MIKROBA DI LINGKUNGAN TANAH

 Struktur tanah tersusun atas 3 fase : padat, cair, gas

 Biasanya tanah mengandung (volume) :
- 45% anorganik, 5% fase organik padat, 25% fase air dan
25% fase udara
 Akar tanaman dan mikroorganisme hidup dalam porus
tanah yang mengandung fase air dan fase udara
 Mikrolingkungan, ditentukan oleh karakteristik tekstur
tanah dan kandungan air dalam partikel tanah,
 Suplai oksigen, pergerakan material nutrien dan sel
mikroba dipengaruhi oleh jumlah air dalam ruang porus
tanah.
Bakteri
 Bakteri adl mikroba yg paling dominan di tanah. Bkt tdk
memiliki membran inti (prokariot), nukleoplasma tdk terpisah
dari sitoplasma. Ddg sel bakt utamanya tersusun dr
peptidoglikan dan reproduksi melalui pembelahan biner.
 Bakteri predominan di tanah adl genus Arthrobacter (40%)
(plate count method). Ciri, pleomorfisme, Gram variabel dan
motil. Pada awal pertumb. sel G- batang dan kmd sel menjadi
G+ batang pendek dan G+ bulat. Sel batang panjang dan
bercabang dapat diamati setelah 2 jam inokulasi. Laju
pertumb lamban (membentuk koloni kecil pd agar).
 Kelompok bakteri terbanyak kedua (5-20%) di tanah adl.
Streptomyces, Pseudomonas, dan Bacillus.
 Dari hasil isolasi dr tanah, sekitar 90% aktinomisetes adl
genus Streptomyces.
 Pada cawan agar, Streptomyces memiliki miselium bercab dan
koloni padat. Reproduksi melalui produksi spora aerial dan
melalui fragmentasi miselium. Bersifat G+ dan heterotrof
oksidatif. Tidak toleran thd tanah dg air melimpah dan kondisi
asam, serta kurang toleran thd kekeringan. Penyebab penyakit
bopeng kentang. Bbrp isolat mampu menghasilkan antibiotik.
 Genus Pseudomonas memiliki sel bentuk batang lurus atau
bengkok dgn flagella polar. Umumnya aerobik, kecuali species
denitrifikan yg menggunakan nitrat sbg akseptor elektron.
Kebanyakan species heterotrofik, bbrp kemolitotrofik
(Menggunakan H2 atau CO sbg sumber energi). Bbrp species
penyebab penyakit tanaman. Bbrp species juga menghasilkan
pigmen fluoresens terutama dlm media tanpa besi. Bbrp
species diketahui sebagai agensia biokontrol penyakit tanaman,
produksi antibiotik dan pendegradasi senyawa xenobiotik.
 Anggota genus Bacillus : sel bentuk batang, G+
sampai G-variabel, motil, endospora tahan thd
pemanasan. Kebanyakan heterotrof, metabolisme
dengan respirasi atau fermentasi atau keduanya. Bbrp
species fakultatif kemolitotrofik yi menggunakan H2
sbg sumber energi dlm ketiadaan karbon organik.
Species B. polymyxa mampu menambat N2. Bbrp
species mampu menghasilkan enzim litik dan
antibiotik (klas polipeptida). Bbrp species diketahui
sebagai agensia biokontrol utk serangga (B.
thuringiensis) dan tanaman (B. subtilis). B. anthracis
adl penyebab penyakit anthrak pada binatang.
Kisaran toleransi temperatur : -5 sampai 75 oC, thd
asam 2 – 8, dan thd garam sampai 25% NaCl.
 Bakteri penambat N yang termasuk asimbiotik
(asosiatif) : Azotobacter, Azomonas, Beijerenckia,
Derxia, Azospirillum dan yang simbiotik : Rhizobium
dan Bradhyrhizobium. Umumnya bersifat heterotrof
aerobik, kecuali Azospirillum (mikroaerofilik).
Berperan penting dalam peningkatan pertumb
tanaman, beberapa digunakan sebagai agensia
biofertilizer.
Fungi
 Fungi termasuk mikroba eukariot, heterotrof
dan pendekomposisi utama sisa-sisa bahan
organik.
 Beberapa species diketahui sebagai patogen
tanaman (Fusarium, Sclerotium, Phytophthora,
, Rhizoctonia) dan beberapa juga dikenal
sebagai antagonis patogen (Trichoderma,
Gliocladium), beberapa mampu menghasilkan
antibiotik (Penicillium, Trichoderma)
 STANDING STOCK AND FUNCTION OF SOIL MICROORGANISMS

ORGANISM STANDING STOCK FUNCTION IN THE SOIL

Cells/g kg/ha
True bacteria 106 – 109 36,9 Dekomposisi sisa tanaman & hewan, pembentukan
humus, ikut berperan dlm pembentukan material
(Heterotrophs, chemoautotrophs), bbrp patogen tanaman,
pembentukan remah-remah

Actinomycetes 105 - 108 0,2 Dekomposisi bhn organik (bhn rekalsitrans).

Pembentukan humus, produksi antibiotik, pembentukan
remah-remah
Filamentous fungi 101 - 102 454
Dekomposisi sisa2 tanaman & hewan, humus,
karbohidrat, lignin dan feses. Pembentukan remah-remah.
Yeast 103 - Bbrp patogen tan dan nematocidal.
Dekomposisi bhn organik. Pembentukan remah-remah
melalui sekresi gum.
Algae 102 - 104 -
Produksi bhn organik melalui fotosintesis. Penambatan
N2 oleh blue green algae

Protozoans 104 - 106 1

Menjaga keseimbangan ekologis diantara
mikroorganisme melalui pemangsaan.
Microfauna - 36
Dekomposisi tubuh hidup & mati dari tanaman & hewan.
Aerasi tanah. Pembentukan remah-remah. Bbrp patogen
tanaman.
Peran Mikroba Tanah
 Terlibat dalam proses transformasi nutrien
 Dekomposisi bahan organik
 Antagonisme terhadap patogen tanaman dan
menjaga kesuburan tanah (peran dalam
pertanian)
 Predator nematoda
 Pembentukan dan perbaikan struktur tanah
 Terlibat dalam degradasi pestisida
 Menjaga kesetimbangan biologis
GES 175, Science of Soils

Lecture 6, Soil Biology

The Little Guys
 O2
CO2 energy

Detritus (Plant Debris)

Earthworms
Fungi

Bacteria

Soil Humus
 Anaerobic Organisms

Food Source Electron Acceptor

• Organic carbon* • Nitrate (NO3-)

• Ammonium Ion (NH4+) • Manganese (Mn4+)

•Ferric Iron (Fe3+)
• Ferrous Iron (Fe2+)
• Hydrogen Sulfide (H2S) • Sulfate (SO42-)
Bacterial-Plant Symbiosis

legumes
 Nitrogen Fixation
* Symbiotic relation between
bacteria and plants:
-e.g., legumes + Rhizobium
- bacteria require plant for growth; plant gains ‘free’ source
of available N

* Grasses-Azospirillum/Azobactor
N-Fixation: Frankia

- actinomycetes
- associates with desert
shrubs (e.g., Ceanothus)
and various tree species
(e.g., alder)

Frankia Nodules on Alder

 Fungi-Plant Interaction

Mycorrhizae
(root fungus)

- extension of root system

- fungus enhances nutrient
and water intake
- plants provide carbon
source

Nearly 90% of native plants have

mycorrhizae association
Ectomycorrhyzae

- association at exterior of root

- develop on evergreen trees and shrubs
Mycorrhizae

Endomycorrhizae
- Associations occur in root interior between cells
- Develop on deciduous trees, annual and herbaceous plants
Organic Matter Degradation
(Carbon Cycling)
Organic Matter

Biomass (living organisms)

CO2 Detritus (Plant Debris) (identifiable dead tissue)

degradation
Fungi Earthworms
Bacteria

Soil Humus (nonliving, nontissue decay products)

Humin Humic Acid Fulvic Acid

(insoluble) (insoluble in acid) (soluble)
Organic Matter Degradation: Nutrient Cycling

Biomass

Nutrient Detritus (Plant Debris)

Incorporation

Nutrient
Release

Soil Humus
 Carbon Cycle
CO2

CO2
O2

CO2

Litter Crop Residues Animal

Organic Soil Manure
CO3, HCO3
Horizons Reactions

Microbial Activity

raliz ation
Microbial Activity
Carbon Dioxide Mine

Leaching Losses
 DAUR NITROGEN

 TINJAUAN UMUM
 PENAMBATAN NITROGEN

 MINERALISASI/IMOBILISASI N
 NITRIFIKASI

 DENITRIFIKASI
 DIPERLUKAN PALING BANYAK OLEH
TANAMAN
 BAGIAN DARI ASAM AMINO
 MEMPENGARUHI KUALITAS AIR DAN
ATMOSFER
 Daur nitrogen
N2 Atmosfer

Fiksasi Nonsimbiotik
Fiksasi Simbiotik
Herbivora
Tanaman
Tanah

Dekomposisi
NO3-

Nitrifikasi

Ammonifikasi Assimilasi/
Organik N
disimilasi
Immobilisasi NH4+ Reduksi N03-
 SISTEM

 FREE LIVING (Azotobacter sp)

 ASOSIASI (Azospirillum sp)

 SIMBIOSIS (Rhizobium sp)

 FREE LIVING
 KONDISI : aerob, mikroaerofilik & anaerob
 LOKASI : tanah di luar rhizosfer
 FAKTOR : sumber energi, kombinasi nitrogen
(amonium dan nitrat), pengaruh oksigen
terhadap enzim nitrogenase, dan pengaruh
lingkungan lainnya
 JASAD MIKRO : Azotobacter, Azospirillum,
dan Methanosarcina.
 JUMLAH : SANGAT RENDAH
 ASOSIASI

 LOKASI : rhizosfer, korteks, jaringan vaskular

akar, musigel
 JASAD MIKRO :Acetobacter diazotrophicus
 Jumlah : 5 – 25 kg N/ha/th.
 SIMBIOSIS

 LEGUMINOSE DAN RHIZOBIUM

 FRANKIA DAN AKTINOMISETES
 AZOLLA DAN CYANOBACTERIUM
 DAUR FOSFOR

 MINERALISASI DAN IMOBILISASI P

 PELARUTAN P-ANORGANIK
 KETERSEDIAAN P-ORGANIK
 KELARUTAN P-ANORGANIK
 DAUR FOSFOR
PROSES
MINERALISASI

IMOBILISASI

TERJERAP

DISERAP TANAMAN
 MINERALISASI P-ORGANIK
 Enzim : fosfatase (ekstraseluler)
 Jenis : fosfomonoesterase, fosfodiesterase,
phytase
 Mineralisasi vs rasio C/P

< 200/1 : mineralisasi

> 300/1 : imobilisasi P
200 – 300/1 : sedikit perubahan ketersediaan P.
 Pelarutan P-anorganik

Mekanisme :

Melepaskan karbondioksida & bahan organik

 Asam karbonat : Ca-P dan Mg-P
 Asam organik : pengkhelat, Al-P, Fe-P, Ca-P, Mg-P
 Hasil : orthofosfat
Jasad mikro :

 bakteri (Bacillus, Pseudomonas, sp, Nitrosomnas sp,)

 jamur (Aspergillus sp, Penicillium sp dan Fusarium sp).
 KONDISI REDUKSI &
KETERSEDIAAN P

 PENGARUH : Fe-P dan Al-P

 FAKTOR : PENGGENANGAN DAN BO
 AKIBAT : reduksi ferro-P menjadi ferri-P
 DAUR KALIUM

 TRANSFORMASI KALIUM
 IMOBILISASI KALIUM
SKEMA DAUR KALIUM

K-hewan K-tumbuhan

Humus

K-mikroba

K-tersedia

Laut
K-tertambat
 PROSES DAN JASAD MIKRO
 Proses :
perombakan bahan organik & pelarutan K-mineral
Pelarutan K mineral : melalui dekomposisi lapisan silikat
mineral liat dan pelarutan asam
 Jasad mikro pendekomposisi mineral liat :
bakteri (Bacillus dan Pseudomonas)
jamur (Aspergillus, Mucor dan Penicillium)
 Asam untuk melarutkan kalium :
asam karbonat (heterotrof)
asam organik (Clostridium pasteurianum & Aspergillus niger)
asam nitrat dan sulfat (jasad mikro autotrof).
 Keseimbangan Ion K

K (protoplasma) K-terlarut ↔ K-mineral

 Bahan Diskusi Kelompok
 Jelaskan berdasarkan Gambar 8.1., pada
bagian mana terjadi proses :
- Mineralisasi
- Imobilisasi
DAUR KALSIUM DAN MAGNESIUM

 REAKSI KALSIUM DAN MAGNESIUM

DALAM TANAH
 JASAD HIDUP TANAH DALAM DAUR
KALSIUM DAN MAGNESIUM
 FAKTOR LINGKUNGAN DALAM DAUR
KALSIUM DAN MAGNESIUM
 ASPEK PERTANIAN KALSIUM DAN
MAGNESIUM
 REAKSI Ca DAN Mg DALAM TANAH

Sumber kalsium
mineral Ca (feldspar, amphibol, apatit atau Ca-
fosfat, Ca-karbonat yaitu kalsit dan dolomit)
Sumber magnesium
mineral ferromagnesium (biotit, serpentin,
hornblende, olivin, MgSO4, khlorit, illit,
vermikulit dan montmorillonit).
 Ca dan Mg-organik
Manusia 1 Tanaman Binatang Bahan mati/
biomassa
jasad hidup
tanah
tanah

3 2
6 7

5
Ca dan Mg- tersedia
Ca dan Mg- Kompleks Larutan tanah
Jerapan tanah
anorganik
Batuan dan mineral 4
 Daur kalsium dan magnesium terjadi secara
biologis dan non biologis
 Transformasi biologi kalsium dapat terjadi
dengan bantuan enzim atau tanpa enzim.
 Jasad hidup tanah :
jasad makro (cacing tanah)
jasad mikro (bakteri, jamur, aktinomisetes,
algae dan protozoa)
 Faktor Lingkungan

 suhu
 Cahaya
 kelembaban dan aerasi
 pH
 kejenuhan basa
 senyawa organik.