas ukuran dan bentuk jasad
Melihat struktur luar dan kalau
memungkinkan struktur dalam jasad.
Melihat reaksi jasad terhadap pewarna yang
diberikan sehingga sifat-sifat fisik dan kimia
dapat diketahui.
 Macam – macam Teknik Pewarnaan
Bakteri
• 1) Pewarnaan sederhana
• Dengan pewarnaan sederhana dapat
• mengetahui bentuk dan rangkaian sel-sel bakteri. Pewarna basa yang biasa
• digunakan untuk pewarnaan sederhana ialah metilen biru, kristal violet,
• dan karbol fuehsin yang mana pewarnaan sederhana ini dibagi lagi menjadi
• dua jenis pewarnaan.
•
• a) Pewarnaan Asam
• Merupakan pewarnaan yang menggunakan satu macam zat
• warna dengan tujuan hanya untuk melihat bentuk sel. Adapun zat warna
• yang dipakai dalam pewarnaan positif adalah metilen biru dan air furksin.
•
• b) Pewarnaan Basa
• Pewarnaan basa atau negatif merupakan metode pewarnaan
• untuk mewarnai bakteri tetapi mewarnai latar belakangnya menjadi
• hitam gelap. Pada pewarnaan ini mikroorganisme kelihatan transparan
• (tembus pandang). Teknik ini berguna untuk menentukan morfologi dan
• ukuran sel. Metode ini menggunakan cat nigrosin atau tinta cina.
 Pewarnaan sederhana

• Menggunakan satu macam zat warna

• Kuman terwarnai zat warna

• Ex. Methylen blue kuman berwarna biru

Safranin kuman berwarna merah

• 2) Pengecatan Differensial
• Pewarnaan bakteri yang menggunakan lebih dari satu zat warna
• seperti pewarnaan gram dan pewarnaan tahan asam. Penjelasan sebagai
• berikut:
• a) Pewarnaan Gram
• Pewarnaan Gram atau metode Gram adalah suatu metode untuk
• membedakan spesies bakteri menjadi dua kelompok besar, yakni gram-positif dan gram-negatif,
berdasarkan sifat kimia dan fisik
• dinding sel mereka. Metode ini diberi nama berdasarkan penemunya,
• ilmuwan Denmark Hans Christian Gram (1853–1938) yang
• mengembangkan teknik ini pada tahun 1884 untuk membedakan
• antara pneumokokus dan bakteri Klebsiella pneumoniae.
• Dengan metode pewarnaan Gram, bakteri dapat dikelompokkan
• menjadi dua, yaitu bakteri Gram positif dan Gram negatif
• berdasarkan reaksi atau sifat bakteri terhadap cat tersebut. Reaksi
• atau sifat bakteri tersebut ditentukan oleh komposisi dinding selnya.
• Oleh karena itu, pengecatan Gram tidak bisa dilakukan pada
• mikroorganisme yang tidak mempunyai dinding sel seperti
• Mycoplasma sp.
 Pewarnaan differensial

1. Pewarnaan Gram:

Paling umum digunakan

Tehnik pengecatan diagnostik

Cat: crystal violet (primary stain)

Lugol (mordan)
Alkohol
Safranin (counter stain)

Bakteri Gram positif purple

Bakteri Gram negatif merah

• Dalam pewarnaan gram diperlukan empat reagen yaitu :
• Zat warna utama (violet kristal)
• Mordan (larutan Iodin) yaitu senyawa yang digunakan untuk
• mengintensifkan warna utama.
• Pencuci / peluntur zat warna (alcohol / aseton) yaitu solven
• organic yang digunakan uantuk melunturkan zat warna utama.
• Zat warna kedua / cat penutup (safranin) digunakan untuk
• mewarnai kembali sel-sel yang telah kehilangan cat utama setelah
• perlakuan denga alcohol.

• b) Pewarnaan Tahan Asam

• Pewarnaan ini ditujukan terhadap bakteri yang mengandung
• lemak dalam konsentrasi tinggi sehingga sukar menyerap zat warna,
• namun jika bakteri diberi zat warna khusus misalnya karbolfukhsin
• melalui proses pemanasan, maka akan menyerap zat warna dan akan
• tahan diikat tanpa mampu dilunturkan oleh peluntur yang kuat
• sekalipun seperti asam-alkohol. Karena itu bakteri ini disebut bakteri
• tahan asam (BTA).
• Teknik pewarnaan ini dapat digunakan untuk mendiagnosa
• keberadaan bakteri penyebab tuberkulosis yaitu Mycobacterium
• tuberculosis . Ada beberapa cara pewarnaan tahan asam, namun yang
• paling banyak adalah cara menurut Ziehl-Neelsen.(anonymous,2009)
 2. Pewarnaan tahan asam
ZEIHL-NEELSON METHOD

• Pewarnaan differensial untuk bakteri tahan asam

kelompok kuman ycobacterium

Prinsip: tergantung pada ketahanan bakteri terhadap dekolorisasi

alkohol asam dinding sel mengandung asam mikolat yang
berikatan dengan polisakarida yang mencegah karbol
fuchsin dari sel

Acid fast cells merah

Non Acid fast counter stain

• 3) Pengecatan Struktural
 Pewaranaan spora
• Types:
• Moeller Modified Method
Carbol Fuchsin, Ethanol, Loeffer’s Methylen Blue
Vegetative cell biru, spora merah

• Pewarnaan Schaeffer fulton

– Bahan malachite green, safranin
– Spora kuman hijau
– Vegetative cell merah
– Pewarnaan Bartolomev dan Mittwer
 Pewarnaan NEISSER
• Zat warna Neisser AB
Neisser C

Melihat granula metakhromatik

Granula metakhromatik biru gelap
Vegetatif sel kuning coklat
• Pewarnaan flagella

• Pewarnaan Leiffson
• Pewarnaan Bailey
mordan Asam tannin