mikrobiologi

Dosen Pengampu :
METABOLISME MIKROBA
Karbohidrat, Lemak, Protein

Proses Metabolisme:
Anabolisme
Katabolisme

Reaksi enzimatik,
Energi Reaksi Reduksi- Oksidasi

Proses sintesis sel dan enzim,

memelihara keseimbangan sel,
penyerapan unsur hara, ekskresi
senyawa, pergerakan sel
 DEFINISI METABOLISME

Semua proses pembongkaran dan penyusunan

kimiawi yang dilakukan oleh organisme atau semua
reaksi yang melibatkan transformasi energi kimia di
dalam mahluk hidup
Anabolisme:
Pembentukan senyawa yang memerlukan energi
(Rekasi endergonik):

FOTOSINTESIS: MEMBENTUK C6G12O5 DARI CO2 DAN H2O

Katabolisme:
Penguraian senyawa yang menghasilkan energi
(Reaksi eksergonik):

RESPIRASI MENGURAIKAN KARBOHIDRAT MENJADI

ASAM PIRUVAT DAN ENERGI
 MENGAPA MIKROBA MEMERLUKAN ENERGI ?

• Sintesis bagian sel (dinding sel, membran sel, dan substansi sel lainnya)
• Sinthesis Enzim, Asam Nukleat, Polysakarida, Phospholipids, atau
komponen sel lainnya
• Mempertahankan kondisi sel (optimal) dan memperbaiki bagian sel
yang rusak
• Pertumbuhan dan Perbanyakan sel
• Penyerapan hara dan ekskresi senyawa yang tidak diperlukan atau waste
products
• Pergerakan (Motilitas)
 ENERGI KIMIA

Komponen kimia berenergi tinggi:

Adenosin Diphosphate (ADP) dan Adenosine
Triphosphate (ATP) yang dibentuk dari Adenosine
Monophosphate
ADP adalah AMP ~ P dan ATP adalah AMP ~ P~ P

REAKSI BIOKIMIA DIKATALIS OLEH ENZIM:

Berperan penting dalam setiap reaksi metabolisme
ENZIM
• Enzim merupakan komponen penting yang diperlukan
pada setiap proses metabolisme. Enzim merupakan
senyawa katalis yang terdapat pada makhluk hidup.
• Sebagian besar komponen penyusun enzim adalah
protein dan disebut apoenzim. Apoenzim tersebut
bersifat inaktif dan membutuhkan senyawa tertentu
untuk mengaktifkannya yang disebut kofaktor.
• Contoh kofaktor yaitu ion seperti besi, seng,
magnesium, dan kalsium. Jika kofaktor merupakan
senyawa organik, disebut juga sebagai koenzim
 DEFINISI DAN KARAKTERISTIK KERJA ENZIM

Teori Kunci-Anak kunci (Lock and key)

Ukuran molekul enzim > substrat

 KOFAKTOR ENZIM

 Contoh lain Kofaktor lain berupa :

• Molekul anorganik seperti Fe2+, Mn2+, Cu2+, Na+ atau
molekul organik kecil yang disebut koenzim misalnya
vitamin B, B1, dan B2
 Koenzim yang terikat kuat secara kovalen pada
protein enzim disebut gugus prostetik.
 Enzim yang strukturnya sempurna dan aktif
mengkatalisis, bersama-sama koenzim atau gugus
logamnya disebut holoenzim.
FAKTOR YANG MEMPENGARUHI KERJA ENZIM

pH dan suhu

Konsentrasi Substrat
1. Hubungan aktivitas enzim dengan konsentrasinya
o menunjukkan hubungan linier bahwa semakin tinggi
konsentrasi enzim maka aktivitas enzim juga semakin cepat.
2. Hubungannya dengan kandungan subtrat
o Menunjukan bahwa mula-mula aktivitasnya naik dengan
cepat, kemudian tidak berpengaruh terhadap pertambahan
substrat.
o Hal ini disebabkan karena konsentrasi enzim yang terbatas
akan menyebabkan jumlah subtrat yang dikatalisis juga
terbatas sehingga pada batas ini, penambahan substrat
tidak berpengaruh terhadap aktivitasnya.
3.Hubungannya dengan keasaman
o Menunjukan bahwa semakin jauh dari kondisi kisaran pH
normal aktivitasnya semakin menurun, hal ini disebabkan
karena enzim akan aktif dalam keadaan ionisasi yang tepat.
o Kondisi ionisasi yang tepat untuk enzim yang berbeda juga
berbeda tetapi pada umumnya berkisar pada daerah pH
netral (6 – 8).
4. Hubungannya dengan suhu
o Menunjukkan bahwa naiknya suhu akan meningkatkan
aktivitas tetapi pada kenaikan suhu tertentu akan
menurunkan aktivitas yang akhirnya menghentikan
aktivitas.
PENGATURAN ENZIM

Penghambat kompetitif
(competitive inhibitor):
molekul inhibitor
berkompetisi dengan
substrat untuk
menempati sisi aktif
enzim.

Penghambat non
kompetitif
(allosteric inhibition)
Molekul penghambat
bergabung dengan
enzim di luar sisi aktif,
menyebabkan
konformasi enzim
berubah
 Penghambatan umpan balik (Feedback Inhibition)
Penumpukan produk akhir menghambat kerja enzim pertama dalam
rangkaian reaksi tersebut sehingga produksi enzim selanjutnya
ditunda
 Klasifikasi 6 enzim berdasarkan tipe katalisis reaksi kimia

Kelas Tipe katalisis reaksi kimia ontoh

Oksidoreduktase ReduksiOksidasi, melepas/mendapat O2 Cytochrome
dan Hidrogen oksidase, laktate
dehydrogenase
Transferase Transfer grup, seperti grup amino, grup Acetate kinase,
acetyl, grup phosphat alanin deaminase
Hydrolase Hidrolisis (penambahan air) Lipase, sukrase
Lyase pemindahan grup atom tanpa hidrolisis Oksalat
decarboxylase,
isocitrat lyase
Isomerase Penataan atom menjadi molekul Glikose-phosphate
isomerase
ligase Menyatukan dua molekul (mengambil DNA ligase
energi, dari turunan ATP)
TIPE METABOLISME MIKROBA

• Heterotrof
• Autotrof
• Fotosintesis
 Menurut cara memperoleh makanannya, bakteri dapat dikelompokkan
menjadi bakteri heterotrof dan bakteri autotrof.

1.  Bakteri Heterotrof
Bakteri heterotrof adalah bakteri yang hidup dan memperoleh
makanan dari lingkungannya karena tidak dapat membuat makanan
sendiri. Bakteri ini dapat hidup secara saprofit dan parasit.
a. Bakteri saprofit adalah bakteri yang hidup pada jasad yang sudah
mati, misalnya, sampah, bangkai, atau kotoran.
• Bakteri ini sering disebut sebagai bakteri pembersih karena dapat
menguraikan sampah-sampah organik sehingga menguntungkan
bagi manusia, contohnya,bakteri Eschericia coli yang berperan
sebagai pembusuk sisa makanan dalam usus besar dan bakteri
Lactobacillus garicus yang berperan dalam pembuatan yogurt.
b. Bakteri parasit adalah bakteri yang hidup menumpang pada
makhluk hidup lain. Bakteri ini biasanya bersifat merugikan
makhluk hidup yang ditumpanginya karena dapat
menimbulkan penyakit.
• Contoh penyakit yang disebabkan oleh bakteri ini, antara lain,
kolera disebabkan oleh bakteri Vibrio cholerae, TBC
disebabkan oleh bakteri Mycobacterium tuberculosis, disentri
disebabkan oleh bakteri Shigella dysenterriae, sifilis
disebabkan oleh bakteri Treponema pallidum, dan radang
paru-paru (pneumoniae) disebabkan oleh bakteri Diplococcus
pneumoniae.
• Penularan penyakit yang disebabkan oleh bakteri dapat
melalui makanan, minuman, pernapasan, ataupun kontak
langsung dengan penderita, baik secara langsung maupun
tidak langsung.
• Berdasarkan asal energi yang digunakan, bakteri
heterotrof dapat dibedakan menjadi dua, yaitu bakteri
yang bersifat fotoheterotrof dan bakteri yang bersifat
kemoheterotrof.
• Bakteri fotoheterotrof adalah bakteri yang sumber
energinya berasal dari cahaya matahari, dan sumber
karbonnya berasal dari bahan-bahan kimia organik
seperti lignin, monomer, dan komponen-komponen
organik lainnya.
• Sedangkan bakteri kemoheterotrof, baik sumber
energi maupun sumber karbonnya berasal dari
komponen-komponen organik.
2.    Mikroba Autotrof
• Mikroba autotrof adalah mikroba yang dapat membuat
makanannya sendiri.
• Berdasarkan asal energi yang digunakan, bakteri autotrof
dapat dibedakan menjadi dua, yaitu mikroba yang
bersifat kemoautotrof dan yang bersifat fotoatotrof.
• Mikroba kemoautotrof membuat makanannya dengan
bantuan energi yang berasal dari reaksi-reaksi kimia,
misalnya, proses oksidasi senyawa tertentu, serta
sumber karbon dari CO2.
• Contohnya, bakteri nitrit dengan mengoksidkan NH3,
bakteri nitrat dengan mengoksidkan HNO2, bakteri
belerang dengan mengoksidkan senyawa belerang,
Nitosococcus, dan Nitrobacter.
• Mikroba fotoautotrof membuat makanannya
dengan bantuan energi yang berasal dari cahaya
matahari, dan sumber karbon yang berasal dari CO2.
• Mikroba ini adalah mikroba yang mengandung zat
warna hijau sehingga dapat melakukan fotosintesis,
seperti tumbuhan hijau.
• Contohnya bakteri-bakteri yang mempunyai zat
warna, antara lain, dari golongan Thiorhodaceae
(bakteri belerang berzat warna).
 METABOLISME FOTOSINTESIS
(Fotoototrof, Fotoorganotrof)

• Mikroba prokaryotik: bakteri dan sianobakteri

(Cyanobacteria)
• Memerlukan sinar matahari (foton) dan
pigmen
• Fototrof: membuat gula di dalam sel untuk
respirasi/energi
• Heterotrof: mengambil gula di luar sel untuk
respirasi/energi
Fotosintesis Anoksigenik: Tidak Menghasilkan O2

Fotosintesis bakteri ungu non belerang

CO2 + 2CH3CHOHCH3 → (CH2O) + H2O + 2CH3COCH3

Fotosintesis bakteri hijau belerang

CO2 + 2H2S → (CH2O) + H2O + 2S

Fotosintesis Oksigenik: Menghasilkan O2

Fotosintesis Sianobakteri
6CO2 + 6H2O → C6H12O6 + 6O2
 METABOLISME Autotrof
Kemotrof, Kemoototrof,Kemolitotrof

• Bakteri yang tumbuh lambat dengan keberadaan

senyawa anorganik (ion mineral) tanpa menggunakan
sinar matahari sebagai sumber energi
• Sumber karbon: CO2
• Sumber N: NH3, NO3-, atau N2
Contoh Bakteri Autotrof

Tipe kemosintetis Oksidasi Famili, Genus, spesies

senyawa anorganik pewakil
sebagai sumber energi
Pengoksidasi NH3 NH3 dioksidasi menjadi NO2 Nitrobacteriaceae
(aerob) (Nitrosomonas,
Nitrosococcus, Nitrospira)

Pengoksidasi NO2 NO2 dioksidasi menjadi NO3 Nitrobacteriaceae

(aerob) (Nitrobacter, Nitrococcus)

Pengoksidasi sulfur S2 dioksidasi menjadi SO4, dan Thiobacillus thiooxidans

(aerob) dan besi Fe2+ dioksidasi menjadi Fe3+. Thiobacillus ferrooxidans
(aerob) Ferrobacillus,
Leptothrix

Pengoksidasi S2O3 dioksidasi, NO3 direduksi Thiobacillus denitrificans

senyawa sulfur dan
pereduski NO3
(denitrifikasi)
 Contoh Sumber Energi

Jenis Sumber Energi Sumber Karbon Contoh

Fotolitotrof Cahaya CO2 Algae, Bakteri sulfur

ungu, bakteri sulfur
hijau

Fotoorganotrof Cahaya Bahan organik Bakteri non sulfur

ungu

Kemolithotrof Oksidasi bahan   Bakteri nitrifikasi,

inorganik bakteri besi, bateri H2

Kemoorganotrof Oksidasi bahan Bahan organik Bakteri secara umum,

organik jamur, protozoa
Metabolisme Sumber C Sumber N Sumber Sumber H+
energi
Heterotrof/ Organik Organik Oksidasi -
Kemoorganotrof Atau senyawa organik
anorganik

Autotrof/ CO2 anorganik Oksidasi -

kemolitotrof Senyawa
anorganik

Fotosintesis
Fotolitotrof
Bakteri CO2 Anorganik Cahaya matahari H2S atau H2
Sianobakteri CO Anorganik Cahaya matahari Fotolisis H O
2 2
Fotoorganotrof
Bakteri CO2 Anorganik Cahaya matahari Bahan
organik
 Respirasi (Oksidasi) aerob vs anaerob
Respirasi aerob:
• Katabolisme bahan organik dengan akseptor elektron terminal berupa
O2; dan donor elektron berupa bahan organik, misalnya katabolisme
gula
C6H12O6 + 6O2 → 6CO2 + 6H2O + energi
Efisiensi respirasi aerob 55 %

Respirasi anaerob:
• Katabolisme dengan akseptor elektron terminal berupa NO 3, SO4,
senyawa organik fumarate, dan CO2; dan donor elektron berupa
bahan organik, misalnya, bakteri metanogen
4H2 + CO2 → CH4 + 2H2O
 C. Fenomena Quorum Sensing

Sejarah Quorum Sensing

o Patogenesis infeksi oleh bakteri mencakup awal mula proses
infeksi dan mekanisme timbulnya tanda dan gejala penyakit. Ciri
khas bakteri yang bersifat pathogen adalah mempunyai
kemampuan menularkan, melekat pada sel inang, menginvasi
sel dan jaringan inang, toksigenisitas dan mampu menghindari
sistem imun inang.
o Kalangan umum biasanya menganggap bahwa bakteri tidak
memiliki kemampuan berkomunikasi, berbicara, melihat dan
mendengar karena bakteri adalah organisme uniceluler (bersel
tunggal) dan tidak memiliki sistem-sistem kompleks seperti
sistem syaraf.
• Bahkan kebanyakan ahli mikrobiologi memiliki anggapan yang
sama, hingga pada tahun 1994, istilah Quorum Sensing
diperkenalkan oleh Dr. Steven Winans.
• Quorum berasal dari  bahasa latin yang berarti jumlah anggota
tertentu yang harus dipenuhi untuk suatu kesepakatan.
• Dr. Steven Winans beserta rekannya menjelaskan mekanisme
pembentukan cahaya yang dihasilkan oleh bakteri laut
luminescene, Vibrio fischeri.
• Bakteri tersebut tidak bisa menghasilkan cahaya sendirian
(cahaya yang diperlukan untuk beradaptasi dengan
lingkungannya), oleh karena itu mereka berkomunikasi satu
sama lain dengan cara mengeluarkan zat kimia, dan ketika
jumlah zat kimia tersebut mencukupi, gen bioluminescence
yang mereka miliki teraktivasi.
• Seiring dengan kemajuan dan perkembangan penelitian
mikrobiologis, istilah Quorum Sensing meluas untuk
menjelaskan mekanisme pembentukan senyawa-senyawa
kimia tertentu seperti toksin, enzyme-ezyme ekstraseluler
dan senyawa-senyawa kimia yang bersifat adesif.
• Biofilm adalah salah satu hasil Quorum Sensing yang
paling menarik perhatian kalangan saintis, karena zat ini
dihasilkan oleh beberapa spesies yang berbeda dan
memiliki peran yang berbeda-beda pula.
• Biofilm biasanya ditemui dalam plak/karang gigi yang
bertanggung jawab dalam kerusakan gigi, lapisan licin di
bebatuan sungai, dan lapisan-lapisan dalam yang terdapat
dalam peralatan-peralatan medis seperti kateter.
o Dengan kata lain quorum sensing adalah adalah usaha
dari sebuah populasi bakteri untuk mencapai jumlah
tertentu sebelum melakukan respon atau jalur regulasi
tertentu
o Pada fenomena quorum sensing, terdapat mekanisme
transduksi sinyal yang kompleks untuk ‘memanggil’
anggota populasi bakteri ditempat jauh untuk melakukan
agregasi hingga jumlah minimum sel untuk melakukan
respon regulasi dapat dicapai.
 Komponen Transduksi Sinyal Quorum Sensing
o Quorum sensing dapat ditemukan baik pada bakteri gram positif dan Bakteri
Gram Negatif.
o Masing-masing kelompok bakteri tersebut memiliki beberapa komponen yang
bertanggung jawab dalam proses quorum sensing. Komponen tersebut
misalnya Autoinducer
Autoinducer Pada Quorum Sensing
o Autoinducer adalah komponen sinyal spesifik yang akan disintesis dan dilepas
keluar sel. Autoinducer dapat berdifusi melalui dinding sel bakteri dan
pelindung sel lain.
o Pada saat terjadi agregasi, jumlah autoinducer berada dalam konsentrasi tinggi
dan mengaktifkan sensor kinase transduksi sinyal dua komponen, yang
berakhir dengan diaktifkannya gen-gen tertentu.
o Autoinducer pada bakteri Gram Negatif biasanya adalah acyl homoserine
lactones (AHL, AI-1) serta molekul siklik derivat furan (AI2) sedangkan bakteri
Gram Positif menggunakan oligopolipeptida sebagai molekul autoinducer
proses quorum sensing.
 Contoh Quorum Sensing :
Pembentukan Biofilm Pseudomonas aeruginosa

• Contoh jalur respon mikroorganisme yang bergantung

pada quorum sensing adalah pembentukan biofilm.
• Beberapa jenis bakteri pembentuk biofilm seperti bakteri
Pseudomonas aeruginosa membentuk biofil dengan
mensekresikan polisakarida tertentu untuk
meningkatkan daya serang bakteri tersebut
(meningkatkan patogenisitas) dan mencegah penetrasi
dan kinerja dari antibiotik. 
• Dalam kasus ini, quorum sensing berperan sebagai On-
Off Switch yang mengaktifkan ekspresi beberapa gen
yang bertanggung jawab dalam pembentukan biofilm.
• P. aeruginosa memiliki dua sistem quorum sensing
yakni sistem Las dan Rh1. Keduanya merespon dan
memproses sinyal dari molekul AHL spesifik dan
mengaktifkan gen yang bertanggung jawab dalam
pembentukan eksopolisakarida.
• Laju pembentukan eksopolisakarida ini, mirip dengan
laju konsentrasi autoinducer dalam sel, yakni makin
banyak diproduksi jika sel-sel penghasil autoinducer
membentuk agregat (dalam jumlah yang cukup
besar).  
• Dalam jumlah besar P. Aeruginosa dapat
menyebabkan infeksi pada saluran kemih, paru-paru
dll.
 PERATURAN DISKUSI MIKROBIOLOGI
1. Setiap pertemuan akan diisi 3 kelompok penyaji
2. Kelompok penyaji menyajikan presentasi maximal 30 menit
(estimasi untuk menjabarkan materi,
pertanyaan+jawaban+diskusi, kesimpulan)
3. Jumlah pertanyaan harap disesuaikan durasi (jumlah max
pertanyaan adalah sejumlah anggota kelompok)
4. Pertanyaan dan jawaban akan ditulis di slide akhir PPT masing-
masing kelompok
5. Jika ada jawaban diskusi yang kurang akan dibahas dalam review
materi
6. PPT keseluruhan kelompok akan dikompilasi PJMK dan
dikirimkan pada dosen pengampu sebagai nilai diskusi
 ISI PPT
1. Latar belakang
• Misal tema tentang Mikroba Tanah, latar belakang bisa
berupa peran mikroba pada tanah secara umum, hadir
pada lapisan tanah apa,macam nama mikrobanya dll)
2. Isi
• Fokuskan pembahasan pada 1 nama bakteri dan bahas
secara detail (Misal mikroba A untuk pakan ternak.
Sebutkan fungsi dan peranannya dalam pembuatan pakan
fermentasi serta cara membuatnya, kelebihannya dll)
3. Kesimpulan
4. Halaman Diskusi (Pertanyaan+jawaban audiens)