I

METABOLISME MIKROBA
PETA KONSEP

Karbohidrat, Lemak, Protein

Proses Metabolisme:
Anabolisme
Katabolisme

Reaksi enzimatik,
Energi Reaksi Reduksi- Oksidasi

Proses sintesis sel dan enzim,

memelihara steady state sel,
penyerapan unsur hara, ekskresi
senyawa, pergerakan sel
 Metabolisme Mikroba/Kuman

- Kegiatan dalam tingkat sel (pertumbuhan)

- Seluruh proses pengolahan setelah bahan
makanan masuk kedalam sel

Anabolisme Katabolisme
(Pembentukan) (Perombakan)
 DEFINISI METABOLISME
Semua proses kimiawi yang dilakukan oleh organisme
atau semua reaksi yang melibatkan transformasi
energi kimia di dalam mahluk hidup

– Definisi Metabolisme, Katabolisme dan

Anabolisme
– Metabolisme sebagai proses produksi
energi untuk kehidupan sel
– Senyawa pembawa energi, ATP dan ADP
Anabolisme: Pembentukan senyawa yang memerlukan
energi (Rekasi endergonik):

FOTOSINTESIS: MEMBENTUK C6G12O5 DARI CO2 DAN

H2O

Katabolisme:
Penguraian senyawa yang menghasilkan energi
(Reaksi eksergonik):

RESPIRASI MENGURAIKAN KARBOHIDRAT MENJADI

ASAM PIRUVAT DAN ENERGI
 MENGAPA MIKROBA MEMERLUKAN ENERGI ?

• Synthesa bagian sel (dinding

sel, membran sel, dan
substansi sel lainnya)
• Synthesis Enzim, Asam
Nukleat, Polysakarida,
Phospholipids, atau
komponen sel lainnya
• Mempertahankan kondisi sel
(optimal) dan memperbaiki
bagian sel yang rusak
• Pertumbuhan dan
Perbanyakan
• Penyerapan hara dan
ekskresi senyawa yang tidak
diperlukan atau waste
products
• Pergerakan (Motilitas)
 Proses
Metabolisme
Pengaktifan
ATP (Adenosin
Triphosphat)
Energi
- Proses fermentasi Proses
- Proses respirasi katabolisme
- Proses fotosintesis KH

Hasil reduksi oksidasi

Penyalur energi pada semua proses
dihasilkan ENERGI (ATP)

CoA
Energi disimpan untk
(senyawa tingkat energi
proses selanjutnya
tinggi)
 KUMAN KUMAN AUTOTROF
HETEROTROF (Patogen)
(Patogen)

Menggunakan zat Menggunakan zat

organik : Glukosa(KH) anorganik : sumber C
sesumber C Energi Pertumbuhan
Energi Pertumbuhan

Fotosintetik Kemosintetik Fotosintetik Kemosintetik

cahaya - Air
cahaya Oksidasi - Garam
senyawa inorganik
Diolah....
Diolah.... organik - NH3
energi kimia
energi kimia - Fe
- CO2
 ENERGI KIMIA
Komponen kimia berenergi tinggi:
Adenosin Diphosphate (ADP) dan Adenosine
Triphosphate (ATP) yang dibentuk dari Adenosine
Monophosphate
ADP adalah AMP ~ P dan ATP adalah AMP ~ P~ P
Energi kimia juga dapat disimpan dalam komponen
dengan ikatan thioester seperti Acetyl-S-Coenzym A
(Acetyl SCoA)

REAKSI BIOKIMIA DIKATALIS OLEH ENZIM:

Berperan penting dalam setiap reaksi metabolisme
 ENZIM

• Karaktersitik enzim
• Faktor yang mempengaruhi kerja enzim
• Pengaturan sistem enzim
• Penamaan enzim
 DEFINISI DAN KARAKTERISTIK KERJA ENZIM

Protein dengan aktivitas katalitik yang mempercepat

reaksi kimia tanpa ikut dalam reaksi tersebut
Teori Kunci-Anak
kunci

Ukuran molekul
enzim > substrat

Penurunan energi
aktivasi

Reaksi dipercepat
pada suhu alami
 KOFAKTOR ENZIM
Ada enzim yang mengandung komponen kimia
lain selain protein. Komponen ini disebut kofaktor,
suatu komponen yang bukan protein
 Kofaktor berupa :
Molekul anorganik seperti Fe2+, Mn2+, Cu2+, Na+ atau
molekul organik kecil yang disebut koenzim
misalnya vitamin B, B1, dan B2
 Koenzim yang terikat kuat secara kovalen pada
protein enzim disebut gugus prostetik.
 Enzim yang strukturnya sempurna dan aktif
mengkatalisis, bersama-sama koenzim atau gugus
logamnya disebut holoenzim.
FAKTOR YANG MEMPENGARUHI KERJA ENZIM

pH dan suhu

Konsentrasi Substrat
PENGATURAN ENZIM

Penghambat kompetitif
(competitive inhibitor):
molekul inhibitor
berkompetisi dengan
substrat untuk
menempati sisi aktif
enzim.

Penghambat non
kompetitif
(allosteric inhibition)
Molekul penghambat
bergabung dengan
enzim di luar sisi aktif,
menyebabkan
konformasi enzim
berubah
Penghambatan umpan balik (Feedback Inhibition)
Penumpukan produk akhir menghambat kerja enzim
pertama dalam rangkaian reaksi tersebut sehingga
produksi enzim selanjutnya ditunda
 PENAMAAN ENZIM

• Oxidoreductases (EC1)
• Transferases (EC2)
• Hydrolases (EC3)
• Lyases (EC4)
• Isomerases (EC5)
• Ligases (EC6)

EC1 sd EC6: subclass dalam penamaan enzim (enzyme nomenclature)

TIPE METABOLISME MIKROBA

• Heterotrof
• Ototrof
• Fotosintesis
Metabolisme Sumber C Sumber N Sumber Sumber H+
energi
Heterotrof/ Organik Organik Oksidasi -
Kemoorganotrof Atau senyawa organik
anorganik

Ototrof/ CO2 anorganik Oksidasi -

kemolitotrof Senyawa
anorganik

Fotosintesis
Fotolitotrof
Bakteri CO2 Anorganik Cahaya matahari H2S atau H2
Sianobakteri CO Anorganik Cahaya matahari Fotolisis H O
2 2
Fotoorganotrof
Bakteri CO2 Anorganik Cahaya matahari Bahan
organik
 METABOLISME HETEROTROF

• Jamur dan bakteri tertentu

• mendapatkan energi dari oksidasi senyawa
organik.
• Senyawa organik mengandung karbon dan
nitrogen yang digunakan secara aerob atau
anaerob untuk menghasilkan tenaga
pereduksi seperti nicotinamide adenine
dinucleotide tereduksi (NADH + H+), dan
energi (ATP)
 Respirasi (Oksidasi) aerob vs anaerob
• Respirasi aerob: Katabolisme bahan organik dengan
akseptor elektron terminal berupa O2; dan donor
elektron berupa bahan organik, misalnya katabolisme
gula
C6H12O6 + 6O2 → 6CO2 + 6H2O + energi
Efisiensi respirasi aerob 55 %
• Respirasi anaerob: Katabolisme dengan akseptor
elektron terminal berupa NO3, SO4, senyawa organik
fumarate, dan CO2; dan donor elektron berupa bahan
organik, misalnya, bakteri metanogen
4H2 + CO2 → CH4 + 2H2O
 METABOLISME OTOTROF
(kemotrof, kemoototrof,kemolitotrof)

• Bakteri yang tumbuh lambat dengan keberadaan

senyawa anorganik (ion mineral) tanpa
menggunakan sinar matahari sebagai sumber
energi
• Sumber karbon: CO2
• Sumber N: NH3, NO3-, atau N2
Bakteri Ototrof

Tipe kemosintetis Oksidasi Famili, Genus, spesies

senyawa anorganik pewakil
sebagai sumber energi
Pengoksidasi NH3 NH3 dioksidasi menjadi NO2 Nitrobacteriaceae
(aerob) (Nitrosomonas,
Nitrosococcus, Nitrospira)
Pengoksidasi NO2 NO2 dioksidasi menjadi NO3 Nitrobacteriaceae
(aerob) (Nitrobacter, Nitrococcus)
Pengoksidasi sulfur S2 dioksidasi menjadi SO4, dan Thiobacillus thiooxidans
(aerob) dan besi Fe2+ dioksidasi menjadi Fe3+. Thiobacillus ferrooxidans
(aerob) Ferrobacillus,
Leptothrix
Pengoksidasi S2O3 dioksidasi, NO3 direduksi Thiobacillus denitrificans
senyawa sulfur dan
pereduski NO3
(denitrifikasi)
 METABOLISME FOTOSINTESIS
(Fotoototrof, Fotoorganotrof)

• Mikroba prokaryotik: bakteri dan

sianobakteri (cyanobacteria)
• Memerlukan sinar matahari (foton) dan
pigmen
• Fototrof: membuat gula di dalam sel untuk
respirasi/energi
• Heterotrof: mengambil gula di luar sel
untuk respirasi/energi
Fotosintesis Anoksigenik: Tidak Menghasilkan O2
Fotosintesis bakteri ungu non belerang
CO2 + 2CH3CHOHCH3 → (CH2O) + H2O + 2CH3COCH3

Fotosintesis bakteri hijau belerang

CO2 + 2H2S → (CH2O) + H2O + 2S

Fotosintesis Oksigenik: Menghasilkan O2

Fotosintesis Sianobakteri
6CO2 + 6H2O → C6H12O6 + 6O2
 METABOLISME KARBOHIDRAT

• Glikolisis = glukosa menjadi piruvat

• Siklus Kreb (Siklus asam sitrat) = piruvat
menjadi CO2 dan NAD pembawa H+
• Oksidasi Transport Elekteron = NAD dan H+
memasuki seri reaksi reduksi oksidasi untuk
menghasilkan energi
• Fosforilasi Oksidatif = energi dari transport
elektron menghasilkan ATP dari ADP dan Pi
 TAHAPAN DALAM RESPIRASI

Glukosa Asam Piruvat

Tahap I=
Glikolisis
CO2 Tahap II = Dekarbiksilasi
Acetyl-CoA
as. Pyrupat

Tahap III = Siklus Kreb

[NADH] TCA

Tahap IV = Rantai
Pernafasan Rantai Pernafasan e-
H2O
O2
Fosforilasi Elektron
ATP Energi
oksidatif akseptor
GLIKOLISIS: Degradasi glukosa menjadi piruvat

1. Lintasan Fructose Biphosphate Aldolase

yang lebih dikenal sebagai lintasan Embden-
Meyerhof-Parnas (EMP)
2. Lintasan hexose monophosphate (HMP)
3. Lintasan oxidative pentose phosphate (PP)
4. Lintasan Entner-Doudoroff (ED).

Lintasan EMP, HMP dan PP pada eukaryotik (jamur, alga,

protozoa) dan prokaryotik (bakteri)
Lintasn ED hanya pada beberapa bakteri aerob obligat
lintasan Embden-
Meyerhof-Parnas
(EMP) = EMP
Pathway

Memecah glukosa
menjadi 2 piruvat,
2 NADH, dan 2 ATP
Lintasan Hexose
monophosphate
(HMP)
Hasil akhir lintasan
HMP adalah 1 piruvat,
1 asetil fosfat, 1 CO2,
1 ATP dan 3 NAD(P)H.
Lintasan ini juga
menghasilkan ribulosa
5-fosfat (Gambar 8)
yang merupakan
prekursor nukleotida.
LIntasan Pentosa
phosphate (PP)
Hasil akhir dari
pemecahan 1 molekul
glukosa adalah 1 piruvat,
3 CO2, 1 ATP dan 3
NAD(P)H.
Lintasan Entner
Doudoroff (ED)
Hasil akhir pemecahan
1 molekul glukosa
adalah 2 piruvat, 1
ATP dan 2 NAD(P)H
SIKLUS KREB = Piruvat diubah menjadi CO2 dan NAD

Transport elektron
TRANSPORT ELEKTRON = RANTAI PERNAFASAN
Oksidasi NADH dan reduksi senyawa kimia lain (pembawa elektron)
untuk menghasilkan energi yang membentuk ATP pada proses
fosforilasi oksidatif

Donor
e-

Terminal
akseptor e
 MENARA ENERGI

Perbedaan redox
menggambarkan
besarnya perolehan
energi.
Semakin negatif
semakin tereduksi dan
sebaliknya semakin
teroksidasi

Perbedaan Redox menyebabkan

terjadinya pergerakan elektron
Siklus Glioksilat (Glyoxylate Cycle)

Siklus glioksilat dilakukan oleh prokaryotik yang mengoksidasi asam

asetat. Siklus ini mirip dengan siklus Kreb tetapi isositrat tidak diubah
menjadi oksalokuksinat, tapi dipecah menjadi glioksilat dan suksinat
Fermentasi: metabolisme heterotrof dengan senyawa organik sebagai
akseptor elektron (hidrogen) terminal. substrat dioksidasi tidak sempurna.
Produk akhir disimilasi glukosa adalah senyawa organik sederhana yang
disekresikan ke dalam medium sebagai waste product biasanya berupa alkohol
dan asam
PRODUK AKHIR FERMENTASI
 METABOLISME PROTEIN

Bakteri, ragi (yeast) dan kapang (molds) memerlukan senyawa nitrogen

dalam bentuk asam amino, serta asam nukleat purin dan pirimidin.
Mikrorba lainnya dapat menggunakan ammonia atau nitrat untuk
mensintesis senyawa nitrogen organik. Beberapa bakteri memfiksasi N2
menjadi amonia

Asimilasi ammonia

L-Glutamat + NH4+ + ATP → L-glutamine + ADP + Pi

Selanjutnya glutamate synthase mentrasfer satu gugus amino

dari glutamine ke molekul γ-ketoglutarat sehingga terbentuk
dua molekul L-glutamat:

γ-ketoglutarat + L-glutamine + NADPH2 + H+ → L-Glutamat +

NADP+
Biosintesis asam amino

Asimilasi ammonia menjadi asam amino glutamate

adalah langkah awal dari rangkaian pembentukan
asam amino lainnya.

Katabolisme asam amino

Asam amino dapat digunakan sebagai sumber energi.
Secara umum, 20 asam amino dapat didegradasi
menjadi 6 senyawa antara yang memasuki sistem
metabolisme karbohidrat yaitu piruvat, acetyl Co-A,
Oxaloacetate, fumarat, Suksinil Ca-A, dan γ-
ketoglutarat.
Biosintesis asam
amino
Biosintesis nukleotida.

Biosintesis purin

Biosintesis pirimidin
 METABOLISME LIPID

Bersama-sama karbohidrat dan protein, lemak adalah

metabolit primer yang harus tersedia agar mikroba dapat
tumbuh, berproliferasi dan beraktivitas.
Komponen lemak: membran sitoplasma, mesosom, dan
membrane inti pada mikroba eukaryotic.
glycosydilglyserides dan lipoteichoic acid ditemukan di
bakteri gram positif saja sedangkan lipopolisakarida
terdapat di bakteri gram negatif.
Lipid juga didegradasi untuk mendapatkan energi. lipid
lebih banyak menghasilkan energi daripada glukosa. Total
energi yang dihasilkan dari pemcahan asam lemak dapat
mencapai 49,3 ATP sedangkan dari glukosa adalah
maksimal 41 ATP.
Biosintesis asam lemak (fatty acids) jenuh dan tak jenuh
Mikroba dengan biosintesis asam lemak tidak jenuh melalui lintasan
anaerbob dan aerob
Lintasan anaerob
Eschericia coli
Salmonella typhimurium
Serratia maecesens
Azotobacter agilis
Lactobacillus plantarum
Agrobacterium tumifaciens
Clostridium pasteurianum
Staphylococcus haemolyticus
Clostridium butyricum
Caulobacter crescentus
Propionibacterium
Chloroflexus auranticus
Clorobium limicola
LIntasan aerob
Alkaligenes faecalis
Corynebacterium diphteriae
Mycoibacterium phlei
Bacillus (beberapa spesies)
Micrococcus luteus
Beggiatoa
Leptospira caicola
Sachharomyces cerevisiae
Neurospora crassa
Candida lipolytica
Stigmatella aurantiaca
Degradasi Lipid

Degradasi lemak menjadi asam lemak (fatty acid)

dan gliserol (glycerol) yang dikatalis oleh enzim
lipase