Seperti halnya jasad hidup lainnya, mikroorganisme memerlukan energi dan

bahan-bahan untuk membangun tubuhnya (untuk sintesa protoplasma dan

bagian-bagian sel lainnya) yang biasa disebut dengan nutrisi. Untuk dapat
menggunakan energi dari bahan-bahan tersebut, sel melakukan kegiatan-kegiatan
yang menyebabkan terjadinya perubahan-perubahan kimia di dalam sel. Semua
reaksi terarah yang berlangsung di dalam sel mikroorganisme disebut dengan
metabolisme. Metabolisme tubuh sel mikroorganisme mencakup 2 macam
proses, yaitu:
1. Katabolisme (disimilasi)
Katabolisme merupakan proses perombakan bahan makanan menjadi unsur-
unsur yang lebih sederhana disertai pembebasan energi. Pada proses ini,
Mikroorganisme memecah komponen organik untuk karbon dan energi dengan
suatu reaksi kompleks oksidasi-reduksi. elektron dihilangkan dan ditambahkan ke
intermediat dalam alur proses. Energi yang dilepaskan pada reaksi ini diubah
menjadi ikatan fosfat energi tinggi yaitu ATP untuk digunakan untuk bahan bakar
reaksi biosintetik. Proses inti biokimia dari proses katabolisme dibagi menjadi dua
kelompok besar, yaitu fermentasi dan respirasi.
• Fermentasi
Pada kasus ini, donor elektron adalah komponen organik dan terminal akseptor
elektronnya juga komponen organik. Pada proses fermentasi tidak menghasilkan
oksidasi sempurna yang menghasilkan karbon dioksida. Proses fermentasi
merupakan produksi dari campuran produk akhir, beberapa diantaranya lebih
teroksidasi dan beberapa lebih terediuksi dari substrat awal. Fermentasi cukup
penting dalam industri mikrobiologi, yang digunakan untuk memproduksi asam,
tetapi aplikasi dalam bioremediasi tidak terlalu signifikan dalam lingkungan yang
terkontaminasi.
• Respirasi
Metabolisme respiratory lebih penting dalam bioremediasi. Respirasi melibatkan
oksidasi komponen organik yang disertai oleh terminal reduksi dari komponen
inorganik. Ketika oksigen digunakan sebagai terminal akseptor elektron,
organisme dapat dikatakan memiliki sifat sebagai respirasi aerobik. Sedangkan
akseptor elektron lainnya seperti nitrat, sulfat, atau karbon dioksida digunakan
sebagai terminal akseptor elektron, organisme dapat dikatakan memiliki sifat
sebagai respirasi anaerobik. Organisme aerobik yang mampu memiliki dua proses
respirasi tersebut akan memilih oksigen sebagai terminal akseptor elektron.
Energi yang dihasilkan oleh sel ketika menggunakan oksigen sebagai terminal
akseptor elektron lebih besar dibandingkan yang lainnya. Oksigen adalah yang
yang paling mudah teroksidasi kemudian diikuti dengan nitrat, sulfat, dan karbon
dioksida. Bioremediasi lebih memilih menggunakan respirasi aerobik, karena
respirasi aerobik lebih efisien dibandingkan respirasi anaerobik.

2. Anabolisme (asimilasi)
Anabolisme merupakan proses sintesa atau kegiatan sel untuk membentuk unsur-
unsur protoplasma dan bagian-bagian sel lainnya. Terkait dengan kebutuhan akan
oksigen, mikroorganisme ada yang dikategorikan sebagai aerob obligat yang
membutuhkan oksigen, dan menggunakan oksigen sebagai terminal akseptor
elektron ketika melakukan respirasi, dan anaerob obligat yang tidak dapat
tumbuh dengan adanya oksigen. Organisme pada kelompok ini melakukan
fermentasi atau respirasi anaerob. Anaerob fakultatif dapat tumbuh dengan atau
tanpa kehadiran oksigen. Organisme ini mampu melakukan respirasi aerob,
respirasi anaerob, dan fermentasi.
Pada reaksi metabolisme, diperlukan bantuan katalisator organik (biokatalisator)
yang disebut enzim. Enzim adalah katalisator organik yang dihasilkan oleh sel
mikroorganisme dimana fungsinya untuk mempercepat reaksi kimia yang terjadi
tetapi enzimnnya itu sendiri tidak mengalami perubahan dan jumlahnya sebelum
dan sesudah reaksi terjadi adalah tetap. Jumlah enzim di dalam sel
mikroorganisme adalah sangat sedikit tetapi daya kerjanya sangat besar dalam
melakukan perubahan-perubahan kimia (transformasi) yang diperlukan sel.
Berdasarkan tempat bekerjanya, maka enzim dapat dibedakan menjadi 2
kelompok, yaitu:
• Eksoenzim disebut juga enzim ekstraselular dimana enzim yang dihasilkan di
dalam sel mikroorganisme tetapi bekerjanya di luar sel, digunakan untuk
mencernakan substrat secara hidrolisa dan dibebaskan energi. Energi yang
dibebaskan tersebut tidak digunakan dalam proses kehidupan.
• Endoenzim disebut juga enzim intraselular dimana enzim bekerja di dalam sel,
digunakan untuk proses-proses sintesa di dalam sel dan dalam proses penghasilan
energi. Energi yang dihasilkan tersebut digunakan untuk proses kehidupan.
Apabila suatu enzim dianalisis, maka enzim tersebut dapat dipisahkan menjadi
dua bagian yaitu bagian koenzim dan bagian apoenzim. Koenzim merupakan zat
bersifat non protein, non koloid dan thermostabil yang dapat melewati membran
semipermeabel atau membran selektif (dapat terdialisis) sedangkan apoenzim
berupa koloid-koloid protein dan thermolabil yang tidak dapat melewati
membran tersebut (tak terdialisis). Jika masing-masing enzim tersebut berdiri
sendiri maka enzim tersebut tidak aktif dan baru bersifat aktif bila keduanya
bergabung menjadi satu.